TRƯỜNG ĐẠI HỌC CÔNG NGHỆ TP. HỒ CHÍ MINH
LỜI CAM ĐOAN
LỜI CẢM ƠN
MỤC LỤC
DANH MỤC CHỮ VIẾT TẮT
DANH MỤC BẢNG
DANH MỤC BIỂU ĐỒ HÌNH ẢNH
MỞ ĐẦU
CHƯƠNG 1: TỔNG QUAN TÀI LIỆU
1.1 Giới thiệu về tôm sú
1.1.1 Vị trí phân loại
1.1.2 Phân bố
1.1.3 Đặc điểm hình thái cấu tạo
1.1.4 Chu kì phát triển.
1.1.5 Đặc điểm dinh dưỡng.
1.1.6 Đặc điểm về sinh trưởng, sinh sản và phát triển.
1.1.7 Tình hình nuôi trồng tôm sú ở thế giới.
1.1.8 Tình hình nuôi trông tôm sú ở Việt Nam.
1.2 GIỚI THIỆU CHUNG VỀ ĐA DẠNG DI TRUYỀN
1.2.1. Đa dạng di truyền.
1.2.2. Quần thể
1.2.3 Nguyên nhân xuất hiện đa dạng di truyền trong quần thể.
1.2.4 Ý nghĩa của đa dạng di truyền trong nuôi trồng thủy sản.
1.3 KỸ THUẬT MICROSATELLITE
1.3.1 Khái niệm về kỹ thuật Microsatellite
1.3.2 Tính chất
1.3.3. Ưu - nhược điểm của microsatellite
1.3.4 Các loại Microsatellite
1.3.5. Cơ chế hình thành và vai trò của Microsatellite
1.3.6. Các phương pháp phát hiện Microsatellite
1.4. ĐỊNH LƯỢNG DNA BẰNG PHƯƠNG PHÁP QUANG PHỔ
1.5 KỸ THUẬT POLYMERASE CHAIN REACTION (PCR)
2.6 KỸ THUẬT ĐIỆN DI
Hình 1.1. Tôm sú (Penaeus monodon)
Hình 1.2. Đặc điểm cấu tạo bên ngoài của tôm sú (Penaeus monodon)
Hình 1.3. Vòng đời tôm sú (Penaeus monodon)
Hình 1.4. Quá trình giao vĩ của tôm sú (Penaeus monodon)
Hình 1.5. Phát hiện microsatellite từ DNA tổng số.
Hình 1.6. Vùng flanking (vùng sườn) ở 2 bên trình tự microsatellite.
CHƯƠNG 2: VẬT LIỆU VÀ PHƯƠNG PHÁP
2.1 Vật liệu
2.1.1 Vật liệu sinh học
2.1.2 Hóa chất
2.1.2.1 Mồi (primer)
2.1.2.2 Thang (ladder)
2.1.2.3.Hóa chất ly trích DNA.
2.1.2.4. Hóa chất chạy PCR
2.1.2.5. Hóa chất chạy điện di agarose
2.1.2.6. Hóa chất chạy điện di mao quản
2.1.2.7. Dụng cụ thí nghiệm
2.2 PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU
2.2.1 Phương pháp trích ly DNA tổng số
2.2.2 Phương pháp kiểm tra độ tinh sạch và định lượng DNA
2.2.3 Phương pháp tối ưu hóa phản ứng PCR và khảo sát tính hoạt động của các cặp mồi microsatellite.
2.2.3.1. Khảo sát nhiệt độ bắt cặp của các cặp mồi microsatellite
2.2.3.2 Khảo sát nồng độ MgCl2
2.2.3.3 Khảo sát hàm lượng DNA khuôn
2.2.3.4 Khảo sát tính ổn định của quy trình PCR.
Bảng 2.6. Thành phần buffer, dNTP, cặp mồi microsatellite, DNA khuôn, Taq polymerase cho một phản ứng PCR.
Hình 2.2 Chu trình nhiệt của máy PCR sau khi tối ưu nhiệt độ bắt cặp các cặp mồi
2.3. Phân tích thống kê đa dạng di truyền của bốn quần đàn mẫu tôm sú bằng các phần mềm Cervus, Fstat, Genepop .
Hình 2.1. Thang chuẩn DNA 100bp
CHƯƠNG 3: KẾT QUẢ VÀ THẢO LUẬN
3.1 Kết quả trích ly DNA
3.2 Kết quả nhiệt độ bắt cặp của các cặp mồi microsatellite
3.2.1 Kết quả nhiệt độ bắt cặp của cặp mồi microsatellite W1 trên bốn mẫu tôm A09, T30, G30, N03 đại diện cho bốn vùng Ấn Độ Dương, Thái Bình Dương, Gia Hóa và Nội Địa.
3.2.3. Kết quả nhiệt độ bắt cặp của cặp mồi microsatellite L1 trên bốn mẫu tôm A09, T30, G30, N03 đại diện cho 4 nhóm Ấn Độ Dương, Thái Bình Dương, Gia Hóa và Nội Địa.
3.3 Khảo sát nồng độ MgCl2 tối ưu
3.3.1 Kết quả tối ưu nồng độ MgCl2 ở microsatellite W1.
3.3.2 Kết quả tối ưu nồng độ MgCl2 ở microsatellite P1.
3.3.3. Kết quả tối ưu nồng độ MgCl2 ở microsatellite L1.
3.4. Kết quả tối ưu hàm lượng DNA khuôn.
3.4.1. Kết quả tối ưu hàm lượng DNA khuôn cho cặp mồi microsatellite W1
3.4.2. Kết quả tối ưu hàm lượng DNA khuôn cho cặp mồi microsatellite L1
3.4.3. Kết quả tối ưu hàm lượng DNA khuôn cho cặp mồi microsatellite P1
3.4.4. Kết quả tối ưu hàm lượng DNA khuôn cho cặp mồi microsatellite N1
3.5. Kết quả kiểm tra tính ổn định của phản ứng PCR và sàng lọc các cặp mồi microsatellite.
3.6 Kết quả phân tích đa dạng di truyền của bốn quần đàn tôm sú
3.6.1 Kết quả thông tin đa hình của 4 quần đàn tôm sú: Ấn Độ Dương, Thái Bình Dương, Gia Hóa và Nội Địa.
3.6.2 Sự khác biệt di truyền của các quần đàn mẫu phân tích
Hình 3.1. Kết quả trích ly DNA trên mẫu chân bơi tôm sú
Hình 3.2. Tối ưu nhiệt độ bắt cặp ở cặp mồi microsatellite W1 khi tiến hành phản ứng PCR theo gradient nhiệt độ
Hình 3.2. Tối ưu nhiệt độ bắt cặp ở cặp mồi microsatellite W1 khi tiến hành phản ứng PCR theo gradient nhiệt độ
Hình 3.3. Tối ưu nhiệt độ bắt cặp ở cặp mồi microsatellite P1 khi tiến hành phản ứng PCR theo gradient nhiệt độ
Hình 3.4. Tối ưu nhiệt độ bắt cặp ở cặp mồi microsatellite L1 khi tiến hành phản ứng PCR theo gradient nhiệt độ
Hình 3.5. Tối ưu nồng độ MgCl2 ở cặp mồi microsatellite W1 khi tiến hành phản ứng PCR theo nhiệt độ tối ưu.
Hình 3.6. Tối ưu nồng độ MgCl2 ở cặp mồi microsatellite P1 khi tiến hành phản ứng PCR theo nhiệt độ tối ưu.
Hình 3.6. Tối ưu nồng độ MgCl2 ở cặp mồi microsatellite P1 khi tiến hành phản ứng PCR theo nhiệt độ tối ưu.
Hình 3.7. Tối ưu nồng độ MgCl2 ở cặp mồi microsatellite L1 khi tiến hành phản ứng PCR theo nhiệt độ tối ưu.
Hình 3.8. Tối ưu nồng độ MgCl2 ở cặp mồi microsatellite N1 khi tiến hành phản ứng PCR theo nhiệt độ tối ưu.
Hình 3.9. Kết quả tối ưu hàm lượng DNA khuôn của cặp mồi microsatellite W1
Hình 3.10. Kết quả tối ưu hàm lượng DNA khuôn của cặp mồi microsatellite L1
Hình 3.11. Kết quả tối ưu hàm lượng DNA khuôn của cặp mồi microsatellite P1
Hình 3.12. Kết quả tối ưu hàm lượng DNA khuôn của cặp mồi microsatellite N1
Hình 3.12. Kết quả tối ưu hàm lượng DNA khuôn của cặp mồi microsatellite N1
Hình 3.13. Kết quả kiểm tra tính ổn định của phản ứng PCR với cặp mồi microsatellite W1
Hình 3.14. Kết quả kiểm tra tính ổn định của phản ứng PCR với cặp mồi microsatellite P1
Hình 3.15. Kết quả kiểm tra tính ổn định của phản ứng PCR với cặp mồi microsatellite N1
Hình 3.16. Kết quả kiểm tra tính ổn định của phản ứng PCR với cặp mồi microsatellite L1
Hình 3.17. Biểu đồ thể hiện hiệu suất PCR (%) của 15 cặp mồi microsatellite
Hình 3.17. Biểu đồ thể hiện hiệu suất PCR (%) của 15 cặp mồi microsatellite
Hình 3.18. Biểu đồ thể hiện số allen của 15 cặp mồi microsatellite
Hình 3.19. Biểu đồ thể hiện giá trị Ho và He theo từng quần đàn tôm sú
CHƯƠNG 4: KẾT LUẬN VÀ KIẾN NGHỊ
4.1 Kết luận
4.2 Kiến nghị
TÀI LIỆU THAM KHẢO
Tài liệu tiếng việt
Tài tiệu tiếng anh
Tài liệu internet
PHỤ LỤC A
PHỤ LỤC B