Nghiên cứu sự lưu hành các typ huyết thanh và gen kháng kháng sinh của Streptococcus pneumoniae gây bệnh bằng kỹ thuật PCR đa mồi tại một số địa phương ở Việt Nam

Nghiên cứu sự lưu hành các typ huyết thanh và gen kháng kháng sinh của Streptococcus pneumoniae gây bệnh bằng kỹ thuật PCR đa mồi tại một số địa phương ở Việt Nam Nghiên cứu sự lưu hành các typ huyết thanh và gen kháng kháng sinh của Streptococcus pneumoniae gây bệnh bằng kỹ thuật PCR đa mồi tại một số địa phương ở Việt Nam luận văn tốt nghiệp thạc sĩ

ĐẠI HỌC QUỐC GIA HÀ NỘI TRƢỜNG ĐẠI HỌC KHOA HỌC TỰ NHIÊN NGUYỄN THỊ THU THỦY NGHIÊN CỨU SỰ LƢU HÀNH CỦA MỘT SỐ VIRUS GÂY BỆNH CHO NGƢỜI TRÊN DƠI Ở VIỆT NAM LUẬN ÁN TIẾN SĨ SINH HỌC HÀ NỘI – 2013 ĐẠI HỌC QUỐC GIA HÀ NỘI TRƢỜNG ĐẠI HỌC KHOA HỌC TỰ NHIÊN NGUYỄN THỊ THU THỦY NGHIÊN CỨU SỰ LƢU HÀNH CỦA MỘT SỐ VIRUS GÂY BỆNH CHO NGƢỜI TRÊN DƠI Ở VIỆT NAM CHUYÊN NGÀNH MÃ SỐ : VI SINH VẬT HỌC : 62 42 40 01 LUẬN ÁN TIẾN SĨ SINH HỌC Người hướng dẫn khoa học: PGS.TS LÊ THỊ QUỲNH MAI GS.TS PHẠM VĂN TY HÀ NỘI – 2013 MỤC LỤC Trang phụ bìa Lời cam đoan Mục lục Danh mục chữ viết tắt Danh mục bảng Danh mục hình MỞ ĐẦU CHƢƠNG I: TỔNG QUAN 1.1 Bệnh có nguồn gốc từ động vật 1.1.1 Định nghĩa 1.1.2 Giả thiết xuất lây truyền bệnh 1.1.3 Các bệnh lây truyền từ động vật 1.2 Dơi vai trò truyền bệnh 1.2.1 Sinh thái, phân loại, phân bố lồi dơi 9 1.2.2 Một số thơng tin khu hệ dơi Việt Nam 10 1.2.3 Vai trò dơi truyền bệnh 18 1.3 Mốt số bệnh nhiễm trùng xuất liên quan đến dơi 19 1.3.1 Nhóm Henipavirus 19 1.3.2 Nhóm Coronavirus 24 1.3.3 Nhóm Coltivirus 28 1.3.4 Nhóm Arbovirus 30 Biện pháp phịng chống bệnh lây truyền từ động vật sang ngƣời 1.4.1 Chủ động giám sát bệnh 37 1.4.2 Kiểm soát vật chủ, vectơ, ổ chứa tác nhân truyền bệnh 38 1.4 1.5 Các phƣơng pháp phát xác định virus loài dơi 37 39 1.5.1 RT- PCR 39 1.5.2 Phân lập virus 39 1.5.3 Huyết học 40 CHƢƠNG II: ĐỐI TƢỢNG VÀ PHƢƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU 42 2.1 Đối tƣợng, cỡ mẫu, địa điểm, thời gian nghiên cứu 42 2.1.1 Mẫu dơi thu thập nghiên cứu 42 2.1.2 Mẫu máu ngƣời khỏe mạnh tham gia nghiên cứu 43 2.2 Vật liệu 43 2.2.1 Mẫu nghiên cứu 43 2.2.2 Sinh phẩm 44 2.2.3 Trang thiết bị dụng cụ 44 2.3 Phƣơng pháp 48 2.3.1 Định loại dơi thực địa 48 2.3.2 Kỹ thuật hấp phụ miễn dịch liên kết enzym (ELISA) tóm bắt IgG 2.3.3 Kỹ thuật xác định kháng thể trung hòa 49 2.3.4 Phương pháp xác định số yếu tố liên quan đến khả 59 55 lây truyền virus từ dơi sang người 2.3.5.Phương pháp xử lý số liệu 59 2.4 Đạo đức nghiên cứu 59 CHƢƠNG III: KẾT QUẢ VÀ BÀN LUẬN 61 3.1 Dấu vết kháng thể kháng virus Nipah, SARS-CoV, 61 Banna, Viêm não Nhật Bản, Chikungunya loài Dơi Việt Nam 3.1.1 Thời gian, địa điểm thu thập mẫu dơi 61 3.1.2 Các loài dơi thu thập nghiên cứu 63 3.1.3 Kết xác định số tác nhân gây bệnh cho ngƣời liên 69 quan đến dơi phƣơng pháp huyết học 3.1.4 Mối liên quan virus gây bệnh truyền nhiễm cho ngƣời 90 với họ/ loài dơi 3.2 Khả phơi nhiễm virus có vật chủ lồi dơi 98 số nhóm ngƣời có yếu tố liên quan dịch tễ 3.2.1 Phát kháng thể kháng virus Nipah mẫu huyết 99 nguời phƣơng pháp huyết học 3.2.2 Phát kháng thể kháng SARS –CoV mẫu huyết 102 nguời phƣơng pháp huyết học 3.2.3 Một số yếu tố nguy liên quan đến khả truyền virus Nipah sang ngƣời Tây Nguyên KẾT LUẬN 104 KIẾN NGHỊ 114 DANH MỤC CÁC CƠNG TRÌNH CỦA TÁC GIẢ ĐÃ CƠNG BỐ CĨ LIÊN QUAN ĐẾN LUẬN ÁN TÀI LIỆU THAM KHẢO PHỤ LỤC 112 CHỮ VIẾT TẮT TRONG LUẬN ÁN ARN Acid ribonucleic ATSH An toàn sinh học BSL – Biosafety level III (Phịng thí nghiệm an toàn sinh học cấp độ 3) CDC The US Center of Diseases Control and Prevention (Trung tâm kiểm sốt phịng ngừa dịch bệnh Mỹ) CPE Cytopathic effects (Hiệu ứng hủy hoại tế bào) DMEM Dulbecco's Modified Eagle Medium (Môi trường nuôi cấy tế bào) ELISA Enzyme linked Immunosorbent Assay (Kỹ thuật miễn dịch hấp phụ gắn enzym) FBS Fetal Bovine Serum (Huyết bào thai bê) HEV Hendra Virus IFA Immunofluorescent Assay (Kỹ thuật miễn dịch huỳnh quang) NiV Nipah virus NT50 50% CPE Neutralization test (Phản ứng trung hòa gây hủy hoại 50% tế bào) PBS Phosphate Buffered Saline (Dung dịch đệm PBS) RT- PCR Reverse transcriptase – Polymerase chain reaction (Phản ứng chuỗi polymeraza phiên mã ngược) SARS Severe acute respiratory syndrome (Hôi chứng viêm đường hô hấp nặng) SXH Sốt xuất huyết SHPT Sinh học phân tử TCID50 Tissue culture infectious dose (liều gây nhiễm 50% tế bào nuôi cấy) TTYTDP Trung tâm Y tế dự phòng VNNB Viêm não Nhật Bản VSDTTU Viện Vệ sinh Dịch tễ Trung ƣơng WB Western Blot WHO World Health Organization (Tổ chức Y tế giới) DANH MỤC CÁC BẢNG Bảng Tên bảng Trang 1.1 Hệ thống phân loại dơi giới Việt Nam 11 1.2 Các loại dơi - Pteropodidae lƣu hành Việt Nam 12 1.3 Các loài dơi muỗi- Vespertilionidae lƣu hành Việt Nam 15 3.1 Số lƣợng mẫu dơi thu thập: 2006-2009 61 3.2 Các họ/loài dơi (Chiroptera) nghiên cứu 66 3.3 Các loài dơi lƣu hành điểm nghiên cứu 67 3.4 Kết xác định kháng thể IgG kháng virus Nipah kỹ 72 thuật ELISA 3.5 Kết xác định kháng thể IgG kháng Nipah phản ứng 74 trung hòa (NT50) 3.6 Kết xác định kháng thể IgG kháng virus SARS-CoV 79 kỹ thuật ELISA 3.7 Kết xác định kháng thể IgG kháng SARS – CoV 80 phản ứng trung hòa (NT50) 3.8 Kết xác định kháng thể IgG kháng virus Banna kỹ 83 thuật ELISA 3.9 Kết xác định kháng thể IgG kháng virus Banna 85 phản ứng trung hòa (NT50) 3.10 Kết xác định kháng thể IgG kháng virus VNNB 87 Chikungunya kỹ thuật ELISA 3.11 Kết xác định kháng thể IgG kháng virus VNNB 88 phản ứng trung hòa (NT50) 3.12 Kết xác định kháng thể IgG kháng virus Chikungunya 88 phản ứng trung hòa (NT50) 3.13 Bảng tổng hợp kết mẫu huyết dơi chứa kháng 94 thể IgG kháng virus Nipah, SARS - CoV, Banna, JE Chikungunya 3.14 Kết xác định kháng thể IgG kháng virus Nipah ngƣời 99 tình nguyện khu vực Tây Nguyên kỹ thuật ELISA 3.15 Kết xác định kháng thể IgG kháng virus Nipah ngƣời 100 tình nguyện khu vực Tây Nguyên phản ứng trung hòa 3.16 Kết xác định kháng thể IgG kháng SARS-CoV ngƣời 101 tình nguyện khu vực Tây Nguyên kỹ thuật ELISA 3.17 Kết xác định kháng thể IgG kháng virus SARS-CoV 103 ngƣời tình nguyện khu vực Tây Nguyên phản ứng trung hòa 3.18 Kết khảo sát câu hỏi in sẵn nhóm ngƣời tình nguyện 106 DANH MỤC CÁC HÌNH Hình Tên hình Trang 1.1 Cây phát sinh chủng loại Bộ Dơi 1.2 Bản đồ phân bố dơi giới 1.3 Rousettus leschenaultia - Dơi cáo nâu 12 1.4 Cynopterus sphinx- Dơi chó cánh dài 12 1.5 Scotophilus kuhlii- Dơi nâu 17 1.6 Chaerephon plicata – Dơi thị 18 1.7 Phân nhóm Henipah dựa phân tích vật liệu di truyền 22 1.8 Mơ hình cấu trúc virion virus Niv 23 1.9 Phân nhóm Corona dựa phân tích Vật liệu di truyền 25 1.10 Mơ hình cấu trúc virion virus SARS – CoV 27 1.11 Mơ hình cấu trúc hạt virion virus Banna, nhóm 29 Coltivirus 1.12 Mơ hình cấu trúc hạt virion nhóm Flavivirus 33 1.13 Mơ hình cấu trúc hạt virion nhóm Alphavirus 36 2.1 42 2.2 Các địa điểm thu thập bệnh phẩm dơi nghiên cứu 2006-2009 Lƣới mờ sử dụng để bắt dơi khu vực nông trƣờng 2.3 Bẫy thụ cầm kết hợp với lƣới mờ thu mẫu dơi khu vực 46 45 hang 2.4 Sử dụng vợt cầm tay để thu mẫu dơi tán 47 2.5 Hình thái thể dơi 48 2.6 Nguyên lý phản ứng ELISA phát kháng thể IgG 49 ... NHIÊN NGUYỄN THỊ THU THỦY NGHIÊN CỨU SỰ LƢU HÀNH CỦA MỘT SỐ VIRUS GÂY BỆNH CHO NGƢỜI TRÊN DƠI Ở VIỆT NAM CHUYÊN NGÀNH MÃ SỐ : VI SINH VẬT HỌC : 62 42 40 01 LUẬN ÁN TIẾN SĨ SINH HỌC Người hướng dẫn... 3.1 Số lƣợng mẫu dơi thu thập: 2006-2009 61 3.2 Các họ/loài dơi (Chiroptera) nghiên cứu 66 3.3 Các loài dơi lƣu hành điểm nghiên cứu 67 3.4 Kết xác định kháng thể IgG kháng virus Nipah kỹ 72 thuật. .. vai trị truyền bệnh lồi dơi, góp phần định hƣớng phƣơng pháp phòng chống bệnh nhiễm trùng nguyên virus Việt Nam thực đề tài ? ?Nghiên cứu lƣu hành số virus gây bệnh cho ngƣời dơi Việt Nam? ?? Với mục