Đề tài đã xác định được tỷ lệ nhiễm vi khuẩn đường ruột Enterobacteriaceae trong rau ăn sống (Nhóm Enterobacteriaceae lên men glucose, nhóm Enterobacteriaceae lên men lactose – Coliform- và Escherichia coli), và xác định tính kháng kháng sinh cephalosporin của các chủng vi khuẩn đã thu thập. Mời các bạn cùng tham khảo.
BỘ GIÁO DỤC VIỆN HÀN LÂM KHOA HỌC VÀ ĐÀO TẠO VÀ CÔNG NGHỆ VIỆT NAM HỌC VIỆN KHOA HỌC VÀ CÔNG NGHỆ ־־־־־־־־־־־־־־־־־־־־־־ Tạ Thị Yến ĐÁNH GIÁ SỰ LƯU HÀNH VÀ TÍNH KHÁNG KHÁNG SINH CỦA VI KHUẨN ĐƯỜNG RUỘT ENTEROBACTERIACEAE TRONG RAU ĂN SỐNG TẠI MỘT SỐ QUẬN NỘI THÀNH HÀ NỘI LUẬN VĂN THẠC SĨ: SINH HỌC Hà Nội – 2019 BỘ GIÁO DỤC VIỆN HÀN LÂM KHOA HỌC VÀ ĐÀO TẠO VÀ CÔNG NGHỆ VIỆT NAM HỌC VIỆN KHOA HỌC VÀ CÔNG NGHỆ ־־־־־־־־־־־־־־־־־־־־־־ Tạ Thị Yến ĐÁNH GIÁ SỰ LƯU HÀNH VÀ TÍNH KHÁNG KHÁNG SINH CỦA VI KHUẨN ĐƯỜNG RUỘT ENTEROBACTERIACEAE TRONG RAU ĂN SỐNG TẠI MỘT SỐ QUẬN NỘI THÀNH HÀ NỘI Chuyên ngành: Sinh học thực nghiệm Mã số: 42 01 14 LUẬN VĂN THẠC SĨ SINH HỌC NGƯỜI HƯỚNG DẪN KHOA HỌC: Hướng dẫn 1: PGS.TS Chu Hoàng Hà Hướng dẫn 2: PGS.TS Lê Thị Hồng Hảo Hà Nội - 2019 Lời cam đoan Luận văn cơng trình nghiên cứu cá nhân tôi, thực hướng dẫn khoa học PGS.TS Chu Hoàng Hà PGS.TS Lê Thị Hồng Hảo Các số liệu, kết luận nghiên cứu trình bày luận văn hồn tồn trung thực Tơi xin hồn tồn chịu trách nhiệm lời cam đoan Học viên Tạ Thị Yến Lời cảm ơn Luận văn thạc sĩ thực Viện Kiểm nghiệm an toàn vệ sinh thực phẩm quốc gia dẫn dắt của: PGS.TS Chu Hồng Hà – Viện trưởng Viện Cơng nghệ Sinh học, Học viện Khoa học Công nghệ PGS.TS Lê Thị Hồng Hảo – Viện trưởng Viện Kiểm nghiệm an toàn vệ sinh thực phẩm quốc gia Tôi xin bày tỏ kính trọng lịng biết ơn sâu sắc tới PGS.TS Chu Hoàng Hà PGS.TS Lê Thị Hồng Hảo tận tình hướng dẫn, giúp đỡ, tạo điều kiện thuận lợi cho tơi suốt q trình thực hoàn thành luận văn thạc sĩ Xin gửi lời cảm ơn chân thành đến đồng nghiệp khoa Vi sinh vật – Viện Kiểm nghiệm an toàn vệ sinh thực phẩm quốc gia giúp đỡ, hỗ trợ khoảng thời gian thực luận văn Qua đây, xin gửi lời cảm ơn đến giảng viên Học Viện Khoa học Công nghệ – Viện Hàn lâm Khoa học Công nghệ Việt Nam hướng dẫn, truyền đạt kiến thức, kinh nghiệm cho tơi suốt q trình học tập học viện Cuối cùng, xin gửi lời cảm ơn chân thành đến gia đình thân u tơi, cảm ơn bạn bè người sát cánh bên tôi, chia sẻ tạo động lực cho suốt trình học tập nghiên cứu Một lần nữa, xin chân thành cảm ơn! Hà Nội, ngày tháng Người viết Tạ Thị Yến năm 2019 Danh mục ký hiệu chữ viết tắt Chữ viết Tiếng Anh đầy đủ tắt ADN Deoxyribonucleic acid AmpC Tiếng Việt đầy đủ axit Deoxyribonucleic Plasmid-mediated AmpC βlactamases Enzym β-lactamase AmpC CXM cefuroxime Kháng sinh cephalosporin hệ 2, cefuroxime CTX cefotaxime Kháng sinh cephalosporin hệ 3, cefotaxime CAZ ceftazidime CRO ceftriaxone Kháng sinh cephalosporin hệ 3, ceftriaxzone CAL ceftazidime + clavulanic acid ceftazidime kết hợp axit clavulanic CTL cefotaxime + clavulanic acid cefotaxime kết hợp axit clavulanic CAC ceftazidime + cloxacillin ceftazidime kết hợp cloxacillin CTC cefotaxime + cloxacillin cefotaxime kết hợp cloxacillin CLSI Clinical Laboratory Standard Institute Viện Tiêu chuẩn thử nghiệm lâm sàng Hoa Kỳ Ethylenediaminetetraacetic Axit acid Ethylenediaminetetraacetic Extended spectrum betalactamase β-lactamase phổ rộng EDTA ESBL ESC Kháng sinh cephalosporin hệ 3, ceftazidime Extended spectrum cephalosporin phổ rộng Cephalosporin European Committee on EUCAST Antimicrobial Susceptibility Testing Ủy ban châu Âu thử nghiệm độ nhạy cảm với kháng sinh FOX Cefoxitin Kháng sinh Cephalosporin hệ 2, cefoxitin FSIS United States Department of Agriculture Food Safety and Inspection Service Tổ chức an toàn kiểm tra thực phẩm Nông nghiệp Mỹ ISO International Standard Organisation Tổ chức tiêu chuẩn quốc tế KZ Cefazolin Kháng sinh Cephalosprorin hệ 1, cefazoline Outer membrane porin Porin màng Outer membrane protein A protein A màng vi khuẩn PAI Pathogenicity island Vùng gây bệnh UTI Urinary tract infection Vi khuẩn lây nhiễm đường tiết niệu World Health Organization Tổ chức y tế giới Omp OmpA WHO Danh mục bảng Bảng biểu Nội dung Trang Bảng 1.1 Sự phân bố họ vi khuẩn đường ruột Enterobacteriaceae Bảng 1.2 Các hệ cephalosporin 14 Bảng 2.1 Kháng sinh điểm đọc kháng sinh đồ 40 Bảng 2.2 Vi khuẩn sinh enzym ESBL 41 Bảng 2.3 Vi khuẩn sinh enzym AmpC β-lactamase 42 Bảng 2.4 Xác định vi khuẩn sinh enzym Carbapenemase 42 Bảng 2.5 Trình tự mồi gen mã hóa enzym β-lactamase 44 Bảng 3.1 Mật độ vi sinh vật log CFU/g theo loại hình kinh doanh 51 Bảng 3.2 Tỉ lệ kháng kháng sinh Cephalosporin 56 Bảng 3.3 Vi khuẩn Enterobacteriaceae sinh enzym ESBL AmpC β-lactamase 62 Bảng 3.4 Vi khuẩn Enterobacteriaceae sinh enzym β-lactamase 66 Bảng 3.5 Vi khuẩn Enterobacteriaceae mang gen kháng kháng sinh 73 Danh mục hình vẽ, đồ thị Hình Nội dung Phân nhóm họ vi khuẩn đường ruột Enterobacteriaceae Các bệnh vi khuẩn Enterobacteriaceae gây Hình 1.2 người Hình 1.1 Trang 10 Hình 1.3 Lịch sử đời loại kháng sinh 12 Hình 1.4 Nhân tố liên quan đến khả kháng kháng sinh vi khuẩn 15 Hình 1.5 Cơ chế trao đổi vật chất di truyền vi sinh vật 16 Hình 1.6 Các chế kháng thuốc phổ biến vi khuẩn 17 Hình 1.7 Cơ chế tác động lên tế bào kháng sinh 18 Hình 1.8 Con đường lây nhiễm phát tán mầm bệnh cộng đồng 19 Hình 1.9 Các nhóm enzym β-lactamase 24 Hình 1.10 Con đường lây truyền Enterobacteriaceae lên người 29 Hình 2.1 Địa điểm lấy mẫu số Quận nội thành Hà Nội 36 Hình 2.2 Rau ăn sống bày bán chợ siêu thị 36 Hình 2.3 Hình 3.1 Hình 3.2 Hình 3.3 Hình 3.4 Nguyên lý định danh vi khuẩn hệ thống VITEK MS Tỉ lệ nhiễm vi khuẩn Enterobacteriaceae trung bình rau ăn sống Kháng sinh đồ chủng vi khuẩn đối chiếu Vi khuẩn Enterobacteriaceae kháng với cephalosporin hệ 1, Vi khuẩn Enterobacteriaceae kháng Cephalosporin hệ 1, 43 51 53 53-54 54 Hình 3.5 Khuẩn lạc phân lập mơi trường Macconkey 57 Hình 3.6 Vi khuẩn Enterobacteriaceae sinh enzym β-lactam phổ rộng 58 Hình 3.7 Hình 3.8 Hình 3.9 Hình 3.10 Hình 3.11 Hình 3.12 Hình 3.13 Hình 3.14 Hình 3.15 Hình 3.16 Vi khuẩn Enterobacteriaceae sinh enzym AmpC βlactamase Vi khuẩn Enterobacteriaceae sinh enzym ESBL AmpC β-lactamase Vi khuẩn Enterobacteriaceae sinh enzym β-lactamase Định danh Leclercia adecaboxylata kỹ thuật MALDI TOF Sản phẩm khuếch đại gen sử dụng để giải trình tự Kết so sánh sản phẩm khuếch đại gen bla TEM với liệu ngân hàng gen Kết so sánh sản phẩm khuếch đại gen bla OXA với liệu ngân hàng gen Kết so sánh sản phẩm khuếch đại gen bla CTX-M với liệu ngân hàng gen Kết so sánh sản phẩm khuếch đại gen bla DHA với liệu ngân hàng gen Kết so sánh sản phẩm khuếch đại gen bla CMY với liệu ngân hàng gen 59 60 65 65 68 69 69 69 70 70 Hình 3.17 Đoạn khuếch đại gen bla TEM 71 Hình 3.18 Đoạn khuếch đại gen bla OXA 71 Hình 3.19 Đoạn khuếch đại gen bla CTX-M 72 Hình 3.20 Đoạn khuếch đại gen bla DHA 72 Hình 3.21 Đoạn khuếch đại gen bla CMY 72 MỤC LỤC MỞ ĐẦU CHƯƠNG TỔNG QUAN TÀI LIỆU 1.1 HỌ VI KHUẨN ĐƯỜNG RUỘT ENTEROBACTERIACEAE 1.1.1 Enterobacteriaceae 1.1.2 Sự phân bố Enterobacteriaceae 1.1.3 Khả gây bệnh Enterobacteriaceae 1.1.3.1 Viêm màng não viêm nhiễm hệ Thần kinh 10 1.1.3.2 Nhiễm trùng đường tiết niệu 10 1.1.3.4 Gây bệnh đường ruột 11 1.2 KHÁNG SINH 12 1.2.1 Lịch sử đời kháng sinh 12 1.2.1.1 Cephalosporin 13 1.2.1.2 Các kháng sinh β-lactam khác 14 1.2.2 Cơ chế kháng kháng sinh 14 1.2.2.1 Kháng kháng sinh 14 1.2.2.2 Cơ chế kháng kháng sinh vi khuẩn 18 1.2.3 Hiện tượng kháng cephalosporine vi khuẩn gram âm 22 1.2.4 Enzym β-lactamase 23 1.2.4.1 Enzym β-lactamase phổ rộng 25 1.2.4.2 β-lactamase AmpC 27 1.2.4.3 Carbapenemase 28 1.3 THỰC PHẨM – NGUỒN CHỨA ENTEROBACTERIACEAE 29 1.3.1 Rau ăn sống – vật chủ chứa Enterobacteriaceae 30 1.3.2 Tình hình nhiễm Enterobacteriaceae rau giới 32 1.3.3 Tình hình nhiễm Enterobacteriaceae rau Việt Nam 34 CHƯƠNG NGUYÊN VẬT LIỆU VÀ PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU 36 2.1 THỜI GIAN, ĐỊA ĐIỂM VÀ ĐỐI TƯỢNG NGHIÊN CỨU 36 ... rau ăn sống bán quán ăn Để có chứng cụ thể thực trạng ô nhiễm kháng kháng sinh Enterobacteriaceae rau ăn sống, định tiến hành thực luận văn ? ?Đánh giá lưu hành tính kháng kháng sinh vi khuẩn đường. .. KHUẨN ĐƯỜNG RUỘT ENTEROBACTERIACEAE TRONG RAU ĂN SỐNG TẠI MỘT SỐ QUẬN NỘI THÀNH HÀ NỘI Chuyên ngành: Sinh học thực nghiệm Mã số: 42 01 14 LUẬN VĂN THẠC SĨ SINH HỌC NGƯỜI HƯỚNG DẪN KHOA HỌC: Hướng... ruột Enterobacteriaceae rau ăn sống số quận nội thành Hà Nội? ?? Mục đích Xác định tỷ lệ nhiễm vi khuẩn đường ruột Enterobacteriaceae rau ăn sống (Nhóm Enterobacteriaceae lên men glucose, nhóm Enterobacteriaceae