Nghiên cứu dịch tễ học bệnh viêm phế quản truyền nhiễm (infectious bronchitis ib) ở gà nuôi tại một số tỉnh miền bắc việt nam

HỌC VIỆN NÔNG NGHIỆP VIỆT NAM NGUYỄN THỊ LOAN NGHIÊN CỨU DỊCH TỄ HỌC BỆNH VIÊM PHẾ QUẢN TRUYỀN NHIỄM (INFECTIOUS BRONCHITIS - IB) Ở GÀ NUÔI TẠI MỘT SỐ TỈNH MIỀN BẮC VIỆT NAM Chuyên ngành: Dịch tễ học thú y Mã số: 64 01 08 Người hướng dẫn khoa học: PGS.TS Lê Văn Phan TS Lê Huỳnh Thanh Phương NHÀ XUẤT BẢN HỌC VIỆN NÔNG NGHIỆP - 2019 LỜI CAM ĐOAN Tôi xin cam đoan cơng trình nghiên cứu riêng tơi, kết nghiên cứu trình bày luận án trung thực, khách quan chưa dùng để bảo vệ lấy học vị Tôi xin cam đoan giúp đỡ cho việc thực luận án cảm ơn, thơng tin trích dẫn luận án rõ nguồn gốc Hà Nội, ngày 26 tháng năm 2019 Tác giả luận án Nguyễn Thị Loan i LỜI CẢM ƠN Trong suốt thời gian học tập, nghiên cứu hoàn thành luận án, nhận hướng dẫn, bảo tận tình thầy giáo, giúp đỡ, động viên bạn bè, đồng nghiệp gia đình Nhân dịp hồn thành luận án, cho phép tơi bày tỏ lịng kính trọng biết ơn sâu sắc tới Thầy giáo - PGS.TS Lê Văn Phan cô giáo - TS Lê Huỳnh Thanh Phương tận tình hướng dẫn, dành nhiều cơng sức, thời gian tạo điều kiện cho tơi suốt q trình học tập thực đề tài Tôi xin bày tỏ lịng kính trọng biết ơn sâu sắc tới Thầy giáo – NGƯT PGS.TS Nguyễn Bá Hiên dành nhiều thời gian, công sức cho suốt trình thực đề tài Tơi xin bày tỏ lịng biết ơn chân thành tới Ban Giám đốc, Ban Quản lý đào tạo, Bộ môn Vi sinh vật - Truyền nhiễm, Bộ môn Bệnh lý thú y, Khoa Thú y - Học viện Nơng nghiệp Việt Nam tận tình giúp đỡ tơi q trình học tập, thực đề tài hồn thành luận án Tơi xin chân thành cảm ơn tập thể lãnh đạo, cán Tôi xin chân thành cảm ơn giúp đỡ tạo điều kiện cho tơi suốt q trình thực đề tài Tôi xin gửi lời cảm ơn đến đồng nghiệp công tác Công ty TNHH MTV AVAC Việt Nam, Trung tâm Chẩn đoán Thú y DABACO hỗ trợ cung cấp tài liệu nguyên liệu cần thiết để thực nghiên cứu Xin chân thành cảm ơn gia đình, người thân, bạn bè, đồng nghiệp tạo điều kiện thuận lợi giúp đỡ mặt, động viên khuyến khích tơi hồn thành luận án Hà Nội, ngày 26 tháng năm 2019 Tác giả luận án Nguyễn Thị Loan ii MỤC ỤC Trang Lời cam đoan i Lời cảm ơn ii M c l c iii Danh m c ký hiệu chữ viết tắt vi Danh m c bảng viii Danh m c hình ix Trích yếu luận án xi Thesis abstract xiii Phần Mở đầu 1.1 Tính cấp thiết đề tài 1.2 M c tiêu nghiên cứu 1.3 Phạm vi nghiên cứu 1.3.1 Đối tượng nghiên cứu 1.3.2 Phạm vi nghiên cứu 1.4 Những đóng góp đề tài 1.5 Ý nghĩa khoa học thực tiễn đề tài 1.5.1 Ý nghĩa khoa học đề tài 1.5.2 Ý nghĩa thực tiễn đề tài Phần Tổng quan tài liệu 2.1 Bệnh viêm phế quản truyền nhiễm gà 2.1.1 Lịch sử bệnh viêm phế quản truyền nhiễm giới 2.1.2 Tình hình bệnh vấn đề nghiên cứu bệnh Viêm phế quản truyền nhiễm Việt Nam 2.2 Đặc tính sinh học IBV 2.2.1 Đặc điểm hình thái, cấu trúc phân loại 2.2.2 Sức đề kháng, phương thức truyền lây IBV 15 2.2.3 Đặc tính nuôi cấy IBV 17 2.3 Đặc điểm phân tử virus viêm phế quản truyền nhiễm 19 2.3.1 Gen Glycoprotein S 20 2.3.2 Gen Glycoprotein S1 21 2.3.3 Gen Glycoprotein S2 22 2.3.4 Nghiên cứu dịch tễ học IBV dựa genotype 22 iii 2.4 Bệnh viêm phế quản truyền nhiễm 23 2.4.1 Dịch tễ học 23 2.4.2 Phương thức truyền lây 24 2.4.3 Cơ chế gây bệnh 25 2.4.4 Triệu chứng lâm sàng 25 2.4.5 Bệnh tích 27 2.5 Vacxin phòng bệnh 31 Phần Vật liệu phƣơng pháp nghiên cứu 33 3.1 Địa điểm nghiên cứu 33 3.2 Thời gian nghiên cứu 33 3.3 Nội dung nghiên cứu 33 3.3.1 Ứng d ng kỹ thuật RT-PCR để chẩn đoán phát IBV nghiên cứu biến đổi bệnh lý IB gà 33 3.3.2 Nghiên cứu số đặc điểm dịch tễ IB gà số tỉnh miền Bắc Việt Nam 33 3.3.3 Phân lập xác định số đặc tính sinh học chủng IBV phân lập 33 3.3.4 Phân tích trình tự gen xây dựng phả hệ 34 3.4 Vật liệu nghiên cứu 34 3.4.1 Vật liệu nghiên cứu cho nội dung 34 3.4.2 Vật liệu nghiên cứu cho nội dung 35 3.4.3 Vật liệu nghiên cứu cho nội dung 35 3.4.4 Vật liệu nghiên cứu cho nội dung 35 3.5 Phương pháp nghiên cứu 36 3.5.1 Phương pháp nghiên cứu cho nội dung 36 3.5.2 Phương pháp nghiên cứu cho nội dung 39 3.5.3 Phương pháp nghiên cứu cho nội dung 43 3.5.4 Phương pháp nghiên cứu cho nội dung 44 Phần Kết thảo luận 47 4.1 Ứng d ng kỹ thuật RT-PCR để chẩn đoán phát IBV nghiên cứu biến đổi bệnh lý IB 47 4.1.1 Ứng d ng kỹ thuật RT-PCR chẩn đoán phát IBV 47 4.1.2 Kết nghiên cứu số biến đổi bệnh lý IB gà 53 4.2 Đặc điểm dịch tễ IB gà số tỉnh miền Bắc Việt Nam 65 4.2.1 Tình hình mắc IB gà số tỉnh miền Bắc Việt Nam 65 4.2.2 Xác định số yếu tố liên quan đến bệnh IB 71 4.3 Phân lập xác định số đặc tính sinh học chủng IBV phân lập 80 iv 4.3.1 Phân lập IBV trứng gà có phơi 80 4.3.2 Xác định số đặc tính sinh học chủng IBV phân lập 84 4.4 Phân tích trình tự gen xây dựng phả hệ 89 4.4.1 Phân tích trình tự gen S1 xây dựng phả hệ 89 4.4.2 Phân tích trình tự gen S chủng IBV phân lập từ thực địa 97 4.4.3 Phân tích đặc điểm chủng IBV lưu hành miền Bắc Việt Nam 105 Phần Kết luận đề nghị 112 5.1 Kết luận 112 5.2 Đề nghị 112 Danh m c cơng trình cơng bố liên quan đến luận án 114 Tài liệu tham khảo 115 Ph l c 131 v AN vi MỤC C C IỆU V C C C Ữ VI T TẮT Từ viết tắt Tên đầy đủ aa Amino acid BPL Betapropiolactone BHK-21 Baby hamster kidney-21 CAM Chorioallantoismembrane cDNA Complementary deoxyribonucleic acid CEK Chicken embryo kidney CEL Chicken embryo liver CI Confidence interval CK Chicken kidney CPE Cytopathic effect E Envelop E.coli Escheriachia coli EID50 Embryo infection dose 50% ELD50 Embryo lethal dose 50% ED50 Embryo (infection or lethal) dose 50% ELISA Enzyme-linked immunosorbent assay DNA Deoxyribonucleic acid HI Haemagglutination inhibition HVR Hypervariable region IB Infectious bronchitis IBV Infectious bronchitis virus IFA Indirect immunofluorescent assay kb Kilo base kDa Kilo dalton M Membrane MAb Monoclonal antibodies mRNA Messenger ribonucleic acid N Nucleocapsid nt Nucleotide OIE World organisation for Animal health ORF Open reading frame ORT Ornithobacterium rhinotracheale PCR Polymerase chain reaction PBS Phosphate-buffered saline RFLP Restriction fragment length polymorphism RNA Ribonucleic acid RNP Ribonucleoprotein RR Relative risk hay Risk ratio RT-PCR Reverse transcriptase – Polymerase chain reaction S Spike sM Small membrane SPF Specific pathogen free TAE Tris-acetate-ethylendiamin tetraacetic acid TOC Tracheal organ culture UTR Untranslated region VN Virus neutralization VNT Virus neutralization test vii AN TT MỤC C C ẢN Tên bảng Trang 3.1 Thành phần phản ứng PCR 38 3.2 Chu trình nhiệt phản ứng PCR 38 3.3 Bảng 2x2 quan hệ yếu tố khảo sát với IB theo đàn 42 4.1 Kết chẩn đoán IB phương pháp RT-PCR 52 4.2 Kết nghiên cứu triệu chứng lâm sàng chủ yếu gà mắc IB 55 4.3 Kết nghiên cứu biến đổi bệnh lý đại thể gà mắc IB 59 4.4 Sản lượng trứng gà đẻ mắc IB 60 4.5 Kết nghiên cứu biến đổi bệnh lý vi thể gà mắc IB 62 4.6 Tỉ lệ gà mắc IB địa bàn nghiên cứu 66 4.7 Tỷ lệ gà mắc IB theo lứa tuổi gà địa bàn nghiên cứu 67 4.8 Tỷ lệ gà mắc IB theo mùa địa bàn nghiên cứu 70 4.9 Yếu tố nguy phương thức chăn nuôi 72 4.10 Yếu tố nguy quy mô chăn nuôi 73 4.11 Yếu tố nguy tiêm phòng vacxin IB 74 4.12 Yếu tố nguy nguồn gốc giống 76 4.13 Yếu tố nguy vị trí trang trại 77 4.14 Yếu tố nguy vệ sinh chuồng trại 79 4.15 Thông tin chủng IBV phân lập 83 4.16 Kết kiểm tra thích nghi chủng IBV phơi gà 85 4.17 Kết tổng hợp số phôi chết số phôi nhiễm IBV nồng độ gây nhiễm 87 4.18 Kết tính EID50/ml ELD50/ml 88 4.19 Các chủng IBV tham chiếu sử d ng so sánh với chủng VNUA-HN01 93 4.20 Mức độ tương đồng nucleotide amino acid chủng VNUA-HN01 so sánh với chủng tham chiếu 93 4.21 So sánh mức độ tương đồng nucleotide amino acid gen S chủng IBV phân lập Việt Nam chủng IBV tham chiếu khác 99 viii AN TT MỤC C C Tên hình N Trang 2.1 Hình ảnh IBV kính hiển vi điện tử 10 2.2 Tổ chức hệ gen IBV với điểm nóng đột biến, mối quan hệ với sửa đổi glycoprotein spike nucleoprotein virus tầm quan trọng liên quan đến đặc tính sinh học miễn dịch học IBV 12 2.3 Tổ chức gen điển hình coronavirus gia cầm 19 2.4 Gà bị nhiễm IBV 26 2.5 Bất thường hình dạng kích cỡ trứng gà bị nhiễm IBV (a) 27 2.6 Khí quản tiết dịch nhầy, tắc nghẽn tăng trương lực (a); vùng tập trung viêm phổi nhẹ (b) 28 2.7 Thận sưng sung huyết IBV 28 2.8 Bệnh tích đại thể phủ tạng gà nhiễm IBV (a) tích t lòng đỏ trứng xoang b ng; (b) gan sưng, nhợt nhạt dễ vỡ; (c) xuất huyết nhiều bề mặt dày tuyến, (d) dày (e) ruột non 29 2.9 Sự giãn nở toàn ống dẫn trứng 29 2.10 Bằng chứng chất tiết niêm mạc tế bào biểu mô (a) xâm nhập tế bào lympho biểu mô (b) 30 3.1 Thu hoạch nước xoang niệu nang sau phân lập IBV phôi gà 43 4.1 Kết kiểm tra tính bắt cặp nucleotide cặp mồi với trình tự gen IBV GenBank - Tóm tắt đồ hoạ 47 4.2 Kết kiểm tra tính bắt cặp nucleotide cặp mồi với trình tự gen IBV GenBank - Các trình tự tạo bắt cặp có ý nghĩa 48 4.3 Kết kiểm tra tính bắt cặp nucleotide cặp mồi với trình tự gen IBV GenBank - Sự bắt cặp 48 4.4 Kết kiểm tra tính bắt cặp nucleotide cặp mồi với trình tự gen chủng virus vacxin IB 4-91 49 4.5 Kết kiểm tra độ đặc hiệu phản ứng RT-PCR chẩn đoán IB 50 4.6 Kết kiểm tra độ nhạy phản ứng RT-PCR để chẩn đoán IB 51 4.7 Kết chẩn đoán IB gà phương pháp RT- PCR 52 4.8 Các triệu chứng lâm sàng gà mắc IB 54 ix 131 Macdonald J W and D A McMartin (1976) Observations on the effects of the h52 and h120 vaccine strains of infectious bronchitis virus in the domestic fowl, Avian Pathol pp 157-173 132 Macdonald J W., C J Randall, D A McMartin and M D Dagless (1983) Immunity following inoculation of the H120 and H52 vaccine strains of infectious bronchitis virus into the crop of the domestic fowl Avian Pathol 12 pp 379-388 133 Macnaughton M R and H A Davies (1980) Two Particle Types of Avian Infectious Bronchitis Virus J Gen Virol 47 pp 365-372 134 Mardani K., A H Noormohammadi, P Hooper, J Ignjatovic and G F Browning (2008) Infectious Bronchitis Viruses with a Novel Genomic Organization J Virol 83 pp 2013-2024 135 Mase M., N Kawanishi, Y Ootani, K Murayama, A Karino, T Inoue and J Kawakamiv (2010) A Novel Genotype of Avian Infectious Bronchitis Virus Isolated in Japan in 2009 J Vet Med Sci 72 pp 1265-1268 136 Mase M., T Inoue, S Yamaguchi and T Imada (2008) Genetic Diversity of Avian Infectious Bronchitis Viruses in Japan Based on Analysis of S2 Glycoprotein Gene.J Vet Med Sci 71 (3) pp 287-291 137 McMartin D A (1993) In: Virus Infections of Vertebrates: VirusInfections of Birds McFerran J B and M S McNulty (Eds.) Vol Amsterdam: Elsevier Science Publishers pp 249 138 Meulemans G., M Boschmans, M Decaesstecker, T P van den Berg, P Denis and D Cavanagh (2001) Epidemiology of infectious bronchitis virus in Belgian broilers: A retrospective study, 1986 to 1995.AvianPathol 30 pp 411-421 139 Mondal S P and C J Cardona (2007) Genotypic and phenotypic characterization of the California 99 (Cal99) variant of infectious bronchitis virus Virus Genes 34 pp 327-341 140 Montassier H.J (2010) Molecular Epidemiology and Evolution of Avian Infectious Bronchitis Virus, Rev Bras Cienc Avic 12 pp 87-96 141 Moore K M., M W Jackwood and D A Hilt (1997) Identification of amino acids involved in a serotype and neutralization specific epitope with in the s1 subunit of avian infectious bronchitis virus Arch Virol 142 pp 2249-2256 142 Moscoso H., E O Raybon, S G Thayer and C L Hofacre (2005) Molecular Detection and Serotyping of Infectious Bronchitis Virus from FTA® Filter Paper, Avian Dis 49 pp 24-29 143 OIE (World organisation for animal health) (2018) Manual of diagnostic tests and vaccines for terrestrial animal 8th Edition Chapter 2.3.2 Avian infectious bronchitis pp 443-455 126 144 Otsuki K., M.B Huggins and J.K.A Cook (1990) Comparison of the susceptibility to avian infectious bronchitis virus infection of two inbred lines of white leghorn chickens.Avian Pathol 19 pp 467-475 145 Pan G C., Y H Jiang, Y I Wang, Y D Wang, Z C Zhang, J Ding, X E Liu and Y Yang (1998) Isolation and identification of glandular stomach-pathogenic type infectious bronchitis virus in Beijing area Chin J Vet Sci Tech 28 (10) pp 21-22 146 Pak S I., H M Kwon, H J Yoon, C S Song, Y H Son, I P Mo and C Y Song (2005) Risk factors for infectious bronchitis virus infection in laying flocks in three provinces of Korea: preliminary results Korean J Vet Res 45 (3) pp 405-410 147 Parsons D., M M Ellis, D Cavanagh and J K A Cook (1992) Characterisation of an infectious bronchitis virus isolated from vaccinated broiler breeder flocks The Veterinary Record 131 pp 408-411 148 Raggi L.G and G.G Lee (1965) Lack of correlation between infectivity, serologic response and challenge results in immunization with an avian infectious bronchitis vaccine J Immunol 94 pp 538-543 149 Raj D G and R.C Jones (1997) Infectious bronchitis virus: Immunopathogenesis of infection in the chicken Avian Pathol 26 pp 677-706 150 Rajeswar J J., N Dorairajan and W M Paul (1998) Seroprevalence study of infectious bronchitis among poultry in Tamilnadu Ind Vet J 75 pp 973-974 151 Ramneek A and R McFarlane (1998).Sequence analysis of the S1 glycoprotein of New Zealand Infectious Bronchitis virus (IBV) strains Proceedings of the 4th Asia Pacifi cHealth Conference.P 139 Melbourne, Australia, 22-26 November, 1998 152 Ramneek N., L Mitchell and R.G McFarlane (2005) Rapid detection and characterisation of infectious bronchitis virus (IBV) from New Zealand using RTPCR and sequence analysis New Zealand Veterinary Journal 53 pp pp 457-461 153 Ren X., J Yin, D Ma and G Li (2009) Characterization and membrane gene-based phylogenetic analysis of avian infectious bronchitis virus Chinese strain HH06, Virus Genes (2009) 38 pp 39-45 at https://doi.org/10.1007/s11262-008-0280-7 154 Riddell C (1987) In the Avian histopathology 1st ed [1987] American Association of Avian Pathologists (USA) 155 Rottier P J M (1995) in The Viruses, ed by Fraenkel-Conrat, H and Wagner, R R (The Coronaviridae, ed by Siddell, S G., chapter 6: The Coronavirus Membrane Glycoprotein) pp 115-139 127 156 Roussan D A., W S Totanji and G Y Khawaldeh (2008) Molecular subtype of infectious bronchitis virus in broiler flocks in Jordan, Poult Sci 87 pp 661-664 157 Schalk A.F and M C Hawn (1931) An apparently new respiratory disease of baby chicks, J Am Vet Med Assoc 78 pp 413-422 158 Seifi S., K Asasi and A Mohammadi (2010) Natural co-infection caused by avian influenza H9 subtype and infectious bronchitis viruses in broiler chicken farms Veterinarski Arhiv2 pp 269-281 159 Seo S H, L Wang, R Smith and E W Collisson (1997) The carboxyl-terminal 120-residue polypeptide of infectious bronchitis virus nucleocapsid induces cytotoxic T lymphocytes and protects chickens from acute infection Journal of Virology 71 pp 7889-7894 160 Shieh H K., J H Shien, H Y Chou, Y Shimizu, J N Chen and P C Chang (2004) Complete nucleotide sequences of S1 and N genes of infectious bronchitis virus isolated in Japan and Taiwan J Vet Med Sci 66 pp 555-558 161 Smith H A and T C Jones (1966) Veterinary pathology 1st.- Philadelphia: Lea and Febiger, 1966-636.089/S649 162 Smith H W., J K A Cook and Z E Parsell (1985) The experimental infection of chickens with mixtures of infectious bronchitis virus and Escherichia coli Journal of General Virology 66 pp 777-786 163 Song C.S., Y.J Lee, J.H Kim, H.W Sung, C.W Lee, Y Izumiya, I Miyazawa, H K Jang and I Mikami (1998) Epidemiological classification of infectious bronchitis virus isolated in Korea between 1986 and 1997 AvianPathol 27 pp 409-416 164 Spencer K A and J A Hiscox (2006) Characterisation of the RNA binding properties of the coronavirus infectious bronchitis virus nucleocapsid protein amino-terminal region, FEBS letters 580 pp 5993-5998 165 Stern D F and B M Sefton (1982) Coronavirus proteins: biogenesis of avian infectious bronchitis virus proteins J Virol 44 pp 794-803 166 Sylvester S A., K Dhama, J M Kataria, S Rahul and M Mahendran (2005) Avian infectious bronchitis: A review Indian J Comp Microbiol Immunol Infect Dis Vol 26 (1) pp 1-14 167 Terregino C., A Toffan, M S Beato, R De Nardi, M Vascellari, A Meini, G Ortali, M Mancin and I Capua (2008) Pathogenicity of a QX strain of infectious bronchitis virus in specific pathogen free and commercial broiler chickens, and evaluation of protection induced by a vaccination programme based on the Ma5 and 4/91 serotypes Avian Pathology Avian Pathology (October 2008) 37 (5) pp 487-493 128 168 Toffan A., C Terregino, E Mazzacan, I Castaldello, I Capua and M Bonci (2011) Detection of Chinese Q1 strain of infectious bronchitis virus in Europe Vet Rec 169 pp 212-213 169 Tom H (2011) BioEdit: An important software for molecular biology GERF Bulletin of Biosciences pp 60-61 170 Tran Ngoc Bich, Nguyen Phuc Khanh, Pham Hoang Dung and Nguyen Thi Cam Loan (2017) Molecular characterization of infectious bronchitis virus (IBV) isolated fromcommercial chicken farms Can Tho University Journal of Science 56-62 171 Tyrrell D A J., J D Almeida, D M Berry, C H Cunningham, D Hamre, M S Hofstad, L Mallucci and K McIntosh (1968) "Coronaviruses", Nature, London 220 pp 650 172 Tyrrell D A., J D Almeida, C H Cunningham, W R Dowdle, M S Hofstad, K McIntosh, M Tajima, L Y Zakstelskaya, B C Easterday, A Kapikian and R W Bingham (1975) "Coronaviridae", Intervirology pp 76-82 173 Umar S., M A A Shah, M T Munir, U Ahsan and K Kaboudi(2016) Infectious bronchitis virus: evolution and vaccination World’s Poultry Science Journal 72 pp 49-60 174 Valastro V., E C Holmes, P Britton, A Fusaro, M W Jackwood, G Cattoli and I Monne (2016) S1 gene-based phylogeny of infectious bronchitis virus: An attempt to harmonize virus classification Infect Genet Evol 39 pp 349-364 175 Wang H N., Q Z Wu, Y Huang and P Liu (1997) Isolation and identification of infectious bronchitis virus from chickens in Sichuan, China Avian Dis 41 pp 279-282 176 Wickramasinghe I N., S J van Beurden, E A Weerts and M H Verheije (2014) The avian coronavirus spike protein Virus Res 194 pp 37-48 177 Williams A K., L Wang, L W Sneed and E W Collison (1992) Comparative analysis of the nucleocapsid genes of several strains of infectious bronchitis viruses and other coronaviruses Virus Research 25 pp 213-222 178 Worthington K J., R Currie and R C Jones (2008) A reverse transcriptasepolymerase chain reaction survey of infectious bronchitis virus genotypes in Western Europe from 2002 to 2006 Avian Pathol 37 pp 247-257 179 Xia J., X He, K C Yao, L J Du, P Liu, Q G Yan, Y P Wen, S J Cao, X F Han and Y Huang (2016) Phylogenetic and antigenic analysis of avian infectious bronchitis virus in southwestern China, 2012-2016 Infect Genet Evol 45 pp 11-19 129 180 Yu L., Y Jiang, S Low, Z Wang, S J Nam, W Liu and J Kwangac (2001) Characterization of Three Infectious Bronchitis Virus Isolates from China Associated with Proventriculus in Vaccinated Chickens Avian Dis 45 pp 416-424 181 Yudong W., W Yonglin, Z Zichun, F GenChe and J Yihai (1998) Isolation and identification of glandular stomach type IBV (QX IBV) in chickens Chinese J Ani Quar 15 pp 1-3 182 Zanella A., A Lavazza, R Marchi, A Moreno martin and F Paganelli (2003) Avian Infectious Bronchitis: Characterization of New Isolates from Italy, Avian Dis 47 pp 180-185 183 Zhao W., M Gao, Q Xu, Y Xu, Y Zhao, Y Chen, T Zhang, Q Wang, Z Han, H Li, L Chen, S Liang, Y Shao and S Liu (2017) Origin and evolution of LX4 genotype infectious bronchitis coronavirus in China, Veterinary Microbiology 198 pp 9-16 184 Zhou J., I Yu and J Hong (1998) Isolation, identification and pathogenicity of virus causing proventricular-type infectious bronchitis, Chinese J Anim Poult Infect.Dis 20 pp 62 185 Zou N., J Xia, F Wang, Z Duan, D Miao, Q Yan, S Cao, X Wen, P Liu and Y Huang (2015) Two novel neutralizing antigenic epitopes of the s1 subunit protein of a QX-like avian infectious bronchitis virus strain Sczy3 as revealed using a phage display peptide library Vet Immunol Immunopathol 168 pp 49-55 130 PHỤ LỤC Phụ lục So sánh trình tự nucleotide chủng ck/VN/VNUA-HN01/2014 với chủng tham chiếu ck/VN/VNUA-HN01/2014 cK/CH/SCLS/140104 CK/CH/LSD/08-10 S1 DY09 CK/CH/Chongqing/0908 J2 Q1 CK/CH/LDL/98I CoV/Ck/Italy/I2022/13 ck/CH/LDL/97I 4/91 Ma5 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | ATGTTGGGGAAGTCACTGTTTATAGTGACTCTTTTGTTTGCACTATGTAGTGCCGCTTTGTTTGATAATAATGAAACCGTTTACTACTACCAAAGTGCCT C AC.G T AC G A .TTTGC.T.A A ACTTA TA.CAC.T T AC .G .T .A C.G G.TCTTA G ck/VN/VNUA-HN01/2014 cK/CH/SCLS/140104 CK/CH/LSD/08-10 S1 DY09 CK/CH/Chongqing/0908 J2 Q1 CK/CH/LDL/98I CoV/Ck/Italy/I2022/13 ck/CH/LDL/97I 4/91 Ma5 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | TTAGACCGGCTGATGGATGGCATTTGCATGGTGGTGCTTATGCAGTAGTAAACGTTTCTTTAGAAACTAATAATGCAGGCACAGCTTCACAATGCATTGC G T.G.C.A T C.A G AT G T.AAT.G C C .T GT.TA TG.T C C AC .T A G G G T T TA AGT T T.TT.A TGGG T.C T ck/VN/VNUA-HN01/2014 cK/CH/SCLS/140104 CK/CH/LSD/08-10 S1 DY09 CK/CH/Chongqing/0908 J2 Q1 CK/CH/LDL/98I CoV/Ck/Italy/I2022/13 ck/CH/LDL/97I 4/91 Ma5 210 220 230 240 250 260 270 280 290 300 | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | AGGGGCTATTTCTTGGAGTAAAAATTTCTCTGCTTCTGCTGTAGCCATGACTGCACCTGAGTTAGGGATGACGTGGTCAACTGGGCAATTCTGCACGGCT T TA T A.GAA CT.T A.T G T A.T ACCTGCT T T.T GT CA G T T A T TAT CA.G.TG CGTGT.G.TAA .T A T G GTCA.C T G.T T.GCA.T G T T T A ck/VN/VNUA-HN01/2014 cK/CH/SCLS/140104 CK/CH/LSD/08-10 S1 DY09 CK/CH/Chongqing/0908 J2 Q1 CK/CH/LDL/98I CoV/Ck/Italy/I2022/13 ck/CH/LDL/97I 4/91 Ma5 310 320 330 340 350 360 370 380 390 400 | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | CACTGTAACTTCTCGGATTTTACAGTGTTCGTTACGCATTGTTTTAAACACGGTAACGGTCTATGCCCGCTAACAGGGCTTATTCCAAGTGGATTTATTC T G T A C T AGTCAAC.A AGT T AT.G TA.G TCAGAATCA T T A AC .T A .A T GGG T TA T CA.GC A.CAGCAT.C A ck/VN/VNUA-HN01/2014 cK/CH/SCLS/140104 CK/CH/LSD/08-10 S1 DY09 CK/CH/Chongqing/0908 J2 Q1 CK/CH/LDL/98I CoV/Ck/Italy/I2022/13 ck/CH/LDL/97I 4/91 Ma5 410 420 430 440 450 460 470 480 490 500 | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | GTGTTTCTGCTATGAGGAAGGGAAGTAATTCCTTGTTTTATAATTTAACAGTTTCTGTGACTAAATATCCTAGATTTAAGTCGCTTCAATGTGTTAATAA A ATCT .TT AGC AT .C A A .GGC AA T C CAGC.T C .AG AG G C CT A AT G ck/VN/VNUA-HN01/2014 cK/CH/SCLS/140104 CK/CH/LSD/08-10 S1 DY09 CK/CH/Chongqing/0908 J2 Q1 CK/CH/LDL/98I CoV/Ck/Italy/I2022/13 ck/CH/LDL/97I 4/91 Ma5 510 520 530 540 550 560 570 580 590 600 | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | TTATACATCTGTGTATTTAAATGGTGATCTTGTGTTCACTTCTAATGAAACTAAACCTGTTAGTGCAGCAGGTGTTTCTTTTAAAGCTGGTGGACCTATA C C .C C C .C T C A.CT.AC CG.GT C A .AG G G TA C A T.A C .CG C.C.GA CAT.T A 131 ck/VN/VNUA-HN01/2014 cK/CH/SCLS/140104 CK/CH/LSD/08-10 S1 DY09 CK/CH/Chongqing/0908 J2 Q1 CK/CH/LDL/98I CoV/Ck/Italy/I2022/13 ck/CH/LDL/97I 4/91 Ma5 610 620 630 640 650 660 670 680 690 700 | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | ACTTACAAGACTATGAGTGAAGTTAAAGTCCTAGCTTATTTTGTCAATGGAACCGCACAAACTGTTATTCCTTGTGATGGTTCACCTAGAGGCTTGTTAG G .T AGT AA C C C A.T T .GAG TTA AAC T C.T T AGT A .G C G T T T GA .TTG G ck/VN/VNUA-HN01/2014 cK/CH/SCLS/140104 CK/CH/LSD/08-10 S1 DY09 CK/CH/Chongqing/0908 J2 Q1 CK/CH/LDL/98I CoV/Ck/Italy/I2022/13 ck/CH/LDL/97I 4/91 Ma5 710 720 730 740 750 760 770 780 790 800 | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | CTTGTCAGTATAATACAGGCAATTTTTCAGATGGTTTCTACCCTTACACTAATAGTAGTTTAGTTAAGGAAAGGTTTATTGTTTATAGAGAAAGTAGTGT .A C T T A TT TC.TC T A C CAC A C T .C T T TT C.G.A .C C.T A ck/VN/VNUA-HN01/2014 cK/CH/SCLS/140104 CK/CH/LSD/08-10 S1 DY09 CK/CH/Chongqing/0908 J2 Q1 CK/CH/LDL/98I CoV/Ck/Italy/I2022/13 ck/CH/LDL/97I 4/91 Ma5 810 820 830 840 850 860 870 880 890 900 | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | TAACACTACCTTAGTGTTAACTAATTTTACTTTCTCAAATGTTAGTAACGCCCCTCCTAATACAGGTGGTGTTCATAGTATTGTTTTACATCAAACACAA .T C C .T A C TA.T A T TT T .C G C.T.CCAA T T T T TAC CAC C TCAT AG.C.GG AAC A C.TA .C G.A CAAACTT.C ck/VN/VNUA-HN01/2014 cK/CH/SCLS/140104 CK/CH/LSD/08-10 S1 DY09 CK/CH/Chongqing/0908 J2 Q1 CK/CH/LDL/98I CoV/Ck/Italy/I2022/13 ck/CH/LDL/97I 4/91 Ma5 910 920 930 940 950 960 970 980 990 1000 | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | ACAGCTCAGAGTGGTTATTATAATTTTAATTTCTCCTTTCTGAGTAGTTTCCGTTATGTAGAATCAGATTTTATGTATGGGTCATACCACCCAAAATGTT T .A A T GA A A TGTG AA.CC T T A T .TGT AAG G TA A T T .GT A ck/VN/VNUA-HN01/2014 cK/CH/SCLS/140104 CK/CH/LSD/08-10 S1 DY09 CK/CH/Chongqing/0908 J2 Q1 CK/CH/LDL/98I CoV/Ck/Italy/I2022/13 ck/CH/LDL/97I 4/91 Ma5 1010 1020 1030 1040 1050 1060 1070 1080 1090 1100 | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | CATTTAGACTAGAAACTATTAATAATGGTTTGTGGTTTAATTCACTTTCGGTTTCTCTTGGTTATGGTCCACTACAGGGTGGTTGTAAGCAATCTGTGTT C C C C C C C C C AT .C G.A C A T.A T G A AC C A CA.T A T AT .A AA C C T T A C C ck/VN/VNUA-HN01/2014 cK/CH/SCLS/140104 CK/CH/LSD/08-10 S1 DY09 CK/CH/Chongqing/0908 J2 Q1 CK/CH/LDL/98I CoV/Ck/Italy/I2022/13 ck/CH/LDL/97I 4/91 Ma5 1110 1120 1130 1140 1150 1160 1170 1180 1190 1200 | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | TAATAATATGGCAACTTGTTGTTATGCTTATTCATATAGTGGTCCCACACTATGTAAAGGTGTTTATAGTGGTCAGTTACAAAAAACTTTTGAGTGTGGG G .G G AA C T CC.A T TAG G A GG C ACGC TAC A A G.GG GA C C G.A TTTG G .TCA G G.TC.T.A A A 132 ck/VN/VNUA-HN01/2014 cK/CH/SCLS/140104 CK/CH/LSD/08-10 S1 DY09 CK/CH/Chongqing/0908 J2 Q1 CK/CH/LDL/98I CoV/Ck/Italy/I2022/13 ck/CH/LDL/97I 4/91 Ma5 1210 1220 1230 1240 1250 1260 1270 1280 1290 1300 | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | TTGCTGGTTTTTGTGACTAAGAGCGATGGCTCTCGTATACAAACTAGAAATGAACCACTTGTGTTAACTCAGCACAATTACAATAATATTACTTTAAATA C.T A A A T .G .G AT.T T C C C T.A A T G AGCC.C G.CA TA .A T ck/VN/VNUA-HN01/2014 cK/CH/SCLS/140104 CK/CH/LSD/08-10 S1 DY09 CK/CH/Chongqing/0908 J2 Q1 CK/CH/LDL/98I CoV/Ck/Italy/I2022/13 ck/CH/LDL/97I 4/91 Ma5 1310 1320 1330 1340 1350 1360 1370 1380 1390 1400 | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | AGTGTGTTGAGTATAATATATATGGCAGAGTTGGCCAAGGTCTTATTACTAACATAACAGATTCAGCTGCTAATCATGGCTATTTGGCAGATGGCGGGTT .T T T TG T AG A T A.T C.A T T CT T AC T TG C C .T G.T AAT C.A C.CA T ck/VN/VNUA-HN01/2014 cK/CH/SCLS/140104 CK/CH/LSD/08-10 S1 DY09 CK/CH/Chongqing/0908 J2 Q1 CK/CH/LDL/98I CoV/Ck/Italy/I2022/13 ck/CH/LDL/97I 4/91 Ma5 1410 1420 1430 1440 1450 1460 1470 1480 1490 1500 | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | GGCTGTTTTAGATACTTCAGGTGCCATAGACGTTTTTGTTGTACAAGGTGTTTATGGCCTAACTTATTATAAGGTTAATCCCTGTGAAGATGTTAACCAA C C C C C C C C C A A A .A.A T.G CA T T.A A A T T A.C C A AA T T.A .C T C C G ck/VN/VNUA-HN01/2014 cK/CH/SCLS/140104 CK/CH/LSD/08-10 S1 DY09 CK/CH/Chongqing/0908 J2 Q1 CK/CH/LDL/98I CoV/Ck/Italy/I2022/13 ck/CH/LDL/97I 4/91 Ma5 1510 1520 1530 1540 1550 1560 1570 1580 1590 1600 | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | CAATTTGTAGTCTCTGGTGGACAGTTAGTTGGCATACTTACATCTCGTAATGAAACTGGTTCTCAACCTATTGAGAACCGGTTTTATGTTAAATTTCCTA T T G G CA.T T A .A.A G TT A CA.C C.CA G T TA.A A T T T A G C G.T.C .T.A CA.C A.CA ck/VN/VNUA-HN01/2014 cK/CH/SCLS/140104 CK/CH/LSD/08-10 S1 DY09 CK/CH/Chongqing/0908 J2 Q1 CK/CH/LDL/98I CoV/Ck/Italy/I2022/13 ck/CH/LDL/97I 4/91 Ma5 1610 1620 | | | | ATAGTAGACGTCGCACGGGACGT A .CG.A.C .T.TA G.A.C TTTTA 133 Phụ lục Quy trình vacxin khuyến cáo ỊC Ngày tuổi 1 13 17 21 35 42 60 134 C ỦN Tên vacxin HVT & Rispen Avinew & IB H120 Livacox T Avac New K IBD blen Diftosec VIFLUVAC Avinew & IB88 Bur706 LT-Ivax VIFLUVAC Avinew & IB H120 N ỪA C O Phòng bệnh Marek IB Niu-cát xơn Cầu trùng Niu-cát xơn Gumboro Đậu Cúm gia cầm IB Niu-cát xơn Gumboro ILT Cúm gia cầm IB Niu-cát xơn T ỊT Cách dùng Tiêm trạm ấp Phun sương(tại trạm ấp) Phun vào thức ăn Chích da cổ Nhỏ miệng Chủng màng cánh Tiêm da cổ Nhỏ mắt Nhỏ miệng Nhỏ mũi Tiêm da cổ Uống phun sương ỊC C ỦN N ỪA C O ĐẺ ( IỐN ) Tên vacxin Phòng bệnh Cách dùng IB 4/91 & IB Ma5 IB Phun sương nt Avinew Neo Niu-cát xơn Nhỏ mắt 15 nt Ma5 and Clone30 IB Niu-cát xơn Nhỏ mắt Medivac Pox Đậu gà Chủng màng cánh IBD blen Gumboro Nhỏ miệng Nemovac Sưng phù đầu Nhỏ mắt VIFLUVAC Cúm H5N1 Tiêm bắp đùi Tuổi nt (ngày tuổi) 19 nt 27 nt 32 nt Reo 1133 Viêm khớp truyền nhiễm LT-IVAX 37 nt ILT Tiêm da cổ Nhỏ mũi Phòng viêm ruột Gallimune SE Salmonella Tiêm bắp cánh gà 44 nt Corvac4 49 nt MSMG nhũ dầu 53 nt 59 nt 63 nt 70 nt 12 tt (tuần AvinewH120 Sổ mũi truyền nhiễm MS + MG IB IB+ Niu-cát xơn Tiêm bắp lườn trái Tiêm bắp Nhỏ mắt Biofos IBND IB & Niu-cát xơn Tiêm bắp lườn VIFLUVAC Cúm H5N1 Tiêm bắp/ da Thymovac Thiếu máu truyền nhiễm Nhỏ miệng Nemovac Sưng phù đầu Nhỏ mắt Medivac Pox Đậu gà Chủng màng cánh Corvac4 Sổ mũi truyền nhiễm Tiêm bắp lườn Ma5 and Clone30 IB Niu-cát xơn Phun sương/ Nhỏ mắt LT-IVAX ILT Nhỏ mũi 135 tuổi) 13 tt MSMG nhũ dầu 14 tt TRI REO 15 tt Gallimune 407 AvinewH120 MS &MG Viêm khớp truyền nhiễm Hội chứng sưng đầu IB &Niu-cát xơn Tiêm bắp Tiêm bắp/ da Tiêm bắp/ da Phun sương/ Nhỏ mắt Phòng viêm ruột 16 tt Gallimune SE Salmonella Tiêm bắp cánh gà GUMBORO Gumboro Tiêm bắp/ da VIFLUVAC Cúm H5N1 Tiêm bắp/ da 19 tt Ma5 and Clone30 IB Niu-cát xơn Phun sương/ Nhỏ mắt 25 tt Ma5 and Clone30 IB Niu-cát xơn Phun sương/ Nhỏ mắt 31 tt AvinewH120 IB+ Niu-cát xơn Phun sương/ Nhỏ mắt 35 tt VIFLUVAC Cúm H5N1 Tiêm bắp/ da 17 tt 136 ỊC Tuổi nt nt 16 nt 23 nt 25 nt 30 nt 40 nt 52 nt 62 nt 70 nt 92 nt 105 nt 19 tt 24 tt 29 tt C ỦN N ỪA C O Tên vacxin IB Ma5 & IB 4/91 ND clone30 Newcavac Cúm H5N1 + H9N2 Gum D78 Ma5clone30 Chủng đậu Gum 228E LT-IVAC Covac IB 4/91 Ma5colne30 H5N1 + H9N2 Newcavac Nemovac LT-IVAC Cúm Vifluvac RT-Inac Avinew H120 Cor IB-OLVAI ND (ND,IB) Mac5clone30 ND Avinew ĐẺ TRỨN T ƢƠN Phòng bệnh IB Niu-cát xơn Niu-cát xơn Cúm gia cầm Gumboro IB & Niu-cát xơn Đậu gà Gumboro ILT Sổ mũi truyền nhiễm IB IB &Niu-cát xơn Cúm gia cầm Niu-cát xơn Sưng phù đầu ILT Cúm H5N1 Viêm mũi IB&Niu-cát xơn Sổ mũi truyền nhiễm IB Niu-cát xơn (hoặc Niu-cát xơn &IB) IB & Niu-cát xơn Niu-cát xơn P ẨM Cách dùng Phun sương Phun sương Tiêm da cổ Tiêm da cổ Bắn miệng Nhỏ mắt Đâm cánh Bắn miệng Nhỏ mũi Chích bắp Nhỏ mắt Phun sương Tiêm lườn Tiêm lườn Phun sương Nhỏ mũi Tiêm lườn Tiêm lườn Nhỏ mắt Chích bắp Tiêm lườn Nhỏ mắt Phun sương Phun sương 137 Phụ lục BẢN CÂU ỎI N C O C Ủ TRANG TRẠI, HỘ NUÔI IA Đ N C ĂN (Cán Trạm thú y và/hoặc NCS đồng nghiệp vấn) Xã (Phường):…………………………………………………………………………… Huyện (Quận):…………………………………………………………………………… Tỉnh/Thành phố:……………………… Cán điều tra:……………………………Nơi cơng tác:……………………………… Ngày điều tra (ngày/tháng/năm):………………………………………………………… I T ƠN TIN VỀ TRANG TRẠI, HỘ C ĂN NUÔI Họ tên chủ trang trại/hộ chăn ni:………………………………………………… Thơn:…………………………… Xóm:………………………………………………… II VỀ T N N C ĂN NI Xin chào ơng (bà), xin phép hỏi số thông tin sau: (Đánh dấu √ vào lựa chọn đúng) Quy mô đàn gà nuôi (con):………………………………………………… Xác nhận thú y địa phƣơng tình hình dịch bệnh I gà? Có Khơng Xác nhận thú y địa phƣơng tình hình dịch bệnh khác gà? Có Khơng Phƣơng thức chăn ni: Cơng nghiệp Nguồn gốc gà ni có từ đâu? Tự ấp nở Nơi chuyên cung cấp giống có kiểm dịch Thương lái đến nhà 138 Chăn thả Hộ chăn nuôi khác Chợ Khác (Ghi rõ từ đâu):…………………………………………………………… Nhốt cách ly gia cầm mua về? Có Khơng Mục đích ni? Gà thịt III P ÕN Gà đẻ trứng ỆNH Quét dọn vệ sinh, sử dụng hố chất tiêu độc nơi ni, nhốt, thả gà? Có thường xuyên Có lâu (trên tháng) Khơng Tiêm phịng vacxin I ? Có Khơng 10 Nếu có, ngày tiêm phịng cuối cùng? 11 Tiêm phòng loại vacxin khác? Có Khơng 12 Nếu có, tiêm loại vacxin gì? Ngày tiêm phịng cuối cùng? …………………………………………………………………………………………… …………………………………………………………………………………………… 13 Ai thực tiêm phòng vacxin? Tự tiêm Thú y xã tiêm Thú y từ nơi khác đến tiêm (ghi c thể, từ đâu?) ………………………………………………………………………………………… Có vệ sinh, tiêu độc khử trùng trước, sau tiêm 139 14 Trong vịng tháng qua, gia đình ơng (bà) có gà bị bệnh, chết? Có Khơng 15 Nếu có, trả lời câu hỏi sau: Số lượng bị bệnh (con):……………………………………………………………… Số lượng bị chết (con):………………………………………………………………… Có vệ sinh tiêu độc khử trùng sau có gà bị bệnh, chết? Có Khơng 16 Ơng (bà) làm thấy gà bị bệnh? Nuôi cách ly Điều trị Làm thịt Bán Xử lý cách khác (ghi c thể):…………………………………………………………… 17 Ơng (bà) có báo thú y cán thơn xã? Có Khơng 18 Gần có trang trại gia cầm, lị giết mổ hay chợ buôn bán gia cầm không? Có Khơng 19 Nếu có, khoảng cách bao xa? >1000 mét