* Virus đốm câyAlfalfa (AMV) có genom gồm 4 đoạn ARN đơn, dương, dạng thẳng, được gói vào 4 vỏ capsid khác nhau nên còn gọi là virus dị capsid (hetero-capsidic) để phân biệt với virus mà[r]
(1)* Genom ADN kép (ví dụ virus pox, herpes adeno) thường có kích thước lớn
* Genom ADN kép khép vòng (siêu xoắn không siêu xoắn) thường thấy phage
* Genom ADN kép virus vaccinia có hai đầu khép kín
ADN đơn dạng thẳng (ví dụ virus parvo) có kích thước nhỏ Các ADN dạng thẳng thường có trình tự lặp lại đầu
* Tất genom ARN kép phân đoạn (chứa số đoạn không giống nhau, mang thông tin di truyền tách biệt)
* Genom ARN đơn phân thành ARN dương (genom +) ARN âm (genom -) dựa vào trình tự nucleotid mARN
Phần lớn genom ARN đơn không phân đoạn trừ virus orthomyxo (virus cúm) * Virus retro có genom hai phân tử ARN đơn giống nhau, nối với đầu nhờ cầu nối hydro
* Virus đốm câyAlfalfa (AMV) có genom gồm đoạn ARN đơn, dương, dạng thẳng, gói vào vỏ capsid khác nên cịn gọi virus dị capsid (hetero-capsidic) để phân biệt với virus mà tất đoạn gói hạt-virus đồng capsid (isocapsidic)
2.5.2 Phương pháp nghiên cứu
Những tiến sinh học phân tử vài thập niên gần giúp cho việc nghiên cứu acid nucleic trở nên dễ dàng nhanh chóng Hệ gen đại diện hầu hết họ virus giải trình tự, khung đọc mở chúng biết rõ, sản phẩm hệ gen xác định tính chất Điều cho phép so sánh trình tự biết ngân hàng gen với trình tự nghiên cứu so sánh với trình tự sinh vật khác, nhân sơ nhân thật, qua thấy tương đồng tiến hoá sinh giới
Gen virus tách dịng vào vectơ khác phân tích nhờ kỹ thuật phát sinh đột biến điểm định hướng directed mutagenesis) kỹ thuật phát sinh đột biến điểm đặc hiệu (site-specific mutagenesis) để nghiên cứu vai trò acid amin riêng biệt việc xác định cấu trúc chức protein
Virus ADN thường biểu sơ đồ phân tử dạng thẳng với vị trí enzym giới hạn nằm rải rác khắp genom Có hàng chục enzym giới hạn dùng để phân cắt ADN thành đoạn nhỏ với trình tự nucleotid đặc thù Mỗi genom ADN có đồ enzym cắt giới hạn đặc trưng cho chúng Điều có với genom ARN, nhờ enzym phiên mã ngược tiến hành tổng hợp cADN từ ARN khuôn Lúc cADN bị enzym giới hạn cắt
Acid nucleic virus đặc trưng nhiệt độ nóng chảy (Tm), mật độ gradient nồng độ xesi clorua (CsCl), giá trị S gradient nồng độ saccaroza, có khơng có khả gây nhiễm, mẫn cảm với nucleaza xuất kính hiển vi điện tử
Loại acid
(2)ADN đơn Chuỗi đơn, dạng thẳng Chuỗi đơn, khép vòng
Virus parvo
Phage jX174, M13, fd
Herpes, adeno, coliphage T, phage l
ADN kép
Chuỗi kép, dạng thẳng
Chuỗi kép, dạng thẳng, mạch có chỗ đứt cầu nối phosphodieste
Chuỗi kép với hai đầu khép kín Chuỗi kép khép vịng kín
Coliphage T5
Vaccinia, Smallpox
Polioma (SV40), papiloma, phage PM2, virus đốm hoa lơ
ARN đơn
Chuỗi đơn, dương dạng thẳng Chuỗi đơn, âm, dạng thẳng
Chuỗi đơn, dương, dạng thẳng, nhiều đoạn Chuỗi đơn, dương dạng thẳng gồm hai đoạn gắn với
Chuỗi đơn, âm dạng thẳng, phân đoạn
Picorna (polio, rhino), toga, phage ARN, MTV hầu hết virus thực vật Rhabdo, paramyxo, (sởi, quai bị) Virus đốm tước mạch (Bromus) (các đoạn bao gói virion tách biệt)
Retro (HIV, Sarcoma Rous)
ARN kép Chuỗi kép, dạng thẳng, phân đoạn
Orthomyxo (cúm)
Reo (rota), số virus gây u thực vật, NPV côn trùng, phage j6 nhiều virus nấm (mycovirus) Bảng loại acid nucleic virus
Kích thước genom thay đổi nhiều virus khác Các genom nhỏ (ví dụ Bactariophage MS2, Q) có kích thước 1x106 Da đủ để mã hóa cho 3-4
protein Một số virus khác tận dụng tối đa không gian genom cách sử dụng gen chồng lớp, tức gen gối lên khung đọc, khác diểm khởi đầu kết thúc
Các genom coliphage T chẵn, herpes, vaccinia có kích thước 1,6x108 Da có thể
(3)* Các virus ADN có kích thước nhỏ (như x 174, M13 hay parvo) thường có genom ADN chuỗi đơn Một số ADN đơn, dạng thẳng, song số khác lại khép vòng
* Hầu hết virus ADN sử dụng ADN kép làm vật liệu di truyền Một số chứa genom ADN kép dạng thẳng số khác lại chứa ADN kép dạng vòng Phage lamda chứa ADN kép dạng thẳng có hai đầu dính đoạn đơn bổ sung dài 12 nucleotid nên bắt cặp để khép vịng
* Ngồi nucleotid thơng thường, nhiều virus cịn có base đặc biệt, ví dụ phage T chẵn ký sinh E.coli mang hydroxymetyl cytosin thay cytosin
Glucoza thường gắn vào nhóm hydroxymetyl
* Ở virus ADN kép có kích thước lớn (ví dụ virus họ herpes) genom có cấu tạo phức tạp Kích thước genom thay đổi, từ virus herpes simplex varicella zoster (120 180kbp) đến virus cytomegalo HHV-6 (180 230 kbp) ADN mã cho 40 protein cấu trúc 40 protein không cấu trúc Cấu trúc genom thay đổi thành viên họ chúng nhóm chứa đồng phân
(isomer) phân tử ADN Mỗi hạt chứa đồng phân gồm hai đoạn nối với liên kết cộng hóa trị, đoạn dài (UL) đoạn ngắn (US) Ở hai đầu đoạn lại có đoạn ngắn lạp lại trái chiều Các đoạn khác hạt virus khác nhau, làm cho genom thay đổi nhiều (lớn nhỏ kích thước trung bình)
* Genom virus adeno dạng thẳng có kích thước 30 - 38 kbp nhỏ genom virus herpes Mỗi virus chứa 30 40 gen Genom có hai đầu lập lại trái chiều dài 100-180 kbp Đoạn 50 base giống virus khác thường chứa nhiều cặp A-T Điểm bật đoạn đầu phân tử ADN virus adeno genom tách khỏi virion mạch tạo vòng "panhandle" oligome Điều liên tưởng đến phage , khác chỗ ADN adeno khơng có đầu đơn Ở đầu genom có gắn protein 55 kDa Protein đóng vai trị quan trọng chép
Genom ARN
Virus ARN thường có genom nhỏ genom virus ADN * Các phân tử ARN chia làm hai loại: ARN (+) ARN (-)
ARN (+) có trình tự nucleotid trùng với trình tự nucleotid mARN, nên dùng thay cho mARN trình dịch mã
ARN (-) có trình tự bổ sung với mARN
* Cơ chế tổng hợp mARN đặc điểm quan trọng để phân biệt virus ARN * Hầu hết phân tử mARN eukaryota đơn gen (monocistronic), mã hóa cho protein, tất virus ARN biết đa gen
(Polycistronic), mã hóa cho nhiều protein
(4)* Đa số ARN (+) có mũ đầu để bảo vệ khỏi tác động phosphataza nucleaza virus picorna mũ thay protein VPg (protein gắn với
genom)
* Đầu đa số genom ARN (+) gắn đuôi poly (A) giống mARN eukaryota
* Virus ARN (-) thường có genom lớn virus ARN (+)