Tìm hiểu căn nguyên virut gây viêm phổi cấp tại miền bắc việt nam 2007 2009

BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO TRƢỜNG ĐẠI HỌC BÁCH KHOA HÀ NỘI NGÔ HƢƠNG GIANG TÌM HIỂU CĂN NGUYÊN VI RÚT GÂY VIÊM PHỔI CẤP TẠI MIỀN BẮC VIỆT NAM 2007-2009 Chuyên ngành : Công nghệ Sinh học LUẬN VĂN THẠC SĨ KHOA HỌC … (Chuyên ngành: Công nghệ Sinh học) Ngƣời hƣớng dẫn khoa học: TS LÊ THỊ QUỲNH MAI Hà Nội – 2010 LỜI CẢM ƠN Để hoàn thành luận văn này, xin trân trọng cảm ơn: Ban Giám hiệu, Phòng Đào tạo Sau Đại học, khoa Công nghệ Sinh học-Công nghệ Thực phẩm-Trường Đại học Bách khoa Hà Nội Ban Giám đốc, Ban Chủ nhiệm khoa Vi rút, Viện Vệ sinh Dịch tễ Trung ương Đã tạo điều kiện giúp đỡ suốt trình học tập Tôi xin bày tỏ lòng biết ơn sâu sắc tới Thầy hƣớng dẫn khoa học: TS.Lê Thị Quỳnh Mai, Trƣởng khoa Vi rút, Viện Vệ sinh Dịch tễ Trung Ƣơng, tận tình giúp đỡ từ bƣớc vào lĩnh vực vi rút học truyền đạt kinh nghiệm quý báu, tạo điều kiện cho nâng cao mở rộng kiến thức để hoàn thành luận văn Tôi xin trân trọng cảm ơn anh chị em, bạn đồng nghiệp công tác Trung tâm Cúm Quốc Gia - Khoa vi rút nhiệt tình giúp đỡ, ủng hộ suốt trình thực luận văn Nhân dịp xin bày tỏ lòng tri ân tới: Ông bà, Bố Mẹ, – ngƣời có công sinh thành nuôi dƣỡng, dạy dỗ, hết lòng có đƣợc thành hôm Cám ơn anh chị em tôi, toàn thể người thân gia đình tất bạn bè giúp đỡ, động viên suốt thời gian vừa qua Tôi xin gửi lời cám ơn tới Chồng – ngƣời bên động viên, chia sẻ khó khăn hạnh phúc sống hàng ngày Với lòng chân thật biết ơn mãi! Hà Nội,24 tháng 10 năm 2010 Ngô Hƣơng Giang LỜI CAM ĐOAN Tôi xin chịu hoàn toàn trách nhiệm số liệu kết luận văn Tôi xin cam đoan công trình riêng tôi, số liệu, kết nghiên cứu, nhận xét, kết luận luận án thực cách nghiêm túc, khách quan dựa số liệu có thật đƣợc thu thập Trung tâm Cúm quốc gia, Viện Vệ sinh Dịch tễ Trung Ƣơng chƣa đƣợc công bố công trình khác Học viên Ngô Hƣơng Giang CÁC CHỮ VIẾT TẮT ARN Axit Ribonucleic ADN Axit Deoxy Ribonuleic Bp Base pairs CDC Centers for Disease Control and Prevention (Trung tâm Phòng ngừa kiểm soát bệnh, Mỹ) dNTP Deoxiribonucleotide 5‟-triphosphates ELISA Enzyme linked-immusorbent assay (Thử nghiệm hấp phụ miễn dịch gắn enzyme) HI Hemagglutination Inhibition Test (Phản ứng ức chế ngƣng kết hồng cầu) IFA Immunofluorescent Assay (Thử nghiệm miễn dịch huỳnh quang) ILI Inluenza Like Illness (Hội chứng cúm) KN Antigen (Kháng nguyên) KT Antibody (Kháng thể) RSV Respiratory Syncytial Virus (Vi rút hợp bào đƣờng hô hấp) RT-LAMP Reverse transcriptase-Loop-mediated isothermal amplification-RT-LAMP (Phản ứng khuếch đại đẳng nhiệt qua trung gian vòng phiên mã ngƣợc) RT-PCR Reverse Transcriptase-Polymerase Chain Reaction (Phản ứng di truyền phân tử) TCYTTG World Health Organization (Tổ chức Y tế giới) VĐHHC Viêm đƣờng hô hấp cấp WHO World Health Organization (Tổ chức Y tế giới) DANH MỤC BẢNG Bảng 1.1 Các vi rút gây bệnh VĐHHC 12 Bảng 2.1 Số bệnh nhân nghi viêm phổi cấp Miễn Bắc Việt Nam, 2007-2009 36 Bảng 2.2 Hệ thống mồi sử dụng để phát vật liệu di truyền vi rút phƣơng pháp RT- PCR 39 Bảng 2.3 Bảng mô tả trang thiết bị 41 Bảng 2.4 Thành phần cho phản ứng 44 Bảng 2.5 Chu kỳ nhiệt phản ứng RT-PCR 45 Bảng 3.1: Bệnh phẩm VĐHHC phân bố theo tháng 48 Bảng 3.2: Bệnh phẩm VĐHHC phân bố ca bệnh theo giới 49 Bảng 3.3: Bệnh phẩm VĐHHC phân bố theo độ tuổi 50 Bảng 3.4: Tỷ lệ dƣơng tính với nguyên vi rút gây VĐHHC 52 Bảng 3.5: Kết xét nghiệmmẫu bệnh phẩm dƣơng tính phân bố theo họ 53 Bảng 3.6: Tác nhân vi rút gây VĐHHC ( 1/2007 đến 5/2009) 55 Bảng 3.7: Kết xét nghiệm theo tháng 56 Bảng 3.8: Sự cảm nhiễm vi rút cúm theo nhóm tuổi: 57 Bảng 3.9: Sự cảm nhiễm vi rút RSV theo nhóm tuổi: 58 Bảng 3.10: Sự cảm nhiễm vi rút picorna theo nhóm tuổi: 59 Bảng 3.11: Số mẫu dƣơng tính nguyên vi rút A/H5N1 61 Bảng 3.12: Số bệnh phẩm thu thập nhiễm vi rút cúm A/H5N1 theo thời gian 61 DANH MỤC CÁC HÌNH VÀ BIỂU ĐỒ Hình 1.1 Mô hình cấu trúc virion vi rút cúm 13 Hình 1.2 Chu trình nhân lên vi rút cúm 15 Hình 1.3 Mô hình cấu trúc virion vi rút họ Paramyxoviridae 18 Hình 1.4 Cấu trúc virion Picornaviridae 20 Hình 1.5 Sơ đồ sinh tổng hợp protein vi rút polio 21 Hình 2.1 Thu thập mẫu bệnh phẩm dịch họng 37 Hình 2.2 Thu thập mẫu bệnh phẩm dịch mũi 38 Hình 3.1 Kết điện di sản phẩm sàng lọc vi rút cúm A/B 47 Hình 3.2 Kết điện di sản phẩm phân típ vi rút cúm AH3N2, A/H1N1, A/H5N1 47 Hình 3.3 Kết điện di sản xác định vi rút RSV hMPV 47 Biểu đồ 3.1: Biểu đồ số mẫu thu thập theo tháng 49 Biểu đồ 3.2 Tỷ lệ trƣờng hợp VĐHHC theo giới tỉnh Miền Bắc 2007-2009 50 Biểu đồ 3.3: Tỷ lệ trƣờng hợp mắc VĐHHC phân bố theo độ tuổi 51 Biểu đồ 3.4: Số bệnh phẩm dƣơng tính số mẫu thu thập theo năm 52 Biểu đồ 3.5 Tỷ lệ % số bệnh phẩm dƣơng tính với tác nhân vi rút gây VĐHHC 53 Biểu đồ 3.6: Tỷ lệ % họ vi rút gây VĐHHC 54 Biểu đồ 3.7 Tỷ lệ % nguyên vi rút gây VĐHHC 55 Biểu đồ 3.8: Kết xét nghiệm theo tháng 56 Biểu đồ 3.9: Sự cảm nhiễm vi rút cúm theo nhóm tuổi 58 Biểu đồ 3.10: Sự cảm nhiễm vi rút RSV theo nhóm tuổi 59 Biểu đồ 3.11: Sự cảm nhiễm vi rút picorna theo nhóm tuổi 60 Biểu đồ 3.12: Số bệnh phẩm thu thập nhiễm vi rút cúm A/H5N1 theo thời gian 62 MỤC LỤC Trang phụ bìa Lời cam đoan Danh mục ký hiệu, chữ viết tắt Danh mục bảng Danh mục hình biểu đồ Mục lục ĐẶT VẤN ĐỀ 10 CHƢƠNG 1: TỔNG QUAN TÀI LIỆU 12 1.1 CÁC VI RÚT ĐƢỜNG HÔ HẤP 12 1.1.1 Vi rút họ Orthomyxoviridae 12 1.1.2 Vi rút họ Paramyxoviridae 16 1.1.3 Vi rút họ Picornaviridae 19 1.2 SỰ LƢU HÀNH CỦA VI RÚT GÂY BỆNH VIÊM ĐƢỜNG HÔ HẤP CẤP 21 1.2.1 Trên Thế giới 21 1.2.2 Tại Việt Nam 23 1.3 DỊCH TỄ HỌC BỆNH VĐHHC DO VI RÚT 24 1.3.1 Ổ chứa 24 1.3.2 Phƣơng thức thời gian lây truyền 24 1.3.3 Tính cảm nhiễm đáp ứng miễn dịch 25 1.4 SINH BỆNH HỌC 26 1.5 ĐẶC ĐIỂM LÂM SÀNG 27 1.6 DỰ PHÒNG VÀ ĐIỀU TRỊ 27 1.6.1 Dự phòng 27 1.6.2 Điều trị 29 1.7 CHẨN ĐOÁN TRONG PHÒNG THÍ NGHIỆM 30 1.7.1 Phƣơng pháp phát kháng nguyên 30 1.7.3 Phƣơng pháp phát kháng thể 33 CHƢƠNG 2: ĐỐI TƢỢNG VÀ PHƢƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU 36 ĐỐI TƢỢNG NGHIÊN CỨU 36 2.1.1 Định nghĩa ca bệnh 36 2.1.2 Cỡ mẫu, thời gian địa điểm thu thập 36 2.2 VẬT LIỆU 37 2.2.1 Mẫu bệnh phẩm 37 2.2.2 Sinh phẩm 39 2.2.3 Các chủng vi rút mẫu chứng: 40 2.2.4 Trang thiết bị dụng cụ 41 2.3 PHƢƠNG PHÁP 42 2.4 AN TOÀN SINH HỌC 46 CHƢƠNG 3: KẾT QUẢ 47 3.1 KẾT QUẢ ĐIỆN DI SẢN PHẨM RT-PCR 47 3.2 TÌNH HÌNH THU THẬP MẪU BỆNH PHẨM, 2007-2009 48 3.2.1 Sự phân bố bệnh phẩm theo tháng 48 3.2.2 Phân bố ca bệnh theo giới 49 3.2.3 Phân bố theo độ tuổi 50 3.3 XÁC ĐỊNH CĂN NGUYÊN 51 3.3.1 Tỷ lệ nguyên vi rút đƣợc xác định mẫu bệnh phẩm thu thập từ tháng 1/2007 đến 5/2009 52 3.3.2 Kết xét nghiệm phân bố theo họ 53 3.3.3 Kết xác định nguyên vi rút gây VĐHHC 1/2007 đến 5/2009 54 3.3.4 Phân tích lƣu hành tác nhân vi rút theo tháng 56 3.4 SỰ LIÊN QUAN GIỮA TÁC NHÂN LÂY NHIỄM VÀ CÁC LỨA TUỔI 57 3.4.1 Sự cảm nhiễm vi rút cúm theo nhóm tuổi 57 3.4.2 Sự cảm nhiễm vi rút RSV theo nhóm tuổi 58 3.4.3 Sự cảm nhiễm vi rút picorna theo nhóm tuổi 59 3.5 SỰ LƢU HÀNH CỦA VI RÚT CÚM A/H5N1 TẠI MIỀN BẮC VIỆT NAM 60 3.5.1 Sự lƣu hành vi rút cúm A/H5N1 61 3.5.2 Sự liên quan thời gian số bệnh phẩm thu thập nhiễm vi rút cúm A/H5N1 đƣợc xác định 61 3.6 HOÀN THIỆN QUY TRÌNH CHẨN ĐOÁN VĐHHC 62 CHƢƠNG 4: BÀN LUẬN 64 4.1 MỘT SỐ ĐẶC ĐIỂM DỊCH TỄ HỌC HỘI CHỨNG VĐHHC 64 4.1.1 Đặc điểm phân bố theo tháng năm 64 4.1.2 Đặc điểm giới tính 65 4.1.3 Đặc điểm tuổi 65 4.2 CĂN NGUYÊN CÁC VI RÚT GÂY VĐHHC TẠI MIỀN BẮC VIỆT NAM, 2007-2009 66 4.2.1 Căn nguyên vi rút cúm thuộc họ Orthomyxoviridae 67 4.2.2 Căn nguyên vi rút đƣờng hô hấp khác 69 KẾT LUẬN 73 KIẾN NGHỊ 74 TÀI LIỆU THAM KHẢO ĐẶT VẤN ĐỀ Hội chứng viêm đƣờng hô hấp cấp (VĐHHC) nguyên vi rút vi khuẩn chủ yếu hay gặp nƣớc có kiểu hình khí hậu nóng ẩm, mƣa nhiều Một số tác nhân gây nên vụ dịch lẻ tẻ thành đại dịch (dịch cúm, vi rút hợp bào hô hấp – Respiratory Sycytial Virus…) [5, 28, 48] Tác nhân vi rút gây bệnh thƣờng gặp là: vi rút thuộc họ Picornaviridae, Paramyxoviridae (RSV, vi rút cúm…), Orthomyxoviridae (vi rút cúm A, B…) [1, 12, 48] Trong đó, vi rút cúm đƣợc xem nguyên quan trọng gây bệnh VĐHHC [47, 54, 70] Hiện có khoảng 200 loại vi rút có cấu trúc kháng nguyên khác gây bệnh VĐHHC Trên Thế giới, hội chứng VĐHHC xuất quanh năm vùng ôn đới, vào thời gian thời tiết lạnh ẩm Bệnh viêm phổi cấp nguyên vi rút thƣờng mang tính chất “mùa” - thời gian mà số mắc cộng đồng tăng cao, ví dụ: dịch cúm theo mùa, RSV thƣờng tập trung vào mùa đông nƣớc ôn đới thuộc khu vực Bắc bán cầu, cúm (phân típ 2) nguyên nhân gây viêm phổi cấp vào mùa thu đầu đông, cao điểm nhiễm vi rút entero lại vào cuối hè… Viêm phổi vi rút có ảnh hƣởng lớn tới sức khỏe đặc biệt trẻ em ngƣời già nƣớc phát triển Theo báo cáo tổ chức Y tế giới (WHO) có khoảng 4.5 triệu trẻ em dƣới tuổi tử vong hàng năm viêm phổi cấp nguyên vi rút chiếm 40% tổng số Tại Việt Nam, bệnh VĐHHC xảy quanh năm, có tỷ lệ mắc đứng đầu 10 bệnh truyền nhiễm cấp tính [11] Tuy nhiên, chƣa có nhiều nghiên cứu viêm phổi cấp nguyên vi rút nhƣ tác nhân chủ yếu thƣờng gặp Đặc biệt nghiên cứu vi rút học nhiều hạn chế phƣơng pháp chẩn đoán phòng thí nghiệm bệnh VĐHHC chƣa đƣợc phổ biến rộng rãi, lý tiến hành nghiên cứu: 10 nguyên vi rút; vi rút cúm A/H1N1 đƣợc xác định 11 trƣờng hợp (7,24%) vi rút cúm B đƣợc xác định trƣờng hợp (1,97%) (Bảng 3.6 biểu đồ 3.7) Nhƣ vi rút cúm theo mùa chiếm tỷ lệ lớn 40,13% nguyên gây VĐHHC chứng minh tính lây truyền mạnh vi rút cúm mối quan tâm lớn sức khỏe cộng đồng dịch cúm xảy Trong kết vi rút cúm theo mùa A/H3N2 chiếm tỷ lệ lớn 30,92 %, ảnh hƣởng lớn vi rút cúm A/H3N2 bệnh VĐHHC đƣợc nghĩ đến tiến hóa vi rút Vi rút cúm A/H3N2 lƣu hành từ 2000 đến 2009 có lần thay đổi tính kháng nguyên vào năm 2003, 2005, 2007 2008 [16, 39, 71] Trong đó, vi rút cúm A/H1N1 thay đổi đặc tính kháng nguyên lần năm 2009 Nhƣ vậy, vi rút cúm A/H3N2 kháng nguyên thay đổi thoát khỏi ảnh hƣờng miễn dịch có dễ dàng lây nhiễm mạnh cộng đồng, lý số trƣờng hợp nhiễm vi rút cúm A/H3N2 nghiên cứu cao so với nhiễm virút cúm A/H1N1 Vi rút cúm B có dòng kháng nguyên Victoria Yamagata [70, 71] Cả dòng kháng nguyên lƣu hành đồng thời vụ dịch năm, khả gây bệnh mức độ trầm trọng bệnh hạn chế nhiếu so với vi rút cúm A 4.2.1.2 Vi rút cúm gia cầm A/H5N1 Vi rút cúm gia cầm A/H5N1 đƣợc xác định nghiên cứu 17 trƣờng hợp, chiếm tỷ lệ 11,18% (bảng 3.6) tổng số dƣơng tính với tác nhân vi rút 2,77% tổng số bệnh phẩm thu thập (bảng 3.11) Tuy nhiên tăng số lƣợng bệnh phẩm thời điểm xác định nhiễm cúm A/H5N1 (bảng 3.12 biểu đồ 3.12) cho thấy ảnh hƣởng tới sức khỏe cộng đồng Kết nghiên cứu cho thấy thời điểm mắc bệnh tập trung nhiều vào hai thời điểm giao mùa đông xuân (từ tháng 12-tháng năm tiếp theo) mùa xuân hè (từ tháng 5-tháng 7) (Bảng 3.12 biểu đồ 3.12) Tại Miền Bắc, thời gian nhiệt độ thấp (khoảng 12-18oC) độ ẩm tƣơng đối cao, điều kiện thích hợp cho 68 vi rút gia cầm A/H5N1 phát triển So sánh với tình hình dịch cúm gia cầm thời điểm cho thấy tất đỉnh điểm cúm gia cầm giai đoạn trƣớc sau Tết, thời điểm mật độ gia cầm tăng mạnh, khả khuếch tán vi rút đàn gia cầm cao khả lây bệnh cho ngƣời đƣợc ghi nhận [69] Tƣơng tự theo nghiên cứu Li cs, (2004), Miền Bắc Trung Quốc vi rút cúm A/H5N1 lƣu hành cao vào mùa đông (tháng 10-12)[50] 4.2.2 Căn nguyên vi rút đƣờng hô hấp khác Kết nghiên cứu cho thấy vai trò vi rút khác gây viêm đƣờng hô hấp cấp tính: vi rút thuộc họ Picornaviridae chiếm 36,84 % (Bảng 3.5) Tỷ lệ thấp so với nghiên cứu Huỳnh Phƣơng Liên cs (2001) Hà Nội: 51,28% [8] tƣơng đƣơng với tỷ lệ nghiên cứu Nguyễn Lê Khánh Hằng cs (2003-2004) Tây Nguyên 34,2%[4] Trong nghiên cứu chúng tôi, vi rút họ Picornaviridae lƣu hành năm, tập trung nhiều từ tháng 1-4 (Bảng 3.7) nguyên gây VĐHHC chủ yếu năm 2008-2009 (Bảng 3.6) Nghiên cứu sử dụng cặp mồi đề phát vi rút gây bệnh cho ngƣời thuộc họ Picornaviridae bao gồm: vi rút đƣờng ruột (enterovirus), vi rút rhino, vi rút viêm gan A Trong tác nhân vi rút họ Picornaviridae, vi rút rhino đƣợc truyền bệnh thông qua đƣờng hô hấp có biểu lâm sàng tƣơng tự nhƣ vi rút cúm Các vi rút đƣờng ruột (enterovirus) viêm gan A lại lây bệnh chủ yếu qua tiếp xúc, điều kiện vệ sinh kém… Kết nghiên cứu cho thấy tổng số 55 mẫu bệnh phẩm xác định dƣơng tính với vi rút họ Picornaviridae có mẫu đƣợc xác định dƣơng tính với nguyên vi rút rhino Kết cho thấy vi rút đƣờng ruột (enterovirus) viêm gan A nguyên gây VĐHHC Tuy nhiên kết cần đƣợc phân tích sâu để xác định xác vai trò vi rút họ Picornaviridae bệnh VĐHHC Nhóm tuổi nhiễm vi rút Picorna nhiều 0-5: 27,27% (Biểu đồ 3.11) Đây nhóm tuổi nhỏ, chƣa có khả tự chăm sóc vệ sinh, khả nhiễm bệnh cao việc lây nhiễm 69 thông qua tiếp xúc tác nhân vi rút thuộc nhóm Picorna lại đƣợc nhấn mạnh Kết tƣơng tự nhƣ nguyên cứu nguyên gây VĐHHC Tây Nguyên năm 2004 [4] RSV nguyên gây VĐHHC Miền Bắc Việt Nam 2007-2009 chiếm 8,55% (Bảng 3.6) Xấp xỉ tỷ lệ VĐHHC RSV Hà Nội năm 2001 (10,26%)[8] thấp so với kết Tây Nguyên năm 2004: 28,9% [4] Cũng nhƣ vi rút thuộc họ Picornaviridae, tỷ lệ nhiễm RSV gặp chủ yếu nhóm tuổi 0-5 chiếm 16.98% (Bảng 3.8 biểu đồ 3.9), nhóm tuổi cảm nhiễm với vi rút RSV Vi rút hợp bào đƣờng hô hấp (RSV), với vi rút cúm phân típ 1, 2, 3, 4, sởi, quai bị… thuộc họ Paramyxoviridae đƣợc ghi nhận gây bệnh VĐHHC cho trẻ năm đầu đời nguyên gây tử vong cao nhóm tuổi Chính lý vắc xin phòng VĐHHC đƣợc trọng phát triển, vắc xin phòng bệnh sởi đƣợc đƣa vào chƣơng trình tiêm chủng quốc gia Việt Nam công tác toán bệnh sởi đƣợc tiến hành toàn lãnh thổ Các vắc xin phối hợp Sởi – Quai bị- Rubella có mặt nhiều thị trƣờng Việt Nam Với lý nên xác định tác nhân vi rút thuộc họ Paramyxoviridae gây VĐHHC tập trung vào xác định tác nhân vi rút hợp bào đƣờng hô hấp (RSV) vi rút cúm, tác nhân vi rút gây VĐHHC chƣa có vắc xin phòng bệnh Kết nghiên cứu tƣơng tự nghiên cứu Yoshida LM cs (2007-2008) Miền Trung Việt Nam 23% nhóm tuổi [75] Nghiên cứu Trần Thu Hƣơng (2004-2008) tỷ lệ trẻ em dƣới tuổi nhiễm RSV 31,2%[6] Nghiên cứu Nguyễn Thanh Liêm cs (2004-2006) Viện Nhi Trung Ƣơng, Hà Nội 42% trẻ dƣới tuổi [7] 70 4.3 HOÀN THIỆN QUY TRÌNH CHẨN ĐOÁN NHIỄM VI RÚT ĐƢỜNG HÔ HẤP TRÊN BỆNH PHẨM LÂM SÀNG THU THẬP TẠI ĐƢỜNG HÔ HẤP TRÊN Xác định nguyên vi rút gây VĐHHC có ý nghĩa lớn công tác điều trị bệnh viện, công tác phòng chống dịch, tránh nguy lây nhiễm, hạn chế tác hại bệnh dịch Một quy trình chẩn đoán phòng thí nghiệm phải đáp ứng đƣợc yêu cầu: nhanh, nhạy, xác hiệu Phƣơng pháp RT-PCR thông thƣờng có khả cho kết nhanh vòng -5 giờ, có độ nhạy, độ đặc hiệu cao đƣợc áp dụng phổ biến phòng thí nghiệm vi sinh giới để chẩn đoán tác nhân vi sinh gây bệnh nhiễm trùng cấp Phƣơng pháp đƣợc TCYTTG khuyến cáo sử dụng để chẩn đoán nhiễm sớm vi rút cúm A/H5N1 phòng thí nghiệm Tại Trung tâm Cúm quốc gia, Viện Vệ sinh Dịch tễ Trung Ƣơng, phƣơng pháp phƣơng pháp sàng lọc chƣơng trình giám sát cúm quốc gia từ năm 2006 Tuy nhiên nhƣợc điểm phƣơng pháp giá thành cao, dễ tạp nhiễm Vì áp dụng để xác định số lớn tác nhân gây nhiễm bệnh phẩm quy trình xét nghiệm phải đƣợc cân nhắc để giảm thiểu đƣợc nhƣợc điểm phƣơng pháp mà mang lại hiệu cao Từ kết thu đƣợc nghiên cứu, đƣa quy trình chẩn đoán với bệnh phẩm VĐHHC phƣơng pháp RT-PCR thông thƣờng nhằm đáp ứng với yêu cầu: trả lời kết nhanh, xác, tiết kiệm sinh phẩm, hạn chế tạp nhiễm … Vì vi rút cúm nguyên chủ yếu dẫn tới VĐHHC (51,32%) nên bệnh phẩm sau thu thập đƣợc sàng lọc với cặp mồi vi rút cúm đặc hiệu A B Nếu dƣơng tính với cúm A tiếp tục phân típ với vi rút cúm A/H3N2, A/H1N1 A/H5N1 Các bệnh phẩm âm tính với cúm A cúm B đƣợc làm với tác nhân khác Theo nhƣ nghiên cứu vi rút Picorna nguyên gây VĐHHC đứng thứ sau cúm: chiếm 36,18%, nên định sàng lọc tiếp tục với cặp mồi đặc hiệu phát vi rút picorna Các bệnh phẩm âm tính với Picorna từ 0- 71 tuổi đƣợc chạy tiếp với RSV Vì lứa tuổi mắc RSV nhiều (8,55%) Cuối cùng, tất bệnh phẩm lại đƣợc chạy với tác nhân lại: hMPV, cúm phân típ 1,2,3,4… Hiện quy trình đƣợc thử nghiệm Trung tâm cúm quốc gia, Viện Vệ sinh dịch tễ từ năm 2007 đến Bƣớc đầu đem lại đƣợc hiệu định Tuy nhiên, thời gian nghiên cứu số lƣợng mẫu bệnh phẩm nhiều hạn chế cộng thêm diễn biến VĐHHC vi rút phức tạp, chƣa có quy luật nên cần tiếp tục nghiên cứu sâu để hoàn thiện đƣợc quy trình chẩn đoán 72 KẾT LUẬN Qua nghiên cứu 613 mẫu bệnh phẩm đƣợc chẩn đoán viêm phổi cấp nghi nhiễm vi rút số tỉnh Miền Bắc, Việt Nam, từ tháng năm 2007 đến tháng năm 2009, Chúng rút số kết luận nhƣ sau: Có tác nhân vi rút gây VĐHHC đƣợc xác định: vi rút cúm (A/H1N1, A/H3N2, A/H5N1, B); hMPV, RSV, cúm típ 3, Rhino vi rút họ Picorna Tháng 1,2 tháng 5,6 thời điểm tập trung số bệnh nhân mắc hội chứng VĐHHC nhiều năm Tỷ lệ nam nhiều nữ: 1,6/1 Nhóm tuổi gặp nhiều nhóm tuổi lao động 26-65 (54%) Tỷ lệ phát viêm phổi cấp vi rút chiếm 24,8% Vi rút cúm theo mùa nguyên chủ yếu gây viêm phổi cấp Miền Bắc Việt Nam, 2007-2009 Trong vi rút cúm A/H3N2 nguyên nhân chiếm tỷ lệ 30,92% Vi rút cúm A/H5N1 (chiếm 11,18%) nguyên nhân gây VĐHHC Sự xuất trƣờng hợp nhiễm vi rút cúm A/H5N1 có ảnh hƣởng lớn đến tăng số lƣợng bệnh phẩm VĐHHC thời điểm Vi rút thuộc họ Picorna tác nhân quan trọng chiếm tỷ lệ 36,18% tổng số tác nhân gây VĐHHC Nhóm tuổi 0-5 tuổi chiếm tỷ lệ cao 27,27% Quy trình chẩn đoán sớm tác nhân vi rút gây VĐHHC phƣơng pháp RT-PCR thông thƣờng theo thứ tự ƣu tiên sau: - Các tác nhân vi rút cúm theo nhóm (A; B) - Phân típ vi rút cúm A bệnh phẩm dƣơng tính (A/H1N1; A/H3N2; A/H5N1) - Các tác nhân vi rút họ Picorna bệnh phẩm âm tính - RSV bệnh phẩm bệnh nhân nhóm tuổi từ 0-5 tuổi - Các tác nhân lại (hMPV; cúm phân típ 3; Rhino) 73 KIẾN NGHỊ Phân lập mẫu bệnh phẩm dƣơng tính để phát triển nghiên cứu sâu vi rút học, dịch tễ học, miễn dịch học Tiếp tục tìm hiểu nguyên vi rút gây VĐHHC Miền Bắc Việt Nam năm tới 74 TÀI LIỆU THAM KHẢO Bộ Y tế (2003) Dịch tễ, lâm sàng, điều trị phòng chống bệnh viêm đƣờng hô hấp cấp (SARS), Nhà xuất Y học, Hà Nội Bộ Y tế, Viện Vệ sinh dịch tễ Trung ƣơng (2009) Báo cáo kết hoạt động giám sát cúm tháng đầu năm 2009 Dự án "Xây dựng hệ thống giám sát cúm Việt Nam", Nhà xuất Y học, Hà Nội Bộ Y tế (2004), Niên giám thống kê bệnh truyền nhiễm năm 2003, Nhà xuất Y học, Hà Nội Nguyễn Lê Khánh Hằng, Huỳnh Phƣơng Liên, Nghiêm Kim Hà, Lê Quỳnh Mai, Võ Thị Hƣờng, Đặng Tuấn Đạt (2005) "Căn nguyên vi rút gây viêm đƣờng hô hấp cấp Tây Nguyên, 2003-2004," Tạp chí Y học dự phòng, Tập XV, số (76): 17-21 Nguyễn Lê Khánh Hằng (2010) Nghiên cứu nguyên vụ dịch cúm ngƣời đầu năm 2000 miền Bắc, Việt Nam, Luận án Tiến sĩ sinh học, Đại Học Quốc Gia Hà Nội Trần Thị Thu Hƣơng (2009) Tìm hiểu lƣu hành vi rút hợp bào-RSV bệnh nhân nhi dƣới tuổi với triệu chứng viêm đƣờng hô hấp, Luận văn Thạc sĩ sinh học, Đại học Quốc gia Hà Nội Nguyễn Thanh Liêm (2006) Nghiên cứu đặc điểm lâm sàng, dịch tễ học, phƣơng pháp chẩn đoán sớm, phác đồ điều trị hiệu dự phòng bệnh viêm đƣờng hô hấp cấp vi rút cúm A/H5N1, vi rút cúm A vi rút hợp bào đƣờng hô hấp Việt Nam, Đề tài cấp nhà nƣớc, Bệnh Viện Nhi Trung Ƣơng Huỳnh Phƣơng Liên, Nguyễn Lê Khánh Hằng, nghiêm Kim Hà, Nguyễn Công Đoàn, Hiroshi Suzuki, Saito Reiko (2005) "Nghiên cứu chủng vi rút cúm vi rút gây viêm đƣờng hô hấp cấp Hà Nội 2001", Y học thực hành (505), Số 3/2005: 23-26 Nguyễn Hữu Tâm (2006) Mô tả số đặc điểm dịch tễ học trƣờng hợp mắc bệnh cúm A/H5N1 Miền Bắc Việt Nam, năm 2005, Báo 75 cáo tổng kết khoa học kỹ thuật, Đề tài cấp Viện, Viện Vệ sinh Dịch tễ Trung Ƣơng, Hà Nội 10 Trần Văn Tiến cs (2001) Thống kê bệnh truyền nhiễm tr 40 11 Trƣờng Đại học Y Hà Nội, Bộ môn Vi sinh Vật (2003) Vi sinh Y học, Nhà xuất Y học, Hà Nội tr 297-309 12 PGS TS Phạm Văn Ty (2007) Virut học, Nhà xuất Giáo Dục, Hà Nội tr 205- 256 13 Nguyễn Thu Vân (2006) Nghiên cứu xây dựng quy trình công nghệ sản xuất vắc xin cúm A/H5N1 tế bào thận khỉ tiên phát quy mô phòng thí nghiệm, Đề tài nghiên cứu khoa học công nghệ nhà nƣớc ĐTDDL-2006/02G, Hà Nội 14 Viện Vệ sinh Dịch tễ Trung Ƣơng (2001) Phân tích số liệu bệnh truyền nhiễm Việt Nam 1996-2000, Nhà xuất Bản Đồ, Hà Nội 15 Beckett CG., Kosasih H., Ma'roef C., Listiyaningsih E., Elyazar IR., Wuryadi S., Yowono D., McArdle JL., Corwin AL., Porter KR (2004) "Influenza surveillance in Indonesia: 1999-2003", Clinical Infectious Disease, 39: 443-449 16 Besselaar TG, Botha L, McAnerney JM, Schoub BD (2004) "Antigenic and molecular analysis of influenza A (H3N2) virus strains isolated from a localised influenza ourbreak in South Africa in 2003", J Med Virol., 73: 7178 17 Carr J., Ives J., Kelly L., Lambkin R., Oxford J., Mendel D., Tai L., N, Roberts (2002) "Influenza virus carrying neuraminidase with reduced sensitivity to oseltamivir carboxylate has altered properties in vitro and is compromised for infectivity and replicative ability in vivo", Antiviral Res, 54: pp 79-80 18 Centers for Disease Control and Prevention (April 25-29,2005) Modern Methods for Influenza Detection and Subtyping, Atlanta, Georgia 76 19 Centers for Disease Control and Prevention (August 13-14, 2003) "Laboratory Techniques for Influenza Diagnosis", Surveillance Coordinator's Conference Atlanta, Georgia, US 20 Centers for Disease Control., Prevention., and (2005), Laboratory Techniques for Avian Influenza Diagnosis, Atlanta, Georgia, US 21 Clinton S Robbins, Carla M T Bauer, Neda Vujicic, Gordon J Gaschler, Brian D Lichty, Stämpfli., Earl G Brown and Martin R (2006) "Cigarette Smoke Impacts Immune Inflammatory Responses to Influenza in Mice ", American Journal of Respiratory and Critical Care Medicine, 174: 1342-1351 22 Echevarria JE, et al (1998) J Clin Microbiol, 36: 1388-1391 23 Ellis JS, Smith JW, Braham S, Lock M, Barlow K, MC, Zambon (2007) "Deign and validation of an H5 Taqman real-time one-step reverse transcription-PCR and confirmatory assays for diagnosis and verification of influenza A virus H5 infections in human," J Clin Microbiol, 45(1535-1543) 24 Enders Ko Ng, Preter KC Cheng, Antia YY Ng, Hoang, TL, Lim, and William WL (2005) "Influenza A H5N1 detection", Emer Inf Dis, 11: 13031305 25 Fabrice Carrat, Juliette Deshayes, Isabelle Goderel, Gregory Pannetier, Valleron., Céline Lazarovici and Alain-Jacques (June 2004) "Factors associated with intensity of symptoms in patients seeking medical advice for flu", International Congress Series, 1263: 308-311 26 Fay H Johnston, Anne M Kavanagh, Scott, David M J S Bowman and Randall K (2002) "Exposure to bushfire smoke and asthma: an ecological study", The Medical journal of Australia, 176(11): 535-538 27 Gibson UEM, Heid CA., Williams PM.(1996) "A novel method for real time quantitative RT-PCR", Genome Res, 6: 995-1001 28 Glezen, W P (1977) "Pathogenesis of bronchiolitis: epidemiologic considerations", Pediatr Res 11: 239 - 243 77 29 Glezen, W P., F W Denny (1973) "Epidemiology of acute lower respiratory disease in children", N Engl J Med, 288: 498 - 505 30 Guy Boivin MD.(2002) Update on human metapneumoniavirus, Laval University, Quebec City, Canada 31 Hampson AW (1999) "Epidemiological data on Influenza in Asian countries", Vaccine, 17(19-23) 32 Harmon MW., PA Rota, HH Walls, and AP Kendal (1988) "Antibody response in humans to influenza virus type B host cell-dirived variant after vaccination with standard (egg-devired) vaccine or natural infection", J Clin Microbiol, 26: 333-337 33 Herlocher ML., Carr J., Ives J., Elias S., Truscon R., Roberts NA., Monto AS (2002) "Influenza virus carring an R292K mutation in the neuraminidase gene is not transmitted in ferrets", Antivial Res, 54(p.99-111) 34 Herlocher ML., Truscon R., Elias S., Yen HL., Roberts NA., Ohmit SE., Monto AS (2004) "Influenza viruses resistant to the antiviral drug oseltamivir: transmission sudies in ferrets", J Infect Dis, 190: pp.1627-1630 35 Hien T Nguyen, Nila J Dharanb, Mai T.Q Le, Nguyen B Nguyen, Chung T Nguyen, Dong V Hoang, Huu N Tran, Chien T Bui, Dat T Dang, Dinh N Pham, Hoa T Nguyen, Tu V Phan, David T Dennis, Timothy M Uyeki, Joshua Mottb, Nguyen Yen T (2010) "National influenza surveillance in Vietnam, 2006–2007", Vaccine, 28: 398-402 36 Higuchi R, Fockler C, Dollinger G, R, and Watson (1993) "Kinetic PCR analysis; real time monitoring of DNA amplification reaction", Biotechnology (NY), 11(1026-1030) 37 Hiroshi Kida, Yoshihiro Sakoda (2004) "Fortieth Anniversary United States-Japan cooperative medical science program", p4 38 Hirst GK (1942) "The quantitative determination of influenza virus and antibodies by means of red cell agglutination", J.Exp.Med., 75: 47-64 78 39 Holmes EC, E Ghedin, N Miller, J Taylor, Y Bao, KS George, BT Grenfell, SL Saizberg, CM Fraster, DJ Lipman and JK Taubenberger (2005) " Wholegenome analysis of human influenza A virus reveals multiple persistent lineages and reassortment among recent H3N2 viruses", PLoS Biol, 3: 1579-1588 40 http://www.expasy.ch/viralzone/all_by_protein/33.html 41 Hui-Ling Yen, Louise M.Herlocher, Erich Hoffmann, Mikhail N., Matrosovich, Arnold S.Monto, Roberts G.Webster, and Elena A.Govorkova (2005) "Neuraminidase Inhibitor-Resistant Influenza Viruses May Differ Substantially inFitness and Transmissibility", Antimicrob Agents Chemother, 49 (10): 4075-4084 42 Ito., Couceiro JNSS., Kelm S., Baum LG., Krauss S., Castrucci MR., Donatelli I., Kida H., Paulson JC., Webster RG., and Kawaoka Y (1998) "Molecular basc of the genratin in pigs of influenza A viruses with pandemic potential", J Virol, 72: 7367-7373 43 Ives J., Carr J., Mende DB., Tai CY., Lambkin R., Kelly L., JS., Oxford, Hayden FG., Roberts NA (2002) "The H274Y mutation in the influenza A/H1N1 neuraminidase active site following oseltamiver phosphate treatment leave virus severely compromised both in vitro and in vivo", Antivial Res, 55: 307 44 Jeremy D Kark, M.D., Ph.D., , Moshe Lebiush, M.D., and Lotte Rannon, M.D (October 21, 1982) "Cigarette Smoking as a Risk Factor for Epidemic A(H1N1) Influenza in Young Men," N Engl J Med 307: 10421046 45 Jeremy D.Kark, Moshe lebiush (1981) "Smoking and epidemic influenzalike Illness in female military recruits: a brief survey," AM J Public health, 71: 530-532 46 John Ridley Pattison, Richard J Whitley (2002) Clinical Virology Second Edition John Wiley and Sons 90-101 47 Kim, H W., J O Arrobio, C D Brandt (1973) "Epidemiology of respiratory syncytial virus infection in Washington, D.C I Importance of the 79 virus in different respiratory disease syndromes and temporal distribution of infection" Am J Epidemiol, 98: 216 - 225 48 Knipe, David M, Howley, Peter M (2007) Fields Virology, 5th Edition,Lippincott Williams and Wilkins, II(II), Specific Virus Families, 48 49 Leslie collier, John Oxford (1993) Human virology: A text for students of medicine dentistry and microbiology, Oxford University Press: 107-137 50 Li KS, Y Guan, J Wang, GJD Smith, KM Xu, L Duan, AP Rahardjo, P Puthavathana, Buranathai C, Nguyen TD, Estoepangestie ATS, Chaisingh A, Auewarakul P, Long HT, Hanh NTH, Webby RJ, Poon LLM, Chen H, Shortridge KF, Yuen KY, Webster RG and Peiris JSM (2004) "Genesis of a highly pathogenic and potentially pandemic H5N1 influenza virus in eastern Asia", Nature, 430: 209-213 51 Masahiro Ito, Masahiro Wantanabe, Naoko Nakagawa, Toshiaki Ihara, Okuno, Yoshinobu (2006) "Rapid detection and typing of influenza A and B by Loop-mediated isothermal amplification; comparision with immunochromatography and virus isolation", Journal of Virological Methods, 135 (2): 272-275 52 Modified from Halonen P, et al (1995) J Clin Microbiol 33: 648-653 53 Murphy BR., El Tierney, BA Barbour, RH Yolken, DW Alling, HP Holley, Chanok, RE mayner and RM (1980) "Use of enzyme-linked immunosorbent assay to detect serum antibody responses of volunteers who received attenuated influenza A virus vaccines", Infect Immu, 29: 342-347 54 N J Cox., K Subbarao (2000) “Global epidemiology of Influenza, Past and Present”, Annu Rev Med, 51: 407-21 55 Nagamine K, T Hase, Notomi, and T (2002) "Accelerated reaction by loop mediated isothermal amplification using loop primers", Mol Cell, Probes 16: 223-229 56 Niigata Prefectural Institute of Health and Environmental Sciences (2005) "Manual on Investigation of Virus, Virology Section", Ver 2.1 80 57 Noble GR (1982) Epidemiological and clinical aspects of influenza, In basic and Applied Influenza Research, ed AS Beare: 11-50 58 Notomi T, H Okayama, H Masubuchi, T Yonekawa, K Wantanabe, N Amino, Hase, and T (2002) "Loop-mediated isothermal amplification on DNA", Nucleic Acid Res, 28: 63 59 Paul Digard (update April 8, 2009) Orthomyxovirus, Avaiable from: http://www.microbiologybytes.com/virology/Orthomyxoviruses.html 60 Piechulek H., Al-sabbir A et al (2003) "Diarrhea and ARI in rural areas of Bangladesh", Southeast Asian J.Trop.Med.Public Health, 34(2): 337-342 61 Reid AH., Fanning TG., Hultin JV et al (1999) "Origin and evolution of the 1919 “Spanish” influenza virus hemagglutinin gene", Proc Natl Acad Sci USA, 96: 1651-56 62 Selwyn B.J (1990) "The epidemiology of acute respiratory tract infections young children: comparison of finding from several developing countries", Rev.Infect.Dis, 8: 870-888 63 Simmerman JM., Thawatsupha P., Kingnate D., Fukuda K., Chaising A., Dowell SF (2004) "Influenza in Thailand: a case study for middle income countries", Vaccine, 23: 182-187 64 Steinhauer DA (1999) "Role of hemagglutinin cleavage for the pathogenicity of influenza virus", Virology, 258: p1-20 65 Stuart-Harris CH., Schild GC., JS, Oxford (1985) Influenza The virus and the Disease, Vitoria, Can.: Edward Arnold, 2nd ed.:118-38 66 Taubenberger JK Reid AH., Krafft AE et al (1997) “Initial genetic characterization of the 1918 “Spanish” influenza virus” Science, 275: 179396 67 Thai H.T.C, MQ., Le, Vuong CD, Parida M, Minekawa H, Notomi T., Hasebe F., and Kouichi Morita et al (2004) "Development and Evaluation of a novel Loop-mediated isothermal amplification method of rapid detection 81 of severe acute respiratory syndrome coronavirus", Journal of the Clinical Microbiology, 42: 1956-1961 68 Thomas Rowe, Robert A Abernathy, Jean Hu-Primer, William W Thompson, Xiuhua Lu, Wilina Lim, Keiji Fukuda, Katz, Nancy J Cox and JM (1999) "Detection of antibody to avian influenza A/H5N1 virus in human serum by using a combination of serologic assays", J Clin Microbiol, 37 (4): 937-943 69 Tung Nguyen (2009) "Evolution of H5N1 viruses in Vietnam and vaccine efficacy against virus changes", Report, Hanoi 70 World Health Organization (1998) "Acute respiratory infections: a forgotten pandemic", Bull World Health Organization, 76: 101-103 71 World Health Organization (2003) "Influenza in the world", Weekly Epidemiological Rec., 78: 393-396 72 Y.Numazaki, Oshitani, H (1993) Laboratory manual of a microplate method for virus isolation 73 Yang L, Wong CM, Lau EH, Chan KP, Ou CQ, Peiris JS (2008) "Synchrony of clinical and laboratory surveillance for influenza in Hong Kong", PLoSONE 3(1): e1399 74 Yang P., Duan W., Lv M., Shi W., Peng X., Wang X., Lu Y., Liang H., Seale H., Pang X., Wang Q (10/2009) "Review of an influenza surveillance system, Beijing, People's Republic of China", Emerg.Infect.Dis, 15: 1603-1608 75 Yoshida LM., Suzuki M., Yamamoto T., Nguyen HA., Nguyen CD., Nguyen AT., Oishi K., Vu TD., Le TH., Le MQ., Yanai H., Kilgore PE., Dang DA., K, Ariyoshi (2010) "Viral pathogens associated with acute respiratory infections in central Vietnamese children", Pediatr Infect Dis J 2010 Jan, 29(1): 75-77 76 Yuanji G (2002) "Influenza activity in China: 1998-1999", Vaccine, 20(28-55) 82 ... cứu: 10 Tìm hiểu nguyên vi rút gây viêm phổi cấp Miền Bắc Việt Nam, 200 7- 2009 Với mục tiêu: Xác định tác nhân vi rút gây viêm phổi cấp lƣu hành Miền Bắc Việt Nam, 200 7- 2009 phƣơng pháp RT-PCR Hoàn... tuổi 65 4.2 CĂN NGUYÊN CÁC VI RÚT GÂY VĐHHC TẠI MIỀN BẮC VIỆT NAM, 200 7- 2009 66 4.2.1 Căn nguyên vi rút cúm thuộc họ Orthomyxoviridae 67 4.2.2 Căn nguyên vi rút đƣờng... năm viêm phổi cấp nguyên vi rút chiếm 40% tổng số Tại Việt Nam, bệnh VĐHHC xảy quanh năm, có tỷ lệ mắc đứng đầu 10 bệnh truyền nhiễm cấp tính [11] Tuy nhiên, chƣa có nhiều nghiên cứu viêm phổi cấp