luận văn thạc sĩ đánh giá sự lưu hành và tính kháng kháng sinh của vi khuẩn đường ruột enterobacteriaceae trong rau ăn sống tại một số quận nội thành hà nội

BỘ GIÁO DỤC VIỆN HÀN LÂM KHOA HỌC VÀ ĐÀO TẠO VÀ CÔNG NGHỆ VIỆT NAM   HỌC VIỆN KHOA HỌC VÀ CÔNG NGHỆ ‫־־־־־־־־־־־־־־־־־־־־־־‬ Tạ Thị Yến ĐÁNH GIÁ SỰ LƯU HÀNH VÀ TÍNH KHÁNG KHÁNG SINH CỦA VI KHUẨN ĐƯỜNG RUỘT ENTEROBACTERIACEAE TRONG RAU ĂN SỐNG TẠI MỘT SỐ QUẬN NỘI THÀNH HÀ NỘI LUẬN VĂN THẠC SĨ: SINH HỌC Hà Nội – 2019     BỘ GIÁO DỤC VIỆN HÀN LÂM KHOA HỌC VÀ ĐÀO TẠO VÀ CÔNG NGHỆ VIỆT NAM   HỌC VIỆN KHOA HỌC VÀ CÔNG NGHỆ ‫־־־־־־־־־־־־־־־־־־־־־־‬ Tạ Thị Yến ĐÁNH GIÁ SỰ LƯU HÀNH VÀ TÍNH KHÁNG KHÁNG SINH CỦA VI KHUẨN ĐƯỜNG RUỘT ENTEROBACTERIACEAE TRONG RAU ĂN SỐNG TẠI MỘT SỐ QUẬN NỘI THÀNH HÀ NỘI Chuyên ngành: Sinh học thực nghiệm Mã số: 42 01 14 LUẬN VĂN THẠC SĨ SINH HỌC NGƯỜI HƯỚNG DẪN KHOA HỌC: Hướng dẫn 1: PGS.TS Chu Hoàng Hà Hướng dẫn 2: PGS.TS Lê Thị Hồng Hảo Hà Nội - 2019     Lời cam đoan Luận văn cơng trình nghiên cứu cá nhân tôi, thực hướng dẫn khoa học PGS.TS Chu Hoàng Hà PGS.TS Lê Thị Hồng Hảo Các số liệu, kết luận nghiên cứu trình bày luận văn hồn tồn trung thực Tơi xin hồn tồn chịu trách nhiệm lời cam đoan Học viên Tạ Thị Yến     Lời cảm ơn Luận văn thạc sĩ thực Viện Kiểm nghiệm an toàn vệ sinh thực phẩm quốc gia dẫn dắt của: PGS.TS Chu Hồng Hà – Viện trưởng Viện Cơng nghệ Sinh học, Học viện Khoa học Công nghệ PGS.TS Lê Thị Hồng Hảo – Viện trưởng Viện Kiểm nghiệm an toàn vệ sinh thực phẩm quốc gia Tôi xin bày tỏ kính trọng lòng biết ơn sâu sắc tới PGS.TS Chu Hoàng Hà PGS.TS Lê Thị Hồng Hảo tận tình hướng dẫn, giúp đỡ, tạo điều kiện thuận lợi cho tơi suốt q trình thực hoàn thành luận văn thạc sĩ Xin gửi lời cảm ơn chân thành đến đồng nghiệp khoa Vi sinh vật – Viện Kiểm nghiệm an toàn vệ sinh thực phẩm quốc gia giúp đỡ, hỗ trợ khoảng thời gian thực luận văn Qua đây, xin gửi lời cảm ơn đến giảng viên Học Viện Khoa học Công nghệ – Viện Hàn lâm Khoa học Công nghệ Việt Nam hướng dẫn, truyền đạt kiến thức, kinh nghiệm cho tơi suốt q trình học tập học viện Cuối cùng, xin gửi lời cảm ơn chân thành đến gia đình thân u tơi, cảm ơn bạn bè người sát cánh bên tôi, chia sẻ tạo động lực cho suốt trình học tập nghiên cứu Một lần nữa, xin chân thành cảm ơn! Hà Nội, ngày tháng Người viết Tạ Thị Yến     năm 2019 Danh mục ký hiệu chữ viết tắt Chữ viết Tiếng Anh đầy đủ tắt ADN Deoxyribonucleic acid AmpC Tiếng Việt đầy đủ axit Deoxyribonucleic Plasmid-mediated AmpC βlactamases Enzym β-lactamase AmpC CXM cefuroxime Kháng sinh cephalosporin hệ 2, cefuroxime CTX cefotaxime Kháng sinh cephalosporin hệ 3, cefotaxime CAZ ceftazidime CRO ceftriaxone Kháng sinh cephalosporin hệ 3, ceftriaxzone CAL ceftazidime + clavulanic acid ceftazidime kết hợp axit clavulanic CTL cefotaxime + clavulanic acid cefotaxime kết hợp axit clavulanic CAC ceftazidime + cloxacillin ceftazidime kết hợp cloxacillin CTC cefotaxime + cloxacillin cefotaxime kết hợp cloxacillin CLSI Clinical Laboratory Standard Institute Viện Tiêu chuẩn thử nghiệm lâm sàng Hoa Kỳ Ethylenediaminetetraacetic Axit acid Ethylenediaminetetraacetic Extended spectrum betalactamase β-lactamase phổ rộng EDTA ESBL ESC Kháng sinh cephalosporin hệ 3, ceftazidime Extended spectrum cephalosporin phổ rộng Cephalosporin European Committee on EUCAST Antimicrobial Susceptibility Testing     Ủy ban châu Âu thử nghiệm độ nhạy cảm với kháng sinh FOX Cefoxitin Kháng sinh Cephalosporin hệ 2, cefoxitin FSIS United States Department of Agriculture Food Safety and Inspection Service Tổ chức an toàn kiểm tra thực phẩm Nông nghiệp Mỹ ISO International Standard Organisation Tổ chức tiêu chuẩn quốc tế KZ Cefazolin Kháng sinh Cephalosprorin hệ 1, cefazoline Outer membrane porin Porin màng Outer membrane protein A protein A màng vi khuẩn PAI Pathogenicity island Vùng gây bệnh UTI Urinary tract infection Vi khuẩn lây nhiễm đường tiết niệu World Health Organization Tổ chức y tế giới Omp OmpA WHO     Danh mục bảng Bảng biểu Nội dung Trang Bảng 1.1 Sự phân bố họ vi khuẩn đường ruột Enterobacteriaceae Bảng 1.2 Các hệ cephalosporin 14 Bảng 2.1 Kháng sinh điểm đọc kháng sinh đồ 40 Bảng 2.2 Vi khuẩn sinh enzym ESBL 41 Bảng 2.3 Vi khuẩn sinh enzym AmpC β-lactamase 42 Bảng 2.4 Xác định vi khuẩn sinh enzym Carbapenemase 42 Bảng 2.5 Trình tự mồi gen mã hóa enzym β-lactamase 44 Bảng 3.1 Mật độ vi sinh vật log CFU/g theo loại hình kinh doanh 51 Bảng 3.2 Tỉ lệ kháng kháng sinh Cephalosporin 56 Bảng 3.3 Vi khuẩn Enterobacteriaceae sinh enzym ESBL AmpC β-lactamase 62 Bảng 3.4 Vi khuẩn Enterobacteriaceae sinh enzym β-lactamase 66 Bảng 3.5 Vi khuẩn Enterobacteriaceae mang gen kháng kháng sinh 73     Danh mục hình vẽ, đồ thị Hình Nội dung Phân nhóm họ vi khuẩn đường ruột Enterobacteriaceae Các bệnh vi khuẩn Enterobacteriaceae gây Hình 1.2 người Hình 1.1 Trang 10 Hình 1.3 Lịch sử đời loại kháng sinh 12 Hình 1.4 Nhân tố liên quan đến khả kháng kháng sinh vi khuẩn 15 Hình 1.5 Cơ chế trao đổi vật chất di truyền vi sinh vật 16 Hình 1.6 Các chế kháng thuốc phổ biến vi khuẩn 17 Hình 1.7 Cơ chế tác động lên tế bào kháng sinh 18 Hình 1.8 Con đường lây nhiễm phát tán mầm bệnh cộng đồng 19 Hình 1.9 Các nhóm enzym β-lactamase 24 Hình 1.10 Con đường lây truyền Enterobacteriaceae lên người 29 Hình 2.1 Địa điểm lấy mẫu số Quận nội thành Hà Nội 36 Hình 2.2 Rau ăn sống bày bán chợ siêu thị 36 Hình 2.3 Hình 3.1 Hình 3.2 Hình 3.3 Hình 3.4 Nguyên lý định danh vi khuẩn hệ thống VITEK MS Tỉ lệ nhiễm vi khuẩn Enterobacteriaceae trung bình rau ăn sống Kháng sinh đồ chủng vi khuẩn đối chiếu Vi khuẩn Enterobacteriaceae kháng với cephalosporin hệ 1, Vi khuẩn Enterobacteriaceae kháng Cephalosporin hệ 1, 43 51 53 53-54 54 Hình 3.5 Khuẩn lạc phân lập mơi trường Macconkey 57 Hình 3.6 Vi khuẩn Enterobacteriaceae sinh enzym β-lactam phổ rộng 58     Hình 3.7 Hình 3.8 Hình 3.9 Hình 3.10 Hình 3.11 Hình 3.12 Hình 3.13 Hình 3.14 Hình 3.15 Hình 3.16 Vi khuẩn Enterobacteriaceae sinh enzym AmpC βlactamase Vi khuẩn Enterobacteriaceae sinh enzym ESBL AmpC β-lactamase Vi khuẩn Enterobacteriaceae sinh enzym β-lactamase Định danh Leclercia adecaboxylata kỹ thuật MALDI TOF Sản phẩm khuếch đại gen sử dụng để giải trình tự Kết so sánh sản phẩm khuếch đại gen bla TEM với liệu ngân hàng gen Kết so sánh sản phẩm khuếch đại gen bla OXA với liệu ngân hàng gen Kết so sánh sản phẩm khuếch đại gen bla CTX-M với liệu ngân hàng gen Kết so sánh sản phẩm khuếch đại gen bla DHA với liệu ngân hàng gen Kết so sánh sản phẩm khuếch đại gen bla CMY với liệu ngân hàng gen 59 60 65 65 68 69 69 69 70 70 Hình 3.17 Đoạn khuếch đại gen bla TEM 71 Hình 3.18 Đoạn khuếch đại gen bla OXA 71 Hình 3.19 Đoạn khuếch đại gen bla CTX-M 72 Hình 3.20 Đoạn khuếch đại gen bla DHA 72 Hình 3.21 Đoạn khuếch đại gen bla CMY 72       MỤC LỤC MỞ ĐẦU CHƯƠNG TỔNG QUAN TÀI LIỆU 1.1 HỌ VI KHUẨN ĐƯỜNG RUỘT ENTEROBACTERIACEAE 1.1.1 Enterobacteriaceae 1.1.2 Sự phân bố Enterobacteriaceae 1.1.3 Khả gây bệnh Enterobacteriaceae 1.1.3.1 Viêm màng não viêm nhiễm hệ Thần kinh 10 1.1.3.2 Nhiễm trùng đường tiết niệu 10 1.1.3.4 Gây bệnh đường ruột 11 1.2 KHÁNG SINH 12 1.2.1 Lịch sử đời kháng sinh 12 1.2.1.1 Cephalosporin 13 1.2.1.2 Các kháng sinh β-lactam khác 14 1.2.2 Cơ chế kháng kháng sinh 14 1.2.2.1 Kháng kháng sinh 14 1.2.2.2 Cơ chế kháng kháng sinh vi khuẩn 18 1.2.3 Hiện tượng kháng cephalosporine vi khuẩn gram âm 22 1.2.4 Enzym β-lactamase 23 1.2.4.1 Enzym β-lactamase phổ rộng 25 1.2.4.2 β-lactamase AmpC 27 1.2.4.3 Carbapenemase 28 1.3 THỰC PHẨM – NGUỒN CHỨA ENTEROBACTERIACEAE 29 1.3.1 Rau ăn sống – vật chủ chứa Enterobacteriaceae 30 1.3.2 Tình hình nhiễm Enterobacteriaceae rau giới 32 1.3.3 Tình hình nhiễm Enterobacteriaceae rau Việt Nam 34 CHƯƠNG NGUYÊN VẬT LIỆU VÀ PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU 36 2.1 THỜI GIAN, ĐỊA ĐIỂM VÀ ĐỐI TƯỢNG NGHIÊN CỨU 36     Microbiology of the food chain — Horizontal method for the detection and enumeration of Enterobacteriaceae — Part 2: Colony-count technique 40 Bộ Khoa học Công nghệ, 2008, TCVN 7429-2:2008 Vi sinh vật thực phẩm thức ăn chăn nuôi – phương pháp định lượng Escherichia coli dương tính β-glucuronidaza – Phần 2: Kỹ thuật đếm khuẩn lạc 44oC sử dụng 5-Bromo-4-clo-3-indoly β-glucuronid 41 Bộ Khoa Học Công nghệ, 2007, TCVN 6848:2007 Vi sinh vật thực phẩm thức ăn chăn nuôi – phương pháp định lượng coliform – Kỹ thuật đếm khuẩn lạc 42 World Health Organization, 2010, Enterobacteriaceae using disk diffusion Susceptibility testing of 43 Clinical and Laboratory Standard Institute, 2018, Performance Standards for Antimicrobial Susceptibility Testing 44 University of Denmark Technical, 2018, Isolation of ESBL-, AmpC- and carbapenemase-producing E coli from fresh meat, https://www.eurlar.eu/CustomerData/Files/Folders/21-protocols/397_esbl-ampccpeprotocol-version-meat-v6-16-02-18.pdf 45 Skov R., G Skov, 2012, European Committee on Antimicrobial Susceptibility Testing guidelines for detection of resistance mechanisms and specific resistances of clinical and / or epidemiological importance 46 Biomerieux, Workflow User Manual 47 Li R., J Lai, Y Wang, S Liu, Y Li, K Liu, J Shen, C Wu, 2013, Prevalence and characterization of Salmonella species isolated from pigs, ducks and chickens in Sichuan Province, China, International Journal of Food Microbiology, 163(1), pp 14–18 48 Ljevaković-Musladin I., M Lakić, and L Kozačinski, 2019, Microbiological Quality Assessment of Ready-to-eat Vegetables in Dubrovnik-Neretva County, Croatia, Universal Journal of Agricultural 81     Research, 7(1) pp 1–6 49 Al-Kharousi Zahra, N Guizani, A M Al-Sadi, I M Al-Bulushi, and B Shaharoona, 2016, Hiding in Fresh Fruits and Vegetables: Opportunistic Pathogens May Cross Geographical Barriers, International Journal of Microbiology, pp.1-14 50 Mritunjay S K and V Kumar., 2015, Fresh Farm Produce as a Source of Pathogens: a Review, Research Journal of Environmental Toxicology, 9(2), pp 59–70 51 Akinde Sunday B., A A Sunday, Folasade M Adeyemi, Iyabobola B Fakayode, Odunola O Oluwajide, Adetoun A Adebunmi, Julius K Oloke, Clement O Adebooye, 2016, Microbes in irrigation water and fresh vegetables: Potential pathogenic bacteria assessment and implications for food safety, Applied Biosafety, 21(2), pp 89–97 52 Najafi M B., M Bahreini, 2012, Microbiological Quality of Mixed Fresh-Cut Vegetable Salads and Mixed Ready - to -Eat Fresh Herbs in Mashhad , Iran, International Conference on Nutrition and Food Science, 39, pp 62–66 53 Kłapeć T., A Cholewa, G Cholewa, J Dutkiewicz, and A Wójcik-Fatla, 2016, Microbiological characterization of vegetables and their rhizosphere soil in Eastern Poland, Annuals of Agricultural and Environmental Medicine, 23(4), pp 559–565 54 Weldezgina D., D Muleta, 2016, Bacteriological Contaminants of Some Fresh Vegetables Irrigated with Awetu River in Jimma Town, Southwestern Ethiopia, Hindawi Publishing Corporation Advances in Biology, pp 1–11 55 Bộ Nông nghiệp Phát triển NôngThôn, 2007, Phụ lục 1-9: Quyết định số 106 /2007/QĐ-BNN ngày 28 tháng 12 năm 2007 Bộ trưởng Bộ Nông nghiệp Phát triển Nông thôn 56 Zekar F M Sophie A Granier, Muriel Marault , Lydia Yaici, Benoit Gassilloud, Charles Manceau, Abdelaziz Touati, Yves Milleman, 2017, 82     From farms to markets: Gram-negative bacteria resistant to thirdgeneration cephalosporins in fruits and vegetables in a region of North Africa, Frontiers in Microbiology, 8, pp 1–11 57 Veldman K , A Kant, C Dierikx, A van Essen-Zandbergen, B Wit, D Mevius, 2014, Enterobacteriaceae resistant to third-generation cephalosporins and quinolones in fresh culinary herbs imported from Southeast Asia, International Journal of Food Microbiology, 177, pp 72–77 58 Zurfluh K , M Nüesch-Inderbinen, M Morach, A Z Berner, H Hächler, R Stephan, 2015, Extended-spectrum-β-lactamase-producing Enterobacteriaceae isolated from vegetables imported from the Dominican Republic, India, Thailand, and Vietnam, Applied and Environmental Microbiology, 81(9), pp 3115–3120 59 Said L Ben, AhlemJouini, NaouelKlibi, Raoudha Dziri, Carla Andrea Alonso, Abdellatif Boudabous, Karim Ben Slama, Carmen Torres, 2015, Detection of extended-spectrum beta-lactamase (ESBL)-producing Enterobacteriaceae in vegetables, soil and water of the farm environment in Tunisia, International Journal of Food Microbiology, 203, pp 86–92 60 Miranda I Barreto, Ralf Ignatius, Roland Pfuăller, Barbara FriedrichJaănicke, Florian Steiner, Matthias Paland, Sebastian Dieckmann, Katharina Schaufle, Lothar H Wieler, Sebastian Guenther, Frank P Mockenhaupt, 2016, High carriage rate of ESBL-producing Enterobacteriaceae at presentation and follow-up among travellers with gastrointestinal complaints returning from India and Southeast Asia, Journal of Travel Medicine, 23(2), p.1-7 61 Cao V., Lambert T, Nhu DQ, Loan HK, Hoang NK, Arlet G, Courvalin P., 2002, Distribution of extended-spectrum β-lactamases in clinical isolates of Enterobacteriaceae in Vietnam, Antimicrobial Agents and Chemotherapy, 46(12), pp 3739–3743 62 Bui T M H., Itaru Hirai, Shuhei Ueda, Thi Kim Ngan Bui, Kouta 83     Hamamoto, Takehiko Toyosato, Danh Tuyen Le, Yoshimasa Yamamoto, 2015, Carriage of Escherichia coli producing CTX-M-type extendedspectrum β-lactamase in healthy Vietnamese individuals, Antimicrobial Agents and Chemotherapy, 59(10), pp 6611–6614 63 Hoang P H., Sharda Prasad Awasthi, Phuc Do Nguyen, Ngan Ly Hoang Nguyen, Dao Thi Anh Nguyen, Ninh Hoang Le, Chinh Van Dang, Atsushi Hinenoya, and Shinji Yamasaki, 2017, Antimicrobial resistance profiles and molecular characterization of Escherichia coli strains isolated from healthy adults in Ho Chi Minh City, Vietnam, The Journal of Veterinary Medical Science, 79(3), pp 479–485 64 National Institute of Nutrition, 2016, AMR in community in Viet Nam: Situation and Pilot solutions Project for “Determining the Outbreak Mechanisms and Development of a Surveillance Model for Multi-Drug Resistant Bacteria" 65 Spiegelhauer M R., P F Andersen, T H Frandsen, R L M Nordestgaard, and L P Andersen, 2019, Leclercia adecarboxylata: a case report and literature review of 74 cases demonstrating its pathogenicity in immunocompromised patients, Infectious Diseases, 51(3), pp 179188 66 Monahan L G , M Z Demaere, M L Cummins, S P Djordjevic, P Roy Chowdhury, A E Darling, 2019, High contiguity genome sequence of a multidrug-resistant hospital isolate of Enterobacter hormaechei, Gut Pathogens, 11(3), pp 1–6 84     PHỤ LỤC PHỤ LỤC Danh sách mẫu rau ăn sống địa điểm thu thập mẫu STT Rau ăn sống ĐỊA ĐIỂM QUẬN NỘI THÀNH THỜI GIAN THU THẬP mùi tàu + mùi ta + húng quế Qn Vịt 22 Định Cơng - Hồng Mai Hà Nội Hoàng Mai 5/8 mùi tàu + mùi ta + húng quế Qn Vịt 234 Định Cơng - Hồng Mai Hà Nội Hoàng Mai 5/8 mùi tàu + mùi ta + húng quế Quán Vịt 38 Định Công - Hoàng Mai Hà Nội Hoàng Mai 5/8 mùi tàu + mùi ta + húng quế CH Vịt quay Lạng Sơn - Hoàng Tiến,211 Ngọc Lâm, Long Biên, Hà Nội Long Biên 19/8 mùi tàu + mùi ta + húng quế Vịt quay Ngan Chặt Đường Ngọc Lâm, Long Biên - Hà Nội Long Biên 19/8 mùi tàu + mùi ta + húng quế CH Vịt cỏ Thành Luân - Ngõ - Phú Viên, Long Biên - Hà Nội Long Biên 19/8 mùi tàu + mùi ta + húng quế Quán Vịt 29, 104 C9 Tô Hiệu, Khu tập thể Nghĩa Tân, Nghĩa Tân, Cầu Giấy, Hà Nội Cầu Giấy 16/9 mùi tàu + mùi ta CH Xuyên - Phở Bò Gà - 193 Quang Trung - Hà Đông - Hà Nội Hà Đông 9/9     rau ngổ CH Thu Quý - Thịt Gà - Số Quang Trung Hà Đông - Hà Nội Hà Đông 9/9 canh giới + húng quế + mùi tàu Đồ ăn chín Thanh Long - U5A15 Nghĩa Tân - Cầu Giấy - Hà Nội Cầu Giấy 16/9 11 húng quế CH Minh Chiến Cạnh Kiot Chợ Nghĩa Tân - Cầu Giấy - Hà Nội Cầu Giấy 16/9 12 húng quế + ngổ + diếp cá Quán Ngan Vũ Vinh 101 Mai Dịch - Cầu Giấy - Hà Nội Cầu Giấy 16/9 13 mùi tàu + mùi ta + húng quế Quán Nam Vịt - 113 Ngọc Lâm - Long Biên - Hà Nội Long Biên 19/8 14 mùi tàu + mùi ta + húng chó CH Mạnh Tuấn - 81 Ngọc Lâm - Long Biên - Hà Nội Long Biên 19/8 15 mùi tàu + mùi ta + húng quế CH Phở 150 Đại Từ Hoàng Mai - Hà Nội Hoàng Mai 5/8 16 mùi tàu + mùi ta CH Phở 160 Đại Từ Hoàng Mai - Hà Nội Hoàng Mai 5/8 17 mùi tàu + húng quế + diếp cá Quán vịt 221 La Khê Hà Đông - Hà Nội Hà Đông 9/9 18 mùi tàu + húng quế + diếp cá Quán Ký vịt - chung cư Comma 18 - La Khê - Hà Đông - Hà Nội Hà Đông 9/9 19 mùi tàu + húng quế + Quán Toàn Thủy - kiot diếp cá + tía tơ - Chợ Bơng Đỏ - La Hà Đông 9/9 10     Khê - Hà Đông - Hà Nội 20 mùi tàu + húng quế Quán Vịt - Trần Bình (đối diện số ngõ 58 Trần Bình) - Cầu Giấy - Hà Nội 21 mùi tàu + húng quế + diếp cá Quán Vịt - Chợ Nghĩa Tân - Cầu Giấy - Hà Nội Cầu Giấy 16/9 22 mùi tàu + mùi ta + húng quế Quán Gà Ngan Vịt ngon - Kiot 4+5 - CT5 - ĐN3 - Mỹ Đình Nam Từ Liêm Hà Nội Nam Từ Liêm 16/9 23 mùi tàu + mùi ta + húng quế Quán Vịt quay 396 đường Mỹ Đình - Nam Từ Liêm - Hà Nội Nam Từ Liêm 16/9 24 mùi tàu + mùi ta + húng quế Vịt cỏ Sơn Tuyền Cạnh N4Đ7 - Đường Mỹ Đình - Nam Từ Liêm - Hà Nội Nam Từ Liêm 16/9 25 mùi tàu + mùi ta + húng quế Vịt quay Thúy Nga đường Mỹ Đình - Nam Từ Liêm - Hà Nội Nam Từ Liêm 16/9 26 mùi tàu + mùi ta + húng quế Quán Bia Ngân Vịt - Kiot 42 tòa HH4B Linh Đàm - Hoàng Mai - Hà Nội Hoàng Mai 5/8 27 mùi tàu + mùi ta + húng quế Qn Vịt Nhật Minh 60 Thanh Bình - Hà Đơng - Hà Nội Hà Đông 16/9 28 mùi tàu + mùi ta + húng quế Quán Vịt Thương (cạnh số nhà 175) Khu đô thị đấu giá - Ngô Hà Đơng 9/9   Cầu Giấy 16/9   Thì Nhậm- Hà Đông Hà Nội 29 30 31 32 33 34 35 36 37 mùi tàu + mùi ta + húng quế Vịt quay Tùng Vịt 29B, Đường Bồ Đề, Phường Bồ Đề, Quận Long Biên, Hà Nội Long Biên 19/8 mùi tàu + mùi ta + húng quế Quán Bia Ngân Vịt - Kiot 42 tòa HH4B Linh Đàm - Hoàng Mai - Hà Nội Hoàng Mai 16/9 Rau mùi tàu NguyễnThị Loan Chợ HH- Linh Đàm Hoàng Mai - Hà Nội Hoàng Mai 5/8 Húng bạc hà Nguyễn Thị Loan Chợ HH- Linh Đàm Hoàng Mai - Hà Nội Hoàng Mai 5/8 diếp cá Nguyễn Thị Loan Chợ HH- Linh Đàm Hoàng Mai - Hà Nội Hoàng Mai 5/8 Rau Mùi Nguyễn Thị Loan Chợ HH - Linh Đàm Hoàng Mai - Hà Nội Hoàng Mai 5/8 rau quế (lá nhỏ) ngô Thị Nga - Chợ Đại Từ - Hồng Mai - Hà Nội Hồng Mai 5/8 húng chó ngô Thị Nga - Chợ Đại Từ - Linh Đàm Hoàng Mai - Hà Nội Hoàng Mai 5/8 mùi tàu Hoàng Thị Hoa - Chợ Ngọc Thụy, Long Biên, Hà Nội Long Biên 19/8     38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 rau mùi Hoàng Thị Hoa - Chợ Ngọc Thụy, Long Biên, Hà Nội Long Biên 19/8 rau quế Hoàng Thị Hoa - Chợ Ngọc Thụy, Long Biên, Hà Nội Long Biên 19/8 xà lách xoăn Trịnh Thị Hằng - Chợ La Khê - Hà Đông Hà Nội Hà Đông 9/9 xà lách mỡ Trịnh Thị Hằng - Chợ La Khê - Hà Đông Hà Nội Hà Đông 9/9 mùi ta Trịnh Thị Hằng - Chợ La Khê - Hà Đông Hà Nội Hà Đông 9/9 mùi tàu Nguyễn Thị Lan - Chợ La Khê - Hà Đông Hà Nội Hà Đông 9/9 húng bạc hà Nguyễn Thị Lan - Chợ La Khê - Hà Đông Hà Nội Hà Đông 9/9 húng quế Nguyễn Thị Lan - Chợ La Khê - Hà Đông Hà Nội Hà Đơng 9/9 húng chó Nguyễn Thị Hoa - Chợ Đồng Xa- Cầu Giấy Hà Nội Cầu Giấy 16/9 húng quế (lá nhỏ) Nguyễn Thị Hoa - Chợ Đồng Xa- Cầu Giấy Hà Nội Cầu Giấy 16/9 bạc hà Nguyễn Thị Hoa - Chợ Đồng Xa- Cầu Giấy Hà Nội Cầu Giấy 16/9     49 mùi ta Lê Thị Hà - Chợ Đồng Xa- Cầu Giấy - Hà Nội Cầu Giấy 16/9 50 mùi tàu Lê Thị Hà - Chợ Đồng Xa- Cầu Giấy - Hà Nội Cầu Giấy 16/9 51 ngổ Lê Thị Hà - Chợ Đồng Xa- Cầu Giấy - Hà Nội Cầu Giấy 16/9 húng chó Bùi Thị Nguyệt - Chợ Mỹ Đình - Nam Từ Liêm - Hà Nội Nam Từ Liêm 16/9 bạc hà Bùi Thị Nguyệt - Chợ Mỹ Đình - Nam Từ Liêm - Hà Nội Nam Từ Liêm 16/9 mùi ta Bùi Thị Nguyệt - Chợ Mỹ Đình - Nam Từ Liêm - Hà Nội Nam Từ Liêm 16/9 húng quế (lá nhỏ) Cao Thị Mỹ- Chợ Mỹ Đình - Nam Từ Liêm Hà Nội Nam Từ Liêm 16/9 mùi tàu Cao Thị Mỹ- Chợ Mỹ Đình - Nam Từ Liêm Hà Nội Nam Từ Liêm 16/9 xà lách Cao Thị Mỹ- Chợ Mỹ Đình - Nam Từ Liêm Hà Nội Nam Từ Liêm 16/9 xà lách xoăn Trịnh Thị Mai - Chợ Thạch Bàn - Long Biên - Hà Nội Long Biên 9/10 xà lách mỡ Trịnh Thị Mai - Chợ Thạch Bàn - Long Biên - Hà Nội Long Biên 9/10 bạc hà Trịnh Thị Mai - Chợ Thạch Bàn - Long Biên - Hà Nội Long Biên 9/10 52 53 54 55 56 57 58 59 60     61 Xà Lách Lo lo tím 62 Xà Lách Romaine 63 Xà Lách Lo lo xanh 64 Fivimart- Hà Đông Hà Đông 8/10 Hà Đông 8/10 Long Biên 9/10 Mùi ta (ngò ri) Long Biên 9/10 65 Xà lách Mỡ Long Biên 9/10 66 Húng quế Long Biên 9/10 67 Mùi tàu (ngò gai) Long Biên 9/10 68 Xà Lách Romaine Hà Đông 8/10 69 Rau húng quế Hà Đông 8/10 70 Xà lách Frise Hà Đông 8/10 71 Húng quế Hoàng Mai 15/10 72 Xà Lách Hoàng Mai 15/10 73 Mùi Ta Hoàng Mai 15/10 Hoàng Mai 15/10 AEON mall Mega Market HN Bác Tôm - Linh Đàm Hoàng Mai MT Mart - hh1A Linh Đàm - Hoàng Mai - Hà Nội 74 Xà Lách 75 Ngổ Hoàng Mai 15/10 76 Mùi Ta Hoàng Mai 15/10 Cầu Giấy 18/10 Fivimart- 94 Hoàng Quốc Việt - Cầu Giấy - Hà Nội 77 Xà lách Lo lo Tím 78 Xà lách mỡ Thủy canh CNC Cầu Giấy 18/10 79 Xà lách DakleaF xanh Cầu Giấy 18/10 80 Xaà lách Lo lo xanh Thủy canh Cầu Giấy 18/10 81 Mùi tàu Cầu Giấy 18/10     82 Húng bạc hà Cầu Giấy 18/10 83 Xà lách Frise thủy canh Nam Từ Liêm 19/10 84 Húng quế Nam Từ Liêm 19/10 85 Mùi tàu Nam Từ Liêm 19/10 86 Rau ngổ Nam Từ Liêm 19/10 87 Mùi tàu Auchan Mart - Hà Đông - Hà Nội Hà Đông 15/10 88 Xà lách Frise rau thủy canh Vinmart - 72 Trần Đăng Ninh Cầu Giấy 18/10 89 diếp cá Vinmart - 72 Trần Đăng Ninh Cầu Giấy 18/10 90 xa lách mỡ Vinmart - 72 Trần Đăng Ninh Cầu Giấy 18/10 BigC garden - Mỹ Đình - Nam Từ Liêm Hà Nội     PHỤ LỤC Trình tự đoạn gen bla TEM 41 81 121 161 201 241 281 321 361 401 441 481 521 561 601 641 CAGCGGTAAG TTTCCAATGA CGGTATTATC TCGCCGCATA TCACCAGTCA TAAGAGAATT CACTGCTGCC AAGGAGCTAA TAACTCGCCT CATACCAAAC ATGGCAACAA TTACTCTAGC GGCGGATAAA CCGGCTGGCT AGCGTGGGTC TGGTAAGCCC AGTCAGGCAA ATCCTTGAGA TGAGCACTTT CCGTGTTGAC CACTATTCTC CAGAAAAGCA ATGCAGTGCT AACTTACTTC CCGCTTTTTT TGATCGTTGG GACGAGCGTG CGTTGCGCAA TTCCCGGCAA GTTGCAGGAC GGTTTATTGC TCGCGGTATC TCCCGTATCG CTATGGATGA GTTTTCGCCC TAAAGTTCTG GCCGGGCAAG AGAATGACTT TCTTACGGAT GCCATAACCA TGACAACGAT GCACAACATG GAACCGGAGC ACACCACGAT ACTATTAACT CAATTAATAG CACTTCTGCG TGATAAATCT ATTGCAGCAC TAGTTATCTA A CGAAGAACGT CTATGTGGTG AGCAACTCGG GGTTGAGTAC GGCATGACAG TGAGTGATAA CGGAGGACCG GGGGATCATG TGAATGAAGC GCCTGCAGCA GGCGAACTAC ACTGGATGGA CTCGGCCCTT GGARSSGGTG TGGGGCCAGA CACGACGGGG Trình tự đoan gen bla OXA 41 81 121 161 201 241 281 321 361 401 441 481 521 561 ACCAGATTCA TTTGATGCGG GGGATAAAAC TCATACACCA GTTTCGCAAG TCAAGAATTA CTTCTCTGGA GCATGGCTCG AAATTCAATT AGTTAAAAAC TATCTACAAG AAACTGGTGC CGGATGGTTT AAATATGTTT CGAATTTAAC ACTTTCAAGA AAATAATAGA CCCCAAAGGA AAGACGTGGA AAATAACCCA TCTCAAAGAT GATAAAGAAA AAAGTAGCTT CCTGCGTAAA TCAGCCATAG ATCTGGATAA AGGATTCACA GAAGGGTTTA TTGTGTCCGC ATCAAGCATA TCGCATTATC TCAGAAAACC ATGGAGATCT TGCAATTTTC AAAAATTGGA TTTGATTATG GAAACAACGG AAAAATTTCA ATTATTAATC AAAACACCAT TAGTACAAAA GCAAATAGAA TTATAAGCAA ACTTACAGGA AAAGCCAAGA   ACTTATGGCA ATATTCAAAT GGAACAGCAA TGTTGTTTGG TTAAATAAAA GAAATCAAGA ATTAACAGAA CCAGAAGAAC ACAATCTCCC AGAGAACATG CTGTATGGGA CCTTACAAAA ATCAGGACAT AACTTGGGGT   Trình tự đoạn gen bla CTX-M 41 81 121 161 201 241 281 321 361 401 441 481 521 561 TCGATGTGCA TGCTTAAGCA GCCTGTCGAG CCGATTGCCG CAGAACTGAG CGCCATGAAC GGCGTGACGG TTCGTCTGGA TCCCGGCGAC GCGCAGACGT GCGAAACCCA CAATACGACC ACGTCGTGGA ACGGCACCAC TCGTGCGCCG GTACCAGTAA GAGTGAAACG ATCAAGCCTG AAAAACACGT CGCGGCCGCG AAATTGATTG CTTTTGCCCG TCGCACTGAA CCGAGAGACA TGCGTCAGCT GCGGGCGCAG GGCGCAGCCA CTGTGGGTGA CAATGATATT CTGATTCTGG AGTTATGGCG CAAAAGCAGC CCGATCTGGT CAACGGCACA TTGCAGTACA CCCAGCTCGG CGCGATCGGC CCTACGCTGA CCACCACGCC TACGCTGGGT TTGGTGACGT GCATTCGGGC TAAGACCGGC GCGGTGATCT TCACT GCCGCGGCGG TGCTTAATCA TAACTACAAT ATGACGCTGG GCGACAATAC TGGCCCGGGA GATGAGACGT ATACCGCCAT GCGGGCGATG CATGCGCTGG GGCTCAAAGG CGGCTTACCG AGCGGCGACT GGCCGCAGGG GCCCTATTAT AAACAGCCGG CTGTAAGTAA TGTGGCGAAA AAATACCAGC TCACATTGCT GCCGTTACAG CTGCTGAATT CGGGCGATAT GTTTGGTGCT GAGCAGTTGC TATCTCACAC CCAGTATGCG GTGTCGCCGG AATCCGCCTC TATGGAGCCG GCAATGTATC CGATTAACCA GCAGCAGAAA GTCGCATTGC AGCCGTATAA AACAACTGGT AAACAGGTGG TTCAATTATG TCACTGAAAA AACTTTCACA AAAGAGATGG CGGAGCTGGC GGATCTGGCT GTGCCGGATG TCTATCAGCA GCGTCTGTAT CTGACCGCAA TGACTGCACG CTTTATTACT TACGGTTATA GACAGCTTGA AAAAGATATG TCACGGGCCG TCGCCCAGAC GGGGCTGGGC GATATGATCA AGCCGCATCC CCGTGCTTCC TTCGGCGCCT CGATTGTGAT Trình tự đoạn gen bla DHA 41 81 121 161 201 241 281 321 361 401 441 481 521 561 601 641 681 721 761 801 841 881 921 GCCGTCTCCG GTTTTGCCGA TACACTATTT GGTGTGCTGG CGCTGAATGA TCTGCCGCAG ACCTATACCG CGGTAAAAAG GTGGCAGCCG GCAAACAGCA ACGCGGCGGG GATCCTGGCA GTGCCGGAAA AAAACAAAAA TGCGGAATCT CTGCGCTGGG GTAATGCGGA CCGCTACTAT TGGGAAATGT TTAACGGTGT GGTAACAGAC TGGGTGCATA ATGTCGCCTT TCTGGC TAAAGGGTAA TATTCAGGCA GAGCTCGGAT GTGCGGTTTC TCCGGCGGCA TGGAAGGGGA CAGGCGGACT CCGTGCGGAT TCCCGGAAAC GTATCGGCCT GATGCCGTAT CCGCTGGGGT GTGCGCAAAG ACCGGTCCGC TACGGCGTGA CGGAAATGAA TCTGGAAATG AAAACCGCCG ATGACTGGCC GACCAACGAG AACCAGGTTC AAACGGGCGC TATTCCGGAA     Trình tự đoạn gen bla CMY 41 81 121 161 201 241 281 321 361 401 441 481 521 561 601 641 681 721 761 801 841 ACAGAACAAC CCCCGTTGAT TGCCGTTATC GGTAAAGCCG AAACGCTGTT CGGCGTGTTG AAGCTCAGCG CAGGCAAACA CACCTATACG GACGTTAGGG ACTGGCAGCC CGCTAACTCC AAACCCTCAG GCGTCCTGCA GGTTCCGCAG CGCGAAGGGA ACGCCGAAGC GGCCCGCTGG CAGGAGAAAA CTCGCTACTG CTGGGAGATG ATCAACGGCA AGATTGCCGA GCAGGAGCAG TACCAGGGAA ATATCGCCAA TGAGCTAGGA GGCGGCGATG ATCCGGTCAC GTGGCAGGGT GCAGGCGGCC ATAAAGCCGC GCAATGGACT AGCATTGGTC GAATGAGTTA ACCATTAAAA AACGAACAAA AGCCCGTACA CTATGGCGTG GTTCAGGCCA CGCTCCAGCA GCGTATTGGC CTGAACTGGC GCGACA TATCGTTAAT GCTATTCCGG AACCCTATTA TAACCACCCA TCGGTTAGTA CTATCGCCCG GAAATACTGG ATCCGCCTGC TACCGCTGCA ATTACTGCAT CCGGGCGCTA TGTTTGGCGC CGAAGAGGCA CTGGCGCATA AAGATTATGC CGTTTCTCCG AAATCCAGCG ACATGGATGC GGGCATTGCG GATATGTACC CGCTGAAAGC Chú thích: Phần bơi đậm trình tự mồi                       CGCACCATCA GTATGGCCGT TTTCACCTGG GTCACGCAGC AGACGTTTAA CGGCGAAATT CCAGAACTGA TGCACTTAGC GATCCCCGAT TTTTATCAAA AGCGACTTTA GCTGGCGGTG ATGACCAGAC CCTGGATTAC CTGGGGCTAT GGACAACTTG TTATTGATAT CAGCCACGTT CTTGCGCAGT AGGGATTAGG TGATTCGATC ... rau ăn sống bán quán ăn Để có chứng cụ thể thực trạng ô nhiễm kháng kháng sinh Enterobacteriaceae rau ăn sống, định tiến hành thực luận văn Đánh giá lưu hành tính kháng kháng sinh vi khuẩn đường. .. KHÁNG SINH CỦA VI KHUẨN ĐƯỜNG RUỘT ENTEROBACTERIACEAE TRONG RAU ĂN SỐNG TẠI MỘT SỐ QUẬN NỘI THÀNH HÀ NỘI Chuyên ngành: Sinh học thực nghiệm Mã số: 42 01 14 LUẬN VĂN THẠC SĨ SINH HỌC NGƯỜI HƯỚNG... ruột Enterobacteriaceae rau ăn sống số quận nội thành Hà Nội Mục đích Xác định tỷ lệ nhiễm vi khuẩn đường ruột Enterobacteriaceae rau ăn sống (Nhóm Enterobacteriaceae lên men glucose, nhóm Enterobacteriaceae