Đánh giá biến dị di truyền của nguồn tôm sú penaeus monodon bố mẹ thế hệ đầu tiên cho chương trình chọn giống

BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO TRƢỜNG ĐẠI HỌC CÔNG NGHỆ TP HỒ CHÍ MINH ĐỒ ÁN TỐT NGHIỆP ĐÁNH GIÁ BIẾN DỊ DI TRUYỀN CỦA NGUỒN TÔM SÚ (PENAEUS MONODON) BỐ MẸ THẾ HỆ ĐẦU TIÊN CHO CHƢƠNG TRÌNH CHỌN GIỐNG Nghành: CÔNG NGHỆ SINH HỌC Chuyên nghành: CÔNG NGHỆ SINH HỌC Cán hướng dẫn: Th.S BÙI THỊ LIÊN HÀ Sinh viên thực hiện: LÊ THỊ LÝ MSSV: 1151110018 Lớp: 11DSH01 TP Hồ Chí Minh, 2015 LỜI CAM ĐOAN Tôi xin cam đoan Đồ án tốt nghiệp cơng trình nghiên cứu thực tơi thực sở nghiên cứu lý thuyết, nghiên cứu thực nghiệm hỗ trợ từ người hướng dẫn khoa học Thạc sĩ Bùi Thị Liên Hà, thuộc Viện Nghiên cứu Nuôi trồng Thủy sản II Các số liệu, hình ảnh, kết báo cáo trung thực Đề tài có sử dụng số nhận xét, đánh số liệu tác giả, quan tổ chức khác thể phần tài liệu tham khảo Tôi xin chịu trách nhiệm lời cam đoan Tp Hồ Chí Minh, ngày 10 tháng năm 2015 Sinh viên Lê Thị Lý LỜI CẢM ƠN Lời em xin chân thành cảm ơn thầy Th.s Phạm Minh Nhựt - Giảng viên khoa Công nghệ sinh học - Thực phẩm - Môi trường giới thiệu em vào làm đề tài Viện Nghiên cứu Nuôi trồng Thủy sản II Em xin chân thành cảm ơn Ban giám hiệu nhà trường Đại học Công Nghệ TP HCM tạo điều kiện thuận lợi cho em thời gian học tập trường Và đồng gửi lời cảm ơn đến thầy cô thuộc Khoa Công nghệ sinh học - Thực phẩm Mơi trường tận tình giảng dạy, truyền đạt kiến thức cho em suốt thời gian qua Đặc biệt em xin bày tỏ lòng biết ơn sâu sắc đến chị Th.s Bùi Thị Liên Hà anh chị thuộc Phòng Sinh học thực nghiệm bảo ân cần tận tình giúp đỡ em hoàn thành tốt thời gian làm đề tài Cuối em xin gửi lời cảm ơn tới gia đình, bạn bè - người bên em, giúp đỡ tạo điều kiện cho em học tập đạt kết ngày hôm Trong trình nghiên cứu trình làm báo cáo, khó tránh khỏi khiếm khuyết định, em mong nhận phê bình ý kiến đóng góp q thầy giáo Em xin chân thành cảm ơn ! Tp Hồ Chí Minh, ngày 10 tháng năm 2015 Sinh viên Lê Thị Lý Đồ án tốt nghiệp MỤC LỤC MỤC LỤC i DANH MỤC CÁC TỪ VIẾT TẮT v DANH MỤC CÁC BẢNG vii DANH MỤC CÁC BIỂU ĐỒ, ĐỒ THỊ, SƠ ĐỒ, HÌNH ẢNH .viii LỜI MỞ ĐẦU 1 Tính cấp thiết đề tài Mục đích nghiên cứu Mục tiêu nghiên cứu CHƢƠNG TỔNG QUAN TÀI LIỆU 1.1 Giới thiệu tôm sú 1.1.1 Phân loại 1.1.2 Cấu tạo 1.1.3 Phân bố 1.1.4 Chu kì sống 1.1.5 Sinh sản 1.1.6 Đặc điểm sinh trưởng 1.2 Giới thiệu chung đa dạng di truyền 1.2.1 Đa dạng di truyền 1.2.2 Quần thể 10 1.2.3 Sự đa dạng di truyền quần thể 11 1.2.4 Nguyên nhân dẫn đến đa dạng di truyền quần thể 11 1.2.5 Vai trò di truyền di truyền quần thể nuôi trồng thủy sản 12 1.3 Kỹ thuật Microsatellite 14 1.3.1 Định nghĩa Microsatellite 14 1.3.2 Giới hạn Microsatellite 15 1.3.3 Các loại Microsatellite 16 1.3.4 Sự phát triển Primer Microsatellites 17 1.3.5 Cơ chế hình thành Microsatellite 17 i Đồ án tốt nghiệp 1.3.6 Vai trò Microsatellite 19 1.3.7 Các phương pháp phát Microsatellite 20 1.4 Tình hình nghiên cứu 24 1.4.1 Những nghiên cứu đa dạng di truyền nước 25 1.4.2 Những nghiên cứu đa dạng di truyền giới 26 CHƢƠNG VẬT LIỆU VÀ PHƢƠNG PHÁP 28 2.1 Thời gian địa điểm nghiên cứu 28 2.2 Vật liệu nghiên cứu 28 2.2.1 Nguyên liệu 28 2.2.2 Hóa chất thí nghiệm 30 2.2.3 Các hóa chất ly trích DNA 31 2.2.4 Hóa chất chạy PCR 32 2.2.5 Hóa chất chạy điện di agarose 32 2.2.6 Hóa chất chạy điện di mao quản 32 2.2.7 Dụng cụ thiết bị 32 2.3 Phương pháp nghiên cứu 33 2.3.1 Phương pháp thu mẫu 33 2.3.2 Phương pháp ly trích DNA tổng số 33 2.3.3 Phương pháp kiểm tra độ tinh định lượng DNA 35 2.3.4 Phương pháp PCR (Polymerase Chain Reaction) 36 2.3.5 Phương pháp điện di 43 2.3.6 Phân tích thống kê đa dạng di truyền bốn quần đàn mẫu tôm sú phần mềm Cervus, Fstat 46 CHƢƠNG 3: KẾT QUẢ VÀ THẢO LUẬN 48 3.1 Kết trích ly DNA 48 3.2 Khảo sát nhiệt độ bắt cặp cặp mồi Microsatellite 50 3.2.1 Khảo sát nhiệt độ bắt cặp cặp mồi microsatellite W10 mẫu tôm sú AA4, TT1, GT3, NG12, đại diện cho 16 phép phối 50 ii Đồ án tốt nghiệp 3.2.2 Khảo sát nhiệt độ bắt cặp cặp mồi microsatellite P1 mẫu tôm sú AA4, TT1, NG12, GT3 đại diện cho 16 phép phối 52 3.2.3 Khảo sát nhiệt độ bắt cặp cặp mồi microsatellite L1 mẫu tôm sú AA4, TT1, NG12, GT3 đại diện cho 16 phép phối 53 3.3 Khảo sát nồng độ MgCl2 54 3.3.1 Microsatellite W10 với nồng độ MgCl2 phản ứng PCR 55 3.3.2 Microsatellite P1 với nồng độ MgCl2 phản ứng PCR 55 3.3.3 Microsatellite L1 với nồng độ MgCl2 phản ứng PCR 57 3.4 Khảo sát hàm lượng DNA 58 3.4.1 Khảo sát hàm lượng DNA khuôn tối ưu cho cặp mồi Microsatellite W10 58 3.4.2 Khảo sát hàm lượng DNA khuôn tối ưu cho cặp mồi Microsatellite P1 59 3.5 Khảo sát tính hoạt động phản ứng PCR sàng lọc cặp mồi Microsatellite …………………………………………………………… 60 3.5.1 Khảo sát tính hoạt động phản ứng PCR 60 3.5.2 Sàng lọc các cặp mồi Microsatellite 62 3.6 Khảo sát đa dạng di truyền mười sáu phép phối tơm sú đàn phân tích 64 3.6.1 Tính đa dạng di truyền mười sáu phép phối tôm sú đàn 64 3.6.2 Kiểm tra cân Hardy - Weinberg 69 3.6.3 Sự khác biệt di truyền phép phối mẫu phân tích 69 CHƢƠNG 4: KẾT LUẬN VÀ KIẾN NGHỊ 73 4.1 Kết luận…………………………………………………………… 73 4.2 Kiến nghị………………………………………………………… 74 TÀI LIỆU THAM KHẢO 75 Tài liệu Tiếng Việt 75 Tài liệu Tiếng Anh 76 Tài liệu từ Internet 77 PHỤ LỤC PHỤ LỤC A Kết xử lý số liệu hai phần mềm Fstat cervus A.1 Chỉ số phong phú alen 16 phép phối 10 microsatellite loci iii Đồ án tốt nghiệp A.2 Chỉ số cận huyết 16 phép phối 10 microsatellite loci A.3 Sự khác biệt di truyền 16 phép phối mẫu phân tích A.4 Các số đánh giá biến dị di truyền 16 phép phối PHỤ LỤC B Một số hình ảnh phân tích DNA từ máy điện di mao quản B.1 Microsatellite P1: Mẫu D9, đồng hợp tử 134 - 134 B.2 Microsatellite P4: Mẫu E9, đồng hợp tử 211 - 211 B.3 Microsatellite W10: Mẫu A10, dị hợp tử 116 - 112 B.4 Microsatellite L1: Mẫu A8, dị hợp tử 165 - 179 iv Đồ án tốt nghiệp DANH MỤC CÁC TỪ VIẾT TẮT ***: Không cân di truyền Hardy - Weinberg với mức ý nghĩa sau hiệu chuẩn với Bonferroni p < 0,0042 µg: Microgram µl: Microlite µM: Micromol/lite AFLP: Amplified Fragment Length Polymorphism Ar: Allelic richness (mức độ phong phú alen) Bp: Base pair CE: Capillary Electropherosis (Điện di mao quản) DMS: Dimethyl sulfoxide DNA: Deoxyribonucleic acid dNTP: Deoxyribonucleotide triphosphate EBV: Estimated Breeding Value (giá trị chọn giống ) EDTA : Ethylene diamine tetraacetic acid EFF: Electric Field Force EOF: Electro - Osmotic Flo Fis: Chỉ số cận huyết Fst: Sự sai khác di truyền GTE: Glucose - Tris - EDTA He: Expected heterozygosity (dị hợp tử mong đợi) Ho: Observed heterrozygosity (dị hợp tử phát hiện) HWE: Cân Hardy - Weinberg ISSR: Inter Simple Sequence Repeats M: Ladder DNA Marker: Chỉ thị mM: Milimolar (milimol/lite) Na: Number of alleles per locus (số lượng alen locus) NS: Khơng khác biệt có ý nghĩa v Đồ án tốt nghiệp NST: Nhiễm sắc thể PCR: Polymerase chain reaction PIC: Polymorphic Information Content (thơng tin đa hình) RAPD: Randomly Amplified Polymorphic DNA RFLP: Restriction Fragment Length Polymorphism SDS: Sodium Dodecyl Sulphate SSR: Single sequence repeat - Microsatellite STE: Sodium Chloride - Tris - EDTA Ta: Annealing temperature (nhiệt độ bắt cặp) TBE: Tris Borate EDTA Tm: Melting temperature (nhiệt độ nóng chảy) VNCNTTS I: Viện Nghiên Cứu Ni Trồng Thủy Sản I VNCNTTS II: Viện Nghiên Cứu Nuôi Trồng Thủy Sản II VNTR : Variable Number Tamdem Repeat vi Đồ án tốt nghiệp DANH MỤC CÁC BẢNG Bảng 2.1 Danh sách 69 gia đình mẫu tơm sú đàn .28 Bảng 2.2 Thông tin cặp mồi microsatellite .30 Bảng 2.3 Gradient nhiệt độ lai cho cặp mồi microsatellite .40 Bảng 2.4 Nồng độ MgCl2 khảo sát cho cặp mồi microsatellite 41 Bảng 2.5 Hàm lượng DNA khuôn khảo sát cho cặp mồi microsatellite 41 Bảng 2.6 Thành phần buffer, dNTP, cặp mồi Microsatellite (Primer), DNA, Taq polymerase cho phản ứng PCR .42 Bảng 3.1 Kết đo OD kiểm tra độ tinh xác định nồng độ DNA 48 Bảng 3.2 Nhiệt độ bắt cặp (Ta) thích hợp cho cặp mồi microsatellite 54 Bảng 3.3 Nồng độ MgCl2 tối ưu cặp mồi microsatellite cho phản ứng PCR 57 Bảng 3.4 Hàm lượng DNA khuôn tối ưu cặp mồi microsatellite cho phản ứng PCR 60 Bảng 3.5 Hiệu suất PCR số alen 19 cặp mồi microsatellite 28 mẫu 60 DNA tôm sú 60 Bảng 3.6 Đặc điểm đa dạng di truyền chung microsatellite 16 tổ hợp tôm sú đàn nghiên cứu 64 Bảng 3.7 Biến động hệ số dị hợp tử mong đợi (He) 16 tổ hợp tôm sú đàn 67 Bảng 3.8 Chỉ số phong phú alen (Allelic richness) 68 Bảng 3.9 Giá trị Fst phân tích tổ hợp tôm sú đàn .70 Bảng 4.1 Kết khảo sát nhiệt độ bắt cặp tối ưu, nồng độ MgCl2 nồng độ DNA cho 10 cặp mồi microsatellite 73 vii Đồ án tốt nghiệp CHƢƠNG 4: KẾT LUẬN VÀ KIẾN NGHỊ 4.1 Kết luận Bảng 4.1 Kết khảo sát nhiệt độ bắt cặp tối ưu, nồng độ MgCl2 nồng độ DNA cho 10 cặp mồi microsatellite Hàm lượng DNA Tên mồi Nồng độ MgCl2 khn (ng) 20 (mM) µl thể tích phản ứng Nhiệt độ (oC) PCR P1 1,875 75 57,4 P2 1,875 75 57,4 P4 1,875 75 49,4 P5 1,875 75 49,4 P7 1,875 75 49,4 L1 2,5 75 61,2 L3 2,5 75 61,2 L4 2,5 75 61,2 W2 2,5 50 53 W10 2,5 50 53 Kết đánh giá biến dị di truyền dựa 10 microsatellite loci khảo sát cho thấy: Giá trị đa dạng di truyền nhóm tơm sú đàn phối ghép từ mẹ có nguồn gốc Gia hóa thấp sai khác di truyền nhóm tơm cao so với nhóm tơm sú đàn phối ghép từ ba nhóm tơm mẹ Ấn Độ Dương, Thái Bình Dương Nội Địa nhà quản lý chọn giống cần ý hạn chế việc cho lai hai vùng đàn để tránh xảy cận huyết Điều phần hỗ trợ cho nhà quản lý yên tâm chương trình chọn giống Tuy nhiên, cần thận trọng với giải pháp bắt cặp gia đình phép phối nhóm chọn giống có số cận huyết cao số khác biệt di 73 Đồ án tốt nghiệp truyền thấp; hạn chế việc cho phối cặp với cá thể có quan hệ gần để tránh tượng lai gần làm suy giảm giá trị biến dị di truyền 4.2 Kiến nghị Microsatellite (SSR) thị phân tử triển vọng để phân tích đa dạng di truyền Tuy nhiên, phạm vi đề tài sử dụng số lượng cặp mồi microsatellite hạn chế Do cần tiếp tục nghiên cứu, phát triển thêm nhiều cặp mồi microsatellite để đánh giá đa dạng di truyền với độ tin cậy cao hơn, phục vụ cho cơng tác chọn giống Vì thời gian điều kiện đề tài không cho phép nên nhóm nghiên cứu chưa có điều kiện để tiến hành phân tích sản phẩm PCR lần gel cartrige có độ phân giải cao, khơng phân biệt alen có kích thước khác biệt từ - nucleotide Vì đề nghị nên phân tích sản phẩm PCR gel cartrige có độ phân giải cao để đánh giá xác số alen locus 74 Đồ án tốt nghiệp TÀI LIỆU THAM KHẢO Tài liệu Tiếng Việt Bùi Chí Bửu, Nguyễn Thị Lang (1999) Di truyền phân tử - Những nguyên tắc chọn giống trồng, Nhà xuất Nông nghiệp, Thành Phố Hồ Chí Minh Hồ Huỳnh Thùy Dương (1997) Sinh học phân tử, Nhà xuất Giáo Dục, Thành Phố Hồ Chí Minh Lê Đình Lương, Phan Cự Nhân (2007) Cơ sở di truyền học, Nhà xuất Giáo Dục, Hà Nội Lưu Hoàng Ly (1991) Thực nghiệm số biện pháp kỹ thuật sản xuất giống tôm thẻ Gành Hào - Giá Rai - Minh Hải, Luận văn tốt nghiệp đại học, Đại học Cần Thơ, Cần thơ Nguyễn Thanh Phương, Thạch Thanh, Trương Trọng Nghĩa (1999) Cải thiện nâng cao hiệu sản xuất giống tôm sú (Penaeus monodon) hệ thống lọc sinh học, Nơng Nghiệp Phần II, Tuyển tập cơng trình nghiên cứu Khoa Học, Đại học Cần Thơ, Cần Thơ: 185 - 190 Nguyễn Thành Tâm, Phạm Thanh Liêm (2012) So sánh đa dạng di truyền tôm xanh Việt Nam tôm xanh Trung Quốc sử dụng phương pháp Microsatellite RAPD, Tạp chí Khoa học 6: 135 - 142 Nguyễn Thị Thảo, Quyền Đình Thi, Đào Thị Tuyết, Lê Thị Thu Giang, Phạm Anh Tuấn (2004) Đánh giá tính đa dạng ba quần đàn tôm sú (Penaeus monodon) nuôi Việt Nam phương pháp Microsatellite, Tạp chí Cơng nghệ Sinh học (3): 315 - 324 Nguyễn Văn Chung, Lê Thị Hồng, Lê Đức Minh, Nguyễn Thanh Tùng, Trần Văn Trọng, Hà Lê Thị Lộc, Nguyễn Thị Kim Bích (1997) Nghiên cứu khả sinh sản tôm sú (Penaeus monodon Fabricius) từ nguồn ni ao đìa, Tuyển tập báo cáo khoa học hội nghị sinh học biển toàn quốc lần thứ nhất, 425 - 430 Phạm Văn Tình (2004) Kỹ thuật sản xuất giống tôm sú chất lượng cao, Nhà xuất Nơng Nghiệp, Thành Phố Hồ Chí Minh 75 Đồ án tốt nghiệp 10 Phạm Thành Hổ (2007) Di truyền học, Nhà xuất Giáo dục, Thành Phố Hồ Chí Minh 11 Trần Ngọc Hải, Trần Thị Thanh Hiền (1999) Giáo trình kỹ thuật ni thức ăn tự nhiên, Đại học Cần Thơ, Cần Thơ Tài liệu Tiếng Anh 12 Falconer D.S., (1989) Introduction to Quantitative Gienetics, Ed Longmans Green/John Wiley & Sons, Harlow, Essex, UK/New York 13 Griffiths Anthony JF (2000) An Introduction to Gienetic Analysis, 7th edition, Publisher New York: Harper & Row 14 Gjedrem T., (2005) Selection and Breeding Programs in Aquaculture, Springer ISBN - 101 - 4020 - 3341 - 9.364 p 15 Hansen L.P., Windsor M.L., Youngson A.F., (1997) Interactions between salmon culture and wild stocks of Atlantic salmon, The scientific and management issues, ICES Journal of Marine Science 54: 963 - 1225 16 Hartl DL, Clark AG (1997) Principles of Population Gienetics, 3rd ed., Sinauer Associates Inc., Sunderland, Massachusets, ISBN: - 87893 - 306 - 17 Jeremy J Agresti, Shingo Seki, Avner Cnaani, Supawadee Poompuang, Eric M Hallerman, Nakdimon Umiel, Gideon Hulata, Graham A.E.Gall, Bernie May (2000) Breeding new strains of tilapia: development of an artificial center of origin and linkage map based on AFLP and microsatellite loci, Aquaculture 185: 43 - 56 18 Kottelat M., Whitten T., (1996) Freshwater biodiversity in Asia with special reference to fish, Work band technical paper No, 343, Washington, 59 pp 19 Li, ctv, (2007) Development of two microsatellite multiplex systems for black tiger shrimp Penaeus monodon and its application in gienetic diversity study for two Aquaculture 266: 279 - 288 20 Miller, S A Dykes, D D Polesky (1988) A simple salting out procedure for extracting, Nucleic Acids Research 16, 31 - 215 21 Motoh H., (1981) Aquaculture Department 76 Southeast Asian Fisheries, Đồ án tốt nghiệp Development Center, Iloilo, Philippine, 128 p 22 Mustafa S., (2003) Stock enhancement and sea ranching: objectives and potential Reviews in Fish Biology and Fisheries 13(2), 141 - 149 23 Pan, ctv, 2004 Isolation andcharacterization of 23 polymorphic microsatellite markers for diversity and stock analysis in tiger shrimp (Penaeus monodon), Molecular Ecology Notes 4, 345 - 347 24 Raymond, M., Rousset, F., 199 Powell W; Morgante M; Andre C; Hanafey M; Vogel J; Tingey S; Rafalski A (2004) The comparison of RFLP, RAPD, AFLP and SSR (Microsatellite) markers for germplasm analysis Genetics and Molecular Biology, 27, 4: 579 - 588 25 Ridley M., (1993) Evolution, Blackwell Scientific Publishing, Boston 26 Suzuki DT, Griffiths AJF, Miller JH, Lewontin RC (1989) An Introduction to Gienetic Analysis, 4th ed., W - H Freeman and Company, New York 27 Wuthisuthimethavee S, Lumubol P, Vanavichit A, Tragoonrung S (2003) Development of microsatellite markers in black tiger shrimp (Penaeus monodonFabricius), Aquaculture, 224, 39 - 50 28 Xu Z, Dhar AK, Wyrzykowski J, Alcivar - Warren A (1999) Identification of abundant and informative microsatellites fromshrimp (Penaeus monodon) gienome, Animal Gienetics, 30, 150 - 156 Yablokov 29 V.A (1986) Population Biology: Progress and Problems on Natural Populations, Mir Publishers, Moscow Tài liệu từ Internet 30 Đỗ Văn Thông Kinh nghiệm áp dụng tiêu chuẩn ASC, 2/2013, http://vietfish.org/2013030305363790p48c73/kinh-nghiem-ap-dung-tieuchuanasc.htm 31 Theo công văn 4276/BNN-TCTS (14/12/2012) Báo cáo tình hình sản xuất giải pháp tháo gỡ khó khăn cho Tơm, cá Tra Bộ Nơng nghiệp Phát triển nông thôn, 3/2013, 77 Đồ án tốt nghiệp http://thuvienphapluat.vn/archive/Cong-van-4276-BNN-TCTS-bao-cao-tinh-hinhsan-xuat-va-giai-phap-thao-go-kho-khan-vb153232.aspx 32 Powell W; Morgante M; Andre C; Hanafey M; Vogel J; Tingey S; Rafalski A: Gienetics and Molecular Biology, 27, 4, 579 - 588 Copyright by the Brazilian Society of Gienetics, Printed in Brazilwww.sbg.org.br 78 Đồ án tốt nghiệp PHỤ LỤC PHỤ LỤC A Kết xử lý số liệu hai phần mềm Fstat cervus ******************************************************************* ******************************************************************* ****** * The following results were generated the 7/15/2015 at 2:32:25 PM with Fstat for windows, V2.9.3 (Feb 2002) from file CCGENEPOP.dat * ******************************************************************* ******************************************************************* ****** pop1 pop11 pop2 pop12 pop3 pop13 pop4 pop14 pop5 pop15 pop6 pop7 pop8 pop16 Pop1: Phối mẹ Ấn Độ Dương với bố Ấn Độ Dương Pop2: Phối mẹ Ấn Độ Dương với bố Gia Hóa Pop3: Phối mẹ Ấn Độ Dương với bố Nội Địa Pop4: Phối mẹ Ấn Độ Dương với bố Thái Bình Dương Pop5: Phối mẹ Nội Địa với bố Ấn Độ Dương Pop6: Phối mẹ Nội Địa với bố Nội Địa Pop7: Phối mẹ Nội Địa với bố Gia Hóa Pop8: Phối mẹ Nội Địa với bố Thái Bình Dương Pop9: Phối mẹ Gia hóa với bố Gia Hóa Pop10: Phối mẹ Gia Hóa với bố Nội Địa Pop11: Phối mẹ Gia hóa với bố Ấn Độ Dương Pop12: Phối mẹ Gia hóa với bố Thái Bình Dương Pop13: Phối mẹ Thái Bình Dương với bố Ấn Độ Dương Pop14: Phối mẹ Thái Bình Dương với bố Nội Địa Pop15: Phối mẹ Thái Bình Dương với bố Gia hóa Pop16: Phối mẹ Thái Bình Dương với bố Thái Bình Dương ************************************************ pop9 pop10 Đồ án tốt nghiệp A.1 Chỉ số phong phú alen 16 phép phối 10 microsatellite loci Allelic Richness per locus and population based on sample size of: diploid individuals P2 2.804 2.775 2.600 2.410 2.891 2.971 1.887 1.761 2.867 2.367 2.466 2.960 2.659 1.587 1.887 2.619 2.865 W2 4.605 4.117 4.286 3.682 3.521 2.998 3.940 3.761 4.002 3.126 4.309 3.945 3.972 2.441 3.842 2.000 4.137 W10 3.183 3.759 3.167 3.891 2.500 2.947 3.804 3.752 3.751 3.322 3.587 2.196 2.729 3.540 3.594 3.654 3.861 P4 1.927 1.998 2.908 1.998 1.000 2.000 1.000 1.000 2.887 1.992 2.787 2.960 2.988 2.918 2.886 2.930 2.865 P5 3.498 2.694 3.760 3.212 2.000 2.760 3.273 2.754 2.736 2.000 2.910 2.885 3.144 2.902 2.988 2.441 3.199 P7 2.969 1.999 2.851 2.342 1.999 2.754 1.998 1.993 1.998 2.440 2.525 2.325 1.997 2.139 1.992 2.658 2.484 L1 2.737 2.909 2.803 2.853 1.981 2.000 2.661 2.453 2.416 1.999 2.512 2.699 2.891 1.952 2.579 1.952 2.860 L3 2.951 2.765 2.952 2.729 1.000 2.849 2.874 2.500 2.960 2.835 2.561 2.616 2.806 2.908 2.971 2.892 2.880 L4 1.691 2.000 1.979 2.000 1.953 2.761 2.863 2.947 1.725 1.944 2.888 1.363 3.063 3.582 2.973 2.871 3.026 ************************************************ A.2 Chỉ số cận huyết 16 phép phối 10 microsatellite loci Fis Per population : P1 0.053 0.431 -0.218 -0.067 1.000 0.000 0.709 -0.111 0.857 0.310 0.639 0.155 0.611 0.083 0.721 0.918 P2 0.197 -0.037 0.708 0.380 0.612 1.000 0.329 -0.048 0.583 0.303 0.508 0.850 0.465 -0.045 0.184 0.209 Đồ án tốt nghiệp W2 0.338 0.604 0.465 0.577 0.753 1.000 0.357 0.880 0.750 0.714 0.663 0.863 0.578 1.000 0.505 1.000 W10 0.542 0.707 0.436 0.639 0.417 0.019 0.462 0.444 0.768 0.588 0.542 0.931 0.847 -0.088 0.206 0.538 P4 0.169 0.737 0.840 -0.568 NA 1.000 NA NA 1.000 1.000 0.833 0.648 0.364 0.143 0.803 0.487 P5 0.623 0.703 0.818 0.004 -0.111 0.714 0.763 0.681 0.668 1.000 0.678 0.525 0.706 1.000 0.329 0.851 P7 0.914 0.483 0.400 0.924 1.000 1.000 1.000 1.000 0.942 1.000 0.852 0.751 0.883 1.000 1.000 0.821 L1 0.392 0.556 0.477 0.425 -0.222 -0.400 0.381 0.654 0.769 0.731 0.938 0.160 0.512 0.055 0.093 0.329 L3 0.192 0.217 0.472 0.426 NA 0.820 0.456 0.855 0.956 0.442 0.626 0.787 0.414 0.020 0.691 0.321 L4 -0.079 0.913 0.392 0.391 0.436 0.728 0.899 1.000 0.792 0.064 0.907 - 0.018 0.943 0.339 0.737 0.567 All 0.382 0.536 0.474 0.328 0.566 0.674 0.592 0.688 0.810 0.639 0.716 0.619 0.617 0.336 0.523 0.606 ************************************************ A.3 Sự khác biệt di truyền 16 phép phối mẫu phân tích pop2 pop3 pop12 pop13 pop4 pop14 pop5 pop15 pop6 pop7 pop8 pop9 pop10 pop11 pop16 pop1 0.00042 0.00042 0.00042 0.00042 0.00042 0.00042 0.00042 0.00042 0.00042 pop2 0.00042 0.00042 0.00083 0.00042 0.00042 0.00042 0.00042 0.00042 pop3 0.00042 0.00042 0.00042 0.00042 0.00042 0.00042 0.00042 0.00042 0.00042 0.00042 0.00042 0.00042 0.00042 0.00042 0.00042 0.00042 0.00042 0.00042 0.00042 0.00042 0.00042 0.00042 0.00042 0.00042 0.00042 Đồ án tốt nghiệp pop4 0.00042 0.00042 0.00042 0.00042 0.00042 pop5 0.00042 0.00042 0.00042 0.00042 0.00042 0.00083 0.00042 0.00042 0.00042 0.00042 0.00042 0.00250 0.00042 0.00167 0.00042 0.00042 0.00042 0.00042 0.00083 0.00208 0.00042 0.00500 0.00042 pop7 0.00042 0.00042 0.00042 pop6 0.00042 0.00042 0.00042 0.00042 0.00042 0.00042 0.00042 0.00042 0.00042 0.00042 pop8 0.00042 0.00042 0.00083 0.00125 0.00042 0.00042 0.00292 0.00125 0.00167 0.00208 0.00042 0.00042 0.00042 0.00042 0.00042 0.00042 0.00042 0.00042 0.00042 0.00042 pop9 0.00042 pop10 0.00042 pop11 0.00042 0.00042 0.00042 0.00042 0.00042 pop12 0.00042 0.00042 0.00042 0.00042 pop13 0.00042 0.00042 0.00042 pop14 0.00042 0.00042 pop15 0.00083 P-values obtained after : 2400 permutations Indicative adjusted nominal level (5%) for multiple comparisons is : 0.000417 pop2 pop11 pop1 pop3 pop12 pop13 * * pop4 pop5 pop6 pop14 pop15 * * pop7 pop8 pop9 pop10 pop16 * * * * * * * Đồ án tốt nghiệp * * pop2 * * * * * NS * * pop3 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * NS * NS * * * * NS NS * * NS * * * * * * NS * NS * * NS * * * * pop5 * * * pop4 * * * pop6 * * * NS pop7 * * * * pop8 * NS NS NS pop9 * * * * pop10 * * * * pop11 * * * * * * * * * * * * * pop12 * pop13 pop14 pop15 NS Đồ án tốt nghiệp A.4 Các số đánh giá biến dị di truyền 16 phép phối Cervus 3.0.7 - (c) Copyright Tristan Marshall 1998 - 2014 Licensed for non - commercial use only Allele frequency analysis completed 7/15/2015 2:30:31 PM **** Summary statistics **** Locus k N HObs HExp PIC NE-1P NE-2P NE-PP NE-I NE-SI HW F(null) P1 394 0.371 0.701 0.646 0.727 0.558 0.385 0.144 0.436 *** 401 0.242 0.608 0.530 0.815 0.679 0.532 0.231 0.504 *** 406 0.244 0.734 0.688 0.678 0.503 0.321 0.116 0.412 *** 400 0.303 0.746 0.698 0.677 0.501 0.328 0.112 0.405 *** 390 0.210 0.600 0.525 0.821 0.682 0.535 0.235 0.509 *** 395 0.215 0.651 0.582 0.779 0.628 0.469 0.191 0.473 *** 406 0.074 0.520 0.430 0.865 0.760 0.636 0.321 0.570 *** 386 0.272 0.563 0.500 0.842 0.698 0.548 0.254 0.532 *** 389 0.285 0.613 0.536 0.813 0.674 0.527 0.227 0.501 *** 399 0.153 0.574 0.511 0.831 0.685 0.527 0.244 0.524 *** 0.3114 P2 0.4353 W2 0.5192 W10 0.4222 P4 0.4687 P5 0.5012 P7 0.7487 L1 0.3373 L3 0.3599 L4 0.5812 Number of individuals: 408 Number of loci: 10 Đồ án tốt nghiệp Mean number of alleles per locus: 3.600 Mean proportion of loci typed: 0.9721 Mean expected heterozygosity: 0.6310 Mean polymorphic information content (PIC): 0.5646 Combined non - exclusion probability (first parent): 0.08543091 Combined non - exclusion probability (second parent): 0.01002873 Combined non - exclusion probability (parent pair): 0.00052084 Combined non - exclusion probability (identity): 0.00000009 Combined non - exclusion probability (sib identity): 0.00070491 PHỤ LỤC B Một số hình ảnh phân tích DNA từ máy điện di mao quản B.1 Microsatellite P1: Mẫu D9, đồng hợp tử 134 - 134 Đồ án tốt nghiệp B.2 Microsatellite P4: Mẫu E9, đồng hợp tử 211 - 211 B.3 Microsatellite W10: Mẫu A10, dị hợp tử 116 - 112 Đồ án tốt nghiệp B.4 Microsatellite L1: Mẫu A8, dị hợp tử 165 - 179 B.5 Microsatellite L4: Mẫu H3, đồng hợp tử 209 - 209 ... gia vào đề tài ? ?Đánh giá biến dị di truyền nguồn tôm sú (Penaeus monodon) bố mẹ hệ cho chương trình chọn giống? ?? nhằm cung cấp sở khoa học cho chương trình chọn giống tơm sú quốc gia Đề tài thực... ni trồng thủy sản, thành di truyền đạt từ chương trình chọn giống phụ thuộc chủ yếu vào tích lũy đầy đủ đa dạng di truyền có mặt nguồn bố mẹ Mức độ biến dị di truyền di? ??n quần thể khảo sát chi... dạng biến dị di truyền loài, quần xã loài, quần xã Xét cho cùng, đa dạng di truyền biến dị tổ hợp trình tự bốn cặp bazơ bản, thành phần acid nucleic, tạo thành mã di truyền (Griffiths, 2000) Di truyền