Họ Geminiviridae là họ virus thực vật lớn nhất, có khoảng 200 loài (Fauquet and Stanley, 2005). Trong đó begomovirus là chi lớn nhất và quan trọng nhất trong họ Geminiviridae cả về số lượng loài và bệnh do chúng gây ra với cây trồng. Begomovirus (được đặt tên từ Bean golden mosaic virus) có hình thái phân tử dạng hình cầu kép (hình chùy) và bộ gen DNA sợi vòng đơn, kích thước khoảng 2,7 kb (Fauquet and Stanley, 2005). Các begomovirus không truyền qua hạt giống nhưng lan truyền trên đồng ruộng bằng bọ phấn (Bemisia tabaci) theo kiểu bền vững tuần hoàn (Picó at al., 1996). Nhiều bệnh nghiêm trọng trên cây trồng được xác định là do begomovirus gây ra như bệnh xoăn vàng lá cà chua–một bệnh được xem là nguy hiểm nhất trên cà chua khắp thế giới. Trên cây cà chua, các begomovirus tạo triệu chứng giống nhau, điển hình là: cuốn lá (cong lá hình thìa); mép lá (đặc biệt ở lá non) biến vàng; lá nhỏ hẹp; cây nhiễm sớm còi cọc với tỷ lệ đậu quả rất thấp. Danh tính virus chỉ có thể được xác định dựa vào các phân tích phân tử (Moriones and NavasCastillo, 2000). Việt Nam được chứng minh là trung tâm đa dạng quan trọng của begomovirus. Mặc dù vậy số lượng begomovirus xác định trên thực vật của Việt Nam vẫn còn ít chỉ gồm 19 loài được phân lập từ nhiều loài cây, trong đó có nhiều cây dại (Green et al., 2001; Ha, 2007). Trên cây họ cà, đã có 6 begomovirus được phát hiện gây bệnh xoăn vàng lá cà chua tại Việt Nam. Tuy nhiên hiện vẫn chưa có công bố nào cho thấy sự có mặt của begomovirus trên ớt. Năm 2012, một loạt các mẫu ớt biểu hiện triệu chứng bệnh virus trên ớt đã được TTNC Bệnh cây Nhiệt đới (Học viện nông nghiệp Việt Nam) thu thập khắp cả nước. Các phân tích phân tử từ một mẫu virus phân lập đầu tiên từ ớt thu thập tại Đà Nẵng (mẫu VNP93) đã xác định được một loài begomovirus mới và virus này được đặt tên là Pepper yellow leaf curl Vietnam virus (PepYLCVNV). Do begomovirus hại ớt là một virus mới nên phân bố cũng như đặc điểm sinh học, đặc biệt là phổ ký chủ của virus vẫn chưa được nghiên cứu. Dựa trên cơ sở khoa học và thực tiễn trên, chúng tôi tiến hành thực hiện đề tài:“Chẩn đoán và đặc điểm sinh học của Begomovirus hại ớt ”
BỘ NÔNG NGHIỆP VÀ PHÁT TRIỂN NÔNG THÔN HỌC VIỆN NÔNG NGHIỆP VN VIỆN KHOA HỌC NÔNG NGHIỆP VN HÀ THỊ THỦY CHẨN ĐOÁN VÀ ĐẶC ĐIỂM SINH HỌC CỦA BEGOMOVIRUS HẠI ỚT LUẬN VĂN THẠC SĨ NHÀ XUẤT BẢN HỌC VIỆN NÔNG NGHIỆP - 2018 BỘ NÔNG NGHIỆP VÀ PHÁT TRIỂN NÔNG THÔN HỌC VIỆN NÔNG NGHIỆP VN VIỆN KHOA HỌC NƠNG NGHIỆP VN HÀ THỊ THỦY CHẨN ĐỐN VÀ ĐẶC ĐIỂM SINH HỌC CỦA BEGOMOVIRUS HẠI ỚT Ngành : Bảo vệ thực vật Mã số : 8.62.01.12 Người hướng dẫn khoa học : PGS TS Hà Viết Cường HÀ NỘI - 2018 LỜI CAM ĐOAN Tôi xin cam đoan cơng trình nghiên cứu riêng tơi, kết nghiên cứu trình bày luận văn trung thực, khách quan chưa cơng bố cơng trình khoa học khác Tơi xin cam đoan thơng tin trích dẫn luận văn rõ nguồn gốc Hà Nội, ngày tháng Tác giả Hà Thị Thủy năm 2018 LỜI CẢM ƠN Để hoàn thành đề tài tốt nghiệp cố gắng thân em nhận nhiều quan tâm giúp đỡ nhiệt tình thầy cơ, bạn bè người thân Trước tiên, em xin gửi lời cảm ơn chân thành sâu sắc tới thầy giáo PGS.TS Hà Viết Cường, người tận tình hướng dẫn, bảo, khuyến khích em nỗ lực suốt q trình thực luận văn Em xin gửi lời cảm ơn chân thành tới cán công nhân viên thuộc Trung tâm nghiên cứu bệnh nhiệt đới – Trường Học viện nơng nghiệp Việt Nam, nhiệt tình giúp đỡ tơi suốt q trình tơi thực tập Trung tâm Em xin gửi lời cảm ơn tới bà nông dân nhiều nơi tạo điều kiện thuận lợi cho em thời gian thực đề tài Cuối cùng, em xin gửi lời cảm ơn tới gia đình bạn bè ln động viên, khích lệ, tạo điều kiện tốt cho em hoàn thành luận văn Hà Nội, ngày tháng Tác giả Hà Thị Thủy năm 2018 MỤC L Lời cam đoan i Lời cảm ơn ii Mục lục iii Danh mục từ viết tắt .vi Danh mục bảng viii Danh mục hình x Trích yếu luận văn xi Thesis abstract xiii Phần Mở đầu 1.1 Giới thiệu .1 1.2 Mục tiêu nghiên cứu 1.2.1 Mục tiêu .2 1.2.2 Yêu cầu 1.3 Ý nghĩa khoa học thực tiễn luận văn 1.3.1 Ý nghĩa khoa học 1.3.2 Ý nghĩa thực tiễn Phần Tổng quan tài liệu .4 2.1 Khái quát chung ớt 2.1.1 Nguồn gốc 2.1.2 Phân loại 2.1.3 Đặc điểm thực vật học 2.1.4 Tình hình sản xuất ớt giới .5 2.1.5 Tình hình sản xuất ớt Việt Nam 2.1.6 Lợi ích sức khỏe 2.2 Những nghiên cứu nước giới 2.2.1 Một số nghiên cứu virus hại ớt .8 2.2.2 Một số begomovirus hại cà chua .10 2.2.3 Một số begomovirus hại ớt 11 2.3 Đặc điểm chung Begomovirus 13 2.3.1 Lịch sử phát hiện, phân bố đa dạng begomovirus 13 2.3.2 Đặc điểm hình thái .14 2.3.3 Cấu trúc genome begomovirus 14 2.3.4 Cấu trúc phân tử DNA-A 15 2.3.5 Cấu trúc phân tử DNA-B 16 2.3.6 Đặc điểm vùng IR .17 2.3.7 Phân loại begomovirus 17 2.3.8 Tái sinh begomovirus 18 2.3.9 Tương tác tái tổ hơp begomovirus 19 2.3.10 Triệu chứng bệnh begomovirus 20 2.3.11 Môi giới truyền bệnh lan truyền 20 2.3.12 Thiệt hại kinh tế begomovirus gây 21 2.3.13 Phòng chống 22 2.4 Kỹ thuật chẩn đoán PCR 22 2.5 Kĩ thuật Agroinoculation 23 Phần Vật liệu phương pháp nghiên cứu .25 3.1 Địa điểm nghiên cứu 25 3.2 Thời gian nghiên cứu 25 3.3 Đối tượng, vật liệu nghiên cứu 25 3.3.1 Đối tượng nghiên cứu 25 3.3.2 Vật liệu nghiên cứu 25 3.4 Nội dung nghiên cứu 27 3.5 Phương pháp 28 3.5.1 Điều tra đồng ruộng 28 3.5.2 Thu mẫu .28 3.5.3 Chiết DNA tổng số 28 3.5.4 Phản ứng PCR (Polymerase Chain Reaction) 29 3.5.5 Điện di sản phẩm PCR 29 3.5.6 Chuẩn bị vi khuẩn A tumefaciens khả biến (competent cells) 30 3.5.7 Chuẩn bị E.coli chủng X1 Blue khả biến 30 3.5.8 Biến nạp cấu trúc xâm nhiễm vào tế bào vi khuẩn E.coli khả biến phương pháp xung điện .30 3.5.9 Lây nhiễm nhân tạo sử dụng kỹ thuật agroinoculation .31 3.5.10 Lây nhiễm nhân tạo dùng bọ phấn 32 3.5.11 Kiểm tra mẫu phản ứng Elisa .33 3.5.12 Giải trình tự .35 Phần Kết thảo luận 36 4.1 Điều tra bệnh hại ớt Hà Nội phụ cận .36 4.1.1 Triệu chứng bệnh virus ớt 36 4.1.2 Điều tra bệnh virus ớt số địa điểm Hà Nội năm 2017 37 4.2 Phát virus ớt phương pháp Elisa 38 4.2.1 Phát Potyvirus ớt DAS-ELISA 39 4.2.2 Phát Tobamovirus ớt DAS-ELISA 48 4.2.3 Phát CMV (Cucumber mosaic virus) ớt DAS-ELISA 55 4.2.4 Phát Begomovirus ớt TAS-ELISA 61 4.3 Phát Begomovirus PepYLCVNV bẳng PCR 67 4.3.1 Phát begomovirus PCR dùng mồi chung 67 4.3.2 Phát TYLCKaV PCR dùng mồi đặc hiệu 69 4.3.3 Phát PepYLCVNV PCR dùng mồi đặc hiệu 71 4.4 Đánh giá tính gây bệnh PepYLCVNV Được lây nhiềm nhân tạo .73 4.4.1 Đánh giá tính gây bệnh PepYLCVNV lây nhiềm nhân tạo dùng kĩ thuật Agroinoculation 73 4.4.2 Đánh giá tính gây bệnh PepYLCVNV lây nhiễm nhân tạo dùng bọ phấn 77 4.5 Đặc trưng phân tử PepYLCVNV mẫu VNP1500 .78 4.5.1 Hồn thiện giải trình tự mẫu PepYLCVNV (VNP1500) 78 Phần Kết luận kiến nghị 86 5.1 Kết luận .86 5.2 Kiến nghị 87 Tài liệu tham khảo 88 Y DANH MỤC TỪ VIẾT TẮT Ký hiệu A tumefaciens AS ATP Bb CP CTAB ddNTP DNA Dntp dsDNA E coli EDTA ICTV IR Kb LB ORF PCR RCA RE Rep RNA Rnase SDS SsDNA TAE Taq Vir β- ME ChiVMV CMV PMMoV PepMoV PVMV PepYMV TMV TYLCTHV TYLCVs Từ viết tắt Agrobacterium tumefaciens Acetosyringone Adenosine triphosphate Base pair Capsid protein Cetryl Ammonium Bromide Dideoxynucleoside triphosphate Deoxyribonucleic acid Deoxynucleoside triphosphate Double strand DNA Escherichia coli Ethylene diamine tetra acetic acid International Committee on Taxonomy of Viruses Itergenic region Kilo base Luria and Bertani Open reading frame Polymerase Chain Reaction Rolling circle amplification Restriction enzyme Replication protein Ribonucleic acid Ribonuclease Sodium Dodecyl Sulphate Singe strand DNA Tris – acetate – EDTA Thermus aquatic Virulence region Beta- Mercaptoethanol Chilli veinal mottle virus Cucumber mosaic virus Pepper mild mottle virus Pepper mottle virus Pepper veinal mottle virus Pepper yellow mottle virus Tobacco mosaic virus Tomato yellow leaf curl Thailand virus Tomato yellow leaf curl viruses DANH MỤC BẢNG Bảng 1.1 Diện tích, suất ớt giới giai đoạn 2010-2012 .6 Bảng 1.2 Sản lượng ớt số nước giới giai đoạn 2010-2012 .6 Bảng 3.1 Các kít ELISA phát virus ớt (Viện DSMZ) .33 Bảng 4.1 Triệu chứng virus ớt 36 Bảng 4.2 Mức độ xuất triệu chứng virus ớt giai đoạn khác số địa điểm Hà Nội năm 2017 38 Bảng 4.3 Kết phát Potyvirus ớt DAS-ELISA 41 Bảng 4.3 Kết phát Potyvirus ớt DAS-ELISA (tiếp) 42 Bảng 4.3 Kết phát Potyvirus ớt DAS-ELISA (tiếp) 43 Bảng 4.3 Kết phát Potyvirus ớt DAS-ELISA (tiếp) 44 Bảng 4.3 Kết phát Potyvirus ớt DAS-ELISA (tiếp) 45 Bảng 4.3 Kết phát Potyvirus ớt DAS-ELISA (tiếp) 46 Bảng 4.3 Kết phát Potyvirus ớt DAS-ELISA (tiếp) 47 Bảng 4.4 Kết phát Tobamovirus ớt DAS-ELISA .49 Bảng 4.4 Kết phát Tobamovirus ớt DAS-ELISA (tiếp) 50 Bảng 4.4 Kết phát Tobamovirus ớt DAS-ELISA (tiếp) 51 Bảng 4.4 Kết phát Tobamovirus ớt DAS-ELISA (tiếp) 52 Bảng 4.4 Kết phát Tobamovirus ớt DAS-ELISA (tiếp) 53 Bảng 4.4 Kết phát Tobamovirus ớt DAS-ELISA (tiếp) 54 Bảng 4.5 Kết phát CMV ớt DAS-ELISA 56 Bảng 4.5 Kết phát CMV ớt DAS-ELISA (tiếp) .57 Bảng 4.5 Kết phát CMV ớt DAS-ELISA (tiếp) .59 Bảng 4.5 Kết phát CMV ớt DAS-ELISA (tiếp) .60 Bảng 4.5 Kết phát CMV ớt DAS-ELISA (tiếp) .60 Bảng 4.6 Kết phát Begomovirus ớt TAS-ELISA .62 Bảng 4.6 Kết phát Begomovirus ớt TAS-ELISA (tiếp) 63 Bảng 4.6 Kết phát Begomovirus ớt TAS-ELISA (tiếp) 64 Bảng 4.6 Kết phát Begomovirus ớt TAS-ELISA (tiếp) 65 Bảng 4.6 Kết phát Begomovirus ớt TAS-ELISA (tiếp) 66 Bảng 4.7 Kết kiểm tra mẫu ớt cà chua PCR sử dụng cặp mồi BegoA – For1 BegoA – Rev1 .68 Bảng 4.8 Kết kiểm tra mẫu ớt cà chua PCR sử dụng cặp mồi đặc hiệu TYKa-A–F1/R1 70 Bảng 4.11 Lây nhiễm nhân tạo agroinoculation DNA-A PepYLCVNV mẫu VNP1500 cà chua thuốc cảnh N benthamiana 75 Bảng 4.12 Lây nhiễm nhân tạo agroinoculation DNA-A DNA-B PepYLCVNV mẫu VNP1500 cà chua thuốc N benthamiana .76 Bảng 4.13 Kết kiểm tra mẫu cà pháo nguồn PCR sử dụng cặp mồi đặc hiệu VNP93–A-F1/VNP1500–A-R1 cặp mồi 1500–B– F1/R2 .77 Bảng 4.14 Kết lây nhiễm PepYLCV bọ phấn ớt, cà chua số thị 77 Bảng 4.15 Kết biến nạp plasmid tái tổ hợp vào tế bào XL1 Blue xung điện 78 Bảng 4.16 Kết giải trình tự bổ sung mẫu PepYLCVNV (VNP1500) .79 Bảng 4.17 Đặc điểm phân tử DNA-A mẫu PepYLCVNV VNP1500 83 Bảng 4.18 Đặc điểm phân tử DNA-B mẫu PepYLCVNV VNP1500 84 4.5.1.3 Tổ chức gen mẫu PepYLCVNV (mẫu VNP1500) PepYLCVNV begomovirus có gen kép (bipartite) gồm phân tử genome DNA-A DNA-B Sơ đồ minh họa tổ chức gen gồm DNA-A DNA-B mẫu virus PepYLCVNV xác định phần mềm Vector NTI Suite trình bày hình 4.14, bảng 4.17 bảng 4.18 DNA-A ( Bảng 4.17) DNA-A PepYLCVNV VNP1500 có kích thước, cấu trúc tương tự virus thuộc chi Begomovirus - nhóm Cựu giới Tồn phân tử DNA-A có kích thước 2733 nt Trên DNA-A, xác định ORF (open reading frame, khung dịch mã, trình tự DNA bắt đầu mã khởi đầu ATG kết thúc mã kết thúc TAA TGA TAG) đặc trưng begomovirus, gồm ORF sợi virus (AV2, AV1, chiều kim đồng hồ) ORF sợi bổ sung với sợi virus (AC4, AC1, AC2, AC3, ngược chiều kim đồng hồ) Trên sợi virus, ORF AV2 (mã hóa cho protein AV2 có chức cảm ứng triệu chứng, di chuyển hệ thống tích lũy DNA virus) có kích thước 348 nt Phía đầu 3’ ORF AV2 ORF AV1 (mã hóa cho protein vỏ CP) có kích thước 790 nt (263 aa) Tương tự begomovirus khác, sợi bổ sung, ORF lớn ORF AC1 (mã hóa protein Rep protein có chức tái sinh tương tác với protein ký chủ điều khiển chu kỳ tế bào), có kích thước 1068 nt, ORF nhỏ ORF AC4 (mã hóa protein AC4 có chức cảm ứng triệu chứng di chuyển hệ thống) có kích thước 291 nt Hai ORF lại AC2 (mã hóa protein TrAP có chức hoạt hóa phiên mã ức chế phản ứng phòng thủ cây) có kích thước 402 nt AC3 có kích thước 402 nt (mã hóa protein REn) Cũng giống tất beomovirus, ORF AC4 ORF AC2 nằm khung đọc mã (c3) DNA-A có vùng liên gen khơng phiên mã (IR, Intergenic Region) kích thước khoảng 266 nt có vị trí tính từ đầu 5’ ORF AC1 tới đầu 5’ ORF AV2 tương tự IR begomovirus khác 85 Giống begomovirrus có gen kép khác, vùng IR DNA-A chứa vùng chung CR có trình tự giống vùng tương ứng DNA-B Vùng DNA-A PepYLCVNV VNP1500 dài 174 nts chứa nguồn gốc tái (ori, origin of replication) với nhiều dấu hiệu quan trọng Bảng 4.17 Đặc điểm phân tử DNA-A mẫu PepYLCVNV VNP1500 DNA-A Toàn phân tử Vùng liên gen IR Vùng chung CR AV1(CP) AV2 (AV2) AC1(Rep) AC2 (TrAP) AC3 (REn) AC4 (AC4) Vị trí (từ nt đến nt) Kích thước (nt) 2597 – 129 2601-41 290-1069 130-477 1529-2596 1207-1608 1062-1463 2149-2439 2733 266 174 790 348 1068 402 402 291 Ghi chú: CP (coat protein), IR (intergenic region), CR (common region), Rep (replication associated protein), TrAP (transcriptional activator protein), REn (replication enhancer), nt nucleotide DNA-B (Bảng 4.18) DNA-B PepYLCVNV VNP1500 có kích thước 2715 nt chứa ORF tương tự DNA-B begomo có gen kép khác Trên sợi virus (chiều kim đồng hồ) ORF BV1 mã hóa protein vận chuyển MP, có kích thước 831 nt Trên sợi bổ sung, DNA-B chứa ORF BC1 mã hóa protein nhập nhân (NSP) với kích thước 831 nt DNA-B chứa vùng liên gen không phiên mã IR lớn, có kích thước 1041 nts Tương tự DNA-A, vùng chứa đoạn ngắn dài 175 nt gọi vùng chung (common region, CR) có trình tự bảo thủ cao với vùng chung CR DNA-A Mức độ đồng vùng chung CR thành phần tới 96.6% (Hình 4.15) chứng tỏ thành phần thuộc virus Vì trình tự vùng chung giống với DNA-A nên protein Rep mã hóa DNA-A nhận biết để khởi đầu trình tái sinh DNA-B Bảng 4.18 Đặc điểm phân tử DNA-B mẫu PepYLCVNV VNP1500 Vị trí (từ nt đến nt) 86 Kích thước (nt) DNA-B Toàn phân tử Vùng liên gen IR Vùng chung CR BV1 (MP) BC1 (NSP) 1855-180 2583-42 181-1011 1024-1854 2715 1041 175 831 831 Hình 4.14 Tổ chức gen mẫu PepYLCVNV VNP1500 Hình 4.15 Vùng chung CR mẫu PepYLCVNV VNP1500 với cấu trúc thứ cấp chứa điểm khởi đầu tái gen rõ Nhận xét: Phân tích đặc điểm phân tử mẫu virus PepYLCVNV VNP1500 chứng tỏ cấu trúc xâm nhiễm dựa mẫu virus có gen hồn 87 chỉnh Ngoài ra, nguồn cà pháo lây nhiễm agroinoculation có phản ứng PCR dương tính với thành phần chứng tỏ virus tái sinh di chuyển hệ thống Vì mơ tiph chức liên quan tới cảm ứng triệu chứng begomovirus đa dạng nằm tất gen nên xác định đột biến dựa phân tích phân tử Thiết kế lại cấu trúc có lẽ cần thiết để nghiên cứu đặc điểm sinh học virus PepYLCVNV 88 PHẦN KẾT LUẬN VÀ KIẾN NGHỊ 5.1 KẾT LUẬN - Đã điều tra thu thập mẫu triệu chứng bệnh begomovirus ớt Hà Nội năm 2017 Dạng triệu chứng điển hình triệu chứng khảm Tỉ lệ nhiễm virus cao huyện Thạch Thất vào giai đoạn chín đạt 43,2% - Đã kiểm tra ELISA 81 mẫu ớt thu thập khắp nước, phát mẫu phản ứng dương tính ChiVMV, mẫu phản ứng dương tính PMMoV, mẫu phản ứng dương tính PepMoV, mẫu phản ứng dương tính PepYMV mẫu phản ứng dương tính TYLCVs - Kiểm tra PCR phát begomovirus cặp mồi chung BegoA-F BegoA-R1 14 ớt mẫu cà chua, kết kiểm tra cho thấy có mẫu ớt mẫu cà chua thu miền Trung miền Nam có phản ứng dương - Dùng mồi đặc hiệu để kiểm tra mẫu dương tính với begomovirus, kết kiểm tra PCR cho thấy có mẫu cà chua thu An Giang có phản ứng dương với Tomato yellow leaf curl Kachanaburi virus (TYLCKaV), có 8/9 mẫu nhiễm với DNA-A DNA-B Pepper yellow leaf curl Vietnam virus (PepYLCVNV) - Đã giải trình tự bổ sung nhận trình tự đầy đủ gen mẫu PepYLCVNV VNP1500 từ cấu trúc xâm nhiễm Phân tích gen cho thấy gen virus cấu trúc xâm nhiễm hoàn chỉnh, đảm bảo xâm nhiễm hệ thống virus Kết hợp kết lây nhiễm nhân tạo phân tích trình tự gợi ý có lẽ xuất đột biến virus cấu trúc xâm nhiễm liên quan cảm ứng triệu chứng 89 5.2 KIẾN NGHỊ - Tiếp tục xác định thành phần lồi virus ớt tại Hà Nợi - Nghiên cứu sâu đặc trưng sinh học, phân bố PepYLCVNV 90 TÀI LIỆU THAM KHẢO TIẾNG VIỆT: Bùi Bách Tuyến (1998) Bệnh hại ớt Tài liệu hướng dẫn đồng ruộng (bản dịch tiếng việt) Trung tâm nghiên cứu phát triển rau châu Á (AVRDC) Bùi Thị Oanh (2010) Nghiên cứu ảnh hưởng số biện pháp kỹ thuật đến khả sinh trưởng, phát triển suất giống ớt lai số 03 năm 2009 - 2010 huyện Nam Đàn - Nghệ An tr 5-22 Hà Viết Cường (2010) Bài giảng Công nghệ sinh học bệnh Trường Đại học Nông Nghiệp Hà Nội Hà Viết Cường (2011).Virus thực vật, phytoplasma viroid Trường Đại học Nông nghiệp Hà Nội Vũ Triệu Mân Lê Lương Tề (1999) Bệnh vi khuẩn virus hại trồng Nhà xuất Giáo dục, Hà Nội Mai Thị Phương Anh, Trần Văn Lài, Trần Khắc Thi (1996) Rau trồng rau- giáo trình cao học nơng nghiệp Nhà xuất Nông nghiệp, Hà Nội Mai Thị Phương Anh (1999) Kỹ thuật trồng số loại rau cao cấp Nhà xuất Nông nghiệp, Hà Nội Nguyễn Thị Hà Uyên (2012) Xác định đánh giá khả gây bệnh số begomovirus cà chua phương pháp lây nhiễm nhân tạo dùng vi khuẩn Agrobacterium tumerfaciens Nhà xuất Nông nghiệp, Hà Nội Nguyễn Văn Viên (1999) Nghiên cứu tình hình phát sinh phát triển biện pháp phòng trừ số bệnh nghiên cứu bệnh xoăn hại cà chua vùng Hà Nội phụ cận Luận án Tiến sĩ nông nghiệp 10 Vũ Triệu Mân Lê Lương Tề chủ biên (2001) Giáo trình Bệnh Nơng Nghiệp Nhà xuất Nông nghiệp, Hà Nội 11 Viện Bảo vệ thực vật (2000) Phương pháp nghiên cứu Bảo vệ thực vật Nhà xuất Nông nghiệp, Hà Nội.Tập 03 tr 60-61 91 TIẾNG ANH: 12 Avgelis A D (1986) A pepper strain of TMV who is new in Crete (Greece) Phytopathologia Mediterranea 25(1-3) pp 33-38 13 Bérenger J., M F Fabre, A Palloix and B Moury (2008) Charactezation of a new potyvirus infecting pepper crops in Ecuador, Brief report Archives of Virology 153(1) pp 1543-1548 14 Boulton M I (1995) Agrobacterium-mediated transfer of geminiviruses to plant tissues Methods Mol Biol 49(1) pp 77-93 15 Bosland P.W (1996) Capsicums: Innovative uses of an ancient crop In: J Janick (ed.), Progress in new crops ASHS Press, Arlington, VA pp 479-487 16 Bosland P.W and Votava 2000 Pepper: Vegetable and spice Capsicums CABI Publishing pp 230 17 Briddon R., J Brown, E Moriones, J Stanley, M Zerbini, X Zhou and C Fauquet (2008) Recommendations for the classification and nomenclature of the DNA-β satellites of begomoviruses Archives of virology 153(4) pp 763 18 Briddon R W (2003) Cotton leaf curl disease, a multicomponent begomovirus complex Molecular Plant Pathology 4(1) pp 427-434 19 Britton G and D Hornero-Méndez (1997) Carotenoids and Colour in Fruits and Vegetables In: Tomás-Barberán FA, Robins RJ, editors Photochemistry of Fruits and Vegetables Oxford, England: Clarendon Press pp 11–28 20 Brunt A A, K Crabtree, M J Dallwitz, A J Gibbs, L Watson (1996) Viruses of Plants: Descriptions and Lists from the VIDE Database C.A.B International, U.K pp 148 21 Brunt A.A and R.H Kenten (1972) Pepper veinal mottle virus, Descriptions of Plant Viruses, No 104/1972 Dowload date 15/11/2017 from http://www.dpvweb.net/dpv/showdpv.php?dpvno=104 22 Cerkauskas R (2004) Pepper diseases, In the Fact Sheet, Asian Vegetable Research and Development Center AVRDC Publication 04 pp 586-596 92 23 Chakraborty S., P Pandey, M Banerjee, G Kalloo and C Fauquet (2003) Tomato leaf curl Gujarat virus, a new begomovirus species causing a severe leaf curl disease of tomato in Varanasi, India Phytopathology 93(12) pp 1485 24 Chomchalow N (2001) Spice production in Asia - An overview AU journal of Technology Vol 5, no pp 25 Doyle J J (1987) A rapid DNA isolation procedure for small quantities of fresh leaf tissue Phytochem bull Vol 19 (1987) pp 11-15 26 FAO (2012) Ngày truy cập 17/12/2018 http://faostat.fao.org 27 FAO (2014) Ngày truy cập 20/12/2018 http://www.fao.org/faostat/en/#data/QC 28 Fauquet C M & Stanley J (2003) Geminivirus classification and nomenclature: progress and problems Annals of Applied Biology 142(2) pp 165-189 29 Fauquet C M., R W Briddon, J K Brown, E Moriones, J Stanley, M Zerbini, X Zhou (2008) Geminivirus strain demarcation and nomenclature Arch Virol 153(4) pp 783-821 30 Fauquet and Stanley (2005) Revising the way we conceive and name viruses below the species level: a review of geminivirus taxonomy calls for new standardized isolate descriptors Archives of virology 150(10) pp 2151-2179 31 Pickersgill B (1997) Genetic resources and breeding of Capsicum spp Euphytica 96(1) pp 129-133 32 Gafni and Yedidya (2003) Tomato yellow leaf curl virus, the intracellular dynamics of a plant DNA virus Molecular plant pathology 4(1) pp 9-15 33 Galanihe L D., M G D L Priyantha, D R Yapa, H M S Bandara, J A D A R Ranasinghe (2004) Insect pest and disease incidences of exotic hybrids chilli pepper varieties grown in the low country dry zone of Sri Lanka Annals of Sri Lanka Department of Agriculture 6(1) pp 99-106 34 Ghanim and Czosnek (2000) Tomato yellow leaf curl geminivirus (TYLCV-Is) is transmitted among whiteflies (Bemisia tabaci) in a sex-related manner Journal of Virology 74(10) pp 4738-4745 93 35 Gibbs A J., Trueman J W H., Gibbs M J (2008) The bean common mosaic virus lineage of potyviruses: where did it arise and when? Arch Virol 153 pp 2177–2187 36 Green S.K and J.S Kim (1991) Characteristics and control of viruses infecting peppers: a literature review, Asian Vegetable Research and Development Center, Technical Bulletin AVRDC Publication No 18 37 Green S.K (1992a) Integrated control of diseases of vegetables in Taiwan, Asian Vegetable Research and Development Center, Tainan, Taiwan AVRDC Publication pp 35-68 38 Green S.K (1992b) Virus in Asia Pacific region In the Proceedings of the Coference on chilli pepper production in the tropics, 13-14 October, 1992, Kuala Lumpua, Malaisia pp 99-129 39 Green S K (1993) Pepper virus research in Taiwan and other Asian countries In the Proceedings of the Symposium on Plant viruses and Virus – like diseasea, Council of Agriculture Plant Protection AVRDC Publication Series No.1 pp 213 – 243 40 Green S., W Tsai, S Shih, L Black, A Rezaian, M Rashid, M Roff, Y Myint and L Hong (2001) Molecular characterization of begomoviruses associated with leafcurl diseases of tomato in Bangladesh, Laos, Malaysia, Myanmar, and Vietnam Plant Disease 85(2) pp 1286-1286 41 Gutierrez C., E RamirezParra, M Mar Castellano, A P Sanz-Burgos, A Luque, and R Missich (2004) Geminivirus DNA replication and cell cycle interactions Veterinary microbiology 98(2) pp 111-119 42 Ha C (2007) Detection and identification of potyviruses and geminiviruses in Vietnam A thesis submitted for the degree of Doctor of Philosophy to the Queensland University of Technology pp 203-215 43 Ha C., S Coombs, P Revill, R Harding, M Vu and J Dale (2008) Molecular characterization of begomoviruses and DNA satellites from Vietnam: additional evidence that the New World geminiviruses were present in the Old World prior to continental separation Journal of General Virology 89(1) pp 312-326 94 44 Harrison and Robinson (2005) Another quarter century of great progress in understanding the biological properties of plant viruses Annals of applied biology 146(1) pp 15-37 45 Hellens R., P Mullineaux and H Klee (2000) Technical Focus:a guide to Agrobacterium binary Ti vectors Trends Plant Sci pp 446-451 46 Hornero-Méndez D., J Costa-García , M I Mínguez-Mosquera (2002) Characterization of carotenoids high-producing Capsicum annuum cultivars selected for paprika production Journal of Agricultural and Food Chemistry 50(20) pp 5711–5716 47 Hussain M., S Mansoor, S Iram, Y Zafar, R W Briddon (2004) First report of Tomato leaf curl New Delhi virus affecting chilli pepper in Pakistan Plant Pathology 53(1) pp 794 48 Inoue N A K., M E N Fonseca, R O Resend, L S Boiteux, D C Monte, A N Dusi, A C de Avila and R A A vanderVlugt(2002) Pepper yellow mosaic virus, a new potyvirus in sweet pepper Capsicum annuum Brief report, Archives of Virolog 147(4) pp 849-855 49 Jones D R (2003) Plant viruses transmitted by whiteflies European Journal of Plant Pathology 109(3) pp 195 50 Than Po Po , Haryudian Prihastuti, Sitthisack Phoulivong, Paul, W.J Taylor and Kevin D Hyde (2008) Chilli anthracnose disease caused by Colletotrium species J Zhejiang Univ Sci B pp 764-778 51 Tsai W S., S L Shih, S K Green, A Rauf, S H Hidayat, F J Jan (2006) Molecular characterization of Pepper yellow leaf curl Indonesia virus in leaf curl and yellowing diseased tomato and pepper in Indonesia Plant Disease 90(1) pp 247 52 Jacquemond M (2012) Cucumber mosaic virus Adv Virus Res Vol 84 pp 439504 53 Khan M S., S K Raj, R Singh (2006) First report of Tomato leaf curl New Delhi virus infecting chilli in India Plant Pathology 55(1) pp 289 95 54 Kheyr-Pour A., M Bendahmane, V Matzeit, G P Accotto, S Crespi and B Gronenborn (1991) Tomato yellow leaf curl virus from sardinia is a whiteflytransmitted monoparatite geminivirus Nucleic Acids Research 19(24) pp 67636769 55 Lipert L F., P G Smith and B O Bergh (1996) Cytogenertics of thevegetable crops Garden pepper, Capsicum ssp Botanical Rev 32(1) pp 24-55 56 Markham P., I Bedford, S Liu, D Frolich, R Rosell and J Brown (1996) Transmission of geminiviruses by biotypes of Bemisia tabaci (Gennadius) Bemisia: 1995, taxonomy, biology, damage, control and management pp 69-75 57 Martínez Y., M Quiđones, D Fonseca, J Potter J, D P Maxwell (2002) First report of Tomato yellow leaf curl virus infecting bean (Phaseolus vulgaris) in Cuba Plant Disease 86(7) pp 814 58 Martínez‐Ayala A., S Sánchez‐Campos, F Cáceres, J Navas‐Castill, E Moriones (2013) Characterisation and genetic diversity of pepper leafroll virus, a new bipartite begomovirus infecting pepper, bean and tomato in Peru Annals of Applied Biology 164 (1) pp 62-72 59 Moury B., A Palloix, C Caranta, P Gognalons, S Souche, S K Gebre and G Marchoux (2005) Serological, molercular and pathotype diversity of Pepper veinal mottle virus and Chilli veinal mottle virus Phythopathology 95(1) pp 227-232 60 Moriones E and J Navas-Castillo (2000) Tomato yellow leaf curl virus, an emerging virus complex causing epidemics worldwide Virus Research 71(1-2) pp 123-134 61 Murugan and Uthamasamy (2001) Dispersal behaviour of cotton whitefly Bemisia tabaci (Genn.) under cotton based gardenland agro ecosystem of Coimbatore, Tamil Nadu Madras agricultural journal 88(1/3) pp 1-6 62 Navas Castillo J., G P Accotto, E Noris, E Moriones and D Louro (2000) Typing of Tomato yellow leaf curl viruses in Europe European Journal of Plant Pathology 106(2) pp 179-186 96 63 Navot N., E Pichersky, M Zeidan, D Zamir and H Czosnek (1991) Tomato yellow leaf curl virus: a whitefly-transmitted geminivirus with a single genomic component Virology 185(1) pp 151-161 64 Padidam M., S Stanley and C M Fauquet (1999) Possible emergence of new geminiviruses by frequent recombination Virology 265(2) pp.: 218-225 65 Perry L., S Zamillo, Host, D M Pearsall, D R Pipemo and M J Berman (2007) Starch fossils and the domestication and dispersal of chili peppers (Capsicum spp L.) in the Americas Science 315(5814) pp 986-988 66 Pérez-Gálvez A., H D Martin, H Sies, W Stahl (2003) Incorporation of carotenoids from paprika oleoresin into human chylomicron British Journal of Nutrition 89(6) pp 787–793 67 Picó B., Díez M J and F Nuez (1996) Viral diseases causing the greatest economic losses to the tomato crop II The Tomato yellow leaf curl virus-a review Scientia Horticulturae 67(3-4) pp 151-196 68 Purcifull D.E and E Hiebert (1982) Tobacco etch virus Descriptions of Plant Viruses Retrieved on 10 November 2017 at http://www.dpvweb.net/dpv/showdpv.php?dpvno=258 69 Quiñones M., D Fonseca, G P Acotto, Y Martínez (2002) Viral infection associated with the presence of Begomoviruses in pepper plants in Cuba Plant Disease 86(2) pp 73 70 Rashid M H., K M Khalequzzaman, M S Alam, S A Uddin and S K Greenn (2007) Screening of different sweet pepper lines against Cucumber mosaic virus and Chili veinal mottle virus, Int J Sustain Crop Prod 2(3) pp 1-4 71 Ravi K S., J Joseph, N Nagaraju, P S Krishna, H R Reddy and H S Savithri (1997) Characterization of Pepper vein banding virus from chili pepper in India Plant Disease 81(6) pp 673 - 676 72 Rochester D E., W Kositratana and R N Beachy (1990) Systemic movement and symptom production following agroinoculation with a single DNA of tomato yellow leaf curl geminivirus (Thailand) Virology 178 pp 520-526 73 Rybicki (1994) A phylogenetic and evolutionary justification for three genera of Geminiviridae."Archives of Virology 139(1-2) pp 49-77 97 74 Sarkar K and K Kulshreshtha (1978) Crotalaria striata DC a new natural host of bean common mosaic virus Current Science 47(7) pp 241 75 Shih S L., W S Tsai, S K Green (2003) Molecular characterization of tomato and chilli leaf curl begomoviruses from Pakistan Plant Disease 87 pp 200 76 Shih S L., W S Tsai, L M Lee, J T Wang, S K Green, and L Kenyon (2010) First Report of Tomato yellow leaf curl Thailand virus Associated with Pepper Leaf Curl Disease in Taiwan First Report of Tomato yellow leaf curl Thailand virus Associated with Pepper Leaf Curl Disease in Taiwan Volume 94, Number pp 637 77 Stanley J., D M Bisaro, R W Briddon, J K Brown, C M Fauquet, B D Harrison, E P Rybicki and D C Stenger (2005) Geminiviridae In: Virus Taxonomy VIIIth report of the International Committee on Taxonomy of Viruses (C.M Fauquet, M.A Mayo, J Maniloff, U Desselberger and L.A Ball, eds) London, UK: Elsevier/Academic Press pp 301 - 326 78 Varma A and V G Malathi (2003) Emerging geminivirus problems: A serious threat to crop production Annals of Applied Biology 142(2) pp 145-164 79 Wang M Qi and A J Cutler (1993) A simple method of preparing plant samples for PCR Nucleic Acids Research 21(17) pp 4153-4154 80 Wang T C., R D Cardiff, L Zukerberg, E Lees , A Arnold and E V Schmidt (1994) Mammary hyperplasia and carcinoma in MMTV-cyclin D1 transgenic mice US National Library of MedicineNational Institutes of Health 369 (6482) pp 669671 81 Wetter C., M Conti, D Altschuh, R Tabillion, M H V Regenmortel (1984) Pepper mild mottle virus, a tobamovirus infecting pepper cultivars in Sicily Phytopathology 74(4) pp 405-410 82 Wijs J (1973) Pepper veinal mottle virus in Irovy Coast Netherlands Journal of Plant Pathology.79(5) pp 189 – 193 83 Yoon J Y., S K Green, A T Tschanz, S C S Tson and L C Chang (1990) Pepper improvement for the tropics: problems and the AVRDC approach, In: Tomato and Pepper production in the tropics Asian Vegetable Research and Development Center, Tainan, Taiwan pp 86-98 98 84 Zhang C., Wege and H Jeske (2001) Movement proteins (BC1 and BV1) of Abutilon mosaic geminivirus are cotransported in and between cells of sink but not of source leaves as detected by green fluorescent protein tagging Virology 290(2) pp 249-260 85 Zhang D Y., Y Liu, C R Zhuang, W S Tsai, S L Shih, L M Lee, J T Wang and S K Green (2006) Survey for viruses-particularly begomovirses infecting pepper crops in China Agricultural Science and Technology 7(4) pp 24 99 ...BỘ NÔNG NGHIỆP VÀ PHÁT TRIỂN NÔNG THÔN HỌC VIỆN NÔNG NGHIỆP VN VIỆN KHOA HỌC NÔNG NGHIỆP VN HÀ THỊ THỦY CHẨN ĐOÁN VÀ ĐẶC ĐIỂM SINH HỌC CỦA BEGOMOVIRUS HẠI ỚT Ngành : Bảo vệ thực vật... 2.2.1 Một số nghiên cứu virus hại ớt .8 2.2.2 Một số begomovirus hại cà chua .10 2.2.3 Một số begomovirus hại ớt 11 2.3 Đặc điểm chung Begomovirus 13 2.3.1 Lịch... thực đề tài: Chẩn đoán đặc điểm sinh học Begomovirus hại ớt ” 1.2 MỤC TIÊU NGHIÊN CỨU 1.2.1 Mục tiêu (i) Xác định có mặt begomovirus mẫu ớt thu thập Hà Nội; (ii) Đánh giá tính gây bệnh begomovirus