Xây dựng quy trình phân tích một số đa hình gen N- Acetyltransfarase 2 liên quan đến đáp ứng điều trị Isoniazid ở người bệnh lao

ac y, VN U ĐẠI HỌC QUỐC GIA HÀ NỘI KHOA Y DƯỢC an d Ph a rm KIỀU HỒNG NHUNG ed ici ne XÂY DỰNG QUY TRÌNH PHÂN TÍCH MỘT SỐ ĐA HÌNH GEN N-ACETYLTRANSFARASE LIÊN QUAN ĐẾN ĐÁP ỨNG ĐIỀU TRỊ ISONIAZID KHÓA LUẬN TỐT NGHIỆP ĐẠI HỌC NGÀNH Y ĐA KHOA Co py rig ht @ Sc ho ol of M Ở NGƯỜI BỆNH LAO Hà Nội – Năm 2019 ac y, VN U ĐẠI HỌC QUỐC GIA HÀ NỘI KHOA Y DƯỢC an d Ph a rm KIỀU HỒNG NHUNG XÂY DỰNG QUY TRÌNH PHÂN TÍCH ed ici ne MỘT SỐ ĐA HÌNH GEN N-ACETYLTRANSFARASE LIÊN QUAN ĐẾN ĐÁP ỨNG ĐIỀU TRỊ ISONIAZID of M Ở NGƯỜI BỆNH LAO Sc ho ol KHÓA LUẬN TỐT NGHIỆP ĐẠI HỌC NGÀNH Y ĐA KHOA : QH 2013.Y : PSG.TS Đinh Đoàn Long ThS Phạm Thị Hồng Nhung Co py rig ht @ Khóa Người hướng dẫn Hà Nội – Năm 2019 LỜI CẢM ƠN VN U Để hồn thành q trình nghiên cứu khóa luận này, lời xin chân thành gửi lời cảm ơn sâu sắc đến PGS.TS Đinh Đoàn Long, ThS Phạm Thị Hồng Nhung – Giảng viên Khoa Y Dược – Đại học Quốc gia Hà Nội, người thầy kinh nghiệm suốt q trình thực khóa luận ac y, hướng dẫn trực tiếp, dạy nhiệt tình, tỉ mỉ truyền đạt cho tơi nhiều kiến thức Tôi xin chân thành gửi lời cảm ơn tới TS Vũ Thị Thơm – Giảng viên Khoa Y rm Dược – Đại học Quốc gia Hà Nội - cố vấn khoa học, người thầy tận tâm giúp Ph a đỡ tơi q trình học tập nghiên cứu, sẵn sàng giải đáp thắc mắc để tơi hồn thành khóa luận Đồng thời, xin cảm ơn chị Nguyễn Thị Thu Hà, thành viên nhóm nghiên cứu ln tích cực giúp đỡ, dạy nhiều an d q trình thực nghiên cứu phịng thí nghiệm Tôi xin cảm ơn Bộ Khoa học công nghệ Chương trình Newton Fund Việt ed ici ne Nam tài trợ kinh phí cho đề tài nghiên cứu KHCN cấp nhà nước (Mã số HNQT/SPĐP/01.16) PGS.TS Lê Thị Luyến chủ trì, mà nhánh đề tài nghiên cứu Tơi xin chân thành cảm ơn Bệnh viện Phổi Trung Ương, Bệnh viện Phổi Hà Nội Bệnh viện 74 Trung Ương cung cấp mẫu phẩm phục vụ cho nghiên M cứu Tôi xin gửi lời cảm ơn sâu sắc tới thầy cơ, bạn thực tập Phịng thí nghiệm – Bộ mơn Y Dược học sở nhiệt tình giúp đỡ tơi q trình thực of nghiên cứu ol Tôi xin gửi lời cảm ơn tới Ban giám hiệu, toàn thể thầy cô giáo Sc ho Khoa Y Dược - Đại học Quốc gia Hà Nội cho kiến thức quý báu trình học tập trường Cuối cùng, tơi xin bày tỏ lịng biết ơn yêu thương tới gia đình bạn bè ln bên cạnh, động viên, khích lệ tơi lúc khó khăn Co py rig ht @ trình thực khóa luận Hà Nội, ngày 13 tháng năm 2019 Tác giả Kiều Hồng Nhung VN U DANH MỤC CHỮ VIẾT TẮT Vi khuẩn kháng axit (Acid Fast Bacillus) CYP2E1 Cytochrom P450 2E1 ddNTP Dideoxynucleotide DHPLC Sắc kí lỏng cao áp biến tính (Denaturing high performance liquid chromatography) DILI Tổn thương gan thuốc (Drug-induced liver injury) DNA Axit Deoxyribonucleic (Deoxyribo Nucleic Acid) EDTA Chất chống đông Ethylene Diamine Tetra acetic Acid INH Isoniazid NAT1 Gen N-Acetyltransferase NAT2 Gen N- Acetyltransferase NAT2 Enzym N- Acetyltransferase OD Mật độ quang học (Optical Density) PCR Phản ứng chuỗi Polymerase (Polymerase chain Reaction) PGx Dược di truyền học (Pharmacogenetics/-nomics) RFLP Đa hình chiều dài đoạn cắt giới hạn (Restriction Fragment M ed ici ne an d Ph a rm ac y, AFB Length Polymorphism) Đa hình di truyền đơn nucleotit (Singles nucletotide of SNP ol polymorphisms) Liều điều trị tiêu chuẩn (Standard Treatment Dose) Sc ho STD Tổ chức Y tế Thế giới (World Health Organization) Co py rig ht @ WHO DANH MỤC CÁC BẢNG VN U Trang Bảng 1 Ảnh hưởng kiểu hình acetyl hóa tới chuyển hóa số thuốc .4 Bảng Một số SNP phổ biến gen NAT2 .7 ac y, Bảng Thành phần điều kiện phản ứng cắt 23 Bảng Thành phần điều kiện phản ứng nhân dòng gen NAT2 27 Co py rig ht @ Sc ho ol of M ed ici ne an d Ph a rm Bảng Kết phân tích kiểu gen tần số đa hình NAT2 30 Bảng 3 Tỷ lệ kiểu hình NAT2 100 người bệnh mắc lao người Việt Nam 30 DANH MỤC CÁC HÌNH VN U Trang Hình 1 Một số phản ứng chuyển hóa xúc tác NAT2 Hình Cấu trúc vị trí gen NAT2 nhiễm sắc thể số ac y, Hình Ảnh hưởng mức độ phân tử SNP NAT2 Hình Tỉ lệ mắc bệnh lao số khu vực giới năm 2017 .9 rm Hình Chuyển hóa isoniazid gan 12 Hình Số lượng người gặp tác dụng phụ isoniazid từ 1997-2018 13 Ph a Hình Các bước tiến hành nghiên cứu 20 Hình 2 Nguyên lý tách DNA tổng số kit 21 Hình Trình tự đoạn gen NAT2 nhân dòng để xác định kiểu alen 22 an d Hình Kết dự kiến cắt alen NAT2*5, NAT2*6 NAT2*7 23 Hình Kết DNA tổng điện di gel agarose 1,2% 26 Hình Kết tối ưu phản ứng PCR nhân dòng NAT2 gel agarose 1,5% 27 ed ici ne Hình 3 Kết nhân dịng 10 mẫu nghiên cứu gen NAT2 theo điều kiện tối ưu 28 Hình Phân tích kiểu gen NAT2 dựa vào PCR - RFLP 28 Hình Kết xác định kiểu gen NAT2 BioEdit version 7.1.9 30 M Hình Các tần số phân bố alen NAT2*5, *6, *7, *11, *12, *13 số vùng khu vực giới 34 Hình Sự phân bố kiểu hình acetyl hóa chậm 99 quần thể giới 35 of Hình Nồng độ INH sau kiểu hình acetyl hóa 36 ol Hình 4 Tỷ lệ tổn thường gan INH gây (INH-DILI) theo thời gian số 172 Co py rig ht @ Sc ho người bệnh 37 MỤC LỤC VN U Trang ĐẶT VẤN ĐỀ ac y, CHƯƠNG TỔNG QUAN TÀI LIỆU 1.1 Tổng quan enzym N-Acetyltransferase (NAT2) rm 1.2 Tổng quan gen N-Acetyltransferase 1.2.1 Vị trí, cấu trúc vai trị gen NAT2 Ph a 1.2.2 Đa hình gen N-Acetyltransferase 1.3 Đặc điểm chung bệnh lao vai trò isoniazid điều trị lao an d 1.3.1 Đặc điểm chung bệnh lao 1.3.2 Điều trị dự phòng lao 10 ed ici ne 1.3.3 Isoniazid điều trị lao 11 1.3.3.1 Dược lý, chuyển hóa isoniazid 11 1.3.3.2 Độc tính INH với thể 12 M 1.3.4 Gen liên quan đến chuyển hóa isoniazid người 14 1.4 Các nghiên cứu đa hình di truyền NAT2 liên quan đến đáp ứng điều trị isoniazid of người bệnh lao 15 ol 1.5 Các phương pháp phân tích đa hình NAT2 16 Sc ho CHƯƠNG ĐỔI TƯỢNG VÀ PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU 19 2.1 Vật liệu nghiên cứu 19 2.1.1 Đối tượng nghiên cứu 19 @ 2.1.2 Hóa chất 19 ht 2.1.3 Thiết bị 19 py rig 2.2 Phương pháp nghiên cứu 20 2.2.1 Thu mẫu sinh phẩm 21 Co 2.2.2 Tách chiết DNA tổng số 21 2.2.3 Nhân dòng đoạn gen NAT2 PCR 22 2.2.4 Tinh sản phẩm PCR 23 2.2.5 Xác định kiểu gen NAT2 PCR-RFLP 23 2.2.6 Xác định kiểu gen NAT2 phương pháp giải trình tự 24 VN U 2.2.7 Xác định tần số SNP dự đốn kiểu hình acetyl hóa 24 2.3 Đạo đức nghiên cứu 25 CHƯƠNG KẾT QUẢ NGHIÊN CỨU 26 ac y, 3.1 Tách chiết DNA tổng số 26 3.2 Nhân dòng đoạn gen NAT2 PCR 26 rm 3.2.1 Tối ưu quy trình PCR 26 Ph a 3.3.2 Nhân dòng gen NAT2 100 mẫu nghiên cứu 27 3.3 Xác định kiểu gen NAT2 PCR-RFLP 28 an d 3.4 Xác định kiểu gen NAT2 giải trình tự 29 3.5 Kết phân bố tần số alen tỷ lệ kiểu gen, kiểu hình NAT2 30 CHƯƠNG BÀN LUẬN 32 ed ici ne 4.1 Tối ưu hóa quy trình phân tích đa hình di truyền NAT2 32 4.1.1 Phương pháp PCR-RFLP 32 4.1.2 Phương pháp giải trình tự 32 M 4.2 Về đa hình di truyền NAT2 33 of 4.2.1 Tần số alen tỷ lệ kiểu hình acetyl hóa 33 4.2.2 Về mối liên quan NAT2 số bệnh khác 39 ol KẾT LUẬN 40 Sc ho KIẾN NGHỊ 41 TÀI LIỆU THAM KHẢO Co py rig ht @ PHỤ LỤC VN U ĐẶT VẤN ĐỀ Bệnh lao vi khuẩn Mycobacterium tuberculosis bệnh nhiễm ac y, trùng mạn tính phổ biến người Bệnh gây nên triệu chứng chủ yếu đường hô hấp, ảnh hưởng trực tiếp tới sức khỏe sống người bệnh Theo công bố Tổ chức Y tế Thế giới (WHO), Việt Nam đứng thứ 16/30 nước có 124.000 người 12.840 người tử vong lao [40] rm gánh nặng bệnh lao cao giới với số lượng người mắc năm 2017 Ph a Sau chẩn đoán mắc bệnh lao, người bệnh thường điều trị theo phác đồ Chương trình Chống lao Quốc gia [1] Theo thuốc chống lao hàng gồm có thuốc: Isoniazid (INH), Rifampicin, Ethambutol, Pyrazinamid, Streptomycin [1] an d Trong đó, Isoniazid thuốc then chốt điều trị dự phòng lao hiệu lực kìm diệt vi khuẩn lao cao Đối với người bệnh lao mắc không đa kháng ed ici ne thuốc, hầu hết đáp ứng điều trị tốt với phác đồ hàng 1, nhiên tỷ lệ gặp phải tác dụng không mong muốn, phần khác thất bại điều trị Nhiều trường hợp điều trị thất bại gặp tác dụng phụ số nghiên cứu giới trước liên quan đến đột biến gen N- Acetyltransferase (NAT2) gây kiểu hình acetyl hóa chậm Tùy vào vị trí đột biến mà làm biến đổi hoạt tính, cấu M trúc độ bền enzym làm ảnh hưởng đến khả chuyển hóa isoniazid thuốc of chuyển hóa NAT2 hydralazin, procainamid, aminoglutethimid, sufasalazin, nitrazepam, dapson [24] Kiểu gen NAT2 quy định kiểu hình acetyl hóa với kiểu ol hình acetyl hóa acetyl hóa nhanh, acetyl hóa trung bình acetyl hóa chậm [44] Sc ho Một số nghiên cứu chứng minh, người bệnh có kiểu hình acetyl hóa chậm có nguy tổn thương gan, gặp tác dụng phụ tỉ lệ thất bại điều trị với thuốc chuyển hóa NAT2 cao kiểu hình cịn lại [23, 46] NAT2 ngồi liên quan đến chuyển hóa số thuốc nêu trên, cịn đóng vai trị quan trọng chuyển hóa @ số hợp chất gây ung thư Một số nghiên cứu liên quan kiểu hình ht acetyl hóa nguy ung thư vú, ung thư bàng quang, ung thư đại trực tràng [10, 35] py rig Trong đột biến liên quan đến kiểu hình acetyl hóa, alen NAT2*5 (c.341T>C), NAT2*6 (c.590G>A), NAT2*7 (c.857G>A), NAT2*11 (c.481C>T), NAT2*12 (c.803G>A), NAT2*13 (c.282C>T) ghi nhận phổ biến nghiên Co cứu nhiều số quần thể giới [36, 37] Việc xác định đột biến gen NAT2 nhằm tìm hiểu mối liên quan biến đổi di truyền đáp ứng thuốc giúp bác sĩ lâm sàng cân nhắc điều chỉnh liều điều trị INH, hạn chế tác dụng phụ thuốc, qua nâng cao hiệu điều trị cho người bệnh Đây xu hướng tối ưu hóa điều trị theo cá thể, tích hợp xét nghiệm di truyền phác đồ điều trị phát triển mở rộng ứng dụng nhanh chóng giới Tuy vậy, VN U Việt Nam, việc nghiên cứu ứng dụng quy trình phân tích kiểu gen NAT2 vào ac y, thực hành lâm sàng bắt đầu Từ nhu cầu lâm sàng tính cấp thiết việc tích hợp xét nghiệm gen NAT2 liệu trình chẩn đốn, điều trị người bệnh mắc lao, nhóm nghiên cứu tiến hành đề tài “Xây dựng quy trình phân tích số đa hình gen N-acetyltransferase liên quan đến đáp ứng điều trị isoniazid rm người bệnh lao” với mục tiêu nội dung nghiên cứu sau: Mục tiêu nghiên cứu: Ph a - Xây dựng quy trình phân tích số đa hình di truyền gen NAT2 an d người bệnh mắc lao Việt Nam - Áp dụng quy trình tối ưu để bước đầu đánh giá mức độ đa hình di truyền gen NAT2 100 mẫu người bệnh lao Việt Nam Nội dung nghiên cứu: ed ici ne - Tối ưu hóa phản ứng PCR nhân dịng đoạn gen mã hóa enzym NAT2 - Xác định kiểu gen NAT2 phương pháp PCR-RFLP giải trình tự - Khảo sát tần số kiểu gen tần số alen liên quan đến đa hình SNP gồm NAT2*5 (c.341T>C), NAT2*6 (c.590G>A), NAT2*7 (c.857G>A), NAT2*11 Co py rig ht @ Sc ho ol of tham gia nghiên cứu M (c.481C>T), NAT2*12 (c.803G>A), NAT2*13 (c.282C>T) nhóm người bệnh KẾT LUẬN VN U Từ nghiên cứu thực 100 người bệnh mắc lao đến từ bệnh viện khu vực phía Bắc (gồm Bệnh viện Phổi Trung ương, Bệnh viện 74 Trung ương Bệnh viện Phổi Hà nội) thời gian từ tháng 6/2017 đến tháng 9/2018, rút Về tối ưu quy trình phân tích đa hình gen NAT2 ac y, số kết luận sau: Đề tài tối ưu xây dựng quy trình phân tích đa hình gen NAT2 từ rm DNA phân lập từ mẫu máu người bệnh lao điều trị isoniazid phương Ph a pháp PCR – RFLP Về tần suất phân bố đa hình di truyền quần thể nghiên cứu an d Tần suất phân bố alen đột biến khác nhau, alen NAT2*13 chiếm tỷ lệ cao 49%, NAT2*6 với tỷ lệ 32% Các vị trí lại chiếm tỷ lệ thấp với NAT2*7, NAT2*12, NAT2*11, NAT2*5 12%, 7%, 6% 6% ed ici ne Các tần số kiểu gen alen phù hợp theo luật phân bố di truyền quần thể HardyWeinberg cấu trúc di truyền đại diện cho quần thể ổn định định Việt Nam Tỷ lệ kiểu hình acetyl hóa thu 100 người bệnh: tương ứng với M nhóm (acetyl hóa nhanh, trung bình chậm) 25%, 38% 37% Phân hóa nhóm kiểu hình với tỉ lệ cho thấy xu hướng đáp ứng thuốc chuyển hóa Co py rig ht @ Sc ho ol of NAT2 isoniazid khác đáng kể người bệnh lao Việt Nam 40 KIẾN NGHỊ VN U Từ kết ban đầu thu tần số alen kiểu hình acetyl hóa thu nghiên cứu xin đưa kiến nghị sau: Thực thêm nghiên cứu đánh giá nồng độ INH sau dùng thuốc, tác động gây độc gan người bệnh phân tích kiểu gen NAT2 Từ đánh giá ac y, mối tương quan đa hình di truyền NAT2 với đáp ứng điều trị thuốc, tác rm dụng không mong muốn, xây dựng mối tương quan kiểu gen liều dùng INH Xây dựng thuật tốn tính liều INH cho người bệnh mắc lao Việt Nam, từ tiến tới Co py rig ht @ Sc ho ol of M ed ici ne an d Ph a cá thể hóa liều điều trị INH để đạt hiệu tốt người bệnh 41 TÀI LIỆU THAM KHẢO VN U TIẾNG VIỆT Bộ Y tế (2017), Chương trình chống lao Quốc gia Việt Nam, Hướng dẫn chẩn đốn, điều trị dự phịng bệnh lao, NXB Y học, Hà Nội Ngô Quý Châu (2012), Bệnh Hô Hấp, NXB Bộ Y Tế, Hà Nội, 105 ac y, Nguyễn Việt Cồ (2012), Bệnh học lao, NXB Bộ Y Tế, Hà Nội, 208-209 PGS TS Nguyễn Nghiêm Luật (2014), Những ứng dụng kỹ thuật giải trình tự rm DNA hệ máy PyroMark Q24 Y học Lâm sàng Đỗ Lê Thăng Đinh Đoàn Long (2013), Cơ sở di truyền học phân tử tế bào, Ph a Phân tích gen sản phẩm gen, NXB Đại Học Quốc Gia Hà Nội, Hà Nội,338340 an d Tạ Thành Văn (2010), PCR số kỹ thuật y sinh học phân tử, Các phương pháp phân tích gen, NXB Y học, Hà Nội TIẾNG ANH ed ici ne Toure A, Cabral M, Niang A, et al (2016), "Prevention of isoniazid toxicity by NAT2 genotyping in Senegalese tuberculosis patients", Toxicol Rep, 3,826–831 Fretland M A., Leff M A., Doll, et al (2001), "Functional characterization of human N-acetyltransferase (NAT2) single nucleotide polymorphisms", M Pharmacogenetics, 11,207-215 Cecily E Allen Mark A Doll (2017), "N-Acetyltransferase Genotype- of Dependent N-Acetylation of Hydralazine in Human Hepatocytes", Drug Metabolism and Disposition, 45(12),1276-1281 ol 10 Lilla C, Verla-Tebit E, Risch A, et al (2006), "Effect of NAT1 and NAT2 genetic Sc ho polymorphisms on colorectal cancer risk associated with exposure to tobacco smoke and meat consumption", Cancer Epidemiol Biomark Prev, 15,99–107 11 Evans DA (1984 ), "Survey of the human acetylator polymorphism in @ spontaneous disorders ", J Med Genet, 21,243–253 12 Evans DA, Manley KA, Mc KV (1960), "Genetic control of isoniazid ht metabolism in man", Br Med J, 2,485–491 py rig 13 Pierre Darlu, Brigitte Crouau-Roy, Audrey Sabbagh, et al (2011), "Arylamine NAcetyltransferase (NAT2) Genetic Diversity and Traditional Subsistence: A Worldwide Population Survey", John Relethford, 6(4),18507 Co 14 Sim E, Abuhammad A, Ryan A (2014), "Arylamine N-acetyltransferases: froM drug metabolism and pharmacogenetics to drug discovery", British Journal of Pharmacology, 171,2705–2725 42 15 Sim E Stanley LA (2008), "Update on the pharmacogenetics of NATs: structural considerations", Pharmacogenomics, 9(11),1673–1693 functional studies of arylamine VN U 16 Sim E, Payton M, Noble M, et al (2000), "An update on genetic, structural and N-acetyltransferases in eucaryotes procaryotes", Hu ‐man Molecular Genetics, 9,2435-41 and ac y, 17 David A Flockhart Zeruesenay Desta (2009), "Pharmacogenerics of Drug metabolism ", Clinical and Translational Science 18 Lu-Jun He, Yue-Ming Yu, Fang Qiao, et al (2005), "Genetic polymorphisms of Ph a rm N-acetyltransferase and colorectal cancer risk", World J Gastroenterol, 11(27),4268-4271 19 David W Hein Mark Antony Doll (2012), "Accuracy of various human NAT2 SNP genotyping panels to infer rapid, intermediate and slow acetylator an d phenotypes", Pharmacogenomics, 13(1),31–41 20 Cho HJ, Koh WJ, Ryu YJ, et al (2007), "Genetic polymorphisms of NAT2 and CYP2E1 associated with anti tuberculosis drug-induced hepatotoxicity in Korean ed ici ne patients with pulmonary tuberculosis", Tuberculosis (Edinb), 87(6),551–556 21 Sandoz Inc (2016), FDA label Isoniazid, U.S Department of Health and Human Services 22 Mem Inst Oswaldo Cruz (2011), "Genetic polymorphisms of NAT2, CYP2E1 M and GST enzymes and the occurrence of antituberculosis drug-induced hepatitis in Brazilian TB patients", Rio de Janeiro, 106(6) of 23 Azuma J, Ohno M, Kubota R, et al (2013), "NAT2 genotype guided regimen ol reduces isoniazid-induced liver injury and early treatment failure in the 6-month Sc ho four-drug standard treatment of tuberculosis: A randomized controlled trial for pharmacogenetics-based therapy", Eur J Clin Pharmacol 24 Butcher N J, Boukouvala S, Sim E, et al (2002), "Pharmacogenetics of the arylamine N-acetyltransferases", The Pharmacogenomics Journal, 2,30–42 @ 25 Shi J, Xie M, Wang J, et al (2015), "Susceptibility of N-acetyltransferase slow acetylators to antituberculosis drug-induced liver injury: a meta-analysis.", ht Pharmacogenomics , 16(8),2083-2097 py rig 26 Hemanth Kumar A K., Ramesh K., Kannan T., et al (2017), "N-acetyltransferase gene polymorphisms & plasma isoniazid concentrations in patients with tuberculosis", Indian J Med Res, 145(1),118–123 Co 27 Suzanne Kennedy (2010), "how DNA extration kits work in the lab", biteSizeBio 28 Daniel J Klein, Sotiria Boukouvala, Ellen M McDonagh, et al (2016), "PharmGKB summary: Isoniazid Pathway, Pharmacokinetics", Pharmacogenet Genomics KB, 26(9),436-44 43 29 Laland KN, Odling-Smee J, Myles S (2010), "How culture shaped the human genome: bringing genetics and the human sciences together", Nat Rev Genet, VN U 11,137-148 30 Vatsis KP, Weber WW, Bell DA, et al (1995), "Nomenclature for Nacetyltransferases", Pharmacogenetics, 5(1),1-17 ac y, 31 Igor B Kuznetsov, Michael McDuffie, Roxana Moslehi (2009), "A web server for inferring the human N-acetyltransferase-2 (NAT2) enzymatic phenotype from NAT2 genotype", BIOINFORMATICS, 25(9),1185–1186 rm 32 Spinasse LB, Santos AR, Suffys PN, et al (2014), "Different phenotypes of the Ph a NAT2 gene influences hydralazine antihypertensive response in patients with resistant hypertension", Pharmacogenomics, 15,169-178 33 Dinh Doan Long, Pham Thi Hong Nhung, Tran Thi Thuy Anh, et al (2011), an d "Multiple mutations of N-acetyltransferase gene in Vietnamese idetified by Tm monitoring of fluorogenic hybridization probes", VNU Journal of Science, ed ici ne 27(2S),211-217 34 Dinh Doan Long, Pham Thi Hong Nhung, Tran Thi Thuy Anh, et al (2011), "Variability in the frequency of Single nucleotide polymorphisms of N-acetyl transferase (NAT2) gene in Vietnamese", VNU Journal of Science, 27(4) 35 Garcia-Closas M, Malats N, Silverman D, et al (2005), "NAT2 slow acetylation, M GSTM1 null genotype, and risk of bladder cancer: results from the Spanish Bladder Cancer Study and meta-analyses", Lancet, 366,649–659 of 36 Kinzig-Schippers M, Tomalik-Scharte D, Jetter A, et al (2005), "Should We Use ol N-Acetyltransferase Type Genotyping To Personalize Isoniazid Doses?", Sc ho Antimicrob Agents Chemother, 49(5),1733-8 37 Ohno M, Yamaguchi I, Yamamoto I, et al (2000), "Slow N-acetyltransferase genotype affects the incidence of isoniazid and hepatotoxicity", Int J Tuberc Lung Dis, 4(3),256-261 rifampicin induced @ 38 Ma MK, Woo MH, Mcleod HL (2002), "Genetic basis of drug metabolism.", Am J Health Syst Pharm, 59,2061–2069 ht 39 Singh N, Dubey S, Chinnaraj S, et al (2009), "Study of NAT2 gene py rig polymorphisms in an Indian population: Association with plasma isoniazid concentration in a cohort of tuberculosis patients", Mol Diagn Ther, 13,49–58 40 World health organization (2018), Global tuberculosis report 2018 Co 41 Sandosh Padmanabhan (2014), Handbook of Pharmacogenomics and Stratified Medicine, Pharmacogenomics in India, 46, 1037-1059 42 Bhushan Patwardhan Rathnam Chaguturu (2017), Innovative Approaches in Drug Dícovery, Pharmacogenomics, 7, 195-234 44 43 Bose PD, Sarma MP, Medhi S, et al (2011), "Role of polymorphic N-acetyl transferase2 and cytochrome P4502E1 gene in antituberculosis treatment-induced VN U hepatitis", J Gastroenterol Hepatol, 26,312–318 44 Marcus PM1, Vineis P, Rothman N (2000), "NAT2 slow acetylation and bladder cancer risk: a meta-analysis of 22 case-control studies conducted in the ac y, general population.", Pharmacogenomics, 10(2),115-22 45 Donald PR, Parkin DP, Seifart HI, et al (2007), "The influence of dose and Nacetyl transferase-2 (NAT2) genotype and phenotype on the pharmacokinetics and rm pharmacodynamics of isoniazid", Pharmacokinet Dispos, 63(7),633–639 Ph a 46 Wang PY, Xie SY, Hao Q, et al (2012), "NAT2 polymorphisms and susceptibility to anti-tuberculosis drug-induced liver injury: meta-analysis", Int J Tuberc Lung Dis, 16(5),589–595 R Reif W (1953), "Enzymatische an d 47 Bonicke inak activierung von isonicotinsaurehydrazid im menschlichen und tierischen organismus ", Arch Exp ed ici ne Pathol Pharmacol, 220 - 321 48 H Smeets R.J.E Jongbloed, P.A Doevendans, et al (2005), "Methods in molecular cardiology: DHPLC mutation detection analysis", Neth Heart J., 13(1),11-17 Ramachandran pharmacogenomics in the Soumya M 49 Geetha treatment Swaminathan of (2012), tuberculosis: "Role a of review", Pharmacogenomics Pers Med, 5, 89–98 of 50 Khan S, Mandal RK, Elasbali AM, et al (2019), "Pharmacogenetic association ol between NAT2 gene polymorphisms and isoniazid induced hepatotoxicity: trial Sc ho sequence meta-analysis as evidence", Biosci Rep, 39(1) 51 Parkin D P S., Vandenplas F J., Botha, et al (1997), "Trimodality of isoniazid elimination: phenotype and genotype in patients with tuberculosis.", Am J Respir Crit Care Med, 155,1717-1722 @ 52 Sharma SK, Balamurugan A, Saha PK, et al (2002), "Evaluation of clinical and immunogenetic risk factors for the development of hepatotoxicity during ht antituberculosis treatment", Am J Respir Crit Care Med, 166,916-919 py rig 53 Takayo Sotsuka, Yuka Sasaki, Shigekazu Hirai, et al (2011 ), "Association of Isoniazid-metabolizing Enzyme Genotypes and Isoniazid -induced Hepatotoxicity in Tuberculosis Patients", In Vivo, 25(5),803-812 Co 54 Ebisawa T Deguchi T (1991), "Structure and restriction fragment length polymorphism of genes for human liver arylamine N-acetyltransferases ", Biochem Biophys Res Commun, 177,1252–1257 45 55 Weber W W Hein D W (1985), "N-acetylation pharmacogenetics", Pharmacological Reviews, 37(1),25-79 VN U 56 Jason M Walraven, Yu Zang, John O Trent (2008), "Structure/Function Evaluations of Single Nucleotide Polymorphisms in Human N-Acetyltransferase 2", Curr Drug Metab, 9(6),471-486 ac y, 57 WHO (2003), Global tuberculosis control-surveillance, planning, financingGlobal Tuberculosis Control 58 Jarrar Y, Ismail S, Irshaid Y (2010), "N-acetyltransferase-2 (NAT2) genotype rm frequency among Jordanian volunteers", Int J Clin Pharmacol Ther, 48,688–694 Ph a 59 Huang YS, Chern HD, Su WJ, et al (2003), "Cytochrome P450 2E1 genotype and the susceptibility to antituberculosis drug-induced hepatitis", Hepatology, 37(4),924–930 an d 60 Min Zhang, Shuqiang Wang, Bob Wilffert, et al (2018), "The association between the NAT2 genetic polymorphisms and risk of DILI during anti-TB treatment: a ed ici ne systematic review and meta-analysis: Slow NAT2 genotype is a risk factor for AT-DILI", British Journal of Clinical Pharmacology, 84(12),2747–2760 WEB 61 1000 Genomes Project Phase allele frequencies (2018), truy cập ngày 2/4/2019, http://asia.ensembl.org/Homo_sapiens/Variation/Population?db=core;r=8:183998 M 44-18400844;v=rs1801280;vdb=variation;vf=1243314 62 Human gene for arylamine N-acetyltransferase (EC 2.3.1.5) (2019), Genbank Number, truy cập of asession ngày 4/4/2019, trang web https:// ol www.ncbi.nlm.nih.gov/nucleotide?cmd=Retrieve&dopt=GenBank&list_uids=282 27 Sc ho 63 KAPABIOSYSTEMS (2017), KAPA2G™ Robust HotStart Ready Mix (2X), truy cập ngày 7/7/2017, trang web www.kapabiosystems.com 64 Gaurab Karki (2017), Restriction fragment length polymorphism (RFLP): @ principle, procedure and application, truy cập ngày 30/9/2018, trang web https://www.onlinebiologynotes.com/restriction-fragment-length-polymorphism- ht rflp-principle-procedure-application/ py rig 65 Igor B Kuznetsov (2009), NAT2PRED: a web-server for inferring the acetylator phenotype of the human N-acetyltransferase-2 (NAT2) from NAT2 genotype, truy cập ngày 4/4/2019, trang web http://nat2pred.rit.albany.edu./ Co 66 QIAGEN (2010), HotStarTaq® PCR Handbook, QIAGEN, truy cập ngày 7/7/2017, trang web www.qiagen.com 67 Isoniazid side effects - from FDA reports (2018), Isoniazid: 11,053 reports, truy cập ngày 4/4/2019, trang web https://www.ehealthme.com/drug/isoniazid/ 46 PHỤ LỤC Kiểu dại Kiểu dại 341T>C (rs1801280) 481C>T (rs1799929) 341T>C (rs1801280) 481C>T (rs1799929) 803A>G (rs1208) 341T>C (rs1801280) 803A>G (rs1208) I114T L161L I114T L161L K268R I114T K268R NAT2*5B NAT2*5C NAT2*5D an d NAT2*5A I114T ed ici ne 341T>C (rs1801280) 341T>C (rs1801280) 590G>A (rs1799930) 341T>C (rs1801280) 481C>T (rs1799929) 759C>T (rs56011192) 803A>G (rs1208) 282C>T (rs1041983) 341T>C (rs1801280) 481C>T (rs1799929) 803A>G (rs1208) NAT2*5E of M NAT2*5F @ NAT2*5H Sc ho ol NAT2*5G ht NAT2*5I Co py rig NAT2*5Je NAT2*5K I114T R197Q I114T L161L V253V K268R Y94Y I114T L161L K268R 341T>C (rs1801280) 481C>T (rs1799929) 803A>G (rs1208) I114T L161L K268R 341T>C (rs1801280) 411A>T (rs4986997) 481C>T (rs1799929) 803A>G (rs1208) 282C>T (rs1041983) 341T>C (rs1801280) 590G>A (rs1799930) 282C>T (rs1041983) 341T>C (rs1801280) I114T L137F L161L K268R Y94Y I114T R197Q Y94Y I114T 47 Kiều hình acetyl Nhanh rm NAT2*4 Ph a Nucleotid thay đổi ac y, Axit amin thay Haplotype VN U Phụ lục Các dạng alen NAT2 [5] Chậm Chậm Chậm Chậm Chậm Chậm Chậm Chậm Chậm Chậm NAT2*5N ed ici ne NAT2*5O @ NAT2*5Rf Sc ho ol NAT2*5Qf of M NAT2*5P ht NAT2*5Sf py rig NAT2*5Tf Co NAT2*5TAf 48 VN U ac y, rm NAT2*5M Y94Y I114T G286E L24I I114T L161L K268R I114T L161L K268R V280M I114T I158L L161L K268R C68Y I114T L161L K268R Y94Y I114T L161L T193M R197Q K268R I114T R197Q K268R Y94Y I114T R197Q K268R I114T G286E Y94Y I114T K268R Y94Y I114T K268R G286E Ph a NAT2*5L 282C>T (rs1041983) 341T>C (rs1801280) 857G>A (rs1799931) 70T>A (rs45477599) 341T>C (rs1801280) 481C>T (rs1799929) 803A>G (rs1208) 341T>C (rs1801280) 481C>T (rs1799929) 803A>G (rs1208) 838G>A (rs56393504) 341T>C (rs1801280) 472A>C (rs139351995) 481C>T (rs1799929) 803A>G (rs1208) 203G>A (rs72466458) 341T>C (rs1801280) 481C>T (rs1799929) 803A>G (rs1208) 282C>T (rs1041983) 341T>C (rs1801280) 481C>T (rs1799929) 578C>T (rs79050330) 590G>A (rs1799930) 803A>G (rs1208) 341T>C (rs1801280) 590G>A (rs1799930) 803A>G (rs1208) 282C>T (rs1041983) 341T>C (rs1801280) 590G>A (rs1799930) 803A>G (rs1208) 341T>C (rs1801280) 857G>A (rs1799931) 282C>T (rs1041983) 341T>C (rs1801280) 803A>G (rs1208) 282C>T (rs1041983) 341T>C (rs1801280) 803A>G (rs1208) 857G>A (rs1799931) an d NAT2*5KAf NAT2*5Wf of M NAT2*5Y f @ NAT2*6C Sc ho NAT2*6B ol NAT2*5Zf NAT2*6A py rig ht NAT2*6D NAT2*6E Co NAT2*6F NAT2*6G I114T N118N L161L K268R I114T L135V L161L K268R I114T L161L Y208H K268R R64Q I114T L161L Y94Y R197Q R197Q Y94Y R197Q K268R F37F Y94Y R197Q L161L R197Q R197Q K268R Y94Y K173R R197Q VN U ac y, ed ici ne NAT2*5Xf Y94Y I114T L161L G286E rm NAT2*5VAf Ph a NAT2*5Vf Y94Y I114T L161L R197Q K268R Y94Y I114T L161L an d NAT2*5Uf 282C>T (rs1041983) 341T>C (rs1801280) 481C>T (rs1799929) 590G>A (rs1799930) 803A>G (rs1208) 282C>T (rs1041983) 341T>C (rs1801280) 481C>T (rs1799929) 282C>T (rs1041983) 341T>C (rs1801280) 481C>T (rs1799929) 857G>A (rs1799931) 341T>C (rs1801280) 354T>C (rs146405047) 481C>T (rs1799929) 803A>G (rs1208) 341T>C (rs1801280) 403C>G (rs12720065) 481C>T (rs1799929) 803A>G (rs1208) 341T>C (rs1801280) 481C>T (rs1799929) 622T>C (rs56387565) 803A>G (rs1208) 191G>A (rs1801279) 341T>C (rs1801280) 481C>T (rs1799929) 282C>T (rs1041983) 590G>A (rs1799930) 590G>A (rs1799930) 282C>T (rs1041983) 590G>A (rs1799930) 803A>G (rs1208) 111T>C (rs72554615) 282C>T (rs1041983) 590G>A (rs1799930) 481C>T (rs1799929) 590G>A (rs1799930) 590G>A (rs1799930) 803A>G (rs1208) 282C>T (rs1041983) 518A>G 590G>A (rs1799930) 49 Chậm Chậm Chậm Chậm Chậm NAT2*6K NAT2*6L NAT2*6N of NAT2*6Of M ed ici ne NAT2*6M Sc ho ol NAT2*6Pf NAT2*6Qf ht @ NAT2*6Rf py rig NAT2*6Sf Co NAT2*6Tf NAT2*6Uf 50 VN U ac y, Y94Y R197Q V280M G286E Y94Y R197Q G286E Y94Y R197Q P213L Y94Y D115D R197Q G51V Y94Y R197Q Y94Y L161L R197Q Y94Y R197Q V280M L135V R197Q Y94Y T103I R197Q Y94Y L161L R197Q K268R R197Q G286E L161L R197Q G286E Y94Y R197Q T19T rm NAT2*6J 282C>T (rs1041983) 590G>A (rs1799930) 838G>A (rs56393504) 857G>A (rs1799931) 282C>T (rs1041983) 590G>A (rs1799930) 857G>A (rs1799931) 282C>T (rs1041983) 590G>A (rs1799930) 638C>T (rs138707146) 282C>T (rs1041983) 345C>T (rs45532639) 590G>A (rs1799930) 152G>T (rs72466457) 282C>T (rs1041983) 590G>A (rs1799930) 282C>T (rs1041983) 481C>T (rs1799929) 590G>A (rs1799930) 282C>T (rs1041983) 590G>A (rs1799930) 838G>A (rs56393504) 403C>G (rs12720065) 590G>A (rs1799930) 282C>T (rs1041983) 308C>T 590G>A (rs1799930) 282C>T (rs1041983) 481C>T (rs1799929) 590G>A (rs1799930) 803A>G (rs1208) 590G>A (rs1799930) 857G>A (rs1799931) 481C>T (rs1799929) 590G>A (rs1799930) 857G>A (rs1799931) 282C>T (rs1041983) 590G>A (rs1799930) 579G>T (rs144176822) Ph a NAT2*6I Y94Y R197Q K256E an d NAT2*6H 282C>T (rs1041983) 590G>A (rs1799930) 766A>G (rs55700793) NAT2*7Ff NAT2*7Gf NAT2*10 NAT2*11A NAT2*11B NAT2*12A Sc ho NAT2*12B NAT2*12C ht @ NAT2*12D py rig NAT2*12E Co NAT2*12F NAT2*12G NAT2*12H 51 VN U rm ac y, Chậm Ph a NAT2*7Ef Chậm an d NAT2*7D L135V R197Q V280M G286E Y94Y G286E Y94Y K268R G286E R64Q Y94Y G286E Y94Y L161L G286E Y94Y L161L K268R G286E Y76D Y94Y G286E E167K L161L L161L S287 K268R Y94Y K268R L161L K268R D122N K268R Y94Y T193M K268R Y208H K268R E203D K268R L135V K268R ed ici ne NAT2*7C M NAT2*7B of NAT2*7A 403C>G (rs12720065) 590G>A (rs1799930) 838G>A (rs56393504) 857G>A (rs1799931) 282C>T (rs1041983) 857G>A (rs1799931) 282C>T (rs1041983) 803A>G (rs1208) 857G>A (rs1799931) 191G>A (rs1801279) 282C>T (rs1041983) 857G>A (rs1799931) 282C>T (rs1041983) 481C>T (rs1799929) 857G>A (rs1799931) 282C>T (rs1041983) 481C>T (rs1799929) 803A>G (rs1208) 857G>A (rs1799931) 226T>G 282C>T (rs1041983) 857G>A (rs1799931) 499G>A (rs72554617) 481C>T (rs1799929) 481C>T (rs1799929) Δ859 803A>G (rs1208) 282C>T (rs1041983) 803A>G (rs1208) 481C>T (rs1799929) 803A>G (rs1208) 364G>A (rs4986996) 803A>G (rs1208) 282C>T (rs1041983) 578C>T (rs79050330) 803A>G (rs1208) 622T>C (rs56387565) 803A>G (rs1208) 609G>T (rs45618543) 803A>G (rs1208) 403C>G (rs12720065) 803A>G (rs1208) ol NAT2*6Vf Chậm Nhanh Nhanh Nhanh Nhanh Chậm NAT2*12Nf NAT2*12Of NAT2*12Pf VN U Y94Y T193M Y94Y F222C Y94Y K256E Y94Y T214I Y94Y V280M Y94Y I158L NAT2*14A 191G>A (rs1801279) R64Q Chậm 191G>A (rs1801279) 282C>T (rs1041983) R64Q Y94Y Chậm NAT2*14C 191G>A (rs1801279) 341T>C (rs1801280) 481C>T (rs1799929) 803A>G (rs1208) R64Q I114T L161L K268R Chậm Sc ho NAT2*13Ef of NAT2*13Df ol NAT2*13Cf M 282C>T (rs1041983) 578C>T (rs79050330) 282C>T (rs1041983) 665T>G 282C>T (rs1041983) 766A>G (rs55700793) 282C>T (rs1041983) 641C>T 282C>T (rs1041983) 838G>A (rs56393504) 282C>T (rs1041983) 472A>C (rs139351995) NAT2*13B NAT2*13Ff @ NAT2*13Gf py rig NAT2*14B Co Nhanh ht NAT2*13A ac y, NAT2*12Mf rm NAT2*12Lf Ph a NAT2*12Kf Y76Y K268R I10T K268R I158L K268R F222C K268R Y94Y L161L K268R N41Y K268R I10T E203D K268R I158L L161L K268R Y94Y an d NAT2*12J 228C>T (rs72466459) 803A>G (rs1208) 29T>C (rs72466456) 803A>G (rs1208) 472A>C (rs139351995) 803A>G (rs1208) 665T>G 803A>G (rs1208) 282C>T (rs1041983) 481C>T (rs1799929) 803A>G (rs1208) 121A>T (rs149283608) 803A>G (rs1208) 29T>C (rs72466456) 609G>T (rs45618543) 803A>G (rs1208) 472A>C (rs139351995) 481C>T (rs1799929) 803A>G (rs1208) 282C>T (rs1041983) ed ici ne NAT2*12I 52 NAT2*14H NAT2*14I NAT2*14Jf 191G>A (rs1801279) 282C>T (rs1041983) 838G>A (rs56393504) R64Q Y94Y V280M NAT2*14Lf 7A>G (rs200893121) 191G>A (rs1801279) 282C>T (rs1041983) I3V R64Q Y94Y NAT2*17 434A>C (rs72554616) of M NAT2*14Kf VN U ac y, Chậm Chậm 845A>C (rs56054745) K282T Nhanh 190C>T (rs1805158) R64W Chậm 600A>G (rs72466461) E200E NAT2*21 458C>T (rs72466460) T153I NAT2*22 f 609G>T (rs45618543) E203D NAT2*23 f 70T>A (rs45477599) L24I NAT2*24 f 403C>G (rs12720065) L135V NAT2*25 f 665T>G F222C NAT2*26 f 809T>C I270T NAT2*27 589C>T R197 py rig ht @ NAT2*20 Sc ho NAT2*19 ol Q145P NAT2*18 Co Chậm rm NAT2*14G Chậm Ph a NAT2*14F Chậm an d NAT2*14E R64Q Y94Y R197Q R64Q K268R R64Q I114T K268R R64Q Y94Y K268R R64Q Y94Y P228L R64Q L161L K268R R64Q Y94Y T211T ed ici ne NAT2*14D 191G>A (rs1801279) 282C>T (rs1041983) 590G>A (rs1799930) 191G>A (rs1801279) 803A>G (rs1208) 191G>A (rs1801279) 341T>C (rs1801280) 803A>G (rs1208) 191G>A (rs1801279) 282C>T (rs1041983) 803A>G (rs1208) 191G>A (rs1801279) 282C>T (rs1041983) 683C>T (rs45518335) 191G>A (rs1801279) 481C>T (rs1799929) 803A>G (rs1208) 191G>A (rs1801279) 282C>T (rs1041983) 633G>A 53 PHỤ LỤC Giá trị đo hấp thụ quang mẫu DNA tổng số @ ht py rig Co of ol 54 VN U OD260 /OD280 ac y, 69 70 71 72 73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 97 98 99 100 rm 2,10 2,10 1,77 1,72 1,83 1,82 1,83 1,74 1,70 1,70 1,83 1,90 1,88 1,67 1,67 1,83 1,56 1,86 1,52 1,57 1,58 1,59 1,51 1,50 1,60 1,56 1,97 1,57 1,53 1,77 2,00 1,79 1,757 1,650 Nồng độ DNA ng/µl 22,30 38,70 33,95 29,6 38,15 133,30 70,95 37,75 66,80 54,20 36,01 87,75 72,35 70,95 91,10 59,65 108,55 47,20 60,25 32,30 62,25 53,90 40,90 49,00 53,3 34,5 46,9 53,5 32,5 43,7 45,0 72,5 Ph a 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 STT an d 1,99 1,71 1,79 1,80 1,74 1,77 1,70 1,72 1,92 2,00 1,81 2,12 1,83 1,68 1,95 1,81 1,79 1,84 1,86 1,70 1,88 1,78 1,81 1,75 1,79 1,82 1,83 1,74 1,80 1,99 1,852 2,108 1,940 1,679 OD260 /OD280 ed ici ne STT Nồng độ DNA ng/µl 24,0 22,3 24,2 31,4 25,3 42,6 24,7 23,6 31,7 27,0 54,2 26,4 36,6 23,7 31,5 27,7 26,3 29,4 29,6 23,5 23,5 22,9 20,7 20,5 21,3 26,4 23,5 23,0 32,5 23,1 20,5 31,1 32,60 27,80 M OD260 /OD280 Sc ho Nồng độ STT DNA ng/µl 62,3 41,2 26,2 128,8 46,1 102,8 33,1 54,4 36,2 10 37,7 11 29,8 12 36,8 13 229,8 14 133,3 15 24,6 16 66,4 17 51,5 18 132,2 19 29,6 20 61,3 21 22,1 22 112,6 23 26,3 24 44,1 25 146,1 26 20,4 27 89,7 28 68,7 29 113,9 30 26,7 31 50,00 32 23,50 33 30,75 34 48,20 2,00 1,60 1,68 1,97 1,98 1,70 1,76 1,61 1,83 1,84 2,01 1,92 1,82 1,907 1,93 1,94 1,86 1,84 1,93 1,91 1,92 1,90 1,99 2,01 1,87 1,83 1,79 1,82 1,99 2,00 1,96 1,82