Mục tiêu chính của luận án là xác định sự phân bố các typ huyết thanh của các chủng phế cầu gây bệnh tại một số địa phương ở Việt Nam; Xác định tình trạng kháng kháng sinh của các chủng phế cầu gây bệnh tại một số địa phương ở Việt Nam; Mối liên quan giữa typ huyết thanh và tính kháng kháng sinh của vi khuẩn Streptococcus pneumoniae.
ĐẠI HỌC QUỐC GIA HÀ NỘI TRƢỜNG ĐẠI HỌC KHOA HỌC TỰ NHIÊN TỐNG THỊ HÀ NGHIÊN CỨU SỰ LƢU HÀNH CÁC TYP HUYẾT THANH VÀ KIỂU GEN KHÁNG KHÁNG SINH CỦA Streptococcus pneumoniae GÂY BỆNH BẰNG KỸ THUẬT PCR ĐA MỒI TẠI MỘT SỐ ĐỊA PHƢƠNG Ở VIỆT NAM Chuyên ngành: Vi sinh vật học Mã số: 62420107 DỰ THẢO TÓM TẮT LUẬN ÁN TIẾN SĨ SINH HỌC Hà Nội, 2017 Cơng trình đƣợc hồn thành tại: Trường Đại học Khoa học Tự nhiên - Đại học Quốc gia Hà Nội Viện Vệ sinh Dịch tễ Trung ương Ngƣời hƣớng dẫn khoa học: GS.TS Đặng Đức Anh GS TS Phạm Văn Ty Phản biện 1: Phản biện 2: Phản biện 3: Luận án bảo vệ trước Hội đồng cấp Đại học Quốc gia chấm luận án Tiến sĩ họp Trường Đại học Khoa học Tự nhiên vào hồi …giờ …, ngày …tháng …năm 201 Có thể tìm hiểu luận án tại: - Thư viện Quốc gia Việt Nam; - Trung tâm thông tin thư viện - Đại học Quốc gia Hà Nội MỞ ĐẦU Phế cầu khuẩn (Streptococcus pneumoniae) tác nhân vi khuẩn chủ yếu gây nhiễm khuẩn nghiêm trọng trẻ em người già viêm phổi, viêm màng não mủ nhiễm khuẩn huyết Vi khuẩn Streptococcus pneumoniae có vỏ khơng có vỏ polysaccharide Kháng nguyên vỏ kháng nguyên quan trọng để phân loại S pneumoniae, đồng thời kháng ngun đóng vai trị quan trọng trình sinh bệnh lan truyền bệnh cộng đồng Dựa khác biệt tính kháng nguyên vỏ, người ta phân loại vi khuẩn S pneumoniae thành 90 typ huyết khác Kháng thể kháng vỏ thường kháng thể đặc hiệu có hiệu lực bảo vệ Vắc xin phế cầu sử dụng vắc xin cộng hợp, bao gồm số loại kháng nguyên vỏ polysaccharide vi khuẩn S pneumoniae Phương pháp kinh điển cho chẩn đoán typ huyết vi khuẩn Streptococcus pneumoniae phản ứng phồng vỏ Quellung Phương pháp thường tốn kém, nhiều thời gian, dễ gây dương tính giả phản ứng chéo kháng huyết thanh, lại không phát trường hợp đồng nhiễm nhiều typ Phương pháp xác định typ huyết sử dụng cho nghiên cứu trước Việt Nam kỹ thuật nuôi cấy kinh điển Trong vài năm gần đây, nhiều nước giới phát triển kỹ thuật PCR để định typ huyết có ưu điểm nhanh, nhạy, tốn kém, có tỉ lệ phát cao tỉ lệ đồng nhiễm typ huyết nhiều so với phương pháp thông thường Tuy nhiên, kỹ thuật PCR công bố thường phù hợp cho khu vực nghiên cứu cụ thể hạn chế số lượng typ huyết phát Việc tìm quy trình xét nghiệm khơng dựa ni cấy có độ nhạy độ đặc hiệu cao cho chẩn đoán phần lớn typ huyết lưu hành phế cầu khu vực, quốc gia vấn đề cần thiết Nhiễm trùng S pneumoniae dự phòng vắc xin điều trị kháng sinh thích hợp Tuy nhiên, việc lạm dụng kháng sinh làm xuất lan truyền gen kháng thuốc gây cản trở tiến trình hiệu điều trị Mặc dù tình hình kháng kháng sinh thay đổi theo khu vực hay quốc gia, châu Á tâm điểm kháng kháng sinh Trong đó, nguồn lực sở hạ tầng cho giám sát y tế cộng đồng nghèo nàn Với 70% dân số giới sống khu vực Châu Á Thái Bình Dương kháng kháng sinh khu vực trở thành gánh nặng tồn cầu Chương trình giám sát tỉ lệ mắc, lưu hành typ huyết tính kháng kháng sinh S.pneumoniae thiết lập nhiều nước giới chưa có Việt Nam Xuất phát từ tính cần thiết ý nghĩa thực tiễn, thực đề tài: Nghiên cứu lưu hành typ huyết kiểu gen kháng kháng sinh Streptococcus pneumoniae gây bệnh kỹ thuật PCR đa mồi số địa phương Việt Nam MỤC TIÊU NGHIÊN CỨU Xác định phân bố typ huyết chủng phế cầu gây bệnh số địa phương Việt Nam; Xác định tình trạng kháng kháng sinh chủng phế cầu gây bệnh số địa phương Việt Nam; Mối liên quan typ huyết tính kháng kháng sinh vi khuẩn Streptococcus pneumoniae NHỮNG ĐÓNG GÓP MỚI CỦA LUẬN ÁN Nghiên cứu áp dụng cải tiến quy trình PCR đa mồi xác định typ huyết phù hợp với điều kiện Việt Nam Kỹ thuật có ưu điểm nhanh, nhạy, tốn kém, có tỉ lệ phát cao tỉ lệ đồng nhiễm typ huyết nhiều so với phương pháp thông thường Đưa số liệu tổng quan typ huyết lưu hành tình trạng kháng kháng sinh giúp hoạch định chiến lược triển khai vắc xin dự phịng lựa chọn kháng sinh thích hợp Cung cấp số liệu cho chương trình giám sát nước nước khu vực Hiện chưa có nghiên cứu Việt Nam có phân tích mối liên quan typ huyết gen kháng kháng sinh Phân tích bên cạnh việc cho thấy hiệu vắc xin việc làm giảm lưu hành gen kháng kháng sinh, cịn dự đốn xu hướng typ huyết trội sau triển khai tiêm vắc xin cho trẻ để có biện pháp thay đổi chiến lược dự phòng CẤU TRÚC CỦA LUẬN ÁN Luận án bao gồm 120 trang không kể tài liệu tham khảo phụ lục; gồm chương, 30 bảng, 38 hình, tham khảo 185 tài liệu nước Bố cục luận án gồm: Mở đầu trang, tổng quan 45 trang, vật liệu phương pháp nghiên cứu 20 trang, kết bàn luận 50 trang, kết luận trang, kiến nghị trang; báo có liên quan trực tiếp đến luận án công bố CHƢƠNG TỔNG QUAN TÀI LIỆU 1 Tổng quan chung vi khuẩn Streptococcus pneumoniae Vi khuẩn Streptococcus pneumoniae (S.pneumoniae), gọi phế cầu khuẩn, vi khuẩn Gram dương, kỵ khí tuỳ tiện, tan huyết alpha, có khả tan muối mật khơng sinh enzym catalase Phế cầu có vỏ khơng vỏ Vỏ polysaccharide yếu tố độc lực tế bào, đến phát 93 typ huyết vỏ khác Chủng mang typ huyết khác độc lực, tỷ lệ lưu hành theo vùng địa lý tính kháng kháng sinh Ngồi viêm phổi, phế cầu cịn ngun nhân gây nhiều bệnh xâm lấn khác viêm màng não, nhiễm khuẩn huyết, viêm xương, viêm tai giữa, viêm phế quản, viêm xoang cấp, viêm tai giữa, viêm nội mạc tử cung, viêm màng tim, viêm màng não áp xe não Typ huyết S.pneumoniae Các kháng nguyên vỏ vi khuẩn S pneumoniae sản xuất tổ hợp gen nằm vị trí cps nhiễm sắc thể, xen kẽ hai gen dexB aliA Bốn gen bảo tồn giống tất typ huyết thanh, phần trung tâm locus chứa gen đặc hiệu typ Trình tự nucleotide cps locus tương ứng với 90 typ huyết vi khuẩn phế cầu xác định sở cho việc phân loại vi khuẩn S pneumoniae dựa kỹ thuật sinh học phân tử Tại châu Á, có kiểu typ huyết 1, 5, 6A, 6B, 14, 19F 23F phổ biến chiếm 58%-66% bệnh phế cầu khuẩn xâm lấn quốc gia Tiêm chủng cho trẻ từ sớm giúp giảm thiểu tác hại bệnh phế cầu gây Vắc xin phòng ngừa bệnh sản xuất dựa vỏ polysaccharide Vắc xin liên hợp PCV7, PCV10 PCV13 đưa vào triển khai áp dụng nước/lãnh thổ khu vực châu Á chưa áp dụng Việt Nam Hiệu bảo vệ khu vực chưa công bố ước tính dựa độ bao phủ typ huyết Kháng kháng sinh vi khuẩn Streptococcus pneumoniae S pneumoniae kháng kháng sinh lần xuất từ thập niên 70, sau gia tăng nhanh chóng tồn cầu Sự xuất chủng Streptococcus pneumoniae kháng thuốc (drug-resistant Streptococcus pneumoniae - DRSP) gây ảnh hưởng nghiêm trọng tới sức khỏe người cộng đồng Cơ chế sinh học phân tử gây kháng kháng sinh S pneumoniae (chủ yếu β-lactams macrolides) đột biến gây giảm tính cảm thụ protein gắn penicillin (chủ yếu pbp1A, pbp2X, pbp2B) vi khuẩn thay đổi cấu trúc đích (methyl hóa ribosom) gen ermB (gây kháng đồng thời nhiều dòng kháng sinh macrolides, clindamycine tetracycline) hình thành bơm sinh học gây thay đổi tính thấm kháng sinh gen mef A, mef E [21] Vi khuẩn kháng thuốc thường lan truyền cộng đồng qua việc trao đổi kiểu gen gây kháng thuốc vi khuẩn loài hay khác loài Hiện nay, nhà khoa học tiếp tục nghiên cứu để xác định nguồn gốc lan truyền vi khuẩn kháng thuốc đột biến liên quan đến kháng thuốc CHƢƠNG PHƢƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU Thiết kế nghiên cứu - Thiết kế nghiên cứu: Nghiên cứu mô tả cắt ngang kết hợp phân tích - Thời gian địa điểm: Giai đoạn 2009 - 2013 địa điểm: Bệnh viện đa khoa Khánh Hòa, bệnh viện đa khoa Hải Dương bệnh viện Bạch Mai - Đối tượng nghiên cứu: 331 chủng vi khuẩn S pneumoniae phân lập từ trẻ tuổi viêm đường hô hấp cấp tính 2 Các phƣơng pháp đƣợc sử dụng nghiên cứu - Kỹ thuật chẩn đốn ni cấy phân lập: Khuẩn lạc vi khuẩn S pneumoniae mơi trường thạch máu 5%: Trịn, nhỏ, dẹt, khơng màu có xu hướng lõm giữa, xung quanh khuẩn lạc có quầng tan huyết alpha Vi khuẩn hình lưỡi mác hay nến, nối đơi giống hình cặp kính, đứng đơn hay tạo chuỗi ngắn, bắt màu Gram dương Nhạy cảm optochin (Đường kính vịng vơ khuẩn ≥ 14 mm), tan muối mật - Kỹ thuật sàng lọc phế cầu khuẩn PCR đa mồi Các chủng phế cầu phân lập từ kỹ thuật nuôi cấy sàng lọc kỹ thuật PCR Sử dụng cặp gen lytA cpsA đặc hiệu - Kỹ thuật PCR đa mồi phát đồng thời nhiều typ huyết thanh: Áp dụng cải tiến quy trình CDC Hoa Kỳ xác định 40 typ huyết phế cầu Tổ hợp nhóm mồi thiết lập lại cho typ huyết thường gặp Việt Nam xếp theo tần suất xuất từ cao xuống thấp, làm giảm chi phí xét nghiệm mẫu - Kỹ thuật PCR đa mồi phát kiểu gen kháng kháng sinh: Áp dụng cải tiến quy trình Nagai 2001 phát gen đột biến gây kháng kháng sinh: gen pbp1A, pbp2X, pbp2B liên quan đến kháng kháng sinh nhóm beta-lactam; gen ermB mefA gây kháng đồng thời nhiều dòng kháng sinh macrolides, clindamycine tetracycline - Kỹ thuật Nồng độ ức chế tối thiểu (MIC): Nồng độ kháng sinh tăng dần môi trường nuôi cấy, đạt đến nồng độ định ức chế phát triển vi khuẩn, quan sát mắt thường CHƢƠNG KẾT QUẢ VÀ BÀN LUẬN Tỷ lệ phân lập vi khuẩn S.pneumoniae Hình 3.1 Tỷ lệ phân lập S pneumoniae H influenzae Trong số 1076 trẻ tuổi nhập viện viêm đường hô hấp cấp tính, tỷ lệ phân lập H.influenzae cao khu vực Khánh Hịa, sau Bạch Mai Hải Dương với tỷ lệ tương ứng 28,16%, 25,51% 19,62% Trong tỷ lệ đồng nhiễm Streptococcus pneumoniae Heamophillus influenzae ba khu vực tương ứng 14,7%, 12,6% 10,8% Xác định phân bố typ huyết chủng phế cầu 3.2.1 Áp dụng cải tiến quy trình PCR xác định typ huyết Trong nghiên cứu này, áp dụng phương pháp PCR đa mồi CDC Tuy nhiên phân bố typ huyết vi khuẩn S.pneumoniae hai quốc gia khác nhau, nên có khác biệt việc xếp tổ hợp mồi phản ứng PCR Sử dụng 36 cặp mồi xác định 40 typ huyết phế cầu, chia thành nhóm phản ứng Đây typ huyết phổ biến gây bệnh phế cầu Hình 3.3 Ảnh điện di quy trình xác định typ huyết kỹ thuật PCR đa mồi Trong số 331 chủng S pneumoniae có tới 83,7% số chủng cần thực phản ứng PCR, 8,5% số chủng thực phản ứng, 2,1% số chủng thực phản ứng, số chủng thực phản ứng có 1,5% Chỉ có 33 chủng (9,97%) phải chạy hết nhóm phản ứng Với cách xếp typ trội đưa lên nhóm phản ứng đầu tiết kiệm nhiều thời gian nguồn lực hạn chế số lần thực xét nghiệm Đây điểm luận án 2 Kết phân bố typ huyết vi khuẩn S pneumoniae Trong tổng số 331 chủng S pneumoniae tiến hành xác định typ huyết kỹ thuật PCR đa mồi xác định 13 typ huyết Các typ huyết chiếm tỷ lệ vượt trội 19F (28,1%), 6A/B (25,4%), 23F(13%), 14(9,7%) 11(7,6%) Các typ lại chiếm tỷ lệ thấp 15B/C (4,5%), 19A (3%), 17F (1,8%), 23A (1,5%), 10A (0,9%), 34 (0,9%), (0,6%), 18 (0,3%) Hình 3.7 Tỷ lệ phân bố typ huyết bệnh viện thuộc phạm vi nghiên cứu Các typ huyết chiếm ưu gây bệnh khác nhóm tuổi, quốc gia thay đổi theo thời gian Bảy kiểu typ huyết (1, 5, 6A, 6B, 14, 19F 23F) phổ biến chiếm 58%-66% bệnh phế cầu khuẩn xâm lấn quốc gia Các serotype nguyên nhân gây nên 300.000 10 vắc xin PCV7 kháng penicillin tăng lên hầu hết chủng kháng kháng sinh gây typ 19A Hơn nữa, mức độ nghiêm trọng chủng mang typ huyết 19A gây đa kháng kháng sinh nguyên nhân bệnh viêm màng não bệnh nhiễm khuẩn xâm lấn nghiêm trọng, bệnh viêm xương chũm phế cầu nguyên nhân dẫn đến thất bại điều trị bệnh viêm tai Như khả bao phủ typ huyết vắc xin PCV13 có hiệu số loại vắc xin có 3.3 Tình trạng kháng kháng sinh chủng phế cầu 3.3.1 Áp dụng quy trình PCR xác định gen kháng kháng sinh Áp dụng cải tiến quy trình Nagai năm 2001 từ phản ứng thành phản ứng Sự kết hợp giúp tiết kiệm sinh phẩm, thời gian công sức 1/3 lần so với quy trình ban đầu Phản ứng sử dụng cặp mồi gen lytA, pbp1A, pbp2X, pbp2B với kích thước tương ứng 319 bp, 238 bp, 197 bp 147 bp Phản ứng sử dụng cặp mồi mefA ermB với kích thước tương ứng 293 bp 224 bp M: Marker, 1-4 6-7: đơn mồi, 5: lytA, pbp1A, pbp2X, pbp2B, 8: mefA, ermB, (-): chứng âm Hình 3.12 Ảnh điện di quy trình xác định gen kháng kháng sinh 3.3.2 Kết tỷ lệ phân bố kiểu gen kháng kháng sinh PCR đa mồi Sự biến đổi protein gắn với penicillin (PBPs) làm giảm lực kháng sinh chế chủ yếu giúp vi khuẩn kháng kháng thuốc Những biến đổi đột biến điểm thể khảm (mosaic) gen pbp2X, 12 pbp2B, pbp1A Trung bình châu Á, có 52,4% số chủng S.pneumoniae khơng nhạy cảm với penicillin Trong Việt Nam có tỷ lệ cao (92%) Trong nghiên cứu tỷ lệ mang gen đột biến pbp2B pbp2X lên tới 95% Tỷ lệ mang gen kháng kháng sinh tương ứng với tỷ lệ kháng kháng sinh penicillin lên tới 94,3% (I: 60,7%; R: 33,5%) Tỷ lệ kháng trung gian cao tương ứng với tỷ lệ mang kiểu gen kháng kháng sinh cao, dẫn tới xu hướng dịch chuyển kháng sinh nhóm penicillin mức trung gian sang nhóm kháng hồn tồn Kháng kháng sinh nhóm penicillin thường kéo theo đa khang với kháng sinh nhóm beta-lactam khác Bảng 3.6 Tỷ lệ phân bố kiểu gen kháng kháng sinh pbp1A_ pbp2x pbp2b_ BĐ _BĐ BĐ MefA ErmB Khu vực p-value Khánh Hoà Hải Dương Bạch Mai Tuổi ≤ tuổi >2 tuổi Giới p-value Nam Nữ Tổng 0,03 0,011 0,029 0,027 0,001 154 94,2% 98,7% 98,1% 33,8% 90,9% 77 89,6% 96,1% 96,1% 51,9% 74% 100 84% 91% 91% 38% 89% 238 93 90,3% 89,2% 97,1% 92,5% 97,1% 91,4% 36,6% 46,2% 89,9% 77,4% 193 138 331 0,22 91,7% 87,7% 90%) 0,51 96,4% 94,9% 95,8% 0,34 96,4% 94,2% 95,5% 0,1 43% 34,1% 39,3% 0,93 86,5% 86,2% 86,4% Đối với chế kháng kháng sinh nhóm macrolide, đường ức chế trình dịch mã quy định ermB chế hầu hết quốc 13 gia châu Á châu Âu gia tăng Hoa Kỳ thời gian gần đây, gen mefA chiếm ưu Canada Các nguyên nhân dẫn đến đề kháng macrolide cao nước châu Á việc lạm dụng macrolid thực hành lâm sàng lan rộng dòng vi khuẩn mang gen kháng macrolid qua trình chọn lọc kháng sinh Với tình hình dịch tễ học kháng kháng sinh vậy, kinh nghiệm sử dụng phác đồ điều trị macrolide đơn dòng cho bệnh viêm phổi cộng đồng hay viêm phổi phế cầu khác khơng phải lựa chọn thích hợp nhiều nước châu Á, nơi gây thất bại liệu pháp kháng sinh điều trị nhiễm khuẩn 3 Kết tình trạng kháng kháng sinh theo kiểu hình kỹ thuật nồng độ ức chế tổi thiểu 3.3.3.1 Tình trạng kháng kháng sinh chung bệnh viện thuộc khu vực nghiên cứu Bảng 3.7 Tình trạng kháng sinh chủng S.pneumoniae (n = 331) Kh MI Nồng độ ức chế tối thiểu (MIC) MIC Range C5 90 S I R sinh 201(60,7 111(33,5 pcg 0.016-32 19(5,7%) %) %) amp 293(88,5 0.016-32 16(4,8%) 22(6,6%) c %) 110(33,2 56(16,9% 165(49,8 amp 0.016-128 %) ) %) 285(86,1 cav 0.008-16 0.5 19(5,7%) 27(8,2%) %) 124(37,5 46(13,9% 161(48,6 cxm 0.016-64 %) ) %) 165(49,8 122(36,9 44(13,3% ctx 0.008-4 0.5 %) ) %) cfp 264(79,8 65(19,6% 0.032-4 2(0,6%) m %) ) ipm 0.008-1 0.2 0.5 120(36,3 203(61,3 8(2,4%) 14 Kh sinh Range MI C5 MIC 90 cld m 0.008>129 0.064>129 0.032>129 0.008>129 cp 1-32 16 tc 0.125-128 16 64 cpfx 0.032-32 0.51 em azm cam 32 128 64 >129 32 >129 128 >129 Nồng độ ức chế tối thiểu (MIC) S I %) 61(18,4% ) 57(17,2% ) 55 (16,6%) 88(26,6% ) 194(58,6 %) 68(20,5% ) %) 7(2,1%) 12(3,6%) 11(3,3%) 16(4,8%) 19(5,7%) 5(1,5%) 309(93,4 %) R 258(77,9 %) 263(79,5 %) 260(78,5 %) 224(67,7 %) 137(41,4 %) 258(77,9 %) 15(4,5%) Trong nghiên cứu lựa chọn phương pháp ức chế tối thiểu để xác định tình trạng kháng kháng sinh vi khuẩn S.pneumoniae Bên cạnh xác định tỷ lệ chủng vi khuẩn nhạy cảm kháng kháng sinh, xác định nồng độ tối thiểu cần thiết để tiêu diệt vi khuẩn, từ làm sở để lựa chọn mức liều điều trị Đã có dịch chuyển sang nhóm giảm nhạy cảm (60%) kháng (33,5%) penicillin, tỷ lệ kháng 49,8% ampicillin (MIC, 2g/ml) Tuy nhiên nhóm penicillin, 88,5% nhạy cảm với amoxicillin (MIC,2g/ml) 89,6% nhạy cảm với amoxicillinclavunalic (MIC, 2/1g/ml) Chỉ có 5,7% số chủng S pneumoniae nhạy với penicillin 33,2% nhạy với ampicillin Nồng độ ức chế tối thiểu vi 15 khuẩn S.pneumoniae kháng sinh nhóm penicillin mức thấp với MIC50 từ 0,5-1g/ml MIC90 từ 2-8 g/ml Tỷ lệ nhạy cảm với nhóm kháng sinh Cephalosporin tăng từ hệ thấp tới hệ cao Chỉ có 37,5% cịn nhạy cảm với cefuroxime (thế hệ II), tăng dần cefotaxime (thế hệ III) 49,8% 70,8% cefepime (thế hệ IV) Tỷ lệ kháng cefotaxime thấp (13,3%) tỷ lệ giảm nhạy cảm lại cao (36,9%) Đề kháng nhóm carbapenem (đại diện imipenem) 2,4% (MIC, 1g/ml), nhiên có tới 61,3% số chủng kháng mức độ trung gian Các chủng S pneumoniae kháng lại kháng sinh có phổ kháng khuẩn hẹp thuộc nhóm macrolide lincosamide như: 77,9% kháng với erythromycin, 79,5% kháng với azithromycin, 78,5 kháng với clarithromycin 67,7% kháng với chlindamycin Dải kháng khuẩn nhóm kháng sinh rộng từ 0,008 - >129 g/ml, giá trị nồng độ tiêu diệt 90% số chủng cao với MIC90>129g/ml Hình 3.15 Kháng kháng sinh hoàn toàn kháng trung gian (n=331) Kháng sinh nhóm macrolide có tỷ lệ kháng hồn tồn cao tỷ lệ kháng trung gian thấp, nhóm giảm nhậy cảm dịch chuyển sang kháng hoàn toàn, kết hợp với kết giá trị nồng độ MIC cao nhóm kháng sinh (Bảng 3.7, 3.8) chứng tỏ nhóm macrolide khơng cịn tác dụng điều trị bệnh phế cầu 16 Một số kháng sinh nhóm beta-lactam có tỷ lệ kháng thấp penicillin G, cefotaxim kháng sinh hệ cao mạnh cefepim, imipenem, ciprofloxacin lại có tỷ lệ kháng mức trung gian cao (Hình 3.15) Điều dự báo khả dịch chuyển từ nhóm giảm nhạy cảm sang nhóm kháng hồn tồn Các loại kháng sinh có khả gia tăng tính kháng tương lai gần Dự báo khả gia tăng chủng kháng thuốc khơng có liệu pháp sử dụng kháng sinh hợp lý Một biện pháp làm giảm nhẹ xu hướng kháng kháng sinh phối hợp kháng sinh loại có tỷ lệ kháng trung gian cao luân phiên chuyển đổi sang nhóm kháng kháng sinh khác Một số kháng sinh nhóm beta-lactam amoxicillin, amoxicillin/ clavulanic, cefepim có tỷ lệ nhạy cảm cao tương ứng 88,5%, 86,1% 79,8% Đây kháng sinh điều trị hiệu bệnh phế cầu 3 Tình trạng đa kháng kháng sinh chủng S.pneumoniae Bảng 3.16 Đa kháng kháng sinh vi khuẩn S.pneumoniae (n=331) Số kháng sinh Số lƣợng chủng Số chủng kháng cộng kháng kháng dồn 13 2(0,6%) 2(0,6%) 12 4(1,2%) 6(1,8%) 11 8(2,4%) 14(4,2%) 10 16(4,8%) 30(9,1%) 26(7,9%) 56(16,9%) 38(11,5%) 94(28,4%) 40(12,1%) 134(40,5%) 50(15,1%) 184(55,6%) 54(16,3%) 238(71,9%) 31(9,4%) 269(81,3%) 20(6,0%) 289(87,3%) 23(6,9%) 312(94,3%) 15(4,5%) 327(98,8%) 17 Số kháng sinh kháng Số lƣợng chủng Số chủng kháng cộng kháng dồn 331(100%) 4(1,2%) Các chủng vi khuẩn S.pneumoniae kháng từ kháng sinh trở lên gọi đa kháng thuốc, chủng kháng hoàn tồn tất nhóm kháng sinh thử nghiệm tồn kháng Có tới 289/331 chủng phế cầu đa kháng kháng sinh, chiếm tỷ lệ lên tới 87,3% Chỉ có chủng (1,2%) không kháng với tất loại kháng sinh Có chủng kháng với 13/15 loại kháng sinh Khơng có chủng kháng với tất loại kháng sinh, đồng nghĩa với tỷ lệ toàn kháng 0% Tỷ lệ chủng đa kháng tập trung chủ yếu số loại kháng sinh kháng từ đến loại kháng sinh Có mối liên quan chặt chẽ tỷ lệ mang đa gen với tỷ lệ đa kháng kháng sinh Số chủng không mang gen kháng mang từ 1-3 gen tập trung số chủng kháng với loại kháng sinh Số chủng mang loại gen kháng kháng sinh tỷ lệ thuận với số loại kháng sinh kháng 100% số chủng mang gen kháng nhóm có kiểu hình kháng với 12 13 loại kháng sinh thử nghiệm Hình 3.17 Mối liên quan đa kháng mang đa gen kháng 18 Nguyên nhân dẫn đến tình trạng đa kháng nhiều loại kháng sinh cao chủ yếu tình trạng lạm dụng kháng sinh phổ biến điều trị nông nghiệp, đặc biệt nước khu vực châu Á Việt Nam Một phần khác tỷ lệ chủng kháng penicillin chủng mang typ huyết liên quan đến kháng kháng sinh tăng cao Các chủng kháng kháng sinh nhóm penicillin thường liên quan đến đa kháng kháng sinh với nhiều nhóm kháng sinh khác Trong nghiên cứu tỷ lệ kháng penicillin G lên tới 94,3% (60,7% kháng mức độ trung gian 33,5% kháng hoàn tồn) Đây ngun nhân dẫn đến tỷ lệ đa kháng kháng sinh cao Các typ huyết (23F, 19F, and 6B), thường liên quan đến đa kháng nhiều dòng kháng sinh kháng penicillin, cephalosporin phổ rộng, kháng sinh marolide nhiều nước khu vực châu Á giai đoạn trước tiêm vắc xin PCVs Trong nghiên cứu chúng tôi, typ huyết 23F, 19F, 6A/B phổ biến chiếm tỷ lệ cao Đây nguyên nhân dẫn đến tỷ lệ đa kháng kháng sinh Việt Nam Như vắc xin PCVs bao phủ typ huyết phổ biến cịn có vai trị làm giảm tình trạng đa kháng kháng sinh Mối liên quan typ huyết tình trạng kháng kháng sinh Bảng 3.17 Tỷ lệ phân bố gen kháng kháng sinh theo typ huyết có khơng có vắc xin PCV10 mef pbp1 pbp2 pbp2 Tru pbp- mef erm A+ N axbng BĐ A B erm ĐB ĐB ĐB bình B Phân nhóm typ huyết PCV 243 94,7 % 97,9 % 97,9 % 94,2 % 19 42,8 % 90,5 % 35,4 % 79,1 % 74,6 % 91% 88,1 % 73,1 % 28,4 % 82,1 % 19,4 % 65,2 % 93 100 % 98,9 % 100 % 98,9 % 89,2 % 83,9 % 73,1 % 92% 6A/B 84 96,4 % 100 % 100 % 96,4 % 11,9 % 100 % 11,9 % 73,8 % 23F 43 86% 97,7 % 97,7 % 86% 14% 93% 9,3% 69,1 % 87,5 % 93,8 % 90,6 % 87,5 % 25% 84,4 % 18,8 % 69,6 % 25 100 % 100 % 16% 76% 60% 100 % 86,7 % 100 % 15 100 % 86,7 % 60% 20% 61% nonPCV 67 PCV10 19F 14 32 nonPCV10 11 15B/ C 60% 16% 53,3 % 71,4 100 % 19A 10 80% 90% 90% 80% 30% % 30% Tổng 95.8 95.5 89.1 39.3 86.4 29.6 chung 90% % % % % % % PCV10: Các typ huyết bao phủ vắc xin PCV10 Non- PCV10: Các typ huyết không bao phủ vắc xin PCV10 Nhóm chủng mang typ huyết có vắc xin PCV10 mang tỷ lệ gen kháng kháng sinh cao so với nhóm typ khơng có vắc xin Trong nhóm PCV10 tỷ lệ mang gen pbp từ 94,7%-97,9% trong nhóm non-PCV10 tỷ lệ từ 74,6%-88,1% Tỷ lệ đồng nhiễm gen pbp nhóm PCV10 94,2%, nhóm non-PCV10 73,1% Gen kháng kháng sinh nhóm macrolide tương tự Nhóm PCV10 có từ 42,8%-90,5%, nhóm non-PCV10 từ 28,4%-82,1% mang gen mefA ermB, tỷ lệ đồng 20 nhiễm gen tương ứng hai nhóm 35,4% 19,4% Tỷ lệ khác biệt có ý nghĩa thống kê với giá trị p