1. Trang chủ
  2. » Luận Văn - Báo Cáo

Báo cáo đề tài nghiên cứu khao học sinh viên: Khảo sát đa dạng di truyền và xác lập chỉ thị phân tử cho việc nhận dạng một số dòng Bơ (persea americana miller) đã qua sơ bộ tuyển chọn tại

27 134 0

Đang tải... (xem toàn văn)

Tài liệu hạn chế xem trước, để xem đầy đủ mời bạn chọn Tải xuống

THÔNG TIN TÀI LIỆU

Thông tin cơ bản

Định dạng
Số trang 27
Dung lượng 4,42 MB

Nội dung

Báo cáo đề tài nghiên cứu khao học sinh viên: Khảo sát đa dạng di truyền và xác lập chỉ thị phân tử cho việc nhận dạng một số dòng Bơ (Persea americana miller) đã qua sơ bộ tuyển chọn tại Lâm Đồng được nghiên cứu nhằm bổ sung cho cơ sở dữ liệu nhận dạng dòng đối với cây trưởng thành cũng như ngay từ giai đoạn vườn ươm; tạo cơ sở cho chiến lược chọn tạo và phát triển giống.

Trang 1

TRƯỜNG Đ I H C ĐÀ L TẠ Ọ Ạ

KHOA SINH H C 

Trang 2

Giáo viên h ướ ng d n:  ẫ LÊ NG C TRI U Ọ Ệ

Sinh viên th c hi n:  ự ệ NGUY N HOÀNG PHONG Ễ  (CSK 38)

NGUY N THANH TI N (CSK 38) Ễ Ề MAI TI N Đ T (CSK 39) Ế Ạ

Trang 3

 B  là m t lo i cây ăn qu  có giá tr  kinh t  cao, có ti m năng phát triên    ơ ộ ạ ả ị ế ề ở Lâm Đ ng ồ  Đã có nhi u ch ng gi ng b  đ ề ủ ố ơ ượ c tr ng n i đây nh ng c   ồ ơ ư ơ

s  d  li u cho vi c nh n d ng, ch n t o và công nh n gi ng còn ch a  ở ữ ệ ệ ậ ạ ọ ạ ậ ố ư hoàn thi n, ệ  c n ph i đ ầ ả ượ c nghiên c u ứ  thêm. Tr ướ c m t c n tri n khai  ặ ầ ể ghi nh n đ c đi m s  b  v  hình thái qu  và năng su t c a các dòng b   ậ ặ ể ơ ộ ề ả ấ ủ ơ đang đ ượ c phát tri n; đánh giá đa d ng di truy n t p đoàn này và xác l p  ể ạ ề ậ ậ

ch  th  phân t  cho vi c nh n d ng các dòng b  ti m năng  ỉ ị ử ệ ậ ạ ơ ề nh m: ằ

­ B  sung  cho c  s  d  li u nh n d ng dòng đ i v i cây tr ổ ơ ở ữ ệ ậ ạ ố ớ ưở ng thành  cũng nh  ngay t  giai đo n v ư ừ ạ ườ ươ n  m.

­ T o c  s  cho chi n l ạ ơ ở ế ượ c ch n t o và phát tri n gi ng ọ ạ ể ố

Đó là lý do đ  tài này đ ề ượ c đăng ký và tri n khai  th c hi n ự ệ .

Trang 4

V t li u: ậ ệ

Qua kh o sát ban đ u, có nhi u dòng/gi ng b  nh p n i và đ ả ầ ề ố ơ ậ ộ ượ c ch n t o trong  ọ ạ

n ướ c đ ượ c canh tác t i Lâm Đ ng. Tuy v y có 11 dòng b  đ ạ ồ ậ ơ ượ c ch n t o trong  ọ ạ

n ướ c đang đ ượ c phát tri n. Đây là đ i t ể ố ượ ng nghiên c u chính c a đ  tài ứ ủ ề  

Trong đó, 06 dòng c n đ ầ ượ c  xác l p ch  th  phân t ậ ỉ ị ử, g m: ồ

04 05

H i tri u 1ả ề

H i Tri u 2ả ề

34 36

H i tri u 1ả ề

H i Tri u 2ả ề

34 36

34 lai HO TO BM00 BM02

Trang 5

N i dung,  ộ ph ươ ng pháp và k t qu  nghiên  ế ả

+  Đ c  đi m  qu :  màu  s c,  đ   dày  v ,  ch t  lặ ể ả ắ ộ ỏ ấ ượng  th t  qu ,  kích ị ả

thước h t, tr ng lạ ọ ượng và hình d ng chung c a qu ạ ủ ả

+ Đ c đi m năng su tặ ể ấ

thông qua các phi u h i.ế ỏ

Trang 8

DÒNG B  34Ơ

Đ a ch  thu m u: khu 4 – Phị ỉ ẫ ường B’Lao – B o L c.ả ộ

Năng su t: kho ng 300kg/cây/năm ấ ả

Chín v  da màu xanh thuôn dài, c m vàng, h t bé ( có trái không h t ) ỏ ơ ạ ạ Chi u dài qu  t  25 cm đ n 35 cm ề ả ừ ế

Kh i l ố ượ ng qu  t  300g đ n 800g ả ừ ế

Trang 9

DÒNG B  34 LAI Ơ

Đ a ch  thu m u: ị ỉ ẫ Trang tr i gi ng b  H i Tri u – Đambri –ạ ố ơ ả ề  

B o L cả ộ

Năng su t: kho ng ấ ả 250kg/cây/năm

Khi chín v  qu  có màu xanh, qu  ỏ ả ả h i trònơ

H t trung bình, không dính vạ ỏ

Trang 16

N i dung 2: Tách chi t, ki m tra n ng đ  và ch t lộ ế ể ồ ộ ấ ượng  DNA

DNA t  m u lá đ ừ ẫ ượ c  tách chi t theo quy trình CTAB I có c i ti n ế ả ế  (b  sung SDS  ổ 10% vào đ m chi t) ệ ế

DNA  sau tách chi t  ế đ ượ c ki m tra n ng đ  và ch t l ể ồ ộ ấ ượ ng b ng ph ằ ươ ng  pháp ki m tra m t đ  quang    ể ậ ộ ở các b ướ c sóng 260nm và 280nm

Trang 17

N i dung  3: Làm n y sinh đ c  ả ặ tr ng  ư nh n d ng DNA  ậ ạ d a trên 

PCR

Ph ươ ng pháp:

S  d ng k  thu t ISSR (Khu ch đ i đo n gi a các trình t  l p đ n gi n) đ  l ử ụ ỹ ậ ế ạ ạ ữ ự ặ ơ ả ể àm 

n y sinh đ c  ả ặ tr ng  ư nh n d ng DNA ậ ạ  v i 10 m i đ ớ ồ ượ ử ụ c s  d ng sau:

STT Tên m i ồ Trình t   ự Ta

( 0 C)

S  band ghi nh n  ố ậ cho đánh giá đa 

d ng di truy n11  ạ ề dòng bơ

S  band ghi nh n  ố ậ cho vi c xác l p ch   ệ ậ ỉ

7 UBC 856C 5'­(AC)8 CA­3' 52 9 14

8 UBC 856T 5'­(AC)8 TA­3' 52 11 13

9 UBC 873 5'­(GACA)4 ­3' 52 15 14

10 UBC 859G 5' –(TG)8 GC­3' 51,5 2 02

Trang 18

Khu ch  đ i  DNA:  ế ạ Ph n  ng  PCR  đ ả ứ ượ c  th c  hi n  v i  dung  tích  20  µl  ự ệ ớ

ch a  2  mM  MgCl ứ 2,  0.25  mM  m i  lo i  dNTP,  1U  Taq  DNA  polymerase  ỗ ạ (ThermoScientific),  0.2  µM  m i  và  kho ng  30  ng  khuôn  m u  DNA,  BSA  ồ ả ẫ 0.5%. 

Ch ươ ng trình nhi t sau:  ệ

94  0 C trong 5 phút; 

10 chu k , m i chu k  có ti n trình nhi t  ỳ ỗ ỳ ế ệ

94  0 C trong 45 giây Nhi t đ  b t m i thích h p +5 (T ệ ộ ắ ồ ợ a +5)  0 C (Ta trong b ng trên ả ) trong 

45 giâygi m d n 0,5  ả ầ 0 C/chu kỳ

Kéo dài m ch   72 ạ ở 0 C trong 1 phút 30 giây; 

36 chu k , m i chu k  có ti n trình nhi t  ỳ ỗ ỳ ế ệ

94  0 C trong 45 giây Nhi t đ  b t m i thích h p (T ệ ộ ắ ồ ợ a) trong 45 giây Kéo dài m ch   72 ạ ở 0 C trong 1 phút 30 giây

B ướ c kéo dài m ch cu i cùng   72 ạ ố ở 0 C trong 15 phút.

(Touchdown PCR)

Đi n di, ch p  nh gel:ệ ụ ả  S n ph m khu ch đ i đ ả ẩ ế ạ ượ c phân tách trên gel agarose  2%, s  d ng đ m TBE v i đi n th  60 Volt, gel sau đi n di đ ử ụ ệ ớ ệ ế ệ ượ c nhu m v i  ộ ớ ethidium bromide (0.5 µg/ml), và đ ượ c ch p  nh d ụ ả ướ i các ánh sáng c c tím có  ự

b ướ c sóng 254/312 nm

Trang 19

K t qu : ế ả

nh gel Đ c tr ng nh n d ng DNA ph c v  cho 

đánh giá đa d ng di truy n 11 dòng b  theo 10 m iạ ề ơ ồ

Mồi ISSR 808 Mồi ISSR 844B Mồi ISSR 856C Mồi ISSR 856T

Mồi ISSR 17899B Mồi ISSR HB13 Mồi ISSR

UBC859G

Mồi ISSR UBC873

Mồi ISSR HB14 Mồi ISSR HB9

Ghi chú: 1: dòng 04,  2: dòng 05,  3: dòng H i Tri u 2,  4: dòng H i Tri u 1,  5: dòng  ả ề ả ề 34; 6: dòng 36; 7: dòng 34 lai; 8: dòng HO, 9: dòng TO; 10: dòng BM00, 11: dòng  BM020.

Trang 20

nh gel Đ c tr ng nh n d ng DNA ph c v  cho vi c xác l p marker phân 

t   nh n  d ng 06 dòng b  theo 10 m i ử ậ ạ ơ ồ

Ghi chú: 1, 2, 3: các m u dòng 04;  4, 5, 6: các m u dòng 05;  7, 8, 9: các m u dòng  ẫ ẫ ẫ

H i Tri u 2;  10, 11, 12: các m u dòng H i Tri u 1;  13, 14, 15: các m u dòng 34;  ả ề ẫ ả ề ẫ

16, 17, 18: các m u dòng 36 ẫ

D a trên  ự s  xu t hi n hay v ng m t các band ự ấ ệ ắ ặ  trên gel, thi t l p ma tr n  ế ậ ậ 0/1 

đ  đánh giá  ể đa d ng và ạ  xây d ng marker cho vi c  ự ệ  nh n d ng ậ ạ  dòng 

 

Mồi ISSR 808 Mồi ISSR

844B Mồi ISSR 856C

Mồi ISSR 856T

Trang 21

N i dung 4:ộ  Đánh giá đa d ng di truy n ạ ề

S  d ng phử ụ ương pháp đánh giá đa d ng di truy n trong t p h p m u c a ạ ề ậ ợ ẫ ủ

de Vicente và cs., 2003 v i công c  Microsoft Excel, các ch  tiêu:ớ ụ ỉ

V i hj là m c đ  d  h p t  c a locus th  j, pớ ứ ộ ị ợ ử ủ ứ i là t n s  c a allele th  ầ ố ủ ứ

i   locus th  j,  ở ứ H e là m c đ  d  h p trông đ i trung bình cho t t c  ứ ộ ị ợ ợ ấ ảcác locus kh o sát và L là t ng s  locus. ả ổ ố

Ngoài ra, ph n m m Popgen32 đầ ề ược s  d ng đ  đánh giá đa d ng ử ụ ể ạ

di truy n t p h p các dòng b  kh o sát, hai ch  s  đa d ng là ch  ề ậ ợ ơ ả ỉ ố ạ ỉ

s  đa d ng gene (h) và ch  s  đa d ng Shannon (I) cho t p h p ố ạ ỉ ố ạ ậ ợ

m u thu đẫ ược. 

Trang 22

K t qu ế ả

S  d ng công c  Excel v i các công th c nh  trình bày nh  trên, thu ử ụ ụ ớ ứ ư ư

được k t qu   v  s  đa d ng di truy n t p h p 11 m u kh o sát nh  ế ả ề ự ạ ề ậ ợ ẫ ả ưsau:

+ T  l  ph n trăm band đa hình:  ỷ ệ ầ

 PPB  = 91,84%

+ M c đ  d  h p trông đ i trung bình:ứ ộ ị ợ ợ

He = 0,3072

S  d ng ph n m m Popgen 32, thu đử ụ ầ ề ược k t qu  sau:ế ả

+ Ch  s  đa d ng gene (tỉ ố ạ ương  ng v i m c đ  d  h p trông đ i trung ứ ớ ứ ộ ị ợ ợbình):

h = 0,3072

+ Ch  s  Shannon: ỉ ố

I = 0,4608

M c đ  đa d ng di truy n c a t p h p m u trong nghiên c u này th p ứ ộ ạ ề ủ ậ ợ ẫ ứ ấ

h n so v i các nghiên c u trơ ớ ứ ước đây v i t p h p m u l n h n c a các ớ ậ ợ ẫ ớ ơ ủdòng/gi ng b  thu th p t  nhi u n i trên th  gi i. Đi u này cho th y  ố ơ ậ ừ ề ơ ế ớ ề ấ

có th  các dòng b  để ơ ược phát tri n n i đ a để ộ ị ược kh o sát trên đ a bàn ả ị

t nh Lâm Đ ng  có ngu n g c g n nhau.ỉ ồ ồ ố ầ

Trang 23

N i dung 5: ộ  Xây d ng marker phân t  cho vi c nh n d ng  ự ử ệ ậ ạ

06 dòng b  ti m năng ơ ề

Phương pháp:

D a trên  ự K t qu  phân tích  nh đi n di và ma tr n d  li u v  s  xu t  ế ả ả ệ ậ ữ ệ ề ự ấ

hi n/thi u v ng các  ệ ế ắ band m t cách đ c bi t  ộ ặ ệ trên gel đi n di, h ệ ai ki u ch   ể ỉ

th  phân t   ị ử đ n và kép  ơ đ ượ xác đ nh đ  nh n d ng các dòng c  ị ể ậ ạ

Trang 24

m i UBC 856C ồ ;  V ng band 280bp m i UBC873 đ ng th i có band 540bp m i  ắ ồ ồ ờ ồ

808 ;  V ng band 280bp m i UBC873 đ ng th i v ng band 750bp m i 17899B ắ ồ ồ ờ ắ ồ  và 

thị kép).

+  Nh n  d ng  dậ ạ òng  05:  V ng  band  580bp  m i  HB9  đ ng  th i  có  band  400bp  ắ ồ ồ ờ

m i  17899B ồ ;  V ng  band  580bp  m i  HB9  đ ng  th i  có  band  400bp  m i  UBC  ắ ồ ồ ờ ồ 856C ;  V ng band 580bp m i HB9 đ ng th i có band 540bp m i 808 ắ ồ ồ ờ ồ ;  V ng band  ắ 580bp m i HB9 đ ng th i v ng band 750bp m i 17899B ồ ồ ờ ắ ồ   và  V ng band 580bp  ắ

+ Nh n d ng dậ ạ òng H i Tri u 2ả ề :  V ng  band  400bp  m i  17899B ắ ồ ;  V ng  band  ắ 400bp m i UBC 856C ồ ;  V ng band 540bp m i 808 ắ ồ ;  Có band 750bp m i 17899B ồ  

và  Có band 1500bp m i HB13  ồ (05 ch  thỉ ị đ nơ );  Có band 890bp m i HB9 nh ng  ồ ư

v ng band 700bp m i 17899B ắ ồ ;  V ng band 280bp m i UBC 873 nh ng có band  ắ ồ ư

m i UBC 856T ồ  (03 ch  thỉ ị kép).

Trang 25

K t qu ế ả

+ Nh n d ng dậ ạ òng H i Tri u 1ả ề :  Có band 790bp m i HB14 đ ng th i  ồ ồ ờ

có band 400bp m i 17899B ồ ;  Có band 790bp m i HB14 đ ng th i có band  ồ ồ ờ 400bp  m i  UBC  856C ồ ;  Có  band  790bp  m i  HB14  đ ng  th i  có  band  ồ ồ ờ 540bp m i 808 ồ ;  Có band 790bp m i HB14 đ ng th i v ng band 750bp  ồ ồ ờ ắ

m i  17899B ồ ;  Có  band  790bp  m i  HB14  đ ng  th i  v ng  band  1500bp  ồ ồ ờ ắ

m i HB13 ồ  và  Có band 500bp m i 844B đ ng th i v ng band 700bp m i  ồ ồ ờ ắ ồ 17899B   (ch  có 06  ch  thỉ ị kép).

+ Nh n d ng dậ ạ òng 34:  Có band 700bp m i 17899B ồ  (01 ch  ỉthị đ n ơ ); 

Có band 890bp m i HB9 đ ng th i có band 400bp m i 17899B ồ ồ ờ ồ ;  Có band  890bp  m i  HB9  đ ng  th i  có  band  400bp  m i  UBC  856C ồ ồ ờ ồ ;  Có  band  890bp m i HB9 đ ng th i có band 540bp m i 808 ồ ồ ờ ồ ;  Có band 890bp m i  ồ HB9 đ ng th i v ng band 750bp m i 17899B ồ ờ ắ ồ ;  Có band 890bp m i HB9  ồ

+ Nh n d ng dậ ạ òng 36:  Có band 220bp m i HB9 ồ   (ch  có 01 ch  th  đ n)ỉ ỉ ị ơ

Trang 26

K t lu nế ậ

Đã kh o sát tình hình canh tác các dòng b  b n đ a t i Lâm Đ ng, ghi ả ơ ả ị ạ ồ

nh n đ c đi m 11 dòng quan tr ng ch  y u d a trên đ c đi m qu  và ậ ặ ể ọ ủ ế ự ặ ể ảnăng su t. Tuy nhiên d  li u thu nh n đấ ữ ệ ậ ược ch  là s  bỉ ơ ộ đ  h  tr  xây ể ỗ ợ

d ng ự b  d  li u v  đ c đi m dòng/ gi ng   cây trộ ữ ệ ề ặ ể ố ở ưởng thành

Đã  xác  l p  đậ ược  9  ch   th   đ n  và  25  ch   th   kép  đ   nh n  d ng  06 ỉ ị ơ ỉ ị ể ậ ạdòng b  ơ ti m năng đề ượ kh o sát. C  6 dòng đ u xác l p đc  ả ả ề ậ ược ch  th  ỉ ịISSR đ  nh n d ng. K t qu  này có th   ng d ng để ậ ạ ế ả ể ứ ụ ược cho vi c nh n ệ ậ

d ng các dòng b  ngay t i vạ ơ ạ ườ ươn  m

M c đ  đa d ng di truy n c a 11 dòng b  đứ ộ ạ ề ủ ơ ược kh o sát th p: m c ả ấ ứ

d  h p trông đ i đ t 0.3072, ch  s  Shannon  đ t: 0.4608, t  l  band  đa ị ợ ợ ạ ỉ ố ạ ỷ ệhình:  91.84%.  Đi u  đó  cho  th y  các  dòng  b   đề ấ ơ ược  t o  gi ng  và  qua ạ ốtuy n ch n t i Lâm Đ ng có ngu n g c g n nhau.ể ọ ạ ồ ồ ố ầ

Ngày đăng: 13/01/2020, 19:01

TỪ KHÓA LIÊN QUAN

TÀI LIỆU CÙNG NGƯỜI DÙNG

TÀI LIỆU LIÊN QUAN

w