luận văn thạc sĩ nghiên cứu vi sinh vật chịu mặn, tổng hợp kích thích sinh trưởng thực vật trên đất trồng cây bưởi da xanh và cây sầu riêng tại tỉnh bến tre

BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO VIỆN HÀN LÂM KHOA HỌC VÀ CÔNG NGHỆ VIỆT NAM HỌC VIỆN KHOA HỌC VÀ CÔNG NGHỆ - Mai Thị Hồng Hạnh NGHIÊN CỨU VI SINH VẬT CHỊU MẶN, TỔNG HỢP KÍCH THÍCH SINH TRƯỞNG THỰC VẬT TRÊN ĐẤT TRỒNG CÂY BƯỞI DA XANH VÀ CÂY SẦU RIÊNG TẠI TỈNH BẾN TRE LUẬN VĂN THẠC SĨ: SINH HỌC THỰC NGHIỆM Hà Nội - năm 2020 BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO VIỆN HÀN LÂM KHOA HỌC VÀ CÔNG NGHỆ VIỆT NAM HỌC VIỆN KHOA HỌC VÀ CÔNG NGHỆ - Mai Thị Hồng Hạnh NGHIÊN CỨU VI SINH VẬT CHỊU MẶN, TỔNG HỢP KÍCH THÍCH SINH TRƯỞNG THỰC VẬT TRÊN ĐẤT TRỒNG CÂY BƯỞI DA XANH VÀ CÂY SẦU RIÊNG TẠI TỈNH BẾN TRE Chuyên ngành: Sinh học thực nghiệm Mã số: 42 01 14 LUẬN VĂN THẠC SĨ: SINH HỌC THỰC NGHIỆM NGƯỜI HƯỚNG DẪN KHOA HỌC: Hướng dẫn 1: TS Nguyễn Đức Thành Hướng dẫn 2: PGS.TS Nguyễn Huy Hoàng Hà Nội - năm 2020 i LỜI CAM ĐOAN Tôi xin cam đoan kết nghiên cứu trình bày luận văn trung thực, khách quan chưa dùng bảo vệ để lấy học vị Tôi xin cam đoan giúp đỡ cho việc thực luận văn cám ơn, thông tin trích dẫn luận văn rõ nguồn gốc Hà Nội, ngày tháng năm 2020 Học viên cao học Mai Thị Hồng Hạnh ii LỜI CÁM ƠN Luận văn phần kết đề tài “Nghiên cứu sản xuất ứng dụng chế phẩm vi sinh vật phục hồi sản xuất ăn đất bị nhiễm mặn tỉnh Bến Tre”, mã số: ĐTĐLCN.29/17 Bộ Khoa học Công nghệ cấp kinh phí thực hiện, TS Nguyễn Đức Thành làm chủ nhiệm đề tài Phần kết nghiên cứu người tham gia thực cho phép sử dụng luận văn Tôi xin bày tỏ lịng biết ơn sâu sắc tới PGS.TS Nguyễn Huy Hồng TS Nguyễn Đức Thành tận tình hướng dẫn giúp đỡ động viên tơi q trình thực đề tài hồn thành luận văn Tơi xin gửi lời chân thành cám ơn tới Ban Giám đốc Học viện Khoa học Công nghệ, Ban Giám đốc Viện Di truyền Nông nghiệp, thầy, cô giáo trực tiếp giảng dạy, trang bị kiến thức bổ ích suốt thời gian học tập Tôi xin chân thành cám ơn tập thể cán Bộ môn Công nghệ Vi sinh - Viện Di truyền Nơng nghiệp nhiệt tình giúp đỡ tạo điều kiện thuận lợi cho suốt thời gian thực luận văn Tôi xin gửi lời cám ơn chân thành tới tất người thân, bạn bè người bên cạnh động viên giúp đỡ tơi q trình học tập thực luận văn Hà Nội, ngày tháng năm 2020 Học viên cao học Mai Thị Hồng Hạnh iii DANH MỤC CÁC KÝ HIỆU VÀ CHỮ VIẾT TẮT TT Chữ viết tắt Diễn giải ký hiệu, chữ viết tắt BVTV Bảo vệ thực vật Cs Cộng CFU Colony forming unit (Số đơn vị khuẩn lạc) CTAB Cetyl trimethyl ammonium bromide DNA Deoxy nucleic acid ĐBSCL Đồng sông Cửu Long IAA Indole-3-acetic acid ITS Internal transcribed spacer (Vùng liên gen) LB Luria-Bertani medium (môi trường Luria-Bertani) 10 Nts Nucleotides 11 OD Optical density (Mật độ quang) 12 PCR Polymerase chain reaction (Phản ứng chuỗi trùng hợp) 13 PGPR Plant growth-promoting rhizobacteria (Vi khuẩn vùng rễ kích thích sinh trưởng thực vật) 14 VSV Vi sinh vật iv DANH MỤC CÁC BẢNG Bảng 3.1 Kết phân lập vi sinh vật có khả tổng hợp kích thích sinh trưởng thực vật từ mẫu thu thập Bến Tre số tỉnh lân cận 31 Bảng 3.2 Đánh giá khả sinh tổng hợp chất kích thích sinh trưởng thực vật IAA vi khuẩn chịu mặn phương pháp so màu 34 Bảng 3.3 Đánh giá khả sinh tổng hợp chất kích thích sinh trưởng thực vật IAA chủng vi khuẩn chịu mặn đo mật độ quang 37 Bảng 3.4 Một số đặc điểm hình thái chủng vi khuẩn T0906 39 Bảng 3.5 Một số đặc tính sinh hóa chủng vi khuẩn T0906 41 Bảng 3.6 Kết tìm kiếm trình tự gần gũi Ngân hàng Gen 43 Bảng 3.8 Khả chịu muối NaCl chủng vi khuẩn Achromobacter sp T0906 môi trường Ashby 47 Bảng 3.9 Ảnh hưởng môi trường nuôi cấy đến chủng vi khuẩn Achromobacter sp T0906 48 Bảng 3.10 Ảnh hưởng nhiệt độ nuôi cấy đến chủng vi khuẩn Achromobacter sp T0906 môi trường Ashby 49 Bảng 3.11 Ảnh hưởng pH môi trường nuôi cấy đến chủng vi khuẩn Achromobacter sp T0906 môi trường Ashby 51 v DANH MỤC CÁC HÌNH, ĐỒ THỊ Hình 1.1 Triệu chứng (a), (b) triệu chứng bưởi Da xanh (c, d) bị ảnh hưởng nhiễm mặn tỉnh Bến Tre Hình 1.2 Triệu chứng (a), (b), triệu chứng hoa (c), sầu riêng RI6 (d) bị ảnh hưởng nhiễm mặn tỉnh Bến Tre Hình 3.1 Tỷ lệ chủng vi khuẩn có hoạt tính kích thích sinh trưởng thực vật mẫu thu thập tỉnh 32 Hình 3.2 Một số hình thái khuẩn lạc chủng vi sinh vật có khả chịu muối NaCl ≥ 1%, có hoạt tính kích thích sinh trưởng thực vật 33 Hình 3.3 Đánh giá khả sinh tổng hợp IAA chủng vi khuẩn phương pháp so màu 36 Hình 3.4 Hàm lượng IAA chủng vi khuẩn 38 Hình 3.6 Kết điện di sản phẩm PCR 43 Hình 3.7 Cây phả hệ dựa vùng 16S ribosome vi khuẩn 45 Hình 3.8 Ảnh hưởng nồng độ muối NaCl đến phát triển chủng vi khuẩn Achromobacter sp T0906 môi trường Ashby 47 Hình 3.9 Ảnh hưởng môi trường nuôi cấy đến sinh trưởng phát triển chủng vi khuẩn Achromobacter sp T0906 49 Hình 3.10 Ảnh hưởng nhiệt độ nuôi cấy đến sinh trưởng phát triển chủng vi khuẩn Achromobacter sp T0906 50 Hình 3.11 Ảnh hưởng pH ni cấy đến sinh trưởng phát triển chủng vi khuẩn Achromobacter sp T0906 51 MỤC LỤC LỜI CAM ĐOAN i LỜI CÁM ƠN ii DANH MỤC CÁC KÝ HIỆU VÀ CHỮ VIẾT TẮT iii DANH MỤC CÁC BẢNG iv DANH MỤC CÁC HÌNH, ĐỒ THỊ v MỤC LỤC MỞ ĐẦU ĐẶT VẤN ĐỀ MỤC ĐÍCH VÀ YÊU CẦU CỦA ĐỀ TÀI 2.1 Mục đích 2.2 Yêu cầu CHƯƠNG TỔNG QUAN TÀI LIỆU 1.1 CƠ SỞ KHOA HỌC CỦA BIỆN PHÁP CẢI TẠO ĐẤT NHIỄM MẶN BẰNG CHẾ PHẨM VI SINH VẬT 1.2 TÌNH HÌNH XÂM NHẬP MẶN TẠI TỈNH BẾN TRE 1.2.1 Đặc điểm đất nhiễm mặn 1.2.2 Nguyên nhân gây mặn 1.2.3 Xâm nhập mặn tỉnh Bến Tre 1.3 NGHIÊN CỨU VI SINH VẬT CHỊU MẶN, CĨ HOẠT TÍNH KÍCH THÍCH SINH TRƯỞNG THỰC VẬT 10 1.3.1 Khả tổng hợp IAA vi sinh vật 10 1.3.2 Nghiên cứu vi sinh vật có hoạt tính kích thích sinh trưởng thực vật giới 11 1.3.3 Nghiên cứu vi sinh vật có hoạt tính kích thích sinh trưởng thực vật Việt Nam 15 CHƯƠNG VẬT LIỆU VÀ PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU 19 2.1 ĐỐI TƯỢNG NGHIÊN CỨU 19 2.2 ĐỊA ĐIỂM VÀ THỜI GIAN NGHIÊN CỨU 19 2.4 NỘI DUNG NGHIÊN CỨU 22 2.5 PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU 22 2.5.1 Phương pháp phân lập, tuyển chọn vi khuẩn chịu mặn, tổng hợp kích thích sinh trưởng thực vật 22 2.5.2 Phương pháp đánh giá hoạt tính tổng hợp kích thích sinh trưởng thực vật vi khuẩn chịu mặn nồng độ muối NaCl ≥ 1% 22 2.5.3 Phương pháp định danh chủng vi khuẩn tuyển chọn 24 2.5.4 Phương pháp nghiên cứu số đặc điểm sinh học chủng vi khuẩn tuyển chọn 28 2.6 PHƯƠNG PHÁP XỬ LÝ SỐ LIỆU 30 CHƯƠNG KẾT QUẢ NGHIÊN CỨU VÀ THẢO LUẬN 31 3.1 PHÂN LẬP VI SINH VẬT CĨ HOẠT TÍNH TỔNG HỢP KÍCH THÍCH SINH TRƯỞNG THỰC VẬT 31 3.2 ĐÁNH GIÁ HOẠT TÍNH TỔNG HỢP KÍCH THÍCH SINH TRƯỞNG THỰC VẬT CỦA VI KHUẨN CHỊU MẶN ĐƯỢC NỒNG ĐỘ MUỐI NaCl ≥ 1% 34 3.3 ĐỊNH DANH CHỦNG VI KHUẨN TUYỂN CHỌN CĨ KHẢ NĂNG CHỊU MUỐI NaCl 1%, CĨ HOẠT TÍNH TỔNG HỢP KÍCH THÍCH SINH TRƯỞNG THỰC VẬT 39 3.3.1 Định danh chủng vi khuẩn tuyển chọn kỹ thuật truyền thống 39 3.3.2 Định danh chủng vi khuẩn tuyển chọn kỹ thuật sinh học phân tử42 3.4 MỘT SỐ ĐẶC ĐIỂM SINH HỌC CỦA CHỦNG VI SINH VẬT TUYỂN CHỌN 46 3.4.1 Khả chịu mặn chủng vi khuẩn T0906 46 3.4.2 Ảnh hưởng môi trường nuôi cấy 48 3.4.3 Ảnh hưởng nhiệt độ nuôi cấy 49 3.4.4 Ảnh hưởng pH môi trường 50 CHƯƠNG KẾT LUẬN VÀ KIẾN NGHỊ 52 4.1 KẾT LUẬN 52 4.2 KIẾN NGHỊ 52 TÀI LIỆU THAM KHẢO 53 PHỤ LỤC 61 MỞ ĐẦU ĐẶT VẤN ĐỀ Từ cuối năm 2014, ảnh hưởng biến đổi khí hậu làm cho nhiệt độ tăng cao, thiếu hụt lượng mưa, nguyên nhân gây tình trạng hạn hán, xâm nhập mặn, gây thiệt hại nặng nề đe dọa nghiêm trọng đến sản xuất nông nghiệp, sinh hoạt người dân Các khu vực bị ảnh hưởng nặng Nam Trung Bộ, Tây Nguyên, Đông Nam Bộ Đồng sông Cửu Long Do ảnh hưởng xâm nhập mặn, nhiều diện tích trồng bị ảnh hưởng Ở vụ Mùa Thu Đơng năm 2015, có khoảng 90.000 lúa bị ảnh hưởng đến suất, thiệt hại nặng khoảng 50.000 (Kiên Giang 34.000 ha, Sóc Trăng 6.300 ha, Bạc Liêu 5.800 ha, ) Vụ Đông Xuân 2015-2016, có 104.000 lúa bị ảnh hưởng nặng đến suất (chiếm 11% diện tích gieo trồng tỉnh ven biển - bị ảnh hưởng nặng xâm nhập mặn) Dự kiến, thời gian tới, diện tích bị ảnh hưởng khoảng 340.000 (chiếm 35,5% diện tích tỉnh ven biển) Đến đầu năm 2020, mức ảnh hưởng xâm nhập mặn đánh giá diễn gay gắt so với năm 2015 - 2016 Tính đến ngày tháng năm 2020, có tỉnh Kiên Giang, Bến Tre, Tiền Giang, Cà Mau Long An cơng bố tình khẩn cấp hạn, mặn Dù địa phương rút kinh nghiệm từ đợt hạn, mặn trước không tránh thiệt hại Ở hạ nguồn nhánh sông Mekong gồm sông Tiền, sông Hàm Luông sông Cổ Chiên, tỉnh Bến Tre địa phương chịu ảnh hưởng sớm tình nước mặn xâm nhập Đợt xâm nhập mặn năm 2016 xem đợt mặn kỷ lục, 100 năm lặp lại mùa khô năm 2020 phá vỡ kỷ lục xác lập trước Nếu năm 2016, nước mặn “âm thầm” xâm nhập vào ngày người dân đón Tết Ngun đán năm 2020 nước mặn xâm nhập sớm năm 2016 khoảng tháng Bến Tre địa phương chịu ảnh hưởng nặng nề biến đổi khí hậu Đặc biệt, năm 2010, hạn mặn làm thiệt hại giảm suất 1.575 lúa, bỏ hoang không sản xuất 4.500 ha, thiệt hại giảm 50 Trên môi trường Ashby, chủng vi khuẩn Achromobacter sp T0906 phát triển tốt điều kiện nhiệt độ từ 25oC đến 40oC, sau ngày nuôi cấy, mật độ vi sinh vật đạt ≥ 109 CFU/ml, cao ngưỡng nhiệt độ nuôi cấy 35oC, (9,4 ± 0,58) x 109 CFU/ml So sánh với kết Bramhachari et al (2016), chủng vi khuẩn A xylosoxidans 15DKVB phát triển tối ưu điều kiện nhiệt độ 35 - 37oC, nghiên cứu chủng vi khuẩn Achromobacter sp T0906 cịn phát triển tốt ngưỡng 25 - 40oC Hình 3.10 Ảnh hưởng nhiệt độ nuôi cấy đến sinh trưởng phát triển chủng vi khuẩn Achromobacter sp T0906 A) 25oC; B) 30oC; C) 35oC; S) 40oC 3.4.4 Ảnh hưởng pH mơi trường Độ pH có ý nghĩa định sinh trưởng nhiều loài vi sinh vật Các ion H+ OH- hai ion hoạt động lớn tất ion, biến đổi dù nhỏ nồng độ chúng có ảnh hưởng mạnh mẽ Kết đánh giá ảnh hưởng pH môi trường nuôi cấy đến sinh trưởng chủng vi sinh vật chịu mặn, có hoạt tính tổng hợp kích thích sinh trưởng thực vật trình bày bảng 3.11 51 Bảng 3.11 Ảnh hưởng pH môi trường nuôi cấy đến chủng vi khuẩn Achromobacter sp T0906 môi trường Ashby TT Cơng thức thí nghiệm Mật độ vi sinh vật (cfu/ml) CT1: pH (6,2 ± 0,37) x 109 CT2: pH (11,7 ± 0,82) x 109 CT3: pH (5,1 ± 0,26) x 107 CT4: pH (3,2 ± 0,14) x 107 Trên môi trường Ashby, chủng vi khuẩn Achromobacter sp T0906 sinh trưởng phát triển ngưỡng pH từ đến Ở ngưỡng pH pH 7, khuẩn lạc vi khuẩn phát triển Tuy nhiên, chủng vi khuẩn Achromobacter sp T0906 phát triển tốt điều kiện pH 5, sau ngày nuôi cấy, mật độ vi sinh vật đạt cao (11,7 ± 0,82) x 10 CFU/ml So sánh với kết Bramhachari et al (2016), chủng vi khuẩn A xylosoxidans 15DKVB phát triển ngưỡng pH môi trường từ 6,5 - 9,0, tức ngưỡng pH cao so với chủng vi khuẩn Achromobacter sp T0906 nghiên cứu Hình 3.11 Ảnh hưởng pH nuôi cấy đến sinh trưởng phát triển chủng vi khuẩn Achromobacter sp T0906 A) pH 4; B) pH 5; C) pH 6; D) pH 52 CHƯƠNG KẾT LUẬN VÀ KIẾN NGHỊ 4.1 KẾT LUẬN Từ 34 mẫu đất thu thập có 13 chủng vi sinh vật có hoạt tính tổng hợp kích thích sinh trưởng thực vật phân lập mơi trường Ashby có bổ sung thêm muối NaCl 1% Trong có chủng vi sinh vật phân lập mẫu thu thập tỉnh Bến Tre (chiếm tỷ lệ 53,9%) Và tuyển chọn chủng vi khuẩn T0906 có khả chịu mặn có hàm lượng IAA thô dịch nuôi cấy đạt cao (38,71 mg IAA/ml) Đặc điểm hình thái chủng T00906 có khuẩn lạc màu trắng đục, dạng hình trịn, lồi, bề mặt bóng, mịn; tế bào hình que ngắn, bên khơng chứa nhân, phản ứng âm tính (-) với urê, có khả sử dụng nguồn cacbon glucose, sử dụng nguồn ni tơ gồm (NH4)SO4 Mẫu phân lập chủng T0906 có phần trăm đoạn so sánh 100% có mức đồng trình tự 98,04% gần gũi với loài vi khuẩn Achromobacter xylosoxidans 15DKVB Đánh giá số đặc điểm sinh học chủng vi khuẩn Achromobacter sp T0906 cho thấy: Chủng vi khuẩn Achromobacter sp T0906 sinh trưởng phát triển thích hợp nồng độ muối NaCl 1% môi trường Ashby với điều kiện nhiệt độ 35oC ngưỡng pH thích hợp pH 4.2 KIẾN NGHỊ Nghiên cứu thử nghiệm chủng vi khuẩn Achromobacter sp T0906 lên thí nghiệm điều kiện đất trồng/giá thể trồng có bổ sung NaCl, để ứng dụng đất trồng bị nhiễm mặn 53 TÀI LIỆU THAM KHẢO Ủy ban Nhân dân tỉnh Bến Tre, 2016, Báo cáo công tác phòng chống hạn hán, xâm nhập mặn địa bàn tỉnh Bến Tre đến ngày 03 tháng năm 2016, số 13/BC-PCTT ngày 03 tháng năm 2016 Selvaraj T., & Chellappan P., 2006, Arbuscular mycorrhizae: a diverse personality, Journal of Central European Agriculture, 7(2): pp 349-358 Wu Q.S., & Zou Y.N., 2009, Arbuscular mycorrhizal symbiosis improves growth & root nutrient status of citrus subjected to salt stress, ScienceAsia, 35(4), pp 388-391 Evelin H., Kapoor R., & Giri B 2009, Arbuscular mycorrhizal fungi in alleviation of salt stress: a review, Annals of Botany, 104(7), pp 12631280 Porcel R., Aroca R & Ruiz-Lozano J.M., 2012, Salinity stress alleviation using arbuscular mycorrhizal fungi: a review, Agronomy for Sustainable Development, 32(1), pp 181-200 Khan M S., Zaidi A., & Wani P.A., 2007, Role of phosphatesolubilizing microorganisms in sustainable agriculture: a review Agronomy for Sustainable development, 27(1), pp 29-43 Maheshwari D.K., 2013, Bacteria in agrobiology: disease management, Springer Science & Business Media Hayat R., Ali, S., Amara U., Khalid R & Ahmed, I., 2010, Soil beneficial bacteria & their role in plant growth promotion: a review, Annals of Microbiology, 60(4), pp 579-598 Hayman, D.S., 1975, Phosphorus cycling by soil microorganisms & plant roots, Soil Microbiology N Walker, ed 10 Mayak S., Tirosh T & Glick B.R., 1999, Effect of wild-type & mutant plant growth-promoting rhizobacteria on the rooting of mung bean cuttings, Journal of Plant Growth Regulation, 18(2), pp 49-53 54 11 Glickmann E & Dessaux Y., 1995, A critical examination of the specificity of the salkowski reagent for indolic compounds produced by phytopathogenic bacteria, Appl Environ Microbiol., 61(2), pp 793-796 12 Ryu C.M., Farag M.A., Paré P.W & Kloepper J W., 2005, Invisible signals from the underground: bacterial volatiles elicit plant growth promotion & induce systemic resistance, The Plant Pathology Journal, 21(1), pp 7-12 13 Sadeghi A., Karimi E., Dahaji P.A., Javid M.G., Dalv& Y & Askari H., 2012, Plant growth promoting activity of an auxin & siderophore producing isolate of Streptomyces under saline soil conditions, World Journal of Microbiology & Biotechnology, 28(4), pp 1503-1509 14 Hồ Quang Đức, Nguyễn Văn Đạo, Trương Xuân Cường Lê Thị Mỹ Hảo, 2010, Nghiên cứu thực trạng đất phèn đất mặn vùng đồng sông Cửu Long đồng sông Hồng sau 30 năm khai thác sử dụng, Báo cáo khoa học, Viện Thổ nhưỡng Nơng hóa 15 Setter T.L., Waters I., Sharma S.K., Singh K.N., Kulshreshtha N., Yaduvanshi N.P.S & Khabaz-Saberi H., 2009, Review of wheat improvement for waterlogging tolerance in Australia & India: the importance of anaerobiosis & element toxicities associated with different soils, Annals of Botany, 103(2), pp 221-235 16 Jinichiro K., Takashi A., Hidemasa H., 1991, Molecular cloning of the gene for indolepyruvate decarboxylase from Enterobacter cloacae, Molecular and General Genetics, 226, pp 10-16 17 Carreno-Lopez R., Campos-Reales N., Elmerich C & Baca B.E., 2000, Physiological evidence for differently regulated tryptophan-dependent pathways for indole-3-acetic acid synthesis in Azospirillum brasilense, Molecular & General Genetics, 264(4), pp 521-530 18 Sergeeva E., Liaimer A., & Bergman B., 2002, Evidence for production of the phytohormone indole-3-acetic acid by cyanobacteria, Planta, 215(2), pp 229-238 55 19 Etesami H., & Beattie G.A., 2017, Plant-microbe interactions in adaptation of agricultural crops to abiotic stress conditions, In: Probiotics & Plant Health (pp 163-200), Springer, Singapore 20 Etesami H., & Maheshwari D.K., 2018, Use of plant growth promoting rhizobacteria (PGPRs) with multiple plant growth promoting traits in stress agriculture: action mechanisms & future prospects Ecotoxicology and Environmental safety, 156, pp 225-246 21 Yoon S J., Choi Y.J., Min H.K., Cho K.K., Kim J.W., Lee S.C & Jung Y.H., 1996, Isolation & identification of phytase-producing bacterium, Enterobacter sp 4, & enzymatic properties of phytase enzym, Enzym and Microbial Technology, 18(6), pp 449-454 22 Sánchez-Porro C., Amoozegar M.A., Rohban R., Hajighasemi M & Ventosa A., 2009, Thalassobacillus cyri sp nov., a moderately halophilic gram-positive bacterium from a hypersaline lake, International Journal of Systematic & Evolutionary microbiology, 59(10), pp 2565-2570 23 Walpola B.C & Yoon M.H., 2012, Prospectus of phosphate solubilizing microorganisms & phosphorus availability in agricultural soils: a review, African Journal of Microbiology Research, 6(37), pp 66006605 24 Upadhyay S.K., Singh J.S., Saxena A.K & Singh D.P., 2012, Impact of PGPR inoculation on growth & antioxidant status of wheat under saline conditions, Plant Biology, 14(4), pp 605-611 25 Zhu F., Qu L., Hong X & Sun X., 2011, Isolation & characterization of a phosphate-solubilizing halophilic bacterium kushneria sp YCWA18 from Daqiao Saltern on the coast of Yellow Sea of China, EvidenceBased Complementary & Alternative Medicine, 2011 26 Alexander A., Mishra A & Jha B., 2019, Halotolerant rhizobacteria: A promising probiotic for saline soil-based agriculture, In: Saline Soilbased Agriculture by Halotolerant Microorganisms (pp 53-73), Springer, Singapore 56 27 Nautiyal C.S., 1999, An efficient microbiological growth medium for screening phosphate solubilizing microorganisms, FEMS Microbiology Letters, 170(1), pp 265-270 28 Mayak S., Tirosh T & Glick B.R., 2004, Plant growth-promoting bacteria confer resistance in tomato plants to salt stress, Plant Physiology & Biochemistry, 42(6), pp 565-572 29 Bano A & Fatima M., 2009, Salt tolerance in Zea mays (L), following inoculation with Rhizobium & Pseudomonas, Biology & Fertility of Soils, 45(4), pp 405-413 30 Gamalero E., Berta G & Glick B.R., 2009, The use of microorganisms to facilitate the growth of plants in saline soils, In: Microbial strategies for crop improvement (pp 1-22), Springer Berlin Heidelberg 31 Vivekanandan M., Karthik R & Leela A., 2015, Improvement of crop productivity in saline soils through application of saline-tolerant rhizosphere bacteria - current perspective, International Journal, 3(7), pp 1273-1283 32 Bertrand H.C., Plassard X., Pinochet B., Toraine P., Norm& T & Cleyet-Marel J.C., 2000, Stimulation of the ionic transport system in Brassica napus by a plant growth-promoting rhizobacterium (Achromobacter sp.), Can J., Microbiol, 46, pp 229 - 236 33 Gaur A.C., 1990 Phosphate solubilizing micro-organisms as biofertilizer, Omega scientific publishers 34 Ponmurugan P., & Gopi C., 2006, Distribution pattern & screening of phosphate solubilizing bacteria isolated from different food & forage crops, Journal of Agronomy, 5(4), pp 600-604 35 Mohammadi K., 2012, Phosphorus solubilizing bacteria: occurrence, mechanisms & their role in crop production, Resour Environ, 2(1), pp 80-85 36 Son B.K., Kozaki K., Iijima K., Eto M., Nakano T., Akishita M & Ouchi Y., 2007, Gas6/Axl-PI3K/Akt pathway plays a central role in the effect of statins on inorganic phosphate-induced calcification of vascular smooth muscle cells, European Journal of Pharmacology, 556(1-3), pp 1-8 57 37 Kumar S & Nussinov R., 1999, Salt bridge stability in monomeric proteins, Journal of Molecular Biology, 293(5), pp 1241-1255 38 Sharma S.B., Sayyed R.Z., Trivedi M.H & Gobi T.A., 2013, Phosphate solubilizing microbes: sustainable approach for managing phosphorus deficiency in agricultural soils, SpringerPlus, 2(1), pp 587 39 Akbari G.A., Arab S.M., Alikhani H.A., Allakdadi I & Arzanesh M.H., 2007, Isolation & selection of indigenous Azospirillum spp & the IAA of superior strains effects on wheat roots, World Journal of Agricultural Sciences, 3(4), pp 523-529 40 Naiman A.D., Latrónico A., & de Salamone, I.E.G., 2009), Inoculation of wheat with Azospirillum brasilense and Pseudomonas fluorescens: impact on the production and culturable rhizosphere microflora, European Journal of Soil Biology, 45(1), pp 44-51 41 Cassán F & Diaz-Zorita M., 2016, Azospirillum sp in current agriculture: From the laboratory to the field, Soil Biology & Biochemistry, 103, pp 117-130 42 Datta Swapan K., Karabi D & Pramanik T., 1982, In vitro clonal multiplication of mature trees of Dalbergia sissoo Roxb, Plant Cell, Tissue & Organ Culture, 2(1), pp 15-20 43 Sandhya V.S., Ali S.Z., Grover M., Reddy G & Venkateswarlu B., 2010, Effect of plant growth promoting Pseudomonas spp on compatible solutes, antioxidant status & plant growth of maize under drought stress, Plant Growth Regulation, 62(1), pp 21-30 44 Ladha J.K & Reddy P.M., 2000, The quest for nitrogen fixation in rice, Int Rice Res Inst 45 Phạm Thanh Hà Nguyễn Thị Phương Chi, 1999, Ảnh hưởng nguồn nitơ lên khả phân giải phosphore khó tan hai chủng nấm sợi MN1 ĐT, Hội nghị Cơng nghệ Sinh học tồn quốc, Hà Nội, NXB Khoa học Kỹ thuật, tr 434-437 46 Cao Ngọc Điệp Nguyễn Thị Mộng Huyền, 2015, Phân lập xác định đặc tính vi khuẩn nội sinh rễ khoai lang (Ipomoea batatas) 58 trồng đất phèn huyện Hòn Đất, tỉnh Kiên Giang, Tạp chí Khoa học, trường Đại học Cần Thơ, số 36, tr 6-13 47 Phạm Thị Ngọc Lan Nguyễn Thị Việt, 2015, Tối ưu hóa điều kiện ni cấy chủng vi khuẩn cố định nitrogen thử nghiệm bổ sung sinh khối vào đất trồng ngập mặn, Hội nghị khoa học toàn quốc lần thứ 6, ngày 21/10/2015, Viện Sinh thái Tài nguyên Sinh vật, Viện Hàn lâm Khoa học Công nghệ Việt Nam, Nxb Khoa học Tự nhiên Công nghệ, Hà Nội, tr 1468 - 1474 48 Lăng Ngọc Dậu, Nguyễn Thị Xuân Mỵ Cao Ngọc Điệp, 2007, Cố định đạm, hòa tan lân, tổng hợp IAA vi khuẩn nội sinh Azospirillum lipoferum, Tuyển tập Hội nghị khoa học toàn quốc: Những vấn đề nghiên cứu khoa học sống, tr 445-448 49 Ermakova I.T., Shushkova T.V., Sviridov A.V., Zelenkova N.F., Vinokurova N.G., Baskunov B.P & Leontievsky A.A., 2017, Organophosphonates utilization by soil strains of Ochrobactrum anthropi & Achromobacter sp., Archives of microbiology, 199(5), pp 665-675 50 Tiwari J.N., Reddy M.M.K., Patel D.K., Jain S.K., Murthy R.C & Manickam N., 2010, Isolation of pyrene degrading Achromobacter xylooxidans & characterization of metabolic product, World Journal of Microbiology & Biotechnology, 26(10), pp 1727-1733 51 Trần Thị Giang, Nguyễn Thị Quyên Cao Ngọc Điệp, 2014, Phân lập nhận diện vi khuẩn vùng rễ kích thích sinh trưởng (PGPR) từ số loại rau ăn trồng thành phố Cần Thơ, Tạp chí Khoa học Trường Đại học Cần Thơ, số 35, tr 65-73 52 Dương Đức Hoàng Sinh, Trần Vũ Ngọc Thi, Lê Thị Hà Thanh, Phạm Thị Ngọc Lan, Nguyễn Hoàng Lộc, Nguyễn Đức Huy, 2018, Nghiên cứu phân lập số chủng vi khuẩn từ đất nhiễm dioxin A Lưới, Thừa Thiên Huế, Tạp chí Khoa học Đại học Huế, tập 127, số 1C, tr 141 - 148 53 Bộ Khoa học Công nghệ, 2015, Tiêu chuẩn Quốc gia TCVN 10784 : 59 2015: Vi sinh vật-Khả sinh tổng hợp axit 3-indol- axetic (IAA) 54 Gordon S.A & Weber R P., 1951, Colorimetric Estimation of Indoleacetic Acid, Plant Physiol, 26(1): 192-5 55 Niall A.L., & Paul D.V., 2009, Genus Bacillus, In: Bergey’s Manual of Systematic Bacteriology, 3, pp 21-128 56 Nguyễn Thành Đạt, 2007, Cơ sở sinh học vi sinh vật, Tập 1, NXB Đại học Sư phạm, tr.102-106 57 Doyle J.J & Doyle J L., 1987, A rapid DNA isolation procedure for small quantities of fresh leaf tissue, Phytochemical bulletin, Vol.19(1), pp 11-15 58 Weisburg W.G., Barns S.M., Pelletier D.A and Lane D.J., 1991, 16S 59 60 61 62 63 64 ribosomal DNA amplification for phylogenetic study, Journal of Bacteriology, 173(2), pp 697-703 Hall T.A., 1999, BioEdit: a user-friendly biological sequence alignment editor & analysis program for Windows 95/98/NT, Nucleic Acids Symposium, 7, pp 95-98 McWilliam H., Li W., Uludag M., Squizzato S., Park Y.M., Buso N., Cowley A.P & Lopez R., 2013, Analysis tool web services from the EMBL-EBI, Nucleic Acids Research, 41, pp 597-600 Tamura K., Peterson D., Peterson N., Stecher G., Nei M & Kumar S., 2011, MEGA5: molecular evolutionary genetics analysis using maximum likelihood, evolutionary distance, & maximum parsimony methods, Molecular Biology & Evolution, 28, pp 2731-2739 Glick B.R., 1995, The enhancement of plant growth by free-living bacteria, Canadian Journal of Microbiology, 41(2), pp 109-117 Nguyễn Thị Thu Hằng Nguyễn Thị Thủy, 2015, Tuyển chọn vi khuẩn Azotobacter có khả cố định nito sinh tổng hợp IAA, Tạp chí Khoa học Cơng nghệ Lâm nghiệp, tr 3-9 Trần Văn Chiêu Nguyễn Hữu Bằng, 2010, Ảnh hưởng Indole Acid (IAA) vi khuẩn Azospirillum tổng hợp lên sư phát triển rễ 60 lúa trồng điều kiện nhà lưới, Tạp chí Khoa học Trường Đại học Cần Thơ, vol 15 65 Abdel-Rahman H.M., Salem A.A., Moustafa M M & El-Garhy H.A., 2017, A novice Achromobacter sp EMCC1936 strain acts as a plantgrowth-promoting agent, Acta physiologiae plantarum, 39(2), pp 61-68 66 Ghevariya C.M., Bhatt J.K & Dave B.P., 2011, Enhanced chrysene degradation by halotolerant Achromobacter xylosoxidans using response surface methodology, Bioresource technology, 102(20), pp 9668 - 9674 67 Sultana S., Paul S.C., Parveen S., Alam S., Rahman N., Jannat B & Karim M.M., 2020, Isolation & identification of salt-tolerant plantgrowth-promoting rhizobacteria & their application for rice cultivation under salt stress, Canadian Journal of Microbiology, 66(2), pp 144-160 68 Bramhachari P.V., Rama S.D., Reddy D., Kotresha D., 2016, Biodegradation of catechol by free & immobilized cells of Achromobacter xylosoxidans strain 15DKVB isolated from paper & pulp industrial effluents, Biocatalysis & Agricultural Biotechnology, 7, pp 36-44 61 PHỤ LỤC Bảng Các loài vi khuẩn Achromobacter spp dùng phân tích phả hệ vùng gen 16S RNA ribosome Mã truy cập Ngân hàng Gen Nguồn mẫu phân lập Quốc gia Achromobacter spanius strain LMG 5911 LMG 5911 16S ribosomal RNA, partial sequence NR_025686 Không rõ Bỉ Achromobacter spanius partial A14 16S rRNA gene, strain A14 LT547808 Rễ ngô Peru Achromobacter spanius partial MT3 16S rRNA gene, strain MT3 FM162561 Bùn lắng Đức Achromobacter insolitus strain LMG 6003 LMG 6003 16S ribosomal RNA, partial sequence NR_025685 Không rõ Bỉ Achromobacter sp YAZ59 YAZ59 gene for 16S rRNA, partial sequence LC529440 Đất Nhật Bản Achromobacter sp IG7_M7 IG7_M7 gene for 16S rRNA, partial sequence LC516068 Đất Indonesia Achromobacter agilis strain LMG 3411 LMG 3411 16S ribosomal RNA, partial sequence NR_1520 13 Không rõ Bỉ Achromobacter pestifer strain LMG 3431 LMG 3431 16S ribosomal RNA, partial sequence NR_152016 Khơng rõ Bỉ Tên lồi Mẫu phân lập 62 NR_044925 Không rõ Bỉ Achromobacter xylosoxidans SL06500 strain SL06500 16S ribosomal RNA gene,partial sequence EU006066 Không rõ Trung Quốc Achromobacter sp clone JXSH-29 JXSH-29 16S ribosomal RNA gene, partial sequence JX535211 Không rõ Trung Quốc Alcaligenes denitrificans 16S DSM 30026 rRNA gene Y14907 Không rõ Đức Achromobacter denitrificans strain BMB-N6 16S ribosomal RNA gene,partial sequence BMB-N6 FJ224081 Không rõ Trung Quốc Achromobacter aegrifaciens partial 16S rRNA gene LMG 26852 HF586507 Không rõ Bỉ Achromobacter insolitus partial CCM7182T 16S rRNA gene FM999733 Không rõ Bỉ Achromobacter faecalis 16S ribosomal RNA M22508 Không rõ - Achromobacter strain Hugh ribosomal sequence xylosoxidans Hugh 2838 2838 16S RNA,partial 63 Danh sách mẫu thu thập dùng nghiên cứu TT Mã mẫu T0818 Địa điểm thu thập xã Tân Thạch, huyện Châu Đất trồng bưởi bị Thành, tỉnh Bến Tre T0707 T0910 T0817 T2603 T3402 T3406 T3407 T1003 T0808 T0810 T0906 T0905 bị xâm nhập mặn xã Nhơn Thạnh, TP Bến Tre, tỉnh Đất trồng bưởi bị Bến Tre 13 bị xâm nhập mặn xã Hòa Ngĩa, huyện Chợ Lách, Đất trồng sầu riêng tỉnh Bến Tre 12 bị xâm nhập mặn xã Phú Phụng, huyện Chợ Lách, Đất trồng sầu riêng tỉnh Bến Tre 11 bị xâm nhập mặn xã Phú Phụng, huyện Chợ Lách, Đất trồng sầu riêng tỉnh Bến Tre 10 bị xâm nhập mặn xã Long Thới, huyện Chợ Lách, Đất trồng sầu riêng tỉnh Bến Tre bị xâm nhập mặn xã Long Thới, huyện Chợ Lách, Đất trồng sầu riêng tỉnh Bến Tre bị xâm nhập mặn xã Long Thới, huyện Chợ Lách, Đất trồng sầu riêng tỉnh Bến Tre bị xâm nhập mặn xã Tân Thiềng, huyện Chợ Lách, Đất trồng sầu riêng tỉnh Bến Tre bị xâm nhập mặn xã Tân Thiềng, huyện Chợ Lách, Đất trồng sầu riêng tỉnh Bến Tre xâm nhập mặn xã Tân Thiềng, huyện Chợ Lách, Đất trồng sầu riêng tỉnh Bến Tre xâm nhập mặn xã Tân Thạch, huyện Châu Đất trồng bưởi bị Thành, tỉnh Bến Tre Loại hình xâm nhập mặn xã Nhơn Thạnh, TP Bến Tre, tỉnh Đất trồng bưởi bị Bến Tre xâm nhập mặn 64 Mẫu đất thu thập lưu trữ phịng thí nghiệm ... SINH TRƯỞNG THỰC VẬT TRÊN ĐẤT TRỒNG CÂY BƯỞI DA XANH VÀ CÂY SẦU RIÊNG TẠI TỈNH BẾN TRE Chuyên ngành: Sinh học thực nghiệm Mã số: 42 01 14 LUẬN VĂN THẠC SĨ: SINH HỌC THỰC NGHIỆM NGƯỜI HƯỚNG DẪN... + Định danh vi sinh vật kỹ thuật truyền thống + Định danh vi sinh vật kỹ thuật sinh học phân tử - Xác định số đặc điểm sinh học chủng vi khuẩn chịu mặn NaCl ≥ 1%, tổng hợp kích thích sinh trưởng... tài: ? ?Nghiên cứu vi sinh vật chịu mặn, tổng hợp kích thích sinh trưởng thực vật đất trồng bưởi Da xanh sầu riêng tỉnh Bến Tre? ?? MỤC ĐÍCH VÀ YÊU CẦU CỦA ĐỀ TÀI 2.1 Mục đích Phân lập, định danh tên