Cơ chế ức chế enzym alpha glucosidase và carbonic anhydrase của các phức pd(ii) hydrazide trong can thiệp điều trị đái tháo đường – thừa cân béo phì

THÔNG TIN KẾT QUẢ NGHIÊN CỨU ĐỀ TÀI KHOA HỌC VÀ CƠNG NGHỆ CẤP TRƯỜNG Thơng tin chung - Tên đề tài: CƠ CHẾ ỨC CHẾ ENZYM ALPHA-GLUCOSIDASE VÀ CARBONIC ANHYDRASE CỦA CÁC PHỨC Pd(II)-Hydrazide TRONG CAN THIỆP ĐIỀU TRỊ ĐÁI THÁO ĐƯỜNG – THỪA CÂN BÉO PHÌ - Mã số: - Chủ nhiệm đề tài: ThS Nguyễn Trương Công Minh Điện thoại: 0769635368 Email: congminh.ngtruong@gmail.com - Đơn vị quản lý chun mơn: mơn Hóa Sinh, Khoa Y, Đại học Y Dược TP.HCM - Thời gian thực hiện: từ tháng 5/2017 đến tháng 5/2019 Mục tiêu Góp phần hiểu rõ thêm chế ức chế, đánh giá kiểu tương tác đặc hiệu ảnh hưởng đến hiệu ức chế Enzym Alpha-Glucosidase Carbonic Anhydrase, có vai trị quan trọng q trình điều hịa chuyển hóa Carbohydrate thể Nội dung Thiết lập mơ hình tương tác ức chế hợp chất phức ion kim loại Pd(II)Hydrazide, có biểu hoạt tính sinh học quan trọng, bao gồm tác dụng hỗ trợ điều trị thừa cân béo phì, với Enzym Alpha-Glucosidase Carbonic Anhydrase Qua đó, khảo sát tương quan lượng gắn kết Enzym với nồng độ ức chế thực nghiệm IC50 Kết đạt (khoa học, đào tạo, kinh tế-xã hội, ứng dụng ): - Cơng bố tạp chí nước: Tạp chí Y học TP.HCM, xuất năm 2019 Hiệu kinh tế - xã hội đề tài mang lại - Góp phần cung cấp số kiến thức quan trọng chế ức chế enzym phân hủy Carbohydrates hợp chất phức, hỗ trợ điều trị đái tháo đường tương lai, đồng thời mở triển vọng định hướng cho nhiều nghiên cứu, ứng dụng tương lai nhằm mục đích can thiệp có hiệu rối loạn đường huyết MỤC LỤC CHƯƠNG 1: ĐẶT VẤN ĐỀ VÀ TỔNG QUAN TÀI LIỆU 1.1 ĐẶT VẤN ĐỀ 1.2 TỔNG QUAN Chương 2: ĐỐI TƯỢNG VÀ PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU 17 2.1 Đối tượng nghiên cứu 17 2.2 Phương pháp nghiên cứu 17 CHƯƠNG 3: KẾT QUẢ BÀN LUẬN 19 3.1 KẾT QUẢ 19 3.2 BÀN LUẬN 21 3.3 KẾT LUẬN 21 TÀI LIỆU THAM KHẢO DANH MỤC HÌNH Hình 1.1 Các kiểu mơ hình khác dẫn xuất 1, 3, 4-Oxadiazoles Hình 1.2 Phức hợp docking protein-ligand Hình 1.3 Biểu đồ docking phân tử ligand protein Hình 1.4 Phân tử nhỏ gắn kết vào túi thụ thể protein Hình 1.5 Các túi/hốc thụ thể gắn kết với ligand Hình 1.6 Sơ đồ thuật tốn tìm kiếm 11 Hình 1.7 Sơ đồ hàm đánh giá 14 DANH MỤC BẢNG Bảng 3.1: Mơ hình ức chế Enzym Carbonic Anhydrase tương ứng với lượng gắn kết Eb loại tương tác hợp chất có hoạt tính ức chế lớn 19 Bảng 3.2: Mơ hình ức chế Enzym Alpha-Glucosidase tương ứng với lượng gắn kết Eb loại tương tác hợp chất có hoạt tính ức chế lớn 19 Bảng 3.3: Tương quan lượng gắn kết Eb (kcal/mol) IC50 (µM) hợp chất ức chế .20 CHƯƠNG 1: ĐẶT VẤN ĐỀ VÀ TỔNG QUAN TÀI LIỆU 1.1 ĐẶT VẤN ĐỀ Hóa học lý thuyết nói chung phương pháp tính hóa lượng tử nói riêng áp dụng rộng rãi nhiều lĩnh vực, việc nghiên cứu hoạt động Enzym ứng dụng chẩn đoán điều trị bệnh ngày phát triển Thành công lĩnh vực định hướng cho việc tiếp cận phương pháp chữa trị mới, sử dụng công cụ hóa tính tốn để điều chỉnh, can thiệp vào trình diễn thể sống bao gồm hoạt động Enzym, giúp tiên lượng điều trị bệnh trúng đích, hạn chế nguy hiểm, rủi ro khơng mong muốn Các phương pháp tính tốn lý thuyết nghiên cứu hoạt động Enzym bổ sung hồn thiện, vấn đề nghiên cứu góp phần cải tiến phương pháp có vai trị quan trọng, đặc biệt lĩnh vực y sinh học phân tử, đưa hóa tính tốn tiếp cận gần đến ứng dụng thực hành lâm sàng Đái tháo đường rối loạn mạn tính [2], có thuộc tính sau: tăng glucose máu, kết hợp với bất thường chuyển hoá carbohydrate, lipid protein Bệnh gắn liền với xu hướng phát triển bệnh lý thận, đáy mắt, thần kinh bệnh tim mạch hậu xơ vữa động mạch Enzym có vai trị q trình chuyển hóa carbohydrate AlphaGlucosidase Ngày có nhiều hướng tiếp cận điều trị đái tháo đường cách ức chế hoạt động Enzym q trình tiêu hóa thức ăn, giảm tốc độ tiêu thụ carbohydrate thể [8] Carbonic Anhydrase [8] metalloprotein có chứa kẽm, xúc tác chuyển hóa carbon dioxide thành ion bicarbonate Enzym tham gia vào trình sinh học quan trọng thể bao gồm: Sự tân tạo glucose, sinh mỡ v.v Đồng thời mục tiêu nhiều liệu pháp điều trị rối loạn thần kinh, thừa cân béo phì, viêm loét dày tá tràng v.v Một số ion kim loại phức tạo thành, điển phức ion kim loại Pd(II)Hydrazide [8], nhiều nghiên cứu giới, cho thấy có biểu hoạt tính sinh học quan trọng như: Kháng nấm, chống oxi hóa [8], v.v Trong phải kể đến hiệu hỗ trợ điều trị thừa cân béo phì dùng làm tác nhân ức chế Enzym Alpha-Glucosidase Carbonic Anhydrase Mục tiêu nghiên cứu Góp phần hiểu rõ thêm chế ức chế, đánh giá kiểu tương tác đặc hiệu ảnh hưởng đến hiệu ức chế Enzym Alpha-Glucosidase Carbonic Anhydrase, có vai trị quan trọng q trình điều hịa chuyển hóa Carbohydrate thể 1.2 TỔNG QUAN 1.2.1 Tổng quan mơ hình hóa phân tử - docking phân tử Mơ hình hóa phân tử cơng cụ đắc lực phục vụ nghiên cứu, giảng dạy, đồng thời hỗ trợ khám phá tượng, khái niệm hóa học Mơ hình hóa thuật ngữ mơ tả việc sử dụng tài ngun máy tính để xây dựng cấu trúc thực tính tốn nhằm dự đốn tính chất hóa học đặc trưng phân tử [2] Hình 1.1 Các kiểu mơ hình khác dẫn xuất 1, 3, 4-Oxadiazoles Phương pháp mơ hình hóa bao gồm tất lý thuyết kỹ thuật tính tốn sử dụng lĩnh vực hóa học nói chung, hóa tính tốn nói riêng, sinh học tính tốn khoa học vật liệu, nghiên cứu hệ phân tử phạm vi kích thước nhỏ tới hệ phân tử sinh học có kích thước lớn vật liệu khối Đặc điểm chung kỹ thuật mô tả hệ phân tử cấp độ nguyên tử, với mức độ thông tin thấp đơn nguyên tử (hay nhóm nhỏ nguyên tử) Như vậy, trái ngược so với khái niệm hóa lượng tử việc thực tính tốn có kể đến hiệu ứng electron cấu trúc electron nguyên tử Lợi ích phương pháp mơ hình hóa phân tử đơn giản hóa độ phức tạp hệ thống, cho phép hạt ngun tử tham gia vào q trình mơ Trong năm gần đây, nghiên cứu thiết kế phân tử có hoạt tính nói chung phân tử thuốc nói riêng cải tiến từ phương pháp thử nghiệm – tổng hợp truyền thống đến trình mô sản xuất phức tạp, nhờ hỗ trợ máy tính Thiết kế phân tử thuốc thực dựa cấu trúc protein mục tiêu biết, từ khám phá hợp chất sử dụng liệu pháp điều trị thích hợp Các hướng tiếp cận thiết kế phân tử có hoạt tính phân thành nhóm bao gồm: thiết kế de novo protein docking phân tử [3, 4] (Hình 1.2) Hình 1.2 Phức hợp docking protein-ligand “Docking” khái niệm để tạo thành phức hợp gắn kết phân tử protein phân tử ligand Nhiệm vụ q trình docking dự đốn cấu trúc phức hợp sở cấu trúc cho trước phân tử ligand phân tử protein Dạng hình học phức hợp phải phản ánh cực tiểu toàn cục lượng tự gắn kết, docking mang chất tối ưu hóa lượng Vấn đề đặt cần có giải pháp gần thích hợp, thực docking khoảng thời gian không dài Đồng thời, phương pháp docking phải thỏa mãn yêu cầu độ xác, dạng hình học lập thể phù hợp mơ hình dự đốn tương tác protein – ligand 1.2.2 Các khái niệm docking Trong lĩnh vực mơ hình hóa phân tử, docking phương pháp đoán hướng tiếp cận ưu đãi phân tử gắn kết với phân tử khác, hình thành phức hợp bền, đặc trưng độ bền liên kết hay lực gắn kết phân tử sử dụng hàm đánh giá (scoring functions) [4, 8] Hai phân tử thực docking phân tử sinh học protein, acid nucleic, carbohydrate lipid Các phân tử liên kết với giữ vai trò trung tâm dẫn truyền tín hiệu Đồng thời, hướng tiếp cận tương ứng ảnh hưởng tới loại tín hiệu tạo thành Như vậy, mặt tổng quan, docking có khả dự đoán độ bền liên kết loại tín hiệu tạo thành phân tử sinh học Hình 1.3 Biểu đồ docking phân tử ligand protein Trong hóa học nói chung hóa dược nói riêng, khái niệm docking thường đại diện cho việc tính tốn, mơ hướng tác kích gắn kết phân tử thuốc lên protein mục tiêu (Hình 1.3), nhằm dự đốn lực hoạt tính phân tử có kích thước nhỏ, có vai trị quan trọng thiết kế thuốc hợp lý [3] Docking phân tử nhiệm vụ khó khăn tồn nhiều dạng tiếp cận lập thể đại phân tử ligand tương ứng, việc tính tốn lượng cách xác Số dạng tiếp cận tăng theo hàm mũ bậc tự phân tử docking Docking phân tử xem vấn đề chìa khóa – ổ khóa, việc tìm kiếm chìa khóa thích hợp đồng nghĩa với cấu dạng ligand phù hợp theo kích thước hình dạng bề mặt ổ khóa lổ khóa (protein) Docking phân tử định nghĩa tối ưu hóa, mơ tả hướng gắn kết phù hợp ligand với phân tử protein cần quan tâm, hai mang tính linh động cao Ngày này, ứng dụng phương pháp tính tốn nghiên cứu hình thành phức hợp phân tử mở rộng phát triển Q trình tính tốn nhằm đạt mục tiêu tìm kiếm ligand có dạng hình học phù hợp, liên kết với protein Trong hóa dược, phân tử thuốc có hoạt tính sinh học đặc trưng, gắn kết vào túi thụ thể (thường protein) (Hình 1.4) Đối với cấu dạng gắn kết, phân tử thuốc biểu tính chất hóa học hình dạng đặc trưng, hình thành hoạt tính Mơ docking phân tử hỗ trợ khảo sát tương tác đặc hiệu thông qua xác định tâm hoạt động thích hợp cấu trúc protein, đồng thời tính tốn lượng tương tác cho nhiều ligand khác nhau, làm tảng thiết kế cấu trúc ligand hiệu trạng thái tịnh tiến quay quanh trục cố định, thay đổi góc xoắn nội phân tử Mỗi bước di chuyển thực tính tốn lượng hao phí tổng cộng hệ thống Ưu điểm rõ ràng kỹ thuật mô tả đầy đủ tính linh động ligand q trình mơ docking gần với thực tế Nhược điểm thời gian tính tốn kéo dài trước đánh giá trạng thái gắn kết tối ưu Tuy nhiên, sử dụng kỹ thuật docking dựa lưới kết hợp với phương pháp tối ưu hóa nhanh góp phần cải thiện đáng kể vấn đề đặt 1.2.4 Thuật tốn tìm kiếm hàm đánh giá Để tiến hành trình docking, yêu cầu cấu trúc protein mục tiêu, thông thường xác định số kỹ thuật lý sinh tinh thể học tia X phổ cộng hưởng từ hạt nhân Cấu trúc protein sở liệu ligand thơng số đầu vào cho chương trình docking Sự thành cơng hay thất bại q trình docking phụ thuộc vào thành tố chính: thuật tốn tìm kiếm hàm đánh giá 1.2.4.1 Thuật tốn tìm kiếm Khơng gian tìm kiếm mặt lý thuyết bao gồm tất hướng cấu dạng có protein gắn kết với ligand Tuy nhiên, thực tế với lượng tài ngun tính tốn có giới hạn, hồn tồn khơng thể liệt kê tồn trạng thái biến dạng phân tử tất hướng tịnh tiến hướng quay ligand tương ứng với protein cấp độ hạt Hầu hết chương trình docking sử dụng để mơ tả tính linh động ligand, cần nhiều cải tiến cho việc mơ hình hóa thụ thể protein cách đầy đủ Mỗi hình ảnh docking tương ứng với trạng thái phức hợp gắn kết xác định Hình 1.6 Sơ đồ thuật tốn tìm kiếm Các thuật tốn tìm kiếm làm sáng tỏ tất kiểu gắn kết có ligand thụ thể, bao gồm bậc tự liên quan tới chuyển động tịnh tiến, chuyển động quay ligand biến đổi cấu dạng protein ligand Tuy nhiên, khả ứng dụng thuật tốn cịn hạn chế, kích thước khơng gian tìm kiếm lớn thời gian tính tốn kéo dài, tương ứng với cấu hình phân tử Như vậy, thực tế, cho phép lượng nhỏ khơng gian tìm kiếm xử lý, hay nói cách khác, việc xác định khơng gian tìm kiếm cần dung hịa với chi phí tài ngun tính tốn Nhiều chiến lược tìm kiếm cấu dạng ligand thụ thể áp dụng bao gồm:  Tìm kiếm hệ thống hay tìm kiếm xoắn ngẫu nhiên (stochastictorsional searches) có liên quan tới liên kết quay  Mơ động học phân tử  Thuật tốn di truyền “tiến hóa” cấu dạng lượng thấp Tính linh động ligand Các cấu dạng ligand hình thành trước có tham gia thụ thể, đồng thời thay đổi trình tiến tới gắn kết với túi thụ thể Sau giai đoạn tính tốn đánh giá lượng trường lực, sàng lọc cấu dạng phù hợp mặt lượng Tính linh động thụ thể Tài ngun tính tốn cải tiến mạnh mẽ nhiều thập kỷ qua, hỗ trợ giải toán phức tạp lĩnh vực thiết kế thuốc hợp lý Tuy nhiên, vấn đề tính linh động thụ thể kỹ thuật tính tốn docking cịn nhiều hạn chế Lý mấu chốt thời gian tính tốn kéo dài xử lý với lượng lớn số bậc tự phân tử Một cấu dạng đơn, cố định, đại diện tiêu biểu cho protein Thay vào đó, trạng thái gấp nếp protein phải đặc trưng tập hợp cấu dạng cân mặt lượng Dưới điều kiện thay đổi, cực tiểu cục số trạng thái cấu dạng thay đổi Hơn nữa, cấu dạng thụ thể gắn kết xuất trước tập hợp cấu dạng protein ban đầu, ligand khơng cịn vai trị chủ động tác kích, làm biến dạng bề mặt cố định protein tảng sở ban đầu lý thuyết docking phân tử 1.2.4.2 Hàm đánh giá Hàm đánh giá hay hàm tính điểm phương pháp tốn học gần đúng, dự đốn độ bền tương tác phi cộng hóa trị phân tử thực gắn kết Phổ biến phân tử hợp chất hữu kích thước nhỏ (thuốc) kết hợp với phân tử sinh học mục tiêu (thụ thể protein) Các hàm đánh giá cịn ứng dụng dự đốn độ bền tương tác liên phân tử, protein protein DNA Hàm đánh giá lấy liệu đầu vào trạng thái cấu dạng kết đầu giá trị số, biểu diễn khả trạng thái đại diện phù hợp cho tương tác gắn kết ưu đãi [5] Hầu hết hàm đánh giá dựa trường lực học phân tử, ước lượng lượng trạng thái gắn kết: lượng thấp, có giá trị âm, cho biết hệ phức hợp gắn kết bền Hướng tiếp cận khác tham khảo thống kê tương tác, thuộc sở liệu phức hợp protein-ligand Ngân Hàng Dữ liệu Protein (Protein Data Bank), thực đánh giá độ phù hợp trạng thái gắn kết tương ứng Quá trình đánh giá, thực chất bao gồm hướng khác nhau, liên quan tới docking thiết kế phân tử có hoạt tính:  Xếp hạng cấu hình tạo thành từ thuật tốn tìm kiếm, nhằm mục đích phát kiểu gắn kết phù hợp, cách gần nhất, so với thực nghiệm  Xếp hạng ligand khác gắn kết vào protein, lựa chọn ligand ưu đãi vào lực protein Hướng tiếp cận cần thiết cho trình sàng lọc ảo (virtual screening)  Xếp hạng hay nhiều ligand khác nhau, liên quan tới lực gắn kết vào protein khác Hướng tiếp cận giải vấn đề độ chọn lọc độ đặc hiệu Phương pháp đánh giá trường lực học phân tử AMBER, OPLS hay CHARMM, hàm lượng tự kinh nghiệm hàm số tri thức (knowledge based functions) Các kỹ thuật docking thường vận dụng hàm đánh giá theo phương pháp Phương pháp gồm bước tiến hành:  Bước 1: Hàm đánh giá thực xếp hạng cấu dạng protein ligand  Bước 2: Phân tích hệ thống thuật tốn tìm kiếm  Bước 3: Hàm đánh giá thực xếp hạng cấu trúc Hình 1.7 Sơ đồ hàm đánh giá Ngồi ra, cịn sử dụng kiểu hàm đánh giá giai đoạn bao gồm việc tìm kiếm cấu dạng phân tử hàm đánh giá rút gọn, sau sử dụng hàm đánh giá đầy đủ để xếp hạng cấu trúc gắn kết thu Các phương pháp thường bỏ qua việc tính tốn tương tác tĩnh điện, kể đến số loại tương tác tiêu biểu điển tương tác hydrogen Nhược điểm đáng lưu ý nhiều hàm đánh giá xu hướng loại bỏ hiệu ứng solvat hóa hay sử dụng mơ hình dung mơi khơng đặc trưng, theo kiểu thiết lập cấu trúc môi trường chân khơng sau xếp hạng hàm đánh giá có sử dụng mơ hình dung mơi Như vậy, thuật tốn tìm kiếm tính tốn khơng gian cấu dạng ưu đãi thuộc môi trường chân không Đồng thời, vai trò ion phân tử dung môi kèm thường bị bỏ qua 1.2.5 Sàng lọc ảo (Virtual screening) Sàng lọc ảo (VS) kỹ thuật tính tốn sử dụng nghiên cứu thiết kế thuốc, hỗ trợ máy tính, đánh giá nhanh chóng khả gắn kết ưu đãi lượng lớn liệu cấu trúc hóa học vào phân tử thuốc mục tiêu, điển hình thụ thể protein hay enzym VS kỹ thuật quan trọng, thiết yếu cho trình phát triển thuốc Walters đồng nghiệp định nghĩa VS “sự tự động hóa phân tích thư viện hợp chất khổng lồ”, sử dụng chương trình máy tính Trên sở cấu trúc 3-D phân tử mục tiêu, VS tiến hành qua bước: Phân tích cấu trúc 3-D protein, thực tìm kiếm máy tính sở liệu hợp chất có khả tương tác gắn kết phù hợp vào tâm hoạt động, hình thành thêm số liên kết với protein (Giai đoạn thực nhờ kỹ thuật docking phân tử và/hoặc thuật tốn tìm kiếm cấu trúc có dược tính), sau q trình thống kê hợp chất thỏa mãn yêu cầu loại bỏ cấu trúc khơng phù hợp Xác định thuộc tính phân tử VS Trong VS, thuộc tính phân tử số quan trọng hợp chất hóa học, bao gồm chất mang dược tính, phân thành nhóm tương ứng với thơng số vật lý, hóa học sinh học Theo đó, phương pháp tính tốn chủ đạo sử dụng, kèm với ứng dụng VS, là:  Phương pháp kinh nghiệm (Cơ học phân tử): Phương pháp phức tạp, tính tốn nhanh, xử lý nhiều hệ thống phân tử kích thước lớn bao gồm enzyme Cơ học phân tử tái thiết lập dạng hình học phân tử, lượng yếu tố khác cách thay đổi độ dài liên kết, góc liên kết góc xoắn đạt tới giá trị cân Giá trị phụ thuộc vào lai hóa nguyên tử mơ hình liên kết ngun tử Thơng qua đó, trường lực sử dụng để tính tốn lượng hình dạng phân tử, thực chất tập hợp phương trình, tham số loại nguyên tử  Phương pháp động học phân tử: Mô động học phân tử sử dụng nhiều ứng dụng lưỡng phân tử Kỹ thuật kết hợp với liệu từ nguyên cứu phổ cộng hưởng từ hạt nhân, sử dụng cấu trúc 3-D peptide phân tử protein nhỏ (trường hợp không áp dụng kỹ thuật tinh thể học tia X), kết xuất thành dạng liệu nhiệt động, động học, liệu cấu trúc Qua đó, mơ tả tính chất lực gắn kết, độ linh động độ bền protein, acid nucleic nhiều đại phân tử khác mà mơ hình tĩnh khơng tính tốn  Cơ học lượng tử: lý thuyết cổ điển hóa học tính tốn, sử dụng số vật lý phổ biến tốc độ ánh sáng, khối lượng điện tích hạt nhân, kết hợp thành phương trình vi phân trực tiếp tính tốn thuộc tính dạng hình học phân tử Thuộc tính phân tử nghiệm phương trình Schrodinger: Hɸ=Eɸ E: lượng hệ thống; ɸ: hàm sóng; H: tốn tử Hamilton Chương 2: ĐỐI TƯỢNG VÀ PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU 2.1 Đối tượng nghiên cứu Đối tượng nghiên cứu là: Enzym Alpha-Glucosidase Carbonic Anhydrase hợp chất phức tác giả Qurrat-ul-Ain đồng nghiệp nghiên cứu tổng hợp xác định hoạt tính ức chế thực nghiệm, IC50 (µM) 2.2 Phương pháp nghiên cứu Sử dụng phương pháp sau: 2.2.1 Phương pháp học phân tử Trong phương pháp học phân tử, định luật vật lý cổ điển sử dụng để mô tả cấu trúc phân tử dạng nguyên tử liên kết với Năng lượng biểu diễn dựa tổng tồn phần đóng góp lượng kéo căng tương ứng với độ dài nối, lượng bẻ cong tương ứng với góc nối lượng xoắn tương ứng với góc xoắn, với phần đóng góp tương tác khơng liên kết lực van der Waals lực Coulomb: Thông thường lượng gọi lượng biến dạng phân tử, phản ánh thay đổi hình dạng thật phân tử so với hình dạng phân tử lý tưởng 2.2.2 Phương pháp học lượng tử Cơ học lượng tử mô tả phân tử dạng tương tác hạt nhân electron, theo dạng hình học phân tử thay đổi cho có lượng tổng cộng tương ứng thấp Phương trình Schrӧdinger phương trình học lượng tử Nghiệm phương trình Schrӧdinger làm sáng tỏ cấu trúc phân tử, thông tin lượng liên kết hóa học phân tử Ψ hàm sóng mơ tả chuyển động electron, phụ thuộc vào tọa độ electron (r) thời gian (t) Ĥ toán tử Hamilton (đơn vị nguyên tử) cho biểu thức: Z điện tích hạt nhân, MA khối lượng hạt nhân A, RAB khoảng cách hạt nhân A B, rij khoảng cách electron i j, riA khoảng cách electron i hạt nhân A 2.2.3 Kỹ thuật protein docking Protein docking thực Autodock Autodock vina [7], kỹ thuật sử dụng để dự đốn vị trí cấu hình thuận lợi mà phân tử ligand gắn kết đại phân tử protein (enzym) Phân tử ligand cho dịch chuyển tự không gian bao quanh phân tử protein để xác định vị trí có lượng gắn kết âm cách sử dụng hàm đánh giá phương pháp tìm kiếm cực trị tồn cục khác 2.2.4 Xây dựng mơ hình, tối ưu hóa cấu trúc phân tử Gaussian 09w: xây dựng mơ hình – tối ưu hóa cấu trúc hợp chất phức phương pháp học lượng tử: HF (Hartree Fock) với tập sở 3-21G 2.2.5 Xử lý liệu phân tích hồi quy Sử dụng phần mềm Statgraphics Centurion XVI 16.1.18, với cơng cụ phân tích tương quan đa biến (Multiple-Variable Analysis (Correlations)), khảo sát tương quan lượng gắn kết enzyme với nồng độ ức chế thực nghiệm IC50, có ý nghĩa thống kê với p