Nghiên cứu ứng dụng vật liệu nano sắt từ fe3o4 trong phân tách DNA

ĐẠI HỌC QUỐC GIA TP HCM TRƯỜNG ĐẠI HỌC BÁCH KHOA LÊ THỊ NGỌC HẠNH NGHIÊN CỨU ỨNG DỤNG VẬT LIỆU NANO SẮT TỪ Fe3O4 TRONG PHÂN TÁCH DNA Chuyên ngành: Công nghệ sinh học Mã số: 60.42.02.01 LUẬN VĂN THẠC SĨ TP HỒ CHÍ MINH, tháng năm 2018 Cơng trình hồn thành tại: Trường Đại học Thủ Dầu Một, Bình Dương Cán hướng dẫn khoa học: TS Nguyễn Thị Liên Thương, TS Hồ Viết Thế Cán chấm nhận xét 1: Cán chấm nhận xét 2: Luận văn thạc sĩ bảo vệ Trường Đại học Bách Khoa, ĐHQG Tp HCM ngày … tháng … năm …… Thành phần Hội đồng đánh giá luận văn thạc sĩ bao gồm: (Ghi rõ họ, tên, học hàm, học vị Hội đồng chấm bảo vệ luận văn thạc sĩ) Xác nhận Chủ tịch Hội đồng đánh giá LV Trưởng Khoa quản lý chuyên ngành sau luận văn sửa chữa (nếu có) CHỦ TỊCH HỘI ĐỒNG TRƯỞNG KHOA KTHH ĐẠI HỌC QUỐC GIA TP.HCM CỘNG HÒA XÃ HỘI CHỦ NGHĨA VIỆT NAM TRƯỜNG ĐẠI HỌC BÁCH KHOA Độc lập - Tự - Hạnh phúc NHIỆM VỤ LUẬN VĂN THẠC SĨ Họ tên học viên: Lê Thị Ngọc Hạnh MSHV: 1570054 Ngày, tháng, năm sinh: 24/11/1992 Nơi sinh: Tiền Giang Chuyên ngành: Công nghệ sinh học Mã số: 60.42.02.01 I TÊN ĐỀ TÀI: Nghiên cứu ứng dụng vật liệu nano sắt từ Fe3O4 phân tách DNA NHIỆM VỤ VÀ NỘI DUNG Tạo hạt nano sắt từ Fe3O4 Fe3O4@SiO2 Thử nghiệm hạt nano tạo vào việc thu hồi DNA từ vi khuẩn, tảo, nấm, tế bào động vật II NGÀY GIAO NHIỆM VỤ: 07/2017 III NGÀY HOÀN THÀNH NHIỆM VỤ: 07/2018 IV CÁN BỘ HƯỚNG DẪN : TS Nguyễn Thị Liên Thương, TS Hồ Viết Thế Tp HCM, ngày tháng năm 20 CÁN BỘ HƯỚNG DẪN CHỦ NHIỆM BỘ MÔN ĐÀO TẠO (Họ tên chữ ký) (Họ tên chữ ký) TRƯỞNG KHOA KTHH (Họ tên chữ ký) LỜI CẢM ƠN Trong suốt thời gian thực khóa luận chúng tơi nhận giúp đỡ hướng dẫn tận tình Q Thầy Cơ, gia đình bạn bè Với lòng biết ơn sâu sắc, xin chân thành cảm ơn: Ban chủ nhiệm mơn Cơng nghệ sinh học, khoa Kỹ thuật hóa học, Đại học Bách Khoa, Ban chủ nhiệm, Trung tâm thực nghiệm Đại học Thủ Dầu Một, ban chủ nhiệm khoa Công nghệ Sinh học Kỹ thuật môi trường trường Đại học Cơng Nghiệp Thực Phẩm TP Hồ Chí Minh tạo điều kiện thuận lợi, giúp đỡ để chúng tơi hồn thành tốt luận văn cao học Tơi xin chân thành cảm ơn TS Nguyễn Thị Liên Thương – ĐH Thủ Dầu Một, Bình Dương TS Hồ Viết Thế - ĐH Cơng nghiệp Thực phẩm TP Hồ Chí Minh ln tận tình hướng dẫn, giúp đỡ động viên, hỗ trợ kiến thức, đồng thời tạo điều kiện thuận lợi từ việc định hướng đề tài đến theo sát tiến trình thí nghiệm Tơi học nhiều điều hay thầy lịng nhiệt huyết, tinh thần trách nhiệm cơng việc, tình yêu thương người Tôi xin gởi lời cảm ơn đến thầy cô anh chị phụ trách phịng thí nghiệm ĐH Thủ Dầu Một ĐH Cơng nghiệp Thực phẩm TP Hồ Chí Minh tận tình giúp đỡ hỗ trợ tơi suốt thời gian thí nghiệm trường Ngồi ra, chúng tơi xin gửi lời cảm ơn đến gia đình bạn bè bên cạnh động viên, tiếp thêm nghị lực cho suốt thời gian qua Cuối cùng, xin gởi lời cám ơn đến anh chị khóa trên, bạn khóa bạn khóa hỗ trợ nhiệt tình, trao đổi kinh nghiệm tiến trình thí nghiệm để tơi hoàn thành tốt luận văn Do giới hạn kiến thức thời gian nên đề tài khơng tránh khỏi thiếu sót Chúng tơi mong nhận đóng góp q Thầy Cơ để đề tài hồn thiện i TĨM TẮT LUẬN VĂN Đề tài luận văn: “Nghiên cứu ứng dụng vật liệu nano sắt từ Fe3O4 phân tách DNA” Hạt nano sắt từ tạo phương pháp đồng kết tủa sau bọc SiO2 phương pháp Stưber Với đặc điểm đặc trưng, kích thước hạt nano Fe3O4 – nm Fe3O4@SiO2 80 – 100 nm, hạt nano sử dụng để thu nhận DNA từ đối tượng mẫu khác nhau: DNA sau PCR, vi khuẩn E coli DH5α, tảo Spirulina platensis, Cordyceps militaris, máu lợn Lượng hạt nano sử dụng khác cho kết khác Sử dụng hạt nano để thu nhận DNA từ vi khuẩn E coli cho kết thấp sử dụng kit Tuy nhiên, đối tượng lại (tảo, nấm, máu), lượng DNA thu nhận phương pháp sử dụng hạt nano sắt từ Fe3O4 Fe3O4@SiO2 tương đương với sử dụng kit thương mại (về mặt thống kê) Độ tinh DNA thu nhận cách sử dụng hạt nano chưa tinh tất đối tượng thử nghiệm Ở tất trường hợp, thời gian thực để thu nhận DNA sử dụng hạt nano tối ưu nhất, ra, người thực khơng phải tiếp xúc hóa chất độc hại, đặc biệt hơn, sử dụng hạt nano để tách DNA E coli máu lợn, hoàn tồn khơng cần sử dụng máy ly tâm, thực phịng thí nghiệm đơn giản điều kiện khơng có điện Trên đối tượng thử nghiệm, lượng DNA thu phương pháp sử dụng hạt nano Fe3O4 Fe3O4@SiO2 nhau, khơng có sai khác mặt thống kê ii SUMMARY “Application of Fe3O4 nano magnetic particles in DNA separation” Magnetic nanoparticles had formed by co-precipitation and coated with SiO2 by the Stöber method The size of Fe3O4 nanoparticles is - nm and Fe3O4@SiO2 is 80-100 nm which have specific characteristics These nanoparticles are used to separate DNA from various samples: DNA after PCR, E coli DH5α, Spirulina platensis, Cordyceps militaris, swine blood The amount of nanoparticles used varies for different results The yield of DNA extracted from E coli by the method of using magnetic nanoparticles is lower than kit However, in the remaining subjects (algae, fungi, blood), the yield of DNA extracted by the method of using magnetic nanoparticles from Fe3O4 and Fe3O4@SiO2 was the same as when using the commercial kit (statistically) The purity of the extracted DNA by magnetic nanoparticles is not high In all cases, method of using nanoparticles is less time consuming than kit and phenol – chloroform method, in addition, it eliminates the danger of lab personnel being exposed to harmful chemicals Specifically, separation of DNA from E coli and swine blood with magnetic nanoparticles, absolutely, not use the centrifuge, which can be done in simple laboratories or in the field conditions when electricity is not available On the tested samples, the yield of DNA extracted by using Fe3O4 and Fe3O4@SiO2 nanoparticles was the same, with no statistically significant difference iii LỜI CAM ĐOAN Tôi cam đoan đề tài luận văn cao học tơi thực Các số liệu thu thập kết phân tích báo cáo trung thực, khơng chép từ đề tài nghiên cứu khoa học TP Hồ Chí Minh, ngày 11 tháng 07 năm 2018 Học viên thực iv MỤC LỤC DANH MỤC HÌNH viii DANH MỤC BẢNG ix DANH MỤC CHỮ VIẾT TẮT x CHƯƠNG MỞ ĐẦU .1 1.1 Đặt vấn đề 1.2 Mục tiêu nghiên cứu .2 1.3 Nội dung nghiên cứu CHƯƠNG TỔNG QUAN .3 2.1 Giới thiệu sơ lược vật liệu nano .4 2.2 Các phương pháp thu nhận DNA .4 2.3 Tóm tắt lịch sử ứng dụng hạt từ tính 2.4 Các yếu tố ảnh hưởng đến chất lượng nucleic acid thu nhận 2.5 Vật liệu sử dụng tạo hạt nano từ tính để thu nhận DNA .8 2.5.1 Lõi từ tính oxit sắt/ ferrite 2.5.2 Các vật liệu phủ .10 2.6 Chuẩn bị hạt nano từ tính .11 2.6.1 Phương pháp tạo hạt nano sắt siêu thuận từ 11 2.6.2 Phương pháp bọc silica 16 2.7 Nguyên tắc thu nhận DNA hạt nano từ tính 20 CHƯƠNG 24 v VẬT LIỆU & PHƯƠNG PHÁP .24 3.1 Đối tượng nghiên cứu 24 3.2 Sơ đồ quy trình thực .24 3.3 Phương pháp thí nghiệm 25 3.3.1 Tổng hợp hạt nano sắt từ Fe3O4 Fe3O4@SiO2 .25 3.3.2 Thử nghiệm khả thu nhận DNA hạt nano sắt từ 27 3.3.3 Thử nghiệm khả thu nhận DNA vi khuẩn E coli DH5α hạt nano Fe3O4 Fe3O4@SiO2 30 3.3.4 Thử nghiệm khả thu nhận DNA tảo Spirulina platensis hạt nano Fe3O4 Fe3O4@SiO2 33 3.3.5 Thử nghiệm khả thu nhận DNA nấm Cordyceps militaris hạt nano Fe3O4 Fe3O4@SiO2 34 3.3.6 Thử nghiệm khả thu nhận DNA máu lợn hạt nano Fe3O4 Fe3O4@SiO2 35 CHƯƠNG 41 KẾT QUẢ & THẢO LUẬN .41 4.1 Tổng hợp hạt nano sắt từ Fe3O4 Fe3O4@SiO2 36 4.2 Thử nghiệm khả thu nhận DNA hạt nano sắt từ .38 4.3 Thử nghiệm khả thu nhận DNA vi khuẩn E coli DH5α hạt nano Fe3O4 Fe3O4@SiO2 40 4.4 Thử nghiệm khả thu nhận DNA tảo Spirulina platensis hạt nano Fe3O4 Fe3O4@SiO2 42 4.5 Thử nghiệm khả thu nhận DNA nấm Cordyceps militaris hạt nano Fe3O4 Fe3O4@SiO2 45 vi 4.6 Thử nghiệm khả thu nhận DNA máu lợn hạt nano Fe3O4 Fe3O4@SiO2 47 CHƯƠNG 50 KẾT LUẬN & KIẾN NGHỊ .50 5.1 Kết luận 53 5.2 Kiến nghị 53 TÀI LIỆU THAM KHẢO xi PHỤ LỤC xv vii CHƯƠNG – KẾT QUẢ VÀ THẢO LUẬN tắc từ tính, sử dụng hạt nano Fe3O4@SiO2, thu nhận genomic DNA có khối lượng phân tử lớn 20 kb có độ tinh cao (1,89), khoảng 20,75 µg genomic DNA thu nhận từ 100 µl máu người tồn phần, sau PCR kiểm tra để chứng tỏ phương pháp sử dụng hạt nano sắt từ không làm ảnh hưởng đến thí nghiệm sinh học phân tử [17] Tất cho thấy tiềm to lớn hạt nano sắt từ ứng dụng quy trình thu nhận DNA tự động 49 CHƯƠNG KẾT LUẬN & KIẾN NGHỊ CHƯƠNG – KẾT LUẬN & KIẾN NGHỊ 5.1 Kết luận Hạt nano Fe3O4 Fe3O4@SiO2 tạo thành công với đặc điểm đặc trưng, kích thước hạt nano Fe3O4 – nm Fe3O4@SiO2 80 – 100 nm Các hạt khảo sát sử dụng thu nhận DNA Các đối tượng mẫu khác khảo sát: DNA sau PCR, vi khuẩn E coli DH5α, tảo Spirulina platensis, Cordyceps militaris, máu lợn Lượng hạt nano sử dụng khác cho kết khác Sử dụng hạt nano để thu nhận DNA từ vi khuẩn E coli cho kết thấp sử dụng kit Tuy nhiên, đối tượng lại (tảo, nấm, máu), lượng DNA thu nhận phương pháp sử dụng hạt nano sắt từ Fe3O4 Fe3O4@SiO2 tương đương với sử dụng kit thương mại Độ tinh DNA thu nhận cách sử dụng hạt nano chưa tinh tất đối tượng thử nghiệm Ở tất trường hợp, thời gian thực để thu nhận DNA sử dụng hạt nano tối ưu nhất, ngồi ra, người thực khơng phải tiếp xúc hóa chất độc hại, đặc biệt hơn, sử dụng hạt nano để tách DNA E coli máu lợn, hồn tồn khơng cần sử dụng máy ly tâm, thực phịng thí nghiệm đơn giản điều kiện khơng có điện Trên đối tượng thử nghiệm, lượng DNA thu phương pháp sử dụng hạt nano Fe3O4 Fe3O4@SiO2 nhau, khơng có sai khác mặt thống kê 5.2 Kiến nghị Sau trình thực đề tài, nhóm thực đề nghị chỉnh sửa tên đề tài: “Nghiên cứu ứng dụng vật liệu nano sắt từ (Fe3O4, Fe3O4@SiO2) thu nhận DNA” để sát với nội dung Hạt nano sắt từ Fe3O4 Fe3O4@SiO2 có tiềm cho ứng dụng thu nhận DNA nên cần khảo sát thêm khả tái sử dụng, giúp tiết kiệm chi phí phân tích Mặc dù có khả thu nhận DNA từ đối tượng khác nồng độ DNA, độ tinh thu tảo vi khuẩn chưa cao, cần có thí 53 CHƯƠNG – KẾT LUẬN & KIẾN NGHỊ nghiệm tối ưu khả thu nhận DNA hạt nano sắt từ Fe3O4 Fe3O4@SiO2 như: - Thay đổi độ pH nồng độ ion, nồng độ muối Binding buffer dung dịch đệm rửa giải - Chọn phương pháp ly giải tế bào thô với thời gian nhanh - Chọn lựa nồng độ hạt nano thích hợp để sử dụng thu nhận DNA từ dịch ly giải tế bào thơ - Gắn thêm nhóm chức khác cho hạt nano sắt từ để bắt giữ DNA đặc hiệu Nếu sản lượng DNA thu tốt độ tinh cao, đồng thời, thời gian thực tối ưu hướng đến việc tạo kit nano sắt từ thu nhận DNA thương mại 54 TÀI LIỆU THAM KHẢO [1] Runa Ghosh, Lina Pradhan, Yensenbam Priyabala Dev, S S Meena, R Tewari, Amit Kumar, Sachil Sharma, N S Gajbhiye, R K Vatsa, Badri N Pandey, R S Ningthoujam, "Induction heating studies of Fe3O4 magnetic nanoparticles capped with oleic acid and polyethylene glycol for hyperthermia," J Mater Chem, vol 21, p 13388–13398, 2011 [2] Nives Kovačević, Miodrag Mićić, Sample Preparation Techniques for Soil, Plant, and Animal Samples, vol Magnetic Beads Based Nucleic Acid Purification for Molecular Biology Applications, M Mićić, Ed., New York, Heidelberg, Dordrecht, London: Springer, 2016 [3] S Berensmeier, "Magnetic particles for the separation and purification of nucleic acids," Appl Microbiol Biotechnol , vol 73, p 495–504, 2006 [4] Daniel Horák, Michal Babicˇ, Hana Macková, Milan J BeneÐ, "Review: Preparation and properties of magnetic nano- and microsized particles for biological and environmental separations," J Sep Sci., vol 30, p 1751 – 1772, 2007 [5] Z.M Saiyed, C Bochiwal, H Gorasia, S.D Telang, C.N Ramchand, "Application of magnetic particles (Fe3O4) for isolation of genomic DNA from mammalian cells," Analytical Biochemistry, vol 356, p 306–308, 2006 [6] Zhongwu Zhou, Ulhas Kadam, Joseph Irudayaraj, "One-stop Genomic DNA Extraction by Salicylic Acid Coated Magnetic Nanoparticles," Analytical Biochemistry, 2013 xi [7] Siun Chee Tan, Beow Chin Yiap, "DNA, RNA, and Protein Extraction: The Past and The Present," J Biomed Biotechnol., vol 2009, 2009 [8] Carmen Vogt, Muhammet S Toprak, Mamoun Muhammed, Sophie Laurent, Jean-Luc Bridot, Robert N Muăller, "High quality and tuneable silica shell– magnetic core nanoparticles," J Nanopart Res, vol 12, p 1137–1147, 2009 [9] Mahnaz Mahdavi, Mansor Bin Ahmad, Md Jelas Haron, Farideh Namvar, Behzad Nadi, Mohamad Zaki Ab Rahman, Jamileh Amin, "Synthesis, Surface Modification and Characterisation of Biocompatible Magnetic Iron Oxide Nanoparticles for Biomedical Applications," Molecules, vol 18, pp 75337548, 2013 [10] H L Ding, Y X Zhang, S Wang, J M Xu, S C Xu, G H Li, "Fe3O4@SiO2 Core/Shell Nanoparticles: The Silica Coating Regulations with a Single Core for Different Core Sizes and Shell Thicknesses," Chem Mater., vol 24, p 4572−4580, 2012 [11] Nguyễn Hoàng Hải, Cấn Văn Thạch, Nguyễn Hoàng Lương, Nguyễn Châu, Khuất Thị Thu Nga, Nguyễn Thị Vân Anh, Phan Tuấn Nghĩa, "Sử dụng hạt nano từ tính mang thuốc để tăng cường khả ức chế vi khuẩn thuốc kháng sinh Chloramphenicol," Tạp chí Khoa học ĐHQGHN, Khoa học Tự nhiên Công nghệ, vol 24, pp 192-204, 2008 [12] Ji Hyun Min, Mi-Kyung Woo, Mi-Kyung Woo, Jin Woo Jang, Jun Hua Wu, Chae-Seung Lim, Young Keun Kim, "Isolation of DNA using magnetic nanoparticles coated with dimercaptosuccinic acid," Analytical Biochemistry, 2013 [13] P S Bisen, Ed., Laboratory Protocols in Applied Life Sciences, First ed., CRC Press, 2014, p 1097 xii [14] Werner Stöber, "Controlled Growth of Monodisperse Silica Spheres in the Micron Size Range," Journal Of Colloid And Interface Science, vol 26, pp 6269, 1968 [15] Hsiao-Che Kuo, Yong-Lin Su, Huey-Lang Yang, Tzong-Yueh Chen, "Identification of Chinese Medicinal Fungus Cordyceps sinensis by PCRSingle-Stranded Conformation Polymorphism and Phylogenetic Relationship," J Agric Food Chem., vol 53, pp 3963-3968, 2005 [16] B Rittich, A Spanov ˇa´, D Horak, M.J Benesˇ, L Klesnilová, K Petrová, A Rybnika´ˇr, "Isolation of microbial DNA by newly designed magnetic particles," Colloids and Surfaces B: Biointerfaces, vol 52, p 143–148, 2006 [17] Guopeng Li, Bin Shen, Nongyue He, Chao Ma, Sauli Elingarami, Zhiyang Li, "Synthesis and Characterization of Fe3O4@SiO2 Core–Shell Magnetic Microspheres for Extraction of Genomic DNA from Human Whole Blood," Journal of Nanoscience and Nanotechnology, vol 11, p 10295–10301, 2011 [18] M M DeAngelis, D G Wang, T L Hawkins, "Solid-phase reversible immobilization for the isolation of PCR products," Nucleic Acids Res., vol 23, no 22, p 4742–4743, 1995 [19] Trevor L.Hawkins, Tara O'Connor-Morin, Aparna Roy, Cynthia Santillan, "DNA purification and isolation using a solid-phase," Nucleic Acids Research, vol 22, no 21, pp 4543-4544, 1994 [20] Nicolas Morin, Tatiana Vallaeys, Larissa Hendrickx, Leys Natalie, Annick Wilmotte, "An efficient DNA isolation protocol for filamentous cyanobacteria of the genus Arthrospira," Journal of Microbiological Methods 80, vol 2010, p 148–154, 2009 xiii [21] Z.M Saiyed, C.N Ramchand, "Extraction of Genomic DNA Using Magnetic Nanoparticles (Fe3O4) as a Solid-Phase Support," American Journal of Infectious Diseases 3, vol 3, no 4, pp 225-229, 2007 [22] Migule A Gama Sosa, "Isolation and Use of Bacterial and P1 bacteriophageDerived Actificial Chromosomes," in DNA Sequencing II: Optimizing Preparation and Cleanup, J Kieleczawa, Ed., 2006 [23] Jia-Kun Xu, Annick Wilmotte, Annick Wilmotte, Jun Sheng, Fang Wang, Mi Sun, "Bio and Nanomaterials Based on Fe3O4," Molecules, vol 19, no 12, pp 21506-21528, 2014 [24] Peter E Vandeventer, Jessica S Lin, Theodore J Zwang, Ali Nadim, Malkiat S Johal, Angelika Niemz, "Multiphasic DNA Adsorption to Silica Surfaces under Varying Buffer, pH, and Ionic Strength Conditions," J Phys Chem B, vol 116, p 5661−5670, 2012 xiv PHỤ LỤC Hạt nano Fe3O4 Fe3O4@SiO2 lưu trữ dạng rắn dạng huyển phù (0,01g hạt nano/ml dung dịch binding buffer) Hình phụ lục Invitrogen plus 1kb Ladder xv Bảng phụ lục Các dụng cụ sử dụng STT Dụng cụ Quy cách Số lượng 500 ml Bộ Cái Cái 1 Bình cầu cổ nhám Bộ ống sinh hàn sục khí Đũa thủy tinh Lọ thủy tinh có nắp Eppendorf Nam châm ml Thanh 100 Ống đong 100 ml Falcon 50 ml 20 10 Ống nhỏ giọt Ồng nghiệm 10 20 11 Pipetman 12 Đầu tuýp 13 Màng bao thực phẩm Nhựa Cái – 10 µl 10 – 100 µl 100 – 1000 µl – 10 µl 10 – 100 µl 100 – 1000 µl Cuộn 14 Bình tia 500 ml 15 16 17 Bơm tiêm Nhiệt kế Nam châm vĩnh cửu ml 100oC 1 1000 xvi Bảng phụ lục Các hóa chất sử dụng STT Hóa chất Ferric chloride hexahydrate Cơng thức phân tử Hãng/ Nước sản xuất Trọng lượng phân tử (g/mol) Độ tinh khiết FeCl3.6H2O Merck M = 270,33 ≥ 99,0% FeCl2.4H2O Merck M = 198,83 ≥ 99,5% NaOH C18H34O2 Merck Merck M = 40 ≥ 99,0% C2H5OH VWR Ferrous chloride tetrahydrate Sodium hydroxide Oleic acid Cồn 96o Tetraethyl orthosilicate Si(OC22H5)4 Merck M = 208,33 ≥ 99,0% Amoniac – 25% wt NH3 Merck M = 17,03 25-8% Tween 80 Nước cất lần H2 O Merck Việt Nam 10 11 12 13 14 Cao nấm men Tryptone Natri clorua Agarose Phenol NaCl C34H38O19 C6H5OH Ấn Độ Ấn Độ Trung Quốc Việt Nam Trung Quốc 15 16 17 18 19 Chloroform Isoamyl propanol Acid chlohydride EDTA Agarose 20 Tris-HCl 21 22 23 24 25 Proteinase K (20 mg/ml) Plus 1kb ladder AccuLite Salmonella spp Detection Kit AccuRive Plant/Food sDNA PrepKit AccuLite Blood sDNA PrepKit CHCl3 C2H6OH HCl Trung Quốc Trung Quốc Trung Quốc Trung Quốc Việt Nam C4H12ClNO3 Ấn Độ M = 58,44 M = 57,60 TBR Invitrogen Việt Nam Việt Nam Việt Nam xvii Bảng phụ lục Các thiết bị sử dụng STT Thiết bị Máy siêu âm ổn nhiệt Cân điện tử (A&D, Nhật Bản) Máy đo pH Bếp điện Máy sấy chân không Máy ly tâm lạnh Máy ly tâm (Hermle, Đức) Tủ thao tác vô trùng Nồi hấp 10 Bộ điện di 11 Máy chụp gel điện di 12 Máy vortex 13 Bể ổn nhiệt 14 Tủ lạnh thường 4oC (Sanyo, Việt Nam) 15 Tủ đông sâu -20oC 16 Máy đo FT-IR: TENSOR 27 (Brucker, Germany) 17 Máy đo từ kế mẫu rung: MicroSense (USA) 18 Máy Nanodrop 19 Kính hiển vi điện tử truyền qua TEM: JEM-1400 (Joel, Japan) xviii Bảng phụ lục Kết đo nanodrop DNA thu nhận từ vi khuẩn E coli Phương pháp thu nhận DNA Nồng độ DNA (ng/µl) 140,54 Độ tinh 1,96 Phenol - chloroform 183,46 148,67 1,91 1,94 28,56 22,52 19,05 1,74 1,67 1,69 31,50 1,72 17,91 1,67 13,43 1,62 49,14 1,76 51,45 56,67 1,85 1,87 Sử dụng hạt nano Fe3O4 Sử dụng hạt nano Fe3O4@SiO2 Sử dụng kit Bảng phụ lục Kết đo nanodrop DNA thu nhận từ tảo Spirulina platensis Phương pháp thu nhận DNA Nồng độ DNA (ng/µl) 392,4 Độ tinh 2,03 Phenol - chloroform 391,5 447,8 21,9 18,7 23,5 2,03 2,03 1,44 1,42 1,45 24,9 30,5 22,9 33,8 72,7 1,50 1,50 1,48 1,91 1,89 67,0 1,90 Sử dụng hạt nano Fe3O4 Sử dụng hạt nano Fe3O4@SiO2 Sử dụng kit xix Bảng phụ lục Kết đo nanodrop DNA thu nhận từ nấm Cordyceps militaris Phương pháp thu nhận DNA Nồng độ DNA (ng/µl) 227,3 Độ tinh 0,92 Phenol - chloroform 193,8 220,5 0,69 0,9 46,0 18,4 43,2 0,79 1,31 0,82 29,7 48,7 1,46 1,7 32,5 71,3 22,7 71,5 1,47 1,56 3,11 1,55 Sử dụng hạt nano Fe3O4 Sử dụng hạt nano Fe3O4@SiO2 Sử dụng kit Bảng phụ lục Kết đo nanodrop DNA thu nhận từ máu động vật Phương pháp thu nhận DNA Nồng độ DNA (ng/µl) 90,8 Độ tinh 2,15 Phenol - chloroform 205,8 322,9 2,02 1,97 24 23,5 21,5 42,8 40,0 28,3 1,17 1,16 1,06 1,06 1,06 1,04 6,1 7,4 1,72 2,19 7,9 1,91 Sử dụng hạt nano Fe3O4 Sử dụng hạt nano Fe3O4@CiO2 Sử dụng kit xx PHẦN LÝ LỊCH TRÍCH NGANG Họ tên: LÊ THỊ NGỌC HẠNH Ngày, tháng, năm sinh: 24/11/1992 Nơi sinh: Tiền Giang Địa liên lạc: 120/98/13 Thích Quảng Đức, P.5, Q Phú Nhuận, TP HCM Q TRÌNH ĐÀO TẠO 2010 – 2014: ĐH Cơng nghiệp Thực phẩm TP Hồ Chí Minh 2015 – 2018: ĐH Bách Khoa TP Hồ Chí Minh Q TRÌNH CƠNG TÁC 2015 – 2016: Nhân viên kinh doanh ngân hàng OCB 2016 – 2018: Chưa công tác xxi ... I TÊN ĐỀ TÀI: Nghiên cứu ứng dụng vật liệu nano sắt từ Fe3O4 phân tách DNA NHIỆM VỤ VÀ NỘI DUNG Tạo hạt nano sắt từ Fe3O4 Fe3O4@SiO2 Thử nghiệm hạt nano tạo vào việc thu hồi DNA từ vi khuẩn, tảo,... ? ?Nghiên cứu ứng dụng vật liệu nano sắt từ Fe3O4 phân tách DNA? ?? 1.2 Mục tiêu nghiên cứu Đề tài thực nhằm mục tiêu tạo hạt nano sắt từ Fe3O4 Fe3O4@SiO2 với đặc tính đặc trưng sử dụng hạt nano vừa... văn: ? ?Nghiên cứu ứng dụng vật liệu nano sắt từ Fe3O4 phân tách DNA? ?? Hạt nano sắt từ tạo phương pháp đồng kết tủa sau bọc SiO2 phương pháp Stưber Với đặc điểm đặc trưng, kích thước hạt nano Fe3O4