CHƢƠNG 1 GIỚI THIỆU 1.1 Tính cấp thiết của luận án Bệnh E. coli là một trong những bệnh nhiễm khuẩn phổ biến ở gà thịt và gà đẻ nuôi công nghiệp (Raji et al., 2003). Vi khuẩn E. coli thường được tìm thấy trong đường tiêu hóa của gà và được bài thải trong phân do đó gà có thể bị nhiễm qua phân, nước uống, bụi và môi trường bị ô nhiễm. Sự nhiễm trùng E. coli có thể dẫn đến nhiều thể bệnh cục bộ và hệ thống như là viêm ống dẫn trứng, viêm dịch hoàn, viêm túi noãn hoàng, viêm ruột tiêu chảy, viêm màng não, viêm mắt, viêm khớp, viêm đường hô hấp. Bệnh E. coli xảy ra ở gà mọi lứa tuổi, gây bệnh số và tử số cao dẫn đến thiệt hại kinh tế cho người chăn nuôi (Barnes et al., 2008). Ngày nay, việc sử dụng kháng sinh thường xuyên trong thức ăn, nước uống để phòng và trị bệnh cũng như kích thích tăng trưởng dẫn đến áp lực chọn lọc trên vi khuẩn, làm xuất hiện các chủng E. coli đề kháng với nhiều loại kháng sinh làm cho việc điều trị bệnh bằng kháng sinh có hiệu quả thấp (Linder, 2015). Trong những năm gần đây, các chủng vi khuẩn kháng thuốc ngày càng nhiều và đề kháng kháng sinh là vấn đề được quan tâm nghiên cứu sâu rộng trên thế giới, đặc biệt vi khuẩn E. coli sinh betalactamase phổ rộng (E. coli sinh ESBL). Bởi vì vi khuẩn E. coli sinh ESBL không chỉ có khả năng bất hoạt hầu hết kháng sinh nhóm beta-lactam đang dùng phổ biến hiện nay mà còn đề kháng với nhiều nhóm kháng sinh khác được sử dụng phổ biến như aminoglycoside, macrolide, chloramphenicol, tetracycline và fluoroquinolone (Lee, 2006). Nhiều nghiên cứu về E. coli sinh ESBL trên gia súc và trên người đã được thực hiện ở nhiều nước trên thế giới. Một số báo cáo đã công bố như Blanc et al. (2006) tìm thấy tỉ lệ nhiễm E. coli sinh ESBL trên gà ở Catalonia, Tây Ban Nha là 59,8%. Ở Bỉ, Smet et al. (2008) đã xác định sự hiện diện của E. coli sinh ESBL trên gà 5 tuần tuổi khỏe mạnh là 45%. Nghiên cứu của Costa et al. (2009) trên 76 mẫu phân gà thịt ở cơ sở giết mổ miền Bắc của Bồ Đào Nha cho thấy sự hiện diện của E. coli sinh ESBL là 38,2%. Mamza et al. (2010) nghiên cứu trên gà ở Maiduguri, Nigeria cho thấy tỉ lệ nhiễm E. coli trên gà khỏe là 4,3% (25/582), trên gà bệnh là 28,7% (64/223) trong đó tỉ lệ nhiễm E. coli sinh ESBL trên gà là 11,1% (89/805). Báo cáo của Overdevest et al. (2011) ở Hà Lan năm 2009 cho thấy có 79,8% (68/89) mẫu thịt gà tại cửa hàng dương tính với vi khuẩn E. coli sinh ESBL và 74,2% (23/31) bệnh nhân được điều trị từ 4 bệnh viện dương tính với E. coli sinh ESBL. Ở Việt Nam, một số công trình nghiên cứu về E. coli sinh ESBL trên động vật, sản phẩm chăn nuôi và môi trường đã được công bố: Van Thi Thu Hao et al. (2008) khảo sát sự hiện diện của E. coli sinh ESBL trên 30 mẫu thịt gà, 50 mẫu thịt heo được thu thập từ chợ và siêu thị xung quanh thành phố Hồ Chí Minh, 43 mẫu phân của gà trên 1 tháng tuổi, kết quả cho thấy tỉ lệ nhiễm vi khuẩn E. coli sinh ESBL trên thịt gà là 89,5%, trên thịt heo là 75% và trên phân gà là 95%. Võ Thành Thìn và ctv. (2011) nghiên cứu gen đề kháng kháng sinh nhóm beta-lactam đối với các chủng E. coli phân lập từ heo con tiêu chảy ở Nam Trung Bộ và Tây Nguyên cho thấy có 115/184 chủng E. coli có khả năng sinh ít nhất một loại beta-lactamase, chiếm tỉ lệ cao nhất là betalactamase được mã hóa bởi gen TEM (61,96%) và SHV (0,54%). Kết quả nghiên cứu của Bùi Thị Ba và ctv. (2012) trên E. coli phân lập từ trâu bò khỏe mạnh tại một số tỉnh Nam Trung Bộ cho thấy có 64,70% (22/34) chủng E. coli có khả năng sinh ít nhất một loại beta-lactamase, chiếm tỉ lệ cao nhất là betalactamase có kiểu gen TEM (64,70%) và SHV (11,76%). Hồ Thị Kim Hoa và ctv. (2013) nghiên cứu trên 45 mẫu chất thải (15 mẫu nước thải tươi, 15 mẫu nước thải biogas và 15 mẫu phân gà) cho thấy có 82,22% (37/45) mẫu dương tính với gen mã hóa beta-lactamase phổ rộng TEM, 8,89% (4/45) mẫu dương tính với SHV, không phát hiện mẫu nào dương tính với CTX-M. Các kết quả nghiên cứu trên thế giới và ở Việt Nam nêu trên cho thấy vi khuẩn E. coli sinh ESBL không chỉ hiện diện trên gia súc gia cầm mà còn hiện diện trên nhiều đối tượng khác có liên quan như người chăn nuôi, sản phẩm thịt và các yếu tố môi trường khác. Đồng bằng sông Cửu Long có nền chăn nuôi gia cầm khá phát triển, đứng sau các tỉnh miền Đông Nam Bộ, đặc biệt là chăn nuôi gà công nghiệp và gà thả vườn giống địa phương. Cũng như các vùng chăn nuôi khác trên cả nước, vấn đề dịch bệnh trên gà nói chung và bệnh do E. coli đặc biệt là E. coli sinh ESBL nói riêng xảy ra trong vùng Đồng bằng sông Cửu Long là vấn đề quan tâm của các nhà chăn nuôi và các nhà khoa học do chúng hiện diện trên nhiều đối tượng và đề kháng với nhiều nhóm kháng sinh khác nhau. Tuy nhiên, thông tin về sự lưu hành của vi khuẩn E. coli sinh ESBL vẫn còn rất hạn chế. Vì vậy, để có thêm cơ sở cho việc phòng trị bệnh do E. coli sinh ESBL trên gia cầm; phòng tránh sự vấy nhiễm từ gia cầm sang các đối tượng khác đặc biệt là người chăn nuôi, luận án được tiến hành để nghiên cứu về sự lưu hành của E. coli sinh ESBL trên gà và các yếu tố khác có liên quan cũng như thực trạng đề kháng kháng sinh của E. coli sinh ESBL làm cơ sở khoa học ban đầu cho các nghiên cứu tiếp theo giúp cho việc phòng trị bệnh do E. coli trên gà có hiệu quả hơn và giảm thiểu sự lan truyền vi khuẩn đề kháng kháng sinh từ chăn nuôi sang con người.
BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO TRƢỜNG ĐẠI HỌC CẦN THƠ BÙI THỊ LÊ MINH KHẢO SÁT VI KHUẨN ESCHERICHIA COLI SINH BETA-LACTAMASE PHỔ RỘNG TRÊN GÀ TẠI MỘT SỐ TRẠI CHĂN NUÔI Ở ĐỒNG BẰNG SÔNG CỬU LONG LUẬN ÁN TỐT NGHIỆP TIẾN SĨ CHUYÊN NGÀNH BỆNH LÝ HỌC VÀ CHỮA BỆNH VẬT NUÔI MÃ NGÀNH: 62 64 01 02 2018 LỜI CAM KẾT KẾT QUẢ Tôi xin cam kết luận án hoàn thành dựa kết nghiên cứu với hướng dẫn PGS.TS Lưu Hữu Mãnh Các số liệu kết trình bày luận án trung thực chưa công bố tác giả khác luận án cấp trước Cần Thơ, ngày … tháng … năm 2018 Người hướng dẫn khoa học Tác giả luận án PGS.TS Lưu Hữu Mãnh Bùi Thị Lê Minh vi MỤC LỤC Lời cảm tạ i Tóm tắt tiếng Việt ii Tóm tắt tiếng Anh iv Lời cam kết kết vi Mục lục vii Danh mục bảng x Danh mục hình xii Danh mục viết tắt xiv Chƣơng 1: Giới thiệu 1.1 Tính cấp thiết luận án 1.2 Mục tiêu nghiên cứu 1.3 Những điểm luận án Chƣơng 2: Tổng quan tài liệu Tổng quan vi khuẩn Escherichia coli 2.1.1 Lịch sử phát 2.1.2 Phân loại vi khuẩn Escherichia coli gây bệnh 2.1.3 Đặc điểm hình thái đặc tính ni cấy 2.1.4 Đặc tính sinh hóa 2.1.5 Cấu trúc kháng nguyên 2.1.6 Các yếu tố độc lực 10 2.1.7 Độc tố đường ruột chế sinh bệnh 11 2.1.8 Sức đề kháng 12 2.1.9 Dịch tễ học 13 2.2 Thuốc kháng sinh chế tác động thuốc kháng sinh 16 2.3 Đề kháng kháng sinh phân loại đề kháng 18 2.3.1 Đề kháng giả 18 2.3.2 Đề kháng thật 18 2.4 Cơ chế đề kháng kháng sinh vi khuẩn 20 2.4.1 Tạo men phân hủy thuốc 21 2.4.2 Thay đổi tính thấm tế bào vi khuẩn 22 2.4.3 Biến đổi vị trí gắn kết 23 2.4.4 Bơm đẩy thuốc kháng sinh 24 2.5 Những lợi ích tác động tiêu cực việc sử dụng kháng sinh chăn nuôi 25 vii 2.6 Tổng quan beta-lactamase phổ rộng 27 2.6.1 Lịch sử di truyền beta-lactamase phổ rộng 27 2.6.2 Phân loại beta-lactamase phổ rộng 30 2.6.3 Phương pháp phát vi khuẩn sinh beta-lactamase phổ rộng 32 2.7 Tình hình nghiên cứu E coli sinh ESBL 38 2.7.1 Tình hình nghiên cứu E coli sinh ESBL người 38 2.7.2 Tình hình nghiên cứu E coli sinh ESBL chăn nuôi gà 42 Chƣơng 3: Phƣơng tiện phƣơng pháp nghiên cứu 49 3.1 Nội dung, thời gian địa điểm nghiên cứu 49 3.2 Phương tiện nghiên cứu 50 3.2.1 Thiết bị 50 3.2.2 Hóa chất 50 3.3 Phương pháp nghiên cứu 50 3.3.1 Phương pháp thu thập mẫu 50 3.3.2 Phương pháp nuôi cấy phân lập E coli sinh ESBL 59 3.3.3 Phương pháp khảo sát tính nhạy cảm E coli sinh ESBL với kháng sinh 62 3.3.4 Phương pháp xác định gen CTX-M, TEM SHV 64 3.3.5 Phương pháp phân tích trình tự nucleotide gen TEM, CTX-M xây dựng phả hệ di truyền 66 3.3.6 Các tiêu theo dõi 67 3.3.7 Phương pháp phân tích thống kê 68 Chƣơng 4: Kết thảo luận 69 4.1 Sự lưu hành E coli sinh ESBL hộ gia đình trang trại 69 4.1.1 Sự lưu hành E coli sinh ESBL gà theo tỉnh 69 4.1.2 Sự lưu hành E coli sinh ESBL gà theo quy mô chăn nuôi 71 4.1.3 Sự lưu hành E coli sinh ESBL gà thịt theo lứa tuổi 74 4.1.4 Sự lưu hành E coli sinh ESBL gà tiêu chảy 74 4.1.5 Sự lưu hành E coli sinh ESBL trứng 75 4.1.6 Sự lưu hành E coli sinh ESBL môi trường chăn nuôi 76 4.1.7 Sự lưu hành E coli sinh ESBL người chăn nuôi 78 Sự lưu hành E coli sinh ESBL sở giết mổ 80 4.2.1 Kết phân lập E coli sinh ESBL gà 80 4.2.2 Kết phân lập E coli sinh ESBL môi trường giết mổ 85 4.3 Sự đề kháng kháng sinh E coli sinh ESBL 86 viii 4.3.1 Tính nhạy cảm kháng sinh E coli sinh ESBL phân lập từ gà người chăn ni gà 86 4.3.2 Tính đa kháng thuốc kháng sinh E coli sinh ESBL 92 4.4 Kết xác định gen CTX-M, TEM SHV 101 4.5 Kết phân tích trình tự nucleotide gen TEM, CTX-M xây dựng phả hệ di truyền 107 Chƣơng 5: Kết luận đề xuất 117 5.1 Kết luận 117 5.2 Đề xuất 117 Danh mục công trình cơng bố Tài liệu tham khảo Phụ lục ix DANH SÁCH BẢNG Bảng Tên bảng Trang 2.1 Tóm tắt chế tác động kháng sinh chế đề kháng vi khuẩn 24 2.2 Phân loại beta-lactamase 31 2.3 Thử nghiệm sàng lọc xác định E coli sinh ESBL 33 2.4 Độ nhạy độ đặc hiệu số kháng sinh xác định ESBL 34 3.1 Đối tượng mẫu thu thập theo quy mô chăn nuôi 52 3.2 Các loại mẫu số lượng mẫu thu thập hộ gia đình trang trại 53 3.3 Số lượng gà thu thập theo hướng sản xuất lứa tuổi 54 3.4 Địa điểm công suất giết mổ sở giết mổ gia cầm 55 3.5 Các loại mẫu số lượng mẫu thu thập sở giết mổ 56 3.6 Tiêu chuẩn đường kính vùng kháng khuẩn đánh giá tính nhạy cảm, trung gian đề kháng vi khuẩn kháng sinh 63 3.7 Số vi khuẩn E coli sinh ESBL khảo sát gen đề kháng 64 3.8 Thành phần phản ứng PCR 64 3.9 Trình tự nucleotide mồi sử dụng cho phản ứng PCR 65 3.10 Chu trình nhiệt cho phản ứng PCR 65 3.11 Số mẫu phân tích trình tự nucleotide 66 4.1 Tỉ lệ lưu hành E coli sinh ESBL gà theo tỉnh 69 4.2 Tỉ lệ lưu hành E coli sinh ESBL gà theo quy mô chăn nuôi 71 4.3 Tỉ lệ lưu hành E coli sinh ESBL gà thịt theo lứa tuổi 74 4.4 Tỉ lệ lưu hành E coli sinh ESBL phổi, gan, thịt phân gà tiêu chảy 75 4.5 Tỉ lệ lưu hành E coli sinh ESBL mặt vỏ trứng 76 x Bảng Tên bảng Trang 4.6 Tỉ lệ lưu hành E coli sinh ESBL môi trường chăn nuôi 77 4.7 Tỉ lệ lưu hành E coli sinh ESBL người chăn nuôi gà 78 4.8 Tỉ lệ thân thịt gà dương tính với E coli sinh ESBL 80 4.9 Tỉ lệ loại mẫu dương tính với E coli sinh ESBL 80 4.10 Tỉ lệ nhiễm E coli sinh ESBL môi trường giết mổ 85 4.11 Tỉ lệ E coli sinh ESBL phân lập từ gà đề kháng với kháng sinh 87 4.12 Tỉ lệ E coli sinh ESBL phân lập từ gà nhạy cảm với kháng sinh 88 4.13 Tỉ lệ E coli sinh ESBL phân lập từ người chăn nuôi gà đề kháng với kháng sinh 89 4.14 Tỉ lệ E coli sinh ESBL phân lập từ người chăn nuôi gà nhạy cảm với kháng sinh 90 4.15 Tỉ lệ E coli sinh ESBL phân lập từ gà đa kháng với kháng sinh 92 4.16 Tỉ lệ E coli sinh ESBL phân lập từ người chăn nuôi gà đa kháng với kháng sinh 93 4.17 Các kiểu đề kháng với kháng sinh E coli sinh ESBL phân lập từ người chăn nuôi gà 95 4.18 Số kiểu đề kháng thuốc kháng sinh E coli sinh ESBL phân lập từ gà người chăn nuôi gà 97 4.19 Số kiểu đề kháng với 14 loại kháng sinh E coli sinh ESBL phân lập từ gà người chăn nuôi gà 98 4.20 Sự phân bố gen CTX-M, TEM SHV E coli sinh ESBL phân lập từ loại mẫu 101 4.21 Sự phân bố gen CTX-M, TEM SHV E coli sinh ESBL phân lập từ gà hộ gia đình trang trại 101 4.22 Sự phân bố gen CTX-M, TEM SHV E coli sinh ESBL phân lập từ người chăn nuôi gà 102 4.23 Sự phân bố gen CTX-M, TEM SHV E coli sinh ESBL phân lập từ vỏ trứng môi trường chăn nuôi 102 4.24 Sự phân bố gen CTX-M, TEM SHV E coli sinh ESBL phân lập từ gà môi trường sở giết mổ 102 4.25 Các kiểu diện gen CTX-M, TEM SHV E coli sinh ESBL phân lập từ gà 104 4.26 Các kiểu diện gen CTX-M, TEM SHV E coli sinh ESBL phân lập từ người chăn nuôi gà 104 xi DANH SÁCH HÌNH Hình Tên hình Trang 2.1 Q trình truyền lây E coli cộng đồng 15 2.2 Sự phát triển vi khuẩn đề kháng kháng sinh 26 2.3 Mô hình lây truyền vi khuẩn đề kháng kháng sinh cộng đồng 26 2.4 Chuỗi peptid TEM-1 vị trí thay acid amin 29 2.5 Chuỗi peptid SHV-1 vị trí thay acid amin 30 2.6 Phương pháp đĩa đôi 35 2.7 Phương pháp đĩa kết hợp 35 2.8 Phương pháp E-test ESBL 36 3.1 Trứng gà ổ gà đẻ hộ gia đình 57 3.2 Trứng gà chuồng lồng trang trại 57 3.3 Dụng cụ lấy mẫu 59 3.4 Quy trình phân lập vi khuẩn E coli sinh ESBL 61 4.1 Chăn nuôi gà thịt quy mô trang trại 72 4.2 Chăn nuôi gà đẻ quy mô trang trại 73 4.3 Chăn nuôi gà đẻ quy mô hộ gia đình 73 4.4 Chăn ni gà thịt quy mơ hộ gia đình 73 4.5 Dây chuyền giết mổ treo gà 81 4.6 Gà giết mổ pha lóc thịt trực tiếp sàn 82 4.7 So sánh tỉ lệ đề kháng kháng sinh E coli sinh ESBL phân lập từ gà người chăn nuôi 91 4.8 Sự phân bố đa kháng thuốc kháng sinh gà 94 4.9 Sự phân bố đa kháng thuốc kháng sinh người chăn nuôi 94 4.10 So sánh tính đa kháng kháng sinh E coli sinh ESBL phân lập từ gà người chăn nuôi gà 98 4.11 Kết điện di sản phẩm PCR xác định gen SHV 105 4.12 Kết điện di sản phẩm PCR xác định gen CTX-M 105 4.13 Kết điện di sản phẩm PCR xác định gen TEM 105 4.14 Sự tương đồng trình tự nucleotide gen CTX-M 108 4.15 Hình ảnh alignment trình tự nucleotide gen CTX-M 109 4.16 Sự tương đồng trình tự nucleotide gen TEM 110 xii Hình Tên hình Trang 4.17 Hình ảnh alignment trình tự nucleotide gen TEM 111 4.18 Cây phả hệ di truyền gen CTX-M 113 4.19 Cây phả hệ di truyền gen TEM 114 xiii DANH MỤC TỪ VIẾT TẮT Chữ viết tắt Chữ viết đầy đủ Nghĩa tiếng Việt Ak Amikacin AMC Ampicillin/clavulanic acid APEC Avian pathogenic Escherichia coli BNNPTNT Bộ Nông nghiệp Phát triển nông thôn BPW Buffered peptone water Bt Trimethoprim/sulfamethoxazole CFU Colony forming unit Ci Citrate CLSI The Clinical and Laboratory Standards Institute Co Colistin Cr Cefaclor CRD Chronic respiratory disease Ct Cefotaxime CTX-M Cefotaximases Cu Cefuroxime Cz Ceftazidime DNA Deoxyribonucleic acid Dx Doxycycline E coli Escherichia coli EMB Eosin methylene blue ESBL Extended spectrum betalactamase Fos Fosfomycin Ge Gentamicin I Indole IMViC Indol, methyl red, VogesProskauer, citrate Escherichia coli gây bệnh gia cầm Đơn vị hình thành khuẩn lạc xiv Viện tiêu chuẩn lâm sàng xét nghiệm Bệnh hơ hấp mãn tính Beta-lactamase phổ rộng Thử nghiệm indol, methyl red, Voges-Proskauer, sử dụng citrate Bảng 24: Kết khảo sát tình hình xử lý phân gà chất lót chuồng Hộ gia đình (n=304) Chất thải Trang trại (n=104) Tỉ lệ (%) Số hộ Số trại Tổng (n=408) Tỉ lệ (%) Số hộ trại Tỉ lệ (%) Có xử lý 150 49,34 0 150 36,76 Không xử lý 154 50,66 104 100 258 63,24 Bảng 25: Các hình thức xử lý chất thải hộ gia đình trang trại chăn ni gà Chất thải Có xử lý Hình thức Hộ gia đình (n=304) Trang trại (n=104) Số hộ Số trại Tỉ lệ (%) Bổ sung men Balasa vào chất lót chuồng 92 30,26 0 Phân gà dùng nuôi cá 56 18,42 0 0,66 0 150 49,34 0 7,56 104 100 Đổ phân chất lót chuồng trực tiếp mương, đất vườn 131 43,10 0 Tổng 154 50,66 104 100 Đốt phân chất lót chuồng Tổng Bán phân chất lót chuồng Khơng xử lý Tỉ lệ (%) 23 Bảng 26: Các nguồn nước sử dụng cho chăn nuôi gà Nguồn nước Hộ gia đình (n=304) Trang trại (n=104) Tỉ lệ (%) Số hộ Số trại Tổng (n=408) Tỉ lệ (%) Số hộ trại Tỉ lệ (%) Nước giếng khoan 179 58,88 104 100 283 69,36 Nước máy 58 19,08 0 58 14,22 Nước sông 60 19,74 0 60 14,71 Nước mưa 2,3 0 1,71 186 PHỤ LỤC C: KẾT QUẢ PHÂN TÍCH THỐNG KÊ Kết phân tích thống kê so sánh tỉ lệ lƣu hành E coli sinh ESBL gà theo tỉnh Bảng 4.1: Tỉ lệ lưu hành E coli sinh ESBL gà theo tỉnh Tỉnh Số mẫu khảo sát (con) Số mẫu dương tính (con) Tỉ lệ (%) Vĩnh Long 590 389 65,93a Trà Vinh 550 378 68,73a Sóc Trăng 450 298 66,22a Hậu Giang 450 200 44,44b 2.040 1.265 62,01 Tổng Chi-Square Test: Dƣơng tính Âm tính Expected counts are printed below observed counts Chi-Square contributions are printed below expected counts Dương tính Âm tính Total 389 201 590 365,86 224,14 1,464 2,389 378 172 550 341,05 208,95 4,002 6,533 298 152 450 279,04 170,96 1,288 2,102 200 250 450 279,04 170,96 22,391 36,547 Total 1265 775 2040 Chi-Sq = 76,716 DF = P-Value = 0,000 Chi-Square Test: Dƣơng tính Âm tính Expected counts are printed below observed counts Chi-Square contributions are printed below expected counts Dương tính Âm tính Total 389 201 590 396,96 193,04 0,159 0,328 Total 378 172 550 370,04 179,96 0,171 0,352 767 373 1140 187 Chi-Sq = 1,010 DF = P-Value = 0,315 Chi-Square Test: Dƣơng tính Âm tính Expected counts are printed below observed counts Chi-Square contributions are printed below expected counts Dương tính Âm tính Total 298 152 450 249,00 201,00 9,643 11,945 200 250 450 249,00 201,00 9,643 11,945 Total 498 402 900 Chi-Sq = 43,176 DF = P-Value = 0,000 Chi-Square Test: Dƣơng tính Âm tính Expected counts are printed below observed counts Chi-Square contributions are printed below expected counts Dương tính Âm tính Total 389 201 590 334,14 255,86 9,006 11,761 200 250 450 254,86 195,14 11,807 15,420 Total 589 451 1040 Chi-Sq = 47,994 DF = P-Value = 0,000 Chi-Square Test: Dƣơng tính Âm tính Expected counts are printed below observed counts Chi-Square contributions are printed below expected counts Dương tính Âm tính Total 378 172 550 317,90 232,10 11,362 15,562 200 250 450 260,10 189,90 13,887 19,021 Total 578 422 1000 Chi-Sq = 59,832 DF = P-Value = 0,000 Chi-Square Test: Dƣơng tính Âm tính Expected counts are printed below observed counts Chi-Square contributions are printed below expected counts Dương tính Âm tính Total 389 201 590 389,74 200,26 188 0,001 0,003 298 152 450 297,26 152,74 0,002 0,004 Total 687 353 1040 Chi-Sq = 0,010 DF = P-Value = 0,922 Kết so sánh tỉ lệ lƣu hành E coli sinh ESBL gà theo quy mô chăn nuôi Bảng 4.2: Tỉ lệ lưu hành E coli sinh ESBL gà theo quy mô chăn nuôi Gà thịt Quy mô chăn nuôi SMKS (con) SMDT (con) Hộ gia đình (n=1.484) 858 510 Trang trại (n=556) 338 1.196 Tổng Gà đẻ Tỉ lệ (%) 59,44b 626 364 58,15a 874 58,89b 295 87,29a 218 96 44,04b 391 70,32a 805 59,44 844 460 54,50 1.265 62,01 Dương tính Âm tính Total 510 348 858 577,50 280,50 7,890 16,243 295 43 338 227,50 110,50 20,027 41,233 Total 805 391 1196 Chi-Sq = 85,393 DF = P-Value = 0,000 Chi-Square Test: Dƣơng tính Âm tính Expected counts are printed below observed counts Chi-Square contributions are printed below expected counts Dương tính Âm tính Total 364 262 626 341,18 284,82 1,526 1,828 189 SMDT (con) Tỉ lệ (%) SMDT (con) Expected counts are printed below observed counts Chi-Square contributions are printed below expected counts Tỉ lệ (%) SMKS (con) Chi-Square Test: Dƣơng tính Âm tính Tổng 96 122 218 118,82 99,18 4,381 5,248 Total 460 384 844 Chi-Sq = 12,982 DF = P-Value = 0,000 Chi-Square Test: Dƣơng tính Âm tính Expected counts are printed below observed counts Chi-Square contributions are printed below expected counts Dương tính Âm tính Total 510 348 858 505,32 352,68 0,043 0,062 364 262 626 368,68 257,32 0,059 0,085 Total 874 610 1484 Chi-Sq = 0,250 DF = P-Value = 0,617 Chi-Square Test: Dƣơng tính Âm tính Expected counts are printed below observed counts Chi-Square contributions are printed below expected counts Dương tính Âm tính Total 295 43 338 237,69 100,31 13,816 32,739 96 122 218 153,31 64,69 21,421 50,761 Total 391 165 556 Chi-Sq = 118,737 DF = P-Value = 0,000 Chi-Square Test: Dƣơng tính Âm tính Expected counts are printed below observed counts Chi-Square contributions are printed below expected counts Dương tính Âm tính Total 874 610 1484 920,23 563,77 2,322 3,790 Total 391 165 556 344,77 211,23 6,198 10,116 1265 775 2040 Chi-Sq = 22,426 DF = P-Value = 0,000 190 Kết so sánh tỉ lệ lƣu hành E coli sinh ESBL gà theo lứa tuổi Bảng 4.3: Tỉ lệ lưu hành E coli sinh ESBL gà theo lứa tuổi Tuần tuổi Số mẫu khảo sát (con) Số mẫu dương tính (con) Tỉ lệ (%) ≤1 464 301 64,87 2-4 467 316 67,67 >4 265 188 70,94 1.196 805 67,31 Tổng Chi-Square Test: Dƣơng tính Âm tính Expected counts are printed below observed counts Chi-Square contributions are printed below expected counts Dương tính Âm tính Total 301 163 464 312,31 151,69 0,409 0,843 316 151 467 314,33 152,67 0,009 0,018 188 77 265 178,37 86,63 0,520 1,071 Total 805 391 1196 Chi-Sq = 2,871 DF = P-Value = 0,238 Kết so sánh tỉ lệ lƣu hành E coli sinh ESBL môi trƣờng chăn nuôi Bảng 4.6: Tỉ lệ lưu hành E coli sinh ESBL môi trường chăn nuôi Loại mẫu Nước sinh hoạt Nước máng uống Thức ăn máng ăn Khơng khí Quy mơ chăn ni Số mẫu khảo sát Số mẫu dương tính Tỉ lệ (%) Hộ gia đình 60 5,0 Trang trại 20 5,0 Hộ gia đình 60 27 45,0 Trang trại 20 30,0 Hộ gia đình 60 15 25,0 Trang trại 20 30,0 Hộ gia đình 60 12 20,0b Trang trại 20 11 55,0a 191 Chi-Square Test: Dƣơng tính Âm tính Expected counts are printed below observed counts Chi-Square contributions are printed below expected counts Dương tính Âm tính Total 27 33 60 24,75 35,25 0,205 0,144 14 20 8,25 11,75 0,614 0,431 Total 33 47 80 Chi-Sq = 1,393 DF = P-Value = 0,238 Chi-Square Test: Dƣơng tính Âm tính Expected counts are printed below observed counts Chi-Square contributions are printed below expected counts Dương tính Âm tính Total 15 45 60 15,75 44,25 0,036 0,013 14 20 5,25 14,75 0,107 0,038 Total 21 59 80 Chi-Sq = 0,194 DF = P-Value = 0,660 Chi-Square Test: Dƣơng tính Âm tính Expected counts are printed below observed counts Chi-Square contributions are printed below expected counts Dương tính Âm tính Total 12 48 60 17,25 42,75 1,598 0,645 11 20 5,75 14,25 4,793 1,934 Total 23 57 80 Chi-Sq = 8,970 DF = P-Value = 0,003 192 Kết so sánh tỉ lệ lƣu hành E coli sinh ESBL ngƣời chăn nuôi gà Bảng 4.7: Tỉ lệ lưu hành E coli sinh ESBL người chăn nuôi gà Quy mô chăn nuôi Số mẫu khảo sát (người) Số mẫu dương tính (người) Tỉ lệ (%) Hộ gia đình 60 36 60,0 Trang trại 20 14 70,0 Tổng 80 50 62,5 Chi-Square Test: Dƣơng tính Âm tính Expected counts are printed below observed counts Chi-Square contributions are printed below expected counts Dương tính Âm tính Total 36 24 60 37,50 22,50 0,060 0,100 14 12,50 0,180 Total 20 7,50 0,300 50 30 80 Chi-Sq = 0,640 DF = P-Value = 0,424 Kết so sánh tỉ lệ nhiễm E coli sinh ESBL môi trƣờng giết mổ Bảng 4.10: Tỉ lệ nhiễm E coli sinh ESBL môi trường giết mổ Loại mẫu Số mẫu khảo sát Số mẫu dương tính Tỉ lệ (%) Khơng khí 12 0,00 Nguồn nước 12 0,00 Nước vặt lông 12 8,33b Nước thải 12 16,67b Sàn pha lóc 12 58,33a 193 Chi-Square Test: Dƣơng tính Âm tính Expected counts are printed below observed counts Chi-Square contributions are printed below expected counts Dương tính Âm tính Total 1 11 12 3,33 8,67 1,633 0,628 2 3,33 0,533 10 12 8,67 0,205 3,33 4,033 12 8,67 1,551 Total 10 26 36 Chi-Sq = 8,585 DF = P-Value = 0,014 Chi-Square Test: Dƣơng tính Âm tính Expected counts are printed below observed counts Chi-Square contributions are printed below expected counts Dương tính Âm tính Total 1 11 12 1,50 10,50 0,167 0,024 2 10 12 1,50 10,50 0,167 0,024 Total 21 24 Chi-Sq = 0,381 DF = P-Value = 0,537 Chi-Square Test: Dƣơng tính Âm tính Expected counts are printed below observed counts Chi-Square contributions are printed below expected counts Dương tính Âm tính Total 10 12 4,50 7,50 1,389 0,833 4,50 1,389 Total 12 7,50 0,833 15 24 Chi-Sq = 4,444 DF = P-Value = 0,035 194 Kết so sánh tỉ lệ phân bố gen TEM, CTX-M, SHV E coli sinh ESBL phân lập từ loại mẫu Bảng 4.20: Sự phân bố gen CTX-M, TEM SHV E coli sinh ESBL phân lập từ loại mẫu Số chủng E coli sinh ESBL (n=631) Gen Số chủng dương tính Tỉ lệ dương tính (%) TEM 544 86,21a CTX-M 531 84,15a SHV 345 54,68b 14 2,22c Không phát hiện* Chi-Square Test: Dƣơng tính Âm tính Expected counts are printed below observed counts Chi-Square contributions are printed below expected counts Dương tính Âm tính Total 544 87 631 358,50 272,50 95,984 126,276 531 100 631 358,50 272,50 83,002 109,197 345 286 631 358,50 272,50 0,508 0,669 14 617 631 358,50 272,50 331,047 435,524 Total 1434 1090 2524 Chi-Sq = 1182,207 DF = P-Value = 0,000 Chi-Square Test: Dƣơng tính Âm tính Expected counts are printed below observed counts Chi-Square contributions are printed below expected counts Dương tính Âm tính Total 544 87 631 537,50 93,50 0,079 0,452 Total 531 100 631 537,50 93,50 0,079 0,452 1075 187 1262 Chi-Sq = 1,061 DF = P-Value = 0,303 195 Chi-Square Test: Dƣơng tính Âm tính Expected counts are printed below observed counts Chi-Square contributions are printed below expected counts Dương tính Âm tính Total 544 87 631 444,50 186,50 22,273 53,084 345 286 631 444,50 186,50 22,273 53,084 Total 889 373 1262 Chi-Sq = 150,714 DF = P-Value = 0,000 Chi-Square Test: Dƣơng tính Âm tính Expected counts are printed below observed counts Chi-Square contributions are printed below expected counts Dương tính Âm tính Total 531 100 631 438,00 193,00 19,747 44,813 Total 345 286 631 438,00 193,00 19,747 44,813 876 386 1262 Chi-Sq = 129,120 DF = P-Value = 0,000 Kết so sánh kiểu diện gen TEM, CTX-M, SHV E coli sinh ESBL phân lập từ gà Bảng 4.25: Các kiểu diện gen CTX-M, TEM SHV E coli sinh ESBL phân lập từ gà Số mẫu dương tính (Tỉ lệ %) STT Gen CTX-M TEM SHV CTX-M, SHV CTX-M, TEM TEM, SHV CTX-M, TEM, SHV Vĩnh Long (n=173) 31 (17,92) 13 (7,51) (2,31) (1,73) 65 (37,57) 12 (6,94) 37 (21,38) Trà Vinh (n=61) (9,83) (3,27) (1,64) (11,47) 12 (19,67) 30 (49,18) 196 Sóc Trăng (n=122) (0,82) (4,92) (0,82) 73 (59,83) (0,82) 40 (32,78) Hậu Giang (n=132) (3,03) (5,30) (3,03) (3,03) 20 (15,15) (4,55) 84 (63,63) Tổng (n=488) 42 (8,61b) 22 (4,51cd) 14 (2,86df) (1,84f) 165 (33,81a) 31 (6,35bc) 191 (39,14a) Chi-Square Test: Dƣơng tính Âm tính Expected counts are printed below observed counts Chi-Square contributions are printed below expected counts Dương tính Âm tính Total 42 446 488 67,71 420,29 9,765 1,573 22 466 488 67,71 420,29 30,862 4,972 14 474 488 67,71 420,29 42,609 6,865 479 488 67,71 420,29 50,910 8,202 165 323 488 67,71 420,29 139,771 22,519 31 457 488 67,71 420,29 19,906 3,207 191 297 488 67,71 420,29 224,463 36,164 Total 474 2942 3416 Chi-Sq = 601,791 DF = P-Value = 0,000 Chi-Square Test: Dƣơng tính Âm tính Expected counts are printed below observed counts Chi-Square contributions are printed below expected counts Dương tính Âm tính Total 42 446 488 32,00 456,00 3,125 0,219 22 466 488 32,00 456,00 3,125 0,219 Total 64 912 976 Chi-Sq = 6,689 DF = P-Value = 0,010 Chi-Square Test: Dƣơng tính Âm tính Expected counts are printed below observed counts Chi-Square contributions are printed below expected counts Dương tính Âm tính Total 197 22 466 488 18,00 470,00 0,889 0,034 14 474 488 18,00 470,00 0,889 0,034 Total 36 940 976 Chi-Sq = 1,846 DF = P-Value = 0,174 Chi-Square Test: Dƣơng tính Âm tính Expected counts are printed below observed counts Chi-Square contributions are printed below expected counts Dương tính Âm tính Total 14 474 488 11,50 476,50 0,543 0,013 479 488 11,50 476,50 0,543 0,013 Total 23 953 976 Chi-Sq = 1,113 DF = P-Value = 0,291 Chi-Square Test: Dƣơng tính Âm tính Expected counts are printed below observed counts Chi-Square contributions are printed below expected counts Dương tính Âm tính Total 22 466 488 15,50 472,50 2,726 0,089 479 488 15,50 472,50 2,726 0,089 Total 31 945 976 Chi-Sq = 5,630 DF = P-Value = 0,018 Chi-Square Test: Dƣơng tính Âm tính Expected counts are printed below observed counts Chi-Square contributions are printed below expected counts Dương tính Âm tính Total 22 466 488 26,50 461,50 0,764 0,044 31 457 488 198 26,50 461,50 0,764 0,044 Total 53 923 976 Chi-Sq = 1,616 DF = P-Value = 0,204 Chi-Square Test: Dƣơng tính Âm tính Expected counts are printed below observed counts Chi-Square contributions are printed below expected counts Dương tính Âm tính Total 14 474 488 22,50 465,50 3,211 0,155 31 457 488 22,50 465,50 3,211 0,155 Total 45 931 976 Chi-Sq = 6,733 DF = P-Value = 0,009 Chi-Square Test: Dƣơng tính Âm tính Expected counts are printed below observed counts Chi-Square contributions are printed below expected counts Dương tính Âm tính Total 42 446 488 36,50 451,50 0,829 0,067 31 457 488 36,50 451,50 0,829 0,067 Total 73 903 976 Chi-Sq = 1,792 DF = P-Value = 0,181 Chi-Square Test: Dƣơng tính Âm tính Expected counts are printed below observed counts Chi-Square contributions are printed below expected counts Dương tính Âm tính Total 165 323 488 178,00 310,00 0,949 0,545 Total 191 297 488 178,00 310,00 0,949 0,545 356 620 976 Chi-Sq = 2,989 DF = P-Value = 0,084 199 Kết so sánh kiểu diện gen TEM, CTX-M, SHV E coli sinh ESBL phân lập từ ngƣời chăn nuôi gà Bảng 4.26: Các kiểu diện gen CTX-M, TEM SHV E coli sinh ESBL phân lập từ người chăn nuôi gà Số mẫu dương tính (Tỉ lệ %) STT Gen CTX-M, TEM TEM, SHV TEM, CTX-M, SHV Vĩnh Long (n=5) Trà Vinh (n=4) Sóc Trăng (n=6) Hậu Giang (n=6) Tổng (n=21) (20) (16, 7) (16,7) (14,3b) (50) 0 (9,5b) (80) (50) (83,3) (83,3) 16 (76,2a) Chi-Square Test: Dƣơng tính Âm tính Expected counts are printed below observed counts Chi-Square contributions are printed below expected counts Dương tính Âm tính Total 18 21 7,00 14,00 2,286 1,143 2 19 21 7,00 14,00 3,571 1,786 16 21 7,00 14,00 11,571 5,786 Total 21 42 63 Chi-Sq = 26,143 DF = P-Value = 0,000 Chi-Square Test: Dƣơng tính Âm tính Expected counts are printed below observed counts Chi-Square contributions are printed below expected counts Dương tính Âm tính Total 18 21 9,50 11,50 4,447 3,674 16 21 9,50 11,50 4,447 3,674 Total 19 23 42 Chi-Sq = 16,243 DF = P-Value = 0,000 200 ... E coli sinh ESBL gà nuôi quy mô trang trại, hộ gia đình, yếu tố có liên quan trứng gà, người chăn nuôi gà, thịt gà sở giết mổ yếu tố môi trường khu vực chăn nuôi sở giết mổ số tỉnh Đồng sông Cửu. .. kháng sinh vấn đề quan tâm nghiên cứu sâu rộng giới, đặc biệt vi khuẩn E coli sinh betalactamase phổ rộng (E coli sinh ESBL) Bởi vi khuẩn E coli sinh ESBL khơng có khả bất hoạt hầu hết kháng sinh. .. không truyền từ vi khuẩn sang vi khuẩn khác (Guardabassi and Courvalin, 2006) Ngoài ra, vi khuẩn E coli số vi khuẩn Gram âm sinh beta-lactamase phân hủy kháng sinh beta-lactam, số vi khuẩn có cấu