Đánh giá bộ kit forenseq trên hệ thống miseq FGx ứng dụng trong định danh cá thể người việt nam

ĐẠI HỌC QUỐC GIA HÀ NỘI TRƢỜNG ĐẠI HỌC KHOA HỌC TỰ NHIÊN Nguyễn Thị Hồng Nhung ĐÁNH GIÁ BỘ KIT FORENSEQ TRÊN HỆ THỐNG MiSeq FGx ỨNG DỤNG TRONG ĐỊNH DANH CÁ THỂ NGƢỜI VIỆT NAM LUẬN VĂN THẠC SĨ KHOA HỌC Hà Nội - 2016 ĐẠI HỌC QUỐC GIA HÀ NỘI TRƢỜNG ĐẠI HỌC KHOA HỌC TỰ NHIÊN Nguyễn Thị Hồng Nhung ĐÁNH GIÁ BỘ KIT FORENSEQ TRÊN HỆ THỐNG MiSeq FGx ỨNG DỤNG TRONG ĐỊNH DANH CÁ THỂ NGƢỜI VIỆT NAM Chuyên ngành : Di truyền học Mã số: 60420121 LUẬN VĂN THẠC SĨ KHOA HỌC Cán hƣớng dẫn: TS Nguyễn Văn Sáng Hà Nội - 2016 Lời cảm ơn Để thực thành cơng khóa luận tốt nghiệp này, em xin gửi lời cảm ơn sâu sắc đến Đại tá Hà Quốc Khanh nguyên Viện phó Viện Khoa học Hình với thầy Nguyễn Văn Sáng, người hướng dẫn, bảo tận tình suốt thời gian em thực đề tài Em xin gửi lời cảm ơn đến Thạc sĩ – Trung tá Trịnh Tuấn Toàn Thạc sĩ Nguyễn Quang Vinh, cán giám định viên Phòng giám định Sinh học Pháp lý, nhân viên công ty Cổ phần dịch vụ phân tích di truyền GENTIS, nhân viên công ty Cổ phẩn Khoa học Vật tư BIOMEDIC cung cấp mẫu trường, mẫu quần thể người Việt thông tin cần thiết tạo điều kiện thuận lợi cho em thực tốt đề tài Trong thời gian hồn thành khóa luận, em nhận quan tâm, giúp đỡ động viên Đại tá Hà Quốc Khanh anh chị bạn Phòng Kỹ thuật Ứng dụng, thuộc công ty BIOMEDIC Em xin chân thành cảm ơn! Cuối em xin gửi lòng biết ơn tới gia đình, bạn bè thân thiết động viên, bên cạnh em thời gian em thực khóa luận Hà Nội, ngày 20 tháng 12 năm 2016 Sinh viên Nguyễn Thị Hồng Nhung Luận văn cao học - 2016 Nguyễn Thị Hồng Nhung – K23CH bp : Cluster : Cụm CODIS : Com cs : DNA : H2 O : kb : kilob Index : Là tr NGS : Next PCR : STR : SNP : SBS : stutter : Hiện RFLP : Rest Luận văn cao học - 2016 Nguyễn Thị Hồng Nhung – K23CH DANH MỤC CÁC BẢNG Trang Bảng 1.1: Các kit STRs thương mại phổ biến thị trường Bảng 1.2: So sánh thị STRs SNPs Số alen quan sát STR SNP dải pha loãng Bảng 3.1: đối chứng dương 2800M 28 Bảng 3.2: Kết thí nghiệm kit Identifiler Plus 29 Bảng 3.3: Kết thí nghiệm kit ForenSeq 30 Bảng 3.4: Nồng độ mẫu đo phương pháp qPCR 32 Bảng 3.5: Độ độ bao phủ alen locus khác 38 Bảng 3.6: Bảng khảo sát tần số SNPs quần thể người Việt Nam 38 Bảng 3.7: Bảng 3.8: 40 41 42 Bảng 3.9: 43 Bảng 3.10: Bảng 3.11: Bảng 3.12: 44 44 Luận văn cao học - 2016 Hình 1.1: Hình 1.2: Hình 1.3: Hình 1.4: Hình 2.1: Hình 3.1: Hình 3.2: Hình 3.3: Hình 3.4: Hình 3.5: Hình 3.6: Hình 3.7: Nguyễn Thị Hồng Nhung – K23CH DANH MỤC CÁC HÌNH Hệ thống CODIS 13 STR loci vị trí nhiễm sắc thể Hình ảnh máy điện di mao quản 3130xl với 16 mao quản Quy trình giải trình tự hệ Illumina Bộ kit chuẩn bị thư viện ForenSeq Khái quát kit ForenSeq TM TM DNA Signature Prep DNA Signature Prep Số lượng đoạn đọc đại diện mẫu từ dải pha loãng 2800M Phân biệt tượng isometric alen Kết mẫu chất lượng hai phương pháp Hồ sơ ADN hai mẫu cho nhận ngẫu nhiên 15/16 locus Hồ sơ ADN hai mẫu A B thực ForenSeq Hiện tượng isometric alen alen 29 locus D21S11 hai mẫu A B Phân biệt alen kích thước khác trình tự mẫu lẫn Luận văn cao học - 2016 Nguyễn Thị Hồng Nhung – K23CH MỤC LỤC Mở đầu Chƣơng 1: TỔNG QUAN TÀI LIỆU 1.1 Lịch sử nghiên cứu thị ADN ứng dụng khoa học hình 1.2 Chỉ thị ADN sử dụng khoa học hình 1.2.1 STR – Short Tandem Repeats 1.2.2 SNP – Single Nucleotide Polymorphism 1.3 Các phƣơng pháp phân tích sử dụng thị ADN 1.3.1 Đa hình chiều dài đoạn cắt giới hạn (RFLP – Retriction Fragment Length Polymorphism) 1.3.2 Phương pháp PCR thị STRs 10 1.3.3 Điện di phát STRs 10 1.3.4 Giải trình tự hệ – Next Generation Sequencing (NGS) 11 1.4 Hệ thống giải trình tự hệ ILLUMINA – MiSeq FGx 14 1.4.1 Cơng nghệ giải trình tự Illumina 14 1.4.2 Giải pháp NGS cho linh vực hình Illumina 16 1.4.3 Tình hình thực tế Việt Nam 17 Chƣơng 2: NGUYÊN LIỆU VÀ PHƢƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU 19 2.1 Nguyên liệu, hóa chất thiết bị 19 2.1.1 Đối tượng nghiên cứu 19 2.1.2 Hóa chất 19 2.1.3 Dụng cụ thí nghiệm 19 2.2 Phƣơng pháp nghiên cứu 19 Luận văn cao học - 2016 2.2.1 Tách chiết mẫu 2.2.2 Tách chiết mẫu A 2.2.3 Tinh mẫu A 2.2.4 Định lượng nồng 2.2.5 Chuẩn bị thư việ 2.2.6 Phương pháp giả 2.2.7 Xử lý thống kê số 2.3 Sơ đồ nghiên cứu Chƣơng 3: KẾT QUẢ VÀ THẢO LUẬN 3.1 Thông tin lần chạy máy MiSeq FGx 3.2 Đánh giá độ nhạy 3.3 Đánh giá độ tƣơng đồng 3.4 Đánh giá độ phân giải 3.5 Trƣờng hợp mẫu có chất lƣợng 3.6 Trƣờng hợp mẫu cho nhận ngẫu nhiên quần thể 3.7 Trƣờng hợp mẫu lẫn 3.8 Khảo sát tần suất iSNPs quần thể ngƣời Việt Nam (Kinh) 3.9 Khảo sát tần suất locus STR ForenSeq quần ngƣời Việt Nam (Kinh) 3.9.1 Locus D4S2408 3.9.2 Locus D6S1043 Promega Qiagen 1.2.2 SNP – Single Nucleotide Polymorphism Một biến đổi trình tự cá thể điểm cụ thể hệ gen thường gọi tính đa hình đơn nucleotide hay gọi SNP (Single Nucleotide Polymorphism) [5] SNP phong phú hệ gen người sử dụng để nghiên cứu mối tương quan với bệnh di truyền Hàng triệu SNP tồn cá thể riêng biệt Do SNP sử dụng để giúp phân biệt cá thể [5, 6] Có nhiều nghiên cứu SNP thị phân tử đầy tiềm SNP có đủ khả để thay STRs ứng dụng tương lai [6] Những SNPs có số ưu điểm vượt trội so với STRs Đầu tiên quan trọng sản phẩm PCR SNPs có kích thước bé 100bp Điều có nghĩa thị SNPs có khả khôi phục lại thông tin ADN từ mẫu bị đứt gãy mạnh tốt so với STRs (các amplicon có kích thước từ 300bp – 400bp) [6] Thứ hai theo nguyên tắc kết hợp nhiều SNPs so với STRs không bị giới hạn phương pháp phát Thứ ba xử lý mẫu phân tích liệu tự Luận văn cao học - 2016 Nguyễn Thị Hồng Nhung – K23CH động hóa hồn tồn Thứ tư khơng có tượng stutter, đơn giản hóa dễ dàng giải thích kết gọi tên alen Cuối cùng, khả dự đoán nguồn gốc chủng tộc đặc điểm kiểu hình thực với lựa chọn cẩn thận SNPs ancestry SNPs phenotype [5,6] Bảng 1.2 So sánh thị STRs SNPs [5] Đặc điểm Tần số xuất hệ gen Khả cấp thông tin Tỉ lệ đột biến Loại thị Số lượng alen Phương phát Kích thước đoạn amplicon Khả đốn nguồn gốc chủng tộc Luận văn cao học - 2016 Thơng tin kiểu hình Lợi ứng dụng khoa hoc hình Giới hạn ứng dụng hình Cả hai thị phân tử STRs SNPs có ưu điểm nhược điểm định phân tích ADN hình Theo nghiên cứu nhà khoa học, phân tích 50 SNP độ tin cậy đạt tương đương với hệ thống CODIS Hiện nay, số phịng thí nghiệm phân tích ADN giới ứng dụng SNP giải vụ việc nhằm xác định quan hệ huyết thống trực hệ 1.3 Các phƣơng pháp phân tích sử dụng thị ADN 1.3.1 Đa hình chiều dài đoạn cắt giới hạn (RFLP – Restriction Fragment Length Polymorphism) Phương pháp phân tích ADN sử dụng để nhận dạng người phương pháp RFLP Trong phương pháp này, hệ gen cắt ngẫu nhiên enzyme cắt giới hạn vị trí đặc hiệu biết trước trình tự Kỹ thuật nhận biết khác người với người khác thông qua độ dài Luận văn cao học - 2016 Nguyễn Thị Hồng Nhung – K23CH đoạn ADN sau điện di để phân tách dựa vào kích thước Sự xuất hay vắng mặt vị trí đặc hiệu mẫu ADN tạo sản phẩm có kích thước khác Sau đó, sản phẩm ADN phân tách gel phát cách lai với đầu dò trình tự bổ sung với ADN mẫu RFLP khơng sử dụng lâu hình nhận dạng ADN người nhanh chóng bị thay phương pháp khác sử dụng kỹ thuật PCR Nguyên nhân phương pháp dựa vào PCR giúp làm tăng số lượng copy lượng mẫu tương đối nhỏ, giúp phân tích mẫu bị đứt gãy Ngược lại, phương pháp RFLP yêu cầu lượng lớn mẫu tốt, không bị đứt gãy [12] 1.3.2 Phương pháp PCR thị STRs Chỉ thị STRs có tính đa hình cao Trong quần thể người có số lượng lớn tính đa hình dựa vào độ dài thị STRs Sự khác biệt người người khác số lần lặp lại đơn vị trình tự Mỗi cá thể bình thường có alen cặp nhiễm sắc thể sử dụng để xác định mối quan hệ trực hệ (bố - con, mẹ - con) Nhiễm sắc thể Y có STRs Các Y – STRs xuất nam giới ứng dụng để xác định quan hệ huyết thống theo dịng nội [5] Ngồi ra, nhiễm sắc thể X có STR ứng dụng để phân tích số mối quan hệ huyết thống có liên quan đến nhiễm sắc thể X [5] Mồi cho phản ứng PCR STRs thiết kế bổ sung với trình tự nằm vùng biên (flanking regions) trình tự lặp lại Phương pháp sử dụng để phân tích ADN hình sự, hai mồi gắn màu huỳnh quang Các alen khác locus khác phải phân biệt màu sắc khác kết hợp nhiều locus phản ứng PCR Như việc gắn huỳnh quang để ngăn chặn alen locus khác bị trùng kích thước lên [12] 1.3.3 Điện di phát STRs Điện di gel sử dụng để phân tách đoạn ADN sử dụng phương pháp RFLP phân tích STRs trước hệ thống điện di mao quản trở nên có sẵn Sử dụng kết điện di mao quản giúp phân tích nhanh xác Hiện nay, cơng nghệ điện di mao quản coi “tiêu chuẩn 10 Luận văn cao học - 2016 Nguyễn Thị Hồng Nhung – K23CH vàng” phân tích giám định hình [20] Hầu hết hệ thống điện di mao quản sản xuất công ty Applied Biosystems Điện di mao quản sử dụng mao quản dài hẹp có chứa polymer đặc biệt cho phép phân tách đoạn ADN khác theo kích thước Sản phẩm PCR bổ sung vào ống mao quản Trong suốt trình điện di, đoạn có kích thước nhỏ chạy nhanh đoạn lớn Trong trình phân tách, đoạn sản phẩm PCR chiếu chùm tia laser cho phép phát màu huỳnh quang khác gắn mồi để phát ánh sáng có bước sóng riêng Hệ thống phát bước sóng cho phép so sánh với hệ thống thang chuẩn điện di song song với mẫu Từ đó, loạt đỉnh dựng lên thể mối quan hệ tín hiệu huỳnh quang gắn vào đoạn STR với thuốc nhuộm đặc biệt so với thời gian di chuyển Hệ thống phần mềm máy tính xử lí thơng tin cung cấp kích thước alen khác trình điện di kiểu gen chúng (số lần đơn vị lặp lại) [12] Hình 1.2 Hình ảnh máy điện di mao quản 3130xl với 16 mao quản 1.3.4 Giải trình tự hệ – Next Generation Sequencing (NGS) 1.3.4.1 Tổng quan NGS 11 Luận văn cao học - 2016 Nguyễn Thị Hồng Nhung – K23CH Cơng nghệ giải trình tự hệ với đặc điểm hiệu suất cao, giảm chi phí phát triển nhanh chóng năm gần trở thành công cụ phân tích quan trọng cho nhiều nhà di truyền học Hàng triệu hàng tỉ phân tử ADN giải trình tự đồng thời Do đó, hiệu suất trình giải trình tự tăng lên cách đáng kể giảm thiểu việc phải tách dịng trình tự đích giống phương pháp Sanger trước [20] Năm 2005, Roche giới thiệu hệ thống giải trình tự hệ genome 454 – hệ thống giải trình tự liệu đầu lớn theo phương pháp pyrosequencing giới Hệ thống tạo 200 000 đoạn đọc có độ dài khoảng 110bp [13] Năm 2007, Applied Biosystems (ABI) giới thiệu hệ thống giải trình tự hệ thứ hai SOLiD dựa công nghệ nối đoạn oligonucleotide Hệ thống SOLiD sử dụng việc nhân cầu pha cứng (solid – phase bridge amplification), đoạn tiếp hợp đầu 5’ 3’ gắn vào đầu khuôn ADN Cũng thời gian đó, Illumina cho mắt hệ thống giải trình tự Solexa Hệ thống đơn giản hóa phương pháp xây dựng thư viện đảo đầu phương pháp huỳnh quang dẫn dến việc tạo đoạn đọc có độ dài 35bp [3] Năm 2010, hệ thống giải trình tự nhanh hơn, chi phí thấp dựa công nghệ bán dẫn Ion Torrent giới thiệu Đây hệ thống xác định trình tự khơng dựa vào tín hiệu + huỳnh quang mà dựa vào việc đo thay đổi pH việc giải phóng ion H gắn nucleotide công nghệ bán dẫn [16] Tất phương pháp giải trình tự dẫn tới ba cải tiến đáng kể so với công nghệ truyền thống [20] - Đầu tiên công nghệ không yêu cầu tách dịng đoạn ADN, mà thay vào cần chuẩn bị thư viện NGS theo mục đích - Thứ hai thay hàng trăm phản ứng giải trình tự cơng nghệ thực hàng triệu phản ứng đồng thời - Thứ ba, trình tự xuất trực tiếp mà không cần phải điện di Số lần đọc NGS vơ lớn, cho phép q trình giải trình tự tồn hệ 12 Luận văn cao học - 2016 Nguyễn Thị Hồng Nhung – K23CH gen thời gian ngắn ứng dụng rộng rãi nhiều lĩnh vực khoa học đời sống Tuy nhiên, nhược điểm hệ thống giải trình tự độ dài đoạn đọc tương đối ngắn, dẫn đến khó khăn việc cắt nối trình tự, lắp ráp, thích phân tích tin sinh học [20] 1.3.4.2 Triển vọng ứng dụng công nghệ NGS phân tích ADN hình So với lĩnh vực nghiên cứu khác, phân tích ADN hình phải đối mặt với nhiều thách thức lượng mẫu ít, số thấp, nhiều chất ức chế, mẫu đứt gãy mạnh bị nhiễm nhiều nguồn mẫu khác nhau, phải có độ xác cao phải cân nhắc vấn đề thời gian chi phí [20] Hiện nay, cơng nghệ sử dụng phân tích hình PCR kết hợp với điện di mao quản dựa phương pháp phân tích đoạn ADN phát khác độ dài thị STR Đây coi tiêu chuẩn vàng phân tích với ưu điểm công nghệ là: - Thời gian thực từ khâu tách chiết mẫu tới phân tích kết tương đối ngắn - Quy trình thực đơn giản, có khả linh động việc lựa chọn kit khác tùy theo mối quan hệ muốn phân tích Tuy nhiên, cơng nghệ cịn tồn nhiều hạn chế định trình PCR giới hạn việc phát tồn yếu tố nhiễu làm ảnh hưởng tới trình đọc kết [5, 12, 20] - Đòi hỏi kỹ thuật viên có kinh nghiệm trình độ tốt để nhận định kết trường hợp nhiễu nhận định alen thật, alen giả, alen hiếm, mẫu lẫn từ nhiều nguồn - Trong trường hợp mẫu trường thường mẫu có chất lượng kém, bị đứt gãy mạnh độ phân giải hệ thống không cao 13 Luận văn cao học - 2016 Nguyễn Thị Hồng Nhung – K23CH Thường không đủ số locus => giám định viên phải thực lại nhiều lần thu kết để đối chiếu so sánh - Các yếu tố nhiễu phát sinh trình PCR tượng stutter, phát sinh trình điện di mao quản tượng lẫn màu, băng khơng đặc hiệu, tín hiệu cao, tượng alen không gọi cách tự động Từ khó khăn cịn tồn đọng hệ thống giải trình tự hệ cũ, nhà khoa học hình nghiên cứu khám phá lợi hệ thống giải trình tự hệ Đồng thời nhà nghiên cứu nhận định hệ thống giải trình tự giải pháp đầy hứa hẹn cho giám định ADN khoa học hình tương lai [17] 1.4 Hệ thống giải trình tự hệ Illumina - MiSeq FGx 1.4.1 Cơng nghệ giải trình tự Illumina [22] Hệ thống máy giải trình tự Illumina sử dụng cơng nghệ giải trình tự theo phương pháp tổng hợp (Sequencing by Synthesis) kết hợp với việc sử dụng nucleotide có gắn tín hiệu huỳnh quang khóa dừng thuận nghịch để đọc nhận biết trình tự cách trực tiếp Nguyên tắc công nghệ giải trình tự Illumina giống với giải trình tự điện di mao quản ADN polymerase xúc tác cho trình ghép deoxyribonucleotide triphosphates gắn huỳnh quang vào mạch khn ADN suốt chu kì tổng hợp Trong suốt chu kì, nucleotit có kết hợp phát xạ huỳnh quang Đặc điểm khác thay vào việc giải trình tự sợi ADN, cơng nghệ giải trình tự hệ cho phép giải trình tự đồng thời nhiều gen lúc Cơng nghệ giải trình tự phương pháp tổng hợp (SBS) đưa kết có xác cao, tăng tỉ lệ đọc đoạn ADN Quy trình giải trình tự hệ gồm có bước chính:  Chuẩn bị thư viện (Library Preparation) 14 Luận văn cao học - 2016 Nguyễn Thị Hồng Nhung – K23CH Bao gồm việc chuẩn bị thực theo quy trình kit ForenSeq DNA Signature Prep Mẫu khuếch đại đoạn ADN đặc hiệu gắn thêm adapter riêng biệt để phân biệt mẫu với Cuối cùng, mẫu trộn lại chung đưa vào máy giải trình tự  Tạo Cluster Thư viện sau chuẩn bị máy đưa tự động lên flow cell – nơi có đoạn nhỏ oligo nucleotit gắn lên bề mặt có tương thích với adapter Mỗi đoạn khuếch đại riêng biệt tách thành nhóm cluster thơng qua phản ứng khuếch đại đường cầu Sau trình tạo cluster mạch khn sẵn sàng cho việc giải trình tự  Giải trình tự Giải trình tự cơng nghệ tổng hợp Kết có độ xác đến base  Phân tích kết Hệ thống có server kèm sử dụng phần mềm riêng biệt để phân biệt so sánh mẫu với Chuẩn bị thư viện 15 Luận văn cao học - 2016 Nguyễn Thị Hồng Nhung – K23CH Tạo Cluster Giải trình tự Hình 1.3 Quy trình giải trình tự hệ Illumina 1.4.2 Giải pháp NGS cho lĩnh vực hình Illumina [23] Hệ thống MiSeq FGx hệ thống hãng Illumina giới thiệu sử dụng riêng cho hình Hệ thống mắt vào tháng năm 2015 đứng thứ hai top 10 danh sách sản phẩm khoa học đổi cho năm 2015 Hệ thống MiSeq FGx đánh giá giải pháp hồn chỉnh cho lĩnh vực hình Với đặc điểm như: - Chỉ sử dụng kit hồn thiện phân tích thị ADN hình STRs SNPs - Tổng số dấu chuẩn kit chuẩn bị thư viện 233 Từ cung cấp lượng thơng tin lớn mang độ tin cậy xác cao - Kết hợp đồng thời STR nhiễm sắc thể thường (28 locus), nhiễm sắc thể giới tính Y (24 locus) nhiễm sắc thể giới tính X (7 locus) Bên 16 Luận văn cao học - 2016 Nguyễn Thị Hồng Nhung – K23CH cạnh cịn có 94 SNPs mang thông tin giúp phân biệt nhận diện cá thể - Kích thước đoạn amplicon sau khuếch đại từ 60 – 460bp Điều có ý nghĩa phân tích mẫu bị đứt gãy mạnh, mẫu có chất lượng mẫu xương - Có khả dự đốn kiểu hình nguồn gốc chủng tộc cá thể có chứa ancestry SNPs phenotyping SNPs - Số lượng mẫu tối đa thực 96 mẫu - Lượng ADN khuyến cáo tương đối thấp - Tất hóa chất phải sử dụng gói gọn kit 1ng Hình 1.4 Bộ kit chuẩn bị thư viện ForenSeq TM DNA Signature Prep 1.4.3 Tình hình thực tế Việt Nam Hiện Việt Nam, giải trình tự phương pháp điện di mao quản tiêu chuẩn vàng phòng giám định gen Viện Khoa học Hình Tuy nhiên sau thời gian dài sử dụng, giới hạn mặt công nghệ phương pháp cũ xuất mà chưa có giải pháp cụ thể giải trường hợp án khó Tháng năm 2015, Viện bắt kịp đơn vị mua cài đặt hệ thống máy MiSeq FGx Illumina Để đánh giá thực tế lợi máy MiSeq FGx mang lại, tiến hành đề tài: “Đánh giá kit ForenSeq hệ thống MiSeq FGx ứng dụng định danh cá thể ngƣời Việt Nam” Đề tài thực Trung tâm giám định Sinh học pháp 17 Luận văn cao học - 2016 Nguyễn Thị Hồng Nhung – K23CH lý - Viện Khoa học Hình Trung tâm dịch vụ phân tích di truyền - GENTIS hỗ trợ công ty BIOMEDIC hãng ILLUMINA 18 Luận văn cao học - 2016 Nguyễn Thị Hồng Nhung – K23CH Tài liệu tham khảo Tiếng Việt Nguyễn Văn Đức (2002), Phương pháp kiểm tra thống kê Sinh học, Nhà xuất khoa học kỹ thuật, Hà Nội Phạm Xuân Kiều (2005), Giáo trình Xác suất thống kê, NXB GD, Hà Nội Tiếng Anh Bentley D R (2006), “Whole-genome resequencing”, Current Opinion in Genetics & Development, 16 (6), pp 545-552 Buckleton J., Triggs C M., Walsh S J (2005), “Forensic DNA evidence interpretation”, CRC Press, USA Butler J M (2011), “Advanced Topics in Forensic DNA Typing: Methodology”, Academic Press, China Butler J M., Coble M D., Vallone P M (2007), “STRs vs SNPs: thought on the future of forensic DNA testing”, Forensic Sci Med Pathol, 3, pp 200-205 ILLUMINA (2015), ForenSeq TM DNA Signature Prep Reference Guide, Illumina, San Diego ILLUMINA (2015), MiSeq FGx TM Instrument Reference Guide, Illumina, San Diego ILLUMINA (2011), CASAVA v1.8.2 User Guide, Illumina, San Diego ® 10 Jennifer D C (2016), “Evaluation of the Illumina Beta Version ForenSeq TM DNA Signature Prep Kit for use in genetic profiling”, Forensic Science International: Genetics, 20, pp 20-29 11 Juan J S (2006), “A multiplex assay with 52 single nucleotide polymorphisms for human identification”, Electrophoresis, 27, pp 17131724 48 Luận văn cao học - 2016 Nguyễn Thị Hồng Nhung – K23CH 12 Kobilinsky L., Levine L.; Margolis – Nunno H (2007), “Forensic DNA Analysis”, Chelsea House, USA 13 Mardis E R (2008), “The impact of nextgeneration sequencing technology on genetics”, Trends in Genetics, 24 (3), pp 133-141 14 Martin P D., Schmitter H., Schneider P.M (2001), “A brief history of the formation of DNA databases in forensic science within Europe”, Forensic Science International, 119 (2), pp 225-231 15 Patel J (2014), “Forensic Conception: DNA typing of FTA Spotted Samples”, Journal of Applied Biology & Biotechnology, 2(10), pp 021-029 16 Rothberg J M., Hinz W., Rearick T M., Schultz J et al (2011), “An integrated semiconductor device enabling non – optical genome sequencing”, Nature, 475 (7356), pp 348-352 17 Stefano C (2015), “MiSeq FGx sequencing system: A new platform for forensic genetics, Forensic Science International: Genetics Supplement Series 5, pp 98-100 18 Walsh P S (1991), “Chelex 100 as a medium for simple extraction of DNA for PCR – based typing from forensic material”, BioTechniques,10(4), pp 506-513 19 Wing Kam Fung, Yue – Qing Hu (2008), Statistical DNA Forensic: Theory, Methods and Computation, John Wiley & Sons, Hong Kong 20 Yang Y., Xie B., Yan (2014), “Application of Next – Generation Sequencing Technology in Forensic Science”, Genomicis Proteomics Bioinformatics, 12 (5), pp 190-197 21 Zagorski N (2006), “Profile of Alec J Jeffreys”, PNAS, 103 (24), pp 8918- 8920 22 http://www.illumina.com/documents/products/techspotlights/techspotlight_s equencing.pdf 49 Luận văn cao học - 2016 Nguyễn Thị Hồng Nhung – K23CH 23 http://www.illumina.com/content/dam/illumina- marketing/documents/products/datasheets/miseq-fgx-system-spec-sheet1470-2014-004.pdf 50 ... MiSeq? ? FGx giới Vì vậy, chúng tơi thực đề tài: ? ?Đánh giá kit ForenSeq hệ thống MiSeq FGx ứng dụng định danh cá thể ngƣời Việt Nam? ?? Trước đây, chưa có nghiên cứu đánh giá khả ứng dụng hệ thống MiSeq? ?... cài đặt hệ thống máy MiSeq FGx Illumina Để đánh giá thực tế lợi máy MiSeq FGx mang lại, tiến hành đề tài: ? ?Đánh giá kit ForenSeq hệ thống MiSeq FGx ứng dụng định danh cá thể ngƣời Việt Nam? ?? Đề... Thị Hồng Nhung ĐÁNH GIÁ BỘ KIT FORENSEQ TRÊN HỆ THỐNG MiSeq FGx ỨNG DỤNG TRONG ĐỊNH DANH CÁ THỂ NGƢỜI VIỆT NAM Chuyên ngành : Di truyền học Mã số: 60420121 LUẬN VĂN THẠC SĨ KHOA HỌC Cán hƣớng dẫn: