DSpace at VNU: Đa dạng di truyền một số giống lợn nội tại Việt Nam và châu âu dựa trên chỉ thị

DSpace at VNU: Đa dạng di truyền một số giống lợn nội tại Việt Nam và châu âu dựa trên chỉ thị tài liệu, giáo án, bài gi...

TAP CHÍ KHOA HOC ĐH Q G HN KHTN & CN T XX s ố 4, 2004 ĐA DẠNG DI T R U Y E N m ộ t s ố G IO N G L Ộ N n ộ i v iệ t n a m v C H Â U Â U D ự A T R Ê N CH Ỉ TH Ị M IC R O SA T E L L IT E N g u y ễ n T h ị D iệu T h ú y Viện Công nghệ S in h học, Viện K hoa học Công nghệ Việt N a m H G e ld e rm a n n Trư ờng Đ ại học H ohenheim , S tu ttg a r t, G erm any Đ ặ t v â n đ ề Theo tóm t ắ t FAO, 55% số lượng lợn trê n t h ế giới thuộc v ù n g c h â u Á T hái Bình Dương chiếm đến 37% giông thông kê (Scherf, 2000) N h iều n g h iê n cứu đa dạng di tru y ề n tiế n h n h tr ê n giông lợn châu Áu (Laval e t al., 2000, Lem usFlores et al., 2001), T r u n g Quốc (Li e t al, 2000; Fan et al., 2002, Y ang e t al., 2003), H àn Quốc (Kim et al., 2002), dự n n g h iê n cứu lớn đan g tiến h n h đê đ n h giá mức độ đa dạng di tru y ề n củ a 50 giông lợn T r u n g Quốỉc, so s n h với 59 giông lợn c h â u Âu (Blott et al., 2003) Cho đến nay, n g h iê n cứu đa d ạng sinh học giông lợn Việt N a m sử d ụn g phương pháp sin h học p h â n tử r ấ t h p chế Chí thị di tru y ề n (genetic m a rk e r) phương tiện tiện lợi đê đ n h giá mức độ đa h ìn h di truyền giông Chỉ th ị MS, b ả n c h ấ t đa h ìn h cao, tậ p t r u n g p h â n bố toàn hệ gen dễ d n g xác đ ịn h kiểu gen (genotyping), sử d ụ n g rộng rãi nghiên cứu đặc tr n g loài, đa d ạng di tru y ề n qu ần th ể động vật T rong nghiên cứu này, c h ú n g sử d ụ n g 10 M S để đ n h giá mức độ đa h ìn h q u a n h ệ di tru y ề n giông lợn: giông lợn nội V iệt N am th u th ậ p v ù n g địa lý k h c n h a u , giống lợn ngoại nhập vào V iệt N am , giống lợn thương mại châu Âu giơng lợn nòi châu Âu N g u y ê n liệ u v p h n g p h p M áu tin h t r ù n g từ 317 lợn thuộc 11 giông lợn th u từ v ù n g k h c n h a u tống k ết b ả n g B ản g 1: Các thông tin mẫu Giông V ù ng lấy m ẫ u S ố lượng Loại m ẫu Đực Cái Tổng số Cỏ Con C uông, N ghệ An M áu 13 18 31 Mẹo Q uỳ C h âu , N ghệ An M áu 15 17 32 Ncuyẻn Thị Diệu Thúy, H Gelticrmann Móng Cái Hải Phòng M áu 11 21 32 Mường Khương Mường Khương, Lào Cai M áu 27 32 Tạp Ná Thông Nông, Cao Bằng M áu 12 13 25 Landrace (Việt Nam) H Nội M áu 12 17 Yorkshire (Việt Nam) Hà Nội M áu 20 22 Landrace (Đức) B aden-W ỹrttem berg, Đức M áu/T inh trù n g 26 32 Large W hite (Đức) B aden-W ỹrttem berg, Đức M áu/T inh trù n g 22 30 Pietrain (Đức) B aden-W ỹrttem berg, Đức M áu/T inh trù n g 28 32 European Wild Boar Các vùng khác n h a u Đức M áu 19 13 32 100 217 317 Tơng sơ Đê p h â n tích theo nhóm di truyền, 11 giơng lợn chia làm nhóm dựa trê n cách thu mẫu: nhóm lợn nội Việt N am (VB) bao gồm cỏ, Mẹo, Mường Khương Tạp Ná (lợn Móng Cái khơng xếp vào nhóm Móng Cái th u từ trạ i giơng, tro n g giơng lợn nội khác th u ngẫu nh iên từ hộ gia đình); nhóm lợn ngoại n hập vào Việt Nam (XB) bao gồm Landrace Yorkshire; nhóm lợn ngoại châu Au (EB) gồm có Landrace, Yorkshire P ie tra in Đức ADN gen tách chiết từ m áu tin h trù n g theo A usubel cộng (1995) T rìn h tự mồi 10 MS điều kiện p h ả n ứng PC R trìn h bày b ản g Báng Trình tự mồi điều kiện phản ứng PCR 10 MS Locus MgCL, Ta ỊmM]" ỊOCj,., Mồi xuôi Mồi ngược SWR345 3,0 60 AACAGCTCCGATTCAACCC TACTCAGCCTTAAAAGGAAGGG SW489 3,0 55 CAAGTGTGAAATTTGTGCGG CGAAGTGCTAACTATAAGCAGCA ỈFNG 2.1 58 ATTAGACCCCTAGCCTGGGA GTTGGTCCTGTTCTCCAATAGG SW2019 1,9 60 ATGATGCGAACCTGGAACTC TATGTGTAACTTGGTCCCATCxC TNFB 2.1 60 CTGGTCAGCCACCAAGATTT GGAAATGAGAAGTGTGGAGACC SW1083 3,0 50 CCTTGCTGGCCTCCTAAC CATACTCCAAAATTTCTATGTTGA SW2410 3,0 56 ATTTGCCCCCAAGGTATTTC CAGGGTGTGGAGGGTAGAAG SW957 3,0 54 AGGAAGTGAGCTCAGAAAGTGC ATGGACAAG CTTG GTTTTC c S0215 2.5 58 TAGGCTCAGACCCTGCTGCAT TGGGAGGCTGAAGGATTGGGT SW2427 3,0 60 GCATGTTATTGAGTTGATGTGTAGG TCGGAATTCCAGAAAATTGG h: N ồng độ M gC l,>; 2>: N h iệ t độ bám Tạp chí Khoa học ĐHQGHN K IIT N CN T XX So 2004 Đa claim tỉi tru yon số uiốiìíi lợn nội Việi Nam - P h ả n ứng PCR tiến h n h trê n máy chu trìn h n h iệ t PTC-200 (M J-Research, W atertow n, USA) vối chư trìn h nh iệt bao gồm bước: 92°c - p h ú t 15 giây, 54-60°C-40 giây; 72”C - 45 giây; 92°c -15 giây; 54-60°C - 40 giây; 72°C- 45 giây; lặp lại 32 chu ký từ bước đến bước 6; 92“C - lõ giây; 54-60°C - 40 giây; 72°c - p hú t, giữ 10°c - P h ân tích độ dài MS tiến h n h trê n máy đọc trìn h tự h u ỳ n h q u an g laser tự động (A utom ated Laser Fluorescent DNA-Sequencer, P h a rm a c ia, Freiburg) sử dụng điện di biến tính trê n H ydrolink gel 5% với hệ đệm 0,6x TBE Điện di tiế n h n h 150 phút 1500 V, 50°c Độ dài allele xác định dựa trê n thị độ dài (internal and extern al length marker) - P h â n tích sơ' liệu: sơ' lượng allele hiệu (Effective N um b er of Alleles: ENA) tín h toán theo K im ura Crow (1964), h àm lượng thơng tin đa h ìn h (Polymorphism Inform ation Content: PIC) theo Botstein (1980), chương trìn h p h ầ n mềm BIOSYS-2 (Sherf 2000) sử dụng đê xác định độ dị hợp tử (Heterozygosity), độ lệch so với cân H ardy-W einberg, giá trị F theo W right (1978) khoảng cách di tru y ề n c hu ẩn theo Nei's (1972) K hoảng cách di tru y ề n ch u ẩn sử dụng để xây dựng ph ả hệ (phylogenetic tree) phương p háp ƯPGMA (U nw eighted P a ir Group M ea su re using A rithm etic Averages), giá trị b o otstrap với 1000 lần lấy m ẫu (resam pling) tín h tốn theo BOOTDIST routine K ế t q u ả t h ả o l u ậ n 3.1 M ức đỏ h ìn h M S c ủ a cá c n h ó m ỈỢn P h â n tích kiểu allele (gen) tồn 317 m ẫu với 10 MS cho kết tin cậy Các hiệu ứng ả n h hưởng đến k ết kiểu gen n hư hiệu ứng trư ợ t (slipped effect), hiệu ứng cấu h ình (conformation effect), khuếch đại trội (preferred amplification), khuếch đại vai (shoulder amplification) toàn nghiên cứu dễ dàng n h ậ n ra, thê khơng ánh hướng k ế t p h â n tích Hình kết p h ân tích kiểu gen trê n điện di Hydrolink MS điển hình Hình 1; Kết phân tích kiểu gen locus SW2019 M: Chỉ thị độ dài (length marker) Tạp clti Khoa học ĐHQCÌHN K H I N & CN, T.xx, So 2004 Nguyẻn Thị Diệu Thúy, H Geldermann Kết thôn g sô" đ n h giá mức độ đa hình trìn h bày bảng Theo kết bảng 3, sô" lượng allele locus tính trê n tồn q u ầ n th ê dao động từ locus IFN G có số lượng allele th ấ p n h ấ t (9) đến số lượng allele cao n h ấ t 18 locus T N F B Số lượng allele tru n g bìn h tín h trê n to àn qu ần th ể đ t 14,4 Ở h ầ u h ế t locus, sô' lượng allele p h t nhóm lợn nội Việt N am cao ỏ nhóm lợn lại Chỉ có nhóm lợn nội Việt N am m an g t ấ t allele p h t locus (S W , S W , SW 2410 SW 957) B ảng 3: Đa dạng di truyền theo locus theo nhóm lợn Các thõng sơ’ SW R 345 SW 489 IF N G SW 2019 TN F B SW 1083 SW 2410 SW 957 S0215 SW 2427 Sơ’ lượng allele tru n g bình ENA PIC Ho HẼ NLE Locus F.S F st % locus đa hình VB 14 14 17 17 17 15 12 12,8 6,17 0,78 0,69 0,80 7,00 0,089 0,050 100 XB 8 5,4 2,77 0,50 0,51 0,54 9,00 0,022 0,028 90 Nhóm EB 5 13 6,4 3,31 0,55 0,53 0,58 8,00 0,005 0,097 100 Tông số allele 11 14 10 18 17 17 17 16 15 14,4 VB: Nhóm lợn Việt Nam; XB: Nhóm lợn ngoại nhập vào Việt nam; EB: Nhóm lợn ngoại châu Au; ENA: Sơ" lượng allele hiệu (Effected number of alleles), PIC: Giá trị mang thông tin đa hình (Polymorphism Information Content); H(): Độ dị hợp tử theo thực tế (Observed heterozygosity); HE: Độ dị hợp tử theo lý thuyết (expected heterozygosity); NLE: Sô" lượng locus thuộc cân Hardy*Weinberg F|S: hệ sô' di truyền nội loài (inbreeding coefficient) ! Fst: Khác biệt di truyền giống (genetic differentiation) T ất MS sử d ụ n g đa h ìn h (trừ locus S đơn h ìn h giống lợn ngoại nhập) Số lượng allele tru n g bình tín h trê n tồn 10 MS nhóm lợn nội Việt N a m (12,8) cao gấp lần so vói nhóm lợn châu Âu (6,4) lần so với nhóm lợn ngoại n h ậ p (5,4) Sô' lượng allele tru n g bình giơng lợn châu Âu chúng tơi th u ỏ nghiên cứu tương ứng vối k ế t số allele tru n g bình giơng lợn Mexico (6,8) lợn thương Tạp chí Khoa học ĐHQGHN, K IỈT N & CN r.xx, S ổ 4, 2004 Đa claim di truyền sổ iiiơiiíi lợn nội Việt Nam mại (6,7) theo p h â n tích Lem us-Flores cộng (2001) Theo Fan cộng (2002), SCI lượng allele tr u n g b ìn h giơng lợn nội T ru n g Quốc th u m ẫu tạ i tr a n g trại th ấp (3,7-5,8) Điều n ày phù hợp với kết p h â n tích giơng lợn Móng Cái nghiên cứu này, số allele tr u n g b ình giơng lợn Móng Cái (5,7) th ấ p h ẳ n so với giông lợn nội khác Kết có th ể giải thích là: giơng lợn Móng Cái th u trạ i giơng, nơi có can thiệp chương trìn h chọn giơng theo n hữ n g tín h tr n g mong m uốn (khả n ă n g sinh sản, tăng trọng) th ê mức độ đa d ạng th ấ p giông nội th u m ẫu ngẫu nhiên từ hộ gia đình Giá trị PIC đ n h giá mức độ m ang thông tin thị N ếu số lượng allele locus lớn (tức k h o ả n g p h â n hố tầ n số x u ấ t h iện allele rộng) mức độ m ang thông tin thị cao C ũng n h vậy, n ếu so sá n h q u ầ n thể, q uần th ể có tần sơ' x u ấ t allele n h a u giá trị ENA q u ần thê cao, mức độ đa h ìn h q u ầ n thê cao Giá trị ENA PIC 10 MS ỏ giống lợn nội Việt N am cao h ẳ n so với giông lợn C hâu Âu lợn ngoại nhập Kết th u phù hợp với k ết Li cộng (2000): giông lợn nội T rung Quốc có số lượng allele tru n g bình, giá trị ENA, PIC cao h ẳ n so với giông lợn úc Các k ế t trê n p h ầ n cho th ấ y mức độ đa dạng di tru y ề n cao nhóm lợn nội Theo b ản g 3, độ dị hợp tử theo p h â n tích nhóm th ấ p so với độ dị hợp tử theo tín h tốn lý th u y ế t Tuy nhiên, khác biệt nhỏ đổì với nhóm lợn n h ậ p ngoại lợn C hâu Âu, gicmg lợn nội Việt N am khác biệt tương đơi lớn ỏ sô" lượng locus tu â n theo quy lu ậ t H ardy-W einberg th ấ p n h ấ t (7) Đ iều n ày có th ế k ế t giao phôi cận h u y ế t xảy nhóm lợn Quy lu ậ t H ardy-W einberg th ể mức đồng n h ấ t, ngẫu nhiên, độc lập qu an trọng n h ấ t p h ù hợp tẩ n s u ấ t thực tiễn thư từ thực ng hiệm so với tầ n s u ấ t lý th u y ế t tín h từ quy lu ậ t sinh học Kết trê n úng hộ giả th u y ế t rằ n g suy giảm độ dị hợp tử có th ể k ế t tính đồng d ạn g kích cờ allele m không p h t b ằ n g p h â n tích độ dài đoạn ADN trê n điện di (Makova et al., 2000) Một ví dụ m inh họa cho điều th ê h iện k ế t đọc trìn h tự allele locus S W (khơng trìn h bày ỏ đây) Allele có tầ n số x u ấ t h iện cao 158bp giơng lợn Wild Boar có kích thước n h n g lại có SCI lượng đơn vị lập lại (di repeat unit) 16 cao đơn vị lặp lại Đây k ết việc xóa bp vùng sườn 5'- Nếu so sá n h nhóm , độ dị hợp tử giôYig lợn Việt N am cao nhóm lại Điều n ày gợi ý rằ n g biến đổi di tru v ề n nhóm lợn nội V iệt N am phong p h ú nhóm lợn lại Giá trị F|S đ n h giá mức độ dị hợp tử dao động từ -1 đến +1 Giá trị F IS dương tín h thê suy giảm dị hợp tử (nội phôi - inbreeding) giá trị âm thê h iện dị hợp tử tăng (ngoại phôi - outbreeding) Hệ sơ" nội lồi F IS giơng lợn nội Việt N am cao n h ấ t (0,089), l ạp chí Khoa học ĐHQGHN KHTN CN T.xx, Sổ4 2004 Nguyễn Thị Diệu Thúy, H Geldermann th ấ p n h ấ t giông lợn ch âu Âu (-0,005) Giông lợn nội Việt N am có mức độ nội phơi cao chăn ni ỏ dạng tự do, q trìn h phơi giông h ầ u n h tự nhiên, chưa có can thiệp người Ngược lại, giá trị Fis âm củ a giông lợn c h â u Au th ê tìn h trạ n g ngoại phôi, xu hướng tă n g độ dị hợp tử Giá trị FST nhó m th u n ằ m khoảng 0,05-0,15 thê mức độ khác biệt di tr u y ề n tương đôi giống Đ iều th ú vị giơng lợn châu Âu có giá trị FST cao n hất, tức k h ác b iệ t di tru y ề n giồng tương đôi rõ Đảy dường n h kết q u tr ìn h chọn lọc giơng tro n g ả n h hưởng xu t h ế di tru y ề n (genetic drift) dịch chu yển gen (gene flow) nhỏ, ả n h hưởng yếu tơ' khác lên quỹ gen n h đột biến chọn lọc lớn Kết th u giá trị F trê n phù hợp với thực tế: giông lợn nội Việt N a m th iế u chọn lọc nên k h ác n h a u cá thê lớn n hư n g khác biệt giông lại nhỏ, ngược lại giơng lợn ch âu Au có q trìn h chọn lọc giơng theo nh ữ ng tín h t r n g n h ấ t đ ịn h n ê n khác biệt cá thê nhỏ giông lại có p h â n biệt rõ ràn g 3.2 K h o ả n g c ch d i tru y ê n cà y p h ả h ệ K hoảng cách di tru y ề n tín h theo Nei's (1972) giông lợn xác đ ịn h dựa tầ n số x u ấ t allele, số lượng locus scí lượng allele locus K hoảng cách di truyền nhỏ n h ấ t giừa cặp giông lợn LV v YV (0,06), c o M E (0,10), LV PI (0,07), lớn n h ấ t WB MC (1,98) WB TN h a y M K (1,89) Khi so sán h nhóm k hoảng cách di tru y ề n nhỏ n h ấ t nhó m lợn có nguồn gốc ngoại (XB EB), khoảng cách di tru y ề n lớn n h ấ t (1,96 1,52) p h t h iệ n th â y giừa lợn WB VB hay MC Báng 4: Ma trận khoảng cách di truyền chuẩn theo Nei (1972) giông Giống CO ME MK K hoảng cách di tru y ề n TN LV YV MC LG PI LW CO XXX ME 0,10 XXX MK 0,28 0,30 XXX TN 0,27 0,27 0,24 XXX MC 0,36 0,28 0,53 0,44 XXX LV 0,94 0,62 0,96 0,92 ,8 XXX YV 1,06 0,70 1,18 ,2 1 ,1 0,06 XXX LG 1,20 0,84 1,41 1,37 1,08 0,11 0,11 XXX PI 0,95 0,63 1,03 0,95 0,80 0,07 0,11 0,14 XXX LW ,0 0,70 ,2 ,0 1,03 0,14 ,1 0,25 0,18 XXX WB 1,58 1,25 1,89 1,89 1,97 0,36 0,30 0,30 0,45 0,35 WB XXX Tạp chí Khoa học ĐHQGHN K H T N & CN T.xx, Số4, 2004 Đa claim di imyen mội sỏ íỉiống lợn nội Việt Nam B án g 5: Ma trận khoảng cách di truyền chuẩn theo Nei (1972) giừa nhóm Nhóm VB VB MC XB EB WB MC K hoảng cách di tru y ề n XB WB EB XXX 0,31 0,81 0,85 1,52 XXX 0,96 0,90 1,96 XXX 0,03 0,32 XXX 0,30 XXX CO: Cỏ; ME: Mẹo; MK: Mường Khương; TN: Tạp Ná; MC: Móng Cái; LV: Landrace (VietNam); YV: Yorkshire (VietNam); LG: Landrace (Đức); PI: Pietrain (Đức ); LW: Large White (Đức); WB: Wild Boar; VB: nhóm lợn nội Việt Nam; XB: nhóm lợn ngoại nhập vào Việt Nam; EB: nhóm lợn ngoại châu Au Sử d ụn g k h o ả n g cách di tru y ề n c h u ẩ n (s ta n d a rd genetic distance) theo Nei's (1972) phương p h p U P G M A (U n w e ig h te d Pair-G ro u p M ethod u sin g A rith m etic Averages), phả hệ cho 11 gi ông lợn nhó m di tru y ề n xây dựng có d ạng h ìn h học (topology tree) b iể u h iệ n h ìn h N g uy ên lý phương ph áp kh o ả n g cách di tru yền nhóm so s n h nhóm lại (cluster) Chỉ lớn 60% t r ì n h bày nh án h, n h n h bao gồm theo cặp, nhóm có k h o ả n g cách di tru y ề n nhỏ n h ấ t lầ n lượt n h ữ n g giá trị b oo tstrap (đánh giá mức độ tin cậy p h â n tích) K ết qu ả h ìn h cho th ấ y 11 giông lợn n ghiên cứu p h â n th n h giông lợn nội Việt N am n h n h giông lợn Châu Âu lợn ngoại n h ậ p Các giơng lợn nội V iệt N am có mức độ đồng hợp tử so với giông lợn ngoại t h ế t ấ t c h ú n g có giá trị b o otstrap tương đôi cao (>67%) 12 11 100 97 11 VB MC 100 ị— XB L EB WB ,6 Genetic distance H ìn h Cây phả hệ giông lợn nghiên cứu a) Cây p h ả hệ giông lợn b) Cây p h ả hệ nhóm lợn CO: Cỏ: ME: Mẹo; MK: Mường Khương; TN: Tạp Ná; MC: Móng Cái; LV: Landrace (VietNam); YV: Yorkshire (VietNam); LG: Landrace (Đức); PI: Pietrain (Đức ); LW: Large White (Đức); WB: Wild Boar; VB: nhóm lợn nội Việt Nam (CO ME, MK, TN); XB: nhỏm lợn ngoại nhập vào Việt Nam (LV, YV); EB: nhóm lợn ngoại Châu Âu (LG, PI, LW) ạp chí Klwa học D H Ọ G H N K H T N & C N T.xx S ố 4, 2004 Nmiycn Thị Diệu Thúy, H Gcklcrniann Kết trê n p h ả n n h k hác biệt p h â n bcí địa lý Ví dụ n h giơng lợn c o ME có nguồn gốc từ vùng địa lý cách xa n h a u khoảng 200km thuộc tỉn h Nghệ An, t h ế có q uan hệ gần gũi với nh au , giông lợn MK TN nhóm vào n h n h cù n g có nguồn gốc từ tính tương đơi gần n h a u phía Bắc Việt N am Lào Cai Cao Bằng Giống lợn Móng Cái th u m ẫu T rại giơng Hải Phòng, th ê n ằ m trê n n h n h nhỏ tách biệt với giông lợn nội khác Sơ đồ phả hệ nhóm lợn với giá trị b o otstrap cao (97% trở lên) thê rõ ràn g p h â n hóa di tru y ề n giông nội Việt N am giông lợn ngoại Điều cho th ấ y kết q u ả p h â n tích q uan hệ di tru y ề n giông lợn nội Việt N am nhóm lợn sử d ụ n g 10 MS đ t độ tin cậy cao Giá trị b o o tstrap giông lợn ngoại C h âu Au th ấ p 60% thê p h â n loại d ạn g h ìn h học th iế t lặp chưa hồn tồn xác Do BOOTDIST sử dụng 1000 lần lấy m ẫu th ứ k h o ả n g cách di tru y ền đặc hiệu locus n ên có th ê xem kết số lượng h n ch ế m a rk e r (10 MS) Đê có kết xác đơi vối giông lợn ngoại này, theo cần bô su n g th ê m số lượng MS Nghiên cứu nàv giúp c hú ng ta hiểu p h â n biệt tương đôi đa d ạn g di truyền nguồn gen lợn điều góp p h ầ n hỗ trợ tro n g việc hoạch địn h kê hoạch quốc gia cho bảo tồn sử dụng giông lợn nội Việt Nam K ế t l u ậ n Các k ế t p h â n tích đa h ìn h độ dài 10 MS cho th ấ y giông lợn nội Việt N am (CO, ME, MK, MC TN) có mức độ da h ìn h cao h ẳ n so với giông lợn ngoại n h ậ p vào Việt Nam (LV YV) giông lợn C hâu Âu (LG, LW, P1 WB) th ê h iện sỏ lượng ailele, khoảng p h â n bô' allele, độ dị hợp tử, điều th ể giơng lợn nội V iệt Nam có nguồn gen phong phú Các giơng lợn nội Việt N am có hệ sơ' nội lồi cao giơng lợn ngoại thiếu q uản lý giống, ngược lại khác biệt di tru y ề n giông lợn ngoại cao h ẳ n giơng có chương tr ìn h chọn lọc giơng theo tín h trạ n g kinh t ế n h ấ t định Cây ph ả hệ bộc lộ n h n h p hân biệt có liên q uan đến khác biệt m ặt địa lý: giơng lợn nội Việt N am nhóm lại th n h n h n h n h n h giông lợn n h ậ p ngoại giông lợn châu Au TÀI L IỆ U THAM KHẢO Ausubel, FM, Brent R Kingston RE, Moore DD, Seidman JG, Smith JA, Struhl K Shrort Protocols in Molecular Biology Third Edition, 1995, JohnWiley & Sons, Inc, pp2-7 Bennett p Demystified microsatellites Mol Pathol 53(2000), ppl77-183 Botstein D., White R.L., Skolnick M., and Davis R.w Construction of a genetic linkage map in man using restriction fragment length polymorphisms Am J H um Genet 32 (1980), pp 314-331 Tạp chí Khoa học ĐHQGHN, K ir i'N & CN, T.xx So 2004 Oil dạnii di iruvcii mõi sô iiiỏnu lợn nội Việt Nam Blott S., Andersson L Groenen M.A., SanCristoba M., Chevalet c., Cardellino R., Li H., Li K- Plastow (1 and Halev c Characterization of genetic variation in the pig breeds of China and Europe - The I>ICiHIODIV2 Project Arch Zootec 52 (2003), pp 207-213 Fan B Wang ZG., Li YJ., Zhao XL., Liu B, Zhao SH., Yu M., Li MH., Chan SL, Xiong TA., anf Li K Genetic variation analysis within and among Chinese indigenous swine populations using microsatellite markers Anim Genet 33(2002), pp 422-427 Kim KS Yeo JS., Kim JW Assessment of genetic diversity of Korean native pig (Sus scrofa) using AFLP markers Genes Genet Syst 77(2002), pp 361-368 Kimura M and Crow J.F The number of alleles th at can be maintained in a finite population Genetics 49(1964), pp 725-738 Laval Cl., Iannuccelli N, Legault L, Milan D., Groenen M.A., Giuffra E., Andersson L., Nissen P.H., Jorgensen C.B., Beeckmann p., Geldermann H., Foulley J.-L., Chevalet c and Ollivier L Genetic diversity of eleven European pig breeds Genet Sel Evol 32(2000), pp 187-203 Lemus-Flores, c., Ulloa-Arvizu R., Ramos-Kuri M., Estrada FJ., and Alonso RA Genetic analysis of mexica hairless pig populations J A nim Sci 79(2001), pp 3021-3026 10 Li K., Chen Y., Moran c , Fan B., Zhao s., and Peng z., Analysis of diversity and genetic relationships between four Chinese indigenous pig breeds and one Autralian commercial pig breed A nim Genet 31(2000), pp 322-325 11 Makova KD Nekrutenko A., and Baker RJ Evolution of microsatellite alleles in four species of mice (genus Apodemus) J Mol Evol 51(2000), pp 166-172 12 Nei M Genetic distance between populations American N aturalist 106(1972), pp 283-292 13 Scherf B.D World watch list for domestic anim al diversity Food and Agriculture Organization of the United Nations (FAO), Rome, 2000 14 Schlồtterer c The use of microsatellites for genetic analysis of natural populations EXS 69(1994), pp 203-214 15 Swofford DL and Selander RB BỈO SYS-2, Version 1.7 (1989), modified by Black, 1997 16 Yang SL., Wang ZG, Liu B., Zhang GX., Zhao SH., Yu M., Fan B., Li MH., Xiong TA., Li K Genetic variation and relationships of eighteen Chinese indigenous pig breeds Genet Sel Evul 35(2003), pp 657-671 17 Wright S The genetic structure of populations Ann Eugen 15(1951), pp 323-354 Lời cảm ơn: Tác giả xin chân thành cám ơn tài trợ Quỹ Nghiên cứu Đức (DFG Ge 291/21-1 Ge 291/21-3) Bộ Nghiên cứu Nghệ Thuật Liên bang (BMBF, VN01/0091), xin cám ơn ủng hộ giúp đỡ quý báu bạn đồng nghiệp Bộ môn Chọn Giông động vật Công nghệ Sinh học, trường ĐH Hohenheim, Stuttgart, xin chân thành cám ơn giúp đỏ TS Nguyễn Văn Đức, Viện Chăn nuôi Quốc gia bạn đồng nghiệp Phòng Cơng nghệ Gen động vật, Viện Cơng nghệ Sinh học trình thu mẫu tỉnh miền núi Việt Nam l ap chi Khoa hoc n H Q iiU N K IIT N & CN T.xx, So 2004 Nguyen Thị Diệu Thúy, H Gcldermann 10 VNU JO URNAL OF SCIENCE Nat., Sci., & Tech., T.xx, N04, 2004 G E N E T IC D I E R S I T Y O F V I E T N A M E S E A N D E U R O P E A N P I G B R E E D S B A S E D O N M IC R O S A T E L L IT E M A R K E R S N g u y e n T h i D ie u T h u y In stitu te o f Biotechnology, V ietnam ese A cadem y o f Science a n d Technology H G e ld erm an n U niversity o f H ohenheim , S tu ttg a rt (D-70599), G erm any Indigenous resources of the Asian pig population a re less defined a nd only rarely compared with E u ro pean breeds In th is study, five indigenous pig b re e d s from V ietnam (Co, Meo, M uong Khuong, Mong Cai, T ap Na), two exotic breeds k ept in V ietnam (Large White, Landrace), th re e E u ro pean commercial breeds (P ietrain, L and race, L arge White) and European Wild Boar were chosen for evaluation of genetic diversity S am p les a n d data from 317 a n im als were collected an d ten polymorphic m icrosatellite loci were selected according to FAO reco m m en datio n a n d our laboratory experience Effective N u m b e r of Alleles, Polymorphism Inform ation C ontent, w ithin-breed diversity, heterozygosities and test for H ardy-W einberg equilibrium were determ ined G enetic d istan ces b etw een b reeds as well as genetic group w ere e stim a te d according to Nei (1972) a n d used for the construction of UPGMA d e nd rog ram s which were e valu ated by bootstrapping H eterozygosity was higher in indigenous V ietnam ese breeds th a n in the other breeds According to phylogenetic tree, the V ietnam ese indigenous pig breeds which clustered in one b ran ch , showed higher genetic diversity th a n the E u rop ean breeds an d all genetic d istan ces h a d a stro n g bootstrap values (>67%) The E u ro p ea n commercial breeds an d E u ro p ea n Wild B oar were in close relation and clustered in o th e r branch They displayed th e lower bo o tstra p valu es com pared to th a t of V ietnam ese indigenous breeds This study is the first c o n trib u tion s to a genetic characterization of a uto chth on ou s V ietnam ese breeds a n d it clearly d e m o n s tra te s th a t these breeds h a rb o u r a rich reservoir of genetic diversity It helps u s to b e tte r u n d e rs ta n d the relative distinctiveness of pig genetic resources, a n d will a ssisst in developing a national plan for conservation a n d u ltilization of V ietnam ese indigenous pig breeds K e y w o r d s : genetic diversity, polymorphism, microsatellite, V ie tn am ese indigenous pigs, European pigs, phylogenetic tree Tạp chi Klioa học OHQGIIN KHTN & CN I XX So 4, 2004 ... hệ sơ' di truyền nội lồi (inbreeding coefficient) ! Fst: Khác biệt di truyền giống (genetic differentiation) T ất MS sử d ụ n g đa h ìn h (trừ locus S đơn h ìn h giống lợn ngoại nhập) Số lượng... trê n tồn 10 MS nhóm lợn nội Việt N a m (12,8) cao gấp lần so vói nhóm lợn châu Âu (6,4) lần so với nhóm lợn ngoại n h ậ p (5,4) Sơ' lượng allele tru n g bình giông lợn châu Âu th u ỏ nghiên cứu... 14,4 VB: Nhóm lợn Việt Nam; XB: Nhóm lợn ngoại nhập vào Việt nam; EB: Nhóm lợn ngoại châu Au; ENA: Sô" lượng allele hiệu (Effected number of alleles), PIC: Giá trị mang thơng tin đa hình (Polymorphism