Đa dạng di truyền 5 quần thể gà nội

Đa dạng di truyền quần thể gà nội Lê Quang Nam Trường Đại học Khoa học Tự nhiên Luận văn ThS chuyên ngành: Sinh học thực nghiệm; Mã số: 60 42 30 Người hướng dẫn: PGS.TS Nguyễn Văn Mùi Năm bảo vệ: 2012 Abstract: Nghiên cứu nguồn gốc phân loại gà nhà; kỹ thuật sinh học phân tử sử dụng nghiên cứu đa dạng di truyền quần thể gà nội; đặc điểm di truyền quần thể Nghiên cứu 60 cá thể gà Trới 59 cá thể Tiên Yên; 54 cá thể gà Móng … Hà Nam, Hà Nội Thái Bình; kỹ thuật thực nghiệm; phân tích thống kê Trình bày kết tách AND phân tích đoạn; kết đánh giá đặc điểm di truyền Keywords: Sinh học thực nghiệm; Đa dạng di truyền; Gà Content Chƣơng - TỔNG QUAN TÀI LIỆU 1.1 Nguồn gốc phân loại gà nhà Các giống gà người hóa từ gà rừng 2000 năm trước [11] Gà địa có tiềm di truyền phong phú biểu qua kiểu hình: hình dạng, màu sắc lông, dạng mào, dái tai, dạng đuôi, kết cấu cổ-ngực [2] Những giống gà Á Đông, Đông Nam Á gà Brahman, gà Cochinchine, gà chọi… tham gia vào việc hình thành giống gà công nghiệp [2] 1.2 Các kỹ thuật sinh học phân tử đƣợc sử dụng nghiên cứu 1.2.1 PCR PCR phương pháp mang tính cách mạng phát triển Kary Mullis năm 80 Phản ứng PCR đòi hỏi lượng ADN làm khuôn ban đầu nhỏ Trong trường hợp ADN genome động vật có vú, 1.0 μg ADN tối ưu cho phản ứng, có chứa xấp xỉ 3x105 gen NST Đối với nấm men, vi khuẩn plasmid, lượng ADN tối ưu sử dụng cho phản ứng tương ứng 10 ng, ng pg [35] 1.2.2 Kỹ thuật microsatellite Microsatellite loại ADN lặp lặp lại tạo thành từ đoạn lặp dài từ đến nucleotide1 Chúng có độ đa hình cao thường thị phân tử nghiên cứu di truyền quần thể Các microsatellite tìm thấy nơi hệ gen, vùng mã hoá không mã hoá [41] Các microsatellite sử dụng để lập đồ nghiên cứu đa dạng di truyền gà từ thời điểm ứng dụng trình tự chúng có độ đa hình cao, phân bố rải rác toàn hệ gen [37], nhiều locus microsatellite nghiên cứu gà công bố lập đồ [12], [21] Thông tin microsatellite gà dễ dàng nhận qua trang web http://www.thearkdb.org/arkdb/, http://aviandiv.tzv.fal.de/primer_table.html 1.2.3 Một số nghiên cứu sử dụng kỹ thuật microsatellite Microsatellite Tổ chức Nông Lương Liên Hợp Quốc - FAO dùng làm công cụ phân tử cho dự án MoDAD (Measurement of Domestic Animal Diversity) nhằm đánh giá đa dạng di truyền động vật địa Hiện microsatellite công cụ tốt cho việc nghiên cứu locus liên quan đến tính trạng số lượng cho việc đánh giá đa dạng di truyền quần thể vật nuôi Kết nghiên cứu giống gà nội địa Trung Quốc cho thấy phân tích microsatellite tần số dị hợp tử quan sát cao (75.91%), phương pháp RAPD (Random Amplification of Polymorphic DNA) (26.32%), cuối phương pháp phân tích allozyme (22.09%) [44] Dùng microsatellite nghiên cứu quần thể gà thu 12 alen locus tần số dị hợp tử lên đến 90% [40] Khi sử dụng 14 locus microsatellite để phân tích mối quan hệ di truyền quần thể gà địa khác (chủ yếu từ Đức Ucraina với tổng số 224 cá thể 20 quần thể) với gà rừng, việc lập quan hệ di truyền tiến hành thu nhóm [32] 42 thị microsatellite sử dụng để phân tích 23 dòng gà cao sản giống gà Leghorn, gà http://www.nature.com/nrg/journal/v5/n1/glossary/nrg1247_glossary.html -2 - rừng, gà Fayoumi gà Tây Ban Nha, qua tính được khoảng cách di truyền gà rừng với dòng gà khác [45] 22 thị microsatellite sử dụng để xác định tần số dị hợp tử khoảng cách di truyền giống gà: Châu Phi, Châu Á Nam Mỹ Kết cho thấy giống gà có đặc trưng theo khu vực 29 locus microsatellite dùng để đánh giá đa dạng di truyền gà H’mông Sơn La, với 36 cá thể thu từ làng [13] Nghiên cứu có khác biệt di truyền nhóm gà theo khoảng cách địa lý, quần thể gà trạng thái cân Hardy Weinberg không bị ảnh hưởng giao phối cận huyết Việc nghiên cứu quần thể gà Hà Giang kết luận rằng, vắng mặt cấu trúc quần thể gà phạm vi tỉnh, gà H’mong lại chia sẻ vốn gen chung với giống gà khác [8] Số lượng lớn alen chung gà Hà Giang gà rừng, kết phân tích cụm Bayes đề xuất dòng chảy gen diễn từ gà rừng tới gà Hà Giang [8] Việc sử dụng 29 microsatellite nghiên cứu giống gà nội giống gà Trung Quốc xác định giống gà Việt nam tạo nên vốn gen khác với giống gà Trung Quốc, giống gà miền Bắc tạo nên vốn gen cấu trúc [14] Sự khác biệt giống gà Việt nam quan sát miền Bắc Duyên hải miền Trung đồng Cửu Long phân nhóm giống gà Việt nam có quan hệ tới phân cách địa lý chúng [14] 1.3 Các đặc điểm di truyền quần thể 1.3.1 Các đại lƣợng di truyền đặc trƣng cho quần thể gà Độ phong phú alen locus mẫu, kí hiệu Rs, tổng thể mẫu kí hiệu Rt thước đo số lượng alen độc lập cỡ mẫu, cho phép so sánh mẫu có cỡ khác Petit cộng [30] đề nguyên tắc ước tính số lượng dự kiến alen phân mẫu 2n gen, dựa 2N gen lấy mẫu (N ≥ n), N số nhỏ cá thể lập kiểu gen locus mẫu Các quần thể thực tế thường có sai khác tần số dị hợp tử quan sát tần số dị hợp tử mong đợi Tần số dị hợp tử quan sát tỉ lệ số cá thể dị hợp thu nghiên cứu tần số dị hợp tử mong đợi, hay gọi độ đa dạng gen, locus tính dựa tần số quan sát alen thuộc locus đó, với giả định quần thể nghiên cứu trạng thái cân Hardy - Weinberg -3 - Hệ số cận huyết (ký hiệu Fis) xét locus cá thể xác xuất để alen thuộc locus đó, sinh từ alen tổ tiên, giống hệt Giá trị Fis tổng thể locus giống gà sử dụng để xác định trạng thái cân Hardy - Weinberg giống Định luật cân Hardy - Weinberg phát biểu sau 3: biến dị di truyền quần thể trì không đổi từ hệ đến hệ khác yếu tố gây rối Khi việc giao phối ngẫu nhiên quần thể lớn mà trường hợp gây rối, định luật dự đoán tần số alen kiểu gen trì không đổi chúng trạng thái cân Các yếu tố gây rối bao gồm đột biến, chọn lọc tự nhiên, giao phối không ngẫu nhiên, lạc dòng di truyền dòng chảy gen 1.3.2 Mối quan hệ di truyền quần thể gà Độ sai khác di truyền quần thể gà xác định qua giá trị Fst Giá trị Fst  [0; 1] Khoảng cách di truyền (ký hiệu D S) định nghĩa4 mức độ biệt hóa di truyền quần thể, đo cách so sánh tần số alen, kích thước alen marker microsatellite quần thể Cách tính giá trị D S theo công bố Nei năm 1978 [27] phù hợp cho nghiên cứu Cây quan hệ di truyền biểu diễn độ thị mối quan hệ tiến hóa sinh vật gen5 Phương pháp neighbor joining [34] sử dụng rộng rãi để xây dựng quan hệ di truyền từ liệu khoảng cách di truyền Phương pháp không yêu cầu giả định tốc độ tiến hóa không đổi nên không tạo có rễ Mục tiêu phương pháp neighbor joining tối thiểu hóa chiều dài nhánh Nếu khoảng cách di truyền có sai số nhỏ, nhận quan hệ di truyền đúng, nghĩa phương pháp neighbor joining có tính nghiêm ngặt, vững identical by descend: http://www.evolution-textbook.org/content/free/glossary/glossary.html http://www.nature.com/scitable/definition/hardy-weinberg-equilibrium-122 http://www.nature.com/nrg/journal/v5/n1/glossary/nrg1247_glossary.html http://www.nature.com/scitable/definition/phylogenetic-tree-25 -4 - Bootstrap kiểm định đơn giản độ xác quan hệ di truyền Bootstrap thước đo tin cậy tính xác quan hệ di truyền, giá trị 70% cao cho biết xác suất với thực tế 95% [22] -5 - Chƣơng - ĐỐI TƢỢNG VÀ PHƢƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU 2.1 Đối tƣợng nghiên cƣ́u điạ điể m thu mẫu Đối tượng nghiên cứu gồm 60 cá thể gà Trới 59 cá thể gà Tiên Yên lấ y Trung tâm Chuyển giao Tiến Kỹ thuật Nông Lâm nghiệp Hải Ninh, thị xã Móng Cái - Quảng Ninh; 54 cá thể gà Móng (xuất xứ từ tỉnh Hà Nam) 42 cá thể gà Tè (xuất xứ từ tỉnh Phú Thọ) nuôi Trung tâm Nghiên cứu Gia cầm Thụy Phương thuộc Viện Chăn Nuôi Quốc Gia, Từ Liêm, Hà nội; 35 cá thể gà Tò lấy huyện Quỳnh Phụ tỉnh Thái Bình Các cá thể gà chọn theo nguyên t ắc hạn chế tối đa mối quan hệ huyết thống chúng 2.1.1 Gà Trới Theo Nguyễn Văn Tòng Nguyễn Đình Duẩn [3], gà Trới (hình 1, 2) có màu vàng, vàng đen, xám tro, thân hình bình thường dài cổ chân cao, có chỏm lông đầu, có chỏm lông cằm Một số lông đầu, cằm thể thân hình ngực nở thăn đặc trưng giống Tỷ lệ nuôi sống qua giai đoạn cao 90-95% Khối luợng thể ổn định Tuổi thành thục 23 tuần tuổi Năng suất trứng/mái/năm 90 - 120 Tỷ lệ thịt cao, thịt thơm ngon giàu a xít amin 2.1.2 Gà Móng Theo Hồ Xuân Tùng cộng [4], gà Móng (hình 3) trống có màu lông nâu đỏ, đỏ tía; mái có lông màu đất thó, màu bạc Cả gà trống gà mái có mào nụ, chân vàng, mỏ vàng, thân hình chắn Giai đoạn từ đến 20 tuần tuổi tỷ lệ nuôi sống gà Móng trống đạt 94%, mái đạt 98% Tuổi thành thục sinh dục trung bình gà Móng 161 ngày, sản lượng trứng/mái/năm đạt 83.6 Khối lượng trứng bình quân gà Móng lúc 38 tuần tuổi 48 gam Tỷ lệ trứng có phôi cao, đạt 87.2%; tỷ lệ nở/trứng có phôi thấp, đạt 82.1% 2.1.3 Gà Tè (gà lùn) Theo Vũ Ngọc Sơn cộng [5], gà Tè (hình 4) có chân thấp, chiều cao chân từ 45cm, da chân có màu vàng, bàn chân ngón, chân lông Gà mái trưởng thành có màu lông vàng nâu đất vàng rơm, gà trống lông nâu đỏ điểm xuyết lông đen cánh đuôi, kiểu mào đơn có cưa, mào nụ Giai đoạn gà hậu bị từ 30 - 140 ngày tỷ lệ nuôi sống đạt 95.6% giai đoạn sinh sản tỷ lệ nuôi sống bình quân/tháng 98.5% -6 - Gà Tè phát dục sớm, gà trống bắt đầu gáy lúc 58 ngày tuổi Tuổi đẻ trứng đầu lúc 132 ngày, sản lượng trứng thống kê 72 tuần (52 tuần sinh sản) đạt 68 - 71 quả, gà có tính ấp bóng cao tương tự gà Ri, gà đẻ bình quân lứa từ 15-17 trứng lại đòi ấp Khối lượng trứng cân tuần 38 đạt 48.5gam, trứng có vỏ màu trắng hồng chất lượng trứng thơm ngon trứng gà Ri 2.1.4 Gà Tiên Yên Theo Nguyễn Văn Tòng Nguyễn Đình Dũng [3], gà Tiên Yên (hình 5, 6) có màu vàng, vàng đen, hoa mơ dài xương nhỏ cổ ngắn chân thấp, chân có ngón có vẩy sừng Tỷ lệ nuôi sống qua giai đoạn cao 90 - 95% Khối lượng thể ổn định Tuổi thành thục 21 - 22 tuần tuổi Năng suất trứng / mái / năm 110 - 125 Tỷ lệ ấp nở cao, tỷ lệ thịt cao, thịt thơm ngon giàu acid amin Chúng thích nghi tốt với điều kiện khí hậu địa phương, tỷ lệ nuôi sống giai đoạn đẻ cao 96% 2.1.5 Gà Tò Theo Trịnh Quang Hiệp [1], gà Tò (hình 7, 8) trưởng thành có thân hình khoẻ, chân cao Gà mái trưởng thành có lông màu đỏ pha lẫn màu vàng đen, nặng 2.2 - kg/con, đặc biệt kẽ chân có màu đỏ, dọc chân có vạch đỏ nhạt, có hàng vảy xếp song song Gà trống trưởng thành cao to, lông màu đỏ tía, chân cao, nặng -5 kg, mào đơn to, tích to đỏ sẫm Đặc biệt kẽ chân vùng tiếp giáp chân đùi có màu đỏ tía, dọc chân có vạch đỏ tía gà mái đậm có hàng vảy xếp song song Gà Tò thành thục sinh sản sớm 148 ngày tuổi, tuổi đẻ đạt 30% vào tuần tuổi 30 Gà Tò đẻ lần 14 - 17 quả/đợt Sản lượng trứng 120 - 140 quả/năm, tỷ lệ phôi trung bình đạt 91.08%, tỷ lệ ấp nở gà Tò (nở/trứng ấp) thấp đạt 67.55% Gà Tò có đôi chân to chắc, cao, ấp dễ đè vỡ trứng dẫm chết nở Trong trình nuôi dưỡng, chọn lọc nhân từ 2006 đến 2009, gà Tò nhân sức sống cao, với tỷ lệ nuôi sống giai đoạn từ - 17 tuần tuổi năm 2006, 2007, 2008, 2009 90.76%, 92.77%, 93.06% 93.96% [1] 2.2 Các kỹ thuật thực nghiệm đƣợc sử dụng nghiên cứu 2.2.1 Lấ y mẫu máu , tách đánh giá chất lƣợng ADN Lấy cá thể khoảng ml máu từ tĩnh mạch cánh loại kim ống lấy mẫu -7 - chuyên dụng, chuyển mẫu máu sau lấy vào tube eppendorf 1.5 ml có nắp kín chứa 50 μl dung dịch EDTA 0.5M, lắc nhẹ cho sau chuyển mẫu vào hộp lạnh để bảo quản ADN tách kit Quiagen (Đức) tách ADN từ máu ADN tổng số sau tách điện di gel agarose 1% để đánh giá Để xác định độ tinh nồng độ ADN, ta tính số OD ADN bước sóng 260 nm 280 nm, sau tính tỷ số hai số OD Tỷ lệ A260/A280 1.8 - 2.0 phản ánh ADN đủ độ tinh khiết 2.2.2 PCR đa mồi xác định kích thƣớc alen Nghiên cứu sử dụng 22 locus lấy từ dự án AVIANDIV Locus LEI0194 sử dụng theo Mcconnell cộng [23] Thông tin chi tiết 23 locus microsatellite nghiên cứu thể bảng Bộ kít Multiplex Master Mix PCR hãng Quiagen sử dụng để thực phản ứng PCR đa mồi Các mồi xuôi gắn màu huỳnh quang đen, lam lục Sản phẩm PCR đưa vào máy CEQ8000 để xác định kích thước chúng Các alen xác định kích thước máy CEQ8000 hãng Beckman Coulter Phần mềm CEQ Genetic System cho danh sách alen locus cá thể Bảng Các cặp mồi microsatellite sử dụng nghiên cứu Locus NST MCW 0295I ADL 0112I 10 MCW 0216I 13 MCW 0014I MCW 0098I MCW Trình tự mồi (5' -> 3') xuôi (ở trên), mồi ngược (ở dưới) ATCACTACAGAACACCCTCTC TATGTATGCACGCAGATATCC GGCTTAAGCTGACCCATTAT ATCTCAAATGTAATGCGTGC GGGTTTTACAGGATGGGACG AGTTTCACTCCCAGGGCTCG TATTGGCTCTAGGAACTGTC GAAATGAAGGTAAGACTAGC GGCTGCTTTGTGCTCTTCTCG CGATGGTCGTAATTCTCACGT CCACACGGAGAGGAGAAGGTCT http://aviandiv.tzv.fal.de/ -8 - To gắn mồi Mã GeneBank Khoảng alen 60 G32052 88-106 58 G01725 120-134 60 AF030586 139-149 58 L40040 164-182 60 L40074 261-265 60 L43686 135-147 0078II TAGCATATGAGTGTACTGAGCTTC MCW 0111II MCW 0222II LEI 0094II MCW 0183II ADL 0278III LEI 0194III GCTCCATGTGAAGTGGTTTA ATGTCCACTTGTCAATGATG GCAGTTACATTGAAATGATTCC TTCTCAAAACACCTAGAAGAC GATCTCACCAGTATGAGCTGC TCTCACACTGTAACACAGTGC ATCCCAGTGTCGAGTATCCGA TGAGATTTACTGGAGCCTGCC CCAGCAGTCTACCTTCCTAT TGTCATCCAAGAACAGTGTG TCCTTGGCATGTACATATGA ACTGCATGTTCTTTGATAGGC I, II, III: kí hiệu mix PCR đa mồi 60 L48909 96-120 60 G31996 220-226 60 X83246 247-287 58 G31974 296-326 60 G01698 114-126 65-55 Z83779 Khoảng alen: lấy theo dự án AVIANDIV(http://aviandiv.tzv.fal.de/) -9 - Bảng (tiếp): Các cặp mồi microsatellite sử dụng nghiên cứu Locus NST MCW 0069III 26 MCW 0034III MCW 0103IV ADL 0268IV MCW 0037IV MCW 0067IV 10 MCW 0206V MCW 0248V W29 MCW 0081V LEI 0166V MCW 0330V 17 Trình tự mồi (5' -> 3') xuôi (ở trên), mồi ngược (ở dưới) GCACTCGAGAAAACTTCCTGCG To gắn mồi Mã GeneBank Khoảng alen 60 L43684 158-176 60 L43674 212-246 64 G31956 266-270 60 G01688 102-116 64 L43676 154-160 60 G31945 176-186 60 AF030579 221-249 60 G32016 205-225 60 L43636 112-135 60 X85531 354-370 60 G32085 256-300 ATTGCTTCAGCAAGCATGGGAGGA TGCACGCACTTACATACTTAGAGA TGTCCTTCCAATTACATTCATGGG AACTGCGTTGAGAGTGAATGC TTTCCTAACTGGATGCTTCTG CTCCACCCCTCTCAGAACTA CAACTTCCCATCTACCTACT ACCGGTGCCATCAATTACCTATTA GAAAGCTCACATGACACTGCGAAA GCACTACTGTGTGCTGCAGTTT GAGATGTAGTTGCCACATTCCGAC ACATCTAGAATTGACTGTTCAC CTTGACAGTGATGCATTAAATG GTTGTTCAAAAGAAGATGCATG TTGCATTAACTGGGCACTTTC GTTGCTGAGAGCCTGGTGCAG CCTGTATGTGGAATTACTTCTC CTCCTGCCCTTAGCTACGCA TATCCCCTGGCTGGGAGTTT TGGACCTCATCAGTCTGACAG AATGTTCTCATAGAGTTCCTGC III, IV, V: kí hiệu mix PCR đa mồi Khoảng alen: lấy theo dự án AVIANDIV (http://aviandiv.tzv.fal.de/) 2.3 Phân tích thống kê Dữ liệu microsatellite xử lý phần mềm FSTAT v2.9.3 [20], Genetix v4.03 [46], Microsatellite Analyser (MSA) v4.05 [15], chương trình neighbor consensus thuộc gói phần mềm Phylip v3.69 [18]; phần mềm Treeview v1.6.6 [29] 2.3.1 Các đại lƣợng di truyền đặc trƣng cho quần thể gà - 10 - 6.9 3.0 3.0 4.0 2.0 5.0 2.0 3.0 6.6 6.0 4.0 3.0 4.4 5.7 2.0 4.0 3.0 3.0 4.7 4.9 4.0 2.0 4.6 90.8 4 3 9 3 5 114 7.5 2.5 3.9 4.0 2.0 5.9 2.7 3.0 6.7 5.0 3.5 7.4 5.0 7.7 2.0 4.7 3.0 3.0 5.8 4.4 4.0 4.2 5.8 103.7 Rs Số alen 3 6 3 5 93 Rs Số alen MCW0295 7.4 7.1 ADL0112 2.9 2.5 MCW0216 4.0 4.0 MCW0014 4.0 4.0 MCW0098 2.0 2.0 MCW0111 6.0 4.1 MCW0078 2.9 2.6 MCW0222 2.9 2.0 LEI0094 7.7 7.6 MCW0183 6.2 5.5 ADL0278 4.0 3.9 LEI0194 8.4 5.0 MCW0069 5.5 4.3 MCW0034 7.0 7.8 MCW0103 2.0 2.0 ADL0268 4.6 4.8 MCW0037 3.0 3.0 MCW0067 3.0 3.0 MCW0206 6.8 4.6 MCW0081 4.7 4.0 MCW0248 4.0 4.0 LEI0166 5.0 2.6 MCW0330 5.4 6.0 Tổng số 116 109.4 103 96.4 Rs, Rt tính 29 cá thể Rs Số alen Rs Số alen Rs Số alen Số alen Gà Rt 4 4 5 4 97 6.0 2.0 4.0 4.0 2.0 5.0 2.0 3.0 6.8 4.0 4.0 6.9 5.0 7.7 2.0 4.8 4.0 3.0 5.0 4.0 4.0 2.0 5.0 96.2 4 3 8 10 7 124 7.3 2.6 4.0 4.0 2.0 5.8 2.6 3.0 7.9 6.4 3.9 8.5 5.2 8.6 2.0 4.6 3.2 3.0 6.9 4.9 4.0 3.8 6.5 110.7 Bảng cho ta thấy số alen quan sát locus dao động từ 2-9 gà Trới, gà Móng gà Tiên Yên; từ 2-7 gà Tè; từ 2-8 gà Tò Tổng alen quan sát giảm từ gà Trới (116 alen), đến gà Tiên Yên (114 alen), gà Móng (103 alen), gà Tò (97 alen) gà Tè (93 alen) Độ phong phú alen locus dao động từ 2.0-8.4 gà Trới, từ 2.0-7.8 gà Móng, từ 2.0-6.9 gà Tè, từ 2.0-7.7 gà Tiên Yên gà Tò Gà Trới phong phú alen (109.4 alen), đến gà Tiên Yên (103.7 alen), gà Móng (96.4 alen), gà Tò (96.2 alen) gà Tè (90.8 alen) Cả quần thể gà có từ 2-10 alen quan sát locus, tổng alen quan sát 124, độ phong phú alen locus dao động từ 2.0-8.6, có 21 locus đa hình chiếm 91.3% - 15 - Nhìn chung tồn đồng thời alen có tần số cao alen có tần số thấp locus (hình 11-33) Một số quần thể gà thiếu alen (vài) locus Quần thể gà Tò có alen riêng với tần số thấp (2.9%) có alen riêng với tần số cao (18.6%, 14.7%) Quần thể gà Trới có alen riêng với tần số thấp (1.8% 1.7%) gà Tè có alen riêng với tần số thấp (2.9 %,) - 16 - 0.500 Gà Trới 0.400 Gà Móng 0.300 Gà Tè 0.200 Gà Tiên Yên 0.100 Gà Tò Tần số Tần số 0.600 0.000 87 89 91 95 97 99 101 0.700 0.600 0.500 0.400 0.300 0.200 0.100 0.000 Gà Trới Gà Móng Gà Tè Gà Tiên Yên Gà Tò 103 163 173 Locus MCW0295 0.900 0.800 0.700 0.600 0.500 0.400 0.300 0.200 0.100 0.000 Hình Tần số alen thuộc locus MCW0014 1.000 Gà Trới Gà Móng Gà Tè Gà Tiên Yên Gà Trới 0.800 Tần số Tần số 185 Locus MCW0014 Hình Tần số alen thuộc locus MCW0295 Gà Tò Gà Móng 0.600 Gà Tè 0.400 Gà Tiên Yên 0.200 Gà Tò 0.000 124 128 130 255 Locus ADL0112 257 Locus MCW0098 Hình Tần số alen thuộc locus ADL0112 0.900 0.800 0.700 0.600 0.500 0.400 0.300 0.200 0.100 0.000 Hình Tần số alen thuộc locus MCW0098 0.600 Gà Trới 0.500 Gà Trới Gà Móng 0.400 Gà Móng 0.300 Gà Tè 0.200 Gà Tiên Yên 0.100 Gà Tò Gà Tè Gà Tiên Yên Gà Tò Tần số Tần số 177 0.000 139 141 143 145 Locus MCW0216 Hình Tần số alen thuộc locus MCW0216 97 99 101 103 105 111 Locus MCW0111 Hình Tần số alen thuộc locus MCW0111 Gà Trới Gà Móng Gà Tè Gà Tiên Yên Tần số Tần số 0.700 0.600 0.500 0.400 0.300 0.200 0.100 0.000 Gà Tò 140 142 0.900 0.800 0.700 0.600 0.500 0.400 0.300 0.200 0.100 0.000 144 Gà Trới Gà Móng Gà Tè Gà Tiên Yên Gà Tò 291 295 297 Locus MCW0078 Gà Trới Gà Móng Gà Tè Gà Tiên Yên Gà Tò 220 Gà Móng Gà Tè Gà Tiên Yên Gà Tò 111 117 Gà Trới 0.400 Gà Móng 0.300 Gà Tè 0.200 Gà Tiên Yên 0.100 Gà Tò 0.000 273 279 283 Tần số Tần số 121 Hình 13 Tần số alen thuộc locus ADL0278 0.500 265 119 Locus ADL0278 0.600 263 319 Gà Trới 224 Hình 10 Tần số alen thuộc locus MCW0222 261 311 0.900 0.800 0.700 0.600 0.500 0.400 0.300 0.200 0.100 0.000 Locus MCW0222 255 307 Hình 12 Tần số alen thuộc locus MCW0183 Tần số Tần số 0.900 0.800 0.700 0.600 0.500 0.400 0.300 0.200 0.100 0.000 249 305 Locus MCW0183 Hình Tần số alen thuộc locus MCW0078 218 303 0.700 0.600 0.500 0.400 0.300 0.200 0.100 0.000 Gà Trới Gà Móng Gà Tè Gà Tiên Yên Gà Tò 125 Locus LEI0094 129 135 153 157 161 167 173 179 Locus LEI0194 Hình 11 Tần số alen thuộc locus LEI0094 Hình 14 Tần số alen thuộc locus LEI0194 - 18 - Gà Trới Gà Móng Gà Tè Gà Tiên Yên Tần số Tần số 0.700 0.600 0.500 0.400 0.300 0.200 0.100 0.000 Gà Tò 153 161 165 167 169 0.800 0.700 0.600 0.500 0.400 0.300 0.200 0.100 0.000 173 Gà Trới Gà Móng Gà Tè Gà Tiên Yên Gà Tò 102 108 110 Locus MCW0069 0.700 0.600 0.500 0.400 0.300 0.200 0.100 0.000 Hình 18 Tần số alen thuộc locus ADL0268 0.600 Gà Trới 0.500 Gà Trới Gà Móng 0.400 Gà Móng 0.300 Gà Tè 0.200 Gà Tiên Yên 0.100 Gà Tò Gà Tè Gà Tiên Yên Tần số Tần số 114 Locus ADL0268 Hình 15 Tần số alen thuộc locus MCW0069 Gà Tò 0.000 220 222 224 226 228 230 232 234 236 240 115 Locus MCW0034 151 153 155 Locus MCW0037 Hình 16 Tần số alen thuộc locus MCW0034 0.800 0.700 0.600 0.500 0.400 0.300 0.200 0.100 0.000 Hình 19 Tần số alen thuộc locus MCW0037 0.600 Gà Trới 0.500 Gà Trới Gà Móng 0.400 Gà Móng 0.300 Gà Tè 0.200 Gà Tiên Yên 0.100 Gà Tò Gà Tè Gà Tiên Yên Gà Tò Tần số Tần số 112 0.000 266 270 173 Locus MCW0103 175 179 Locus MCW0067 Hình 17 Tần số alen thuộc locus MCW0103 Hình 20 Tần số alen thuộc locus MCW0067 - 19 - Gà Trới Gà Móng Gà Tè Gà Tiên Yên Tần số Tần số 0.700 0.600 0.500 0.400 0.300 0.200 0.100 0.000 Gà Tò 220 222 224 226 228 230 234 0.900 0.800 0.700 0.600 0.500 0.400 0.300 0.200 0.100 0.000 242 Gà Trới Gà Móng Gà Tè Gà Tiên Yên Gà Tò 248 252 344 Locus MCW0206 352 0.900 0.800 0.700 0.600 0.500 0.400 0.300 0.200 0.100 0.000 Hình 24 Tần số alen thuộc locus LEI0166 0.600 Gà Trới 0.500 Gà Trới Gà Móng 0.400 Gà Móng 0.300 Gà Tè 0.200 Gà Tiên Yên 0.100 Gà Tò Gà Tè Gà Tiên Yên Gà Tò Tần số Tần số 350 Locus LEI0166 Hình 21 Tần số alen thuộc locus MCW0206 0.000 106 110 112 118 128 132 144 256 Locus MCW0081 0.700 0.600 0.500 0.400 0.300 0.200 0.100 0.000 274 276 286 288 Từ hình 11 đến hình 33 trình bày biểu đồ tần số alen 23 Gà Móng Gà Tè Gà Tiên Yên Gà Tò 219 268 Hình 25 Tần số alen thuộc locus MCW0330 Gà Trới 215 266 Locus MCW0330 Hình 22 Tần số alen thuộc locus MCW0081 Tần số 348 221 locus microsatellite Các số trục hoành kích thước alen tính theo bp 223 Locus MCW0248 Hình 23 Tần số alen thuộc locus MCW0248 - 20 - Bảng Giá trị He obs, Heexp Fis locus quần thể gà Quần thể gà Trới Quần thể gà Móng Quần thể gà Tè Quần thể gà Tiên Yên Quần thể gà Tò Locus Heobs Heexp Fis Heobs Heexp Fis Heobs Heexp Fis Heobs Heexp Fis Heobs Heexp Fis NS *** *** NS MCW0295 0.862 0.819 -0.053 0.566 0.730 0.225 0.619 0.795 0.221 0.864 0.814 -0.062 0.667 0.696 0.043NS ADL0112 0.379 0.490 0.225*** 0.352 0.402 0.124NS 0.500 0.480 -0.042NS 0.492 0.445 -0.104NS 0.212 0.359 0.409*** MCW0216 0.356 0.436 0.183*** 0.241 0.356 0.324*** 0.366 0.584 0.373*** 0.368 0.400 0.078NS 0.455 0.563 0.193NS MCW0014 0.483 0.630 0.234*** 0.704 0.723 0.027NS 0.537 0.527 -0.018NS 0.542 0.596 0.090NS 0.606 0.540 -0.122NS MCW0098 0.153 0.171 0.106NS 0.148 0.282 0.474*** 0.190 0.249 0.234NS 0.373 0.305 -0.221NS 0.152 0.142 -0.067NS MCW0111 0.850 0.810 -0.050NS 0.547 0.617 0.114NS 0.833 0.748 -0.114NS 0.814 0.810 -0.005NS 0.758 0.711 -0.065NS MCW0078 0.417 0.526 0.207NS 0.471 0.501 0.061NS 0.500 0.492 -0.017NS 0.492 0.520 0.055NS 0.364 0.487 0.253NS MCW0222 0.267 0.439 0.392*** 0.453 0.491 0.077NS 0.405 0.393 -0.030NS 0.288 0.526 0.452*** 0.121 0.314 0.614*** LEI0094 0.732 0.783 0.065NS 0.674 0.793 0.151*** 0.667 0.728 0.084NS 0.604 0.626 0.036NS 0.758 0.708 -0.070NS MCW0183 0.727 0.659 -0.103NS 0.354 0.332 -0.067NS 0.667 0.662 -0.007NS 0.308 0.544 0.434*** 0.576 0.627 0.082NS ADL0278 0.622 0.647 0.039NS 0.491 0.585 0.162NS 0.500 0.488 -0.024NS 0.702 0.666 -0.053NS 0.265 0.293 0.097NS LEI0194 0.404 0.753 0.463*** 0.349 0.711 0.510*** 0.207 0.597 0.654*** 0.481 0.637 0.245*** 0.242 0.597 0.594*** MCW0069 0.517 0.670 0.228*** 0.481 0.517 0.068NS 0.548 0.554 0.011NS 0.644 0.657 0.019NS 0.758 0.747 -0.015NS MCW0034 0.441 0.576 0.235*** 0.593 0.667 0.111NS 0.452 0.610 0.258*** 0.389 0.563 0.309*** 0.636 0.655 0.028NS MCW0103 0.383 0.386 0.008NS 0.426 0.455 0.064NS 0.595 0.505 -0.180NS 0.407 0.428 0.049NS 0.429 0.448 0.043NS ADL0268 0.638 0.646 0.012NS 0.566 0.577 0.020NS 0.476 0.427 -0.115NS 0.797 0.717 -0.112NS 0.829 0.719 -0.153NS MCW0037 0.638 0.637 -0.001NS 0.615 0.651 0.054NS 0.610 0.648 0.059NS 0.678 0.579 -0.172NS 0.143 0.643 0.778*** MCW0067 0.586 0.641 0.086NS 0.528 0.616 0.143NS 0.548 0.638 0.141NS 0.627 0.608 -0.032NS 0.314 0.638 0.507*** MCW0206 0.569 0.707 0.195*** 0.708 0.665 -0.065NS 0.683 0.696 0.019NS 0.621 0.628 0.011NS 0.600 0.607 0.012NS MCW0081 0.386 0.454 0.150NS 0.358 0.359 0.003NS 0.500 0.517 0.033NS 0.373 0.366 -0.018NS 0.743 0.611 -0.217NS MCW0248 0.576 0.606 0.048NS 0.434 0.607 0.285*** 0.561 0.651 0.138NS 0.610 0.635 0.039NS 0.429 0.550 0.221* *** NS NS NS LEI0166 0.475 0.587 0.191 0.288 0.279 -0.034 0.452 0.506 0.107 0.627 0.592 -0.059 0.343 0.439 0.218NS *** *** NS NS MCW0330 0.545 0.657 0.169 0.558 0.755 0.262 0.619 0.667 0.072 0.695 0.695 0.000 0.765 0.682 -0.121NS Tổng số 0.522 0.597 0.125*** 0.474 0.551 0.139*** 0.523 0.572 0.086*** 0.556 0.581 0.042* 0.485 0.555 0.126*** NS không tin cậy, *độ tin cậy 95%, ***độ tin cậy 99,9% kiểm định Fis có thực khác sau 2300 115000 lần hoán vị tương ứng Tần số dị hợp tử quan sát (Heobs) (bảng 7) locus gà Trới, gà Móng, gà Tè gà Tiên Yên từ 0.153-0.862, 0.148-0.708, 0.190-0.833, 0.288-0.864, 0.121-0.829 Heobs lớn gà Tiên Yên (0.556), sau đến gà Tè (0.523), gà Trới (0.522), gà Tò (0.485) gà Móng (0.474) Locus có độ đa dạng gen (Hexp) (bảng 7) thấp giống gà Trới, gà Tè, gà Tiên Yên gà Tò MCW0098 với giá trị 0.171, 0.249, 0.305 0.142; gà Móng locus LEI0166 với giá trị 0.279 Locus có độ đa dạng gen (Hexp) lớn gà Trới, gà Tè gà Tiên Yên MCW0295 với giá trị 0.819, 0.795, 0.814; gà Móng locus LEI0094 với giá trị 0.793; gà Tò locus MCW0069 với giá trị 0.747 Hexp giảm từ gà Trới (0.597), đến gà Tiên Yên (0.581), gà Tè (0.572), gà Tò (0.555) gà Móng (0.551) Tồn locus có giá trị Fis > (bảng 7) thu có ý nghĩa thống kê, chúng cân Hardy - Weinberg thiếu hụt dị hợp tử Các locus bao gồm 10 locus gà Trới, locus gà Móng, locus gà Tè, locus gà Tiên Yên, locus gà Tò Có khả locus có mối liên kết với tính trạng chịu tác động trình chọn giống địa phương xuất xứ chúng Các locus có giá trị Fis ≠ (bảng 7) thu không tin cậy nên chúng có cân Hardy - Weinberg không thiếu hụt dị hợp tử (Hobs = Hexp) Các locus 13 locus gà Trới, 16 locus gà Móng, 19 locus gà Tè, 19 locus gà Tiên Yên, 17 locus gà Tò Có khả không tồn mối liên kết locus với tính trạng chịu tác động trình chọn giống địa phương xuất xứ chúng Các giá trị Fis tổng thể giống gà > (bảng 7) có ý nghĩa thống kê Như không tồn giao phối ngẫu nhiên giống gà cân Hardy - Weinberg, tần số alen tỉ lệ phần trăm số cá thể dị hợp chúng bị thay đổi hệ sau Cùng với kết phân tích tần số alen chứng tỏ có nhiều khả việc dần alen xảy tỉ lệ cá thể dị hợp giống gà nghiên cứu giảm hệ sau Sự cân Hardy - Weinberg giống gà khẳng định thêm sai khác tần số dị hợp tử quan sát (giá trị Heobs) tần số dị hợp tử mong đợi (giá trị Hexp) giống gà tin cậy Căn vào bảng ta thấy gà Tiên Yên gà Tè có giá trị Fis thấp, 0.042 0.086 nên mức độ giao phối cận huyết chúng thấp Giá trị Fis lớn gặp gà Trới (0.125), gà - 22 - Tò (0.126) lớn gà Móng (0.139) nên mức độ giao phối cận huyết giống gà Trới, Tò, Móng lớn 3.2.2 Sự sai khác, khoảng cách quan hệ di truyền Giá trị Fst tính theo tác giả Weir Cockerham [42], khác biệt định tính quần thể xác định tính dựa theo Wright [43], giá trị DS tính theo công thức tác giả Nei công bố năm 1978 [27] độ tin cậy Fst DS trình bày bảng Cây quan hệ di truyền giống gà trình bày hình 34 Bảng Sai khác di truyền khoảng cách di truyền quần thể gà Cặp quần thể gà so sánh Giá trị Fst Mức khác biệt Gà Trới - gà Tiên Yên 0.00797** Nhỏ *** Gà Trới - gà Tè 0.04537 Nhỏ Gà Trới - gà Móng 0.05431*** Trung bình *** Gà Tè - gà Tiên Yên 0.05516 Trung bình Gà Trới - gà Tò 0.06108*** Trung bình *** Gà Móng - gà Tiên Yên 0.06185 Trung bình Gà Tè - gà Tò 0.07887*** Trung bình Gà Tiên Yên - gà Tò 0.08031*** Trung bình *** Gà Móng - gà Tò 0.08454 Trung bình Gà Móng - gà Tè 0.09441*** Trung bình ** *** , : độ tin cậy 99% 99.9%, xác định sau 10000 lần hoán vị Giá trị D S 0.012** 0.071*** 0.081*** 0.084*** 0.094*** 0.090*** 0.119*** 0.124*** 0.123*** 0.144*** Bảng thể biến thiên tương đồng giá trị Fst DS Các giá trị có ý nghĩa thống kê ngưỡng α = 0.01 α = 0.001 Mức khác biệt di truyền nhỏ bắt gặp giống gà Trới gà Tiên Yên (Fst = 0.00797), đến gà Tè (Fst = 0.04537) Tám cặp giống gà lại có mức khác biệt di truyền trung bình với (Fst > 0.05) Bảng thể mức biệt hóa di truyền nhỏ gà Trới gà Tiên Yên (DS = 0.012), giống gà Trới gà Tè (DS = 0.071) Mức độ biệt hóa di truyền gà Trới với gà Móng (DS = 0.081) tương đương với mức độ biệt hóa di truyền gà Tè gà Tiên Yên (DS = 0.084) Mức độ biệt hóa di truyền gà Trới gà Tò (DS = 0.094) tương đương với mức độ biệt hóa di truyền gà Móng gà Tiên Yên (DS = (0.090) Mức độ biệt hóa di truyền gà Tè gà Tò (DS = 0.119), gà Tiên Yên gà Tò (DS = (0.124), gà Móng gà Tò (DS = 0.123) tương đương Độ biệt hóa di truyền giữa gà Móng gà Tè (DS = 0.144) lớn giống gà nghiên cứu - 23 - Hình 26 Cây quan hệ di truyền giống gà nghiên cứu Cây quan hệ di truyền dựng theo phương pháp neighbor joining Các số điểm giao thể số lần xuất điểm giao sau 1000 bootstrap Hình thái cấu trúc nhánh xác nhận bootstrap 100% (hình 34) chia năm giống gà nghiên cứu thành ba nhánh riêng biệt, gồm nhánh gà Tè, nhánh gà Tiên Yên gà Trới, nhánh gà Móng gà Tò Chỉ số bootstrap nút giao gà Tiên Yên gà Trới lớn 70% chứng tỏ cấu trúc nhánh chúng với thực tế với độ tin cậy ≥ 95% [22] Nút giao gà Móng gà Tò có tần số xuất thấp nhất, với số bootstrap 70% KẾT LUẬN Cả năm giố ng gà nghiên cứu đề u có mức đa da ̣ng di truyề n trung bình (mỗi giống gà có từ 93 - 116 alen, độ đa dạng gen từ 0.551 - 0.597) Gà Tò nguồn đa dạng di truyền lớn (có alen riêng gồm alen 115bp locus MCW0037, alen 224bp locus MCW0206 alen 288bp locus MCW0330) đến gà Trới (có alen riêng gồm alen 106bp locus MCW0081 350bp locus LEI0166) Gà Tè đóng góp vào nguồn đa dạng di truyền có alen riêng (alen 144bp locus MCW0081) Cả năm giống đ ều có nguy giảm sút đa dạng di truyền thoái hóa giống giao phố i câ ̣n huyế t dẫn đến cân Hardy - Weinberg Việc khiến giống gà bị mấ t dầ n alen và giảm tỉ lê ̣ di hợp tử ở các thế ̣ sinh sản tiế p theo ̣ Gà Tè gà Tiên Yên có nguy giảm sút đa dạng di truyền thoái hóa giống gà Trới, gà Tò gà Móng có mức độ giao phối cận huyết thấp Cả năm giống gà khác v ề mặt di truyền giá trị Fst thu có ý nghĩa thống kê Các giá trị DS thu có ý nghĩa thống kê có phân nhánh quan hệ di truyền nên giữa năm giống gà biê ̣t hóa mặt di truyền thành ba nhóm - 24 - ĐỀ NGHỊ: Bảo tồn năm giống gà nghiên cứu Tăng số lượng cá thể gà nuôi dưỡng bảo tồn nhằm trì đa dạng di truyền có, xây dựng chương trình lai giống phù hợp nhằm làm giảm nguy thoái hóa giống chúng Nghiên cứu sâu dòng chảy gen giống gà, phân nhóm giống giống gà, mối tương quan lạc dòng di truyền đột biến giống gà nghiên cứu, xác định số cá thể tối thiểu cần thiết cho công tác bảo tồn năm giống gà hiệu quả, mở rộng nghiên cứu sang đối tượng gà nội khác References Tiếng Việt Trịnh Quang Hiệp (2009), “Báo cáo kết nghiên cứu Bảo tồn quỹ gen gà Tò”, Báo cáo kết bảo tồn nguồn gene vật nuôi Việt nam (2005-2009), Viện Chăn Nuôi, tr 187 194 Đặng Hữu Lanh, Trần Đình Miên, Trần Bình Trọng (1999), Cơ sở di truyền giống động vật, Nhà Xuất Bản Giáo Dục, Hà nội, tr 26, 36-37 Nguyễn Văn Tòng, Nguyễn Đình Duẩn (2009), “Báo cáo Bảo tồn quỹ gen gà Tiên Yên, Trới, Hắc Phong, Quý Phi, Mán Quảng Ninh”, Báo cáo kết bảo tồn nguồn gene vật nuôi Việt nam (2005-2009), Viện Chăn Nuôi, tr 195 - 201 Hồ Xuân Tùng, Nguyễn Huy Đạt, Trần Văn Phượng, Vũ Chí Thiện (2009), “Bảo tồn nguồn gen gà nội (gà Hồ, Mía gà Móng)”, Báo cáo kết bảo tồn nguồn gene vật nuôi Việt nam (2005-2009), Viện Chăn Nuôi, tr 82 - 95 Vũ Ngọc Sơn, Phạm Công Thiếu, Hoàng Văn Tiệu, Lê Thúy Hằng, Ngô Thị Thắm (2009), “Nghiên cứu bảo tồn quỹ gen gà Tè gà HB7”, Báo cáo kết bảo tồn nguồn gene vật nuôi Việt nam (2005-2009), Viện Chăn Nuôi, tr 294 - 298 Tiếng Anh Atteson, K., (1997), "The performance of the neighbor-joining method of phylogeny reconstruction" Mathematical hierarchies and biology: DIMACS series in discrete mathematics and theoretical computer science, 37: p 133-147 - 25 - Barker, J., D Bradley, R Fries, W Hill, M Nei, and R Wayne, (1993), "An integrated global programme to establish the genetic relationships among the breeds of each domestic animal species" Report of a working group for the Animal Production and Health Division FAO Roma Berthouly, C., G Leroy, T.N Van, H.H Thanh, B Bed'hom, B.T Nguyen, C.V Chi, F Monicat, M Tixier-Boichard, and E Verrier, (2009), "Genetic analysis of local Vietnamese chickens provides evidence of gene flow from wild to domestic populations" BMC genetics 10(1) This article is available from: http://www.biomedcentral.com/1471-2156/10/1 Bodzsar, N., H Eding, T Revay, A Hidas, and S Weigend, (2009), "Genetic diversity of Hungarian indigenous chicken breeds based on microsatellite markers" Animal Genetics 40(4): p 516-523 10 Cavalli-Sforza, L.L and A.W Edwards, (1967), "Phylogenetic analysis Models and estimation procedures" The American Journal of Human Genetics 19(3 Pt 1): p 233257 11 Crawford, R., (1990), "Poultry genetic resources: Evolution, diversity and conservation" Poultry Breeding and Genetics: p 43–60 12 Crooijmans, R., A Groen, A Van Kampen, S Van Der Beek, J Van Der Poel, and M Groenen, (1996), "Microsatellite polymorphism in commercial broiler and layer lines estimated using pooled blood samples" Poultry science 75(7): p 904-909 13 Cuc, N., F Muchadeyi, U Baulain, H Eding, S Weigend, and C Wollny, (2006), "An assessment of genetic diversity of Vietnamese H'mong chickens" International Journal of Poultry Science 5(10): p 912-920 14 Cuc, N., H Simianer, H Eding, H Tieu, V Cuong, C Wollny, L Groeneveld, and S Weigend, (2010), "Assessing genetic diversity of Vietnamese local chicken breeds using microsatellites" Animal Genetics 41(5): p 545-547 15 Dieringer, D and C Schlötterer, (2003), "Microsatellite analyser (MSA): a platform independent analysis tool for large microsatellite data sets" Molecular Ecology Notes 3(1): p 167-169 - 26 - 16 Eding, J and G Laval, (1999), "Measuring genetic uniqueness in livestock" OLDENBROEK, K (ed.) Genebanks and the Management of Farm Animal Genetic Resources: p 33-58 17 Felsenstein, J., (1985), "Confidence limits on phylogenies: an approach using the bootstrap" Evolution: p 783-791 18 Felsenstein, J., (2005), "PHYLIP (phylogeny inference package) version 3.6, 2004" Distributed by the author Department of Genome Sciences, University of Washington, Seattle 19 Goldstein, D.B., A.R Linares, L.L Cavalli-Sforza, and M.W Feldman, (1995), "An evaluation of genetic distances for use with microsatellite loci" Genetics 139(1): p 463471 20 Goudet, J., FSTAT, version 2.9.3: a program to estimate and test gene diversities and fixation indices (2001), Institute of Ecology, University of Lausanne, Lausanne, Switzerland 21 Groenen, M., R Crooijmans, A Veenendaal, H Cheng, M Siwek, and J Van Der Poel, (1998), "A comprehensive microsatellite linkage map of the chicken genome" Genomics 49(2): p 265-274 22 Hillis, D.M and J.J Bull, (1993), "An empirical test of bootstrapping as a method for assessing confidence in phylogenetic analysis" Systematic Biology 42(2): p 182-192 23 Mcconnell, S., D Dawson, A Wardle, and T Burke, (1999), "The isolation and mapping of 19 tetranucleotide microsatellite markers in the chicken" Animal Genetics 30(3): p 183-189 24 Mtileni, B., F Muchadeyi, A Maiwashe, E Groeneveld, L Groeneveld, K Dzama, and S Weigend, (2011), "Genetic diversity and conservation of South African indigenous chicken populations" Journal of Animal Breeding and Genetics 128(3): p 209-218 25 Mtileni, B., F Muchadeyi, S Weigend, A Maiwashe, E Groeneveld, L Groeneveld, M Chimonyo, and K Dzama, (2010), "A comparison of genetic diversity between South African conserved and field chicken populations using microsatellite markers" South African Journal of Animal Science 40(5): p 462-466 26 Nei, M., (1972), "Genetic distance among populations" American Naturalist 106: p 283292 - 27 - 27 Nei, M., (1978), "Estimation of average heterozygosity and genetic distance from a small number of individuals" Genetics 89(3): p 583-590 28 Nei, M., Molecular evolutionary genetics (1987): Columbia Univ Pr 29 Page, R.D.M., (1996), "TreeView" An application to display phylogenetic trees on personal computer Computer Applications in The Biosciences 12: p 357-358 30 Petit, R.J., A El Mousadik, and O Pons, (1998), "Identifying populations for conservation on the basis of genetic markers" Conservation Biology 12(4): p 844-855 31 Reynolds, J., B.S Weir, and C.C Cockerham, (1983), "Estimation of the coancestry coefficient: basis for a short-term genetic distance" Genetics 105(3): p 767-779 32 Romanov, M and S Weigend, (2001), "Analysis of genetic relationships between various populations of domestic and jungle fowl using microsatellite markers" Poultry science 80(8): p 1057-1063 33 Romanov, M., S Wezyk, K Cywa-Benko, and N Sakhatsky, (1996), "Poultry genetic resources in the countries of Eastern Europe-history and current state" Poultry and Avian Biology Reviews (United Kingdom) 34 Saitou, N and M Nei, (1987), "The neighbor-joining method: a new method for reconstructing phylogenetic trees" Molecular Biology and Evolution 4(4): p 406-425 35 Sambrook, J and D.W Russell, Molecular cloning: a laboratory manual Vol (2001): Cold Spring Harbor Laboratory Press 36 Sambrook, J and D.W Russell, Molecular cloning: a laboratory manual Vol (2001): Cold Spring Harbor Laboratory Press 37 Schlötterer, C and A Hoelzel, Molecular genetic analysis of populations: a practical approach (1998), Oxford University Press New York 38 Sokal, R.R and P.H.A Sneath, (1963), "Principles of numerical taxonomy" Principles of numerical taxonomy 39 Takezaki, N and M Nei, (1996), "Genetic distances and reconstruction of phylogenetic trees from microsatellite DNA" Genetics 144(1): p 389-399 40 Taylor, A., W Sherwin, and R Wayne, (2008), "Genetic variation of microsatellite loci in a bottlenecked species: the northern hairy-nosed wombat Lasiorhinus krefftii" Molecular Ecology 3(4): p 277-290 - 28 - 41 Tóth, G., Z Gáspári, and J Jurka, (2000), "Microsatellites in different eukaryotic genomes: survey and analysis" Genome Research 10(7): p 967-981 42 Weir, B and C Cockerham, (1984), "Estimating F-statistics for the analysis of population structure" Evolution 38(6): p 1358-1370 43 Wright, S., (1978), "Evolution and the genetics of populations Variability within and among natural populations Vol 4" University of Chicago press, Chicago, IL, USA 44 Zhang, X., F Leung, D Chan, Y Chen, and C Wu, (2002), "Comparative analysis of allozyme, random amplified polymorphic DNA, and microsatellite polymorphism on Chinese native chickens" Poultry science 81(8): p 1093-1098 45 Zhou, H and S Lamont, (2001), "Genetic characterization of biodiversity in highly inbred chicken lines by microsatellite markers" Animal Genetics 30(4): p 256-264 Tiếng Pháp 46 Belkhir, K., P Borsa, L Chikhi, N Raufaste, and F Bonhomme, (1996), "GENETIX 4.05, logiciel sous Windows TM pour la génétique des populations" Laboratoire génome, populations, interactions, CNRS UMR 5000 This article is available from: http://kimura.univ-montp2.fr/genetix/ - 29 -