Ứng dụng kỹ thuật lamp (loop mediated isothermal amplification) trong phát hiện nhanh virus WSSV và IHHNV gây bệnh trên tôm

ĐẠI HỌC QUỐC GIA TP.HỒ CHÍ MINH TRƯỜNG ĐẠI HỌC BÁCH KHOA PHẠM THỊ HUYỀN TRANG ỨNG DỤNG KỸ THUẬT LAMP (LOOP-MEDIATED ISOTHERMAL AMPLIFICATION) TRONG PHÁT HIỆN NHANH VIRUS WSSV VÀ IHHNV GÂY BỆNH TRÊN TƠM Chun ngành: Cơng nghệ sinh học Mã số: 60 42 02 01 LUẬN VĂN THẠC SĨ TP HỒ CHÍ MINH, tháng 01 năm 2019 CƠNG TRÌNH ĐƯỢC HỒN THÀNH TẠI TRƯỜNG ĐẠI HỌC BÁCH KHOA - ĐHQG Tp-HCM Cán hướng dẫn khoa học: TS Nguyễn Tấn Trung Cán chấm nhận xét 1: Cán chấm nhận xét 2: Luận văn thạc sĩ bảo vệ Trường Đại học Bách Khoa, ĐHQG Tp HCM ngày tháng năm Thành phần Hội đồng đánh giá luận văn thạc sĩ gồm: Xác nhận Chủ tịch Hội đồng đánh giá LV Trưởng Khoa quản lý chuyên ngành sau luận văn sửa chữa (nếu có) CHỦ TỊCH HỘI ĐỒNG TRƯỞNG KHOA KỸ THUẬT HĨA HỌC ĐẠI HỌC QUỐC GIA TP.HCM CỘNG HỊA XÃ HỘI CHỦ NGHĨA VIỆT NAM TRƯỜNG ĐẠI HỌC BÁCH KHOA Độc lập - Tự - Hạnh phúc NHIỆM VỤ LUẬN VĂN THẠC SĨ Họ tên học viên: Phạm Thị Huyền Trang MSHV: 7140871 Ngày, tháng, năm sinh: 04/07/1988 Nơi sinh: Nghệ An Chuyên ngành: Công Nghệ Sinh Học Mã số: 60420201 I TÊN ĐỀ TÀI: Ứng dụng kỹ thuật LAMP (Loop-mediated isothermal amplification) phát nhanh virus WSSV IHHNV gây bệnh tôm II NHIỆM VỤ VÀ NỘI DUNG: Xây dựng phương pháp phát nhanh virus WSSV IHHNV gây bệnh tôm kỹ thuật LAMP (Loop-mediated isothermal amplification) - Thiết kế primer tối ưu hóa phương pháp LAMP - Khảo sát độ nhạy phương pháp - Khảo sát độ đặc hiệu phương pháp so sánh với phương pháp PCR III NGÀY GIAO NHIỆM VỤ: 15/01/2018 IV NGÀY HOÀN THÀNH NHIỆM VỤ: 10/12/2018 V CÁN BỘ HƯỚNG DẪN: TS Nguyễn Tấn Trung Tp HCM, ngày tháng năm 2018 CÁN BỘ HƯỚNG DẪN CHỦ NHIỆM BỘ MÔN ĐÀO TẠO TS Nguyễn Tấn Trung PGS.TS Lê Thị Thủy Tiên TRƯỞNG KHOA KỸ THUẬT HÓA HỌC LỜI CẢM ƠN Tôi xin trân trọng cảm ơn: - TS Nguyễn Tấn Trung hướng dẫn tận tình giúp đỡ suốt thời gian nghiên cứu luận văn Thạc sĩ - Các thầy Khoa Kỹ Thuật Hóa học, Bộ môn Công Nghệ Sinh Học, sau đại học trường Đại học Bách Khoa TPHCM - Các anh chị bạn phòng xét nghiệm thuộc Viện Sinh học phân Tử Loci tạo điều kiện tốt để thực luận văn tốt nghiệp - Đặc biệt, xin bày tỏ lòng biết ơn chân thành đến gia đình động viên, hỗ trợ mặt để tơi hồn thành tốt nghiên cứu TĨM TẮT LUẬN VĂN THẠC SĨ Chúng tơi thực nghiên cứu nhằm mục đích xây dựng phương pháp phát nhanh virus WSSV IHHNV gây bệnh tôm kỹ thuật LAMP, giúp cho phịng thí nghiệm với trang thiết bị đơn giản thực xét nghiệm bệnh tôm Trong nghiêm cứu tiến hành thiết kế cặp mồi cho phản ứng LAMP phát tác nhân WSSV IHHNV Tối ưu hóa nồng độ betaine cho vào phản ứng LAMP-WSSV 1M LAMP-IHHNV 0.8M xác định độ nhạy phản ứng LAMP 25 copy DNA virus Đồng thời với mồi thiết kế cho phản ứng LAMP WSSV IHHNV theo khảo sát số mẫu thực nghiệm có độ đặc hiệu 100%, tương đồng với kết PCR We conducted this study in order to develop a rapid detection method for WSSV and IHHNV by LAMP technique, enabling simple laboratory equipment to perform Disease testing on shrimp In this study we have designed pairs of primers for each LAMP reaction to detect WSSV and IHHNV Optimization of betaine concentration in LAMP-WSSV reaction was 1M and for LAMP-IHHNV was 0.8M The sensitivity of the LAMP reaction is 25 copies of the DNA virus Simultaneously with the primer design for LAMP WSSV and IHHNV reactions according to our survey in some specimens has a specificity of 100%, similar to the PCR results LỜI CAM ĐOAN Tôi xin cam đoan cơng trình nghiên cứu khoa học độc lập riêng Các số liệu sử dụng phân tích luận văn có nguồn gốc rõ ràng, công bố theo quy định Các kết nghiên cứu luận văn tơi tự tìm hiểu, phân tích cách trung thực, khách quan phù hợp với thực tiễn Việt Nam Các kết chưa công bố nghiên cứu khác Học viên Phạm Thị Huyền Trang MỤC LỤC MỞ ĐẦU Mục tiêu đề tài CHƯƠNG TỔNG QUAN TÀI LIỆU 1.1 Khái quát thực trạng nghề nuôi tôm Việt Nam 1.1.1 Tình hình ni tơm Việt Nam 1.1.2 Tình hình dịch bệnh tôm 1.2 Virus gây bệnh đốm trắng tôm (WSSV) 1.2.1 Phân loại cấu tạo Virus 1.2.2 Dấu hiệu bệnh lý 11 1.2.3 Cơ chế gây nhiễm Kiểu lan truyền 12 1.3 Bệnh hoại tử quan tạo máu quan lập biểu mô .14 1.3.1 Phân loại cấu trúc virus 15 1.3.2 Dấu bệnh lý 16 1.3.3 Phân bố lan truyền 17 1.4 Các phương pháp phát 18 1.4.1 Phương pháp mô học: 18 1.4.2 Phương pháp lai phân tử 19 1.4.3 Phương pháp PCR (Polymerase Chain Reaction) 20 1.4.4 Phương pháp DNA Real time PCR 21 1.4.5 Phương pháp LAMP 22 1.4.5.1 Nguyên tắc phương pháp 22 1.4.5.2 Cơ chế phản ứng LAMP 23 1.4.5.3 Hiển thị kết LAMP 28 1.4.5.4 Ưu điểm phương pháp LAMP 30 CHƯƠNG VẬT LIỆU VÀ PHƯƠNG PHÁP NGIÊN CỨU .33 2.1 Vật liệu nghiên cứu 33 2.1.1 Mẫu thí nghiệm 33 2.1.2 Máy móc, trang thiết bị 33 2.1.3 2.2 Hóa chất, vật tư dùng cho thí nghiệm: 34 Phương pháp nghiên cứu 35 2.2.1 Thiết kế primer (thiết kế mồi) 36 2.2.2 Tối ưu hóa phản ứng LAMP 36 2.2.3 Tiến hành kiểm tra độ nhạy phản ứng LAMP PCR 38 2.2.4 Tiến hành kiểm tra độ đặc hiệu phương pháp LAMP 39 2.2.4.1 Thu nhận xử lý mẫu 39 2.2.4.2 Tách chiết DNA tổng số .40 2.2.4.3 Thực phản ứng LAMP tất mẫu thực nghiệm .41 2.2.4.4 Thực phản ứng PCR kiểm chứng kết phản ứng LAMP 41 2.2.4.5 Đối chiếu kết LAMP kết PCR .43 CHƯƠNG KẾT QUẢ VÀ BIỆN LUẬN 44 3.1 Thiết kế primer 44 3.2 Kết tối ưu hóa phản ứng LAMP 48 3.2.1 Kết tối ưu hóa nồng độ betaine 48 3.2.2 Xác định thời gian phản ứng LAMP 52 3.2 Khảo sát độ nhạy phản ứng LAMP .56 3.3 Khảo sát độ đặc hiệu độ chọn lọc phương pháp LAMP 59 3.3.1 Thực phản ứng LAMP mẫu thực nghiệm 59 3.3.2 Kết chạy mẫu thực nghiệm phương pháp PCR 65 CHƯƠNG KẾT LUẬN VÀ KIẾN NGHỊ 70 4.1 Kết luận 71 4.2 Kiến nghị .72 DANH MỤC CHỮ VIẾT TẮT LAMP Loop-mediated isothermal amplification WSSV White spot syndrome virus IHHNV Infectious hypodermal and hematopoietic necrosis virus EMS Early Mortality Syndrome MBV Monodon Baculovirus PCR Polymerase Chain Reaction ISH In-situ hybdridization NHB Hydroxy Naphthol blue Disodium VASEP Vietnam Association of Seafood Exporters and Producers DNA DeoxyriboNucleic Acid DANH MỤC BẢNG Bảng 1.1 Bảng thông kê dịch bênh tôm từ năm 2014-2016 Bảng 1.2 Thống kê dịch bệnh WSSV từ năm 2014-2016……………………… Bảng 1.3 Những ưu nhược điểm phương pháp phát hiện…………… 31 Bảng 2.1 Kích thước mẫu thí nghiệm 33 Bảng 2.2 Các thành phần phản ứng LAMP WSSV IHHNV……………… 37 Bảng 2.3 công thức pha mix PCR phát WSSV…………………………… 42 Bảng 2.4 công thức pha mix PCR phát IHHNV 42 Bảng 3.1 Thông tin gene chủng virus WSSV virus IHHNV .45 Bảng 3.2 Trình tự primer cho phản ứng LAMP phát WSSV 48 Bảng 3.3 Trình tự primer cho phản ứng LAMP phát IHHNV .48 Bảng 3.4 Thành phần phản ứng LAMP-WSSV 53 Bảng 3.5 Thành phần phản ứng LAMP-IHNV 54 Bảng 3.6 Thành phần hóa chất phản ứng LAMP cho chứng nội DECA 59 Bảng 3.7 Phân tích kết LAMP 60 WSSV-Taiwan-AF440570-wssv067 WSSV-China-AF332093-wsv011 WSSV-Thailand-AF369029-ORF36 WSSV-Australia-MF768985-ORF93 WSSV-Mexico-MG432476-ORF11 attgtggacttttcttgtgcagatagaaacaccggatgggctaagccaaccaagcacccg attgtggacttttcttgtgcagatagaaacaccggatgggctaagccaaccaagcacccg attgtggacttttcttgtgcagatagaaacaccggatgggctaagccaaccaagcacccg attgtggacttttcttgtgcagatagaaacaccggatgggctaagccaaccaagcacccg attgtggacttttcttgtgcagatagaaacaccggatgggctaagccaaccaagcaccca *********************************************************** 3060 3060 3060 3060 3059 WSSV-Taiwan-AF440570-wssv067 WSSV-China-AF332093-wsv011 WSSV-Thailand-AF369029-ORF36 WSSV-Australia-MF768985-ORF93 WSSV-Mexico-MG432476-ORF11 ttcagggaagaaatagaccatgttatcgcactagatgcatcattcttaactgaaaatgga ttcagggaagaaatagaccatgttatcgcactagatgcatcattcttaactgaaaatgga ttcagggaagaaatagaccatgttatcgcactagatgcatcattcttaactgaaaatgga ttcagggaagaaatagaccatgttatcgcactagatgcatcattcttaactgaaaatgga ttcagggaagaaatagaccatgttatcgcactagatgcatcattcttaactgaaaatgga ************************************************************ 3120 3120 3120 3120 3119 WSSV-Taiwan-AF440570-wssv067 WSSV-China-AF332093-wsv011 WSSV-Thailand-AF369029-ORF36 WSSV-Australia-MF768985-ORF93 WSSV-Mexico-MG432476-ORF11 gcatatgtattccctgaagacggaggacccaaatcgaaatataaggcctacgcaccaatc gcatatgtattccctgaagacggaggacccaaatcgaaatataaggcctacgcaccaatc gcatatgtattccctgaagacggaggacccaaatcgaaatataaggcctacgcaccaatc gcatatgtattccctgaagacggaggacccaaatcgaaatataaggcctacgcaccaatc gcatatgtattccctgaagacggaggacccaaatcgaaatataaggcctacgcaccaatc ************************************************************ 3180 3180 3180 3180 3179 WSSV-Taiwan-AF440570-wssv067 WSSV-China-AF332093-wsv011 WSSV-Thailand-AF369029-ORF36 WSSV-Australia-MF768985-ORF93 WSSV-Mexico-MG432476-ORF11 tgtggaacaaaagatgctgctcaaggagaatgtggatcttgggcaacattcgacgacccg tgtggaacaaaagatgctgctcaaggagaatgtggatcttgggcaacattcgacgacccg tgtggaacaaaagatgctgctcaaggagaatgtggatcttgggcaacattcgacgacccg tgtggaacaaaagatgctgctcaaggagaatgtggatcttgggcaacattcgacgacccg tgtggaacaaaagatgctgctcaaggagaatgtggatcttgggcaacattcgacgacccg ************************************************************ 3240 3240 3240 3240 3239 WSSV-Taiwan-AF440570-wssv067 WSSV-China-AF332093-wsv011 WSSV-Thailand-AF369029-ORF36 WSSV-Australia-MF768985-ORF93 WSSV-Mexico-MG432476-ORF11 cattctgtattgccttgggtggcaagcatgaaagatttgcctaaaggacaatccctctcc cattctgtattgccttgggtggcaagcatgaaagatttgcctaaaggacaatccctctcc cattctgtattgccttgggtggcaagcatgaaagatttgcctaaaggacaatccctctcc cattctgtattgccttgggtggcaagcatgaaagatttgcctaaaggacaatccctctcc cattctgtattgccttgggtggcaagcatgaaagatttgcctaaaggacaatccctctcc ************************************************************ 3300 3300 3300 3300 3299 WSSV-Taiwan-AF440570-wssv067 WSSV-China-AF332093-wsv011 WSSV-Thailand-AF369029-ORF36 WSSV-Australia-MF768985-ORF93 WSSV-Mexico-MG432476-ORF11 tgcgataaagggatgtccactttaaaggcagtttcttccgttcttttgtccataggaaag tgcgataaagggatgtccactttaaaggcagtttcttccgttcttttgtccataggaaag tgcgataaagggatgtccactttaaaggcagtttcttccgttcttttgtccataggaaag tgcgataaagggatgtccactttaaaggcagtttcttccgttcttttgtccataggaaag tgcgataaagggatgtccactttaaaggcagtttcttccgttcttttgtccataggaaag ************************************************************ 3360 3360 3360 3360 3359 WSSV-Taiwan-AF440570-wssv067 WSSV-China-AF332093-wsv011 WSSV-Thailand-AF369029-ORF36 WSSV-Australia-MF768985-ORF93 WSSV-Mexico-MG432476-ORF11 gatgttgcagaggctatttttgaggttgcagaggacgccgtggtggggttggcgagcaag gatgttgcagaggctatttttgaggttgcagaggacgccgtggtggggttggcgagcaag gatgttgcagaggctatttttgaggttgcagaggacgccgtggtggggttggcgagcaag gatgttgcagaggctatttttgaggttgcagaggacgccgtggtggggttggcgagcaag gatgttgcagaggctatttttgaggttgcagaggacgccgtggtggggttggcgagcaag ************************************************************ 3420 3420 3420 3420 3419 WSSV-Taiwan-AF440570-wssv067 WSSV-China-AF332093-wsv011 WSSV-Thailand-AF369029-ORF36 WSSV-Australia-MF768985-ORF93 WSSV-Mexico-MG432476-ORF11 gcaatttcagctgtaataaataaccccttgttcatatttggagtgcctcttggatttggt gcaatttcagctgtaataaataaccccttgttcatatttggagtgcctcttggatttggt gcaatttcagctgtaataaataaccccttgttcatatttggagtgcctcttggatttggt gcaatttcagctgtaataaataaccccttgttcatatttggagtgcctcttggatttggt gcaatttcagctgtaataaataaccccttgttcatatttggagtgcctcttggatttggt ************************************************************ 3480 3480 3480 3480 3479 WSSV-Taiwan-AF440570-wssv067 WSSV-China-AF332093-wsv011 WSSV-Thailand-AF369029-ORF36 WSSV-Australia-MF768985-ORF93 WSSV-Mexico-MG432476-ORF11 atagctgctacacgcctcaatccatccaactggaaaactggcctcattgtattttcaata atagctgctacacgcctcaatccatccaactggaaaactggcctcattgtattttcaata atagctgctacacgcctcaatccatccaactggaaaactggcctcattgtattttcaata atagctgctacacgcctcaatccatccaactggaaaactggcctcattgtattttcaata atagctgctacacgcctcaatccatccaactggaaaactggcctcattgtattttcaata ************************************************************ 3540 3540 3540 3540 3539 WSSV-Taiwan-AF440570-wssv067 WSSV-China-AF332093-wsv011 WSSV-Thailand-AF369029-ORF36 WSSV-Australia-MF768985-ORF93 WSSV-Mexico-MG432476-ORF11 ctactagtggtcatactgatagttcgcttctttgcagggtcgggcccgctaaccctgaat ctactagtggtcatactgatagttcgcttctttgcagggtcgggcccgctaaccctgaat ctactagtggtcatactgatagttcgcttctttgcagggtcgggcccgctaaccctgaat ctactagtggtcatactgatagttcgcttctttgcagggtcgggcccgctaaccctgaat ctactagtggtcatactgatagttcgcttctttgcagggtcgggcccgctaaccctgaat ************************************************************ 3600 3600 3600 3600 3599 WSSV-Taiwan-AF440570-wssv067 WSSV-China-AF332093-wsv011 WSSV-Thailand-AF369029-ORF36 WSSV-Australia-MF768985-ORF93 WSSV-Mexico-MG432476-ORF11 tggtttggtgcaaagaattcagctaaaaggaaacagactgaacaattcgaagacggggga tggtttggtgcaaagaattcagctaaaaggaaacagactgaacaattcgaagacggggga tggtttggtgcaaagaattcagctaaaaggaaacagactgaacaattcgaagacggggga tggtttggtgcaaagaattcagctaaaaggaaacagactgaacaattcgaagacggggga tggtttggtgcaaagaattcagctaaaaggaaacagactgaacaattcgaagacggggga ************************************************************ 3660 3660 3660 3660 3659 WSSV-Taiwan-AF440570-wssv067 WSSV-China-AF332093-wsv011 WSSV-Thailand-AF369029-ORF36 WSSV-Australia-MF768985-ORF93 WSSV-Mexico-MG432476-ORF11 ggaaatcgttcaaaaatagtattggcagaaaaggacaacgccaatagtaaacttcaatcg ggaaatcgttcaaaaatagtattggcagaaaaggacaacgccaatagtaaacttcaatcg ggaaatcgttcaaaaatagtattggcagaaaaggacaacgccaatagtaaacttcaatcg ggaaatcgttcaaaaatagtattggcagaaaaggacaacgccaatagtaaacttcaatcg ggaaatcgttcaaaaatagtattggcagaaaaggacaacgccaatagtaaacttcaatcg ************************************************************ 3720 3720 3720 3720 3719 WSSV-Taiwan-AF440570-wssv067 WSSV-China-AF332093-wsv011 WSSV-Thailand-AF369029-ORF36 WSSV-Australia-MF768985-ORF93 WSSV-Mexico-MG432476-ORF11 aggaggaatgaaactgggcccatgagattagaggagcttcctgggcatgaagatttgcgc aggaggaatgaaactgggcccatgagattagaggagcttcctgggcatgaagatttgcgc aggaggaatgaaactgggcccatgagattagaggagcttcctgggcatgaagatttgcgc aggaggaatgaaactgggcccatgagattagaggagcttcctgggcatgaagatttgcgc aggaggaatgaaactgggcccatgagattagaggagcttcctgggcatgaagatttgcgc ************************************************************ 3780 3780 3780 3780 3779 WSSV-Taiwan-AF440570-wssv067 WSSV-China-AF332093-wsv011 WSSV-Thailand-AF369029-ORF36 WSSV-Australia-MF768985-ORF93 WSSV-Mexico-MG432476-ORF11 ccagttttcttccctgccacaacaaattattccaaatctgccaagattctgggctacaaa ccagttttcttccctgccacaacaaattattccaaatctgccaagattctgggctacaaa ccagttttcttccctgccacaacaaattattccaaatctgccaagattctgggctacaaa ccagttttcttccctgccacaacaaattattccaaatctgccaagattctgggctacaaa ccagttttcttccctgccacaacaaattattccaaatctgccaagattctgggctacaaa ************************************************************ 3840 3840 3840 3840 3839 WSSV-Taiwan-AF440570-wssv067 WSSV-China-AF332093-wsv011 WSSV-Thailand-AF369029-ORF36 WSSV-Australia-MF768985-ORF93 WSSV-Mexico-MG432476-ORF11 tctaaacccttcaacgacttttatacaaaaataataaacacagacatcataaaaatggat tctaaacccttcaacgacttttatacaaaaataataaacacagacatcataaaaatggat tctaaacccttcaacgacttttatacaaaaataataaacacagacatcataaaaatggat tctaaacccttcaacgacttttatacaaaaataataaacacagacatcataaaaatggat tctaaacccttcaacgacttttatacaaaaataataaacacagacatcataaaaatggat ************************************************************ 3900 3900 3900 3900 3899 WSSV-Taiwan-AF440570-wssv067 WSSV-China-AF332093-wsv011 WSSV-Thailand-AF369029-ORF36 WSSV-Australia-MF768985-ORF93 WSSV-Mexico-MG432476-ORF11 aggtaa aggtaa aggtaa aggtaa aggtaa ****** 3906 3906 3906 3906 3905 IHHNV-Australia-KM593912 IHHNV-Ecuador-AY362548 IHHNV-Vietnam-JN616415 IHHNV-WPO-KJ830753 -agtg gcttcgcaggaaaccgttacaacatatgacgtcataggtcctatataagagatgacggac 60 IHHNV-Australia-KM593912 IHHNV-Ecuador-AY362548 IHHNV-Vietnam-JN616415 IHHNV-WPO-KJ830753 ctgacgagtgaagaggctattccaagtgactaaggaca aagaggctattccaagtgatacctgacgagtgaagaggctattccaagtgactaaggaca tcaccggtctcccagtctctaactgacgagtgaagaggctattccaagtgactaaggaca 38 64 120 IHHNV-Australia-KM593912 IHHNV-Ecuador-AY362548 IHHNV-Vietnam-JN616415 IHHNV-WPO-KJ830753 attttggaacatggaagatacgaataaccacccatggcaatcaatacctagtccgtcatt attttggaacatggaagatacgaacgaccacccatggcaatcaatacctagtccgtcatt attttggaacatggaagatacgaataaccacccgtggcagtccatacctagaccaacgtt atggaagatacgaacgaccacccatggcaatcaatacctagtccgtcatt ************** ******* ***** ** ******** ** * ** 98 124 180 50 IHHNV-Australia-KM593912 IHHNV-Ecuador-AY362548 IHHNV-Vietnam-JN616415 IHHNV-WPO-KJ830753 atttggatcttcaagtaacagtgaaccaacagaagtctttgaaaacgtcttcggagaaag atttggatcatcaagtaacagtgaaccaacagaagtctttcaaaacgtcttcggggaaag atttggatcttcacgtgacagtgaaccaacagaagtctttgaaaacgtattcggagaaag atttggatcatcaagtaacagtgaaccaacagaagtctttcaaaacgtcttcggggaaag ********* *** ** *********************** ******* ***** ***** 158 184 240 110 IHHNV-Australia-KM593912 IHHNV-Ecuador-AY362548 IHHNV-Vietnam-JN616415 IHHNV-WPO-KJ830753 acaaacccaaggatacaaatgtaagtacaagtgactgactaagtgactatccgttaaatt acaaacccaaggatacaaatgtaagtacaagtgactgactaagtgacgatccattaaatt acaagccccaggaaaccaatgtaactactgatgactgactaggtgactatccataacttt acaaacccaaggatacaaatgtaagtacaagtgactgactaagtgacgatccattaaatt **** *** **** ** ******* *** ********** ***** **** * * ** 218 244 300 170 IHHNV-Australia-KM593912 IHHNV-Ecuador-AY362548 IHHNV-Vietnam-JN616415 IHHNV-WPO-KJ830753 tctaattgacgcaaatgacgaagtcatatgcgtcacttacaaaagacgtaaccgctctcg cctaattgacgcaagtgacgacgtcatatgcgtcacttacaaaagacgtaaccgctttcg tctaacagacgcaagtgacgaac tttgtcgtcacttacaaaagacgtaaccgctttcg cctaattgacgcaagtgacgacgtcatatgcgtcacttacaaaagacgtaaccgctttcg **** ******* ****** * ************************** *** 278 304 358 230 IHHNV-Australia-KM593912 IHHNV-Ecuador-AY362548 IHHNV-Vietnam-JN616415 IHHNV-WPO-KJ830753 tccatcactcacttaaatatttctctgcctttcagacgacataccccaacaaatatcgct tccatcactcacatatatctttctctacctttcagacgacataccccaacaaatatcgct tccgtcactcatataaatctttctctgtctttcagacgacataccccaacaaatatcact tccatcactcacatatatctttctctacctttcagacgacataccccaacaaatatcgct *** ******* ** ** ******* ***************************** ** 338 364 418 290 IHHNV-Australia-KM593912 IHHNV-Ecuador-AY362548 IHHNV-Vietnam-JN616415 IHHNV-WPO-KJ830753 gcgctactgtccagatcacattctaccgtggtgcttcatagggaacagacccgttctcta gcgctactgcccagatcacattctaccgtggtgcttcatagggaacagacccgttctcta gcgctactgtccagatcacattctaccgtggtgcttcatagggaacagacccgttctcta gcgctactgcccagatcacattctaccgtggtgcttcatagggaacagacccgttctcta ********* ************************************************** 398 424 478 350 IHHNV-Australia-KM593912 IHHNV-Ecuador-AY362548 IHHNV-Vietnam-JN616415 IHHNV-WPO-KJ830753 ctgcctctgcaacgagtgttttatagacaatctcaatgtcaacggacagtgtcaacactg ctgcctctgcaacgagtgttttatagacaatctcaatgtcaacggacagtgtcaacactg ctgcctctgcaacgagtgtttcatagacaatctcaatgtcaacggacagtgtcaacactg ctgcctctgcaacgagtgttttatagacaatctcaatgtcaacggacagtgtcaacactg ********************* ************************************** 458 484 538 410 IHHNV-Australia-KM593912 IHHNV-Ecuador-AY362548 IHHNV-Vietnam-JN616415 IHHNV-WPO-KJ830753 tcatcccgacgacgaagaatggacagaaaatatggccaaggacatactgcatacacgtca tcatcccgacgacgaagaatggacagaaaatatggccaaggacatactgcatacacgtca tcatcccgacgacgaagaatggacagaaaatatggccaaggacatactgcattcacgtca tcatcccgacgacgaagaatggacagaaaatatggccaaggacatactgcatacacgtca **************************************************** ******* 518 544 598 470 IHHNV-Australia-KM593912 IHHNV-Ecuador-AY362548 IHHNV-Vietnam-JN616415 IHHNV-WPO-KJ830753 gggcgaaccagaatcacttagtgaattgcttcgagaacgcacgaacgaaactcactccag gggcgaaccagaatcacttagtgaattgcttcgagaacgcacgaacgaaactcactccag gggcgaaccagaatcacttagtgaattgcttcgagaacgcacgaacgaaactcactccag gggcgaaccagaatcacttagtgaattgcttcgagaacgcacgaacgaaactcactccag ************************************************************ 578 604 658 530 IHHNV-Australia-KM593912 IHHNV-Ecuador-AY362548 IHHNV-Vietnam-JN616415 IHHNV-WPO-KJ830753 ccagggaatttctccaagccttctcaccccaggtccaaatcaagagcctagacccactac ccagggaatttctccaagccttctcaccccaggtccaaatcaagaccctaaacccactac ccagggaatttctccaagccttctcaccccaggtccaaatcaagagcctagacccactac ccagggaatttctccaagccttctcaccccaggtccaaatcaagaccctaaacccactac ********************************************* **** ********* 638 664 718 590 IHHNV-Australia-KM593912 IHHNV-Ecuador-AY362548 IHHNV-Vietnam-JN616415 IHHNV-WPO-KJ830753 cgaacaacttcttaatatgtctgaagaactgttccagttttcagacgaggaagacaactc cgaacaacttcttaatatgtctgaagaactgttccagttttcagacgaggaagacaactc cgaacaacttcttaatatgtctcaagaactgttccagttttcagacgaggaagacaactc cgaacaacttcttaatatgtctgaagaactgttccagttttcagacgaggaagacaactc ********************** ************************************* 698 724 778 650 IHHNV-Australia-KM593912 IHHNV-Ecuador-AY362548 IHHNV-Vietnam-JN616415 IHHNV-WPO-KJ830753 tcaaactcctccaagaacttcaacaccagaacaaactgatcctaaggtctgcgtggataa tcaaactcctccaagaacttcaacaccagaacaaactgatcctaaggtctgcgtggataa tcaaactcctccaagaacttcaacaccagaacaaactgatcctaaggtctgcgtggataa tcaaactcctccaagaacttcaacaccagaacaaactgatcctaaggtctgcgtggataa ************************************************************ 758 784 838 710 IHHNV-Australia-KM593912 IHHNV-Ecuador-AY362548 IHHNV-Vietnam-JN616415 IHHNV-WPO-KJ830753 cctgggaattcgagagggaacaggaaacggaacaattcaacttggaagtgaatcagaaaa cctgggaattcgagagggaacaggaaacggaacaattcaacttggaagtgaatcagaaac cctgggaattcgagagggaacaggaaacggaacaattcaacttggaagtgaatcagaaaa cctgggaattcgagagggaacaggaaacggaacaattcaacttggaagtgaatcagaaac *********************************************************** 818 844 898 770 IHHNV-Australia-KM593912 IHHNV-Ecuador-AY362548 IHHNV-Vietnam-JN616415 IHHNV-WPO-KJ830753 ctcccttggaagtgttggaaacagtaatgacaggggtaaaaagagacagagaggaattac ctcccttggaagtgttggaaacagtaatgacaggggtaaaaagagacagagaggaattac ctcccttggaagtgttggaaacagtgatgacaggggtcaaaagagacagagaggaattac ctcccttggaagtgttggaaacagtaatgacaggggtaaaaagagacagagaggaattac ************************* *********** ********************** 878 904 958 830 IHHNV-Australia-KM593912 IHHNV-Ecuador-AY362548 IHHNV-Vietnam-JN616415 IHHNV-WPO-KJ830753 ttacatcagtgacacatcagattcctctggatcagatgacgaaaatctgggtacaccaca ttacatcagtgacacatcagattcctccggatcagatgacgaaaatctgggtacaccaca ttacatcagtgacacatcagattcctctggatcagatgacgaaaatctggatacaccaca ttacatcagtgacacatcagattcctccggatcagatgacgaaaatctgggtacaccaca *************************** ********************** ********* 938 964 1018 890 IHHNV-Australia-KM593912 IHHNV-Ecuador-AY362548 IHHNV-Vietnam-JN616415 IHHNV-WPO-KJ830753 tagaaataaaagaaccagaaactccaacaccacaaaagagacaagcggaggaaacggccg tcgaaataaaagaaccagaaactccaacaccacaaaagagacaggcggaggagacaaccg tagaaataaaagaaccagaaactccaacaccacaaaagagacaagcggaggaaacggcgg tcgaaataaaagaaccagaaactccaacaccacaaaagagacaggcggaggagacaaccg * ***************************************** ******** ** * * 998 1024 1078 950 IHHNV-Australia-KM593912 IHHNV-Ecuador-AY362548 IHHNV-Vietnam-JN616415 IHHNV-WPO-KJ830753 aggacatcaggaaagcaatcatggaagcaatggaaatcgactggaacctaccaatggagg acgacatcaggaaagcgatcatggaagcaatggaaatcgactggaacctaccgatggagg aggagatcaggaaagcgatcatggaagcaatggaaatcgactggaacctaccaatggagg acgacatcaggaaagcgatcatggaagcaatggaaatcgactggaacctaccgatggagg * ** *********** *********************************** ******* 1058 1084 1138 1010 IHHNV-Australia-KM593912 IHHNV-Ecuador-AY362548 IHHNV-Vietnam-JN616415 IHHNV-WPO-KJ830753 agagagcaatagtagcggaacacaacccgactttattgaagggactcccgacggaccgga agagagctgtagtagcggaacacaacccgactttattgaagggactcccaacggaccgga agagagcaatagtagcggaacacaacccgactttattgaagggactcccgacggaccgga agagagctgtagtagcggaacacaacccgactttattgaagggactcccaacggaccgga ******* **************************************** ********** 1118 1144 1198 1070 IHHNV-Australia-KM593912 IHHNV-Ecuador-AY362548 IHHNV-Vietnam-JN616415 IHHNV-WPO-KJ830753 cgaaatggacggaaggcgactggaagagagtgagattgataaacaagtggaaagtacaac cgaaatggacggaaggcgactggaagagagtgagattgataaacaagtggaaagtacaac cgaaatggacggaaggcgactggaagagagtgagattgataaacaagtggaaagtgcaac cgaaatggacggaaggcgactggaagagagtgagattgataaacaagtggaaagtacaac ******************************************************* **** 1178 1204 1258 1130 IHHNV-Australia-KM593912 IHHNV-Ecuador-AY362548 IHHNV-Vietnam-JN616415 IHHNV-WPO-KJ830753 atggtacaccttcgtcatcagagaaaaaccacaaccaagaagactctccggacgaa cg atggtacaccttcgtcatcagagaaaaaccacaaccaagaagactctccggacgaa cg atggtacaccttcgtcatcagagaaaaaccacaaccaagaagactctccggacgcacaca atggtacaccttcgtcatcagagaaaaaccacaaccaagaagactctccggacgaa cg ****************************************************** * * 1236 1262 1318 1188 IHHNV-Australia-KM593912 IHHNV-Ecuador-AY362548 IHHNV-Vietnam-JN616415 IHHNV-WPO-KJ830753 ccaaacttcaccattacagatcacggtgaccactggcacatcacatactccggacaccca ccaaacttcaccattacagatcatggtgaccactggcacatcacatactccggacaccca ccaaacttcaccattacagatcatggtgaccactggcacatcacatactccggacaccca ccaaacttcaccattacagatcatggtgaccactggcacatcacatactccggacaccca *********************** ************************************ 1296 1322 1378 1248 IHHNV-Australia-KM593912 IHHNV-Ecuador-AY362548 IHHNV-Vietnam-JN616415 IHHNV-WPO-KJ830753 accaataagaccagacatagagctacaatcctcgcctatctgggagttacctttgctgcc accaataagaccagacatagagctacaatcctcgcctatttgggagttacctttgctgcc accaataagaccagacatagagctacaatcctcgcctatctgggagttacctttgctgcc accaataagaccagacatagagctacaatcctcgcctatttgggagttacctttgctgcc *************************************** ******************** 1356 1382 1438 1308 IHHNV-Australia-KM593912 IHHNV-Ecuador-AY362548 IHHNV-Vietnam-JN616415 IHHNV-WPO-KJ830753 agagccgaagctgaagcgactacggtacttgttagaaatatcaagagatggatactctat agagccgaagctgaagcgactacggtacttgttagaaatatcaagagatggatactctat agagccgaagctgaagcgactacggtacttgttagagatatcaagagatggatactctat agagccgaagctgaagcgactacggtacttgttagaaatatcaagagatggatactctat ************************************ *********************** 1416 1442 1498 1368 IHHNV-Australia-KM593912 IHHNV-Ecuador-AY362548 IHHNV-Vietnam-JN616415 IHHNV-WPO-KJ830753 cttatcagatacggtattgaacggctttcgtattttggtcttggccacgccatttttaaa cttatcagatacggtattgaacggctttcgtattttggtcttggccacgccatttttaaa cttatcagatacggtattgaacggctttcgtattttggtcttggccacgccatttttaaa cttatcagatacggtattgaacggctttcgtattttggtcttggccacgccatttttaaa ************************************************************ 1476 1502 1558 1428 IHHNV-Australia-KM593912 IHHNV-Ecuador-AY362548 IHHNV-Vietnam-JN616415 IHHNV-WPO-KJ830753 cgaatcatcaaatacttccaacaatacagaagagacgaggatgcagtagacggaccatgt cgaatcatcaaatacttccaacaatacagaagagacgaagacgcagtagacggaccatgt cgaatcatcaaatacttccaacgatacaaaagagacgaagacgcagtagacggaccatgt cgaatcatcaaatacttccaacaatacagaagagacgaagacgcagtagacggaccatgt ********************** ***** ********* ** ****************** 1536 1562 1618 1488 IHHNV-Australia-KM593912 IHHNV-Ecuador-AY362548 IHHNV-Vietnam-JN616415 IHHNV-WPO-KJ830753 ccatatatgacttctacaagagaggaccgagctgaagaaaaacctaaagaaaacagtgca ccatatatgactactacaagagaataccgcgctgaagaaaaacctaaagaaaacagtgca ccatatatgactactacaagagaagacagagctgaagaaaaacctaaagaaaacagtgca ccatatatgactactacaagagaagaccgcgctgaagaaaaacctaaagaaaacagtgca ************ ********** ** * ****************************** 1596 1622 1678 1548 IHHNV-Australia-KM593912 IHHNV-Ecuador-AY362548 IHHNV-Vietnam-JN616415 IHHNV-WPO-KJ830753 gaatatgactacctccaacacttagtcaaaaccaaatcagcaagaacagtacaagaactt gaatatgactacctccaacacttagtcaaaaccaagtcagcaagaacagtacaagaactt gaatatgactacctccaacacttagtcaaaaccaaatctgcaagaacagtccaagaactt gaatatgactacctccaacacttagtcaaaaccaagtcagcaagaacagtacaagaactt *********************************** ** *********** ********* 1656 1682 1738 1608 IHHNV-Australia-KM593912 IHHNV-Ecuador-AY362548 IHHNV-Vietnam-JN616415 IHHNV-WPO-KJ830753 gtcaataaacttgacgatgaagaatacaaacaactatggacccgtaccagaggacaatat gtcaataaacttgacgatgaagaatataaacaactatggacccgtaccagaggacaatat gtcaataaacttgacgatgaggaatacaaacagctatggacccgcaccagaggacaatat gtcaataaacttgacgatgaagaatataaacaactttggacccgtaccagaggacaatat ******************** ***** ***** ** ******** *************** 1716 1742 1798 1668 IHHNV-Australia-KM593912 IHHNV-Ecuador-AY362548 IHHNV-Vietnam-JN616415 IHHNV-WPO-KJ830753 aaagacaaactcagaggaatactaacatactacaacaacaagaaaaagtcaaaccaaagc aaagacaaactcagaggaatattaacatactacaacaacaagaaaaagtcaaaccaaagc aaagacaaactcaggggaatactaacttactacaacaacaagaaaaagtcaaaccaaagc aaagacaaactcagaggaatattaacatactacaacaacaagaaaaagtcaaaccaaagc ************** ****** **** ********************************* 1776 1802 1858 1728 IHHNV-Australia-KM593912 IHHNV-Ecuador-AY362548 IHHNV-Vietnam-JN616415 IHHNV-WPO-KJ830753 caactgtcactcattacaaacctgcaaaatatatcaaaaaggaaaccagactacgacaac caactgtcactaattacaaacctgcagaatatatcaaaaagaaaaccagactacgacaat caactgtcactcattacaaacctgcaaaatatatcaaaaaggaaaccagactacgacaac caactgtcactaattacaaacctgcagaatatatcaaaaagaaaaccagactacgacaat *********** ************** ************** ***************** 1836 1862 1918 1788 IHHNV-Australia-KM593912 IHHNV-Ecuador-AY362548 IHHNV-Vietnam-JN616415 IHHNV-WPO-KJ830753 atgcagtggataaaatacatgttagccaacaacgacatccgtgtaccagaaatcttagct atgcagtggataaaatacatgttagccaacaacgacatccgtgtaccagaaatcttagct atgcagtggataaagtacatgttagccaacaacgacatccgtgtaccagaaatcttagct atgcagtggataaaatacatgttagccaacaacgacatccgtgtaccagaaatcttagct ************** ********************************************* 1896 1922 1978 1848 IHHNV-Australia-KM593912 IHHNV-Ecuador-AY362548 IHHNV-Vietnam-JN616415 IHHNV-WPO-KJ830753 tggataatcatcgtagcagacaaaaaactagacaaaataaacactcttgtactccaagga tggataatcatcgtagcagacaaaaaactggacaaaataaacactcttgtactccaagga tggataatcatcgtagcagacaaaaaactggacaaaatcaacactcttgtactccaagga tggataatcatcgtagcagacaaaaaactggacaaaataaacactcttgtactccaagga ***************************** ******** ********************* 1956 1982 2038 1908 IHHNV-Australia-KM593912 IHHNV-Ecuador-AY362548 IHHNV-Vietnam-JN616415 IHHNV-WPO-KJ830753 ccaacaggaacaggaaaatctcttaccatcggtgcactactaggaaaactgaacactgga ccaacaggaacaggaaaatctcttaccatcggtgcactactcggaaaactgaacactggc ccaacaggaacaggaaaatctcttaccatcggtgcactactgggaaaactgaacacagga ccaacaggaacaggaaaatctcttaccatcggtgcactactcggaaaactgaacactggc ***************************************** ************** ** 2016 2042 2098 1968 IHHNV-Australia-KM593912 IHHNV-Ecuador-AY362548 IHHNV-Vietnam-JN616415 IHHNV-WPO-KJ830753 ctagtaacaagaacaggagactccaacaccttccatctacaaaacctcatcggcaagtcc ctagtaacaagaacaggagactcaaacaccttccatctacaaaacctcatcggaaagtcc ctagtaacaagaacaggagactccaacaccttccatctacaaaacctaatcggcaagtcc ctagtaacaagaacaggagactcaaacaccttccatctacaaaacctcatcggaaagtcc *********************** *********************** ***** ****** 2076 2102 2158 2028 IHHNV-Australia-KM593912 IHHNV-Ecuador-AY362548 IHHNV-Vietnam-JN616415 IHHNV-WPO-KJ830753 tacgctctcttcgaagaacccagaatcagtcaaataacagtagacgacttcaaactactt tacgctctcttcgaagaacccagaatcagtcaaataacagtggacgacttcaaactcctt tacgctctcttcgaagaacccagaatcagtcaaataacagtagacgacttcaaactcctt tacgctctcttcgaagaacccagaatcagtcaaataacagtggacgacttcaaactcctt ***************************************** ************** *** 2136 2162 2218 2088 IHHNV-Australia-KM593912 IHHNV-Ecuador-AY362548 IHHNV-Vietnam-JN616415 IHHNV-WPO-KJ830753 ttcgaaggatcagacttagaagtaaacataaaacaccaagagtcagaaatcatggggcga ttcgaaggatcagacttagaagtaaacataaaacaccaagagtcagaaattatgggacga ttcgaaggatcagacctagaagtaaacataaaacaccaagagtcagaaattatgggacga ttcgaaggatcagacttagaagtaaacataaaacaccaagagtcagaaattatgggacga *************** ********************************** ***** *** 2196 2222 2278 2148 IHHNV-Australia-KM593912 IHHNV-Ecuador-AY362548 IHHNV-Vietnam-JN616415 IHHNV-WPO-KJ830753 ataccaatcttcatatcaacaaacaaggacatagactactgggtacctccagctgatggt ataccaatcttcatatcaacaaacaaggatatagactactgggtacctccagctgatggt atcccaatcttcatatcaacaaacaaggacatagactactgggtaccaccagctgatggt ataccaatcttcatatcaacaaacaaggatatagactactgggtacctccagctgatggt ** ************************** ***************** ************ 2256 2282 2338 2208 IHHNV-Australia-KM593912 IHHNV-Ecuador-AY362548 IHHNV-Vietnam-JN616415 IHHNV-WPO-KJ830753 aaagctctacaaacaagaacaaaaaccttccacctgacaagacaaataaaaggcctctca aaagctctacaaacaagaacaaaaaccttccacctgacaagacaaataaaaggcctctca aaagctctacaaacaagaacaaaaaccttccacctaacaagacagataaaaggtctgtca aaagctctacaaacaagaacaaaaaccttccacctgacaagacaaataaaaggcctctca *********************************** ******** ******** ** *** 2316 2342 2398 2268 IHHNV-Australia-KM593912 IHHNV-Ecuador-AY362548 IHHNV-Vietnam-JN616415 IHHNV-WPO-KJ830753 gacaggatgaacagccagtacgacatcaaccctccaccagacaagatcaccagcgacgac gacaggatgaacagccagtacgacatcaaccctccaccagacaagatcaccagcgacgac gacaggatgaacagccagtacgacatcaaccctccaccagacaagatcaccagcgacgac gacaggatgaacagccagtacgacatcaaccctccaccagacaagatcaccagcgacgac ************************************************************ 2376 2402 2458 2328 IHHNV-Australia-KM593912 IHHNV-Ecuador-AY362548 IHHNV-Vietnam-JN616415 IHHNV-WPO-KJ830753 ttcctaggcctcttccaagaatacgaaaaggaaatcgacgacatcatagacaaccatgtg ttcctaggactcttccaagaatacgaaaaggaaatcgacgacatcatagacaaccatgtg ttcctaggcctcttccaagaatacgaaaaggaaatcgacgacatcatcgacatcatgtgc ttcctaggactcttccaagaatacgaaaaggaaatcgacgacatcataaacaaccatgtg ******** ************************************** *** * 2436 2462 2518 2388 IHHNV-Australia-KM593912 IHHNV-Ecuador-AY362548 IHHNV-Vietnam-JN616415 IHHNV-WPO-KJ830753 cgccgattcaacaagagcaagcccaaggaaaagatccaggagggatgcacataatgaaga cgccgattcaacaagagcaagcccaaggaaaagatccaggagggatgcacataatgaaga gccgattcaacaagatcaagcccaaggtaaaagatccaggagggatgcacataatgaaga cgccgattcaacaagagcaagcccaaggaaaagatccaggagggatgcacataatgaaga * * * * * ** * * ******************************** 2496 2522 2578 2448 IHHNV-Australia-KM593912 IHHNV-Ecuador-AY362548 IHHNV-Vietnam-JN616415 IHHNV-WPO-KJ830753 cgaagaacacgccgaaggatcaagtggaccagacccacacagatgtctacaattcaatac cgaagaacacgccgaaggatcaagtggaccagacccacacagatgtctacaattcaatac cgaagaacacgccgagggatcaagtggaccagacccacacagatgtctacaattcaatac cgaagaacacgccgaaggatcaagtggaccagacccacacagatgtctacaattcaatac *************** ******************************************** 2556 2582 2638 2508 IHHNV-Australia-KM593912 IHHNV-Ecuador-AY362548 IHHNV-Vietnam-JN616415 IHHNV-WPO-KJ830753 tggagactcaatacatattactttccaaacaagaagatacttcgaattcgacgctgccaa tggagactcaatacatattactttccagacaagaagatacttcgaattcgacgctgccaa gggagactcaatacatattactttccaaacaagaagatacttcgaattcgacgctgccaa tggagactcaatacatattactttccaaacaagaagatacttcgaattcgacgctgccaa ************************** ******************************** 2616 2642 2698 2568 IHHNV-Australia-KM593912 IHHNV-Ecuador-AY362548 IHHNV-Vietnam-JN616415 IHHNV-WPO-KJ830753 tgatggaaacttcgacggaaaaaatttatactgcctcccactacattggatgaacttata tgatggaaacttcgacggaaaaaatttatactgcctcccactacattggatgaacttata tgatggaaacttcgacggaaaaaacttatactgcctcccactacattggatgaacttata tgatggaaacttcgacggaaaaaatttatactgcctcccactacattggatgaacttata ************************ *********************************** 2676 2702 2758 2628 IHHNV-Australia-KM593912 IHHNV-Ecuador-AY362548 IHHNV-Vietnam-JN616415 IHHNV-WPO-KJ830753 tctctatggtctaaagagcagtgacagttcagcaacagaaacacagcgatataaaatggt tctctatggtctaaagagcagcgacagttcagcaacagaaacacaacgatataagatggt tctctatggactgaaaagcagtgacagttcagcaacagaaacacagcgatataagatggt tctctatggtctaaagagcagcgacagttcagcaacagaaacacaacgatataagatggt ********* ** ** ***** *********************** ******** ***** 2736 2762 2818 2688 IHHNV-Australia-KM593912 IHHNV-Ecuador-AY362548 IHHNV-Vietnam-JN616415 IHHNV-WPO-KJ830753 aaaatcaatgatgaagacctacggatggaaagttcacaaagcaggcgtcgtgatgcactc aaaatcattgatgaagacctacggatggaaagtacataaagcaggcgtagtgatgcactc aaagtcaatgatgaaaacctacggatggaaagttcacaaagcaggcgtcgtaatgcactc aaaatcattgatgaagacctacggatggaaagtacataaagcaggcgtagtgatgcactc *** *** ******* ***************** ** *********** ** ******** 2796 2822 2878 2748 IHHNV-Australia-KM593912 IHHNV-Ecuador-AY362548 IHHNV-Vietnam-JN616415 IHHNV-WPO-KJ830753 aatggtaccccttatgaaagacttaaaagtatcaggaggaacatcatttgagactctcac aatggtaccccttatgaaagacttaaaagtatcaggaggcacatcatttgagactctcac aatggtaccccttatgaaagacttaaaggtatcaggaggaacatcatttgaaactctcac aatggtaccccttatgaaagacttaaaagtatcaggaggcacatcatttgagactctcac *************************** *********** *********** ******** 2856 2882 2938 2808 IHHNV-Australia-KM593912 IHHNV-Ecuador-AY362548 IHHNV-Vietnam-JN616415 IHHNV-WPO-KJ830753 atttacagacaccccatatttagaaatatttaaggatactactggactacataatcaact atttacagacaccccatatttagaaatatttaaggatactactggactacataatcaact atttacagacaccccatatttagaaatatttaaggatactactggactacataatcaact atttacagacaccccatatttagaaatatttaaagatactactggactacataatcaact ********************************* ************************** 2916 2942 2998 2868 IHHNV-Australia-KM593912 IHHNV-Ecuador-AY362548 IHHNV-Vietnam-JN616415 IHHNV-WPO-KJ830753 atcaactaaggaagccgacgtaacattggcaaaatggatacaaaatccccaacttgtaac atcaactaaggaagccgacgtaacattggcaaaatggatacaaaatccccaacttgtgac agcaactaaggaagccgacgtaacattagcaaaatggatacaaaatccgcaacttgtgac atcaactaaggaagccgacgtaacattggcaaagtggatacaaaatccccaacttgtgac * ************************* ***** ************** ******** ** 2976 3002 3058 2928 IHHNV-Australia-KM593912 IHHNV-Ecuador-AY362548 IHHNV-Vietnam-JN616415 IHHNV-WPO-KJ830753 agtacaatcaacagcagcaaactatgaagacccaatccaacaatttggattcatggaaca cgtacaatcaacagcagcaaactatgaagacccaatccaacaatttggattcatggaaca agtacaatcaacagcagcaaactatgaagacccaatccaacaatttggattcatggaaca cgtacaatcaacagcagcaaactatgaagacccaatccaacaatttggattcatggaaca *********************************************************** 3036 3062 3118 2988 IHHNV-Australia-KM593912 IHHNV-Ecuador-AY362548 IHHNV-Vietnam-JN616415 IHHNV-WPO-KJ830753 aatgcgaactggagaccgaaaagcctatacaatccatggtgacactagaaactggtatgg aatgcgaaccggtgacagaaaagcctatacaatccatggtgacactagaaattggtatgg aatgcgaaccggtgacagaaaagcctatacaatccatggtgacactagaaattggtatgg aatgcgaaccggtgacagaaaagcctatacaatccatggtgacactagaaattggtatgg ********* ** *** ********************************** ******** 3096 3122 3178 3048 IHHNV-Australia-KM593912 IHHNV-Ecuador-AY362548 IHHNV-Vietnam-JN616415 IHHNV-WPO-KJ830753 cggagaaataccaacaacgggacccaccttcatcccaaaatggggtggccaaataaagtg cggagaaataccaacaaccggacccaccttcatcccaaaatggggtggtcaattaaaatg cggagaaataccaacaaccggacccaccttcatcccaaaatggggtggtcaattaaaatg cggagaaataccaacaaccggacccaccttcatcccaaaatggggtggtcaattaaaatg ****************** ***************************** *** **** ** 3156 3182 3238 3108 IHHNV-Australia-KM593912 IHHNV-Ecuador-AY362548 IHHNV-Vietnam-JN616415 IHHNV-WPO-KJ830753 ggacaaaccatccattggaaacctagtctacccagcggatcaccatacaaacgactggca ggacaaaccatcccttggaaacctagtctacccagcagaccaccatacaaacgactggca ggacaaaccatcccttggaaacctagtctacccagcagaccaccatacaaacgactggca ggacaaaccatcccttggaaacctagtctacccagcagaccaccatacaaacgactggca ************* ********************** ** ******************** 3216 3242 3298 3168 IHHNV-Australia-KM593912 IHHNV-Ecuador-AY362548 IHHNV-Vietnam-JN616415 IHHNV-WPO-KJ830753 acagatcttcatgagaatgtcaccaatcaaaggaccaaatggagacgaacttaaacttgg acagatcttcatgagaatgtcaccaatcaaaggaccaaatggagacgaacttaaacttgg acagatcttcatgagaatgtcaacaatcaaaggaccaaatggagacgaacttaaacttgg acagatcttcatgagaatgtcaccaatcaaaggaccaaatggagacgaacttaaacttgg ********************** ************************************* 3276 3302 3358 3228 IHHNV-Australia-KM593912 IHHNV-Ecuador-AY362548 IHHNV-Vietnam-JN616415 IHHNV-WPO-KJ830753 ctgtagagtacaagccgacttcttcctgaacctagaagtacgactcccaccacaaggatg ctgcagagtacaagccgacttcttcctacacctagaagtacgactcccaccacaaggatg ctgcagagtacaagccgacttcttcctacacctagaagtacgactcccaccacaaggatg ctgcagagtacaagccgacttcttcctacacctagaagtacgactcccaccacaaggatg *** *********************** ******************************* 3336 3362 3418 3288 IHHNV-Australia-KM593912 IHHNV-Ecuador-AY362548 IHHNV-Vietnam-JN616415 IHHNV-WPO-KJ830753 tgtctcaagtttggggatgttacaatatcttcacgcaccatgtactggacaacttaacag taccgcaagtttggggatgttacaatatcttcacgcaccatgtactggacaacttaacaa tgtagcaagtttggggatgttacaatatcttcacgcaccatgtactggacaacttaacaa tgtcgcaagtttggggatgttacaatatcttcacgcaccatgtactggacaacttaacaa * ****************************************************** 3396 3422 3478 3348 IHHNV-Australia-KM593912 IHHNV-Ecuador-AY362548 IHHNV-Vietnam-JN616415 IHHNV-WPO-KJ830753 atgttatgttatgcatactaactaattatattctatgtgcaatatataaccaattatatt atgttatattatgcatactaactaaatatattcgatgtgcaatatatacccgattatatc atgttatattatgcatactaactaaatatattcgatgtgcaatatatacccacttatatc atgttatattatgcatactaactaaatatattcgatgtgcaatatatacccgattatatc ******* ***************** ******* ************** ** ****** 3456 3482 3538 3408 IHHNV-Australia-KM593912 IHHNV-Ecuador-AY362548 IHHNV-Vietnam-JN616415 IHHNV-WPO-KJ830753 cagcttttaccaataaacttatatagcttattaccatctatacctaccctatatacgtac cagcttttaccaataaacatgtatagcttattatcatctatacctaccctatatacatac gcgcttaagccaataaacctatataatctattactatctatacctaccctctacacaaac cagcttttaccaataaacatatatagcttattatcatctatacctaccctatatacatac **** ********* * **** ***** *************** ** ** ** 3516 3542 3598 3468 IHHNV-Australia-KM593912 IHHNV-Ecuador-AY362548 IHHNV-Vietnam-JN616415 IHHNV-WPO-KJ830753 cagctacccaggca -cagctacccaggcaaggtgggactccggctacccaggcatggtgggacacttttcttcta cagctacccaggcaaggtgggactccggctacccaggcatggtgggacacttctctacta cagctacccaggcaaggtgggactccggctacccaggcatggtgggacacttttcttcta ************** 3530 3602 3658 3528 IHHNV-Australia-KM593912 IHHNV-Ecuador-AY362548 IHHNV-Vietnam-JN616415 IHHNV-WPO-KJ830753 -ttgacgacatatttcgtcacttacgtcacttacaaaagactaaaatccctatcgtcagtc ttgacgacgtacttcgtcacatacgtcacttacaaaagactaaaatccctatcgtcagtc ttgacgacatatttcgtcacttacgtcacttacaaaagcctaaaatccctatcgtcagtc 3530 3662 3718 3588 IHHNV-Australia-KM593912 IHHNV-Ecuador-AY362548 IHHNV-Vietnam-JN616415 IHHNV-WPO-KJ830753 -agtcatttagagtcagggatattgtccgccgtcacttagagcgcgaagcgcgagtatcca agtcatttagagtcagggatattgtccgccgtcacttagagcgcgaagcgcgagtatcca agtcatttagagtca - 3530 3722 3778 3603 IHHNV-Australia-KM593912 IHHNV-Ecuador-AY362548 IHHNV-Vietnam-JN616415 IHHNV-WPO-KJ830753 tcatttaaattagtggtatgacgtcacatattaagttaacggtttctgcgaag tcatttaaattagtggtatgacgtcacatattaagta 3530 3775 3815 3603 Phụ Lục 3: Kết khảo sát phản ứng LAMP- IHHNV nhiệt độ 650C mốc thời gian 60 phút, 80 phút 100 phút ... TÀI: Ứng dụng kỹ thuật LAMP (Loop- mediated isothermal amplification) phát nhanh virus WSSV IHHNV gây bệnh tôm II NHIỆM VỤ VÀ NỘI DUNG: Xây dựng phương pháp phát nhanh virus WSSV IHHNV gây bệnh tôm. .. việc phát bệnh gây vi khuẩn hay virus Xuất phát từ ý nghĩa thực tiễn nêu tiến hành thực đề tài “ Ứng dụng kỹ thuật LAMP (Loop- mediated isothermal amplification) phát nhanh virus WSSV IHHNV gây bệnh. .. môi trường sinh thái gây ô nhiễm môi trường bùng phát dịch bệnh Virus gây bệnh tôm đối tượng gây thiệt hại đáng kể cho người ni tơm, virus gây bệnh đốm trắng (WSSV) virus gây bệnh hoại tử quan tạo