Xác định trình tự bộ gene thực khuẩn thể tấn công đặc hiệu vi khuẩn aeromonas hydrophila bằng kỹ thuật giải trình tự gene thế hệ mới

ĐẠI HỌC QUỐC GIA TP HCM TRƯỜNG ĐẠI HỌC BÁCH KHOA TỪ QUANG VINH XÁC ĐỊNH TRÌNH TỰ BỘ GENE THỰC KHUẨN THỂ TẤN CÔNG ĐẶC HIỆU VI KHUẨN Aeromonas hydrophila BẰNG KỸ THUẬT GIẢI TRÌNH TỰ GENE THẾ HỆ MỚI Chuyên ngành: Công nghệ Sinh học Mã số: 60420201 LUẬN VĂN THẠC SĨ THÀNH PHỐ HỒ CHÍ MINH, tháng 09 năm 2020 Cơng trình hồn thành tại: Trường Đại Học Bách Khoa – ĐHQG-HCM Cán hướng dẫn khoa học 1: TS Phan Thị Huyền Cán hướng dẫn khoa học 2: TS Hoàng Anh Hoàng Cán chấm nhận xét 1: TS Nguyễn Hoàng Chương Cán chấm nhận xét 2: TS Nguyễn Tiến Dũng Luận văn thạc sĩ bảo vệ Trường Đại Học Bách Khoa, ĐHQG TP HCM ngày 14 tháng 09 năm 2020 Thành phần Hội đồng đánh giá luận văn thạc sĩ gồm: PGS.TS Nguyễn Đức Lượng PGS.TS Lê Thị Thủy Tiên TS Nguyễn Hoàng Chương TS Nguyễn Tiến Dũng TS Phan Thị Huyền Xác nhận Chủ tịch Hội đồng đánh giá LV Trưởng Khoa quản lý chuyên ngành sau luận văn sửa chữa (nếu có) CHỦ TỊCH HỘI ĐỒNG TRƯỞNG KHOA CỘNG HÒA XÃ HỘI CHỦ NGHĨA VIỆT NAM ĐẠI HỌC QUỐC GIA TP HCM TRƯỜNG ĐẠI HỌC BÁCH KHOA Độc lập-Tự do-Hạnh phúc NHIỆM VỤ LUẬN VĂN THẠC SĨ Họ tên học viên: Từ Quang Vinh MSHV: 1670723 Ngày, tháng, năm sinh: 24/07/1992 Nơi sinh: An Giang Chuyên ngành: Công nghệ Sinh học Mã số: 60420201 I.TÊN ĐỀ TÀI: Xác định trình tự gene thực khuẩn thể cơng đặc hiệu vi khuẩn Aeromonas hydrophila kỹ thuật giải trình tự gene hệ II.NHIỆM VỤ VÀ NỘI DUNG: Đề tài gồm nội dung sau: Khảo sát đặc tính vi sinh thực khuẩn thể PVN02: • Xác định hệ số nhân; thời gian xâm nhiễm phổ xâm nhiễm Phân tích genome xác định tính an tồn thực khuẩn thể PVN02: • Tách chiết thu nhận vật liệu di truyền; lắp ráp, giải phân tích phả hệ • Phân tích gene đánh giá tính an tồn thực khuẩn thể III.NGÀY GIAO NHIỆM VỤ: 19/08/2019 IV.NGÀY HOÀN THÀNH NHIỆM VỤ: 24/07/2020 V.CÁN BỘ HƯỚNG DẪN: TS Phan Thị Huyền TS Hoàng Anh Hoàng CÁN BỘ HƯỚNG DẪN TS Phan Thị Huyền TS Hoàng Anh Hồng CHỦ NHIỆM BỘ MƠN ĐÀO TẠO TRƯỞNG KHOA KỸ THUẬT HÓA HỌC PGS.TS Lê Thị Thủy Tiên GS.TS Phan Thanh Sơn Nam LỜI CẢM ƠN Em xin gửi lời cảm ơn chân thành đến: Tiến sĩ Phan Thị Huyền cho em hội, trao đổi, hướng dẫn nhiệt tình Ln tạo khơng khí gần gũi động viên em lúc cần thiết suốt q trình thực đề tài Tiến sĩ Hồng Anh Hoàng tạo điều kiện tốt với hướng dẫn tận tình, chi tiết giúp em hồn thành luận văn Quý Thầy, Cô trường Đại học Bách Khoa Thành phố Hồ Chí Minh truyền đạt kiến thức cho em suốt thời gian học tập trường Cảm ơn chị, em sinh viên phòng 107B2, đặc biệt chị Trần Thị Thanh Xuân, bên cạnh, chia sẻ giúp đỡ tơi lúc khó khăn Gia đình người bạn thân thiết quan tâm, lắng nghe, chia sẻ tin tưởng Xin chân thành cảm ơn! Thành phố Hồ Chí Minh, 08/2020 Từ Quang Vinh i TĨM TẮT Thực khuẩn thể PVN02 lây nhiễm vi khuẩn Aeromonas hydrophila phân tích đặc điểm vi sinh giải trình tự gene Thực khuẩn thể có hoạt động ly giải cao với thời gian xâm nhiễm hệ số nhân tương ứng khoảng 20 phút 105 PFU/tế bào Quan sát thực khuẩn thể PVN02 kính hiển vi điện tử cho thấy PVN02 thuộc họ Myoviridae Bộ gene PVN02 DNA sợi kép với chiều dài 51.668 bp, hàm GC 52% Trong số 64 gene, 13 gene dự đốn để mã hóa protein với chức dự đốn Khơng có gene độc lực kháng kháng sinh tìm thấy gene, cho thấy PVN02 có tiềm tác nhân kiểm soát vi khuẩn Aeromonas hydrophila Thực khuẩn thể phân loại sử dụng phát sinh loài mạng lưới chia sẻ gene Thực khuẩn thể PVN02 đại diện loài chi chưa xác định trước thuộc họ Myoviridae Nghiên cứu xác nhận PVN02 thực khuẩn thể ly giải phục vụ tác nhân kiểm soát vi khuẩn Aeromonas hydrophila tiềm ii ABSTRACT The bacteriophage PVN02 infecting Aeromonas hydrophila was morphologically characterized and its whole genome was sequenced The phage had high lytic activity with its latent period and burst size were approximately 20 and 105 CFU/cell, respectively Phage observation using transmission electron microscope indicated that PVN02 belonged to Myoviridae family The genome of PVN02 was a double-stranded DNA molecule, which was 51,668 bp in length, and its GC content was of 52% Among its 64 genes, 13 of them could be predicted to encode proteins with predicted protein No virulence or antibiotic resistance genes were found in the genome, suggesting that it could be used as a useful biocontrol agent Classification of the phage using average nucleotide identity, phylogenetic analysis and gene-sharing networks was carried out Phage PVN02 is the first representative of a new species within a previously undefined genus within the Myoviridae family This study confirms that PVN02 is a novel lytic phage and can be served as a potentially biocontrol agent iii LỜI CAM ĐOAN Tôi xin cam đoan cơng trình nghiên cứu riêng tơi, số liệu nghiên cứu khách quan trung thực Nếu có sai sót liên quan đến đề tài, tơi xin hoàn toàn chịu trách nhiệm Từ Quang Vinh iv MỤC LỤC LỜI CẢM ƠN i TÓM TẮT ii ABSTRACT iii LỜI CAM ĐOAN iv MỤC LỤC v DANH MỤC CHỮ VIẾT TẮT .vii DANH MỤC HÌNH viii DANH MỤC BẢNG ix DANH MỤC SƠ ĐỒ x MỞ ĐẦU CHƯƠNG 1: TỔNG QUAN 1.1 Sơ lược Aeromonas hydrophila 1.2 Sơ lược thực khuẩn thể liệu pháp thực khuẩn thể 1.2.1 Thực khuẩn thể 1.2.2 Liệu pháp thực khuẩn thể 1.3 Cơng nghệ giải trình gene hệ 1.3.1 Công nghệ giải trình tự gene hệ 1.3.2 Cơng nghệ giải trình tự gene hệ Illumina 1.4 Tình hình nghiên cứu ngồi nước 12 1.4.1 Trong nước 12 1.4.2 Ngoài nước 12 1.5 Mục tiêu nội dung nghiên cứu đề tài 13 1.5.1 Mục tiêu nghiên cứu 13 1.5.2 Nội dung nghiên cứu đề tài 14 CHƯƠNG 2: VẬT LIỆU VÀ PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU 15 2.1 Vật liệu 15 2.2 Thiết bị dụng cụ 15 2.3 Hóa chất 16 2.4 Sơ đồ nghiên cứu tổng quát 17 v 2.5 Phương pháp 18 2.5.1 Tạo stock thực khuẩn thể 18 2.5.2 Xác định hình thái thực khuẩn thể 19 2.5.3 Khảo sát đường cong chu kỳ lây nhiễm thực khuẩn thể 19 2.5.4 Xác định phổ lây nhiễm thực khuẩn thể 21 2.5.5 Thu nhận kiểm tra genome thực khuẩn thể 21 CHƯƠNG 3: KẾT QUẢ VÀ THẢO LUẬN 32 3.1 Kết tạo stock xác định hình thái thực khuẩn thể 32 3.1.1 Kết tạo stock 32 3.1.2 Xác định hình thái thực khuẩn thể 32 3.2 Đường cong chu kỳ lây nhiễm thực khuẩn thể 32 3.3 Kết xác định phổ xâm nhiễm 33 3.4 Kết thu nhận kiểm tra genome thực khuẩn thể 34 3.5 Nhân genome thực khuẩn thể 34 3.6 Kiểm tra xử lý liệu thô 35 3.7 Lắp ráp hệ gene 37 3.8 Chú giải cấu trúc 40 3.9 Chú giải chức 41 3.10 Phân tích phả hệ 47 3.11 Tính an tồn thực khuẩn thể PVN02 49 CHƯƠNG 4: KẾT LUẬN VÀ KIẾN NGHỊ 50 4.1 Kết luận 50 4.2 Kiến nghị 50 DANH MỤC CÁC CƠNG TRÌNH KHOA HỌC 51 TÀI LIỆU THAM KHẢO 52 PHỤ LỤC 1: BẢNG KẾT QUẢ TIÊN ĐOÁN ORF BẰNG PHẦN MỀM PROKKA 59 PHỤ LỤC 2: KẾT QUẢ PHỔ XÂM NHIỄM CỦA THỰC KHUẨN PVN02 62 LÝ LỊCH TRÍCH NGANG 63 vi DANH MỤC CÁC TỪ VIẾT TẮT CFU: Colony Forming Unit CWA: Cell Wall Amidase EBI: European Bioinformatics Institute ENA: European Nucleotide Archive FDA: Food and Drug Administration gDNA: Genomic DNA MCP: Major Capsid Protein NCBI: National Center for Biotechnology Information NGS: Next Generation Sequencing ORF: Open Reading Frame PFU: Plaque Forming Unit RCA: Rolling Circle Amplification TerL: Terminase Large Subunit WGS: Whole Genome Sequencing WGA: Whole Genome Amplification vii sinh, gene sinh độc tố, gene mã hóa độc lực phage gene mã hóa độc lực vi khuẩn Bên cạnh phân tích genome thực khuẩn thể PVN02 với RASRtk khơng chứa gene integrase, gene có chức tích hợp gene thực khuẩn thể vào genome vật chủ (A) (B) Hình 3.14: Kết kiểm tra với RASTk A: Thơng tin tổng quan phân tích với RASTk B Thông tin chi tiết gene RASTk phát Do thực khuẩn thể PVN02 có tiềm ứng dụng liệu pháp thực khuẩn thể 49 CHƯƠNG 4: KẾT LUẬN VÀ KIẾN NGHỊ 4.1 Kết luận Từ kết nghiên cứu cho thấy thực khuẩn thể PVN02 có hoạt tính xâm nhiễm mạnh, hệ số nhân cao với thời gian xâm nhiễm ngắn vi khuẩn Aeromonas hydrophila 4.4T, phù hợp yêu cầu mặt vi sinh ứng dụng liệu pháp thực khuẩn thể Đề tài lắp ráp giải hoàn chỉnh genome PVN02, kết cho thấy PVN02 loài thực khuẩn thể mới, đặc trưng Đồng Bằng Sông Cửu Long Kết phân tích genome thực khuẩn thể PVN02 cho thấy PVN02 an tồn, khơng chứa gene bất lợi tiềm tan, sở hữu hai loại enzyme ly giải thành tế bào, tiềm ứng dụng cao liệu pháp thực khuẩn thể hỗ trợ kiểm soát vi khuẩn Aeromonas hydrophila Việc phân tích genome giúp kiểm chứng lại tính an tồn giải thích phần chế việc xâm nhiễm mạnh thực khuẩn thể PVN02 4.2 Kiến nghị Tiến hành nghiên cứu sâu hai loại endolysin thực khuẩn thẻ PVN02 để đánh giá tiềm ứng dụng làm chất kháng khuẩn Nghiên cứu, ứng dụng thực khuẩn thể PVN02 tạo chế phẩm thực khuẩn thể Khảo sát khả ức chế chế phẩm thực khuẩn thể mơ hình cá tra gây nhiễm Aeromonas hydrophila 50 DANH MỤC CÁC CƠNG TRÌNH KHOA HỌC Tu, V Q., Nguyen, T T., Tran, X T., Millard, A D., Phan, H T., Le, N P., & Hoang, H A (2020) Complete genome sequence of a novel lytic phage infecting Aeromonas hydrophila, an infectious agent in striped catfish (Pangasianodon hypophthalmus) Archives of Virology, 1-5 51 TÀI LIỆU THAM KHẢO [1] Zhang, Q Q., Ying, G G., Pan, C G., Liu, Y S., & Zhao, J L (2015) “Biotics emission and fate in the river basins of China: source analysis, multiComprehensive evaluation of antimedia modeling, and linkage to bacterial resistance” Environmental science & technology, 49(11), 6772-6782 DOI: 10.1021/acs.est.5b00729 [2] Từ Thanh Dung, Đặng Thị Hoàng Oanh Phạm Minh Đức, 2015 “Bệnh quản lý dịch bệnh nuôi cá tra (Pangasianodon hypophthalmus)” Trong: Nguyễn Thanh Phương Nguyễn Anh Tuấn (chủ biên) Nuôi cá tra (Pangasianodon hypophthalmus) Đồng sông Cửu Long: Thành công thách thức phát triển bền vững Nhà xuất Đại học Cần Thơ Trang 156-189 [3] TCVN 8710-15:2015 Bệnh thủy sản - quy trình chẩn đốn - phần 15: bệnh nhiễm trùng Aeromonas hydrophila cá [4] Nahar, S., Rahman, M M., Ahmed, G U., & Faruk, M A R (2016) “Isolation, identification, and characterization of Aeromonas hydrophila from juvenile farmed pangasius (Pangasianodon hypophthalmus)” International Journal of Fisheries and Aquatic Studies, 4(4), 52-60 [5] Kutter, E., & Sulakvelidze, A (Eds.) (2004) “Bacteriophages: biology and applications” CRC press, 2004 ISBN-10: 0849313368 [6] Miller, R V., & Day, M J (2008) “Contribution of lysogeny, pseudolysogeny, and starvation to phage ecology” Bacteriophage ecology, 114, 143 DOI: 10.1017/CBO9780511541483.008 [7] Ripp, S., & Miller, R V (1997) “The role of pseudolysogeny in bacteriophagehost interactions in a natural freshwater environment” Microbiology, 143(6), 2065-2070 [8] “Mode of Multiplication of Bacteriophages” JULY 8, 2014 [Online] Available: https:// biotechkhan.wordpress.com/category/virology/page/2/ [Accessed 06 12 2020] 52 [9] Gill, J J., & Hyman, P (2010) “Phage choice, isolation, and preparation for phage therapy” Current pharmaceutical biotechnology, 11(1), 2-14 DOI: 10.2174/138920110790725311 [10] Liu, L., Li, Y., Li, S., Hu, N., He, Y., Pong, R., & Law, M (2012) “Comparison of next-generation sequencing systems” BioMed research international, 2012 DOI: 10.1155/2012/251364 [11] “An introduction to Next-Generation Sequencing Technology” Illumina Inc, 2015 [12] Kulski, J K (2016) “Next-generation sequencing—an overview of the history, tools, and “Omic” applications Next Generation Sequencing– Advances” Applications and Challenges, 3-60 DOI: 10.5772/61964 [13] L Low, M Tammi, L Low, and M T Tammi, “Introduction to Next Generation Sequencing Technologies,” in Bioinformatics, 2017 DOI: 10.1142/9789813144750_0001 [14]“Adapters for next generation sequencing” [Online] Available: https://www.idtdna.com/pages/products/next-generation- sequencing/adapters [Accessed 06 20 2020] [15] Robinson, P N., Piro, R M., & Jager, M “Computational Exome and Genome Analysis” CRC Press, 2017 ISBN-10: 1498775985 [16] “Patterned Flowcells” [Online] Illumina Inc Available: https://www.illumina com/science/technology/nextgenerationsequencing/sequencing technology/ patterned-flow-cells.html [Accessed 06 19 2020] [17] “Next-Generation Sequencing” [Online] Available: https://www.cegat.de/en/services/next-generation-sequencing CeGaT GmbH [Accessed 06 18 2020] [18] Ackermann, H W (2009) “Basic phage electron microscopy” In Bacteriophages (pp 113-126) Humana press DOI: 10.1007/978-1-60327164-6_12 [19] Verma V, Harjai K, Chhibber S “Characterization of a T7-Like Lytic 53 Bacteriophage of Klebsiella pneumoniae B5055: A Potential Therapeutic Agent” Curr Microbiol 2009; 59: 274–281 DOI: 10.1007/s00284-009-9430y [20] Hoang HA, Tran TTX, Le PN, D THO “Selection of phages to control Aeromonas hydrophila – an infectious agent in striped catfish” Biocontrol Science, 24, 23-28, 2019 DOI: 10.4265/bio.24.23 [21] “Sample requirements” The University of Edinburgh [Online] Available: https://genomics.ed.ac.uk/resources/sample-requirements [Accessed 05 06 2020] [22] Dean, F B., Nelson, J R., Giesler, T L., & Lasken, R S (2001) “Rapid amplification of plasmid and phage DNA using phi29 DNA polymerase and multiply-primed rolling circle amplification” Genome research, 11(6), 10951099 DOI: 10.1101/gr.180501 [23] Ewing B, Hillier L, Wendl MC, Green P (1998) “Base-calling of automated sequencer traces using phred I Accuracy assessment” Genome Res 8(3),175185 DOI: 10.1101/gr.8.3.175 [24] Ewing B, Green P (1998) “Base-calling of automated sequencer traces using phred II Error probabilities” Genome Res 8(3),186-194 [Online] Available: DOI:10.1101/gr.8.3.186 [25] Simon Andrews “FastQC” http://www.bioinformatics.bbsrc.ac.uk/projects/fastqc [Accessed 06 09 2020] [26] Bolger, A M., Lohse, M., & Usadel, B (2014) “Trimmomatic: a flexible trimmer for Illumina sequence data” Bioinformatics, 30(15), 2114-2120 DOI: 10.1093/bioinformatics/btu170 [27] Compeau, P E., Pevzner, P A., & Tesler, G (2011) “How to apply de Bruijn graphs to genome assembly” Nature biotechnology, 29(11), 987-991 DOI: 10.1038/nbt.2023 [28] Bankevich, A., Nurk, S., Antipov, D., Gurevich, A A., Dvorkin, M., Kulikov, A S., & Pyshkin, A V (2012) “SPAdes: a new genome assembly algorithm and its applications to single-cell sequencing” Journal of 54 computational biology, 19(5), 455-477 DOI: 10.1089/cmb.2012.0021 [29] Bruce J Walker, Thomas Abeel, Terrance Shea, Margaret Priest, Amr Abouelliel, Sharadha Sakthikumar, Christina A Cuomo, Qiandong Zeng, Jennifer Wortman, Sarah K Young, Ashlee M Earl (2014) Pilon: An Integrated Tool for Comprehensive Microbial Variant Detection and Genome Assembly Improvement PLoS ONE 9(11), e112963 doi: 10.1371/journal.pone.0112963 DOI: 10.1371/journal.pone.0112963 [30] Gurevich, A., Saveliev, V., Vyahhi, N., & Tesler, G (2013) “QUAST: quality assessment tool for genome assemblies” Bioinformatics, 29(8), 1072-1075 DOI: 10.1093/bioinformatics/btt086 [31] Langmead, B., & Salzberg, S L (2012) Fast gapped-read alignment with Bowtie Nature methods, 9(4), 357 DOI: 10.1038/nmeth.1923 [32] Milne I, Stephen G, Bayer M, Cock PJA, Pritchard L, Cardle L, Shaw PD and Marshall D 2013 “Using Tablet for visual exploration of second-generation sequencing data” Briefings in Bioinformatics 14(2), 193-202 DOI: 10.1093/bib/bbs012 [33] Mathé, C., Sagot, M F., Schiex, T., & Rouzé, P (2002) “Current methods of gene prediction, their strengths and weaknesses” Nucleic acids research, 30(19), 4103-4117 DOI: 10.1093/nar/gkf543 [34] Seemann, T (2014) “Prokka: rapid prokaryotic genome annotation.” Bioinformatics, 30(14), 2068-2069 DOI: 10.1093/bioinformatics/btu153 [35] Mohamed, S A E H., Elloumi, M., & Thompson, J D (2016) “Motif Discovery in Protein Sequences” In Pattern Recognition-Analysis and Applications IntechOpen DOI: 10.5772/65441 [36] Boutet, E., Lieberherr, D., Tognolli, M., Schneider, M., & Bairoch, A (2007) “Uniprotkb/swiss-prot” In Plant bioinformatics (pp 89-112) Humana Press DOI: 10.1007/978-1-59745-535-0_4 [37] Armenteros, J J A., Tsirigos, K D., Sønderby, C K., Petersen, T N., Winther, O., Brunak, S., & Nielsen, H (2019) “SignalP 5.0 improves signal 55 peptide predictions using deep neural networks” Nature biotechnology, 37(4), 420-423 DOI: 10.1038/s41587-019-0036-z [38] Johnson, M., Zaretskaya, I., Raytselis, Y., Merezhuk, Y., McGinnis, S., & Madden, T L (2008) “NCBI BLAST: a better web interface” Nucleic acids research, 36(suppl_2), W5-W9 DOI: 10.1093/nar/gkn201 [39] Finn, R D., Clements, J., & Eddy, S R (2011) “HMMER web server: interactive sequence similarity searching” Nucleic acids research, 39(suppl_2), W29-W37 DOI: 10.1093/nar/gkr367 [40] Lu, S., Wang, J., Chitsaz, F., Derbyshire, M K., Geer, R C., Gonzales, N R., & Thanki, N (2020) CDD/SPARCLE: the conserved domain database in 2020 Nucleic acids research, 48(D1), D265-D268 DOI: 10.1093/nar/gkz991 [41] Adriaenssens, E M., & Cowan, D A (2014) “Using signature genes as tools to assess environmental viral ecology and diversity” Applied and environmental microbiology, 80(15), 4470-4480 DOI: 10.1128/AEM.0087814 [42] Liu, J., Glazko, G., & Mushegian, A (2006) “Protein repertoire of doublestranded DNA bacteriophages” Virus research, 117(1), 68-80 DOI: 10.1016/j.virusres.2006.01.015 [43] Katoh, K., & Standley, D M (2013) “MAFFT multiple sequence alignment software version 7: improvements in performance and usability” Molecular biology and evolution, 30(4), 772-780 DOI: 10.1093/molbev/mst010 [44] Nguyen, L T., Schmidt, H A., Von Haeseler, A., & Minh, B Q (2015) “IQTREE: a fast and effective stochastic algorithm for estimating maximumlikelihood phylogenies” Molecular biology and evolution, 32(1), 268-274 DOI: 10.1093/molbev/msu300 [45] Jang, H B., Bolduc, B., Zablocki, O., Kuhn, J H., Roux, S., Adriaenssens, E M., & Turner, D (2019) “Taxonomic assignment of uncultivated prokaryotic virus genomes is enabled by gene-sharing networks” Nature biotechnology, 37(6), 632-639 DOI:10.1038/s41587-019-0100-8 [46] Michniewski, S., Redgwell, T., Grigonyte, A., Rihtman, B., Aguilo‐Ferretjans, 56 M., Christie‐Oleza, J., & Millard, A D (2019) “Riding the wave of genomics to investigate aquatic coliphage diversity and activity” Environmental microbiology, 21(6), 2112-2128 DOI: doi: 10.1111/14622920.14590 [47] Alcock, B P., Raphenya, A R., Lau, T T., Tsang, K K., Bouchard, M., Edalatmand, A., & Min, S Y (2020) “CARD 2020: antibiotic resistome surveillance with the comprehensive antibiotic resistance database” Nucleic acids research, 48(D1), D517-D525 DOI: 10.1093/nar/gkz935 [48] Zankari, E., Hasman, H., Cosentino, S., Vestergaard, M., Rasmussen, S., Lund, O., & Larsen, M V (2012) “Identification of acquired antimicrobial resistance genes” Journal of antimicrobial chemotherapy, 67(11), 2640-2644 DOI: 10.1093/jac/dks261 [49] Chen, L., Yang, J., Yu, J., Yao, Z., Sun, L., Shen, Y., & Jin, Q (2005) “VFDB: a reference database for bacterial virulence factors” Nucleic acids research, 33(suppl_1), D325-D328 DOI: 10.1093/nar/gki008 [50] Brettin, T., Davis, J J., Disz, T., Edwards, R A., Gerdes, S., Olsen, G J., & Shukla, M (2015) “RASTtk: a modular and extensible implementation of the RAST algorithm for building custom annotation pipelines and annotating batches of genomes” Scientific reports, 5, 8365 DOI:10.1038/srep08365 [51] Adriaenssens, E., & Brister, J R (2017) “How to name and classify your phage: an informal guide” Viruses, 9(4), 70 DOI: 10.3390/v9040070 [52] Ladner, J T., Beitzel, B., Chain, P S., Davenport, M G., Donaldson, E., Frieman, M., & Wentworth, D E (2014) “Standards for sequencing viral genomes in the era of high-throughput sequencing” DOI: 10.1128/mBio.01360-14 [53] Khakhum, N., Yordpratum, U., Boonmee, A., Tattawasart, U., Rodrigues, J L., & Sermswan, R W (2016) “Cloning, expression, and characterization of a peptidoglycan hydrolase from the Burkholderia pseudomallei phage ST79” AMB Express, 6(1), 77 DOI:10.1186/s13568-016-0251-7 57 [54] Fenton, M., McAuliffe, O., O’Mahony, J., & Coffey, A (2010) “Recombinant bacteriophage lysins as antibacterials” Bioengineered bugs, 1(1), 9-16 DOI: 10.4161/bbug.1.1.9818 [55] Vázquez, R., García, E., & García, P (2018) “Phage lysins for fighting bacterial respiratory infections: a new generation of antimicrobials” Frontiers in Immunology, 9, 2252 DOI: 10.3389/fimmu.2018.02252 [56] Höltje, J V (1995) “From growth to autolysis: the murein hydrolases in Escherichia coli” Archives of microbiology, 164(4), 243-254 DOI: 10.1007/BF02529958 [57] Shockman, G D., Daneo-Moore, L., Kariyama, R., & Massidda, O (1996) “Bacterial walls, peptidoglycan hydrolases, autolysins, and autolysis” Microbial drug resistance, 2(1), 95-98 DOI: 10.1089/mdr.1996.2.95 [58] Xu, M., Struck, D K., Deaton, J., Wang, N., & Young, R (2004) “A signalarrest-release sequence mediates export and control of the phage P1 endolysin” Proceedings of the National Academy of Sciences, 101(17), 64156420 DOI: 10.1073/pnas.0400957101 58 PHỤ LỤC BẢNG KẾT QUẢ TIÊN ĐOÁN ORF BẰNG PHẦN MỀM PROKKA Tiên đoán ORF Dạng Nucleotide Nucleotide bắt đầu Kết thúc Chức tiên đoán CDS 389 1063 Hypothetical protein CDS 1075 1425 Hypothetical protein CDS 1422 2567 Hypothetical protein CDS 2564 3208 Hypothetical protein CDS 3210 4433 Hypothetical protein CDS 4430 5857 Hypothetical protein CDS 5867 7750 Hypothetical protein CDS 7760 8164 Hypothetical protein CDS 8191 8424 Hypothetical protein 10 CDS 8436 8822 Hypothetical protein 11 CDS 8819 8989 Hypothetical protein 12 CDS 8996 9364 Hypothetical protein 13 CDS 9433 9972 Hypothetical protein 14 CDS 10388 12922 Hypothetical protein 15 CDS 14138 14314 Hypothetical protein 16 CDS 14317 14496 Hypothetical protein 17 CDS 14618 14803 Hypothetical protein 18 CDS 14793 15020 Hypothetical protein 19 CDS 15094 15321 Hypothetical protein 20 CDS 15497 15751 Hypothetical protein 59 21 CDS 15769 16218 Hypothetical protein 22 CDS 16459 17154 Hypothetical protein 23 CDS 17151 17930 Hypothetical protein 24 CDS 17997 18257 Hypothetical protein 25 CDS 18291 18437 Hypothetical protein 26 CDS 18442 18621 Hypothetical protein 27 CDS 18831 19013 Hypothetical protein 28 CDS 19013 19186 Hypothetical protein 29 CDS 19188 19964 Hypothetical protein 30 CDS 20059 20199 Hypothetical protein 31 CDS 20211 20624 Hypothetical protein 32 CDS 20639 20983 Hypothetical protein 33 CDS 20976 21674 Hypothetical protein 34 CDS 21721 22161 Hypothetical protein 35 CDS 22298 22666 Hypothetical protein 36 CDS 22676 24373 DNA primase/helicase 37 CDS 24385 24627 Hypothetical protein 38 CDS 24624 24938 Hypothetical protein 39 CDS 24938 26965 Hypothetical protein 40 CDS 27100 27882 Hypothetical protein 41 CDS 27898 28857 Hypothetical protein 42 CDS 28862 29407 Hypothetical protein 43 CDS 29364 29600 Hypothetical protein 44 CDS 29600 30106 Hypothetical protein 45 CDS 30115 31020 Hypothetical protein 46 CDS 31031 31615 Hypothetical protein 47 CDS 31632 33752 48 CDS 33762 34865 Ribonucleoside-diphosphate reductase large subunit Hypothetical protein 60 49 CDS 34949 35110 Hypothetical protein 50 CDS 35389 37416 Hypothetical protein 51 CDS 37427 37609 Hypothetical protein 52 CDS 37619 38944 Hypothetical protein 53 CDS 38922 40022 Hypothetical protein 54 CDS 40034 40543 Hypothetical protein 55 CDS 40607 41641 Hypothetical protein 56 CDS 41701 42192 Hypothetical protein 57 CDS 42201 42572 Hypothetical protein 58 CDS 42580 43044 Hypothetical protein 59 CDS 43034 43561 Hypothetical protein 60 CDS 43561 44979 Hypothetical protein 61 CDS 44989 45444 Hypothetical protein 62 CDS 45464 45892 Hypothetical protein 63 CDS 46079 49768 Hypothetical protein 64 CDS 49768 50844 Hypothetical protein 61 PHỤ LỤC KẾT QUẢ PHỔ XÂM NHIỄM CỦA THỰC KHUẨN PVN02 62 LÝ LỊCH TRÍCH NGANG Họ tên: Từ Quang Vinh Ngày, tháng, năm sinh: 24/07/1992 Nơi sinh: An Giang Địa liên lạc: Chung cư Sóng Thần, Đại Lộ Độc Lập, TP Dĩ An, Bình Dương Q TRÌNH ĐÀO TẠO Cơ sở đào tạo Thời gian Ngành đào tạo Hình thức đào Văn tạo 2010 - 2014 Trường Đại học Cơng nghệ sinh Chính quy Kỹ sư Cơng Nghiệp Thực học Phẩm TPHCM 2016 - 2020 Trường Đại học Công nghệ sinh Chính quy Thạc sĩ Bách Khoa TPHCM học QÚA TRÌNH CƠNG TÁC Thời gian Nơi cơng tác Chức vụ 2014 – 2016 Công Ty TNHH Ngô Kim Lai Nhân viên nghiên cứu 2016 đến Công Ty Cổ Phần Công Nghệ Việt Á Quản lý 63 ... liệu pháp thực khuẩn thể [9] 1.3 Cơng nghệ giải trình gene hệ 1.3.1 Các cơng nghệ giải trình tự gene hệ Trong năm trở lại đây, kỹ thuật giải trình tự gene hệ hay gọi giải trình tự gene hệ thứ hai... genome thực khuẩn thể từ đánh giá tính an tồn hệ gene, tiềm ứng dụng thực khuẩn thể Chính vậy, tơi định thực đề tài: ? ?Xác định trình tự gene thực khuẩn thể công đặc hiệu vi khuẩn Aeromonas hydrophila. .. TÀI: Xác định trình tự gene thực khuẩn thể công đặc hiệu vi khuẩn Aeromonas hydrophila kỹ thuật giải trình tự gene hệ II.NHIỆM VỤ VÀ NỘI DUNG: Đề tài gồm nội dung sau: Khảo sát đặc tính vi sinh thực