Giám sát sự lưu hành virus cúm type a (h5n1, h5n6 và h7n9) ở gia cầm sống bán tại một số tỉnh miền bắc giai đoạn 2015 2016

HỌC VIỆN NÔNG NGHIỆP VIỆT NAM BÙI MẠNH HÙNG GIÁM SÁT SỰ LƯU HÀNH VIRUS CÚM TYPE A (H5N1, H5N6 VÀ H7N9) Ở GIA CẦM SỐNG BÁN TẠI MỘT SỐ TỈNH MIỀN BẮC GIAI ĐOẠN 2015-2016 Ngành: Thú y Mã số: 60 64 01 01 Người hướng dẫn khoa học: TS Trương Hà Thái NHÀ XUẤT BẢN ĐẠI HỌC NÔNG NGHIỆP - 2017 LỜI CAM ĐOAN Tôi xin cam đoan: Những nội dung luận văn thực hướng dẫn trực tiếp TS Trương Hà Thái Mọi tham khảo luận văn trích dẫn rõ ràng tên tác giả, tên cơng trình, thời gian, địa điểm cơng bố Mọi chép không hợp lệ, vi phạm quy chế đào tạo, hay gian lận tơi xin chịu hồn tồn trách nhiệm Hà Nội, ngày 08 tháng 06 năm 2017 Tác giả luận văn Bùi Mạnh Hùng i LỜI CẢM ƠN Trong thời gian thực đề tài lỗ lực cố gắng thân nhận nhiều quan tâm giúp đỡ quý thầy, cô bạn bè đồng nghiệp Nhân dịp này, cho phép tơi bày tỏ lịng biết ơn chân thành, sâu sắc đến quý thầy, cô bạn bè đồng nghiệp giúp tơi hồn thành nghiên cứu Trước hết xin cảm ơn chân thành tới TS Trương Hà Thái giúp đỡ tận tình trực tiếp hướng dẫn tơi suốt thời gian thực luận văn Tôi xin chân thành cảm ơn dạy dỗ, bảo ân cần thầy, cô giáo khoa Thú y; Ban quản lý đào tạo thầy, cô giáo môn vi sinh vật-truyền nhiễm thời gian học tập Học viện Tôi xin chân thành cảm ơn Ban Giám đốc, cán công chức Cơ quan Thú y vùng I; Trung tâm Chẩn đoán Thú y trung ương; Ban quản lý điều phối dự án FAO Chi cục Thú y/Chi cục Chăn nuôi Thú y tỉnh nghiên cứu tạo điều kiện giúp đỡ tơi hồn thành luận văn Cuối tơi xin chân thành cảm ơn bạn bè đồng nghiệp gia đình động viên giúp đỡ tơi q trình học tập, nghiên cứu để hoàn thành luận văn Tự đáy lịng mình, tơi chân thành cảm ơn giúp đỡ quý báu Hà Nội, ngày 08 tháng 06 năm 2017 Tác giả luận văn Bùi Mạnh Hùng ii MỤC LỤC Lời cam đoan i Lời cám ơn ii Mục lục iii Danh mục chữ viết tắt vi Danh mục bảng vii Danh mục hình viii Trích yếu luận văn ix Thesis abstract xi Phần Mở đầu 1.1 Đặt vấn đề 1.2 Mục tiêu đề tài 1.3 Ý nghĩa khoa học thực tiễn Phần Tổng quan tài liệu 2.1 Lịch sử bệnh Cúm gia cầm 2.1.1 Lịch sử bệnh giới 2.1.2 Bệnh Cúm gia cầm Việt Nam 2.2 Virus học bệnh Cúm gia cầm type A 13 2.2.1 Cấu trúc virus Cúm gia cầm 13 2.2.2 Nét đặc trưng cấu trúc hệ gen virus Cúm gia cầm 13 2.2.3 Kháng nguyên virus Cúm gia cầm 15 2.2.4 Độc lực virus Cúm gia cầm 16 2.2.5 Cơ chế xâm nhập, nhân lên gây bệnh virus 17 2.2.6 Sức đề kháng virus 18 2.3 ịch tễ học 19 2.3.1 Động vật cảm nhiễm 19 2.3.2 Con đường truyền lây 19 2.3.3 Mùa phát bệnh 20 2.4 Triệu chứng bệnh tích 20 2.4.1 Triệu chứng 20 2.4.2 Bệnh tích 21 iii 2.5 Các phương pháp chẩn đoán 21 2.5.1 Dựa vào đặc điểm dịch tễ 21 2.5.2 Dựa vào triệu chứng, bệnh tích 22 2.5.3 Phân lập virus 22 2.6 Phòng bệnh 23 2.6.1 Phòng bệnh vùng chưa có dịch xảy nguy có dịch 24 2.6.2 Khống chế dịch địa phương có dịch xảy 24 2.6.3 Sử dụng vacxin phòng bệnh 25 Phần Nội dung, nguyên liệu phương pháp nghiên cứu 27 3.1 Nội dung nghiên cứu 27 3.2 Địa điểm thời gian nghiên cứu 27 3.3 Đối tượng/ vật liệu nghiên cứu 28 3.4 Phương pháp nghiên cứu 28 3.4.1 Phương pháp điều tra hồi cứu 28 3.4.2 Phương pháp lấy mẫu 29 3.4.3 Phương pháp xử lý mẫu 29 3.4.4 Phản ứng Real Time PCR (RT - PCR) 29 3.4.5 Phương pháp giải trình tự gen 33 3.4.6 Xử lý số liệu 34 Phần Kết thảo luận 35 4.1 Tình hình chăn ni gia cầm, tình hình tiêm phịng vacxin tình hình dịch Cúm gia cầm tỉnh/ thành phố nghiên cứu 35 4.1.1 Tình hình chăn ni gia cầm 35 4.1.2 Kết tiêm phòng vacxin Cúm gia cầm địa phương giai đoạn 2015 - 2016 37 4.1.3 Tình hình dịch cúm A/H5N1 A/H5N6 địa bàn nghiên cứu giai đoạn 2015-2016 39 4.2 Kết giám sát lưu hành virus cúm type A (H5N1, H5N6 H7N9) gia cầm sống bán số tỉnh miền bắc giai đoạn 2015-2016 41 4.2.1 Tỷ lệ nhiễm virus cúm type A (H5N1, H5N6 H7N9) gia cầm sống bán chợ đầu mối tỉnh/thành phố nghiên cứu 41 iv 4.2.2 Tỷ lệ nhiễm virus cúm type A (H5N1, H5N6 H7N9) gia cầm sống bán chợ đầu mối bàn nghiên cứu theo thời gian lấy mẫu 49 4.2.3 Tỷ lệ nhiễm virus cúm type A (H5N1, H5N6 H7N9) loại mẫu 55 4.2.4 Tỷ lệ nhiễm virus cúm type A (H5N1, H5N6 H7N9) theo loài gia cầm 58 4.2.5 Tỷ lệ nhiễm virus cúm type A (H5N1, H5N6 H7N9) theo nguồn gốc gia cầm 61 4.2.6 Tổng hợp kết giám sát lưu hành virus cúm type A (H5N1, H5N6 H7N9) gia cầm sống bán chợ đầu mối tỉnh/thành phố 63 4.3 Kết giải trình tự gen mẫu dương tính virus cúm A/H5N6 67 Phần Kết luận kiến nghị 69 5.1 Kết luận 69 5.2 Kiến nghị 70 Tài liệu tham khảo 71 v DANH MỤC CHỮ VIẾT TẮT Chữ viết tắt Nghĩa tiếng Việt AIV : Avian Influenza Virus BNN & PTNT : Bộ Nông nghiệp Phát triển nông thôn FAO : Food and Agriculture Organization of the United Nations HA : Hemagglutination HI : Hemagglutination Inhibition HPAI : Highly Pathogenicity Avian Influenza LPAI : Low Pathogenicity Avian Influenza M : Matrix protein NA : Neuraminidase NS : Nonstructural protein OIE : Office Internationale des Epizooties PB : Polymerase Basic PBS : Phosphate Buffered Saline RNP : Ribonucleoprotein RT – PCR : Reverse Transcription Polymerase Chain Reaction WHO : World Health Organization vi DANH MỤC BẢNG Bảng 3.1 Primer probe dùng xác định nhiễm virus cúm A/H5N1, A/H5N6 A/H7N9 30 Bảng 3.2 Các thành phần Master mix 32 Bảng 3.3 Bảng chu trình nhiệt cho phản ứng Real Time RT - PCR 33 Bảng 4.1 Tổng đàn gà, vịt địa bàn nghiên cứu giai đoạn 2015 - 2016 37 Bảng 4.2 Kết tiêm phòng vacxin Cúm gia cầm tỉnh thành phố giai đoạn 2015 - 2016 38 Bảng 4.3 Tình hình dịch Cúm gia cầm địa bàn tỉnh thành phố giai đoạn 2015 -2016 40 Bảng 4.4 Tỷ lệ nhiễm virus cúm type A (H5N1, H5N6 H7N9) gia cầm sống bán chợ đầu mối tỉnh Nam Định 42 Bảng 4.5 Tỷ lệ nhiễm virus cúm type A (H5N1, H5N6 H7N9) gia cầm sống bán chợ đầu mối tỉnh Lào Cai 45 Bảng 4.6 Tỷ lệ nhiễm virus cúm type A (H5N1, H5N6 H7N9) gia cầm sống bán chợ đầu mối Thành phố Hà Nội 48 Bảng 4.7 Kết tỷ lệ nhiễm virus cúm type A (H5N1, H5N6 H7N9) gia cầm sống bán chợ đầu mối địa bàn nghiên cứu qua năm 52 Bảng 4.8 Kết tỷ lệ nhiễm virus cúm type A (H5N1, H5N6 H7N9) gia cầm sống bán chợ đầu mối địa bàn nghiên cứu qua đợt lấy mẫu 54 Bảng 4.9 Kết xác định tỷ lệ nhiễm virus cúm type A (H5N1, H5N6 H7N9) có mặt loại mẫu 56 Bảng 4.10 So sánh tỷ lệ nhiễm virus cúm type A (H5N1, H5N6 H7N9) theo loài gia cầm (gà vịt) 59 Bảng 4.11 So sánh tỷ lệ nhiễm virus cúm type A (H5N1, H5N6 H7N9) theo nguồn gốc gia cầm 62 Bảng 4.12 Bảng tổng hợp kết tỷ lệ lưu hành virus cúm type A (H5N1, H5N6 H7N9) gia cầm sống bán chợ đầu mối tỉnh/thành phố nghiên cứu 65 Bảng 4.13 Kết giải trình tự gen mẫu dương tính với A/H5N6 67 vii DANH MỤC HÌNH Hình 2.1 Khu vực ghi nhận có lưu hành trường hợp nhiễm Cúm gia cầm type A Hình 2.2 Bản đồ thống kê số lượng trường hợp nhiễm theo tỉnh Trung Quốc Hình 2.3 Khơng gian phân bố virus Cúm gia cầm Việt Nam năm 2016 12 Hình 2.4 Quá trình xâm nhập nhân lên tế bào vật chủ 18 Hình 2.5 Mối quan hệ lây nhiễm thích ứng loại vật chủ virus 20 Hình 3.1 Các bước chiết tách RNA Qiagen Rneasy Mini Kit 31 Hình 4.1 Kết xác định tỷ lệ nhiễm virus cúm A (H5N1, H5N6, H7N9) mẫu gia cầm sống từ chợ tỉnh Nam Định 44 Hình 4.2 Tỷ lệ nhiễm virus cúm type A (H5N1, H5N6 H7N9) tỉnh Lào Cai 46 Hình 4.3 So sánh tỷ lệ nhiễm virus cúm A (H5N1, H5N6 H7N9) năm 51 Hình 4.4 So sánh tỷ lệ nhiễm virus cúm A (H5N1, H5N6 H7N9) loại mẫu 57 Hình 4.5 Tỷ lệ nhiễm virus cúm A (H5N1, H5N6 H7N9) loại mẫu 58 Hình 4.6 So sánh tỷ lệ nhiễm virus cúm A(H5N1, H5N6 H7N9) loài gia cầm (gà vịt) 60 Hình 4.7 Gia hệ vius Cúm gia cầm 2015-2016 70 viii TRÍCH YẾU LUẬN VĂN Tên tác giả: Bùi Mạnh Hùng Tên luận văn: “Giám sát lưu hành virus cúm type A (H5N1, H5N6 H7N9) gia cầm sống bán số tỉnh miền Bắc giai đoạn 2015-2016” Ngành: Thú y Mã số: 60 64 01 01 Tên sở đào tạo: Học Viện Nơng nghiệp Việt Nam Mục đích nghiên cứu Giám sát lưu hành virus cúm type A (H5N1,H5N6 H7N9) gia cầm sống bán chợ tỉnh/thành phố bao gồm: tỉnh Nam Định, tỉnh Lào Cai thành phố Hà Nội Phương pháp nghiên cứu  Nội dung : - Điều tra tình hình chăn ni gia cầm, tình hình tiêm phịng vacxin Cúm gia cầm tình hình dịch Cúm gia cầm tỉnh/ thành phố nghiên cứu - Giám sát lưu hành virus cúm type A/H5N1, A/H5N6 A/H7N9 gia cầm sống bán số tỉnh miền Bắc giai đoạn 2015- 2016 - Giải trình tự gen số mẫu dương tính với cúm A/H5N6  Vật liệu phương pháp nghiên cứu : - Dung dịch PBS – Glycerol Bộ kít chiết tách RNeasy Mini kit - Cat Qiagen Hóa chất Master mix Các primers, probe, đối chứng dương tính (+), đối chứng âm tính (-) H5N1, H5N6 H7N9 - Phương pháp chiết tách ARN, phương pháp RT-PCR phương pháp giải trình tự gen Phương pháp xử lý số liệu Kết kết luận Về tình hình chăn ni, tình hình tiêm phịng, tình hình dịch bệnh địa bàn nghiên cứu : - Thành phố Hà Nội có tổng đàn gia cầm lớn (khoảng 22 triệu con), lớn nhiều so với tổng đàn gia cầm tỉnh Lào Cai tỉnh Nam Định - Hà Nội địa phương đạt tỷ lệ tiêm phòng cao ổn định đạt 100% - Số ổ dịch tổng số gia cầm tiêu hủy lớn Lào Cai, Nam Định Hà Nội địa phương không sảy ổ dịch gia đoạn nghiên ix Trong 468 mẫu swabs hầu họng gà có 151/468 mẫu dương tính với cúm A chiếm 32,26% Trong có 49/468 mẫu dương tính với H5, mẫu dương tính với H5 có mẫu dương tính với N1(chiếm 0,64%), 21 mẫu dương tính với N6 (chiếm 4,49%), Như tỷ lệ lưu hành virus cúm A/H5N1 gà sống tỉnh/thành phố nghiên cứu 0,64%, tỷ lệ lưu hành virus cúm A/H5N6 4,49% Trong tất mẫu swabs dịch hầu họng gà khơng phát mẫu dương tính với virus cúm A/H7N9 Trong 468 mẫu swab hầu họng vịt có 57/468 mẫu dương tính với cúm A (chiếm 12,18%), 15/468 mẫu dương tính với H5 (chiếm 3,21%) Trong số mẫu dương tính với H5 có 1/468 mẫu dương tính với N1 (chiếm 0,21%) 8/468 mẫu dương tính với N6 (chiếm 1,17%) Tất mẫu swab hầu họng vịt cho kết âm tính với A/H7N9 So sánh tỷ lệ lưu hành virus cúm A/H5N6 cho thấy gà lồi có tỷ lệ nhiễm cúm A cao vịt (ở vịt 1,71% tỷ lệ gà 4,49%) Tỷ lệ mẫu dương tính với A/H5N1 vịt 0,21% thấp so với gà 0,64% Với Pvalue