Thanh Lọc Và Sử Dụng Dấu Phân Tử Nhằm Phát Hiện Các Giống Lúa Mang Gen Kháng Rầy Nâu Ở Cần Thơ

BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO TRƯỜNG ĐẠI HỌC CẦN THƠ VIỆN NGHIÊN CỨU VÀ PHÁT TRIỂN CÔNG NGHỆ SINH HỌC LUẬN VĂN TỐT NGHIỆP ĐẠI HOC NGÀNH CÔNG NGHỆ SINH HỌC THANH LỌC VÀ SỬ DỤNG DẤU PHÂN TỬ NHẰM PHÁT HIỆN CÁC GIỐNG LÚA MANG GEN KHÁNG RẦY NÂU Ở CẦN THƠ CÁN BỘ HƯỚNG DẪN Ts TRẦN NHÂN DŨNG SINH VIÊN THỰC HIỆN PHẠM VĂN MỘT MSSV: 3064399 LỚP: CNSH K32 Cần Thơ, Tháng 5/2010 Luận văn tốt nghiệp Đại học Khóa 32 - 2010 Trường ĐHCT PHẦN KÝ DUYỆT CÁN BỘ HƯỚNG DẪN (ký tên) SINH VIÊN THỰC HIỆN (ký tên) Ts Trần Nhân Dũng Phạm Văn Một DUYỆT CỦA HỘI ĐỒNG BẢO VỆ LUẬN VĂN ………………………………………………………………………………………… ………………………………………………………………………………………… ………………………………………………………………………………………… ………………………………………………………………………………………… ………………………………………………………………………………………… ………………………………………………………………………………………… Cần Thơ, ngày tháng năm 2010 CHỦ TỊCH HỘI ĐỒNG (ký tên) Chuyên ngành Công nghệ Sinh học Viện NC&PT Công nghệ Sinh học Luận văn tốt nghiệp Đại học Khóa 32 - 2010 Trường ĐHCT LỜI CẢM TẠ Để hoàn thành tốt luận văn này, nhận giúp đỡ nhiều người Tôi xin chân thành cảm tạ đến: Thầy Trần Nhân Dũng tận tình dạy bảo, hướng dẫn, thăm hỏi động viên vật chất lẫn tinh thần Ban giám đốc Viện Nghiên cứu Phát triển Công nghệ Sinh học quan tâm, hỗ trợ tạo điều kiện thuận lợi để tơi hồn thành tốt đề tài tốt nghiệp Cô cố vấn học tập, quý thầy cô Viện tận tâm dạy bảo giúp đỡ suốt thời gian học trường Anh, chị cán phịng thí nghiệm Sinh học Phân tử, đặc biệt anh Trần Văn Bé Năm quan tâm, bảo từ bắt đầu làm đề tài hoàn thành Các bạn lớp Cơng Nghệ Sinh Học khóa 32 chia sẻ, động viên giúp đỡ trình học tập sống Con xin gởi lòng tri ân sâu sắc đến cha mẹ, người nuôi nấng, dạy bảo nên người, anh chị động viên giúp đỡ suốt thời gian qua Một lần nữa, xin gởi lời cảm ơn chân thành nhất, lời tri ân sâu sắc đến tất người Nhờ quan tâm hướng dẫn tận tình q thầy giúp tơi hồn thành Luận văn tốt nghiệp cách hoàn thiện nhất, kịp thời gian theo quy định Xin hứa trân trọng, gìn giữ tất thầy truyền đạt, không ngừng học tập rèn luyện để bổ sung kiến thức cho thân, phục vụ cho xã hội Trong q trình thực luận văn, chắn khơng thể tránh khỏi hạn chế, thiếu sót Rất mong nhận thơng cảm đóng góp q thầy cô bè bạn Cần Thơ, ngày 06 tháng 05 năm 2010 Người thực Phạm Văn Một Chuyên ngành Công nghệ Sinh học Viện NC&PT Công nghệ Sinh học Luận văn tốt nghiệp Đại học Khóa 32 - 2010 Trường ĐHCT TÓM TẮT Thanh lọc nhà lưới 105 giống lúa với hai giống chuẩn nhiễm TN1 chuẩn kháng PTB33, lấy từ Viện Nghiên cứu Phát triển ĐBSCL - Đại học Cần Thơ, với quần thể rầy nâu thu thập nhà lưới Viện Nghiên cứu & Phát triển CNSH - Đại học Cần Thơ để phát giống lúa kháng rầy theo thang điểm đánh giá cấp IRRI Tuy không lọc giống lúa kháng rầy nâu, cho thấy độc tính quần thể rầy đa dạng giống chuẩn kháng PTB33 bị nhiễm nặng với số hại lên đến 75,33% Do đó, chọn số giống lọc từ nhiễm đến nhiễm phân tích DNA, hiệu chỉnh quy trình trích DNA giống lúa thông số phản ứng PCR sử dụng cặp mồi RG457FL/RL với mục đích tạo vạch gel agarose giống lúa Chọn giống có sản phẩm PCR (TN1, PTB33, OM4097, 0M4940, OM6377, Hầm trâu siêu TQ) tiến hành giải trình tự DNA nhằm tìm đa hình giống lúa mang gen kháng rầy nâu Bph10 Kết phát giống mang gen kháng rầy Bph10 nhiễm sắc thể 12 dạng đồng hợp tử Hầm trâu siêu TQ, dị hợp tử OM4940 Điều chứng tỏ có diện gen Bph10 số giống lúa Cần Thơ giống lúa bị nhiễm rầy Chuyên ngành Công nghệ Sinh học i Viện NC&PT Công nghệ Sinh học Luận văn tốt nghiệp Đại học Khóa 32 - 2010 Trường ĐHCT MỤC LỤC Trang PHẦN KÝ DUYỆT LỜI CẢM TẠ TÓM TẮT i MỤC LỤC ii DANH SÁCH BẢNG v DANH SÁCH HÌNH vi TỪ VIẾT TẮT vii CHƯƠNG I GIỚI THIỆU CHƯƠNG II LƯỢC KHẢO TÀI LIỆU 2.1 Tình hình sâu bệnh hại lúa 2.2 Rầy nâu (Nilaparvata lugens Stal) 2.2.1 Phân bố 2.2.2 Đặc điểm sinh học 2.2.3 Tình hình mức độ gây hại rầy nâu 2.3 Giống lúa kháng rầy 2.3.1 Đặc tính kháng rầy lúa 2.3.2 Các giống lúa thay đổi tính kháng rầy 2.4 Gen kháng rầy nâu 2.5 Một số kỹ thuật Sinh học Phân tử 2.5.1 Phản ứng chuỗi polymerase (PCR) 2.5.2 Dấu phân tử 10 2.5.3 Phương pháp giải trình tự DNA 11 CHƯƠNG III PHƯƠNG TIỆN VÀ PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU 13 3.1 Địa điểm thời gian 13 3.2 Phương tiện thí nghiệm 13 3.2.1 Dụng cụ 13 3.2.2 Hóa chất 13 Chuyên ngành Công nghệ Sinh học ii Viện NC&PT Công nghệ Sinh học Luận văn tốt nghiệp Đại học Khóa 32 - 2010 Trường ĐHCT 3.2.3 Nguyên vật liệu 13 3.3 Phương pháp 15 3.3.1 Phương pháp đánh giá kiểu hình 15 3.3.2 Phương pháp đánh giá kiểu gen 17 3.3.3 Phản ứng PCR 18 3.3.4 Tiến trình giải trình tự DNA 19 CHƯƠNG IV KẾT QUẢ VÀ THẢO LUẬN 24 4.1 Kết lọc nhà lưới 24 4.2 Kết phân tích DNA 26 4.2.1 Kết ly trích DNA 27 4.2.2 Kết phản ứng PCR 28 4.2.3 Kết giải trình tự DNA 32 CHƯƠNG V KẾT LUẬN VÀ ĐỀ NGHỊ 38 5.1 Kết luận 38 5.2 Đề nghị 38 TÀI LIỆU THAM KHẢO 39 PHỤ LỤC Phụ lục Các hình ảnh Hình 20 Gel kiểm tra nhanh sản phẩm trích DNA giống lúa trích lần đầu Hình 21 Gel kiểm tra sản phẩm thử nghiệm PCR với cặp mồi RG457FL/RL, 35 chu kỳ, nhiệt độ bắt cặp 58 0C/1 phút Hình 22 Gel kiểm tra sản phẩm PCR với cặp mồi RG457FL/RL, 35 chu kỳ (với nhiệt độ lai cặp 60 oC/45” mẫu - 100 62oC/45” mẫu 4’ - 19’) Hình 23 Gel kiểm tra sản phẩm thử nghiệm PCR với cặp mồi RG457FL/RL, 30 chu kỳ với nhiệt độ bắt cặp 620C/45”: - 92; 600C/45”: 4’ - 32’ Hình 24 Gel kiểm tra sản phẩm thử nghiệm PCR với cặp mồi RG457FL/RL, 30 chu kỳ với nhiệt độ bắt cặp 600C/45”: 53’ - 92’; 580C/1phút: 4” - 92” Phụ lục Phương pháp đỗ gel agarose Phụ lục Kết lọc Chuyên ngành Công nghệ Sinh học iii Viện NC&PT Công nghệ Sinh học Luận văn tốt nghiệp Đại học Khóa 32 - 2010 Trường ĐHCT Bảng 13 Số liệu lọc rầy nâu 105 giống lúa Bảng 14 Số liệu lọc giống chuẩn kháng PTB33 Bảng 15 Kết đo OD giống lúa sau trích DNA Bảng 16 Kết lọc rầy nâu nhà lưới Viện Nghiên cứu Phát triển ĐBSCL năm 2008 Phụ lục Kết giải trình tự Giống số (OM4097) Giống số 13 (OM4940) Giống số 53 (PTB33) Giống số 54 (TN1) Giống số 87 (Hầm trâu siêu TQ) Thông tin nhiễm sắc thể số 12 lúa Bảng kết so sánh chuỗi trình tự giống lúa Chun ngành Cơng nghệ Sinh học iv Viện NC&PT Công nghệ Sinh học Luận văn tốt nghiệp Đại học Khóa 32 - 2010 Trường ĐHCT DANH SÁCH BẢNG Bảng Danh sách giống lúa 14 Bảng Trình tự cặp mồi RG457L-L 18 Bảng Thành phần hóa chất phản ứng PCR dự kiến 19 Bảng Chu trình nhiệt phản ứng PCR 19 Bảng Hoá chất phản ứng gắn huỳnh quang 21 Bảng Kích thước sản phẩm PCR tương ứng với chất lượng cần cho phản ứng gắn huỳnh quang 21 Bảng Các giống lúa chọn để trích DNA 27 Bảng Công thức phản ứng PCR hiệu chỉnh 30 Bảng Kết đo OD mẫu chọn giải trình tự 32 Bảng 10 Kết so sánh trình tự blast search 34 Bảng 11 Dấu SNPs haplotype giống lúa 36 Bảng 12 Thống kê vị trí SNPs sau so sánh trình tự 37 Chuyên ngành Công nghệ Sinh học v Viện NC&PT Công nghệ Sinh học Luận văn tốt nghiệp Đại học Khóa 32 - 2010 Trường ĐHCT DANH SÁCH HÌNH Hình Các loại hình sinh học rầy nâu Hình Ruộng lúa “cháy rầy” Hình Cây lúa bệnh vàng lùn Hình dideoxyTTP (một loại dideoxy) 12 Hình Lúa thức ăn nuôi rầy IR50404 lồng nuôi rầy 15 Hình Khay bùn để cấy lúa lọc 15 Hình Khay với giống - 21 đếm từ phải sang trái trước thả rầy 24 Hình Khay với giống lúa - 21 sau lọc 24 Hình Khay với giống lúa từ 22 - 52 (theo thứ tự từ phải sang trái PTB33, TN1, 22, 23, , 52) 25 Hình 10 Mẫu lúa ly nhựa 11 ngày sau gieo 26 Hình 11 Kết kiểm tra DNA theo qui trình CTAB khơng sử dụng RNAse, kí hiệu giếng kí hiệu mẫu (bảng 7), M thang chuẩn 100bp 28 Hình 12 Sản phẩm PCR theo cơng thức thử nghiệm, kí hiệu giếng kí hiệu mẫu (bảng 7), M thang chuẩn 100bp, (-) đối chứng (đc) âm 29 Hình 13 Sản phẩm PCR theo công thức hiệu chỉnh nhiệt độ, kí hiệu giếng kí hiệu mẫu (bảng 7) lặp lại, M thang chuẩn 100bp, 30 Hình 14 Sản phẩm PCR theo cơng thức hiệu chỉnh 1, kí hiệu giếng kí hiệu mẫu (bảng 7), M thang chuẩn 100bp, (-) đc âm 31 Hình 15 Sản phẩm PCR giống chọn giải trình tự theo cơng thức hiệu chỉnh Với số (OM4097), 13 (OM4940), 19 (OM6377), 53 (PTB33), 54 (TN1), 87 (Hầm trâu siêu TQ), M thang chuẩn 100bp, (-) đc âm 33 Hình 16 Sản phẩm PCR theo cơng thức hiệu chỉnh 1, với số 53 (PTB33), 87 (Hầm trâu siêu TQ) có lặp lại, M thang chuẩn 100bp, (-) đc âm 33 Hình 17 Sản phẩm PCR theo công thức hiệu chỉnh 1, sử dụng giải trình tự Với số (OM4097), 13 (OM4940), 19 (OM6377), 53 (PTB33), 54 (TN1), 87 (Hầm trâu siêu TQ) , M thang chuẩn 100bp, (-) đc âm 34 Hình 18 Vòng loop PTB33 Hầm trâu siêu TQ so với giống cịn lại 35 Hình 19 Giản đồ hình so sánh trình tự giống lúa 35 Chuyên ngành Công nghệ Sinh học vi Viện NC&PT Công nghệ Sinh học Luận văn tốt nghiệp Đại học Khóa 32 - 2010 Trường ĐHCT CÁC TỪ VIẾT TẮT AFLP Amplified fragment length polymorphism (Sự đa hình đoạn khuếch đại) ALP Amplicon length polymorphism (Sự đa hình đoạn khuếch đại) B.D Buffer BigDye Terminator v3.1 buffer B.D Terminator v3.1 BigDye Terminator v3.1 BiH2O Nước cất hai lần Biotype Blast bp Bph* CSH CTAB ĐBSCL ddNTP DNA dNTP đc EB EDTA Loại hình sinh học rầy nâu Basic local alignment search tool Base pair, cặp bazơ Brown planthopper resistance * (* số thứ tự) Chỉ số hại Cetyl trimethyl ammonium bromide Đồng Bằng Sông Cửu Long Dideoxyribonucleotide triphosphate Deoxyribonucleic acid Deoxyribonucleotide triphosphate Đối chứng Extraction buffer Ethylenediamine-tetraacetic acid International Rice Research Institute (Viện Nghiên cứu lúa Quốc tế Philippines) (Hầm trâu siêu TQ) Hầm trâu siêu Trung Quốc Optical density Polymerase Chain Reaction Restriction fragment length polymorphism (Sự đa hình đoạn cắt emzyme cắt giới hạn) Ribonucleic acid Ribonuclease, enzime phân hủy RNA Sodium dodecyl sulphate Single trand conformation polymorphism (Sự đa dạng cấu hình mạch đơn) Simple Sequence Repeat Sequence-tagged sites Tris-EDTA Viện Nghiên cứu Phát triển Công nghệ Sinh học Viện Nghiên cứu Phát triển Đồng Bằng Sông Cửu Long IRRI HT-S-TQ OD PCR RFLP RNA RNase SDS SSCP SSR STS TE Viện NC&PT CNSH Viện NCPT ĐBSCL Chuyên ngành Công nghệ Sinh học vii Viện NC&PT Công nghệ Sinh học Luận văn tốt nghiệp Đại học Khóa 32 - 2010 M Trường ĐHCT 13 19 32 53 54 78 87 92 (-) 4’ 8’ 13’ 19’ 32’ Số giếng kí hiệu mẫu (xem bảng 1), M: thang chuẩn 100bp, (-): đc âm Hình 23 Gel kiểm tra sản phẩm thử nghiệm PCR với cặp mồi RG457FL/RL, 30 chu kỳ với nhiệt độ bắt cặp 620C/45”: - 92; 600C/45”: 4’ - 32’ 53’ 54’78’ 87’ 92 4” 8” 13” 19” 32” 53”54”78”87”92” (-) M (Số giếng kí hiệu mẫu (xem bảng 1), M: thang chuẩn 100bp, (-): đc âm) Hình 24 Gel kiểm tra sản phẩm thử nghiệm PCR với cặp mồi RG457FL/RL, 30 chu kỳ với nhiệt độ bắt cặp 600C/45”: 53’ - 92’; 580C/1phút: 4” - 92” Chuyên ngành Công nghệ Sinh học Viện NC&PT Công nghệ Sinh học Luận văn tốt nghiệp Đại học Khóa 32 - 2010 Trường ĐHCT Phụ lục Phương pháp đỗ điện di gel agarose - Gel agarose 0,8% (100ml) Agarose: 0,8g + TE 1X: 100ml + EtBr: 2µl + Gel 17 giếng cần: 40ml (Agarose: 0,32g, TE 1X: 40ml, EtBr: 0,8µl) + Gel giếng cần: 20ml (Agarose: 0,16g, TE 1X: 20ml, EtBr: 0,4µl) Hồ tan Agarose vào TE 1X chai nắp xanh đậy kín nắp, sau nấu gel Microwave khoảng phút, lấy để nguội khoảng 600C (cầm vừa ấm tay), cho EtBr vào lắc nhẹ Đỗ gel nhẹ vào góc khn, đỗ dứt khốt tránh bọt khí, sau 60 - 90 phút gel có màu trắng đục sử dụng - Gel agarose 1,5% (100ml) Agarose: 1,5g + TE 1X: 100ml + EtBr: 2µl + Gel 17 giếng cần: 40ml (Agarose: 0,6g, TE 1X: 40ml, EtBr: 0,8µl) + Gel giếng cần: 20ml (Agarose: 0,3g, TE 1X: 20ml, EtBr: 0,4µl) Hồ tan Agarose vào TE 1X chai nắp xanh đậy kín nắp, sau nấu gel Microwave khoảng phút, lấy để nguội khoảng 600C (cầm vừa ấm tay), cho EtBr vào lắc nhẹ Đỗ gel nhẹ vào góc khn, đỗ dứt khốt tránh bọt khí, sau 45 phút gel có màu trắng đục sử dụng - Cường độ dòng điện: Độ phân ly gel agarose giảm cường độ dòng điện tăng cao Cường độ dịng điện khơng q volt/cm (tính từ khoảng cách hai điện cực) Do đó, để có băng DNA rõ đẹp hình gel, nên điện di agarose gel với cường độ dòng điện vừa phải phù hợp với kích thước bồn điện di - Tuy nhiên, điện di để kiểm tra nhanh sản phẩm DNA sau ly trích sau phản ứng PCR điện di với cường độ dòng điện cao, để rút ngắn thời gian thí nghiệm Chun ngành Cơng nghệ Sinh học Viện NC&PT Công nghệ Sinh học Luận văn tốt nghiệp Đại học Khóa 32 - 2010 Trường ĐHCT Phụ lục Kết lọc Bảng 13 Số liệu lọc rầy nâu 105 giống lúa Stt 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 Giống/Dòng OM 2499 OM 2514 OM 4095 A2 OM 4097 OM 4101 OM 4214 Ao OM 4218 A1 OM 4244 Ao OM 4495 (đc) OM 4900 OM 4926 OM 4928 OM 4940 OM 4944 OM 5239 A2 OM 5625 OM 6054 OM 6072 OM 6377 OM 6511 Ao OM 6839 IR 728870 MTL 555 - MTL 589 OM 2395 A2 OM 2474 OM 3955 A1 OM 3960 OM 4059 OM 4498 OM 4590 Ao OM 4993 OM 5199 OM 5241 OM 5243 OM 5453 Chuyên ngành Công nghệ Sinh học Cấp Cấp Cấp 3 17 10 11 17 11 10 24 15 10 Cấp Cấp 15 2 2 2 1 Cấp CSH 15 25 24 13 27 19 24 28 30 18 24 15 13 23 17 25 21 20 14 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 27 30 29 30 30 30 78% 90% 90% 62% 93% 78% 88% 96% 100% 76% 87% 71% 62% 86% 73% 90% 80% 78% 46% 65% 78% 100% 100% 100% 100% 100% 100% 100% 100% 100% 93% 100% 98% 100% 100% 100% Ghi Viện NC&PT Công nghệ Sinh học Luận văn tốt nghiệp Đại học Khóa 32 - 2010 Stt 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 49 50 51 52 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 73 74 75 76 77 78 Giống/Dòng OM 5490 Ao OM 5637 A2 OM 5756 OM 5884 OM 5900 OM 6068 OM 6297 Ao OM 6367 A2 OM 6369 A2 OM 6512 OM 6517 OM 6561 Ao OM 6677 OM 7924 OMCS 2000 PC 10 MTL 495 MTL 499 MTL 500 MTL 513 MTL 549 MTL 560 MTL 574 MTL 575 MTL 604 MTL 608 OM 3526 OM 3536 OM 4099 OM 5021 OM 5179 OM 5392 OM 5464 A1 OM 5930 OM 5974 OM 5980 OM 6995 Trắng tép Trắng lùn Thơm 90 ngày Chuyên ngành Công nghệ Sinh học Cấp Trường ĐHCT Cấp Cấp Cấp Cấp 2 5 3 2 Cấp CSH 30 30 25 30 30 21 28 30 30 30 29 30 28 30 30 30 30 25 28 25 26 28 25 27 29 30 28 30 30 30 30 29 28 28 28 20 22 29 30 28 100% 100% 89% 100% 100% 80% 96% 100% 100% 100% 99% 100% 96% 100% 100% 100% 100% 89% 99% 96% 91% 96% 92% 98% 99% 100% 99% 100% 100% 100% 100% 99% 99% 99% 99% 88% 87% 99% 100% 99% Ghi Viện NC&PT Công nghệ Sinh học Luận văn tốt nghiệp Đại học Khóa 32 - 2010 Stt Giống/Dịng 105 106 Nàng hương Nanh chồn Lúa phi HĐ VNĐ 95 - 20 Cửu long bụi vàng Siêu TQ Hầm trâu siêu TQ OM 2478 A2 OM 2488 OM 3649 A1 OM 3689 A1 OM 5087 A2 OM 5421 A1 OM 5472 A2 OM 5651 A2 OM 5628 A1 OM 5636 A1 OM 5794 OM 5972 OM 5976 A1 OM 6073 OM 6882 L351-2-11-2-1-1 L281-66-44-2-1-12-1 L353-1-8-2-1-1 L353-1-8-2-2-1 107 L353-2-15-2-1-1 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 97 98 99 100 101 102 103 104 Cấp Trường ĐHCT Cấp Cấp Cấp Cấp Cấp CSH 30 30 29 21 26 27 20 30 30 30 29 30 30 30 30 27 30 30 30 27 27 29 28 27 23 100% 100% 99% 89% 93% 96% 74% 100% 100% 100% 98% 100% 100% 100% 100% 96% 100% 100% 100% 98% 93% 98% 96% 93% 85% 26 91% 26 25 91% 93% 24 87% 2 3 3 3 6 Ghi Các giống/dò ng Hậu kỳ A1 vụ đông xuân 0607 Bảng 14 Số liệu lọc giống chuẩn kháng PTB33 Stt Giống/Dòng Cấp Cấp Cấp Cấp Cấp Cấp CSH CSH trung bình 53 PTB33 12 Chun ngành Cơng nghệ Sinh học 20 76% 18 64% 24 86% 75,33% Viện NC&PT Công nghệ Sinh học Luận văn tốt nghiệp Đại học Khóa 32 - 2010 Trường ĐHCT Bảng 15 Kết đo OD giống lúa sau trích DNA Mẫu 260nm 280nm 260/280nm 280/260nm Nồng độ DNA (ng/µl) 0.3273 0.1782 1.8367 0.5445 163.65 0.1487 0.0824 1.8052 0.5540 74.35 13 0.1783 0.0968 1.8418 0.5429 89.15 19 0.2105 0.1192 1.7656 0.5664 105.25 20 0.2196 0.1174 1.8695 0.5349 109.80 32 0.713 0.3988 1.7881 0.5593 356.50 53 0.0887 0.6031 1.8052 0.5539 44.35 54 0.3659 0.2007 1.8229 0.5486 182.95 78 0.3367 0.1554 2.1798 0.4588 168.35 87 0.3483 0.1866 1.8669 0.5357 174.15 92 0.1643 0.0674 2.4389 0.4100 82.15 99 0.2579 0.1135 2.2718 0.4402 128.95 100 0.3917 0.1819 2.1532 0.4644 195.85 104 0.8503 0.4688 1.8136 0.5514 425.15 107 0.0519 0.0270 1.9218 0.5203 25.95 Bảng 16 Kết lọc rầy nâu nhà lưới Viện Nghiên cứu Phát triển ĐBSCL năm 2008, Nguyễn Thị Giáng Đan (2008) Số liệu có trích lọc giống trùng với giống đề tài Kí hiệu Tên giống Thanh lọc rầy nâu 14 L353-2-11-1-1-1 Kháng 15 L353-16-4-1-1-1 Kháng 16 L281-66-44-2-1-1-2-1 Kháng 17 L353-1-8-2-1-1 Kháng 18 L353-1-8-2-2-1 Kháng 19 L353-2-15-2-1-1 Kháng Chuyên ngành Công nghệ Sinh học Viện NC&PT Công nghệ Sinh học Luận văn tốt nghiệp Đại học Khóa 32 - 2010 Trường ĐHCT Phụ lục Kết giải trình tự Giống số (OM4097) Trình tự: 696 bp TCATTCTTTCCCGGGACAATTCGAAATGCACTTGACTATCTACAAGCATCG TTCCGAACAGCTTCCATTTTCCTATGTGGTGAGAGTGACATCTAGTACTGT AACGTCTAAGCATTTTTTTGTTCATTTTATATGGTTATGTTTTATTATTGAA AAAGGTATGTTCAACCTGTCAAGCAGTTAGTGAAAAGGACTGTTGCAAATT GCAACTTTAGTTTGTGTTCTGGGAACTGGTCTAGAAAGGGGGTCTACTAGG CCACATACAAGGAACAAGTTTCCCTGAGTATTCCTGCAAAATTGCCAGTTA TTCCATACACTAAGAAAAGGTGGGTGAAATGGATATCAGTATCAATTTTAA ACGCCATTCTAAATTTAATTTAATTTTTTATTTCCATGTGTTTTGATCTATAT TTGTTTTTTCTGTCTTATGTCTGTATTTCTTTCTTTTATGCCATGCATGCTTA GTGTTACAATCTCTTCCACGACCTTTTTTTTTTCAGGCTGATAATGGTAAAC AAAAGCTTGACAGCTCTTGATTTCAGGGAGGATTCAGCTGAGTCATTTTCT GATGTGTAGTTTTGGGGAAGTGTGAATTCCCTTGTCATGTGCTGCACACAC GTTATTCAAATATATTTGTCCAGCTTGGGTGTTTGTTGGAACAGATCATGTA CATTTCTGTAGTAGTTTTGTATAGTATTTTTTTCTCTCCTTTTGGTACAATCG CTTGGGAATTCGGAACA Kết tra cứu BLAST SEARCH Oryza sativa chromosome 12, BAC OSJNBb0078B20 of lib S=1206 E=0 Description Sequences producing significant alignments: Accession Description Oryza sativa chromosome 12, BAC OSJNBb0078B20 of library OSJNBb AL837527 from chromosome 12 of cultivar Nipponbare of ssp japonica of Oryza sativa (rice), complete sequence E Max Total Query Max Link valu score score coverage ident s e 1206 1206 98% 0.0 98% > emb|AL837527.2| Oryza sativa chromosome 12, BAC OSJNBb0078B20 of library OSJNBb from chromosome 12 of cultivar Nipponbare of ssp japonica of Oryza sativa (rice), complete sequence Length=133659 Score = 1206 bits (653), Expect = 0.0 Identities = 678/690 (98%), Gaps = 1/690 (0%) Chuyên ngành Công nghệ Sinh học Viện NC&PT Công nghệ Sinh học Luận văn tốt nghiệp Đại học Khóa 32 - 2010 Trường ĐHCT Strand=Plus/Plus Query Sbjct 28424 Query 64 Sbjct 28484 Query 124 Sbjct 28544 Query 184 Sbjct 28604 Query 244 Sbjct 28664 Query 304 Sbjct 28724 Query 364 Sbjct 28784 Query 424 Sbjct 28844 Query 484 Sbjct 28904 Query 544 Sbjct 28964 Query 604 Sbjct 29024 Query 664 Sbjct 29084 TCGTTCCGAACAGCTTCCATTTTCCTATGTGGTGA-GAGTGACATCTAGTACTGTAACGT |||||||||| |||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||| TCGTTCCGAAGAGCTTCCATTTTCCTATGTGGTGATGTGTGACATCTAGTACTGTAACGC 63 28483 CTAAGCAtttttttGTTCATTTTATATGGTTATGTTTTATTATTGAAAAAGGTATGTTCA |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CTAAGCATTTTTTTGTTCATTTTATATGGTTATGTTTTATTATTGAAAAAGGTATGTTCA 123 ACCTGTCAAGCAGTTAGTGAAAAGGACTGTTGCAAATTGCAACTTTAGTTTGTGTTCTGG |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ACCTGTCAAGCAGTTAGTGAAAAGGACTGTTGCAAATTGCAACTTTAGTTTGTGTTCTGG 183 GAACTGGTCTAGAAAGGGGGTCTACTAGGCCACATACAAGGAACAAGTTTCCCTGAGTAT |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| GAACTGGTCTAGAAAGGGGGTCTACTAGGCCACATACAAGGAACAAGTTTCCCTGAGTAT 243 TCCTGCAAAATTGCCAGTTATTCCATACACTAAGAAAAGGTGGGTGAAATGGATATCAGT |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| TCCTGCAAAATTGCCAGTTATTGCATACACTAAGAAAAGGTGGGTGAAATGGATATCAGT 303 ATCAATTTTAAACGCCATTCTAAatttaatttaattttttatttccatgtgttttgatct |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ATCAATTTTAAACGCCATTCTAAATTTAATTTAATTTTTTATTTCCATGTGTTTTGATCT 363 atatttgttttttctgtcttatgtctgtatttctttcttttatGCCATGCATGCTTAGTG |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ATATTTGTTTTTTCTGTCTTATGTCTGTATTTCTTTCTTTTATGCCATGCATGCTTAGTG 423 TTACAATCTCTTCCACGACCttttttttttCAGGCTGATAATGGTAAACAAAAGCTTGAC |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||| TTACAATCTCTTCCACGACCTTTTTTTTTTCAGGCTGATAATGGTAGACAAGAGCTTGAC 483 AGCTCTTGATTTCAGGGAGGATTCAGCTGAGTCATTTTCTGATGTGTAGTTTTGGGGAAG |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| AGCTCTTGATTTCAGGGAGGATTCAGCTGAGTCATTTTCTGATGTGTAGTTTTGTGGAAG 543 TGTGAATTCCCTTGTCATGTGCTGCACACACGTTATTCAAATATATTTGTCCAGCTTGGG ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| | TGTGAATTCCCTTGTCATGTGCTGCACACACGTTATTCAGATATATTTGTCCAGCTTGTG 603 TGTTTGTTGGAACAGATCATGTACATTTCTGTAGTAGTTTTGTATAGTAtttttttCTCT ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| TGTTTGTTGGAACAGATCATGTACATTTCTGTAGTAGTTTTATATAGTATTTTTTTCTCT 663 CCTTTTGGTACAATCGCTTGGGAATTCGGA ||||||||||||||||||||||| |||||| 28543 28603 28663 28723 28783 28843 28903 28963 29023 29083 693 CCTTTTGGTACAATCGCTTGGGATTTCGGA 29113 Giống số 13 (OM4940) Trình tự: 724 bp GAATTTATTACGCTGTGAAATTTTCGAAAAATTAGTTGACTATCTAAAGAA TTCGTTCCGCAATAGCTTCCATTTTCCTATGTGGGGAGTGTGACAGCTAGT ACTGTAACGTCTAAGCATTTTTTCGTTCATTTTATATGGTTATGTTTTATTAT TGAAAAAGGTATGTTCAACCTGTCAAGCAGTTAGTGAAAAGGACTGTTGC AAATTGCAACTTTAGTTTGTGTTCTGGGAACTGGTCTAGAAAGGGGGTCTA CTAGGCCACATACAAGGAACAAGTTTCCCTGAGTATTCCTGCAAAATTGCC AGTTATTCCATACACTAAGAAAAGGTGGGTGAAATGGATATCAGTATCAA TTTTAAACGCCATTCTAAATTTAATTTAATTTTTTATTTCCATGTGTTTTGAT CTATATTTGTTTTTTCTGTCTTATGTCTGTATTTCTTTCTTTTATGCCATGCA TGCTTAGTGTTACAATCTCTTCCACGACCTTTTTTTTTTCAGGCTGATAATG GTAGACAAGAGCTTGACAGCTCTTGATTTCAGGGAGGATTCAGCTGAGTCA Chuyên ngành Công nghệ Sinh học Viện NC&PT Công nghệ Sinh học Luận văn tốt nghiệp Đại học Khóa 32 - 2010 Trường ĐHCT TTTTCTGATGTGTAGTTTTGTGGAAGTGTGAATTCCCTTGTCATGTGCTGCA CACACGTTATTCAAATATATTTGTCCAGCTTGTGTGTTTGTCGGAACAAATC AGGTACATTTCTGTAGTAGTTTTGTATAGTATTTTTTTCTCTCCTTTTGGTAC AATCGCTTGGGATTTCGGAGCAA Kết tra cứu BLAST SEARCH Sequences producing significant alignments: Accession Description Oryza sativa chromosome 12, BAC OSJNBb0078B20 of library OSJNBb AL837527 from chromosome 12 of cultivar Nipponbare of ssp japonica of Oryza sativa (rice), complete sequence Max Total Query E Max Link score score coverage value ident s 1221 1221 97% 0.0 97% > emb|AL837527.2| Oryza sativa chromosome 12.Length=133659 Score = 1221 bits (661), Expect = 0.0 Identities = 692/707 (97%), Gaps = 2/707 (0%) Strand=Plus/Plus Query 17 Sbjct 28410 Query 76 Sbjct 28469 Query 136 Sbjct 28529 Query 196 Sbjct 28589 Query 256 Sbjct 28649 Query 316 Sbjct 28709 Query 376 Sbjct 28769 Query 436 Sbjct 28829 Query 496 Sbjct 28889 Query 556 Sbjct 28949 ACTATCTAAAGAATTCGTTCCGCAATAGCTTCCATTTTCCTATGTGGGGA-GTGTGACAG |||||||| | ||||||||||| || ||||||||||||||||||||| || |||||||| ACTATCTACACAATTCGTTCCG-AAGAGCTTCCATTTTCCTATGTGGTGATGTGTGACAT 75 CTAGTACTGTAACGTCTAAGCATTTTTTCGTTCATTTTATATGGTTATGTTTTATTATTG |||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| CTAGTACTGTAACGCCTAAGCATTTTTTTGTTCATTTTATATGGTTATGTTTTATTATTG 135 AAAAAGGTATGTTCAACCTGTCAAGCAGTTAGTGAAAAGGACTGTTGCAAATTGCAACTT |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| AAAAAGGTATGTTCAACCTGTCAAGCAGTTAGTGAAAAGGACTGTTGCAAATTGCAACTT 28468 28528 195 28588 TAGTTTGTGTTCTGGGAACTGGTCTAGAAAGGGGGTCTACTAGGCCACATACAAGGAACA |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| TAGTTTGTGTTCTGGGAACTGGTCTAGAAAGGGGGTCTACTAGGCCACATACAAGGAACA 255 AGTTTCCCTGAGTATTCCTGCAAAATTGCCAGTTATTCCATACACTAAGAAAAGGTGGGT ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| AGTTTCCCTGAGTATTCCTGCAAAATTGCCAGTTATTGCATACACTAAGAAAAGGTGGGT 315 GAAATGGATATCAGTATCAATTTTAAACGCCATTCTAAatttaatttaattttttatttc |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| GAAATGGATATCAGTATCAATTTTAAACGCCATTCTAAATTTAATTTAATTTTTTATTTC 375 catgtgttttgatctatatttgttttttctgtcttatgtctgtatttctttcttttatGC |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CATGTGTTTTGATCTATATTTGTTTTTTCTGTCTTATGTCTGTATTTCTTTCTTTTATGC 435 CATGCATGCTTAGTGTTACAATCTCTTCCACGACCttttttttttCAGGCTGATAATGGT |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CATGCATGCTTAGTGTTACAATCTCTTCCACGACCTTTTTTTTTTCAGGCTGATAATGGT 495 AGACAAGAGCTTGACAGCTCTTGATTTCAGGGAGGATTCAGCTGAGTCATTTTCTGATGT |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| AGACAAGAGCTTGACAGCTCTTGATTTCAGGGAGGATTCAGCTGAGTCATTTTCTGATGT 555 GTAGTTTTGTGGAAGTGTGAATTCCCTTGTCATGTGCTGCACACACGTTATTCAAATATA |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| GTAGTTTTGTGGAAGTGTGAATTCCCTTGTCATGTGCTGCACACACGTTATTCAGATATA 615 Chuyên ngành Công nghệ Sinh học 28648 28708 28768 28828 28888 28948 29008 Viện NC&PT Công nghệ Sinh học Luận văn tốt nghiệp Đại học Khóa 32 - 2010 Query 616 Sbjct 29009 Query 676 Sbjct 29069 Trường ĐHCT TTTGTCCAGCTTGTGTGTTTGTCGGAACAAATCAGGTACATTTCTGTAGTAGTTTTGTAT |||||||||||||||||||||| |||||| |||| ||||||||||||||||||||| ||| TTTGTCCAGCTTGTGTGTTTGTTGGAACAGATCATGTACATTTCTGTAGTAGTTTTATAT AGTAtttttttCTCTCCTTTTGGTACAATCGCTTGGGATTTCGGAGC ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| AGTATTTTTTTCTCTCCTTTTGGTACAATCGCTTGGGATTTCGGAGC 675 29068 722 29115 Giống số 53 (PTB33) Trình tự: 743 bp TTATTTCATTACCTTTGAAATACCCTTTGACATGTAAGTCAACTATCTACAC AATTTGTTCCGAAGAGCTTCCATTTTCCTATGTGGTGATGTGTGGCATCTAG TACTGTAACGCCTAAGCATTTTTTTTGTTCATTTTATATGGTTATGCTTTATT ATTGAAAAAGGTTAGCAATTAATACGATAATTGATGGTATGTTCAACCTGT CAAGCAGTTAGTGAAAGGACTCTTGCAAATTGCAACTTTAGTTTGTGTTCT GAGAACTGGTCTAGAAAAGCCACATACAAGGAACAAGTATTCCTGCAAAA GTGCCAGTTATTGCATACACTTGGTGCAGGTTAGGTGATATAAAACTAGTA GGTGGGTGAAATGGATATCAGTATCAATTTTAAACACCATTCTATTTTTTTT TATTTTCATGTGTTTTGATCTATATCTGTATTTTCTTTCTGTCTTATGTCTGT ATTTCTTTCTTTTATGCCATGCATGCTTAGTGTTACAATCTCTTCCACGACC TTTTTTTCAGGCCGATAATGGTGCTTGACAGCTCTTGATTTCAGGGAGGATT CAGCTCAGTCATTTTCTGATGTGTAGTTTTGTGGAAGTGTGAATTCCCTTGT CATGTGCTGCGCACACGTAATTCAGATATATCTGTCCAGCTTGTGTGTTTGT TGGAACAGATCATGTACATTTCTGTAGTAGTTTTGTATAGTATTTTTTTTTT CTCTCGTTTTGGTACAATCGCTGGGGATTTCGGAGCCATT Kết tra cứu BLAST SEARCH Sequences producing significant alignments: Accession Description Oryza sativa chromosome 12, BAC OSJNBb0078B20 of library OSJNBb AL837527 from chromosome 12 of cultivar Nipponbare of ssp japonica of Oryza sativa (rice), complete sequence Max Total Query E Max Link score score coverage value ident s 725 725 98% 0.0 85% > emb|AL837527.2| Oryza sativa chromosome 12 length=133659 Score = 725 bits (392), Expect = 0.0 Identities = 660/772 (85%), Gaps = 88/772 (11%) Strand=Plus/Plus Query TTGACATGTAAGTCAACTATCTACACAATTTGTTCCGAAGAGCTTCCATTTTCCTATGTG ||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| TTGGCATGTAAGTCAACTATCTACACAATTCGTTCCGAAGAGCTTCCATTTTCCTATGTG 64 Sbjct 28395 Query 65 124 28455 GTGATGTGTGGCATCTAGTACTGTAACGCCTAAGCAttttttttGTTCATTTTATATGGT |||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| GTGATGTGTGACATCTAGTACTGTAACGCCTAAGCA-TTTTTTTGTTCATTTTATATGGT Sbjct Query 125 TATGCTTTATTATTGAAAAAGGTTAGCAATTAATACGATAATTGATGGTATGTTCAACCT 184 Chuyên ngành Công nghệ Sinh học 28454 28513 Viện NC&PT Công nghệ Sinh học Luận văn tốt nghiệp Đại học Khóa 32 - 2010 Sbjct 28514 Query 185 Sbjct 28548 Query 244 Sbjct 28608 Query 291 Sbjct 28662 Query 348 Sbjct 28711 Query 399 Sbjct 28771 Query 459 Sbjct 28827 Query 516 Sbjct 28887 Query 568 Sbjct 28947 Query 628 Sbjct 29007 Query 688 Sbjct 29067 Trường ĐHCT |||| || ||||| | || | | | || | |||||||||||||| TATG TT-TTATT -A TT-G A A-AA -A-GGTATGTTCAACCT 28547 GTCAAGCAGTTAGTG-AAAGGACTCTTGCAAATTGCAACTTTAGTTTGTGTTCTGAGAAC ||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||| GTCAAGCAGTTAGTGAAAAGGACTGTTGCAAATTGCAACTTTAGTTTGTGTTCTGGGAAC 243 TGGTCTAG-AA A A-GCCACATACAAGGAACAAGTATT-CCTGCAAAAGTG |||||||| || | | |||||||||||||||||||| || |||| ||| TGGTCTAGAAAGGGGGTCTACTAGGCCACATACAAGGAACAAGT-TTCCCTG AGT- 290 28607 28661 CCAGTTATTGCATACACTTGGTGCAGGTTAGGTGATATAAAACT-AG TAGGTGGGTGA | || |||| | | || | || |||| || || | ||| || |||||||||| A-TTCCTGCA-A-AATT-G-CCA-GTTA-TTG-CAT-ACACTAAGAAAAGGTGGGTGA 347 AATGGATATCAGTATCAATTTTAAACACCATTC T-Attt ttttttattttca |||||||||||||||||||||||||| |||||| | |||| |||||||||| || AATGGATATCAGTATCAATTTTAAACGCCATTCTAAATTTAATTTAATTTTTTATTTCCA 398 tgtgttttgatctatatctgtattttctttctgtcttatgtctgtatttctttcttttAT ||||||||||||||||| | | ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| TGTGTTTTGATCTATAT-T-T-GTTT-TTTCTGTCTTATGTCTGTATTTCTTTCTTTTAT 458 GCCATGCATGCTTAGTGTTACAATCTCTTCCACGACCttttttt -CAGGCCGATAATG |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||| GCCATGCATGCTTAGTGTTACAATCTCTTCCACGACCTTTTTTTTTTCAGGCTGATAATG 515 GT-G-C TTGACAGCTCTTGATTTCAGGGAGGATTCAGCTCAGTCATTTTCTGAT || | | ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| GTAGACAAGAGCTTGACAGCTCTTGATTTCAGGGAGGATTCAGCTGAGTCATTTTCTGAT 567 28710 28770 28826 28886 28946 GTGTAGTTTTGTGGAAGTGTGAATTCCCTTGTCATGTGCTGCGCACACGTAATTCAGATA |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||| GTGTAGTTTTGTGGAAGTGTGAATTCCCTTGTCATGTGCTGCACACACGTTATTCAGATA 627 TATCTGTCCAGCTTGTGTGTTTGTTGGAACAGATCATGTACATTTCTGTAGTAGTTTTGT ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | TATTTGTCCAGCTTGTGTGTTTGTTGGAACAGATCATGTACATTTCTGTAGTAGTTTTAT 687 ATAGTAttttttttttCTCTCGTTTTGGTACAATCGCTGGGGATTTCGGAGC ||||||||||||| | ||| | |||||||||||||||| ||||||||||||| ATAGTATTTTTTTCT-CTC-C-TTTTGGTACAATCGCTTGGGATTTCGGAGC 29006 29066 739 29115 Giống số 54 (TN1) Trình tự: 726 bp CGATCATGTTGCGACATATTCTGGACCATCGAGTTGACTATCTGCAAGCAT TCGTTCCGAAGAGCTTCCATTTTCCTATGTGGTGAGAGTGACATCTAGTAC TGTAACGTCTAAGCATTTTTTTGTTCATTTTATATGGTTATGTTTTATTATTG AAAAAGGTATGTTCAACCTGTCAAGCAGTTAGTGAAAAGGACTGTTGCAA ATTGCAACTTTAGTTTGTGTTCTGGGAACTGGTCTAGAAAGGGGGTCTACT AGGCCACATACAAGGAACAAGTTTCCCTGAGTATTCCTGCAAAATTGCCAG TTATTCCATACACTAAGAAAAGGTGGGTGAAATGGATATCAGTATCAATTT TAAACGCCATTCTAAATTTAATTTAATTTTTTATTTCCATGTGTTTTGATCTA TATTTGTTTTTTCTGTCTTATGTCTGTATTTCTTTCTTTTATGCCATGCATGC TTAGTGTTACAATCTCTTCCACGACCTTTTTTTTTTCAGGCTGATAATGGTA AACAAAAGCTTGACAGCTCTTGATTTCAGGGAGGATTCAGCTGAGTCATTT TCTGATGTGTAGTTTTGTGGAAGTGTGAATTCCCTTGTCATGTGCTGCACAC ACGTTATTCAAATATATTTGTCCAGCTTGTGTGTTTGTTGGAACAGATCATG TACATTTCTGTAGTAGTTTTGTATAGTATTTTTTTCTCTCCTTTTGGTACAAT CGCTTGGGATTTTCGGGAGCAAA Chuyên ngành Công nghệ Sinh học Viện NC&PT Công nghệ Sinh học Luận văn tốt nghiệp Đại học Khóa 32 - 2010 Trường ĐHCT Kết tra cứu BLAST SEARCH Sequences producing significant alignments: Accession Description Oryza sativa chromosome 12, BAC OSJNBb0078B20 of library OSJNBb AL837527 from chromosome 12 of cultivar Nipponbare of ssp japonica of Oryza sativa (rice), complete sequence > emb|AL837527.2| Max Total Query E Max Link score score coverage value ident s 1229 1229 97% 0.0 98% Oryza sativa chromosome 12.Length=133659 Score = 1229 bits (665), Expect = 0.0 Identities = 696/710 (98%), Gaps = 6/710 (0%) Strand=Plus/Plus Query 16 Sbjct 28410 Query 74 Sbjct 28468 Query 134 Sbjct 28528 Query 194 Sbjct 28588 Query 254 Sbjct 28648 Query 314 Sbjct 28708 Query 374 Sbjct 28768 Query 434 Sbjct 28828 Query 494 Sbjct 28888 Query 554 Sbjct 28948 Query 614 Sbjct 29008 Query 674 Sbjct 29068 ACTATCTGCAAGC-ATTCGTTCCGAAGAGCTTCCATTTTCCTATGTGGTGA-GAGTGACA ||||||| | | | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||| ACTATCTAC-A-CAATTCGTTCCGAAGAGCTTCCATTTTCCTATGTGGTGATGTGTGACA 73 28467 TCTAGTACTGTAACGTCTAAGCAtttttttGTTCATTTTATATGGTTATGTTTTATTATT ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| TCTAGTACTGTAACGCCTAAGCATTTTTTTGTTCATTTTATATGGTTATGTTTTATTATT 133 GAAAAAGGTATGTTCAACCTGTCAAGCAGTTAGTGAAAAGGACTGTTGCAAATTGCAACT |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| GAAAAAGGTATGTTCAACCTGTCAAGCAGTTAGTGAAAAGGACTGTTGCAAATTGCAACT 193 TTAGTTTGTGTTCTGGGAACTGGTCTAGAAAGGGGGTCTACTAGGCCACATACAAGGAAC |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| TTAGTTTGTGTTCTGGGAACTGGTCTAGAAAGGGGGTCTACTAGGCCACATACAAGGAAC 253 AAGTTTCCCTGAGTATTCCTGCAAAATTGCCAGTTATTCCATACACTAAGAAAAGGTGGG |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| AAGTTTCCCTGAGTATTCCTGCAAAATTGCCAGTTATTGCATACACTAAGAAAAGGTGGG 313 TGAAATGGATATCAGTATCAATTTTAAACGCCATTCTAAatttaatttaattttttattt |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| TGAAATGGATATCAGTATCAATTTTAAACGCCATTCTAAATTTAATTTAATTTTTTATTT 373 ccatgtgttttgatctatatttgttttttctgtcttatgtctgtatttctttcttttatG |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CCATGTGTTTTGATCTATATTTGTTTTTTCTGTCTTATGTCTGTATTTCTTTCTTTTATG 433 CCATGCATGCTTAGTGTTACAATCTCTTCCACGACCttttttttttCAGGCTGATAATGG |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CCATGCATGCTTAGTGTTACAATCTCTTCCACGACCTTTTTTTTTTCAGGCTGATAATGG 493 TAAACAAAAGCTTGACAGCTCTTGATTTCAGGGAGGATTCAGCTGAGTCATTTTCTGATG || |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| TAGACAAGAGCTTGACAGCTCTTGATTTCAGGGAGGATTCAGCTGAGTCATTTTCTGATG 553 TGTAGTTTTGTGGAAGTGTGAATTCCCTTGTCATGTGCTGCACACACGTTATTCAAATAT ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| TGTAGTTTTGTGGAAGTGTGAATTCCCTTGTCATGTGCTGCACACACGTTATTCAGATAT 613 ATTTGTCCAGCTTGTGTGTTTGTTGGAACAGATCATGTACATTTCTGTAGTAGTTTTGTA ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ATTTGTCCAGCTTGTGTGTTTGTTGGAACAGATCATGTACATTTCTGTAGTAGTTTTATA 673 TAGTAtttttttCTCTCCTTTTGGTACAATCGCTTGGGATTTTCGGGAGC |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||| TAGTATTTTTTTCTCTCCTTTTGGTACAATCGCTTGGGATTT-CGG-AGC Chuyên ngành Công nghệ Sinh học 28527 28587 28647 28707 28767 28827 28887 28947 29007 29067 723 29115 Viện NC&PT Công nghệ Sinh học Luận văn tốt nghiệp Đại học Khóa 32 - 2010 Trường ĐHCT Giống số 87 (Hầm trâu siêu TQ) Trình tự: 740 bp GATAAATGCTGTGACCGTGGCATCGCTTGGGATTCGGCAGCATTTTGTTCC GAAGAGCTTCCATTTTCCTATGTGGTGATGTGTGGCATCTAGTACTGTA ACGCCTAAGCATTTTTTTTGTTCATTTTATATGGTTATGCTTTATTATTGAA AAAGGTTAGCAATTAATACGATAATTGATGGTATGTTCAACCTGTCAAGCA GTTAGTGAAAGGACTCTTGCAAATTGCAACTTTAGTTTGTGTTCTGAGAAC TGGTCTAGAAAAGCCACATACAAGGAACAAGTATTCCTGCAAAAGTGCCA GTTATTGCATACACTTGGTGCAGGTTAGGTGATATAAAACTAGTAGGTGGG TGAAATGGATATCAGTATCAATTTTAAACACCATTCTATTTTTTTTTATTTT CATGTGTTTTGATCTATATCTGTATTTTCTTTCTGTCTTATGTCTGTATTTCT TTCTTTTATGCCATGCATGCTTAGTGTTACAATCTCTTCCACGACCTTTTTTT CAGGCTGATAATGGTGCTTGACAGCTCTTGATTTCAGGGAGGATTCAGCTC AGTCATTTTCTGATGTGTAGTTTTGTGGAAGTGTGAATTCCCTTGTCATGTG CTGCGCACACGTAATTCAGATATATCTGTCCAGCTTGTGTGTTTGTTGGAA CAGATCATGTACATTTCTGTAGTAGTTTTGTATAGTATTTTTTTTTTCTCTCG TTTTGGTACAATCGCTTGTT Kết tra cứu BLAST SEARCH Sequences producing significant alignments: Accession Description Oryza sativa chromosome 12, BAC OSJNBb0078B20 of library OSJNBb AL837527 from chromosome 12 of cultivar Nipponbare of ssp japonica of Oryza sativa (rice), complete sequence Max Total Query E Max Link score score coverage value ident s 667 667 93% 0.0 85% > emb|AL837527.2| Oryza sativa chromosome 12.Length=133659 Score = 667 bits (361), Expect = 0.0 Identities = 621/729 (85%), Gaps = 88/729 (12%) Query 47 Sbjct 28426 Query 107 Sbjct 28486 Query 167 Sbjct 28529 Query 226 Sbjct 28579 Query 274 Sbjct 28639 GTTCCGAAGAGCTTCCATTTTCCTATGTGGTGATGTGTGGCATCTAGTACTGTAACGCCT ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| GTTCCGAAGAGCTTCCATTTTCCTATGTGGTGATGTGTGACATCTAGTACTGTAACGCCT 106 AAGCAttttttttGTTCATTTTATATGGTTATGCTTTATTATTGAAAAAGGTTAGCAATT ||||| ||||||||||||||||||||||||||| || ||||| | || | AAGCA-TTTTTTTGTTCATTTTATATGGTTATG TT-TTATT -A TT-G - 166 28485 28528 AATACGATAATTGATGGTATGTTCAACCTGTCAAGCAGTTAGTG-AAAGGACTCTTGCAA | | || | ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||| -A A-AA -A-GGTATGTTCAACCTGTCAAGCAGTTAGTGAAAAGGACTGTTGCAA 225 ATTGCAACTTTAGTTTGTGTTCTGAGAACTGGTCTAG-AA A A-GCCACAT |||||||||||||||||||||||| |||||||||||| || | | ||||||| ATTGCAACTTTAGTTTGTGTTCTGGGAACTGGTCTAGAAAGGGGGTCTACTAGGCCACAT 273 ACAAGGAACAAGTATT-CCTGCAAAAGTGCCAGTTATTGCATACACTTGGTGCAGGTTAG ||||||||||||| || |||| ||| | || |||| | | || | || |||| ACAAGGAACAAGT-TTCCCTG AGT -A-TTCCTGCA-A-AATT-G-CCA-GTTA- 332 Chuyên ngành Công nghệ Sinh học 28578 28638 28683 Viện NC&PT Công nghệ Sinh học Luận văn tốt nghiệp Đại học Khóa 32 - 2010 Query 333 Sbjct 28684 Query 390 Sbjct 28742 Query 441 Sbjct 28798 Query 501 Sbjct 28858 Query 550 Sbjct 28918 Query 610 Sbjct 28978 Query 670 Sbjct 29038 Query 730 Sbjct 29095 Trường ĐHCT GTGATATAAAACT-AG TAGGTGGGTGAAATGGATATCAGTATCAATTTTAAACACCAT || || | ||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| TTG-CAT-ACACTAAGAAAAGGTGGGTGAAATGGATATCAGTATCAATTTTAAACGCCAT 389 28741 TC T-Attt ttttttattttcatgtgttttgatctatatctgtattttctttc || | |||| |||||||||| ||||||||||||||||||| | | ||| |||| TCTAAATTTAATTTAATTTTTTATTTCCATGTGTTTTGATCTATAT-T-T-GTTT-TTTC 440 tgtcttatgtctgtatttctttcttttATGCCATGCATGCTTAGTGTTACAATCTCTTCC |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| TGTCTTATGTCTGTATTTCTTTCTTTTATGCCATGCATGCTTAGTGTTACAATCTCTTCC 500 ACGACCttttttt -CAGGCTGATAATGGT-G-C TTGACAGCTCTTGATTTCA ||||||||||||| ||||||||||||||| | | ||||||||||||||||||| ACGACCTTTTTTTTTTCAGGCTGATAATGGTAGACAAGAGCTTGACAGCTCTTGATTTCA 549 GGGAGGATTCAGCTCAGTCATTTTCTGATGTGTAGTTTTGTGGAAGTGTGAATTCCCTTG |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| GGGAGGATTCAGCTGAGTCATTTTCTGATGTGTAGTTTTGTGGAAGTGTGAATTCCCTTG 609 TCATGTGCTGCGCACACGTAATTCAGATATATCTGTCCAGCTTGTGTGTTTGTTGGAACA ||||||||||| ||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| TCATGTGCTGCACACACGTTATTCAGATATATTTGTCCAGCTTGTGTGTTTGTTGGAACA 669 GATCATGTACATTTCTGTAGTAGTTTTGTATAGTAttttttttttCTCTCGTTTTGGTAC ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| | ||| | ||||||||| GATCATGTACATTTCTGTAGTAGTTTTATATAGTATTTTTTTCT-CTC-C-TTTTGGTAC 729 AATCGCTTG ||||||||| AATCGCTTG 28797 28857 28917 28977 29037 29094 738 29103 Thông tin nhiễm sắc thể số 12 lúa LOCUS AL837527 133659 bp DNA linear PLN 16-JAN-2006 DEFINITION Oryza sativa chromosome 12, BAC OSJNBb0078B20 of library OSJNBb from chromosome 12 of cultivar Nipponbare of ssp japonica of Oryza sativa (rice), complete sequence ACCESSION AL837527 VERSION AL837527.2 GI:23304719 KEYWORDS HTG SOURCE Oryza sativa Japonica Group ORGANISM Oryza sativa Japonica Group Eukaryota; Viridiplantae; Streptophyta; Embryophyta; Tracheophyta; Spermatophyta; Magnoliophyta; Liliopsida; Poales; Poaceae; BEP clade; Ehrhartoideae; Oryzeae Bảng kết so sánh chuỗi trình tự giống lúa SeqA Name Len(nt) SeqB Name Len(nt) Score ========================================================== 4_OM4097 696 13_OM4940 724 97 4_OM4097 696 54_TN1 726 98 4_OM4097 696 87_HT_S_TQ 740 87 4_OM4097 696 53_Btp33 743 88 13_OM4940 724 54_TN1 726 96 13_OM4940 724 87_HT_S_TQ 740 84 13_OM4940 724 53_Btp33 743 88 54_TN1 726 87_HT_S_TQ 740 85 54_TN1 726 53_Btp33 743 87 87_HT_S_TQ 740 53_Btp33 743 93 ============================================================= Chuyên ngành Công nghệ Sinh học Viện NC&PT Công nghệ Sinh học Luận văn tốt nghiệp Đại học Khóa 32 - 2010 Trường ĐHCT CLUSTAL 2.0.12 multiple sequence alignment 13_OM4940 54_TN1 4_OM4097 87_HT_S_TQ 53_Btp33 GTTCATTTTATATGGTTATGTTTTATTATTGAAAAAGGT GTTCATTTTATATGGTTATGTTTTATTATTGAAAAAGGT GTTCATTTTATATGGTTATGTTTTATTATTGAAAAAGGT GTTCATTTTATATGGTTATGCTTTATTATTGAAAAAGGTTAGCAATTAATACGATAATTG GTTCATTTTATATGGTTATGCTTTATTATTGAAAAAGGTTAGCAATTAATACGATAATTG ******************** ****************** 143 142 116 179 168 13_OM4940 54_TN1 4_OM4097 87_HT_S_TQ 53_Btp33 -ATGTTCAACCTGTCAAGCAGTTAGTGAAAAGGACTGTTGCAAATTGCAACTTTAG -ATGTTCAACCTGTCAAGCAGTTAGTGAAAAGGACTGTTGCAAATTGCAACTTTAG -ATGTTCAACCTGTCAAGCAGTTAGTGAAAAGGACTGTTGCAAATTGCAACTTTAG ATGGTATGTTCAACCTGTCAAGCAGTTAGTGAAA-GGACTCTTGCAAATTGCAACTTTAG ATGGTATGTTCAACCTGTCAAGCAGTTAGTGAAA-GGACTCTTGCAAATTGCAACTTTAG ***************************** ***** ******************* 198 197 171 238 227 13_OM4940 54_TN1 4_OM4097 87_HT_S_TQ 53_Btp33 TTTGTGTTCTGGGAACTGGTCTAGAAAGGGGGTCTACTAGGC-CACATACAAG-GAACAA TTTGTGTTCTGGGAACTGGTCTAGAAAGGGGGTCTACTAGGC-CACATACAAG-GAACAA TTTGTGTTCTGGGAACTGGTCTAGAAAGGGGGTCTACTAGGC-CACATACAAG-GAACAA TTTGTGTTCTGAGAACTGGTCTAGAAAAGCCACATACAAGGAACAAGTATTCCTGCAAAA TTTGTGTTCTGAGAACTGGTCTAGAAAAGCCACATACAAGGAACAAGTATTCCTGCAAAA *********** *************** * *** *** ** ** * * ** 256 255 229 298 287 13_OM4940 54_TN1 4_OM4097 87_HT_S_TQ 53_Btp33 GTTTCCCTGAGTATTCCTGCAAAATTGCCAGTTATTCCATACACTAAGAAAAGGTGGGTG GTTTCCCTGAGTATTCCTGCAAAATTGCCAGTTATTCCATACACTAAGAAAAGGTGGGTG GTTTCCCTGAGTATTCCTGCAAAATTGCCAGTTATTCCATACACTAAGAAAAGGTGGGTG GTGCCAGTTATTGCATACACTTGGT-GCAGGTTAGGTGATATAAAACTAGTAGGTGGGTG GTGCCAGTTATTGCATACACTTGGT-GCAGGTTAGGTGATATAAAACTAGTAGGTGGGTG ** * * * * * * ** **** *** * * * ********* 316 315 289 357 346 13_OM4940 54_TN1 4_OM4097 87_HT_S_TQ 53_Btp33 AAATGGATATCAGTATCAATTTTAAACGCCATTCTAAATTTAATTTAATTTTTTATTTCC AAATGGATATCAGTATCAATTTTAAACGCCATTCTAAATTTAATTTAATTTTTTATTTCC AAATGGATATCAGTATCAATTTTAAACGCCATTCTAAATTTAATTTAATTTTTTATTTCC AAATGGATATCAGTATCAATTTTAAACACCATTCT ATTT -TTTTTTATTTTC AAATGGATATCAGTATCAATTTTAAACACCATTCT ATTT -TTTTTTATTTTC *************************** ******* **** ********** * ATGTGTTTTGATCTATATTTGT TTTTTCTGTCTTATGTCTGTATTTCTTTCTTTTA ATGTGTTTTGATCTATATTTGT TTTTTCTGTCTTATGTCTGTATTTCTTTCTTTTA ATGTGTTTTGATCTATATTTGT TTTTTCTGTCTTATGTCTGTATTTCTTTCTTTTA ATGTGTTTTGATCTATATCTGTATTTTCTTTCTGTCTTATGTCTGTATTTCTTTCTTTTA ATGTGTTTTGATCTATATCTGTATTTTCTTTCTGTCTTATGTCTGTATTTCTTTCTTTTA ****************** *** * ******************************** 376 375 349 408 397 13_OM4940 54_TN1 4_OM4097 87_HT_S_TQ 53_Btp33 TGCCATGCATGCTTAGTGTTACAATCTCTTCCACGACCTTTTTTTTTTCAGGCTGATAAT TGCCATGCATGCTTAGTGTTACAATCTCTTCCACGACCTTTTTTTTTTCAGGCTGATAAT TGCCATGCATGCTTAGTGTTACAATCTCTTCCACGACCTTTTTTTTTTCAGGCTGATAAT TGCCATGCATGCTTAGTGTTACAATCTCTTCCACGACCTTTTTTT -CAGGCTGATAAT TGCCATGCATGCTTAGTGTTACAATCTCTTCCACGACCTTTTTTT -CAGGCCGATAAT ********************************************* ***** ****** 492 491 465 525 514 13_OM4940 54_TN1 4_OM4097 87_HT_S_TQ 53_Btp33 GGTAGACAAGAGCTTGACAGCTCTTGATTTCAGGGAGGATTCAGCTGAGTCATTTTCTGA GGTAAACAAAAGCTTGACAGCTCTTGATTTCAGGGAGGATTCAGCTGAGTCATTTTCTGA GGTAAACAAAAGCTTGACAGCTCTTGATTTCAGGGAGGATTCAGCTGAGTCATTTTCTGA GGT GCTTGACAGCTCTTGATTTCAGGGAGGATTCAGCTCAGTCATTTTCTGA GGT GCTTGACAGCTCTTGATTTCAGGGAGGATTCAGCTCAGTCATTTTCTGA *** *********************************** ************* 552 551 525 577 566 13_OM4940 54_TN1 4_OM4097 87_HT_S_TQ 53_Btp33 TGTGTAGTTTTGTGGAAGTGTGAATTCCCTTGTCATGTGCTGCACACACGTTATTCAAAT TGTGTAGTTTTGTGGAAGTGTGAATTCCCTTGTCATGTGCTGCACACACGTTATTCAAAT TGTGTAGTTTTGGGGAAGTGTGAATTCCCTTGTCATGTGCTGCACACACGTTATTCAAAT TGTGTAGTTTTGTGGAAGTGTGAATTCCCTTGTCATGTGCTGCGCACACGTAATTCAGAT TGTGTAGTTTTGTGGAAGTGTGAATTCCCTTGTCATGTGCTGCGCACACGTAATTCAGAT ************ ****************************** ******* ***** ** 612 611 585 637 626 13_OM4940 54_TN1 4_OM4097 87_HT_S_TQ 53_Btp33 ATATTTGTCCAGCTTGTGTGTTTGTCGGAACAAATCAGGTACATTTCTGTAGTAGTTTTG ATATTTGTCCAGCTTGTGTGTTTGTTGGAACAGATCATGTACATTTCTGTAGTAGTTTTG ATATTTGTCCAGCTTGGGTGTTTGTTGGAACAGATCATGTACATTTCTGTAGTAGTTTTG ATATCTGTCCAGCTTGTGTGTTTGTTGGAACAGATCATGTACATTTCTGTAGTAGTTTTG ATATCTGTCCAGCTTGTGTGTTTGTTGGAACAGATCATGTACATTTCTGTAGTAGTTTTG **** *********** ******** ****** **** ********************** 672 671 645 697 686 13_OM4940 54_TN1 4_OM4097 87_HT_S_TQ 53_Btp33 Chuyên ngành Công nghệ Sinh học 432 431 405 468 457 Viện NC&PT Công nghệ Sinh học ... kháng giống - trọng Vì vậy, đề tài ? ?Thanh lọc sử dụng dấu phân tử nhằm phát giống lúa mang gen kháng rầy nâu Cần Thơ ” nhằm tìm giống kháng rầy nâu, làm nguồn vật liệu cho công tác chọn tạo giống. .. lưới giống lúa mang gen kháng rầy Biotype rầy nâu định, để từ tạo tổ hợp lai mang nhiều gen kháng giống lúa nhằm tạo giống lúa kháng với nhiều loại Biotype Bên cạnh đó, ta sử dụng dấu phân tử khác... giống lúa kháng rầy Và theo qui luật có giống lúa kháng rầy có rầy thích nghi với giống kháng Nên cần tiến hành lai tạo liên tục giống lúa kháng rầy để thay kịp thời giống lúa sử dụng bị nhiễm rầy