THIẾT KẾ TRÌNH TỰ MỒI TRONG PHẢN ỨNG PCR BẰNG FASTPCR VÀ DNA CLUB

THIẾT KẾ TRÌNH TỰ MỒI TRONG PHẢN ỨNG PCR BẰNG FASTPCR VÀ DNA CLUB Mục tiêu học  Thiết kế trình tự primer cho trình tự DNA khuôn (vi sinh vật, virus động vật khác)  Phân tích thơng số primer qua phần mềm Tìm kiếm trình tự sinh học Quá trình chép DNA tế bào Giới thiệu mơn học Qui trình phản ứng PCR Thu nhận mẫu Các vi sinh vật, động vật Kỹ thuật PCR lần Mullis cộng mơ tả vào năm 1986 phát minh Mullis trao giải nobel vào năm 1993 Giới thiệu môn học Thành phần phản ứng PCR Phản ứng PCR thực có:  DNA mẫu  Primers (mồi xuôi ngược dài khoảng 18-30 bp không bắt cặp bổ sung )  Taq polymerase ( emzyme chịu nhiệt tách từ vi khuẩn suối mước nóng Thermus aquaticus )  loại deoxiribomucleotid triphọtphat (dATP , dCTP, dTTP , dGTP) ,  Dung dịch đệm Mg2+ Giới thiệu môn học MÁY PCR PCR kỹ thuật để khuếch đại mẫu DNA mong muốn khuếch đại (ví dụ đoạn gene vi sinh vật, vi khuẩn hay đoạn gene người động vật khác) Giới thiệu môn học Nguyên tắc phản ứng PCR Biến tính Bắt cặp Kéo dài Giới thiệu mơn học Nguyên tắc phản ứng PCR Phản ứng PCR gồm có giai đoạn: • Biến tính DNA mẫu T=940C • Bắt cặp mồi Tm = 550C-650C • Giai đoạn kéo dài, tổng hợp DNA T kéo dài =700C Giới thiệu mơn học Mục đích, ngun tắc  Mồi đoạn nucleotide ngắn, bắt cặp bổ sung với đầu 5' hay đầu 3' mạch DNA khuôn mẫu Mồi thiết kế dựa vào vùng trình tự biết, nằm hai đầu đoạn gen cần khuếch đại Forward primer Reverse primer Đoạn DNA cần khuếch đại Giới thiệu môn học Primer gì?  Primer đoạn ngắn oligonucleotide khả bắt cặp bổ sung với DNA khuôn  Primer bắt cặp với đoạn DNA khuôn (DNA mục tiêu) cần khuếch đại số lượng lớn DNA Tìm kiếm trình tự sinh học 10 Sử dụng phần mềm FastPCR Giới thiệu môn học 33 Kết phản ứng Tm mồi xuôi Giới thiệu môn học 34 Kết phân tích mồi ngược Giới thiệu mơn học 35 Chức đánh giá độ đặc hiệu mồi Giới thiệu môn học 36 Kết độ đặc hiệu mồi Giới thiệu môn học 37 Kiểm tra độ đặc hiệu mồi blast Giới thiệu môn học 38 Nucleotide blast Giới thiệu mơn học 39 Nhập trình tự mồi agtggcttgccgctacgactccactgtctgaaaacagccgac Giới thiệu môn học 40 Primer blast Giới thiệu mơn học 41 Tính tương đồng của primer Giới thiệu môn học 42 Độ đặc hiệu mồi Giới thiệu môn học 43 Độ đặc hiệu mồi -Hệ số Expect: Xác suất trình tự tương đồng E nhỏ độ đặc hiệu cao - Score Excpect tỷ lệ nghịch 10R1_13785-13806 Giới thiệu môn học 44 Primer blast-Chức đánh giá mồi Giới thiệu môn học 45 Kết phản ứng đánh giá mồi Giới thiệu môn học 46 Bài tập Hãy thiết kế đoạn mồi dùng cho phản ứng PCR nhằm khuếch đại đoạn gen từ vị trí 156 đến 620 trình tự gen myoglobin người, có mã số truy cập NM_203378 Hãy kiểm tra tính mồi vừa thiết kế phương pháp blast cho biết tính đặc hiệu mồi vừa thiết kế Hãy phát Salmonella enterica phương pháp PCR Hãy kiểm tra lại blast kiểm tra khả hình thành dimer, hairpin… Giới thiệu mơn học 47 ... biết trình tự khn  Giải trình tự DNA RNA sinh vật (chúng ta biết tự nucleotide sinh vật) từ thiết kế phản ứng mồi theo trình tự giải  Chúng ta lấy trình tự nucleotide sinh vật sở liệu NCBI từ thiết. .. nhanh chóng nhờ phần mềm thiết kế mồi Giới thiệu mơn học 15 Tính ổn định Cấu trúc kẹp tóc Giới thiệu mơn học 16 Thiết kế mồi Trình tự DNA khn Thiết kế Thơng số phản ứng PCR Primer Lấy thông số từ... đánh giá mồi Giới thiệu môn học 45 Kết phản ứng đánh giá mồi Giới thiệu môn học 46 Bài tập Hãy thiết kế đoạn mồi dùng cho phản ứng PCR nhằm khuếch đại đoạn gen từ vị trí 156 đến 620 trình tự gen