Khảo sát vi khuẩn escherichia coli sinh beta lactamase phổ rộng trên gà tại một số trại chăn nuôi ở đồng bằng sông cửu long tt

coli sinh ESBL trên gà nuôi ở quy mô trang trại và hộ gia đình, các yếu tố có liên quan như trứng gà, người chăn nuôi gà, thịt gà ở cơ sở giết mổ và các yếu tố môi trường tại khu vực ch

BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO TRƯỜNG ĐẠI HỌC CẦN THƠ

TÓM TẮT LUẬN ÁN TIẾN SĨ Chuyên ngành: Bệnh lý học và chữa bệnh vật nuôi

Mã ngành: 62 64 01 02

BÙI THỊ LÊ MINH

KHẢO SÁT VI KHUẨN ESCHERICHIA COLI SINH

BETA-LACTAMASE PHỔ RỘNG TRÊN GÀ TẠI MỘT SỐ TRẠI CHĂN NUÔI Ở ĐỒNG BẰNG

SÔNG CỬU LONG

Cần Thơ, 2018

CÔNG TRÌNH ĐƯỢC HOÀN THÀNH TẠI TRƯỜNG ĐẠI HỌC CẦN THƠ

Người hướng dẫn: PGS.TS Lưu Hữu Mãnh

Luận án được bảo vệ trước hội đồng chấm luận án tiến sĩ cấp trường Họp tại: ……….……, Trường Đại học Cần Thơ Vào lúc … giờ … ngày … tháng … năm 2018

Phản biện 1: ………

Phản biện 2: ………

Phản biện 3: ………

Có thể tìm hiểu luận án tại thư viện:

Trung tâm Học liệu, Trường Đại học Cần Thơ

Thư viện Quốc gia Việt Nam

DANH MỤC CÁC CÔNG TRÌNH ĐÃ CÔNG BỐ

A Các bài báo đã công bố

1 Bùi Thị Lê Minh, Lưu Hữu Mãnh, Nguyễn Nhựt Xuân Dung, 2016

Khảo sát sự hiện diện Escherichia coli sinh β-lactamase phổ rộng trên

gà khỏe ở tỉnh Vĩnh Long Tạp chí Khoa học kỹ thuật thú y, số 2: 22-27

2 Bùi Thị Lê Minh, Lưu Hữu Mãnh, Nguyễn Nhựt Xuân Dung, 2016

Khảo sát sự hiện diện gen CTX-M, TEM và SHV ở Escherichia coli sinh β-lactamase phổ rộng phân lập từ gà ở tỉnh Trà Vinh Tạp chí Khoa

học Trường Đại học Cần Thơ, số 42(b): 1-6

3 Bùi Thị Lê Minh, Lưu Hữu Mãnh, Nguyễn Nhựt Xuân Dung, 2016

Kết quả khảo sát Escherichia coli sinh β-lactamase phổ rộng trên gà tại một số cơ sở giết mổ ở tỉnh Vĩnh Long Tạp chí Khoa học Trường Đại

học Cần Thơ, số chuyên đề tập 2: 1-5

4 Bùi Thị Lê Minh, Lưu Hữu Mãnh, Nguyễn Nhựt Xuân Dung, 2016

Tình hình nhiễm Escherichia coli sinh β-lactamase phổ rộng trên gà bệnh ở tỉnh Vĩnh Long Tạp chí Khoa học Trường Đại học Cần Thơ, số

chuyên đề tập 2: 6-10

5 Bui Thi Le Minh, Luu Huu Manh, Nguyen Nhut Xuan Dung, 2016

Study of extended spectrum beta-lactamase producing Escherichia coli

isolated from sick chickens in Hau Giang province Proceeding of The

19th Federation of Asian Veterinary Associations Congress, September 6-9th 2016, Ho Chi Minh city Vietnam National University-Ho Chi

Minh city Press, 148-150

6 Bui Thi Le Minh, Luu Huu Manh, Nguyen Nhut Xuan Dung, 2016

Occurrence of extended spectrum beta-lactamase producing

Escherichia coli in chickens from slaughter houses in the Mekong delta

of Vietnam Proceedings international conference on agriculture development in the context of international integration: Opportunities and challenges, December 7-8th 2016, Ha Noi Agriculture University

Press, 198-202.

7 Bui Thi Le Minh, Luu Huu Manh, Nguyen Nhut Xuan Dung, 2017

Occurrence of TEM, SHV and CTX-M genes in diarrhea chickens and antibiotic resistance Proceeding of 33th World Veterinary Congress, August 27-31 2017, Incheon-Korea

8 Bùi Thị Lê Minh, Lưu Hữu Mãnh, Nguyễn Nhựt Xuân Dung, 2018

Tình hình nhiễm Escherichia coli sinh beta-lactamase phổ rộng trên người chăn nuôi gà ở Đồng bằng sông Cửu Long Tạp chí Khoa học

Trường Đại học Cần Thơ, số chuyên đề tập 54: 1-5

B Các đề tài nghiên cứu khoa học đã đƣợc nghiệm thu

1 Bùi Thị Lê Minh (chủ nhiệm đề tài) Khảo sát vi khuẩn Escherichia

coli sinh beta-lactamase phổ rộng trên gà và kiểm tra độ nhạy của một

số loại kháng sinh Đề tài nghiên cứu khoa học cấp Trường Đại học Cần Thơ, 2015, mã số T2015 -62

2 Bùi Thị Lê Minh (chủ nhiệm đề tài) Khảo sát gen bla CTX-M, bla

TEM và bla SHV trên Escherichia coli sinh beta-lactamase phổ rộng

phân lập từ gà bệnh ở tỉnh Vĩnh Long Đề tài nghiên cứu khoa học cấp Trường Đại học Cần Thơ, 2016, mã số T2016 -52

3 Bùi Thị Lê Minh (chủ nhiệm đề tài) Khảo sát gen TEM, SHV và

CTX-M trên Escherichia coli sinh beta-lactamase phổ rộng phân lập từ

người chăn nuôi gà ở Đồng bằng sông Cửu Long Đề tài nghiên cứu khoa học cấp Trường Đại học Cần Thơ, 2017, mã số T2017-50

CHƯƠNG 1: GIỚI THIỆU 1.1 Tính cấp thiết của luận án

Bệnh E coli là một trong những bệnh nhiễm khuẩn phổ biến ở gà thịt

và gà đẻ nuôi công nghiệp (Raji et al., 2003) Vi khuẩn E coli thường

được tìm thấy trong đường tiêu hóa của gà và được bài thải trong phân

do đó gà có thể bị nhiễm qua phân, nước uống, bụi và môi trường bị ô

nhiễm Sự nhiễm trùng E coli có thể dẫn đến nhiều thể bệnh cục bộ và

hệ thống như là viêm ống dẫn trứng, viêm dịch hoàn, viêm túi noãn hoàng, viêm ruột tiêu chảy, viêm màng não, viêm mắt, viêm khớp,

viêm đường hô hấp Bệnh E coli xảy ra ở gà mọi lứa tuổi, gây bệnh số

và tử số cao dẫn đến thiệt hại kinh tế cho người chăn nuôi (Barnes et

al., 2008) Ngày nay, việc sử dụng kháng sinh thường xuyên trong thức

ăn, nước uống để phòng và trị bệnh cũng như kích thích tăng trưởng

dẫn đến áp lực chọn lọc trên vi khuẩn, làm xuất hiện các chủng E coli

đề kháng với nhiều loại kháng sinh làm cho việc điều trị bệnh bằng kháng sinh có hiệu quả thấp (Linder, 2015) Trong những năm gần đây, các chủng vi khuẩn kháng thuốc ngày càng nhiều và đề kháng kháng sinh là vấn đề được quan tâm nghiên cứu sâu rộng trên thế giới, đặc biệt

vi khuẩn E coli sinh beta-lactamase phổ rộng (E coli sinh ESBL) Bởi

vì vi khuẩn E coli sinh ESBL không chỉ có khả năng bất hoạt hầu hết

kháng sinh nhóm beta-lactam đang dùng phổ biến hiện nay mà còn đề kháng với nhiều nhóm kháng sinh khác được sử dụng phổ biến như aminoglycoside, macrolide, chloramphenicol, tetracycline và fluoroquinolone (Lee, 2006)

Nhiều nghiên cứu về E coli sinh ESBL trên gia súc và trên người đã

được thực hiện ở nhiều nước trên thế giới Một số báo cáo đã công bố

như Blanc et al (2006) tìm thấy tỉ lệ nhiễm E coli sinh ESBL trên gà ở Catalonia, Tây Ban Nha là 59,8% Ở Bỉ, Smet et al (2008) đã xác định

sự hiện diện của E coli sinh ESBL trên gà 5 tuần tuổi khỏe mạnh là 45% Nghiên cứu của Costa et al (2009) trên 76 mẫu phân gà thịt ở cơ

sở giết mổ miền Bắc của Bồ Đào Nha cho thấy sự hiện diện của E coli

sinh ESBL là 38,2% Mamza et al (2010) nghiên cứu trên gà ở Maiduguri, Nigeria cho thấy tỉ lệ nhiễm E coli trên gà khỏe là 4,3% (25/582), trên gà bệnh là 28,7% (64/223), trong đó tỉ lệ nhiễm E coli sinh ESBL trên gà là 11,1% (89/805) Báo cáo của Overdevest et al

(2011) ở Hà Lan năm 2009 cho thấy có 79,8% (68/89) mẫu thịt gà tại

cửa hàng dương tính với vi khuẩn E coli sinh ESBL và 74,2% (23/31) bệnh nhân được điều trị từ 4 bệnh viện dương tính với E coli sinh

ESBL

Ở Việt Nam, một số công trình nghiên cứu về E coli sinh ESBL trên

động vật, sản phẩm chăn nuôi và môi trường đã được công bố: Van Thi

Thu Hao et al (2008) khảo sát sự hiện diện của E coli sinh ESBL trên

30 mẫu thịt gà, 50 mẫu thịt heo được thu thập từ chợ và siêu thị xung quanh thành phố Hồ Chí Minh, 43 mẫu phân của gà trên 1 tháng tuổi,

kết quả cho thấy tỉ lệ nhiễm vi khuẩn E coli sinh ESBL trên thịt gà là 89,5%, trên thịt heo là 75% và trên phân gà là 95% Võ Thành Thìn và

ctv (2011) nghiên cứu gen đề kháng kháng sinh nhóm beta-lactam đối

với các chủng E coli phân lập từ heo con tiêu chảy ở Nam Trung Bộ và Tây Nguyên cho thấy có 115/184 chủng E coli có khả năng sinh ít nhất

một loại beta-lactamase, chiếm tỉ lệ cao nhất là beta-lactamase được mã hóa bởi gen TEM (61,96%) và SHV (0,54%) Kết quả nghiên cứu của

Bùi Thị Ba và ctv (2012) trên E coli phân lập từ trâu bò khỏe mạnh tại một số tỉnh Nam Trung Bộ cho thấy có 64,70% (22/34) chủng E coli

có khả năng sinh ít nhất một loại beta-lactamase, chiếm tỉ lệ cao nhất là beta-lactamase có kiểu gen TEM (64,70%) và SHV (11,76%) Hồ Thị

Kim Hoa và ctv (2013) nghiên cứu trên 45 mẫu chất thải (15 mẫu nước

thải tươi, 15 mẫu nước thải biogas và 15 mẫu phân gà) cho thấy có 82,22% (37/45) mẫu dương tính với gen mã hóa beta-lactamase phổ rộng TEM, 8,89% (4/45) mẫu dương tính với SHV, không phát hiện mẫu nào dương tính với CTX-M

Các kết quả nghiên cứu trên thế giới và ở Việt Nam nêu trên cho thấy

vi khuẩn E coli sinh ESBL không chỉ hiện diện trên gia súc gia cầm mà

còn hiện diện trên nhiều đối tượng khác có liên quan như người chăn nuôi, sản phẩm thịt và các yếu tố môi trường khác Đồng bằng sông Cửu Long có nền chăn nuôi gia cầm khá phát triển, đứng sau các tỉnh miền Đông Nam Bộ, đặc biệt là chăn nuôi gà công nghiệp và gà thả vườn giống địa phương Cũng như các vùng chăn nuôi khác trên cả

nước, vấn đề dịch bệnh trên gà nói chung và bệnh do E coli đặc biệt là

E coli sinh ESBL nói riêng xảy ra trong vùng Đồng bằng sông Cửu

Long là vấn đề quan tâm của các nhà chăn nuôi và các nhà khoa học do chúng hiện diện trên nhiều đối tượng và đề kháng với nhiều nhóm kháng sinh khác nhau Tuy nhiên, thông tin về sự lưu hành của vi khuẩn

E coli sinh ESBL vẫn còn rất hạn chế Vì vậy, để có thêm cơ sở cho

việc phòng trị bệnh do E coli sinh ESBL trên gia cầm; phòng tránh sự

vấy nhiễm từ gia cầm sang các đối tượng khác đặc biệt là người chăn

nuôi, luận án được tiến hành để nghiên cứu về sự lưu hành của E coli

sinh ESBL trên gà và các yếu tố khác có liên quan cũng như thực trạng

đề kháng kháng sinh của E coli sinh ESBL làm cơ sở khoa học ban đầu cho các nghiên cứu tiếp theo giúp cho việc phòng trị bệnh E coli trên

gà có hiệu quả hơn và giảm thiểu sự lan truyền vi khuẩn đề kháng kháng sinh từ chăn nuôi sang con người

1.2 Mục tiêu nghiên cứu

- Xác định sự lưu hành của E coli sinh ESBL trên gà nuôi ở quy mô

trang trại và hộ gia đình, các yếu tố có liên quan như trứng gà, người chăn nuôi gà, thịt gà ở cơ sở giết mổ và các yếu tố môi trường tại khu vực chăn nuôi và cơ sở giết mổ ở một số tỉnh Đồng bằng sông Cửu Long

- Xác định đặc tính đề kháng kháng sinh của E coli sinh ESBL đối với

một số loại kháng sinh được sử dụng phổ biến trên gà

- Đánh giá sự tương đồng di truyền của gen CTX-M và TEM ở E coli

sinh ESBL phân lập từ gà, trứng, người chăn nuôi gà và môi trường chăn nuôi

1.3 Những điểm mới của luận án

- Đã xác định được sự lưu hành của E coli sinh ESBL trên gà ở quy mô

trang trại và hộ gia đình với tỉ lệ cao Các yếu tố có liên quan như trứng

gà, người chăn nuôi gà, thịt gà ở cơ sở giết mổ và các yếu tố môi trường tại khu vực chăn nuôi và cơ sở giết mổ gia cầm được ghi nhận đều có

sự hiện diện của E coli sinh ESBL

- Xác định được vi khuẩn E coli sinh ESBL trên gà còn nhạy cảm cao

với một số loại kháng sinh như aminkacin, fosformycin và colistin

- Đã xác định được sự tương đồng di truyền cao của gen CTX-M và

TEM trên vi khuẩn E coli sinh ESBL phân lập từ gà, trứng, người chăn

nuôi gà và môi trường chăn nuôi

CHƯƠNG 2: PHƯƠNG TIỆN VÀ PHƯƠNG PHÁP

NGHIÊN CỨU 2.1 Nội dung, thời gian và địa điểm nghiên cứu

Đề tài thực hiện ba nội dung nghiên cứu sau

Nội dung 1: Khảo sát sự hiện diện của E coli sinh ESBL trên gà nuôi ở

quy mô trang trại và hộ gia đình, trứng gà, thịt gà ở cơ sở giết mổ, người chăn nuôi gà và một số yếu tố môi trường ở khu vực chăn nuôi

và cơ sở giết mổ

Mục tiêu là xác định tỉ lệ nhiễm E coli sinh ESBL trên từng đối tượng

nghiên cứu để tìm ra sự lưu hành của vi khuẩn trên gà và các đối tượng

có liên quan đến chăn nuôi gà

Nội dung 2: Khảo sát sự đề kháng kháng sinh của E coli sinh ESBL

đối với một số loại kháng sinh bao gồm nhóm beta lactams và các loại đang sử dụng phổ biến cho gà

Mục tiêu là tìm những kháng sinh còn hiệu quả đối với vi khuẩn E coli

sinh ESBL trong số các kháng sinh được sử dụng phổ biến trong chăn

nuôi nhằm phục vụ cho việc phòng trị bệnh E coli có hiệu quả hơn

Nội dung 3: Phân tích trình tự nucleotide của một số gen mã hóa

beta-lactamase phổ rộng và xây dựng cây phả hệ di truyền

Xác định sự hiện diện của các gen CTX-M, TEM mã hóa lactamase phổ rộng, giải trình tự nucleotide của các gen này và xây

beta-dựng cây phả hệ di truyền Mục tiêu tìm xem có sự tương đồng di

truyền của các gen này trên vi khuẩn E coli sinh ESBL phân lập từ gà,

trứng, môi trường chăn nuôi và người chăn nuôi, giúp ngăn ngừa sự lây truyền vi khuẩn đề kháng sinh trong chăn nuôi gà cũng như ngăn ngừa

sự lây truyền vi khuẩn đề kháng sinh từ động vật sang người góp phần bảo vệ sức khỏe cộng đồng

Thời gian nghiên cứu: Từ năm 2014 đến năm 2017

Địa điểm thu thập mẫu: Tại 304 hộ và 104 trang trại chăn nuôi gà, 12

cơ sở giết mổ ở Đồng bằng sông Cửu Long gồm các tỉnh Vĩnh Long, Trà Vinh, Sóc Trăng và Hậu Giang

Địa điểm phân tích mẫu: Phân lập vi khuẩn, khảo sát tính nhạy cảm của

vi khuẩn với kháng sinh được và thực hiện phản ứng PCR tại Trường Đại học Cần Thơ, phân tích trình tự nucleotide của gen tại Công ty Macrogen, Hàn Quốc

2.2 Phương tiện nghiên cứu

Các thiết bị cần thiết bao gồm tủ đông, máy tiệt trùng ướt, máy tiệt trùng khô, tủ ấm, máy lắc, máy quang phổ UV-VIS, hệ thống PCR Môi trường và hóa chất dùng trong nuôi cấy, phân lập và định danh vi

khuẩn E coli Giấy tẩm kháng sinh các loại Các loại hóa chất sử dụng

cho PCR, giải mã gen

2.3 Phương pháp nghiên cứu

2.3.1 Phương pháp thu thập mẫu

Mẫu thí nghiệm được thu thập tại 2 khu vực là khu vực chăn nuôi gà và

cơ sở giết mổ Ở khu vực chăn nuôi, mẫu được thu thập theo hai quy

mô chăn nuôi là chăn nuôi gà ở quy mô hộ gia đình (50-180 con gà/hộ)

và trang trại (6.000-14.000 con gà/trại) Ở hộ gia đình, hình thức chăn nuôi gà thịt và gà đẻ trên nền chuồng Ở trang trại, hình thức chăn nuôi

gà thịt trên nền chuồng và gà đẻ nuôi trên chuồng lồng

Tổng số 408 hộ/trại (304 hộ gia đình và 104 trang trại) được khảo sát

Để phân tích sự tương đồng di truyền của các gen TEM và CTX-M, 80

hộ/trại (60 hộ gia đình và 20 trang trại) được thu thập các loại mẫu trên trứng, gà, người chăn nuôi gà và môi trường chăn nuôi (gồm nước sinh hoạt, nước máng uống, thức ăn máng ăn và không khí chuồng nuôi) Bên cạnh đó, 12 cơ sở giết mổ tập trung được khảo sát trong đó 1 cơ sở dây chuyền giết mổ treo và 11 cơ sở giết mổ trên nền Mỗi tỉnh chọn 3

cơ sở giết mổ với công suất lớn, phân phối thịt gà chủ yếu trong tỉnh Tại cơ sở giết mổ, các mẫu được thu thập gồm gà và môi trường giết

mổ (nước sinh hoạt, nước vặt lông con, nước thải, không khí và mẫu swab sàn pha lóc thịt)

Mẫu được thu thập tại các tỉnh Vĩnh Long (thị xã Bình Minh, các huyện Bình Tân, Mang Thít, Trà Ôn, Tam Bình, Long Hồ), Trà Vinh (thành phố Trà Vinh, các huyện Tiểu Cần, Càng Long, Cầu Kè, Cầu Ngang, Châu Thành), Sóc Trăng (các huyện Kế Sách, Châu Thành, Long Phú, Trần Đề, Ngã Năm, Vĩnh Châu, Long Phú, Mỹ Tú) và Hậu Giang (thành phố Vị Thanh, các huyện Vị Thủy, Châu Thành, Phụng Hiệp, Ngã Bảy)

2.3.1.1 Số lượng mẫu thu thập tại hộ gia đình và trang trại

Mẫu được thu thập theo phương pháp điều tra cắt ngang Số lượng gà thu thập ở mỗi tỉnh được tính theo công thức tính dung lượng mẫu của

Cannon and Reo (1982) trích dẫn của Thrusfield (2005), ước tính tỉ lệ lưu hành E coli sinh ESBL sử dụng phương pháp lấy mẫu ngẫu nhiên

đơn giản: n= Z2

*P*(1- P)/d2Trong đó n: số mẫu cần lấy, P: tỉ lệ lưu hành ước đoán, d: sai số cho phép với tỉ lệ lưu hành ước đoán Với độ tin cậy 95%, P=50% và d=5%,

số lượng gà thu thập tối thiểu ở mỗi tỉnh là 384 con gà

Tổng số gà khỏe và gà có triệu chứng tiêu chảy thu thập ở 4 tỉnh là 2.040 con gà, 5 - 6 con gà được thu thập tại mỗi hộ hoặc trại Đối với

gà có trạng thái khỏe mạnh, mẫu khảo sát là mẫu phân Đối với gà có triệu chứng tiêu chảy, mẫu khảo sát gồm thịt, gan, phổi và phân

Bảng 3.1: Đối tượng mẫu thu thập theo quy mô chăn nuôi

Bảng 3.2: Các loại mẫu và số lượng mẫu thu thập tại hộ gia đình và trang trại

Gà có tiệu chứng tiêu chảy (n= 400 con)

Môi trường chăn nuôi (n=80 hộ/trại)

2.3.1.2 Số lượng mẫu thu thập tại cơ sở giết mổ

Số lượng gà thu thập tại cơ sở giết mổ được thực hiện theo Quy chuẩn

kỹ thuật quốc gia: Kỹ thuật lấy và bảo quản mẫu thịt tươi từ các cơ sở giết mổ và kinh doanh thịt để kiểm tra vi sinh vật (QCVN 01-04:2009/BNNPTNT) Chọn ngẫu nhiên tối thiểu 15 thân thịt cho một lần lấy mẫu/cơ sở Tổng số 180 con gà được thu thập từ 12 cơ sở giết Mỗi con gà thu thập 4 loại mẫu gồm thân thịt, gan, phổi và phân

Bảng 3.4: Các lọai mẫu và số lượng mẫu thu thập tại cơ sở giết mổ

2.3.2 Phương pháp nuôi cấy và phân lập E coli sinh ESBL

Phân lập vi khuẩn E coli sinh ESBL gồm hai thí nghiệm là thí nghiệm

sàng lọc vi khuẩn sinh ESBL và thí nghiệm xác định kiểu hình ESBL

Thí nghiệm sàng lọc vi khuẩn E coli sinh ESBL được thực hiện trên

môi trường MacConkey Agar có bổ sung ceftazidime với liều 2mg/l

(David and Bonomo, 2005) và thí nghiệm xác định kiểu hình ESBL

được thực hiện bằng phương pháp đĩa kết hợp (CLSI, 2014) Thử

nghiệm đặc tính sinh hóa của E coli theo Mac Faddin (2000) Mẫu sau

khi thu thập được nuôi cấy phân lập vi khuẩn trong vòng 24 giờ

2.3.3 Phương pháp khảo sát tính nhạy cảm của E coli sinh ESBL

với kháng sinh

Mỗi mẫu dương tính chọn từ 1 đến 3 vi khuẩn E coli sinh ESBL có

kiểu hình ESBL khác nhau để khảo sát tính nhạy cảm với kháng sinh

Tổng cộng có 1.860 vi khuẩn E coli sinh ESBL phân lập từ 1.265 mẫu phân gà và 120 vi khuẩn E coli sinh ESBL phân lập từ 50 người chăn

nuôi gà được kiểm tra tính nhạy cảm với 14 loại kháng sinh Tính nhạy

cảm kháng sinh của E coli sinh ESBL được kiểm tra bằng phương pháp khuếch tán trên thạch của Kirbry-Bauer et al (1966) theo hướng

dẫn của CLSI (2014)

2.3.4 Phương pháp xác định gen CTX-M, TEM và SHV

Tổng số 631 vi khuẩn E coli sinh ESBL từ 631 mẫu dương tính được

xác định các gen CTX-M, TEM và SHV bằng phương pháp PCR

Mẫu DNA của vi khuẩn E coli sinh ESBL được tách chiết bằng phương pháp sóc nhiệt theo Costa et al (2010) Các cặp mồi được sử dụng trong nghiên cứu theo Rasheed et al (2000), Gniadkowshi et al (1998) và Bonnet et al (2000)

Bảng 3.5: Số vi khuẩn E coli sinh ESBL được khảo sát gen đề kháng

Hộ gia đình và trang trại

10

Bảng 3.6: Trình tự nucleotide của các mồi sử dụng cho phản ứng PCR

Để phân tích sự tương đồng di truyền của các gen TEM, CTX-M trên vi

khuẩn E coli sinh ESBL từ gà, vỏ trứng, người chăn nuôi, môi trường

chăn nuôi trong cùng một hộ/trại và giữa 4 tỉnh, tổng số có 17 mẫu mang gen TEM và 17 mẫu mang gen CTX-M được phân tích trình tự nucleotide theo phương pháp của Sanger (1977)

Kết quả phân tíchtrình tự nucleotide của gen TEM và CTX-M được so

so sánh tương đồng di truyền với các gen TEM và CTX-M mã hóa ESBL trong cơ sở dữ liệu ngân hàng gen thuộc Trung tâm Quốc gia về

Thông tin Công nghệ Sinh học của Mỹ (NCBI: National Center for Biotechnology Information) bằng phương pháp nucleotide Blast Mức

độ tương đồng nucleotide và amino acid giữa các mẫu được phân tích bằng phần mềm BioEdit Phần mềm Mega 6.0 được sử dụng để xây dựng cây phả hệ di truyền bằng phương pháp Maximum-likelihood

2.3.6 Các chỉ tiêu theo dõi

Tỉ lệ lưu hành E coli sinh ESBL trên gà, trứng, người chăn nuôi, môi

trường chăn nuôi và môi trường giết mổ

Tỉ lệ E coli sinh ESBL phân lập từ gà và người chăn nuôi gà nhạy cảm,

trung gian, đề kháng với kháng sinh

Tỉ lệ E coli sinh ESBL phân lập từ gà và người chăn nuôi gà đa kháng

với kháng sinh

Tỉ lệ lưu hành gen TEM, SHV, CTX-M trên E coli sinh ESBL phân lập

từ gà, trứng, người chăn nuôi gà, môi trường chăn nuôi và môi trường giết mổ

Xác định sự tương đồng trình tự nucleotide của các gen TEM, CTX-M

trên E coli sinh ESBL phân lập từ gà, trứng, người chăn nuôi gà và môi

trường chăn nuôi

Cách tính tỉ lệ (%): R= Số mẫu dương tính * 100/ Số mẫu kiểm tra

2.3.7 Phương pháp phân tích thống kê

Sự khác biệt giữa các tỉ lệ được so sánh bằng phương pháp Chi-Square Test trên phần mềm Minitab version 16.0

CHƯƠNG 3: KẾT QUẢ VÀ THẢO LUẬN

3.1 Sự lưu hành của E coli sinh ESBL tại hộ gia đình và trang trại 3.1.1 Sự lưu hành của E coli sinh ESBL trên gà theo tỉnh

Kết quả nghiên cứu cho thấy tỉ lệ lưu hành của E coli sinh ESBL trên

gà ở Đồng bằng sông Cửu Long là 62,01%, tỉ lệ lưu hành E coli sinh

ESBL trên gà ở tỉnh Hậu Giang (44,44%) thấp hơn trên gà ở tỉnh Vĩnh