Nghiên cứu đặc điểm sinh học phân tử gen kháng cephalosporin của vi khuẩn e coli sản sinh men betalactamase phân lập từ người chăn nuôi và lợn tại thái bình và sóc sơn

VIỆN SINH THÁI VÀ TÀI NGUYÊN SINH VẬT TRẦN XUÂN BÁCH Nghiên cứu đặc điểm sinh học phân tử gen kháng Cephalosporin vi khuẩn E coli sản sinh men Betalactamase phân lập từ người chăn nuôi lợn Thái Bình Sóc Sơn 2016 Luận văn thạc sĩ sinh học Trần Xuân Bách LỜI CẢM ƠN Trước tiên xin bày tỏ lòng cảm ơn chân thành đến TS Đặng Thị Thanh Sơn tận tình, hướng dẫn tạo điều kiện thuận lợi giúp đỡ suốt trình hoàn thành khóa luận Tôi xin chân thành cảm ơn đến Ban lãnh đạo Viện Công nghệ sinh học – Viện Hàn lâm khoa học công nghệ Việt Nam, toàn thể cán Phòng Công nghệ tế bào động vật, Trung tâm giám định ADN, Phòng Công nghệ sinh học tái tạo môi trường giúp đỡ tạo điều kiện cho trình học tập, thực nghiên cứu hoàn thiện luận văn Tôi xin chân thành cảm ơn cán Bộ môn Vệ sinh Thú y- Viện Thú y cung cấp mẫu cho nghiên cứu Tôi xin chân thành cảm ơn thầy cô giáo, cán sở đào tạo sau Đại học Viện Sinh thái Tài nguyên Sinh vật tận tâm truyền đạt kiến thức cho suốt khóa học Luận văn phần kết đề tài có mã số 106-YS thuộc Quỹ phát triển khoa học công nghệ quốc gia (NAFOSTED) Tôi xin chân thành cảm ơn hỗ trợ kinh phí từ đề tài Cuối xin chân thành cảm ơn động viên khích lệ gia đình, bạn bè đồng nghiệp suốt thời gian thực khóa luận Hà Nội, ngày tháng năm 2016 Học viên Trần Xuân Bách i Luận văn thạc sĩ sinh học Trần Xuân Bách LỜI CAM ĐOAN Tôi xin cam đoan số liệu kết nghiên cứu luận văn trung thực chưa sử dụng công bố tài liệu Tôi xin cam đoan giúp đỡ cho việc thực luận văn cảm ơn thông tin trích dẫn luận văn rõ nguồn gốc Hà Nội, ngày tháng năm 2016 Học viên Trần Xuân Bách ii Luận văn thạc sĩ sinh học Trần Xuân Bách MỤC LỤC MỞ ĐẦU CHƯƠNG I TỔNG QUAN TÀI LIỆU 1.1.Vi khuẩn Escherichia coli (E coli) 1.1.1 Sức đề kháng vi khuẩn E coli 1.1.2 Đặc tính gây bệnh vi khuẩn E coli 1.1.3 Đặc điểm di truyền vi khuẩn E coli 1.2 Hiện tượng kháng kháng sinh vi khuẩn E coli 1.2.1 Hiểu biết thuốc kháng sinh 1.2.2 Khả kháng kháng sinh vi khuẩn 12 1.2.3 Enzyme beta-lactamase 16 1.3 Một số nghiên tính kháng thuốc vi khuẩn nước 20 1.3.1 Một số nghiên cứu giới 20 1.3.2 Một số nghiên cứu nước 22 CHƯƠNG II: NỘI DUNG, VẬT LIỆU, VÀ PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU 24 2.1 Nội dung nghiên cứu 24 2.2 Vật liệu nghiên cứu 24 2.1.2 Hóa chất sử dụng 25 2.1.3 Thiết bị sử dụng 25 2.1.4 Phần mềm tin sinh học 26 2.2 Phương pháp nghiên cứu 27 2.2.1 Tách chiết ADN tổng số vi khuẩn E coli 27 2.2.2 Nhân đoạn gen kháng kháng sinh E coli phản ứng PCR 28 2.2.3 Phương pháp điện di kiểm tra kết 33 2.2.4 Phương pháp giải trình tự theo phương pháp F Sanger 33 2.2.5 Phương pháp phân tích trình tự nucleotide 34 CHƯƠNG III – KẾT QUẢ VÀ THẢO LUẬN 36 iii Luận văn thạc sĩ sinh học Trần Xuân Bách 3.1 Kết phát gen kháng kháng sinh nhóm cephalosporin chủng E coli kháng cefotaxime phân lập từ Thái Bình Sóc Sơn 36 3.2 Đặc điểm sinh học phân tử số gen kháng kháng sinh 40 3.2.1 Giải trình tự gen kháng kháng sinh thu 40 3.2.2 Đặc điểm sinh học phân tử gen CTX -M 43 3.2.3 Đặc điểm sinh học phân tử gen TEM 49 KẾT LUẬN VÀ KIẾN NGHỊ 52 TÀI LIỆU THAM KHẢO 54 iv Luận văn thạc sĩ sinh học Trần Xuân Bách BẢNG CHỮ VIẾT TẮT E coli Escherichia coli ESBL Extended Spectrum beta-lactamase ADN Deoxyribonucleic acid ARNt ARN de transport NST Nhiễm sắc thể PCR Polymerase Chain Reaction EDTA Ethylenediamine tetraacetic acid UV Ultraviolet Bla Beta-lactamase BLAST Basic Local Alignment Search Tool CDS Coding DNA sequence cs Cộng v Luận văn thạc sĩ sinh học Trần Xuân Bách DANH MỤC CÁC BẢNG Bảng 1.1 Một số kháng sinh thuộc nhóm Cephalosporin 12 Bảng 2.1 Số lượng chủng E coli nghiên cứu………………………………………… 24 Bảng 2.2 Các thiết bị sử dụng cho nghiên cứu 26 Bảng 2.3 Phần mềm sử dụng 27 Bảng 2.4 Các cặp gen mồi để phát gen kháng kháng sinh TEM, SHV and CTX-M (Hasman et al 2005) 32 Bảng 2.5 Chu trình nhiệt phản ứng PCR 32 Bảng 3.1 Tỷ lệ phát gen CTX-M gen TEM chủng E coli kháng cefotaxime………………………………………………………………………37 Bảng 3.2 Nguồn gốc chủng E coli giải trình tự gen kháng kháng sinh 41 Bảng 3.3 Bảng kí hiệu gen CTX-M 43 Bảng 3.4.Vị trí đột biến nucleotit gen CTX-M 44 Bảng 3.5 Vị trí đột biến axit amin 46 Bảng 3.6 Nhóm gen có trình tự nucleotit giống 48 Bảng 3.7 Bảng kí hiệu gen TEM…… ……………………………………… 49 vi Luận văn thạc sĩ sinh học Trần Xuân Bách DANH MỤC CÁC HÌNH Hình 1.1 Hình mô tả vi khuẩn E coli Hình 1.2 Cấu trúc vòng beta-lactam 10 Hình 1.3 Cấu trúc chung cephalosporin 11 Hình 1.4 Sự lan truyền gen kháng thuốc hình thức thông qua R-plasmid (ảnh nguồn internet) 15 Hình 1.5 Đề kháng thu nhận gen nằm Integron .16 Hình 1.6 Vị trí tác động enzyme beta-lactamse 20 Hình 2.1 Vi khuẩn E coli môi trường thạch………………………………25 Hình 2.2 Sơ đồ nguyên lý phản ứng PCR 29 Hình 2.3 Các bước chu kì PCR 31 Hình 2.4 Nguyên lý giải trình tự ADN theo phương pháp Sanger 33 Hình 2.5 Kiểm tra chất lượng tín hiệu dựa liệu trình tự 34 Hình 2.6 Kiểm tra chất lượng giải mã trình tự phương pháp phổ thông 35 Hình 3.1 Kết phát gen TEM số chủng E coli phản ứng PCR…………………………………………………………………………… 36 Hình 3.2 Kết phát gen CTX-M số chủng E coli phản ứng PCR 36 Hình 3.3.Tỉ lệ chủng E coli người mang gen kháng kháng sinh 38 Hình 3.4 Tỉ lệ chủng E coli lợn mang gen kháng kháng sinh 38 Hình 3.5 Kết phát gen SHV số chủng E coli phản ứng PCR 40 Hình 3.6 Hình ảnh trình xử lý trình tự nucleotit gen CTX-M 42 Hình 3.7 So sánh mức độ tương đồng gen CTX-M với gen ngân hàng gen giới .42 Hình 3.8 So sánh trình tự nucleotit gen CTX-M 44 Hình 3.9 So sánh trình tự nucleotit gen TEM 50 vii Luận văn thạc sĩ sinh học Trần Xuân Bách MỞ ĐẦU Việc sử dụng kháng sinh chăn nuôi chưa quản lý chặt chẽ (về liều lượng kháng sinh, cách pha trộn,và dùng kháng sinh theo thói quen) dẫn đến tượng tồn dư kháng sinh thực phẩm sản phẩm từ chăn nuôi gây ảnh hưởng nghiêm trọng đến sức khỏe người [52] Nguy hiểm tạo chủng vi khuẩn có khả kháng kháng sinh Vấn đề vi khuẩn kháng thuốc năm gần trở thành vấn đề toàn cầu ngành chăn nuôi, đặc biệt chăn nuôi lợn phát triển mạnh mẽ Với đặc điểm thời tiết nóng ẩm mưa nhiều nước ta, dịch bệnh đàn lợn nuôi thường xuyên xảy Một biện pháp để phòng trị bệnh xảy chăn nuôi lợn sử dụng thuốc kháng sinh, không riêng Việt Nam mà nhiều nước giới [26] Vi khuẩn kháng kháng sinh vấn đề quan tâm nước giới, đặc biệt nước phát triển Theo Son cs (2011), vi khuẩn kháng lại kháng sinh tiếp tục gây nên tổn thất nặng nề kinh tế chăn nuôi gây nguy hiểm đến tính mạng người bệnh vật nuôi [48] Vi khuẩn gen kháng thuốc vi khuẩn nhanh chóng lan truyền môi trường, kể bệnh viện, cộng đồng chăn nuôi Trong tốc độ đề kháng kháng sinh ngày gia tăng việc nghiên cứu tìm loại kháng sinh để điều trị gặp khó khăn Như chạy đua dành ưu vi khuẩn vươn lên dẫn trước Khoảng cách khả vi khuẩn biến đổi để trở thành chủng kháng kháng sinh khả người kiểm soát vi khuẩn nới rộng Vì vậy, biện pháp làm giảm tốc độ kháng thuốc kịp thời đẫn đến hậu thuốc kháng sinh để điều trị Kháng sinh nhóm beta-lactam biết đến sớm lịch sử kháng sinh có vai trò đặc biệt điều trị nhiễm khuẩn Hiện nhóm beta-lactam có số lượng kháng sinh lớn nhất, chiếm ba phần tư tổng số lượng Luận văn thạc sĩ sinh học Trần Xuân Bách kháng sinh lưu hành Trong năm gần đây, kháng sinh Cephalosporin sử dụng rộng rãi điều trị lâm sàng nói chung điều trị thú y nói riêng Do sử dụng rộng rãi nên tỷ lệ vi khuẩn đề kháng kháng sinh cao, vi khuẩn Gram âm Hiện xuất hện nhiều chủng vi khuẩn Gram âm sinh men beta-lactamase beta-lactamase phổ rộng (ESBL: Extended Spectrum beta-lactamase) đề kháng kháng sinh nhóm beta-lactam, bao gồm kháng sinh phổ rộng Cephalosporin Sinh ESBL nguyên nhân chủ yếu gây gia tăng đề kháng kháng sinh nhóm beta-lactam vi khuẩn Gram âm như: Klebsiella pneumoniae, Pseudomonas aeruginosa đặc biệt Escherichia coli Trên giới có nhiều công trình nghiên cứu phát tương đồng kiểu hình kiểu gen chủng E coli sản sinh enzyme beta-lactamse phân lập từ bệnh phẩm bệnh nhân, sản phẩm chăn nuôi, môi trường Vi khuẩn E coli dễ dàng phát chất thải chăn nuôi (Son et al., 2011) [47] Đây vi khuẩn gây bệnh đường tiêu hóa lợn người Việc quản lý chất thải ngành chăn nuôi chưa thực cách triệt để nên lượng lớn chất thải lợn xả thẳng môi trường Đặc biệt hộ chăn nuôi nhỏ lẻ việc sử dụng đồ bảo hộ, công cụ hỗ trợ việc ngăn chặn vi khuẩn từ vật nuôi sang người trực tiếp chăn nuôi gần chưa có Đây nguy làm cho vi khuẩn, có vi khuẩn kháng kháng sinh có chất thải chăn nuôi lây nhiễm sang người Đây phải nguyên nhân làm tăng khả kháng kháng sinh E coli đàn lợn làm lây nhiễm E coli kháng thuốc cho người chăn nuôi lợn (do thường xuyên tiếp xúc với chất thải chăn nuôi) Để làm sáng tỏ tượng lây truyền gen kháng thuốc vi khuẩn E coli từ vật nuôi sang người, thực đề tài khoa học“Nghiên cứu đặc điểm sinh học phân tử gen kháng Cephalosporin vi khuẩn E coli sản Luận văn thạc sĩ sinh học Trần Xuân Bách 51 Tzelepi, E., Gaikkoupi, P., Sofianou, D., Loukova, V., Kemeroglou, A., Tsakris ,A 2000 Detection of extended spectrum β-lactamases in clinical isolates of Enterobacter Cloacae and Enterobacter aerogenes J Clin Microbiol 38(2), 542546 52.WHO (2002), Use of antimicrobials outside human medicine and resultant antimicrobial resistance in humans, Geneva 60 Luận văn thạc sĩ sinh học Trần Xuân Bách PHỤ LỤC So sánh trình tự nucleotid gen kháng kháng sinh CTX-M với Alignment: C:\BioEdit\Temp\~out.tmp 2CTX 3CTX 4CTX 5CTX 6CTX 7CTX 8CTX 9CTX 10CTX 11CTX 12CTX 13CTX 14CTX 15CTX 16CTX 17CTX 18CTX 19CTX 22CTX 23CTX 24CTX 25CTX 27CTX 28CTX 188CT 189CT 190CT 191CT 192CT 194CT 198CT 199CT 201CT 203CT | | | | | | | | | | | | | | 10 20 30 40 50 60 70 TTAATCAGCC TGTCGAGATC AAGCCTGCCG ATCTGGTTAA CTACAATCCG ATTGCCGAAA AACACGTCAA G A T AAAAT.T .C T T G .G G A T AAAAT.T .C T T G .G G A T AAAAT.T .C T T G .G G A T AAAAT.T .C T T G .G C.T .G A T AAAAT.T .C T T G .G .G A T AAAAT.T .C T T G .G .G A T AAAAT.T .C T T G .G -.T C.T - 2CTX 3CTX 4CTX 5CTX 6CTX 7CTX 8CTX 9CTX 10CTX 11CTX 12CTX 13CTX 14CTX 15CTX 16CTX 17CTX 18CTX 19CTX 22CTX 23CTX 24CTX 25CTX 27CTX 28CTX | | | | | | | | | | | | | | 80 90 100 110 120 130 140 CGGCACAATG ACGCTGGCAG AACTGAGCGC GGCCGCGTTG CAGTACAGCG ACAATACCGC CATGAACAAA T G G T.A T .G T .C.A .T CGTG G T G T G G T.A T .G T .C.A .T CGTG G T G T G G T.A T .G T .C.A .T CGTG G T G T G G T.A T .G T .C.A .T CGTG G T G T G G T.A T .G T .C.A .T CGTG G T G 61 Luận văn thạc sĩ sinh học T.A T T.A T G T .G T Trần Xuân Bách 188CT 189CT 190CT 191CT 192CT 194CT 198CT 199CT 201CT 203CT T G G T G G .C.A C.A 2CTX 3CTX 4CTX 5CTX 6CTX 7CTX 8CTX 9CTX 10CTX 11CTX 12CTX 13CTX 14CTX 15CTX 16CTX 17CTX 18CTX 19CTX 22CTX 23CTX 24CTX 25CTX 27CTX 28CTX 188CT 189CT 190CT 191CT 192CT 194CT 198CT 199CT 201CT 203CT | | | | | | | | | | | | | | 150 160 170 180 190 200 210 TTGATTGCCC AGCTCGGTGG CCCGGGAGGC GTGACGGCTT TTGCCCGCGC GATCGGCGAT GAGACGTTTC C .T .CG.T C .CTA C C G .C ACA C.G A C A C C .T .CG.T C .CTA C C G .C ACA C.G A C A C C .T .CG.T C .CTA C C G .C ACA C.G A C A C C .T .CG.T C .CTA C C G .C ACA C.G A C A C C .T .CG.T C .CTA C C G .C ACA C.G A C A C C .T .CG.T C .CTA C C G .C ACA C.G A C A C C .T .CG.T C .CTA C C G .C ACA C.G A C A C 2CTX 3CTX 4CTX 5CTX 6CTX 7CTX 8CTX 9CTX 10CTX 11CTX 12CTX 13CTX 14CTX 15CTX 16CTX 17CTX 18CTX 19CTX 22CTX 23CTX 24CTX 25CTX 27CTX | | | | | | | | | | | | | | 220 230 240 250 260 270 280 GTCTGGATCG CACTGAACCT ACGCTGAATA CCGCCATTCC CGGCGACCCG AGAGACACCA CCACGCCGCG C C T C G G T.A C G T C.T T .TT.A T C C T C G G T.A C G T C.T T .TT.A T C C T C G G T.A C G T C.T T .TT.A T C C T C G G T.A C G T C.T T .TT.A T C C T C G G T.A C G T C.T T .TT.A T 62 .T CGTG .T CGTG G T G G T G Luận văn thạc sĩ sinh học T C G G T C G G .T.A C T.A C Trần Xuân Bách 28CTX 188CT 189CT 190CT 191CT 192CT 194CT 198CT 199CT 201CT 203CT C C C C 2CTX 3CTX 4CTX 5CTX 6CTX 7CTX 8CTX 9CTX 10CTX 11CTX 12CTX 13CTX 14CTX 15CTX 16CTX 17CTX 18CTX 19CTX 22CTX 23CTX 24CTX 25CTX 27CTX 28CTX 188CT 189CT 190CT 191CT 192CT 194CT 198CT 199CT 201CT 203CT | | | | | | | | | | | | | | 290 300 310 320 330 340 350 GGCGATGGCG CAGACGTTGC GTCAGCTTAC GCTGGGTCAT GCGCTGGGCG AAACCCAGCG GGCGCAGTTG A A TC GA.T G A.A AT .C.G A C .A A TC GA.T G A.A AT .C.G A C .A A TC GA.T G A.A AT .C.G A C .A A TC GA.T G A.A AT .C.G A C A A TC GA.T G A.A AT .C.G A C A A TC GA.T G A.A AT .C.G A C A A TC GA.T G A.A AT .C.G A C 2CTX 3CTX 4CTX 5CTX 6CTX 7CTX 8CTX 9CTX 10CTX 11CTX 12CTX 13CTX 14CTX 15CTX 16CTX 17CTX 18CTX 19CTX 22CTX 23CTX 24CTX 25CTX | | | | | | | | | | | | | | 360 370 380 390 400 410 420 GTGACGTGGC TCAAAGGCAA TACGACCGGC GCAGCCAGCA TTCGGGCTGG ACTGCCTGCT TCCTGGGTTG .A A G C T .G .A A A G C T .G .A .C CT.A GA.G G AC C CT.A GA.G G AC .A A G C T .G .A .C CT.A GA.G G AC C CT.A GA.G G AC C CT.A GA.G G AC C CT.A GA.G G AC .A A G C T .G .A .C CT.A GA.G G AC C CT.A GA.G G AC C CT.A GA.G G AC C CT.A GA.G G AC C CT.A GA.G G AC C CT.A GA.G G AC C CT.A GA.G G AC C CT.A GA.G G AC C CT.A GA.G G AC C CT.A GA.G G AC C CT.A GA.G G AC 63 G T G T C.T T C.T T .TT.A T .TT.A T Luận văn thạc sĩ sinh học G .G .G C T .C T .C T Trần Xuân Bách 27CTX 28CTX 188CT 189CT 190CT 191CT 192CT 194CT 198CT 199CT 201CT 203CT .A A A A A A G .G .G 2CTX 3CTX 4CTX 5CTX 6CTX 7CTX 8CTX 9CTX 10CTX 11CTX 12CTX 13CTX 14CTX 15CTX 16CTX 17CTX 18CTX 19CTX 22CTX 23CTX 24CTX 25CTX 27CTX 28CTX 188CT 189CT 190CT 191CT 192CT 194CT 198CT 199CT 201CT 203CT | | | | | | | | | | | | | | 430 440 450 460 470 480 490 TGGGGGATAA AACCGGCAGC GGTGGCTATG GCACCACCAA CGATATCGCG GTGATCTGGC CAAAAGATCG T G C.A C T T .GC.G.G T G C.A C T T .GC.G.G T G C.A C T T .GC.G.G T G C C T T .GC.G.G T G C.A C T T .GC.G.G T G C C T T .GC.G.G T G C C T T .GC.G.G T G C.A C T T .GC.G.G T G C.A C T T .GC.G.G T G C C T T .GC.G.G T G C C T T .GC.G.G T G C C T T .GC.G.G T G C C T T .GC.G.G T G C.A C T T .GC.G.G T G C.A C T T .GC.G.G T G C C T T .GC.G.G T G C C T T .GC.G.G T G C C T T .GC.G.G T G C C T T .GC.G.G T G C C T T .GC.G.G T G C C T T .GC.G.G T G C C T T .GC.G.G T G C C T T .GC.G.G T G C C T T .GC.G.G T G C C T T .GC.G.G T G C C T T .GC.G.G 2CTX 3CTX 4CTX 5CTX 6CTX 7CTX 8CTX 9CTX 10CTX 11CTX 12CTX 13CTX 14CTX 15CTX 16CTX 17CTX 18CTX 19CTX 22CTX 23CTX 24CTX | | | | | 500 510 TGCGCCGCTG ATTCTGGTCA CCTACTT .- - T -. .- N T - T - T - T -CTAC.T - T - T - N T - T - T .- T - T - T - T - T - T 64 .A .C C C .A .C .A .C C C C C CT.A GA.G CT.A GA.G CT.A GA.G CT.A GA.G CT.A GA.G CT.A GA.G CT.A GA.G CT.A GA.G CT.A GA.G G AC G AC G AC G AC G AC G AC G AC G AC G AC Luận văn thạc sĩ sinh học 25CTX 27CTX 28CTX 188CT 189CT 190CT 191CT 192CT 194CT 198CT 199CT 201CT 203CT Trần Xuân Bách - T - T - T T .- C 65 Luận văn thạc sĩ sinh học Trần Xuân Bách So sánh trình tự nucleotid gen kháng kháng sinh TEM với Alignment: C:\BioEdit\Temp\~out.tmp 1A_TEM 2A_TEM 3A_TEM 4A_TEM 5A_TEM 6C_TEM 7A_TEM 9A_TEM 10A_TEM 14TEM 15TEM 20TEM 21TEM 22TEM 23TEM 24TEM 25TEM 26TEM 27TEM 28TEM 59A1_TEM 59C1_TEM 85A1_TEM 85C1_TEM | | | | | | | | | | | | | | 10 20 30 40 50 60 70 ATGAGTATTC AACATTTTCG TGTCGCCCTT ATTCCCTTTT TTGCGGCATT TTGCCTTCCT GTTTTTGCTC .C 1A_TEM 2A_TEM 3A_TEM 4A_TEM 5A_TEM 6C_TEM 7A_TEM 9A_TEM 10A_TEM 14TEM 15TEM 20TEM 21TEM 22TEM 23TEM 24TEM 25TEM 26TEM 27TEM 28TEM 59A1_TEM 59C1_TEM 85A1_TEM 85C1_TEM | | | | | | | | | | | | | | 80 90 100 110 120 130 140 ACCCAGAAAC GCTGGTGAAA GTAAAAGATG CTGAAGATCA GTTGGGTGCA CGAGTGGGTT ACATCGAACT 1A_TEM 2A_TEM 3A_TEM 4A_TEM 5A_TEM 6C_TEM | | | | | | | | | | | | | | 150 160 170 180 190 200 210 GGATCTCAAC AGCGGTAAGA TCCTTGAGAG TTTTCGCCCC GAAGAACGTT TTCCAATGAT GAGCACTTTT 66 Luận văn thạc sĩ sinh học Trần Xuân Bách 7A_TEM 9A_TEM 10A_TEM 14TEM 15TEM 20TEM 21TEM 22TEM 23TEM 24TEM 25TEM 26TEM 27TEM 28TEM 59A1_TEM 59C1_TEM 85A1_TEM 85C1_TEM 1A_TEM 2A_TEM 3A_TEM 4A_TEM 5A_TEM 6C_TEM 7A_TEM 9A_TEM 10A_TEM 14TEM 15TEM 20TEM 21TEM 22TEM 23TEM 24TEM 25TEM 26TEM 27TEM 28TEM 59A1_TEM 59C1_TEM 85A1_TEM 85C1_TEM | | | | | | | | | | | | | | 220 230 240 250 260 270 280 AAAGTTCTGC TATGTGGTGC GGTATTATCC CGTGTTGACG CCGGGCAAGA GCAACTCGGT CGCCGCATAC .C 1A_TEM 2A_TEM 3A_TEM 4A_TEM 5A_TEM 6C_TEM 7A_TEM 9A_TEM 10A_TEM 14TEM 15TEM 20TEM 21TEM 22TEM 23TEM 24TEM 25TEM 26TEM 27TEM 28TEM 59A1_TEM 59C1_TEM 85A1_TEM 85C1_TEM | | | | | | | | | | | | | | 290 300 310 320 330 340 350 ACTATTCTCA GAATGACTTG GTTGAGTACT CACCAGTCAC AGAAAAGCAT CTTACGGATG GCATGACAGT 67 Luận văn thạc sĩ sinh học Trần Xuân Bách 1A_TEM 2A_TEM 3A_TEM 4A_TEM 5A_TEM 6C_TEM 7A_TEM 9A_TEM 10A_TEM 14TEM 15TEM 20TEM 21TEM 22TEM 23TEM 24TEM 25TEM 26TEM 27TEM 28TEM 59A1_TEM 59C1_TEM 85A1_TEM 85C1_TEM | | | | | | | | | | | | | | 360 370 380 390 400 410 420 AAGAGAATTA TGCAGTGCTG CCATAACCAT GAGTGATAAC ACTGCTGCCA ACTTACTTCT GACAACGATC G 1A_TEM 2A_TEM 3A_TEM 4A_TEM 5A_TEM 6C_TEM 7A_TEM 9A_TEM 10A_TEM 14TEM 15TEM 20TEM 21TEM 22TEM 23TEM 24TEM 25TEM 26TEM 27TEM 28TEM 59A1_TEM 59C1_TEM 85A1_TEM 85C1_TEM | | | | | | | | | | | | | | 430 440 450 460 470 480 490 GGAGGACCGA AGGAGCTAAC CGCTTTTTTG CACAACATGG GGGATCATGT AACTCGCCTT GATCGTTGGG 1A_TEM 2A_TEM 3A_TEM 4A_TEM 5A_TEM 6C_TEM 7A_TEM 9A_TEM 10A_TEM 14TEM 15TEM 20TEM 21TEM 22TEM 23TEM 24TEM | | | | | | | | | | | | | | 500 510 520 530 540 550 560 AACCGGAGCT GAATGAAGCC ATACCAAACG ACGAGCGTGA CACCACGATG CCTGCAGCAA TGGCAACAAC 68 Luận văn thạc sĩ sinh học Trần Xuân Bách 25TEM 26TEM 27TEM 28TEM 59A1_TEM 59C1_TEM 85A1_TEM 85C1_TEM 1A_TEM 2A_TEM 3A_TEM 4A_TEM 5A_TEM 6C_TEM 7A_TEM 9A_TEM 10A_TEM 14TEM 15TEM 20TEM 21TEM 22TEM 23TEM 24TEM 25TEM 26TEM 27TEM 28TEM 59A1_TEM 59C1_TEM 85A1_TEM 85C1_TEM | | | | | | | | | | | | | | 570 580 590 600 610 620 630 GTTGCGCAAA CTATTAACTG GCGAACTACT TACTCTAGCT TCCCGGCAAC AATTAATAGA CTGGATGGAG 1A_TEM 2A_TEM 3A_TEM 4A_TEM 5A_TEM 6C_TEM 7A_TEM 9A_TEM 10A_TEM 14TEM 15TEM 20TEM 21TEM 22TEM 23TEM 24TEM 25TEM 26TEM 27TEM 28TEM 59A1_TEM 59C1_TEM 85A1_TEM 85C1_TEM | | | | | | | | | | | | | | 640 650 660 670 680 690 700 GCGGATAAAG TTGCAGGACC ACTTCTGCGC TCGGCCCTTC CGGCTGGCTG GTTTATTGCT GATAAATCTG 1A_TEM 2A_TEM 3A_TEM 4A_TEM 5A_TEM 6C_TEM 7A_TEM | | | | | | | | | | | | | | 710 720 730 740 750 760 770 GAGCCGGTGA GCGTGGGTCT CGCGGTATCA TTGCAGCACT GGGGCCAGAT GGTAAGCCCT CCCGTATCGT 69 Luận văn thạc sĩ sinh học Trần Xuân Bách 9A_TEM 10A_TEM 14TEM 15TEM 20TEM 21TEM 22TEM 23TEM 24TEM 25TEM 26TEM 27TEM 28TEM 59A1_TEM 59C1_TEM 85A1_TEM 85C1_TEM 1A_TEM 2A_TEM 3A_TEM 4A_TEM 5A_TEM 6C_TEM 7A_TEM 9A_TEM 10A_TEM 14TEM 15TEM 20TEM 21TEM 22TEM 23TEM 24TEM 25TEM 26TEM 27TEM 28TEM 59A1_TEM 59C1_TEM 85A1_TEM 85C1_TEM | | | | | | | | | | | | | | 780 790 800 810 820 830 840 AGTTATCTAC ACGACGGGGA GTCAGGCAAC TATGGATGAA CGAAATAGAC AGATCGCTGA GATAGGTGCC 1A_TEM 2A_TEM 3A_TEM 4A_TEM 5A_TEM 6C_TEM 7A_TEM 9A_TEM 10A_TEM 14TEM 15TEM 20TEM 21TEM 22TEM 23TEM 24TEM 25TEM 26TEM 27TEM 28TEM 59A1_TEM 59C1_TEM 85A1_TEM 85C1_TEM | | | | 850 860 TCACTGATTA AGCATTGGTA A 70 Luận văn thạc sĩ sinh học Trần Xuân Bách So sánh trình tự axit amin gen kháng kháng sinh CTX-M với Alignment: C:\BioEdit\Temp\~out.tmp 2CTX 3CTX 4CTX 5CTX 6CTX 7CTX 8CTX 9CTX 10CTX 11CTX 12CTX 13CTX 14CTX 15CTX 16CTX 17CTX 18CTX 19CTX 22CTX 23CTX 24CTX 25CTX 27CTX 28CTX 188CT 189CT 190CT 191CT 192CT 194CT 198CT 199CT 201CT 203CT | | | | | | | | | | | | | | 10 20 30 40 50 60 70 LISLSRSSLP IWLTTIRLPK NTSTAQR-WQ N-ARPRCSTA TIPPTNLPSS VAREAR-LLP ARSAMRRFVW EL KNL TL I R S MGRCH.L SL Y ITWRIS.LTL A L.SPRS DSWETK.S.S EL KNL TL I R S MGRCH.L SL Y ITWRIS.LTL A L.SPRS DSWETK.S.S .- - - - - - .EL KNL TL I R S MGRCH.L SL Y ITWRIS.LTL A L.SPRS DSWETK.S.S .- - - - - - - - - - - - .EL KNL TL I R S MGRCH.L SL Y ITWRIS.LTL A L.SPRS DSWETK.S.S .- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - .EL KNL TL I R S MGRCH.L SL Y ITWRIS.LTL A L.SPRS DSWETK.S.S .- - - - - - - - - .EL KNL TL I R S MGRCH.L SL Y ITWRIS.LTL A L.SPRS DSWETK.S.S .- - - .EL KNL TL I R S MGRCH.L SL Y ITWRIS.LTL A L.SPRS DSWETK.S.S SACRDQACR SG.QSDCRKT RQRHNDAGRT E .G.VAVQ RQYRHEQIDC P WPGRRDG FCPRD D.S .- - - - - - - - - ACR SG.QSDCRKT RQRHNDAGRT E .G.VAVQ RQYRHEQIDC P WPGRRDG FCPRD D.S 2CTX 3CTX 4CTX 5CTX 6CTX 7CTX 8CTX 9CTX 10CTX 11CTX 12CTX 13CTX 14CTX 15CTX 16CTX 17CTX 18CTX 19CTX 22CTX 23CTX 24CTX 25CTX | | | | | | | | | | | | | | 80 90 100 110 120 130 140 IALNLRIPPF PATRETPPRR GRWRRRCVSL RWVMRWAKPS GRSWRGSKAI RPAQPAFGLD CLLPGLWGIK TVPSR.T R.I.VI.LHL Q KL.G-I KH TAN H.- P.V.R R TVPSR.T R.I.VI.LHL Q KL.G-I KH TAN H.- P.V.R R PA YRRR V.R PA YRRR V.R TVPSR.T R.I.VI.LHL Q KL.G-I KH TAN H.- P.V.R R PA YRRR V.R PA YRRR V.R PA YRRR V.R PA YRRR V.R TVPSR.T R.I.VI.LHL Q KL.G-I KH TAN H.- P.V.R R PA YRRR V.R PA YRRR V.R PA YRRR V.R PA YRRR V.R PA YRRR V.R PA YRRR V.R PA YRRR V.R PA YRRR V.R PA YRRR V.R PA YRRR V.R PA YRRR V.R 71 Luận văn thạc sĩ sinh học 27CTX 28CTX 188CT 189CT 190CT 191CT 192CT 194CT 198CT 199CT 201CT 203CT TVPSR.T TVPSR.T TVPSR.T SGSHTYAEYR SGSHTYAEYR R.I.VI.LHL R.I.VI.LHL R.I.VI.LHL HSR.PERHHH HSR.PERHHH Q KL.G-I .Q KL.G-I .Q KL.G-I AAGDGAD.AS AAGDGAD.AS 2CTX 3CTX 4CTX 5CTX 6CTX 7CTX 8CTX 9CTX 10CTX 11CTX 12CTX 13CTX 14CTX 15CTX 16CTX 17CTX 18CTX 19CTX 22CTX 23CTX 24CTX 25CTX 27CTX 28CTX 188CT 189CT 190CT 191CT 192CT 194CT 198CT 199CT 201CT 203CT | | | | | 150 160 PAAVAMAPPT IS RSGQKI VRRFWSPTX LL LL .ATT M L RRV X- ATT M L RRV LX LL .ATT M L RRV LL .A.T M L RRV LL .ATT M L RRV A.T M L RRV LL LL .A.T M L RRV LX .ATT M L RRV LL .ATT M L RRV LL .A.T M L RRV A.T M L RRV LL .A.T M L RRV LL .A.T M L RRV LL .ATT M L RRV LL .ATT M L RRV LL .A.T M L RRV LL .A.T M L RRV LL LL .A.T M L RRV LL .A.T M L RRV A.T M L RRV .A.T M L RRV DRQRRLRHHQ YCGDLAAGSC AADSGHLL .A.T M L RRV A.T M L RRV A.T M L RRV LLDRQRRLRHHQ YCGDLAAGSC AADSGHLL Trần Xuân Bách KH TAN .KH TAN .KH TAN AYAGSC.GRN AYAGSC.GRN 72 H.- H.- H.- PAGAV.DV.Q PAGAV.DV.Q P.V.R R PA PA PA P.V.R R PA P.V.R R QYDRRSQHS PA PA PA QYDRRSQHS YRRR V.R YRRR V.R YRRR V.R YRRR V.R GR.TDVVDCG YRRR V.R YRRR V.R YRRR V.R GR.TDVVDCG Luận văn thạc sĩ sinh học Trần Xuân Bách So sánh trình tự axit amin gen kháng kháng sinh TEM với Alignment: C:\BioEdit\Temp\~out.tmp 1A_TEM 2A_TEM 3A_TEM 4A_TEM 5A_TEM 6C_TEM 7A_TEM 9A_TEM 10A_TEM 14TEM 15TEM 20TEM 21TEM 22TEM 23TEM 24TEM 25TEM 26TEM 27TEM 28TEM 59A1_TEM 59C1_TEM 85A1_TEM 1A_TEM | | | | | | | | | | | | | | 10 20 30 40 50 60 70 MSIQHFRVAL IPFFAAFCLP VFAHPETLVK VKDAEDQLGA RVGYIELDLN SGKILESFRP EERFPMMSTF 1A_TEM 2A_TEM 3A_TEM 4A_TEM 5A_TEM 6C_TEM 7A_TEM 9A_TEM 10A_TEM 14TEM 15TEM 20TEM 21TEM 22TEM 23TEM 24TEM 25TEM 26TEM 27TEM 28TEM 59A1_TEM 59C1_TEM 85A1_TEM 1A_TEM | | | | | | | | | | | | | | 80 90 100 110 120 130 140 KVLLCGAVLS RVDAGQEQLG RRIHYSQNDL VEYSPVTEKH LTDGMTVREL CSAAITMSDN TAANLLLTTI 1A_TEM 2A_TEM 3A_TEM 4A_TEM 5A_TEM 6C_TEM 7A_TEM 9A_TEM 10A_TEM 14TEM 15TEM 20TEM | | | | | | | | | | | | | | 150 160 170 180 190 200 210 GGPKELTAFL HNMGDHVTRL DRWEPELNEA IPNDERDTTM PAAMATTLRK LLTGELLTLA SRQQLIDWME 73 Luận văn thạc sĩ sinh học Trần Xuân Bách 21TEM 22TEM 23TEM 24TEM 25TEM 26TEM 27TEM 28TEM 59A1_TEM 59C1_TEM 85A1_TEM 1A_TEM 1A_TEM 2A_TEM 3A_TEM 4A_TEM 5A_TEM 6C_TEM 7A_TEM 9A_TEM 10A_TEM 14TEM 15TEM 20TEM 21TEM 22TEM 23TEM 24TEM 25TEM 26TEM 27TEM 28TEM 59A1_TEM 59C1_TEM 85A1_TEM 1A_TEM | | | | | | | | | | | | | | 220 230 240 250 260 270 280 ADKVAGPLLR SALPAGWFIA DKSGAGERGS RGIIAALGPD GKPSRIVVIY TTGSQATMDE RNRQIAEIGA | 1A_TEM 2A_TEM 3A_TEM 4A_TEM 5A_TEM 6C_TEM 7A_TEM 9A_TEM 10A_TEM 14TEM 15TEM 20TEM 21TEM 22TEM 23TEM 24TEM 25TEM 26TEM 27TEM 28TEM 59A1_TEM 59C1_TEM 85A1_TEM 1A_TEM SLIKHW 74 ... coli kháng cefotaxime phân lập từ Thái Bình Sóc Sơn 36 3.2 Đặc điểm sinh học phân tử số gen kháng kháng sinh 40 3.2.1 Giải trình tự gen kháng kháng sinh thu 40 3.2.2 Đặc điểm sinh học phân. .. vi khuẩn E coli từ vật nuôi sang người, thực đề tài khoa học Nghiên cứu đặc điểm sinh học phân tử gen kháng Cephalosporin vi khuẩn E coli sản Luận văn thạc sĩ sinh học Trần Xuân Bách sinh men. .. kiểu gen kháng kháng sinh E coli phân lập từ người chăn nuôi lợn Ý nghĩa đề tài - Kết nghiên cứu đề tài tài liệu khoa học cung cấp thông tin thực trạng nhiễm vi khuẩn E coli kháng kháng sinh