Nghiên cứu một số đột biến của virut viêm gan b tại việt nam nhằm tìm hướng phòng chống và điều trị

ĐẠI HỌC QUỐC GIA H À NỘI TR Ư Ờ N G Đ Ạ I HỌ C K H O A H Ọ C T ự NHIÊN ********* TÊN Đ Ề TÀI: Nghiên cứu số đột biến virut viêm gan B Việt Nam nhằm tìm hướng phịng chống điều írị M Ã SỎ: QG 09.17 CHỦ TR Ì ĐỀ TÀI : PGS.TS.NGƠ GIANG LIÊN CÁN B ộ THAM GIA : Th.S.Đỗ Thị Vinh An Th.S.Trần Thu Hà Th.s Phạm Đức Ngọc Th.s Nguyễn Văn Tuấn CN Le Xuân Thịnh TAI HỌC QUỐC GIA HA NỌI TRUNG Tâ m t h ô n g tin Thư v iê n 00060000^3 BÁO CÁO TÓ M TẮT Tên đề tài: Nghiên cứu số đột biến virut viêm gan B Việt Nam nhằm tìm hưởng phòng chống điều trị Mã số : QG.09.17 Chủ trì để tà i: TS Ngơ Giang Liên Các cán tham gia: stt Họ tên Cơ quan Th.s ĐỖ Thị Vinh An Bệnh viện Bạch Mai, Hà Th.s Trần Thu Hà Khoa Sinh, ĐHKHTN Th.S.Phạm Đức Ngọc Khoa Sinh, ĐHKHTN Th.S.NguyễnVănTuấn Khoa Sinh học Phân tử, Viện SR Hà Nội CN Lê Xuân Thịnh Viện Huyết học Truyền máu Hà Nội Nôi Mục tiêu nội dung nghiên cứu: 5.1 Mục tiêu nghiên cứu: - Xác định đột biến thuộc gen s HBV - Phân tích tìm đặc trưng đột biến thu thập Việt Nam so sánh với đột biến khác giới 5.2 Nội dung nghiên cứu: - Thu thập mẫu nhiễm virut viêm gan B Việt Nam - Bảo quản mẫu điều kiện xác định để dùng cho phân tích ADN - Tách chiết ADN virut viêm gan B - Khuếch đại vùng gen s (300 bp) bàng kỹ thuật PCR - Xác định trình tự đoạn gen s - Tìm đột biến phân tích đột biên đặc trưng cho mâu VN - So sánh đột biến virut viêm gan B Việt Nam với mấu khu vực ừên giới Các kết đạt được: 6.1 Kết khoa học: 6.1.1 Thu thập mẫu Đã thu thập 25 mẫu HBV tò bệnh nhân nhiễm virut viêm gan B xác nhận từ Trung tâm Huyết học Truyền máu, Hà Nội ADN (HBV) từ máu mẫu tách chiêt dùng cho phản ứng PCR 6.1.2 Khuyếch đại đoạn gen s Cặp mồi sử dụng để phát khuyếch đại đoạn gen s (300 bp) chứa vùng định kháng nguyên: HBV/F:5'-CAAGGTATGTTGCCCGTTTG-3' HBV/R:5'-ATGTTGTACAGACTTCGCCC-3' thiết kế theo nghiên cứu Thoson c s (1999) Đoạn ADN đích (300bp) sản phẩm PCR thu sau 35 chu kỳ phản ứng 6.1.4 Tinh ADN-HBV (300bp) giải trình tự 6.1.5 Kết giải trình tự so sánh với mẫu giới Đã phát 10 đột biến ừong mẫu nghiên cứu Các đột biến chia thành nhóm Nhóm bao gồm đột biến đặc trưng cho mẫu thu thập VN : Đột biến vị trí 876 với G biến đổi thành c, vị trí 1116 với G biến đổi thành A vị trí 1130 với c biến đổi thành G Nhóm bao gồm đột biến cho mẫu thu thập VN số nước khác: Đột biến vị trí 887 với A biến đổi thành G, vị trí 888 vói G biến đổi thành A, vị trí 942 với A biến đổi thành c, vị trí 1120 với T biến đổi thành A Nhóm bao gồm đột biến chung cho tật mẫu giới kể mẫu từ Việt Nam: vị trí 891 với T biến đơi thành c, vị trí 897 với A biến đổi thành G vị trí 898 với G biên đơi A Những đột biển phát nghiên cứu đột biên thay thê nucleotide Những nghiên cứu gần cho thấy tầm quan trọng đột biên gen s chứa vùng đinh kháng nguyên “a” Do I nghiên cứu đột biên thuộc gen s cua HBV rat can cho viẹc thiết kế vaccine cho nhiều đột biên kit chân đoán HB V 6.2 Ket : 02 công bổ 6.2.1 Quốc tế: 01 báo cáo khoa học N Giang Lien, B Khanh Hoa, T Thu Ha (2010), “ The survey of s gene mutation of Hepatitis B virus circulating in Vietnam” Poster presentation at 14 th International Congress of Infectious Diseases, March 2010, Myami, USA 6.2.2 Trong nước: 01 báo Pham Due Ngoc, Tran Thu Ha, Tràn Thị Lien, Le XuanThinh,Nguyen Van Tuan and Ngo Giang Lien (2010), “ Preliminary study onsome s gene mutation of HBV isolated in Vietnam” Journal of Science and Technology, Vol26,No.4S, 2010 6.3 Đào tạo: -01 cử nhân sinh học: Trần Thị Thơ (2009) -01 Nghiên cứu sinh : Trần Thu Hà (2012) Tình hình kinh phí đề tài: - Tổng kinh phí cấp: 100.000.000VND - N ă m 0 : 0 0 0 V N D KHOA QUẢN LÝ (K ý ™ N ă m : 0 0 0 V N D CHỦ TRÌ ĐỀ TÀI • TRƯỜNG ĐẠI HỌC KHOA H Ọ C T ự N H IÊN SUMMARY Project title: Study on some mutations o f Hepatitis B virus in Vietnam fo r finding the way fo r prevention and treatment Code number: QG-09-17 Principal investigator: Dr Ngo Giang Lien List of project members: No Name Office MSc Đo Thi Vinh An Bach Mai hospital MSc Tran Thu Ha Faculry of Biology, Hanoi University of Science MSc Pham Due Ngoc Faculry of Biology, Hanoi University of Science MSc Nguyen Van Tuan Faculty of Molecualar Bioiogy, Institute of Malaria, Hanoi BSc Le Xuan Thinh Ceter of Hematology and Blood transfussion Goals of Objectives of the research project + Determination of mutations in the s gene region of HBV + To analyze these mutations and to compare mutations from samples collected in Vietnam to others regions in the world 5.1 Research content + To collect samples from blood donor group infected HBV + To keep the above samples in good condition for lab assays + To extract DNA-HBV + To amplify DNA (300bp) in s gene region + To sequence PCR product (DNA-300bp) + To analyze mutations on s gene + To determine the characters of these mutations circulating in VN To compare mutations from VN with others in the world Main results: 6.1 Results in science and technology 6.1.1 HBVsamples collection A total of 25 HBV samples collected from screening patients infected HBV from Center of Hematology and Blood transfusion, Hanoi HBV-DNA samples were extracted from serum or peripheral blood for PCR amplification 6.1.2 DNA-HB Vamplification After 35 cycles of PCR reaction, the PCR product (DNA- HBV) fragments with the size 300 bp was obtained 6.1.3 HBV-DNA sequencing The purified DNA were sequencing for mutations analysis 6.1.4 Sequencing analysis There were ten mutations were found These mutations could be divided into three groups Group consisted of mutations typical only for samples from Vietnam and they included: the point mutation at nucleotide position 876 with a G to c substitution, the mutation at nucleotide 1116 with a G to an A substitution, and another point mutation at nucleotide 1130 with a c to G substitution Group was composed of mutations that occurred on samples from Vietnam and those from some other regions in the world, such as a point mutation at nucleotide 887 with an A to G substitution, the point mutation at nucleotide 888 with a G to A substitution, the point mutation at nucleotide 942 with an A to c substitution, the point mutation at nucleotide 1120 with a T to A substitution, Group refered to all mutations that found through out the world, such as a point mutation at nucleotide position 891 with a T to c substitution, the point mutation at 897 with an A to G and the point mutation at nucleotide 898 with a G to A substitution Recent studies have revealed significant diversity in sequence of HBV isolated, accounting for the point mutations among the four major HBV serotypes and they have found that mutations occurred at these nucleotide positions resulted in amino acid residues changed at the certain ‘a’ epitope region This study is nếcessary to design new vaccines to various HBV mutants and HBV diagnostic kit 6.2 Publication: 02 scientific presentation 6.2.1 International level: 01 scientific presentation N Giang Lien B Khanh Hoa, T Thu Ha ( 2010), “ The survey of mutation of the gene of hepatitis B virus circulating in Vietnam” Poster presentation at 14 th International Congress of Infectious Diseases, March 2010, Myami, USA 6.2.2 National level: 01 scientific paper Pham Due Ngoc, Tran Thu Ha, Tran Thi Lien, Le Xuan Thinh , Nguyen Van Tuan, Ngo Giang Lien (2010), “ Preliminary study on some s gene mutation of HBV isolated in Viet Nam” VNU Journal o f Science, Natural Sciences and technology 26, No S : 613-617 6.3 Staff training: - 01 BSc in biology : Trần Thị Thơ (2009) - 01 Ph.D in Cell Biology : Tran Thu Ha will be completed Ph.D study in 2013 Budget justification - Total of financial support: 100.000.000 VND - Planned budget: 2009: 50.000.000 VND., 2010: 0 0 0 VND I MỤC LỤC MỞ ĐẦU i CHƯƠNG I : TỎNG QUAN TÀI LIỆU 1.1 Virut viêm gan ^ ỉ Cấu trúc genom protein HBV ỉ 1.2.Chu trình nhân lên HBV 1.1.3 Các marker chẩn đoán viêm gan B .5 1.2 Đột biến virut viêm gan B 1.3 Tình hình nhiễm HBV giới 1.4 Tình hình nhiễm HBV Việt Nam CHƯƠNG ĐÓI TƯỢNG VÀ PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN c ứ u 2.1 Đối tượng nghiên cứu 2.2 Phương pháp nghiên cứu 2.2.1 Phương pháp tách chiết ADN 2.2.2 Phương pháp quang phổ kế (đo OD) 10 2.2.3 Khuếch đại đoạn ADN (300 bp) vùng gen s HBV 10 2.2.4 Giải trình tự đoạn gen s phát đột biến 11 CHƯƠNG KẾT QUẢ VÀ BÀN LUẬN 12 3.1 Phát khuếch đại ADN (HBV) P C R 3.2 Phân tích trình tự đoạn gen s H BV 14 Bàn luận 15 K ết luận kiến n g h ị 16 Tài liệu tham khảo 17 Phụ lục 18 Phụ luc 19 Phụ lục 20 DANH MỤC HÌNH Số TT Tiêu đề hình Trang Hình Cấu trúc virut viêm gan B Hình Ảnh điện di sản phấm PCR 11 Hình Kết giải trình tự 13-14 DANH MỤC BẢNG rn«A JA I Tiêu đê bảng Trang Bảng Tỷ lệ HBsAg dương tính số nước lưu hành HBVthap Tỷ lệ HBsAg dương tính số nước lưu hành HBV trung bình Tỷ lệ HBsAg dương tính số nước lưu hành HBV cao Tỷ lệ nhiêm HBV qua nghiên cứu số tác giả nước Chu trình nhiệt cho phản ứng PCR 10 Bảng Kêt đo OD 19 SỐTT Bảng Bảng Bảng Bảng 8 Danh mục chữ viết tắt ADN - Axít desoxyribonucleic ADNHBV - ADN virút viêm gan B (Hepatitis B virus DNA) Anti-HBc - Kháng thể kháng kháng nguyên lõi virút viêm gan B (Antibody against Hepatitis B core Antigen) Anti-HBe - Kháng thể kháng kháng nguyên e virút viêm gan B (Antibody against Hepatitis B e Antigen) Anti-HBs - Kháng thể kháng kháng nguyên bề mặt virút viêm gan B (Antibody against Hepatitis B surface Antigen) ARN - Axit ribonucleic cccADN - ADN vịng đóng tương đương • (convalently closed circular DNA) HBcAg - Kháng nguyên lõi virút viêm gan B (Hepatitis B core Antigen) Gen s - Gen bề mặt (surface gen) HBeAg - Kháng nguyên e vữút viêm gan B (Hepatitis B e Antigen) HBsAg - Kháng nguyên bề mặt virút viêm gan B (Hepatitis B swface Antigen) HBV - Virút viêm gan B (Hepatitis B virus) IU - Đơn vị quốc tế (International unit) LHBs - Prôtein bề mặt virút viêm gan B loại lớn (Large Hepatitis B surface Protein) ĐÊ CƯƠNG ĐẼ TAI ĐẶC BIỆT KHCN CẢP ĐHQGHN Tên đề tài: Tiếng Việt: Nghiên cưu số đột biến virut viêm gan B Việt Nam nhằm tìm hướng phòng chổng điều trị Tiếng Anh: Study on some mutations o f Hepatitis B virus in Vietnam for finding the way for prevention and treatment Thời gian thực hiệrl: năm Bắt đầu tư 2009 đến 2011 Đề tài thuộc lĩnh vực ưu tiên Đề tài có trùng với đề tài tiến hành khơng? Khơng Chủ trì đề tài (Kèm theo lý lịch khoa học) Họ tên: Ngô Giang Liên Năm sinh: 11 tháng 11 năm 1951 Nam/Nữ: Nữ Địa liên hệ: Bộ môn Tế bào_ Mô phôi Lý sinh Điện thoại: CQ (5588479) Mobile: 0984101702 E m ail: colienngo@yahoo.com Hoc hàm,' hoc vị• : PGS.TS « • Chun mơn đào tạo : Di truyền tế bào C h ứ c VII : G iả n g v iê n c h ín h Fax: 8582069 Tóm tắt hoạt động nghiên cứu chủ trì đê Thời gian Tên đề tài/Cơng trình Tư cách tham gia 1999 2000 Xác định vectơ ký sinh trùng sốt rét kỹ thuật PCR Chủ trì 2003 2005 Nghiên cứu lồi đồng hình truyền sốt rét Việt Nam Đồng chủ trì với GS.H.Townson (Anh) tài Câp quản lý/nơi công bố Tô chức Y tế giới WHO Bộ phát triển Anh Quốc (DEPD) Cải tiến công nghệ, nâng cao Đơng chủ trì với 2001 lực sản xuất chất lượng chế Dr Skovmand Đại sứ quán 2004 phẩm thuốc trừ sâu sinh học Bt Ole (Pháp) số Đan Mạch nông nghiệp Việt Nam chuyên gỉa VN Áp dụng kỹ thuật PCR chẩn 2003 Trường đốn bệnh viêm gan c người Chủ trì 2004 ĐHKHTN cho máu chuyên nghiệp Nghiên cứu xác định lồi đồng 2005 hình phức lồi 2006 Chủ trì Bộ KH - CN Anopheles.minimus kỹ thuật 2007 PCR Bộ phát Đồng chủ trì với 2008 triển Vương Sốt rét bệnh nhiệt đới GS.Townson Quốc Anh 2011 (Anh) (DelPHE Tóm tắt hoạt động đảo tạo sau đại học chủ trì đề tài năm trở lại : Thời gian 2003 - 2004 2004- 2005 2006 -2010 2007-2011 2008-2012 Tên nghiên cứu sinh Nguyễn Thanh Dịu Trân Thu Hà Đỗ Thi Vinh An Tên học viên cao học Đô Thị Vinh An Trân Thu Hà Cơ quan phổi hợp cộng tác viên đê tài: Cơ quan phối hợp Họ tên cộng tác viên Bệnh viện Bạch Mai Hà ’ Nội Đại học Khoa học Tự nhiên (ĐHKHTN) BS Đô Thị Vinh An BS Bạch Khánh Hòa Chuyên ngành cộng tác viên Huyêt học truyền máu Trần Thu Hà (NCS) Tế bào học ĐHKHTN TS Lê Thị Hòa ĐHKHTN ĐHKHTN TS Bùi Viêt Hà Th.s Phạm Đức Ngọc TT CQ CTV1 Sinh học phân tử Vi sinh vât hoc Vi sinh vật học Thuyết minh cần thiết hình thành dự án : Viêm gan virut viêm Gan B (HBV) xem bệnh nguy hiểm phổ biến giới Trên sở điều tra rộng rãi kháng nguyên bề mặt cùa virut viêm gan B (HBsAg) người ta dự tính có tới hai tỷ người bị nhiễm HBV toàn giới Bệnh thường xem nguyên nhân bệnh lý viêm gan, xơ gan ung thư gan Việt Nam nước thuộc khu vực có tỷ lệ nhiễm HBV cao, với tỷ lệ mang kháng nguyên bề mặt virut viên gan B từ 1225% Bệnh trở thành mối lo ngại sức khỏe cộng đồng, thách thức lớn nhiều quốc gia châu Á châu Phi nơi có tỷ lệ nhiêm bệnh cao gây tổn hại đến kinh tế sức khỏe người dân Do nghiên cứu viêm gan B để đưa biện pháp phịng chơng hữu hiệu giải vân đê xúc vê sức khỏe cộng đông mà cịn phục vụ cho mục đích kinh tế quốc gia Tổng quan cơng trình nghiên cứu: Để góp phần phịng chống viêm gan B có nhiều cơng trình nghiên cứu phục vụ cho việc chân đốn sớm sản xuâl văc xin có hiệu thành tựu khoa học hàng đâu cùa thê kỷ 20 Genome HBV ADN kép, khép vòng không liên kết với liên kết cộng hóa trị, mạch (-) ký hiệu L có chiêu đài ơn định (3000 - 3500 nucleotit) Mạch ngắn có ký hiệu s, mạch dương (+), có đâu 5’ định, cịn đầu 3’ thay đổi khác chiều dài Vùng s bao gồm gen s, pre s pre S2 Gen s tiền s mã hóa cho vỏ virut VGB Tuy nhiên genome virut viêm gan B rât dê bị đột biên, kê ca gen be rnạt (S) tham gia tổng hợp nên kháng nguyên bề mặt HbsAg chứa đột biên giúp cho virut viêm gan B “trốn thốt” khỏi phát kit dùno C hính vi vậv việc tiêm phòng vắc xin nhũng trư ng họp khơng thể Piup nairm ta p h ị n g tránh bệnh thể đột biến H B V gâỵ nén kháng thể đư ợc hình thành vẳc xin không chống virut đột biên, V iệt Nam có số cơng trình nghiên cứu HBV phục vụ cho việc chẩn đốn nhanh, xác, nghiên cứu tách dịng biểu gen mã hóa cho kháng nguyên bề Ịpặl kháng nguyên lõi virut viêm gan B giải pháp tơt góp phần khống chế lây lan bệnh cộng đồng Song tiếc việc tìm kiếm đột biến chưa đề cập Lý chọn đề tài: Các nhà thiết kế kit sàng lọc HBsAg nhà sản xuất vắc xin viêm gan B không ngừng cải tiến để đưa kít sàng lọc có khả phát nhiều dạng đột biến, sản xuất loại vắc xin cho tính hiệu cao Vì nghiên cứu HBV mức độ phân tử nhằm tìm kiếm đột biến có liên quan đến vấn đề cần thiết phục vụ cho y học, phịng chống bệnh Tính thịi đề tài Bên cạnh hiệu tích cực chương trình tiêm phịng vắc xin VGB, vấn đề đặt nhiều nhà khoa học giới quan tâm tượng đột biến vùng định kháng nguyên “a” HBsAg Đột biến phát Ý, cách 10 năm có thơng báo nhiều quốc gia toàn giới Tây Thi, Đài Loan, Trung Quốc, Anh, Singapore, Thái Lan, Mỹ Quan điểm liên quan đột biến đến hiệu tiêm phòng gây nhiều tranh luận Một sổ cho vắc xin VGB sử dụng có khả dự phịng cho chủng đột biến Tuy nhiên lý thuyết thực tế cho thấy tỷ lệ xuất đột biến cộng đồng tăng dần theo thời gian triên khai tiêm phòng vắc xin điều đáng ý lại gặp nhiều nhóm tiêm phịng đầy đủ so với nhóm khơng tiêm phịng Xu hưóng nhiêu nghiên cứu đê cập đên sản xuât văc xin có hiệu phòng bệnh cao chủng đột biến cách cải tiến vắc xin có Vì việc phát đột biến, hiểu rõ câu trúc chúng hy vọng đáp ứng mục đích Tính cấp thiết đáp ứng nhu cầu phát triển kinh tế - xã hội: Giải đirợc vấn đề sức khỏe cộng đong giải pháp hữu hiệu cho phát triển kinh tế xã hội cách nhanh chóng bền vũng Địa bàn tiến hành nghiên cún: Bệnh nhân định theo dõi điều trị HBV bệnh nhân có két sàng lọc HDBsAg âm tính dương tính số địa điểm Việt Nam Hiểu biết thúc tế tác giả địa bàn nghiên cứụ: Đã nhận gợi ý chuyên gia ve dịch tễ bệnh vấn đề khác liên qụan đên địa lý đặc thù dịch bệnh cac vung thu mẫu, đặc trưng riêng đỉnh phát triển bệnh , Tinh đai diện địa ban nghiên cứu: Đại diện địa bàn khác vê địa lý, sinh thai dịch bệnh Đ ây sỏ' tôt cho nghiên cứu Mục tiêu đề tài: 9.1 K huyếch đại đ o ạn gen s thuộc H BV 9.2 Xác định trình tợ đồạn gen s giải trình tự 9.3 Phát đột biến gen s 10 Tóm tắt nội dung nghiên cứu đề tài - Thu thập mẫu máu nhiễm virút viêm gan B bệnh nhân viêm gan B Việt Nam - Bảo quản mẫu điều kiện xác định để dùng cho phân tích ADN - Tách chiết ADN virut Viêm gan B - Khuyếch đại vùng gen s kỹ thuật PCR - Điện di gen agarose - Giải trình tự gen s - Phân tích trình tự - Xác định đột biến - Phân loại đột biến 11 Các chuyên đề nghiên cứu dự kiến đề tài” Các chuyên đề sau ỉà chuyên đề nghiên cứu đề tài: 11.1 Các phương pháp xác định HBV 11.2 Genotype HBV 11.3 Đột biến vùng gen s 1-Í O il trúc dự kĩen Dao rau MCI t|tíà cúa đe tãi: 12.1 Bước 1: Thu thập & bảo quản mẫu 12.2 Bước 2: Phân tích phịng thí nghiệm - Kết tách chiết ADN - Kết khuyếch đại gen s qua phản ứng PCR - Kết điện di sản phẩm PCR - Kết giải trình tự & phân tích trình tự 12.3 Bước Thảo luận, phân tích kết - Kiểm tra , xác định đoạn gen đặc trưng (300 bp) nhân lên qua phản ứng PCR - Phát & phân tích đột biến - Xác định dạng đột biến mẫu Việt Nam - So sánh với mẫu giới 12.4 Bước Trên sở đề xuất ý kiến: - Hạn chế kit chẩn đoán - Hướng sản xuất kit & vắc xin liên quan đến đột biến mà kit chuẩn đốn khơng kiểm sốt - Hướng điều trị bệnh nhân VGB dựa đặc thù đột biến phát 13 Tính đa ngành liên ngành đề tài: Đề tài thể rõ tính đa ngành liên ngành thể kết họp nhiều chuyên môn Đề tài liên quan đến ngành/chuyên ngành nào? Tính đa/liên ngành thế nội dung trinh triển khai đề tài? Đề tài kết hợp chiều chuyên môn Tế bào hoc- Di truyền hoc- Phân loại học phân tử - Miễn dịch học phân tử chuyên môn khác Đề tài có gắn kết Sinh học Y học vừa mang tính hàn lâm đồng thời tinh ứng dụng rõ rệt Hướng nghiên cứu Sinh - Y ngày trona, hướng NC trọng ưu tiên 14 Phương pháp luận phương pháp khoa học sử dụng đề tài Hướng NC đề tài đề cập hoàn toàn dựa phương pháp luận khoa học Bảy phương pháp sử dụng đề tài phương pháp chuẩn, hành phịng thí nghiệm : 1/ Phương pháp tách chiết ADN 2/ Phương pháp PCR 3/ Phương pháp điện di 4/ Phương pháp tích sạeh ADN 5/ Phương pháp giải trình tự Các phương pháp thực Bộ mơn Khoa Sinh học, ĐHKHTN 15 Khả sử dụng sỏ’vật chất, trang thiết bị P hịng thí nghiệm Sinh học phân tủ’ phịng thí nghiệm Trọng điếm thuộc K hoa Sinh H ọc nhữ ng phòng TN đại, chuẩn quốc tế Đ H K H T N có đầy đủ m áy m óc, trang thiết bị đại đề tài hồn tồn có thự c 16 Khả họp tác quốc tế H ợp tác đã/ có: Họp tác đã/ có: Chưong trình liên kết trưịng đại học Việt N am (V N ) V ưong Quốc Anh (UK) PGS.TS Ngô Giang Liên đơng chủ trì thực bắt đầu hoạt động duứi tài trợ Bộ phát triển Anh (2008 - 2011) C hưong trình nhằm trao đổi khoa học chuyền giao công nghệ cho nước phát triển, D o đề tài có lợi để tăng cường khả nghiên cứu Hợp tác có: Một hướng khác cị mở hợp tác nghiên cứu KH theo hướng bệiih nhiệt đới với ừuồng Y học nhiệt đới Londond (Anh) có kế hoạch cùa nhóm nghiên cứu 17 Các hoạt động nghiên cứu đề tài: N$úên cứu Ịý thuyết ứng dụng: Nghiên cứu trình tự đặc trung cùa genotype virut viêm gan B Việt Nam, so sánh chúng vòi chủng giới Nghiên cứu đột biến tìm hiểu đột biến dẫn đến thay đổi axit amin tương úng sở giải thích chế truyền bệnh hướng điều trị Điêu tra khảo sát: Thu nhập, điều tra mẫu NC vùng khác giúp cho việc điều tea tỷ lệ phân bố genotype virut vùng đặc trưng sinh thái, địa lý, khí hậu làm sở xây dựng đồ phân bố bệnh phục vụ cho việc giám sát bệnh tốt Xây dựng mơ hình thử nghiệm: Đề tài xây dựng quy trình chuẩn để xác định genotype HBV, quy trình chuẩn phát đột biến Biên soạn tài liệu: Viết báo cáo khoa học: Hội thảo khoa học: Trước tiến hành phân tích phịng thí nghiệm tổ chức hội thảo vấn đề chuyên môn liên quan Tập huấn: Đề tài tổ chức khóa tập huấn sử dụng số phần mềm giải phân tích trình tự chương trình (DelPHE) & đề tài đồng tài trợ Các hoạt động khác: Seminar khoa học, thảo luận nhóm nghiên cứu (club - discussion) tiến hành thường xuyên 18 Kết dự kiến: 18.1 Kết khoa học Dự kiến đóng góp đề tài: Số báo, sách, báo cáo khoa học dự kiến công bố: Cơng trình cơng bố nước: Cơng trình công bố quốc tế: (báo cáo poster) ệ 18.2 Két ứng dụng 18.2.1 ưng dụng công nghệ: Công nghệ PCR Trong nghiên cứu kỹ thuật PCR sử dung nhằm khuếch đại gen s HBV(gen tham gia tổng hợp nên kháng nguyen be mặt HBsAg) gen kỳ vọng tạo đột biến Phản ứng PCR thực hiên VƠI cặp mổi đặc hiệu HBVF- -CAAGGTATGTTGCCCGTTTG-3' HBVR- 5’-ATGTTGTACAGACTTCGCCC-3' Tổng thể tích cho phản ứng PCR 25 ịi\ ịiì ADN template với chu trình PCR bảng Ky thuật PCR se tối ưu hoá ứng dụng rộng rãi phịng thí nghiệm xét nghiệm trung ương địa phương mọt quy trình chuẩn chẩn đốn xác HBV 18.2.2 ứng dụng thực tế: Kêt qua giai trình tự gen s để phát đột biến cơng trình góp phần bõ xung hiểu biết sâu hom khả xuất thể HBV đột biến Cac đột biên gen s phát sở hướng nhà sản xuât vaccine đưa loại vaccine có khả giúp thể tạo đáp ứng miễn dịch chủng HBV đột biến Tìm liên quan đột biến gen s với viêc sử dụng thuốc giúp thầy thuốc xác định hướng điều trị hiệu cho bệnh nhân viêm gan B 18.3 Kêt khuôn khổ đào tạo đề tài: Số cử nhân: 2, số NCS: Đổi /bổ xung cho nội dung giáo trình/chuyên đề: Nội dung kết nghiên cứu bổ xung cho giáo trình Di truyền tế bào cho NCS 18.4 Kết tăng cưcmg tiềm lực cho đơn vị: Kết bổi dưỡng cán bộ: Cán tham gia đề tài nâng cao trình độ, tay nghề thơng qua loqpá tập huấn (mục 17)về kỷ thuật PCR, giải trình tự, tin sinh học ứng dụng số phần mềm Năng lực nhóm chắn tăng cường Đóng góp cho việc tang cường trang thiết bị Đề tài cung cấp thêm trang thiết bị nhỏ lẻ lại cần thiết thiếu nghiên cứu 19 Nội dung tiến độ thực đề tài 1/2009Sản phẩm 12/2010 khoa học Tư liệu 1Thu thập tài liệu 03/2009 báo cáo ■ Các báo cáo 3Xây dựng ĐCNC chi tiết 06/2009 chuyên đề Báo cáo 2.1 Chuyên đề 1: Phương 405/2009 chuyên đề pháp chẩn đoán HBV TT Hoạt động NC t Ghi ! 42,2 Chuyên đẽ 2: ucuuiype 05/2009 HBV 2.3 Chuyên đề 3: Các đột 5biến HBV 06/2009 Điểu ưa thu thập, bảo quản 4mẫu 11/2009 Phân tích mẫu phịng thí 12nghiệm 4/2010 4.4 Xử ỉý kết 4-5/2010 Báo cáo chuyên đề Báo cáo chuyên đề Số liệu báo cáo Số liệu báo cáo Số liệu báo cáo Tập hợp báo cáo Viết báo cáo chuyên đề 4-6/2010 Số chuyên đề (như mục 2) Hội thảo kỳ Bổ sung số liệu Tổng kết số liệu 3/2010 4/2010 5-6/2010 Báo cáo 7-8/2010 Tập hợp báo cáo 7-8/2010 Tổng hợp báo cáo 10/2010 11/2010 Tuyển tập báo cáo 12/2010 Quy trình cơng nghệ Báo cáo 12/2010 Viết báo cáo tổng hợp Hơi thảo lần cuối Hồn thiện báo cáo Nộp sản phẩm Nghiệm thu đề tài 20 Phân bổ kinh phí TT Kinh phí nãm thứ hai Kinh phí năm thứ Nội dung 3.Ơ00.000 Xây dựng đề cương NC chi tiết 4.000.000 Thu thâp viết tổng quan tài liệu 1.000.000 Thu thâp tư liêu 3.000.000 Viết tổng quan tư liêu 18.000.000 Điều tra, thu thâp phân tích mẫu 24.000.000 4.000,000 4.000.000 Chi phí thuê mướn Chi phí hoạt động chun mơn (chi 20,000.000 14.000.000 trả cho hơp đồnfí NCKH) 16.000.000 Thuê, mua sắm trang thiết bị 14.500.000 hoá chất Thuê trang thiết bi 6.000.000 4.000.000 Mua dung cu 10.000.000 10 000.000 Mua hố chất cho thí nghiêm 14.000.000 Viết báo cáo khoa học, nghiệm thu I 10 t Viết báo cáo 4.000.000 Hôi thảo 5.000.000 Nghiệm thu 5.000.000 Chi khác Mua văn phòng phẩm 4.500.000 2.000.000 500.000 400.000 In ấn, photo Quản lý phí Tổng kinh phí Tổng kinh phí năm: 100.000.000VN Đ 1.600.000 4.000.000 50.000.000 50.000.000 21 Tài liệu tham khảo để viết đề cương 1/ Vũ Hổng Cương (1998), Điều tra tỷ lệ HBsAg, tỷ lệ antiHBs hiệu lực đáp ứng miễn dịch vắc xin viêm gan B Việt Nam sản xuất, Luận án Tiên SI Y học, Trường Đại học Y Hà Nội 2/ Trịnh Thị Ngọc (2001), Tinh trạng viêm gan A, B, c, D, E bệnh nhân viêm gan virut tai số tỉnh phía Bãc, Luận án Tiên SI Khoa học Y Dược, Viẹn Vệ sinh Dịch tễ Trung ương Hà Nội 3/ Phạm Văn Ty (2005), Virut học, Nxb Giáo dục, Hà Nội 4/ Carman W.F Thomas H.c (1999), Vaccine-induced escap mutant of hepatitis B virus Lancet, 336 pp:235-239 5/ Courouce A.M., Soulier J.p (2004), Distribution of HBsAg subtype in the world Vox Sang, 44pp.23-31 6/ Grob p J (1998) “Hepatitis B virus, pathogenesis and treatment”, Vaccine, 16, pp.Sl 1-SI6 Ngày 23 tháng năm 2009 Ngày 23 tháng năm 2009 Chủ nhiệm khoa Chủ trì đề tài C H Ủ N H IỆ M K H O A PGS.TS.dỹupểểk S um %uấh PGS.TS Jíp Ậ ^ k ìỷ Ngàỵ- (7-Ẵtháng Ồ2/ năm 2009 't THỦ TRƯỞNG ĐƠN VỊ tyịỵ Ngày tháng năm 2009 PHỆ DUYỆT CỦẠ ĐHQG TL GIÁM ĐỐC ĐẠI HỌC QUÓC GIA HÀ NỘI TRƯỞNG BAN KHOA HỌC - CỔNG NGHỆ Ó Hiệu ĨRƯỚNG Cji-b-Nguyễn Cao Huần S TSK H 12 PHIÉU ĐĂNG KÝ KẾT QUẢ NGHIÊN c ứ u KH-CN 1.Tên đe tài (hoặc dự án): Nghiên cứu môi số đột biến vỉrut viêm gan B Việt Nam nhằm tìm hướng phòng chống điều trị Mã số: QG-09-17 _ Cơ quan chủ trì đề tài (hoặc dự án): Khoa sinh học Địa chỉ: 334 Nguyễn Trai, Thanh Xuân, Hà Nội Tel: 04.38584734 _ Cơ quan quản lý đề tài (hoặc dự án): Trường Đại học Khoa học Tự nhiên Địa chỉ: 334 Nguyễn Trai, Thanh Xuân, Hà Nội Tel: 38584287 Tổng kỉnh phí thực chi: 100 triệu đồng Trong đó: - Từ ngân sách Nhà nước: - Kinh phí trường: 100 triệu đồng - Vay tín dụng: - Vốn tự có: - Thu hồi: Thời gian nghiên cứu: năm Thòi gian bắt đầu: 4/2009 Thòi gian kết thúc: 3/2011 Tên cán phối hợp nghiên cứu: Th.s Đỗ Vinh An Th.s Trần Thu Hà Th.s Phạm Đức Ngọc Th.S.Nguyễn Văn Tuấn CN Lê Xuân Thịnh h Sô đăng ký đề tài Ngày: Sô chứng nhận đăng ký Bảo mật: kết nghiên cứu: a Phổ biến rộng rãi: X b Phổ biến hạn chế: c Bảo mật: 6.Tóm tắt kết nghiên cứu: 6.1.1 Thu thập mẫu Đã thu thập 25 mẫu HBV từ bệnh nhân nhiễm virut viêm gan B xác nhận từ Trung tâm Huyết học Truyền máu, Hà Nội ADN - HBV từ máu mẫu tách chiết dùng cho phản ứng PCR 6.1.2 Khuyếch đại đoạn gen s Cặp mồi sử dụng để phát khuyếch đại đoạn gen chứa vùng định kháng nguyên ‘a’ cỏ trình tự: s (300 bp) HBV/F:5'-CAAGGTATGTTGCCCGTTTG-3' HBV/R:5'-ATGTTGTACAGACTTCGCCC-3’ thiết kế theo nghiên cứu Thomas c s (1999) Đoạn ADN đích (300bp) sản phẩm PCR thu sau 35 chu kỳ phản ứng 6.1.3 Tinh ADN-HBV (300bp) giải trình tự 6.1.4 Kết giải trình tự Có 10 đột biến mẫu nghiên cứu Các đột biến chia thành nhóm Nhóm bao gồm đột biến đặc trưng cho mẫu thu thập VN : Đột biến vị trí 876 với G biển đổi thành c , vị trí 1116 với G biến đổi thành A vị trí 1130 với c biến đổi thành G Nhóm bao gồm đột biến cho mẫu thu thập VN nước khác: Đột biến vị trí 887 với A biển đổi thành G, vị trí 888 với G biến đổi thành A, vị trí 942 với A biến đổi thành c vị trí 1120 với T biến đổi thành A Nhóm baọ gồm đột biến có tất mẫu giới: vị trí 891 với T biến đổi thành c vị trí 897 với A biến đổi thành G vị trí 898 với G biến đổi thành A Những nghiên cứu gần cho thấy tầm quan trọng cùa đột biến vị trí chúng thuộc gen s có chứa vùng qut định kháng nguyên ‘ a” Do nghiên cứu đột biến thuộc gen s HBV cần cho việc thiêt kê vaccine cho nhiều đột biến kit chẩn đoán HBV Kiến nghị quy mơ đổi tượng áp dụng nghiên cứu: Đê có thông tin nhiều đột biến HBV cần thực nghiên cứu với số lượng mẫu lớn thu thập nhiều địa điểm tồn lãnh thơ Việt Nam Đặc biệt đột biến có liên quan đến tính kháng thuốc cần quan tâm Đối tượng thuộc nhóm tiêm phịng vaccine viêm gan B cần đưa vào nghiên cứu đột biến Chủ nhiệm đề tài Thủ trưởng quan chủ trì đề tài Chủ tịch Hội đồng đánh giá thức Thủ trưởng quan quản lý đề tài Ngơ Giang Họ tên Học hàm học vị Liên Phó Giỏo s rpãJ \ ô** Tiờn s Q u i c f i c ^ỊL.GIẢM ĐỐC PMÓ Altu TI UÓNO Kí tên Đóng dấu I U ? , '' ty ÁỂĨaẤải r — /-■ ti AI T fr.| L Kh \\' , T' Ị MH!Lf! ’y Vo n J - - Õ T OAHỌC-Cỏ A m /A # - Ằ jJ- H V rW pM - / * / — uST8' Z/ypctyen oaoJl ... tiến hành nghiên cứu đột biến virut viêm gan B với số mẫu lớn phạm vi nước vả tìm hiểu đột biến liên quan đến thuốc điều trị viêm gan B 2/ Cần tiến hành nghiên cứu đột biển virut viêm gan B đối tượng... Nhóm bao gồm đột biến chi có mẫu thu thập Việt Nam. , nhóm bao gồm mẫu Việt Nam số nước khác nhóm bao gồm đột biến cho tất mẫu giói Các đột biến phát đ ộ t biến thay nucleotide, chưa phát đột biến. .. Ngoài đột biến mẫu nước khác phát đột biến đặc trưng cho mẫu Việt nam Các đột biến đột biến thay nucleotide: G biến đổi thành c, G biến đổi thành A c biến đổi thành G KIẾN NGHỊ Từ kết luận đưa số