Đặc điểm dịch tễ học phân tử virus coxsackie a6 và a16 gây bệnh tay chân miệng tại miền bắc việt nam

TRƯỜNG ĐẠI HỌC BÁCH KHOA HÀ NỘI LUẬN VĂN THẠC SĨ Đặc điểm dịch tễ học phân tử virus coxsackie A6 A16 gây bệnh tay chân miệng Miền Bắc Việt Nam NGUYỄN THẾ ANH Ngành: Công nghệ sinh học Giảng viên hướng dẫn: TS Trần Thị Nguyễn Hòa PGS.TS Trần Liên Hà Viện: Công nghệ sinh học Công nghệ thực phẩm HÀ NỘI, 2020 TRƯỜNG ĐẠI HỌC BÁCH KHOA HÀ NỘI LUẬN VĂN THẠC SĨ Đặc điểm dịch tễ học phân tử virus coxsackie A6 A16 gây bệnh tay chân miệng Miền Bắc Việt Nam NGUYỄN THẾ ANH Ngành: Công nghệ sinh học Giảng viên hướng dẫn: TS Trần Thị Nguyễn Hòa Chữ ký GVHD PGS.TS Trần Liên Hà Viện: Chữ ký GVHD Công nghệ sinh học Công nghệ thực phẩm HÀ NỘI, 2020 CỘNG HÒA XÃ HỘI CHỦ NGHĨA VIỆT NAM Độc lập - Tự - Hạnh phúc BẢN XÁC NHẬN CHỈNH SỬA LUẬN VĂN THẠC SỸ Họ tên tác giả luận văn: Nguyễn Thế Anh Đề tài luận văn: Đặc điểm dịch tễ học phân tử virus coxsackie A6 A16 gây bệnh tay chân miệng miền Bắc Việt Nam Chuyên ngành: Công nghệ sinh học Mã số SV: CA180122 Tác giả, Người hướng dẫn khoa học Hội đồng chấm luận văn xác nhận tác giả sửa chữa, bổ sung luận văn theo biên họp Hội đồng ngày 30 tháng năm 2020 với nội dung sau: Chỉnh sửa lỗi đánh máy, định dạng văn Chỉnh sửa thuật ngữ dùng thống luận văn Chỉnh sửa tài liệu tham khảo theo định dạng chung Chỉnh sửa kết luận gọn gàng, phù hợp với mục tiêu Giáo viên hướng dẫn Ngày tháng năm 2020 Tác giả luận văn CHỦ TỊCH HỘI ĐỒNG GS.TS Nguyễn Văn Cách LỜI CẢM ƠN Với lòng người học trò, em xin bày tỏ lịng kính trọng biết ơn sâu sắc tới PGS.TS Trần Liên Hà, TS Trần Thị Nguyễn Hịa hướng dẫn tận tình, giúp đỡ chia sẻ khó khăn em suốt trình học tập nghiên cứu để thực đề tài Sự hướng dẫn tận tình kiến thức q báu đóng vai trị vơ quan trọng trình học tập, nghiên cứu khoa học để em hoàn thành luận văn Em xin gửi cảm ơn toàn thể anh chị nhân viên, kỹ thuật viên phịng thí nghiệm Virus đường ruột - Viện Vệ sinh Dịch tễ Trung ương giúp đỡ nhiệt tình, tạo điều kiện mặt trình thực luận văn Em xin cảm ơn tập thể thầy cô, chị đồng nghiệp giúp đỡ, tạo điều kiện, động viên em trình học tập thực luận văn Em xin cảm ơn Ban Giám Hiệu, Viện Đào tạo Sau đại học, Viện Công nghệ sinh học Công nghệ thực phẩm, phòng ban chức Trường đại học Bách Khoa Hà Nội giúp đỡ tạo điều kiện thuận lợi cho em hoàn thành luận văn Cuối cùng, em xin bày tỏ lòng biết ơn sâu sắc đến người thân gia đình bạn bè ln ủng hộ em suốt q trình làm đề tài Hà Nội, ngày tháng Tác giả Nguyễn Thế Anh năm 2020 MỤC LỤC ĐẶT VẤN ĐỀ CHƯƠNG TỔNG QUAN TÀI LIỆU 1.1 Đại cương bệnh tay chân miệng 1.1.1 Định nghĩa ca bệnh TCM 1.1.2 Tác nhân gây bệnh tay chân miệng 1.2 Vi rút đường ruột gây bệnh tay chân miệng 1.2.1 Phân loại 1.2.2 Hình thái cấu trúc vật liệu di truyền 1.2.3 Sự nhân lên virus tế bào vật chủ 1.2.4 Đặc điểm lý hóa 1.2.5 Các giai đoạn lâm sàng 1.3 Các đặc điểm dịch tễ 10 1.3.3 Tình hình bệnh tay chân miệng Việt Nam 12 1.3.4 Sự lưu hành kiểu VRĐR gây bệnh TCM giới Việt Nam 12 1.4 Các kỹ thuật chẩn đoán CV-A6 CV-A16 gây bệnh tay chân miệng 14 1.4.2 Nuôi cấy vi rút 15 1.4.3 Phương pháp sinh học phân tử 15 1.5 Điều trị phòng bệnh 17 1.5.1 Điều trị 17 1.5.2 Phòng bệnh 17 1.6 Tình hình nghiên cứu dịch tễ học phân tử CV-A6 CV-A16 gây bệnh tay chân miệng giới Việt Nam 18 1.6.1 Tình hình nghiên cứu giới 18 1.6.2 Tình hình nghiên cứu Việt Nam 20 CHƯƠNG ĐỐI TƯỢNG VÀ PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU 22 2.1 Đối tượng nghiên cứu 22 2.2 Thời gian địa điểm nghiên cứu 22 2.3 Vật liệu 22 2.4 Phương pháp nghiên cứu .24 2.4.1 Thiết kế nghiên cứu: 24 2.4.2 Quy trình nghiên cứu 24 2.4.3 Các số nghiên cứu 26 2.4.4 Các bước thực xác định týp vi rút giải trình tự gen vùng VP1 26 2.4.5 Phân tích đặc điểm di truyền vùng gen VP1 CV-A6, CV-A16 giai đoạn 2017-2018 27 CHƯƠNG KẾT QUẢ VÀ THẢO LUẬN 32 3.1 Đặc điểm dịch tễ bệnh tay chân miệng miền Bắc Việt Nam, giai đoạn 2017-2018 32 3.1.1 Đặc điểm dịch tễ bệnh từ mẫu ca TCM 32 3.1.2 Sự phân bố kiểu VRĐR gây bệnh TCM miền Bắc Việt Nam theo thời gian 32 3.1.3 Sự phân bố kiểu VRĐR theo tỉnh 36 3.1.4 Phân bố bệnh nhân TCM theo nhóm tuổi 39 3.1.5 Phân bố bệnh nhân theo phân độ lâm sàng 41 3.2 Đặc điểm phân tử vùng gen VP1 số chủng CV-A6, CV-A16 lưu hành miền Bắc Việt Nam giai đoạn 2017-2018 42 3.2.1 Kết giải trình tự gen CV-A6 CV-A16 42 3.2.2 Đặc điểm di truyền CV-A6 lưu hành miền Bắc Việt Nam năm 2017-2018 43 3.2.3 Đặc điểm di truyền CV-A16 lưu hành miền Bắc Việt Nam năm 2017-2018 47 3.3 Sự biến đổi acid amin vùng VP1 CV-A6 CV-A16 lưu hành miền Bắc, giai đoạn 2017-2018 51 3.3.1 Sự biến đổi acid amin CV-A6 52 3.3.2 Đột biến acid amin chủng CV-A16 55 CHƯƠNG KẾT LUẬN 57 4.1 Kết luận 57 4.1.1 Đặc điểm dịch tễ học phân tử CV-A6 CV-A16 gây bệnh tay chân miệng miền Bắc Việt Nam, giai đoạn 2017-2018 57 4.1.2 Đặc điểm di truyền vùng gen VP1 CV-A6 CV-A16 lưu hành miền Bắc Việt Nam, giai đoạn 2017-2018 57 4.2 Hướng phát triển luận văn tương lai 57 TÀI LIỆU THAM KHẢO 59 PHỤ LỤC 1: 70 PHỤ LỤC 72 PHỤ LỤC 78 CÁC CHỮ VIẾT TẮT aa ADN ARN CV-A CV-B E EV IC KSBT Nt PTN PV QĐ RT PCR rRT-PCR SHPT TCM TTYT UTR VP VRĐR VSDTTƯ Acid amin Acid Deoxyribose Nucleic Acid Ribonucleic Coxsackievirus A Coxsackievirus B Echovirus Enterovirus Intenal control Kiểm soát bệnh tật Nucleotide Phịng thí nghiệm Poliovirus Quyết định Reverse Transcription Polymerase Chain Reaction Realtime Reverse Transcription Polymerase Chain Reaction Sinh học phân tử Tay chân miệng Trung tâm Y tế Vùng không dịch mã Viral protein Virus đường ruột Viện Vệ sinh Dịch tễ Trung ương DANH MỤC HÌNH VẼ Hình 1.1 Hình ảnh trẻ mắc tay chân miệng Coxsackie A16 Hình 1.2 Cấu trúc chung vi rút đường ruột [8] Hình 1.3 Mơ hình gen vi rút đường ruột [1] Hình Sơ đồ nghiên cứu 25 Hình 3.1 Tỷ lệ týp VRĐR gây bệnh TCM miền Bắc Việt Nam, 33 Hình 3.2 Phân bố ca bệnh mắc TCM theo tháng miền Bắc Việt Nam giai đoạn 2017-2018 35 Hình 3.3 Tỷ lệ phân bố ca bệnh tay chân miệng theo tỉnh thành phố, năm 20172018 38 Hình 3.4 Phân bố bệnh nhân theo nhóm tuổi 39 Hình Phân bố bệnh nhân TCM theo độ lâm sàng miền Bắc Việt Nam, 2017-2018 41 Hình 3.6 Hình ảnh sản phẩm điện di CV-A6 42 Hình Cây di truyền phả hệ maximum likelihood (ML) xây dưng 1902 trình tự VP1 CV-A6 nghiên cứu (56 trình tự) trình tự thu thập từ GenBank Giá trị bootstrap 70% ẩn Nhóm ngoại (outgroup) trình tự VP1 CV-A10 (Kowalik) loại bỏ để dễ quan sát phân nhánh genogroup/subgenogroup 44 Hình 3.8 Cây di truyền phả hệ xây dựng trình tự VP1 (915 nucleotide) chủng CV-A6 lưu hành miền Bắc Việt Nam năm 2017-2018 số chủng đại diện trích từ di truyền phả hệ hình 3.7 46 Hình 3.9 Cây di truyền phả hệ maximum likelihood (ML) xây dưng 2377 trình tự VP1 CV-A16 nghiên cứu (21 trình tự) trình tự thu thập từ GenBank Giá trị bootstrap 70% ẩn Nhóm ngoại (outgroup) trình tự VP1 CV-A10 (Kowalik) loại bỏ để dễ quan sát phân nhánh genogroup/subgenogroup 48 Hình 10 Cây di truyền phả hệ xây dựng trình tự VP1 (891 nucleotide) chủng CV-A16 lưu hành miền Bắc Việt Nam năm 2017-2018 số chủng đại diện trích từ di truyền phả hệ hình 3.9 50 Hình 3.11 Đột biến acid amin chủng CV-A6 Các đột biến aa đánh dấu khung màu vàng 54 Hình 3.12 Đột biến acid amin chủng CV-A16 Các đột biến amino acid đánh dấu khung màu vàng 55 DANH MỤC BẢNG Bảng Bảng thu thập loại mẫu TCM năm 2017-2018 22 Bảng 3.1 Sự phân bố kiểu VRĐR năm 2017-2018 33 Bảng 3.2 Sự phân bố số ca nghiên cứu/ca dương tính VRĐR theo tỉnh 36 2017 International journal of infectious diseases : IJID : official publication of the International Society for Infectious Diseases, 80, 84–91 [67] Chen, X., Tan, X., Li, J., Jin, Y., Gong, L., Hong, M., Shi, Y., Zhu, S., Zhang, B., Zhang, S., Zhang, Y., Mao, N., & Xu, W (2013) Molecular epidemiology of coxsackievirus A16: intratype and prevalent intertype recombination identified PloS one, 8(12), e82861 [68] Cobbin, J., Britton, P N., Burrell, R., Thosar, D., Selvakumar, K., Eden, J S., Jones, C A., & Holmes, E C (2018) A complex mosaic of enteroviruses shapes community-acquired hand, foot and mouth disease transmission and evolution within a single hospital Virus evolution, 4(2), vey020 [69] Kumar, S., Stecher, G., & Tamura, K (2016) MEGA7: Molecular Evolutionary Genetics Analysis Version 7.0 for Bigger Datasets Molecular biology and evolution, 33(7), 1870–1874 [70] Chen, J F., Zhang, R S., Ou, X H., Chen F M., & Sun, B C (2014) The role of enterovirus 71 and coxsackievirus A strains in a large outbreak of hand, foot, and mouth disease in 2012 in Changsha, China Int J Infect Dis, vol 28, 17-25 [71] World Health Organization Regional Office for the Western Pacific (2017) Hand, Foot and Mouth Disease Situation Update Number 504 Manila : WHO Regional Office for the Western Pacific [72] World Health Organization Regional Office for the Western Pacific (2016) Hand, Foot, and Mouth Disease Situation Update Number 479 Manila : WHO Regional Office for the Western Pacific [73] Hoa-Tran, T N., Nguyen, A T., Dao, A., Kataoka, C., Ta, H., Nguyen, H., Takemura, T., Nguyen, T., Vu, H M., Nguyen, T., & Shimizu, H (2020) Genetic characterization of VP1 of coxsackieviruses A2, A4, and A10 associated with hand, foot, and mouth disease in Vietnam in 20122017: endemic circulation and emergence of new HFMD-causing lineages Archives of virology, 165(4), 823–834 [74] Aswathyraj, S., Arunkumar, G., Alidjinou, E K., & Hober, D (2016) Hand, foot and mouth disease (HFMD): emerging epidemiology and the need for a vaccine strategy Medical microbiology and immunology, 205(5), 397–407 67 [75] Trần Như Dương, Phạm Thị Cẩm Hà, Vũ Đình Thiểm, Nguyễn Thị Hiền Thanh (2013) Đặc điểm dịch tay chân miệng miền Bắc Việt Nam, năm 2012 Tạp chí Y học Dự phòng, 11(147), 134–141 [76] Lê Thị Kim Trang, Huỳnh Kim Mai, Diệp Thùy Dung, Nguyễn Bảo Triệu, Viên Quang Mai (2017) Sự lưu hành coxsackievirus A16, coxsackievirus A10 coxsackievirus A6 gây dịch bệnh tay chân miệng khu vực miền Trung năm 2016 Tạp chí Y học Dự phòng, số 27 (8), 557– 561 [77] Đồn Ngọc Minh Qn, Phan Cơng Hùng, Nguyễn Thị Thanh Thảo, Nguyễn Thị Phương Thúy, Nguyễn Vũ Thượng, Phan Trọng Lân (2016) Đặc điểm dịch tễ bệnh tay chân miệng khu vực phía Nam, giai đoạn 2013 – 2016 Tạp chí Y học Dự phịng, số 27(11), 129–134 [78] Qi, L., Tang, W., Zhao, H., Ling, H., Su, K., Zhao, H., Li, Q., & Shen, T (2018) Epidemiological Characteristics and Spatial-Temporal Distribution of Hand, Foot, and Mouth Disease in Chongqing, China, 2009-2016 International journal of environmental research and public health, 15(2), 270 [79] Linsuwanon, P., Puenpa, J., Huang, S W., Wang, Y F., Mauleekoonphairoj, J., Wang, J R., & Poovorawan, Y (2014) Epidemiology and seroepidemiology of human enterovirus 71 among Thai populations Journal of biomedical science, 21(1), 16 [80] Hongyan, G., Chengjie, M., Qiaozhi, Y., Wenhao, H., Juan, L., Lin, P., Yanli, X., Hongshan, W., & Xingwang, L (2014) Hand, foot and mouth disease caused by coxsackievirus A6, Beijing, 2013 The Pediatric infectious disease journal, 33(12), 1302–1303 [81] Li, J., Sun, Y., Du, Y., Yan, Y., Huo, D., Liu, Y., Peng, X., Yang, Y., Liu, F., Lin, C., Liang, Z., Jia, L., Chen, L., Wang, Q., & He, Y (2016) Characterization of Coxsackievirus A6- and Enterovirus 71-Associated Hand Foot and Mouth Disease in Beijing, China, from 2013 to 2015 Frontiers in microbiology, 7, 391 [82] J Li, Y Sun, Y Du, Y Yan, D Huo, Y Liu, X Peng, Y Yang, F Liu, C Lin, Z Liang, L Jia, L Chen, Q Wang, and Y He, “Characterization of Coxsackievirus A6- and Enterovirus 71-Associated Hand Foot and Mouth Disease in Beijing, China, from 2013 to 2015,” Frontiers in microbiology, vol 7, pp 391-391, 2016 68 [83] Zhu, Z., Zhu, S., Guo, X., Wang, J., Wang, D., Yan, D., Tan, X., Tang, L., Zhu, H., Yang, Z., Jiang, X., Ji, Y., Zhang, Y., & Xu, W (2010) Retrospective seroepidemiology indicated that human enterovirus 71 and coxsackievirus A16 circulated wildly in central and southern China before large-scale outbreaks from 2008 Virology journal, 7, 300 [84] Chang, L Y., Lin, T Y., Huang, Y C., Tsao, K C., Shih, S R., Kuo, M L., Ning, H C., Chung, P W., & Kang, C M (1999) Comparison of enterovirus 71 and coxsackie-virus A16 clinical illnesses during the Taiwan enterovirus epidemic, 1998 The Pediatric infectious disease journal, 18(12), 1092–1096 [85] Hassel, C., Mirand, A., Farkas, A., Diedrich, S., Huemer, H P., PeigueLafeuille, H., Archimbaud, C., Henquell, C., Bailly, J L., & HFMD French Study Network (2017) Phylogeography of Coxsackievirus A16 Reveals Global Transmission Pathways and Recent Emergence and Spread of a Recombinant Genogroup Journal of virology, 91(18), e00630-17 [86] Du, Z., Zhao, Y., Luo, Y., Du, L., Gan, Q., Zhang, H., Li, J., Yang, Z., & Ma, S (2019) Ongoing change of severe hand, foot, and mouth disease pathogens in Yunnan, China, 2012 to 2016 Journal of medical virology, 91(5), 881–885 [87] Zhang, Y., Wang, D., Yan, D., Zhu, S., Liu, J., Wang, H., Zhao, S., Yu, D., Nan, L., An, J., Chen, L., An, H., Xu, A., & Xu, W (2010) Molecular evidence of persistent epidemic and evolution of subgenotype B1 coxsackievirus A16-associated hand, foot, and mouth disease in China Journal of clinical microbiology, 48(2), 619–622 [88] Ren, J., Wang, X., Zhu, L., Hu, Z., Gao, Q., Yang, P., Li, X., Wang, J., Shen, X., Fry, E E., Rao, Z., & Stuart, D I (2015) Structures of Coxsackievirus A16 Capsids with Native Antigenicity: Implications for Particle Expansion, Receptor Binding, and Immunogenicity Journal of virology, 89(20), 10500–10511 [89] Xu, L., Zheng, Q., Li,, S Li, M He, Y Wu, Y Li, R Zhu, H Yu, Q Hong, J Jiang, Z Li, S Li, H Zhao, L Yang, W Hou, W Wang, X Ye, J Zhang, T S Baker, T Cheng, Z H Zhou, X Yan, and N Xia.(2017) “Atomic structures of Coxsackievirus A6 and its complex with a neutralizing antibody,” Nature Communications, 8(1), 505 69 [90] Chen, M., Zuo, X., Tan, Y., Ju, Y., Bi, F., Wang, H., & Chen, M (2019) Six amino acids of VP1 switch along with pandemic of CV-A6-associated HFMD in Guangxi, southern China, 2010-2017 The Journal of infection, 78(4), 323–337 PHỤ LỤC 1: PHIẾU ĐIỀU TRA BỆNH TAY CHÂN MIỆNG Họ tên bệnh nhân: ……… …… Ngày tháng năm sinh: ……/……./… Giới tính: Nam  Nữ Dân tộc: ………………… Họ tên mẹ (bố, người chăm sóc): ………………………… … Điện thoại: …………………… Địa chỉ: Thơn/xóm/tổ: ………………… Xã: …………… Huyện: ……………… Tỉnh: ………… Ngày khởi bệnh: …… /……./…… Ngày vào viện …… /… /……… 10 Tên sở điều trị: ……………… 11 Địa sở điều trị: …………… … 12 Lý vào viện: 13 Những triệu chứng từ lúc khởi phát đến nhập viện: -  Sốt -  Ban dạng nước -  Dấu hiệu màng não -  Đau họng +  tay +  chân -  Quấy khóc -  Mệt mỏi +  mơng +  đầu gối -  Giật -  Chán ăn -  Loét miệng -  Co giật -  Tiêu chảy - Ban dạng khác -  Liệt mềm cấp -  Nôn -  Rối loạn tim mạch, hô hấp -  Rối loạn tri giác 14 Phân độ lâm sàng nhập viện: 1 2a 2b 3 4 15 Trẻ có học khơng (mầm non, nhà trẻ, mẫu giáo, nhóm trẻ gia đình): có khơng 16 Lấy mẫu kết xét nghiệm: Phân Ngày lấy: ……./……/…… Kết (nơi làm XN điền): Dịch ngoáy họng: Ngày lấy: …/…/……Kết (nơi làm XN điền): 70 17 Phân độ lâm sàng nặng trình bị bệnh : 1 2a 2b 3 4 Ngày điều tra: ……./……/……… Người điều tra (Ký, ghi rõ họ tên) 71 PHỤ LỤC Bảng chủng tham chiếu lấy từ Genbank Trình tự gen VP1 chủng so sánh chủng đại diện cho số khu vực giới công bố ngân hàng gen giới (GenBank) địa website: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/ với mã đăng ký tên chủng sau: CVA6 Nước Vùng Năm - - 2004 Gdula AY421764 Sơn Đông 1992 92022/SD/CHN/1992 JQ364886 Sơn Đông 1996 96188/SD/CHN/1996 JQ364887 Sơn Đông 2010 10032/SD/CHN/2010/CA6 JQ364889 Thái Châu 2008 2008-EV-390 KM079502 Thái Châu 2011 11MF7_Q1_2011 KJ609188 Quảng Đông 2009 2009-EV-106 KM079505 Thượng Hải 2010 SHAPHC1203/SH/CHN/10 JX495122 Phúc Kiến 2011 2011FJQZ495 KJ743211 Trường Sa 2012 CS655/HN/CHN/12 KJ784508 Vân Nam 2014 R23-YN-CHN-2014 LC013470 Đài Loan 2010 TW/409/10 JQ946055 Vân Nam 2017 38-YN-CHN-2017 LC413124 - 2017 XS-45 MH536772 Quý Châu 2015 56-GZ/CHN-2015AFP MF455511 Bắc Kinh 2014 CVA6/S2534/BJ/CHN/2014 MF285644 Bắc Kinh 2016 CVA6/S3571/BJ/CHN/2016 MF285676 Hồng Kông 2015 HK458288/2015 MH049748 - 2105 SDWH/15024/China/2015 MH086164 Sơn Đông 2015 DY005R/Shandong/China/2015 KY126090 Thái Lan - 2014 TH/CU1368/A/2014 KX212494 - 2014 TH/CU1243/A/2014 KX212491 Kyoto 1999 Kyoto1 AB779614 Kyoto 2003 Kyoto2 AB779616 Trung Quốc Nhật Bản Tên chủng Mã chủng 72 Anh Tây Ban Nha Kyoto 2009 Kyoto4 AB779617 - 2013 V13/Ed/UK/201 KP144339 Valencia 2008 ESP08/54698 FR797988 Valencia 2008 ESP08/54694 FR797987 2008 Finland/2008 KM114057 - - N-313 JN203517 Đồng Nai 2014 VN25 MF578306 Đồng Nai 2014 VN33 MF578314 Long An 2012 VN46 MF578327 Bình Dương 2014 VN73 MF578354 Tiền Giang 2015 VN32 MF578313 Hồ chí Minh 2015 VN90 MF578371 VNM/1.1/2014 KX430795 Hồ chí Minh 2014 VN53 MF578334 Hồ chí Minh 2014 VN10 MF578291 Hồ chí Minh 2014 VNM/4.1/2014 KX430801 Hồ chí Minh 2011 VN1 MF578282 Hồ chí Minh 2014 VN93 MF578374 Hồ chí Minh 2014 VNM/2.1/2014 KX430797 Phần Lan Ấn Độ CVA6 Việt Nam Hồ chí Minh 2014 - Trung Quốc CVA16 - 1994 G-10 U05876 Hà Nam 2010 CA16/HN1539/CHN/2010 JF695007 Fuyang 2008 FY18 EU812514 Thượng Hải 2017 CVA16/Shenzhen259/CHN/2017 MH004029 - 2008 QH0269T/QH/CHN/2008 GQ429268 - 2009 LC0017F/SD/CHN/2009/CA16 GQ253389 - 2009 SD09-05 KF193621 Phía nam 2008 SZ/HK08-7 GQ279371 - 2011 HN11-03 KF193623 - 2010 NJ10-75 KC755233 Trường Sa 2012 CS397/HN/CHN/12 KJ156348 73 Thượng Hải 2009 SH/CHN/2009 JQ034149 - 2011 BJ11/03 JX068830 Changsha 2012 CS722/HN/CHN/12 KJ156345 Trung Quốc Thâm Quyến 2011 Trường Sa 2012 S425/HN/CHN/12 KJ156347 Vân Nam 2008 KMM/08 HQ423141 Thâm Quyến Thâm Quyến SHZH2011-0701 Shenzhen375/CHN/2017 2017 MH004037 Shenzhen292/CHN/2017 2017 MH004032 Thâm Quyến 2017 Vân Nam 2016 J73-YN-CHN-2016 LC412321 Vân Nam 2016 J44-YN-CHN-2016 LC412314 Vân Nam 2016 J51-YN-CHN-2016 LC412315 Sơn Đông 2009 LC0036F/SD/CHN/2009 GQ253390 - 2000 TS1-2000/THAI/00 AM292477 - 2017 CA16/TH/MUMT-1/2017 MH879032 - 2014 SiICRC01/TH/2014 KM675925 - 2015 CA16/TH/MUMT-1/2015 MH879030 1997 MY823-3/SAR/97 AM292433 - 2005 PM-31376-05 JQ746677 - 1998 UM16809/MAL/98 AM292483 - 1999 UM12593/MAL/99 AM292478 Sarawak 1998 S10432/SAR/98 AM292455 CVA16 Thái Lan Malaysia Sarawak 22/SZLG/2017 Toyama Nhật Bản Australia JX473419 MH644626 418/Toyama/2006 AB465402 2006 Toyama 2007 459/Toyama/2007 AB465404 Toyama 1995 392/Toyama/1995 AB465370 - 2016 C138/CHW/AUS/2016 MH111071 74 - 2006 NSW-V43-2006 MF678332 - 2008 CVA16_B_BUD22_HUN_2008 LT617093 2008 ESP08/54682 FR798001 2014 PMB104117_FRA14 LT577786 VNM/9.2/2014 KX430812 Việt Nam Hồ Chí Minh 2014 VNM/11.2/2014 KX430816 Hồ Chí Minh 2014 VNM/10.1/2014 KX430813 Hungary Tây Ban Nha Pháp Valencia - Hồ Chí Minh 2014 Miền Nam 2005 1018T/VNM/05 AM292441 - - 2013 BrCr AB777928 Trung Quốc Changsha 2012 CS156/HN/CHN/1 KJ784499 Vân Nam 2010 10/EV71/YN/CHN/2010 JN251923 2008 Fuyang22 EU913466 Bắc Kinh 2008 CY11/BJ/CHN/200 FJ469153 Trường Sa 2012 CS591/HN/CHN/12 KJ156339 Đài Loan 2011 C4-NHRIH2011053-V120603591 KF306099 Thâm Quyến - shzh04-3 AY895142 - - H25-CHN-00 AB115492 Vân Nam 2017 J32-YN-CHN-2017 LC413061 Vân Nam 2017 EV71/CZTN01/CHN/2017 LC412876 Vân Nam 2017 P13-YN-CHN-2017 LC413075 Thượng Hải 2017 26/SZLG/2017 MH644612 - 2017 0070_WZH_GX_CHN_2017 MK838983 Thượng Hải 2017 EV71/sHFMD04/Shenzhen/2017 MH716157 Thượng Hải 2017 EV71-10/SZLG/2017 MH644600 EV71-23/SZLG/2017 MH644609 Fuyang EVA71 Trung Quốc Thượng Hải Thượng Hải 2017 EV71-21/SZLG/2017 MH644607 Hồ Nam 2013 S0254a MK307505 EV71/CZTN01/CHN/2017 MG431943 Thường Châu 2017 75 Tây Ban Nha - 2002 ES03/GC/W/02 HQ676157 - - KOR-EV71-01 AY125966 Miền Nam 2011 03-KOR-00 DQ341356 Phần Lan - 2007 FI07/ns/W/07 HQ676169 Anh - 2006 H0/6290/135/2006 AM939605 Hungary - - Hungary 78 AB059815 Hoa Kỳ - - 1410-CA-86 AF009525 - 2008 NUH0083/SIN/08 FJ461781 - 1998 3799/SIN/98 AF376117 Malaysia - 2000 S21082/SAR/00 AF376084 Brunei - 2006 BRU/2006/35334 JN992282 - 2017 THA/CU2638/2017 MG843954 - 2014 SiICRC02/TH/2014 KM675917 An Giang 2013 B5-746P-2013 KU888148 Cà Mau 2012 B5-ND-160 KU159511 Bắc Giang 2013 B5-746P-2013 KU159446 Đồng Tháp 2013 B5-527P-2013 KU888072 Hàn Quốc Singapore Thái Lan EVA71 Bà Rịa Vũng Tàu B5-744N-2013 2013 KU888147 2012 KU159454 Hà Nội Việt Nam Hưng Yên 2012 B5-ND-12 KU159451 Vĩnh Long 2013 B5-703P-2013 KU888139 Tây Ninh 2012 B5-ND-124 KU159493 76 Tiền Giang 2013 B5-456P-2013 KU888059 Bình Phước 2012 C4-ND-55 KU159468 Bến Tre 2012 C4-ND-158 KU159439 Vĩnh Phúc 2012 C4-ND-20 KU159456 Bắc Giang 2012 C4-ND-126 KU159495 Vũng Tàu 2012 C4-ND-137 KU159435 Vĩnh Long 2012 C4-ND-152 KU159437 Trà Vinh 2012 C4-ND-106 KU159485 Hưng Yên 2012 C4-ND-21 KU159457 Đồng Tháp 2012 C4-ND-109 KU159487 Bắc Ninh 2012 C4-ND-22 KU159458 An Giang 2013 B5-746P-2013 KU888148 Cà Mau 2012 B5-ND-160 KU159511 Hà Nội 2015 088TS/NHP MH557127 Hà Nội 2015 140TS/NHP MH557155 - 2015 B5-102 MH716359 Hà Nội 2015 034TS/NHP MH557114 Hà Nội 2015 023TS/NHP MH557108 Hà Nội 2015 009TS/NHP MH557102 Bình Dương 2014 B5-93 MH716350 - 2014 B5-109 MH716366 Hà Nội 2015 079TS/NHP MH557121 Hà Nội 2015 069TS/NH MH557117 Miền Nam 2005 933V/VNM/05 AM490161 Miền nam 2005 1277S/VNM/05 AM490148 2003 Kowalik AY421767 Việt Nam EVA71 CVA10 - 77 PHỤ LỤC Kết thực giải trình tự vùng gen VP1 chủng CV-A6 CV-A16 miền Bắc Việt Nam, 2017-2018 STT Mã mẫu Độ dài Chi/loài Kết định danh VRĐR Kiểu Kiểu gen VRĐR (Genotype/ (Serotype) Genogroup) HVN17.020.THAI_BINH 915bp Enterovirus A CV-A6 D3 HVN17.025.THAI_BINH 915bp Enterovirus A CV-A6 D3 HVN17.036.THAI_BINH 915bp Enterovirus A CV-A6 D3 HVN17.051.HAI_PHONG 915bp Enterovirus A CV-A6 D3 HVN17.057.THAI_BINH 915bp Enterovirus A CV-A6 D3 HVN17.065.THAI_BINH 915bp Enterovirus A CV-A6 D3 HVN17.082.THAI_BINH 915bp Enterovirus A CV-A6 D3 HVN17.089.THAI_BINH 915bp Enterovirus A CV-A6 D3 HVN17.090.THAI_BINH 915bp Enterovirus A CV-A6 D3 10 HVN17.094.THAI_BINH 915bp Enterovirus A CV-A6 D3 11 HVN17.099.THAI_BINH 915bp Enterovirus A CV-A6 D3 12 HVN17.105.THAI_BINH 915bp Enterovirus A CV-A6 D3 13 HVN17.113.THAI_BINH 915bp Enterovirus A CV-A6 D3 14 HVN17.121.HAI_PHONG 915bp Enterovirus A CV-A6 D3 15 HVN17.147.HAI_PHONG 915bp Enterovirus A CV-A6 D3 16 HVN17.150.THAI_BINH 915bp Enterovirus A CV-A6 D3 17 HVN17.162.THAI_BINH 915bp Enterovirus A CV-A6 D3 18 HVN17.165.THAI_BINH 915bp Enterovirus A CV-A6 D3 19 HVN17.171.HAI_PHONG 915bp Enterovirus A CV-A6 D3 20 HVN17.174.HAI_PHONG 915bp Enterovirus A CV-A6 D3 21 HVN17.180.THAI_BINH 915bp Enterovirus A CV-A6 D3 22 HVN17.199.HOA_BINH 915bp Enterovirus A CV-A6 D3 23 HVN17.201.THAI_BINH 915bp Enterovirus A CV-A6 D3 78 STT Mã mẫu Độ dài Chi/loài Kết định danh VRĐR Kiểu Kiểu gen VRĐR (Genotype/ (Serotype) Genogroup) 24 HVN17.205.THAI_BINH 915bp Enterovirus A CV-A6 D3 25 HVN17.211.THAI_BINH 915bp Enterovirus A CV-A6 D3 26 HVN17.214.THAI_BINH 915bp Enterovirus A CV-A6 D3 27 HVN18.003.SON_LA 915bp Enterovirus A CV-A6 D3 28 HVN18.016.SON_LA 915bp Enterovirus A CV-A6 D3 29 HVN18.025.THAI_BINH 915bp Enterovirus A CV-A6 D3 30 HVN18.231.THAI_BINH 915bp Enterovirus A CV-A6 D3 31 HVN18.286.THAI_BINH 915bp Enterovirus A CV-A6 D3 32 HVN18.299.HA_NOI 915bp Enterovirus A CV-A6 D3 33 HVN18.328.SON_LA 915bp Enterovirus A CV-A6 D3 34 HVN18.336.HAI_PHONG 915bp Enterovirus A CV-A6 D3 35 HVN18.342.HA_NOI 915bp Enterovirus A CV-A6 D3 36 HVN18.344.THAI_BINH 915bp Enterovirus A CV-A6 D3 37 HVN18.350.HAI_PHONG 915bp Enterovirus A CV-A6 D3 38 HVN18.362.DIEN_BIEN 915bp Enterovirus A CV-A6 D3 39 HVN18.368.HA_TINH 915bp Enterovirus A CV-A6 D3 40 HVN18.374.HAI_PHONG 915bp Enterovirus A CV-A6 D3 41 HVN18.378.NAM_DINH 915bp Enterovirus A CV-A6 D3 42 HVN18.381.DIEN_BIEN 915bp Enterovirus A CV-A6 D3 43 HVN18.386.PHU_THO 915bp Enterovirus A CV-A6 D3 44 HVN18.397.THAI_BINH 915bp Enterovirus A CV-A6 D3 45 HVN18.403.HUNG_YEN 915bp Enterovirus A CV-A6 D3 46 HVN18.407.HAI_PHONG 915bp Enterovirus A CV-A6 D3 47 HVN18.408.HAI_PHONG 915bp Enterovirus A CV-A6 D3 48 HVN18.412.HAI_DUONG 915bp Enterovirus A CV-A6 D3 915bp Enterovirus A CV-A6 D3 49 HVN18.417.HA_NOI 79 STT Mã mẫu Độ dài Chi/loài Kết định danh VRĐR Kiểu Kiểu gen VRĐR (Genotype/ (Serotype) Genogroup) 50 HVN18.428.THAI_BINH 915bp Enterovirus A CV-A6 D3 51 HVN18.432.NGHE_AN 915bp Enterovirus A CV-A6 D3 52 HVN18.439.NINH_BINH 915bp Enterovirus A CV-A6 D3 53 HVN18.496.HAI_PHONG 915bp Enterovirus A CV-A6 D3 54 HVN18.499.HA_NOI 915bp Enterovirus A CV-A6 D3 55 HVN18.501.SON_LA 915bp Enterovirus A CV-A6 D3 56 HVN18.504.HOA_BINH 915bp Enterovirus A CV-A6 D3 57 HVN17_060_Thai_Binh 891bp Enterovirus A CV-A16 B1a 58 HVN17_062_Thai_Binh 891bp Enterovirus A CV-A16 B1a 59 HVN17_077_Thai_Binh 891bp Enterovirus A CV-A16 B1a 60 HVN17_084_Thai_Binh 891bp Enterovirus A CV-A16 B1a 61 HVN17_103_Thai_Binh 891bp Enterovirus A CV-A16 B1a 62 HVN17_108_Thai_Binh 891bp Enterovirus A CV-A16 B1a 63 HVN17_120_Hai_Phong 891bp Enterovirus A CV-A16 B1a 64 HVN17_129_Hai_Phong 891bp Enterovirus A CV-A16 B1a 65 HVN17_132_Hai_Phong 891bp Enterovirus A CV-A16 B1a 66 HVN17_149_Thai_Binh 891bp Enterovirus A CV-A16 B1a 67 HVN17_152_Thai_Binh 891bp Enterovirus A CV-A16 B1a 68 HVN17_156_Thai_Binh 891bp Enterovirus A CV-A16 B1a 69 HVN17_159_Thai_Binh 891bp Enterovirus A CV-A16 B1a 70 HVN17_177_Hai_Phong 891bp Enterovirus A CV-A16 B1a 71 HVN17_187_Nghe_An 891bp Enterovirus A CV-A16 B1a 72 HVN17_188_Bac_Kan 891bp Enterovirus A CV-A16 B1a 73 HVN17_208_Hoa_Binh 891bp Enterovirus A CV-A16 B1a 74 HVN18_001_Ha_Giang 891bp Enterovirus A CV-A16 B1a 75 HVN18_015_Ha_Giang 891bp Enterovirus A CV-A16 B1a 80 STT Mã mẫu Độ dài Chi/loài Kết định danh VRĐR Kiểu Kiểu gen VRĐR (Genotype/ (Serotype) Genogroup) 76 HVN18_020_Son_La 891bp Enterovirus A CV-A16 B1a 77 HVN18_168_Son_La 891bp Enterovirus A CV-A16 B1a 81 ... 4.1.1 Đặc điểm dịch tễ học phân tử CV -A6 CV -A16 gây bệnh tay chân miệng miền Bắc Việt Nam, giai đoạn 2017-2018 57 4.1.2 Đặc điểm di truyền vùng gen VP1 CV -A6 CV -A16 lưu hành miền Bắc Việt Nam, ... nghiên cứu dịch tễ học phân tử CV -A6 CV -A16 gây bệnh tay chân miệng giới Việt Nam 1.6.1 Tình hình nghiên cứu giới Các nghiên cứu dịch tễ học phân tử VRĐR gây bệnh TCM với EV-A71, CV -A16 CV -A6 tác... TRƯỜNG ĐẠI HỌC BÁCH KHOA HÀ NỘI LUẬN VĂN THẠC SĨ Đặc điểm dịch tễ học phân tử virus coxsackie A6 A16 gây bệnh tay chân miệng Miền Bắc Việt Nam NGUYỄN THẾ ANH Ngành: Công nghệ sinh học Giảng viên