Genetic diversity in farmed Asian Nile and red hybrid tilapia stocks evaluated fro microsatellite and mitochondrial DNA analysis.. Analy- sis of molecular variance inferred from metric d[r]
(1)Genetic characteristics in four farmed tilapia (Oreochromis niloticus) populations evaluated by microsatellite markers
Ha T T Tran1∗, Trang T Vu1, Nam P Nguyen2, Giang T H Luu1,
Nhat H Pham1, & Diep H Nguyen1
1Research Institute for Aquaculture No 1, Bac Ninh, Vietnam
2Faculty of Biotechnology, Vietnam National University of Agriculture, Ha Noi, Vietnam
ARTICLE INFO Research Paper Received: May 16, 2019 Revised: October 03, 2019 Accepted: October 07, 2019 Keywords
Genetic diversity Microsatellite Nile tilapia
∗Corresponding author Tr¦n Thà Thóy H Email: thuyha@ria1.org
ABSTRACT
In this study, genetic characteristics of four tilapia strains including NOVIT4, 13th GIFT generation, China and Philippine were investigated
by analysis the genotype at microsatellite loci It was found that all loci showed high polymorphism with 51 identified alleles, in which GM139 and UNH995 loci were the highest polymorphism with the appearance of 14 and 11 alleles, respectively Deficiency of expected heterozygosity occurred in all tilapia strains, the Ho value of which was lower than the He one Besides, 17/24 loci was significantly different from the Hardy-Weinberg principle (P <0,05) The Fst ranging from 0.012 to 0.025 indicated that the genetic difference among populations was small However, the analysis of molecular variance (AMOVA) showed that the genetic diversity at the molecular level among individuals within the same population and among individuals were high, corresponding to 36.69% and 61%, respectively The findings of this study are useful in term of giving the genetic information of four Nile tilapia strains for the selective breeding program
(2)°c iºm di truy·n mởt số quƯn n cĂ rổ phi vơn (Oreochromis niloticus) qua phƠn tẵch ch th microsatellite
TrƯn Th Thúy H1, Vụ Th Trang1, Nguyạn Phữỡng Nam2, Lữu Th H Giang1,
PhÔm Hỗng Nhêt1 & Nguyạn Hỗng iằp1 1Viằn Nghiản Cựu Nuổi Trỗng Thừy SÊn I, Bưc Ninh
2Khoa Cæng Ngh» Sinh Håc, Håc Vi»n Næng Nghi»p Vi»t Nam, H Nëi
THỈNG TIN BI BO B i b¡o khoa håc Ng y nhªn: 16/05/2019 Ng y ch¿nh sûa: 03/10/2019 Ng y chĐp nhên: 07/10/2019 Tứ khõa
CĂ rổ phi vơn a dÔng di truyÃn Microsatellite TĂc giÊ liản hằ TrƯn Thà Thóy H Email: thuyha@ria1.org
TÂM TT
°c iºm di truy·n cõa c¡ rỉ phi v¬n c¡c dáng NOVIT4, GIFT th¸ h» thù 13, Trung Quèc v Philippine  ữủc tẳm hiu nghiản cựu ny qua phƠn tẵch kiu gen tÔi 06 v trẵ microsatellite TĐt cÊ cĂc v trẵ nghiản cựu Ãu th hiằn tẵnh a hẳnh cao vợi 51 alen ữủc xĂc nh, õ locus GM139 v UNH995 cõ tẵnh a hẳnh alen cao nhĐt vợi sỹ xuĐt hiằn tữỡng ựng 14 v 11 alen Hiằn tữủng thiáu hửt d hủp tỷ mong ủi xuĐt hiằn cĂc dỏng cĂ rổ phi nghiản cựu vợi giĂ tr Ho thĐp hỡn He Di truyÃn cừa 17/24 tr½ microsatellite ð dáng c¡ sai kh¡c cõ ỵ nghắa so vợi nh luêt Hardy-Weinberg (P <0,05) Gi¡ trà Fst dao ëng tø 0,012 ¸n 0,025 thº hi»n sü sai kh¡c di truy·n nhä giúa c¡c dáng nghiản cựu Tuy nhiản, kát quÊ phƠn tẵch bián ời phƠn tỷ (AMOVA) th hiằn a dÔng di truyÃn mùc ë ph¥n tû giúa c¡c c¡ thº cịng mët dáng v giúa c¡c c¡ thº vỵi l cao, lƯn lữủt Ôt 36,69% v 61% Kát quÊ nghiản cùu n y cung c§p c¡c thỉng tin di truy·n cõa cĂc dỏng cĂ rổ phi vơn phửc vử cĂc nghiản cựu và lỹa chồn cĂc quƯn n cĂ bố mà thẵch hủp ữa vo chữỡng trẳnh chồn giống tiáp theo
1 °t V§n ·
C¡ rỉ phi l ối tữủng thừy sÊn nữợc ngồt quan trồng trản thá giợi v Viằt Nam Chồn giống cĂ rổ phi  thỹc hiằn tứ rĐt sợm, nhữ chồn giống cĂ rổ phi sinh trững nhanh, chu lÔnh, v mu sưc Thổng thữớng, trữợc thỹc hiằn chữỡng trẳnh chồn giống, tẳm hiu c im di truyÃn cừa cĂc quƯn n ban Ưu l cƯn thiát v s gõp phƯn phửc vử cổng tĂc lai tÔo cõ hiằu quÊ
Cho án nay, Â cõ khổng ẵt nghiản cựu sỷ dửng ch th microsatellite Ănh giĂ a dÔng di truy·n tr¶n c¡ rỉ phi Hassanien & Gilbey (2005) nghi¶n cựu a dÔng di truyÃn cừa quƯn n cĂ rổ phi vơn (Oreochromis niloticus) qua phƠn tẵch kiu gen cừa ch th microsatellite Kát quÊ cho thĐy cĂc ch¿ n y r§t húu hi»u ¡nh gi¡ a dÔng v ựng dửng chồn lồc cĂc tẵnh trÔng chồn giống mong muốn Bản cÔnh õ, Boris & ctv (2011) ¢ sû dưng microsatellite (UNH106, UNH222, UNH172, UNH123 v UNH216) nghi¶n
cùu °c iºm di truy·n cõa c¡ rỉ phi en (O mossambicus) v ¢ chån låc ữủc cĂc n cĂ vêt liằu ban Ưu cho chồn giống
é Viằt Nam, viằc phƠn tẵch a dÔng di truyÃn sỷ dửng ch th microsatellite  ữủc thỹc hi»n tr¶n mët sè n c¡ rỉ phi Nghi¶n cùu sû döng 04 ch¿ microsatellite ¡nh gi¡ 16 tê hủp lÔi tứ dỏng cĂ rổ phi vơn (dỏng Th¡i Lan, i Loan, Israel v dáng c¡ chån gièng NOVIT-4),  lỹa chồn 5/16 tờ hủp lai hẳnh thnh vêt liằu ban Ưu phửc vử chồn giống cĂ rổ phi (Tran & ctv., 2013) Bản cÔnh õ, Nguyen & ctv (2014) ¢ sû dưng ba dáng c¡ rỉ phi GIFT, i Loan v NOVIT4 l m vªt li»u ban ¦u º chån gièng c¡ câ kh£ n«ng chàu m°n (15 - 20 ppt) Sau th¸ h» chån låc, giĂ tr chồn giống cho tẵnh trÔng trồng lữủng tông dao ëng tø 1,1 - 1,6
(3)nh luêt Mendel Vẳ vêy, hiằu quÊ v chẵnh xĂc cừa nhỳng php tẵnh di truyÃn quƯn th dỹa trản ch th ny so vợi mởt số ch th phƠn tỷ khĂc ữủc tông lản V trẵ cừa microsatellite cõ th dng xĂc nh bơng PCR tứ mởt lữủng DNA rĐt nhọ é cĂ, mởt microsatellite ữủc tẳm thĐy trản mội 1,87 kb cừa DNA Bản cÔnh õ, vợi số lƯn lp lợn (10), trẳnh tỹ lp lÔi thữớng ỡn giÊn
(2 - nucleotide), microsatellite  v ang ữủc sỷ dửng nhiÃu nuổi trỗng thừy s£n (Deepak & ctv., 2017)
Nghi¶n cùu n y ¡nh giĂ a dÔng di truyÃn dỏng cĂ rổ phi vơn dỹa trản ch th microsatel-lite theo cĂc nghiản cùu cõa Hassanien & Gilbey (2005) v Boris & ctv (2011) Kát quÊ nghiản cựu s l cỡ s cho viằc hẳnh thnh quƯn n ban Ưu phửc vử cổng tĂc chồn giống
2 Vêt Liằu v Phữỡng PhĂp Nghiản Cựu 2.1 Vêt liằu nghiản cựu
Mău cĂ rổ phi vơn ữủc thu tứ quƯn n cĂ rổ phi cõ nguỗn gốc khĂc nhau, ang ữủc nuổi giỳ tÔi Trung tƠm chồn giống cĂ rổ phi QuÊng Nam, thuởc Viằn Nghiản cựu Nuổi trỗng Thừy sÊn I (Viằn NCNT Thừy sÊn I), bao gỗm: CĂ rổ phi vơn dỏng NOVIT-4 thá hằ thự 12; CĂ rổ phi vơn chồn giống dỏng GIFT thá hằ thự 13; CĂ rổ phi vơn chồn giống sinh trững nhanh dỏng Trung Quốc v dỏng Philippine
2.2 Phữỡng phĂp nghiản cựu
2.2.1 Thu mău
Mău vƠy ngỹc ữủc thu tø qu¦n n c¡ rỉ phi (30 c¡ thº/qu¦n n), bÊo quÊn cỗn 98% v vên chuyn và thẵ nghiằm Sinh hồc phƠn tỷ, Trung tƠm Cổng nghằ sinh hồc Thừy sÊn, Viằn Nghiản Cựu Nuổi Trỗng Thừy SÊn I Mău ữủc giỳ 40C cho án phƠn tẵch.
2.2.2 TĂch chiát DNA
DNA tờng số ữủc tĂch chiát theo phữỡng phĂp cừa Sambrook & Russell (2001) DNA têng sè ÷đc kiºm tra ành tẵnh bơng cĂch iằn di trản thÔch agarose 0,8% dung dch ằm TBE 1ì, dữợi hiằu iằn thá 120 V, 60 mA, 30 phút
Nỗng v tinh sÔch cừa DNA tờng số ữủc xĂc nh bơng mĂy Nanodrop 2000C Lữủng DNA mội lƯn o l 1àL DNA ữủc coi l sÔch protein
v RNA náu câ c¡c ch¿ sè nh÷ sau: OD260/280 = 1,8 - 2,0; OD260/230 = 1,8 - 2,2
2.2.3 Tèi ÷u ph£n ùng PCR
Lüa chån ch¿ microsatellite: Trong nghi¶n cùu n y, chóng tỉi lüa chån ch¿ microsatel-lite: UNH136, UNH104, UNH203, UNH103, UNH995, GM139 (B£ng1) C¡c ch¿ th ữủc lỹa chồn dỹa vo kát quÊ cừa cĂc nghiản cựu trữợc Ơy, tẵnh a hẳnh cừa cĂc ch th v khổng cõ sỹ sai khĂc vợi quy luêt di truy·n Hardy-Weinberg Tèi ÷u ph£n ùng PCR: Ph£n ùng PCR ữủc tối ữu dỹa vo quy trẳnh cừa bở kit 2ì Master
mix (Thermo Scientific) Thnh phƯn phÊn ựng th tẵch 25 àL gỗm: àL (50 - 100 ng) DNA khn; µL PCR Master; àL 10ì
mội loÔi v 17àL dd H2O khỷ trũng PhÊn ựng ữủc tián hnh trản mĂy PCR Mastercycler proS (Eppendorf) vỵi c¡c i·u ki»n cõa ph£n ùng nhữ sau: bián tẵnh sủi khuổn 940C phót; 35 chu ký (940C 30 gi¥y, Ta (0C) 45 gi¥y, 720C phót); 720C 10 v giú ð 40C Tuy nhi¶n, c¡c i·u ki»n trản s ữủc iÃu chnh tối ữu phũ hủp vợi nhiằt gưn cừa tứng cử th phử thuởc vo c tẵnh cừa v ữủc trẵch dăn BÊng1
2.2.4 PhÊn ựng phƠn tẵch oÔn
PhƠn tẵch oÔn ữủc thỹc hiằn trản hằ thống phƠn tẵch di truyÃn a nông GenomeLab GeXP (Beckman Coulter) SÊn phâm PCR ữủc pha loÂng theo t lằ àL sÊn phâm PCR vợi àL nữợc tinh khiát Chuân b dung dch hộn hủp cho mău phƠn tẵch oÔn bao gỗm: 240àL SLS (Solu-tion Loading Sample) v 2àL Size Standard 600, trởn Ãu Sau õ lĐy 29 àL dung dch hộn hủp vo mội giáng trản ắa mău Thảm 1àl sÊn phâm PCR Â ữủc pha loÂng vo mội giáng, trởn Ãu Thảm giồt dƯu lản trản mội giáng chựa mău 2.2.5 PhƠn tẵch số liằu
(4)B£ng Ch¿ microsatellite sû dửng Ănh giĂ a dÔng di truy Ãn cĂ rổ phi vơn Mỗi Trẳnh tỹ (5'-3') Kiu lp Ta ( 0C) Kẵc h th ữợ c dỹ kián (b p) Sè hi»u GenBank T¡c gi£ UNH136 F: TGTGA GAA TTCA CA TA TCA CT A (CA) n 44,8 173 G12288.1 Uk en ye & ctv., 2016 R: TA CTCCA GTGA CTCCTGA UNH104 F: GCA GTT A TTTGTGGTCA CT A (CA) n 43,7 138 -189 G12257.1 Cnaani & K oc her, 2008 R: GGT A TA TGTCT AA CTGAAA T CC UNH203 F: CA CAAA GA TGTCT AAA CA TGT (CA) n 43,4 103 G12354.1 Fesseha ye & ctv., 2006 R: GAA TTTGA CA GTTTGTTGTTT A C UNH995 F: CCA GCCC TCTGCA TAAA GA C (CA) n 52,6 137 -236 G68274.1 Carleton & ctv., 20 02 R: GAA TTTGA CA GTTTGTTGTTT A C GM139 F: GTGGGA TCT A CCAA GAA GA G (GT) n 48,2 155 -267 BV005327.1 Cnaani & K oc her, 200 R: TTTGA GT AA CCA CCCT AA CA C UNH103 F: CAA TGTCCA TCCTTCCT (CA) n 45,8 171 -260 G12256.1 Lee & ctv., 2005 R:CTGTCTGA CTGCAAA TGT AA
truy·n qua ch¿ sè FST v kho£ng cĂch di truyÃn cừa cĂc quƯn n ữủc kim nh bơng phƠn tẵch AMOVA trản phƯn mÃm Arlequin 3.1 (Excoffier & ctv., 1992)
3 Kát QuÊ v ThÊo Luên 3.1 K¸t qu£ DNA têng sè
K¸t qu£ kiºm tra nh lữủng DNA (Hẳnh 1) cho thĐy cĂc mău DNA tờng số cõ nỗng dao ởng khoÊng 60 ng/àL án 3.108 ng/àL Nỗng DNA khĂc l chĐt lữủng v lữủng mău Ưu vo khĂc T l» OD260/280 v OD260/230 cõa t§t c£ c¡c mău Ãu dao ởng khoÊng cho php l 1,8 án 2,2; chựng tọ DNA khổng lăn tÔp protein v RNA Kát quÊ iằn di (Hẳnh 2) Ãu cho cĂc b«ng DNA s¡ng rã, £m b£o tèt cho ph£n ùng khuách Ôi DNA (PCR)
Hẳnh Kát quÊ nh lữủng v kim tra tinh sÔch cừa DNA tờng số mău TQ-5 (Trung Quốc-5)
Hẳnh Kát quÊ iằn di DNA tờng số mău cĂ rổ phi dỏng GIFT tr¶n gel agarose 0,8%
(5)3.2 Tối ữu phÊn ựng PCR
Kát quÊ tối ữu PCR cho thĐy cho vÔch sĂng, ró n²t v khỉng câ s£n ph©m phư S£n ph©m PCR cõ kẵch thữợc nơm khoÊng 100-300 bp v phũ hủp vợi kẵch thữợc dỹ kián cĂc nghiản cựu trữợc Ơy cừa Kocher & ctv (1998); Pham & Quyen (2008); Nguyen & Luu (2013) Theo â s£n ph©m PCR GM139 v cĂc UNH104, UNH103, UNH995, UNH136, UNH203 kẵch thữợc nơm khoÊng nhữ ữủc trẳnh by B£ng1v minh håa ð H¼nh 3v 4
H¼nh H¼nh Ênh iằn di sÊn phâm PCR khuách Ôi bơng ch th GM139 trản gel agarose 2%
Giáng 110: sÊn phâm PCR dỏng GIFT; Giáng 11 -18: sÊn phâm PCR dáng Trung Quèc; M: ladder 100 bp
H¼nh Kát quÊ iằn di sÊn phâm PCR vợi huýnh quang trản gel agarose 2%
Giáng M: ladder 100 bp; Giáng 1,2: sÊn phâm PCR UNH 104; Giáng 3,4: sÊn phâm PCR UNH 103; Giáng 5,6: sÊn phâm PCR UNH 995; Giáng 7,8: sÊn phâm PCR UNH 136; Giáng 9: sÊn phâm PCR UNH 203
3.3 Kát quÊ phƠn tẵch oÔn trản hằ thống GenomeLab GeXP
Nghiản cựu  xĂc nh ữủc kẵch thữợc cĂc alen cừa tứng v trẵ microsatellite mău phƠn tẵch
v ữủc biu th bơng hẳnh Ênh tẵn hiằu ỗ Hẳnh Ênh tẵn hiằu ỗ ró nt v khổng nhiạu ối vợi cĂc cĂ th ỗng hủp s quan sĂt ữủc nhĐt nh tẵn hiằu ỗ Ngữủc lÔi, vợi cĂc cĂ th d hủp s quan sĂt ữủc nh cừa tẵn hiằu ỗ riảng r tữỡng ựng vợi alen tĂch biằt (Hẳnh5)
3.4 a dÔng di truyÃn cừa cĂc quƯn n cĂ rổ phi vơn
3.4.1 a hẳnh cĂc locus microsatellite (SSR)
ãTƯn số alen v a dÔng cừa alen
K¸t qu£ locus microsatellite (B£ng 2) nghiản cựu Ãu th hiằn tẵnh a hẳnh cao vợi tờng cởng 51 alen ữủc xĂc nh, kẵch thữợc dao ëng tø 100 - 300 bp Trong â, locus GM139 v UNH995 cõ tẵnh a hẳnh alen cao nhĐt vợi sỹ xuĐt hiằn tữỡng ựng 14 alen v 11 alen; ẵt nhĐt l alen tÔi locus UNH136 Nhẳn chung, sè l÷đng alen cõa tøng locus SSR l nhi·u hỡn so vợi cĂc nghiản cựu trữợc Ơy trản cĂ rổ phi nữợc Cử th, số alen tÔi locus UNH104 nghi¶n cùu cõa Pham & Quyen (2008) l alen, nghi¶n cùu cõa Nguyen & Luu (2013) l alen trản cĂ rổ phi vơn
Bản cÔnh cĂc alen xuĐt hiằn vợi tƯn số cao, cõ mởt số alen hiám, xuĐt hiằn vợi tƯn số thĐp Cử th, tÔi locus UNH995, alen 172; alen 160 v alen 186 ch xuĐt hiằn tữỡng ựng quƯn n NOVIT-4, Trung Quèc v Philippin Sü kh¡c bi»t n y cõ th cĂc chữỡng trẳnh chồn giống; nhữ chồn giống sinh trững, chu lÔnh trản dỏng NOVIT-4; chồn giống sinh trững nhanh trản dỏng Philippin v Trung Quốc  xuĐt hiằn nhỳng alen mợi khĂc biằt vợi cĂc quƯn n chồn giống ban Ưu th hiằn sỹ thẵch nghi vợi iÃu kiằn mổi trữớng Bản cÔnh õ, cõ th quĂ trẳnh ởt bián, tĂi tờ hủp, trổi dÔt di truyÃn v chồn lồc tỹ nhiản Vợi tƯn số xuĐt hiằn rĐt thĐp quƯn n, cĂc alen ny cõ th dng mĐt i náu khổng cõ sỹ lai tÔo trẳ hoc cụng cõ th tÔo ữu thá lai cho thá hằ sau náu tiáp tưc chån låc Sü xu§t hi»n cõa c¡c alen câ tƯn số thĐp tĐt cÊ cĂc locus phƠn tẵch cụng xuĐt hiằn nghiản cựu cừa Bui & ctv (2011)
ãMực a hẳnh cừa mội locus, PIC
(6)(7)Hẳnh Kát quÊ phƠn tẵch oÔn locus UNH995 (trĂi) v locus GM139 (phÊi) trản hai mău cĂ rổ phi dỏng GIFT (G11 v G12)
<PIC<0,5 l câ mùc ë a h¼nh trung b¼nh; v PIC<0,25 l mùc ë a h¼nh nhä Trong nghi¶n cùu n y, ch¿ sè PIC dao ëng kho£ng 0,6 -0,8; trung b¼nh l 0,68; locus câ mực a hẳnh cao v ch nhĐt locus UNH136 câ mùc ë a h¼nh nhä (dao ëng tø - 0,1); câ thº locus n y câ mùc a dÔng alen thĐp (ch cõ mởt án ba alen qu¦n n) Do â, locus UNH103, UNH104, UNH203, UNH995 v GM139 phị hđp º sû dưng Ănh giĂ c im a dÔng di truyÃn quƯn th v x¡c ành sü kh¡c bi»t v· di truy·n Sun & ctv (2015)  nghiản cựu trản tờng số 120 ch¿ SSRs, ph¡t hi»n 18 locus câ t½nh a hẳnh cao (giĂ tr PIC trung bẳnh l 0,5) ữủc chồn thỷ nghiằm tữỡng quan vợi khÊ nông sinh trững mởt loi cĂ bin (Mandarin fish) Trong nghiản cựu Ănh giĂ a dÔng cĂc quƯn n cĂ rổ phi tÔi tnh QuÊng ChƠu, Trung Quốc  sỷ dửng 10 locus microsatallite, â locus microsa-tallite câ mùc ë a h¼nh locus cao v 02 locus câ mùc ë a h¼nh locus vøa ph£i v c£ 10 locus ny Ãu ữủc chồn Ănh giĂ a dÔng di truy·n c¡c qu¦n n rỉ phi, â câ locus UNH995 (Gu & ctv., 2014)
3.4.2 a dÔng di truyÃn cừa quƯn th
ãTẵnh d hủp tỷ
B£ng2cho th§y, t§t c£ c¡c locus ð dáng c¡ rỉ phi ·u câ sü thi¸u hưt dà hđp tû mong ñi, gi¡ trà dà hñp tû quan s¡t (Ho) th§p hìn gi¡ trà dà hđp tû mong (He) Cư thº, gi¡ trà Ho trung b¼nh cõa dáng GIFT, Trung Quốc, Philippine v NOVIT4 lƯn lữủt l 0,56; 0,49; 0,54; 0,54 tữỡng ựng vợi giĂ tr He trung bẳnh l 0,64; 0,67; 0,67; 0,68 Sü thi¸u hưt dà hđp tỷ thữớng xuyản ữủc à cêp cĂc nghiản cựu trản ối tữủng thừy sÊn qua phƠn tẵch kiu gen b¬ng ch¿ microsatellite (Launey &
ctv., 2001) i·u ny cõ th giÊi thẵch giao phối cên huyát cĂc chữỡng trẳnh chồn giống, nản xuĐt hiằn cĂc alen ln Sỹ xuĐt hiằn cừa cĂc alen cƠm hay lội phÊn ựng khuách Ôi cụng cõ th l nguyản nhƠn (Cruz & ctv., 2004) CĂc giĂ tr Ho v He nghiản cựu ny tữỡng ữỡng so vợi nghi¶n cùu cõa Pham & Quyen (2008) xem x²t sỹ bián ời di truyÃn cừa cĂc quƯn n cĂ rỉ phi v¬n dáng GIFT, i Loan v Vi»n sỷ dửng cp UNH216; UNH104; UNH124 v IGF - MS03 (gi¡ trà Ho, He dao ëng t÷ìng ùng 0,64 - 0,69; 0,56 - 0,83)
ãHằ số cên huyát
Lai cên huyát l viằc sinh tứ viằc lai tÔo cừa cĂc cĂ th hoc sinh vêt cõ quan hằ gƯn gụi và mt di truyÃn Hằ số cên huyát (Fis) l xĂc suĐt hai alen ð b§t ký locus n o gièng h»t cõ nguỗn gốc tứ mởt tờ tiản chung GiĂ tr Fis dao ởng tứ án Fis bơng cõ nghắa quƯn th ang trÔng thĂi cƠn bơng Hardy-Weinberg hay nâi c¡ch kh¡c l qu¦n thº khỉng câ giao phối hay lai cên huyát Fis<0 trữớng hủp câ qu¡ nhi·u dà hđp tû quan s¡t ÷đc (Ho) (Wright, 1950; Kincaid, 1983) Trong nghi¶n cùu n y, gi¡ trà Fis trung b¼nh tø locus cõa dáng c¡ rổ phi nhẳn chung l thĐp, cõ nghắa l mực cên huyát thĐp CĂc giĂ tr Fis lƯn lữủt l 0.117 (dáng GIFT); 0.153 (dáng Philippin); 0.163 (dáng NOVIT4) v 0.219 (dỏng Trung Quốc) (BÊng3)
ãCƠn bơng Hardy-Weinberg (HW)
(8)B£ng H» sè sai kh¡c di truy·n (FST) giúa c¡c dáng c¡ ræ phi v¬n
GIFT Trung Quèc Philippine NOVIT
0,000 GIFT
0,025 0,000 Trung Quèc
0,018 0,012 0,000 Philippine
0,016 0,018 0,016 0,000 NOVIT
B£ng Kát quÊ phƠn tẵch phữỡng sai phƠn tỷ (AMOVA) cừa cĂc quƯn n nghiản cựu dỹa trản dỳ liằu cừa locus microsatellite
Nguỗn bián ởng tỹ Tờng bẳnhphữỡng Thnh phƯnbián ởng PhƯn trômbián ởng
Giúa c¡c qu¦n n 6,042 0,01704 Va 2,31
Giúa c¡c c¡ thº mët qu¦n n 116 115,00 0,27069 Vb 36,69
Giúa c¡c c¡ thº 120 54,000 0,45000 Vc 61,00
Têng 239 175,042 0,73773
t¦n sè alen l°n, t¦n sè cõa c¡c thº mang v Ănh giĂ di truyÃn thá hằ sau cừa quƯn n Theo Nei (1978), lÔc dỏng di truyÃn, giao phối cên huyát, cĂch ly a lỵ cõ th l mởt nhỳng nguyản nhƠn dăn án khổng cƠn bơng di truyÃn cừa mởt quƯn n Trong nghiản cựu ny, locus UNH136 cõ mực a hẳnh cĂc alen thĐp, mực d hủp tỷ thĐp cõ th l nguyản nhƠn lm mĐt cƠn bơng HW é locus UNH995 v GM 139 Ãu xuĐt hiằn nhỳng alen cõ tƯn số rĐt thĐp Nhỳng alen ny cõ th dng mĐt i náu khổng cõ cĂch thực trẳ v quÊn lỵ tốt Viằc lai tÔo giỳa cĂc dỏng cĂ rổ phi cõ nguỗn gốc khĂc l mởt giÊi phĂp hỳu hiằu giúp trẳ a dÔng alen v cõ th phửc hỗi mởt phƯn sỹ a dÔng di truyÃn mĐt i cụng nhữ hÔn chá mực cên huyát nhữ à xuĐt cừa Freitas & ctv (2007) v Zou & ctv (2015) Tẳnh trÔng mĐt cƠn bơng HW cừa c¡c dáng c¡ rỉ phi chån gièng cơng ÷đc · cêp nghiản cựu cừa Bui & ctv (2011) trản cĂ rổ phi ọ, vợi tĐt cÊ cĂc dỏng trản tĐt cÊ cĂc locus nghiản cựu Ãu lằch khọi nh luêt HW
ãQuan hằ di truyÃn v hằ số sai kh¡c di truy·n
(FST)
Sü kh¡c bi»t và di truyÃn cĂc quƯn th thữớng ữủc Ănh giĂ düa tr¶n kho£ng c¡ch di truy·n giúa chóng (Nei, 1987; Laval & Claude, 2002) v h» sè sai kh¡c di truy·n FST cõa Wright (1969)
Theo Nei (1972) n¸u gi¡ trà FST <0,05 ÷đc cho l sai kh¡c di truy·n nhä; 0,05<FST<0,15 ÷đc cho l sai kh¡c di truy·n trung bẳnh v FST>0,15
ữủc cho l sai khĂc di truy·n rã r»t
B£ng3cho th§y gi¡ trà FST dao ëng tø 0,012
¸n 0,025; khỉng câ sü sai khĂc di truyÃn lợn
giỳa cĂc quƯn n nghiản cựu QuƯn n Trung Quốc v Philippin cõ quan hằ di truyÃn gƯn gụi hỡn so vợi cĂc quƯn n cỏn lÔi Kát quÊ bĂo cĂo cừa Bui & ctv (2011) sû döng microsatel-lite (OM02; OM05; UNH216; UNH231; UNH159; UNH172) cơng cho th§y gi¡ trà FST khỉng câ sỹ
khĂc biằt di truyÃn cõ ỵ nghắa giỳa dáng c¡ rỉ phi nghi¶n cùu Theo Freitas & Galetti (2005) v Refstie & Gjedrem (2005) nh¥n gièng dỹa vo kiu hẳnh v giao phối cên huyát  gõp phƯn thúc ây Ăng k tÔo nản sỹ tữỡng çng di truy·n giúa c¡c qu¦n thº
AMOVA l mët ph÷ìng ph¡p º ph¡t hi»n mùc ë kh¡c bi»t di truy·n giúa c¡c qu¦n thº kh¡c sû dưng cĂc ch th phƠn tỷ (Excoffier & ctv., 1992) Kát quÊ phƠn tẵch AMOVA (BÊng
4) cho thĐy, a dÔng di truyÃn mực phƠn tỷ cao giỳa cĂc c¡ thº cịng mët qu¦n n (36,69%) v giúa cĂc cĂ th vợi (61,00%) Mực a dÔng giỳa quƯn th cĂ rổ phi vơn tữỡng ối th§p (2,31%) i·u n y cho th§y khỉng câ c§u tróc quƯn th ró rng quƯn n nghiản cựu v hƯu nhữ khổng cõ sỹ bián ời di truyÃn trản cĂc locus ữủc khÊo sĂt Kát quÊ cừa nghiản cựu ny tữỡng ỗng vợi kát quÊ cừa Eguia & ctv (2004) v Boris & ctv (2011) trản quƯn th c¡ rỉ phi v¬n v c¡ rỉ phi ä chån gièng câ kh¡c bi»t di truy·n th§p
(9)vơn nghiản cựu Kát Luên
Trong nghi¶n cùu n y locus (UNH103, UNH104, UNH203, UNH995 v GM139) cõ tẵnh a hẳnh cao vợi tờng số alen l 7-14 alen, mùc ë a h¼nh c¡c locus cao (ch¿ sè PIC trung b¼nh l 0,6) Mët sè alen hiám xuĐt hiằn tƯn số thĐp dỏng cĂ NOVIT-4, Trung Quèc v Philippin Sü sai kh¡c di truy·n cõa qu¦n n c¡ rỉ phi khỉng rã r»t, h» sè sai kh¡c di truy·n nhä Bèn dáng c¡ ræ phi ·u câ sü thi¸u hưt dà hđp tû ð t§t c£ c¡c locus gi¡ trà dà hđp tû quan s¡t (Ho) nhä hìn gi¡ trà dà hđp tû mong ủi (He) Kát quÊ phƠn tẵch AMOVA th hiằn a dÔng di truyÃn mực phƠn tỷ giỳa c¡c c¡ thº cịng mët qu¦n n v giúa cĂc cĂ th vợi l cao Nhữ vêy, quƯn n cĂ rổ phi vơn sỷ dửng nghiản cựu ny Ãu cõ tẵnh a dÔng di truyÃn mực trung bẳnh v chảnh lằch khổng Ăng k K¸t qu£ n y l cì sð khoa håc v· di truy·n phưc vư c¡c nghi¶n cùu v· chån dáng c¡ bố mà thẵch hủp chữỡng trẳnh chồn giống
Lới CĂm èn
Nghiản cựu ny ữủc thỹc hiằn dữợi sỹ hộ trủ kinh phẵ tứ à ti cĐp Bở Nghiản cựu chồn giống nƠng cao tốc tông trững cừa cĂ rổ phi vơn Oreochromis niloticus Bở Nổng nghi»p v Ph¡t triºn Næng thæn Nhâm t¡c gi£ xin ch¥n th nh c£m ìn Trung t¥m chån gièng c¡ rỉ phi QuÊng Nam  hộ trủ thu mău cĂ chóng tỉi ho n th nh nghi¶n cùu n y
T i Li»u Tham Kh£o (References)
Boris, B R., Xenia, C O., & Marcela, S V (2011) Ge-netic diversity of six populations of red hybrid tilapia, using microsatellites genetic markers Revista MVZ Cârdoba 16(2), 2491-2498
Botstein, D., White, R L., Skolnick, M., & Davis, R W (1980) Construction of a genetic linkage map in man using restriction fragment length polymorphisms American Journal of Human Genetics 32(3), 314-331 Bui, T L H., Le, C., Nguyen, D., & Trinh, Q T (2011) Genetic diversity of Red Tilapia (Oreochromis spp) by microsatellite Collection of 35 years of Research In-stitute for Aquaculture No.2 Ha Noi, Vietnam: Agri-cultural Publishing House
Carleton, K L., Streelman, J T., Lee, B Y., Garnhart, N., Kidd, M., & Kocher, T D (2002) Rapid isolation of CA microsatellites from the tilapia genome Animal Genetics 33(2), 140-144
Cnaani, A., & Kocher, T D (2008) Sex-linked mark-ers and microsatellite locus duplication in the cichlid species Oreochromis tanganicae Biology letters 4(6), 700-703
Cruz, A M., Mills, K., Rodriguez, F., Schoua, C., Yur-rita, M M., Molina, E., Palmieri, M., & Black, W C (2004) Gene flow among Anopheles albimanus populations in Central America, South America, and the Caribbean assessed by microsatellites and mito-chondrial DNA The American Journal of Tropical Medicine and Hygiene 71(3), 350-359
Deepak, J., Ram, R N., & Pushpa (2017) Microsatellite markers and their application in fisheries International Journal of Advances in Agricultural Science and Tech-nology (10), 67-104
Eguia, M R., Ikeda, M., U Basiao, Z., & Taniguchi, N (2004) Genetic diversity in farmed Asian Nile and red hybrid tilapia stocks evaluated fro microsatellite and mitochondrial DNA analysis Aquaculture 236(1),131-150
Excoffier, L E., Smouse, P., & Quattro, J (1992) Analy-sis of molecular variance inferred from metric distances among DNA haplotypes: Application to human mito-chondrial DNA restriction Data Genetics 131(2), 479-491
Fessehaye, Y., Elbialy, Z., Rezk, M A., Crooijmans, R P., Bovenhuis, H., & Komen, H (2006) Mating systems and male reproductive success in Nile Tilapia (Ore-ochromis niloticus) in breeding hapas: A microsatellite analysis Aquaculture 256(1),148-158
Freitas, P D., & Galetti, P M (2005) Assessment of the genetic di-versity in five generations of a commer-cial broodstock line of Litopenaeus vannamei shrimp African Journal of Biotechnology 4, 1362-1367 Freitas, P D., Calgaro, M R., & Galetti Jr, P M (2007)
Genetic diversity within and between broodstocks of the white shrimp Litopenaeus vannamei (Boone, 1931) (Decapoda, Penaeidae) and its implication for the gene pool conservation Brazilian Journal of Biology 67(4), 939-943
Gu, D., Mu, X., Song, H., Luo, D., Xu, M., Luo, J., & Hu, Y C (2014) Genetic diversity of invasive Oreochromis spp (tilapia) populations in Guangdong province of China using microsatellite markers Biochemical Sys-tematics and Ecology 55, 198-204
Hassanien, H A., & Gilbey, J (2005) Genetic diversity and differentiation of Nile tilapia (Oreochromis niloti-cus) revealed by DNA microsatellites Aquaculture Re-search 36(14), 1450-1457
Kincaid, H L (1983) Inbreeding in fish populations used for aquaculture Aquaculture 33(1), 215-227
(10)Launey, S., Barre, M., Gerard, A., & Naciri-Graven, Y (2001) Population bottleneck and effective size in Bonamia ostrea-resistant populations of Ostrea edulis as inferred by microsatellite markers Genet Res 78(3), 259-270
Laval, G., & Claude, C (2002) Measuring genetic dis-tances between breeds: Use of some disdis-tances in var-ious short term evolution models Genetics Selection Evolution 34(4), 481-507
Lee, B Y., Lee, W J., Streelman, J T., Carleton, K L., Howe, A E., Hulata, G., Slettan, A., Stern, J E., Terai, Y., & Kocher, T D (2005) A second-generation genetic linkage map of tilapia (Oreochromis spp.) Ge-netics 170(1), 237-244
Liu, Z J., & Cordes, J F (2004) DNA marker tech-nologies and their applications in aquaculture genetics Aquaculture 238(1), 1-37
Nei, M (1987) Molecular Evolutionary Genetics New York, USA: Columbia University Press
Nei, M (1978) Estimation of average heterozygosity and genetic distance from a small number of individuals Genetic 89(3), 585-590
Nei, M (1972) Genetic distance between population American Naturalist 106, 283292
Nguyen, H N., & Luu, T H G (2013) Genetic study of microsatellite markers on hybrid tilapia producing all male fish Journal of Agriculture and Rural Develop-ment 2, 71-76
Nguyen, H N., Ngo, P T., Knibb, W., & Nguyen, H N (2014) Selection for enhanced growth performance of Nile tilapia (Oreochromis niloticus) in brackish water (1520ppt) in Vietnam Aquaculture 428-429, 1-6 Peakall, R & Smouse P E (2006) GENALEX 6:
ge-netic analysis in Excel Population gege-netic software for teaching and research Molecular Ecology Notes 6(1), 288-295
Pham, T A., & Quyen, T D (2008) Comparison of microsatellite polymorphism on Prl-1 promoter gene and growth in tilapia (Oreochromis niloticus) cultured in salt water Journal of Science and Development VI(4), 348-352
Refstie, T., & Gjedrem, T (2005) Reproductive traits in aquatic animals In: Gjedrem T (Ed.) Selection and breeding programs in aquaculture Dordrecht, Nether-lands: Springer
Sambrook, J., & Russell, D (2001) Molecular cloning: A laboratory manual New York, USA: Cold Spring Harbor Laboratory Press
Shete, S., Tiwari, H., & Elston, R C (2000) On estimat-ing the heterozygosity and polymorphism information content value Theoretical Population Biology 57(3), 265-271
Sun, L., Li, J., Liang, X., Yi, T., Fang, L., Sun, J., & Yang, M (2015) Microsatellite DNA markers and their correlation with growth traits in mandarin fish (Siniperca chuatsi) Genetics and Molecular Research 14(4), 19128-19135
Tran, H T T., Vu, T T., Nguyen, T H., & Nguyen, H N (2013) Assessment of genetic characteristics for tilapia combinations (Oreochromis niloticus) by mi-crosatellite markers National Biotechnology Confer-ence (854-858) Ha Noi, Vietnam
Ukenye, E A., Taiwo, I A., Oguntade, O R., Oketoki, T O., & Usman, A B (2016) Molecular characterization and genetic diversity assessment of Tilapia guineensis from some coastal rivers in Nigeria African Journal of Biotechnology 15(1), 20-28
Wright, S (1969) Evolution and the genetics of popula-tions, volume 2: The theory of gene frequencies Uni-versity of Chicago Press
Wright, S (1950) Genetic structure of populations British Medical Journal 2(4669), 36-36
www.jad.hcmuaf.edu.vn