Đang tải... (xem toàn văn)
Đề tài Đa dạng di truyền 5 quần thể gà nội, có mục đích góp phần làm sáng tỏ tính đa dạng di truyền, cấu trúc sinh sản và mối quan hệ di truyền giữa các quần thể gà nội kể trên, qua đó cung cấp các thông tin khoa học tin cậy cần thiết cho quá trình bảo tồn nguồn gen gà nội Việt Nam.
ĐẠI HỌC QUỐC GIA HÀ NỘI TRƯỜNG ĐẠI HỌC KHOA HỌC TỰ NHIÊN Lê Quang Nam ĐA DẠNG DI TRUYỀN 5 QUẦN THỂ GÀ NỘI LUẬN VĂN THẠC SĨ KHOA HỌC Hà Nội Năm 2012 ĐẠI HỌC QUỐC GIA HÀ NỘI TRƯỜNG ĐẠI HỌC KHOA HỌC TỰ NHIÊN Lê Quang Nam ĐA DẠNG DI TRUYỀN 5 QUẦN THỂ GÀ NỘI Chuyên ngành: Mã số: Sinh học thực nghiệm 60 42 30 LUẬN VĂN THẠC SĨ KHOA HỌC NGƯỜI HƯỚNG DẪN KHOA HỌC: PGS.TS Nguyễn Văn Mùi Hà Nội Năm 2012 MỤC LỤC MỞ ĐẦU Chương 1 TỔNG QUAN TÀI LIỆU 1.1 Nguồn gốc và phân loại gà nhà 1.2 Các kỹ thuật sinh học phân tử được sử dụng trong nghiên cứu .8 1.3 Các đặc điểm di truyền quần thể .10 Chương 2 ĐỐI TƯỢNG VÀ PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU 16 2.1 Đối tượng nghiên cưu và đia điêm thu m ́ ̣ ̉ ẫu .16 2.2 Các kỹ thuật thực nghiệm được sử dụng trong nghiên cứu 18 2.3 Phân tích thống kê 23 Chương 3 KẾT QUẢ VÀ THẢO LUẬN .29 3.1 Kết quả tách ADN và phân tích đoạn 29 3.2 Kết quả đánh giá các đặc điểm di truyền 30 KẾT LUẬN .51 ĐỀ NGHỊ: 52 TÀI LIỆU THAM KHẢO 53 Tiếng Việt 53 Tiếng Anh .53 Tiếng Pháp 58 1 DANH SÁCH HÌNH ẢNH VÀ BIỂU ĐỒ Hình 1. Gà mái Trới 19 Hình 2. Gà trống Trới .19 Hình 3. Đàn gà Móng .19 Hình 4. Đàn gà Tè .19 Hình 5. Gà mái Tiên Yên 19 Hình 6. Gà trống Tiên Yên 19 Hình 7. Gà mái Tò 20 Hình 8. Gà trống Tò 20 Hình 9. Ảnh điện di ADN trên gel agarose 29 Hình 10. Ảnh phân tích đoạn sản phẩm mix multiplex PCR 5 mồi 29 Hình 11. Tần số alen thuộc locus MCW0295 34 Hình 12. Tần số alen thuộc locus ADL0112 34 Hình 13. Tần số alen thuộc locus MCW0216 .34 Hình 14. Tần số alen thuộc locus MCW0014 .34 Hình 15. Tần số alen thuộc locus MCW0098 .34 Hình 16. Tần số alen thuộc locus MCW0111 34 Hình 17. Tần số alen thuộc locus MCW0078 .35 Hình 18. Tần số alen thuộc locus MCW0222 .35 Hình 19. Tần số alen thuộc locus LEI0094 35 Hình 20. Tần số alen thuộc locus MCW0183 .35 Hình 21. Tần số alen thuộc locus ADL0278 35 Hình 22. Tần số alen thuộc locus LEI0194 35 Hình 23. Tần số alen thuộc locus MCW0069 .36 Hình 24. Tần số alen thuộc locus MCW0034 .36 Hình 25. Tần số alen thuộc locus MCW0103 .36 Hình 26. Tần số alen thuộc locus ADL0268 36 Hình 27. Tần số alen thuộc locus MCW0037 .36 Hình 28. Tần số alen thuộc locus MCW0067 .36 Hình 29. Tần số alen thuộc locus MCW0206 .37 Hình 30. Tần số alen thuộc locus MCW0081 .37 Hình 31. Tần số alen thuộc locus MCW0248 .37 Hình 32. Tần số alen thuộc locus LEI0166 37 Hình 33. Tần số alen thuộc locus MCW0330 .37 Hình 34. Cây quan hệ di truyền của 5 giống gà nghiên cứu 50 2 DANH SÁCH BẢNG Bảng 1. Các cặp mồi microsatellite được sử dụng trong nghiên cứu .21 Bảng 2. Giả thiết H0 và đối thiết H1 trong kiểm định cân bằng Hardy Weinberg 25 Bảng 3. Giả thiết H0 và đối thiết H1 trong kiểm định sai khác di truyền 25 Bảng 4. Giả thiết H0 và đối thiết H1 trong kiểm định khoảng cách di truyền 26 Bảng 5. Dải alen quan sát ở 5 quần thể gà 30 Bảng 6. Số alen, độ phong phú alen trên mỗi locus ở mỗi quần thể gà 31 Bảng 7. Giá trị Heobs, Heexp và Fis ở từng locus và từng quần thể gà 42 Bảng 8. Sai khác di truyền và khoảng cách di truyền giữa các quần thể gà 48 Bang 9. Kêt qua đo OD dung dich ADN sau khi tach ̉ ́ ̉ ̣ ́ 59 3 CÁC THUẬT NGỮ VIẾT TẮT VÀ VIỆT HĨA ADN: deoxyribonucleic acid Allele: alen Allelic richness: độ phong phú (giàu có) alen Bottleneck effect: hiệu ứng thắt cổ chai Gene diversity: độ đa dạng gen, tần số dị hợp tử mong đợi Gene flow: dòng chảy gen Gene pool: vốn gen Genetic distance, DS: khoảng cách di truyền Genetic drift: sự lạc dòng (hoặc phiêu bạt, trơi dạt) di truyền Genetic variation: biến dị di truyền NST: nhiễm sắc thể PCR: polymerase chain reaction Multiplex PCR: PCR đa mồi Phylogenetic tree: cây quan hệ di truyền, hoặc cây phả hệ, hoặc cây tiến hóa, hoặc cây phát sinh lồi Pivate allele: alen riêng Topology tree: cấu trúc nhánh cây UPGMA: unweighted pair group method with arithmetic mean 4 LỜI CẢM ƠN Đầu tiên em xin chân thành cảm ơn thầy hướng dẫn, PGS. TS Nguyễn Văn Mùi đã dành nhiều thời gian và cơng sức tận tình quan tâm hướng dẫn em trong suốt q trình học tập và viết luận văn này. Tơi xin chân thành cảm ơn các đồng nghiệp thuộc Phòng Thí nghiệm Trọng điểm Cơng nghệ Tế bào Động vật Viện Chăn ni đã có những nhận xét, góp ý về mặt chun mơn trong q trình hồn thành luận văn. Cuối cùng tơi xin chân thành cảm ơn các thầy cơ, gia đình, bạn bè và đồng nghiệp đã quan tâm, động viên, bố trí cơng việc và tạo điều kiện thuận lợi cho tơi hồn thành khóa học thạc sỹ này 5 MỞ ĐẦU Tài ngun di truyền động vật là vốn sinh học căn bản để phát triển chăn ni và quan trọng đối với an ninh lương thực và sự phát triển nơng thơn bền vững Tuy nhiên, các nguồn lực này thường bị bỏ qn và được quản lý kém. Những năm gần đây đã chứng kiến sự giảm sút đáng kể về đa dạng di truyền một xu hướng mà có thể bị đẩy nhanh bởi những thay đổi nhanh chóng của mơi trường ảnh hưởng đến ngành chăn ni hiện nay Sự phát triển chăn ni ở thế kỷ 20 tập trung vào một số lượng rất nhỏ các giống trên tồn thế giới, thường xun khơng xem xét cách ảnh hưởng của mơi trường sản xuất đến khả năng tồn tại, sản xuất và sinh sản của động vật. Nhiều giống bản địa, mà một số trong đó đang bị đe dọa tuyệt chủng, có các tính trạng như khả năng phục hồi trước áp lực khí hậu và khả năng kháng bệnh và ký sinh trùng, khiến chúng thích nghi tốt với điều kiện địa phương, và có tầm quan trọng tiềm năng rất lớn đối với sản xuất chăn ni trong tương lai1 Việc bảo tồn nguồn di truyền tự nhiên khơng chỉ phục vụ cho lý do đạo đức và mỹ thuật mà nó còn liên quan tới cuộc sống của con người trên tồn cầu thơng qua việc sử dụng các sản phẩm từ nơng nghiệp, trồng trọt và chăn ni. Ngồi việc tạo ra nguồn thực phẩm, thì nguồn tài ngun động vật còn được ví như “kho lưu trữ” các tính trạng q trong q trình sản xuất nguồn thực phẩm. Các lồi gia cầm bản địa là một trong những nguồn gen q đã có sự thay đổi để phù hợp với các điều kiện mơi trường. Những giống gà bản địa có thể có những gen hoặc alen phù hợp với các điều kiện mơi trường sinh ra nó [33]. Việc bảo tồn các giống bản địa đóng vai trò quan trong đối với cơng tác chọn và tạo giống hiện tại cũng như trong tương lai Việc đánh giá các vốn gen sẽ đóng góp một phần vào cơng tác bảo tồn các http://www.fao.org/biodiversity/geneticresources/biodomesticanimals/en/ 6 3.2.2 Sự sai khác, khoảng cách và cây quan hệ di truyền Giá trị Fst được tính theo các tác giả Weir và Cockerham [42], sự khác biệt định tính giữa các quần thể xác định được tính dựa theo Wright [43], giá trị DS được tính theo cơng thức của tác giả Nei cơng bố năm 1978 [27] và độ tin cậy của Fst và DS được trình bày ở bảng 8. Cây quan hệ di truyền giữa các giống gà được trình bày ở hình 34 Bảng 8. Sai khác di truyền và khoảng cách di truyền giữa các quần thể gà Cặp quần thể gà so sánh Gà Trới gà Tiên n Gà Trới gà Tè Gà Trới gà Móng Gà Tè gà Tiên n Gà Trới gà Tò Gà Móng gà Tiên n Gà Tè gà Tò Gà Tiên n gà Tò Gà Móng gà Tò Gà Móng gà Tè Giá trị Fst 0.00797** 0.04537*** 0.05431*** 0.05516*** 0.06108*** 0.06185*** 0.07887*** 0.08031*** 0.08454*** 0.09441*** Mức khác biệt Nhỏ Nhỏ Trung bình Trung bình Trung bình Trung bình Trung bình Trung bình Trung bình Trung bình Giá trị DS 0.012** 0.071*** 0.081*** 0.084*** 0.094*** 0.090*** 0.119*** 0.124*** 0.123*** 0.144*** , : độ tin cậy 99% và 99.9%, xác định được sau 10000 lần hoán vị ** *** Bảng 8 thể hiện sự biến thiên tương đồng giữa các giá trị Fst và DS. Các giá trị này đều có ý nghĩa thống kê tại ngưỡng α = 0.01 và α = 0.001. Mức khác biệt di truyền nhỏ bắt gặp giống gà Trới gà Tiên Yên ( Fst = 0.00797), rồi đến gà Tè (Fst = 0.04537). Tám cặp giống gà còn lại có mức khác biệt di truyền trung bình với (Fst > 0.05). Mức sai khác di truyền giữa năm giống gà nội Việt nam là thấp hơn nhiều so với mức sai khác di truyền giữa các giống gà bản địa Hungary (Fst = 0.212 ± 0.011), giữa các giống gà bản địa Châu Âu (Fst = 0.317 ± 0.017) và giữa các giống gà thương mại (Fst = 0.327 ± 0.022) [9]. Như vậy các giống gà nội trong nghiên cứu này có sự phân nhóm thấp hơn nhiều so với các giống gà bản địa ở trên Một điểm rất thú vị đó là sự sai khác di truyền giữa giống gà Trới với gà Tiên n (Fst = 0.00797) là nhỏ hơn nhiều so với sự sai khác di truyền giữa quần 48 thể gà H’mơng ở xã Chiềng Chăn so với xã Phiêng Cằm (Fst = 0.0343), và so với xã Chiềng Nơi (Fst = 0.0334) đều thuộc huyện Mai Sơn tỉnh Sơn La [13]. Mức sai khác di truyền giữa các quần thể gà H’mơng trên là nhỏ hơn so với mức sai khác di truyền giữa chín cặp giống gà nghiên cứu còn lại Bảng 8 thể hiện mức biệt hóa di truyền nhỏ nhất là giữa gà Trới và gà Tiên Yên (DS = 0.012), giữa giống gà Trới và gà Tè (DS = 0.071). Mức độ biệt hóa di truyền giữa gà Trới với gà Móng (DS = 0.081) tương đương với mức độ biệt hóa di truyền giữa gà Tè và gà Tiên Yên (DS = 0.084). Mức độ biệt hóa di truyền giữa gà Trới và gà Tò (DS = 0.094) tương đương với mức độ biệt hóa di truyền giữa gà Móng và gà Tiên n (DS = (0.090). Mức độ biệt hóa di truyền giữa gà Tè và gà Tò (DS = 0.119), giữa gà Tiên n và gà Tò (DS = (0.124), giữa gà Móng và gà Tò (DS = 0.123) là tương đương nhau. Độ biệt hóa di truyền giữa giữa gà Móng và gà Tè (DS = 0.144) là lớn nhất trong các giống gà nghiên cứu, và tương đương với độ biệt hóa di truyền giữa hai quần thể gà H’mơng ở xã Chiềng Nơi và Chiền Chăn (DS = 0.1436) nhưng lại thấp hơn độ biệt hóa di truyền giữa quần thể gà H’mơng xã Phiêng Cằm và Chiền Chăn (DS = 0.1519) tại huyện Mai Sơn tỉnh Sơn La [13]. Do cơng thức tính giá trị DS theo Nei [27] dựa trên giả thuyết sự biệt hóa di truyền là do lạc dòng di truyền và đột biến, ta có thể nhận ra được các giống gà nghiên cứu ít bị tác động bởi sự lạc dòng di truyền hơn các quần thể gà H’mơng [13]. Ngun nhân có thể là do các giống gà nghiên cứu ít bị cơ lập về địa lý và số lượng cá thể tại địa phương là lớn hơn so với các quần thể gà H’mơng. 49 Hình 34. Cây quan hệ di truyền của 5 giống gà nghiên cứu Cây quan hệ di truyền được dựng theo phương pháp neighbor joining. Các số các điểm giao thể hiện số lần xuất hiện điểm giao đó sau 1000 bootstrap Hình thái cấu trúc nhánh cây và sự xác nhận bootstrap 100% (hình 34) chia năm giống gà nghiên cứu thành ba nhánh riêng biệt, gồm nhánh gà Tè, nhánh gà Tiên n và gà Trới, nhánh gà Móng và gà Tò. Chỉ số bootstrap ở nút giao giữa gà Tiên n và gà Trới lớn hơn 70% chứng tỏ cấu trúc nhánh cây giữa chúng đúng với thực tế với độ tin cậy ≥ 95% [22]. Nút giao giữa gà Móng và gà Tò có tần số xuất hiện thấp nhất, với chỉ số bootstrap dưới 70% 50 KẾT LUẬN Cả năm giông ga nghiên c ́ ̀ ưu đêu co m ́ ̀ ́ ức đa dang di truyên trung binh (m ̣ ̀ ̀ ỗi giống gà có từ 93 116 alen, độ đa dạng gen từ 0.551 0.597). Gà Tò là nguồn đa dạng di truyền lớn nhất (có 3 alen riêng gồm alen 115bp của locus MCW0037, alen 224bp của locus MCW0206 và alen 288bp của locus MCW0330) rồi đến gà Trới (có 2 alen riêng gồm alen 106bp của locus MCW0081 và 350bp của locus LEI0166). Gà Tè đóng góp vào nguồn đa dạng di truyền có alen riêng (alen 144bp locus MCW0081) Ca năm giơng đ ̉ ́ ều có nguy cơ giảm sút đa dạng di truyền và thối hóa giống do sự giao phơi cân hut d ́ ̣ ́ ẫn đến mất cân bằng Hardy Weinberg Việc này khiến các giống gà sẽ bị mât dân alen va giam ti lê di h ́ ̀ ̀ ̉ ̉ ̣ ̣ ợp tử ở cac thê hê sinh san tiêp theo. Gà Tè và gà Tiên n ít có nguy c ́ ́ ̣ ̉ ́ ơ giảm sút đa dạng di truyền và thối hóa giống hơn gà Trới, gà Tò và gà Móng do có mức độ giao phối cận huyết thấp hơn. Ca năm giơng gà đêu khac nhau v ̉ ́ ̀ ́ ề mặt di truyền do các giá trị Fst thu được có ý nghĩa thống kê. Các giá trị DS thu được có ý nghĩa thống kê và có sự phân nhánh của cây quan hệ di truyền nên giưa năm gi ̃ ống gà đã biêt hoa ̣ ́ về mặt di truyền thành ba nhóm chính 51 ĐỀ NGHỊ: Bảo tồn cả năm giống gà nghiên cứu Tăng số lượng cá thể gà đang được ni dưỡng và bảo tồn nhằm duy trì đa dạng di truyền hiện có, xây dựng một chương trình lai giống phù hợp nhằm làm giảm nguy cơ thối hóa giống của chúng Nghiên cứu sâu hơn về dòng chảy gen giữa các giống gà, sự phân nhóm giữa các giống và từng giống gà, mối tương quan giữa lạc dòng di truyền đột biến từng giống gà nghiên cứu, xác định số cá thể tối thiểu cần thiết cho công tác bảo tồn năm giống gà được hiệu quả, và mở rộng nghiên cứu sang các đối tượng gà nội khác 52 TÀI LIỆU THAM KHẢO Tiếng Việt Trịnh Quang Hiệp (2009), “Báo cáo kết quả nghiên cứu và Bảo tồn quỹ gen gà Tò”, Báo cáo kết quả bảo tồn nguồn gene vật ni Việt nam (2005 2009), Viện Chăn Ni, tr. 187 194 Đặng Hữu Lanh, Trần Đình Miên, Trần Bình Trọng (1999), Cơ sở di truyền giống động vật, Nhà Xuất Bản Giáo Dục, Hà nội, tr. 26, 3637 Nguyễn Văn Tòng, Nguyễn Đình Duẩn (2009), “Báo cáo Bảo tồn quỹ gen gà Tiên n, Trới, Hắc Phong, Q Phi, Mán tại Quảng Ninh”, Báo cáo kết quả bảo tồn nguồn gene vật ni Việt nam (20052009), Viện Chăn Ni, tr. 195 201 Hồ Xn Tùng, Nguyễn Huy Đạt, Trần Văn Phượng, Vũ Chí Thiện (2009), “Bảo tồn nguồn gen gà nội (gà Hồ, Mía và gà Móng)”, Báo cáo kết quả bảo tồn nguồn gene vật ni Việt nam (20052009), Viện Chăn Ni, tr. 82 95 Vũ Ngọc Sơn, Phạm Cơng Thiếu, Hồng Văn Tiệu, Lê Thúy Hằng, Ngơ Thị Thắm (2009), “Nghiên cứu bảo tồn quỹ gen gà Tè và gà HB7”, Báo cáo kết quả bảo tồn nguồn gene vật nuôi Việt nam (20052009), Viện Chăn Nuôi, tr. 294 298 Tiếng Anh Atteson, K., (1997), "The performance of the neighborjoining method of phylogeny reconstruction". Mathematical hierarchies and biology: DIMACS series in discrete mathematics and theoretical computer science, 37: p. 133147 Barker, J., D. Bradley, R. Fries, W. Hill, M. Nei, and R. Wayne, (1993), "An integrated global programme to establish the genetic relationships among the breeds of each domestic animal species". Report of a working group for the Animal Production and Health Division. FAO. Roma 53 Berthouly, C., G. Leroy, T.N. Van, H.H. Thanh, B. Bed'hom, B.T. Nguyen, C.V. Chi, F Monicat, M TixierBoichard, and E Verrier, (2009), "Genetic analysis of local Vietnamese chickens provides evidence of gene flow from wild to domestic populations". BMC genetics. 10(1). This article is available from: http://www.biomedcentral.com/14712156/10/1 Bodzsar, N., H. Eding, T. Revay, A. Hidas, and S. Weigend, (2009), "Genetic diversity of Hungarian indigenous chicken breeds based on microsatellite markers". Animal Genetics. 40(4): p. 516523 10 CavalliSforza, L.L. and A.W. Edwards, (1967), "Phylogenetic analysis. Models and estimation procedures". The American Journal of Human Genetics 19(3 Pt 1): p. 233257 11 Crawford, R., (1990), "Poultry genetic resources: Evolution, diversity and conservation". Poultry Breeding and Genetics: p. 43–60 12 Crooijmans, R., A. Groen, A. Van Kampen, S. Van Der Beek, J. Van Der Poel, and M Groenen, (1996), "Microsatellite polymorphism in commercial broiler and layer lines estimated using pooled blood samples". Poultry science. 75(7): p. 904909 13 Cuc, N., F Muchadeyi, U Baulain, H Eding, S Weigend, and C Wollny, (2006), "An assessment of genetic diversity of Vietnamese H'mong chickens". International Journal of Poultry Science. 5(10): p. 912920 14 Cuc, N., H. Simianer, H. Eding, H. Tieu, V. Cuong, C. Wollny, L. Groeneveld, and S. Weigend, (2010), "Assessing genetic diversity of Vietnamese local chicken breeds using microsatellites". Animal Genetics. 41(5): p. 545547 15 Dieringer, D and C Schlötterer, (2003), "Microsatellite analyser (MSA): a platform independent analysis tool for large microsatellite data sets". Molecular Ecology Notes. 3(1): p. 167169 54 16 Eding, J. and G. Laval, (1999), "Measuring genetic uniqueness in livestock". OLDENBROEK, K. (ed.) Genebanks and the Management of Farm Animal Genetic Resources: p. 3358 17 Felsenstein, J., (1985), "Confidence limits on phylogenies: an approach using the bootstrap". Evolution: p. 783791 18 Felsenstein, J., (2005), "PHYLIP (phylogeny inference package) version 3.6, 2004". Distributed by the author Department of Genome Sciences, University of Washington, Seattle 19 Goldstein, D.B., A.R. Linares, L.L. CavalliSforza, and M.W. Feldman, (1995), "An evaluation of genetic distances for use with microsatellite loci". Genetics. 139(1): p. 463471 20 Goudet, J., FSTAT, version 2.9.3: a program to estimate and test gene diversities and fixation indices. (2001), Institute of Ecology, University of Lausanne, Lausanne, Switzerland 21 Groenen, M., R. Crooijmans, A. Veenendaal, H. Cheng, M. Siwek, and J. Van Der Poel, (1998), "A comprehensive microsatellite linkage map of the chicken genome". Genomics. 49(2): p. 265274 22 Hillis, D.M and J.J Bull, (1993), "An empirical test of bootstrapping as a method for assessing confidence in phylogenetic analysis". Systematic Biology. 42(2): p. 182192 23 Mcconnell, S., D. Dawson, A. Wardle, and T. Burke, (1999), "The isolation and mapping of 19 tetranucleotide microsatellite markers in the chicken". Animal Genetics. 30(3): p. 183189 24 Mtileni, B., F Muchadeyi, A Maiwashe, E Groeneveld, L Groeneveld, K. Dzama, and S Weigend, (2011), "Genetic diversity and conservation of South African indigenous chicken populations". Journal of Animal Breeding and Genetics. 128(3): p. 209218 55 25 Mtileni, B., F Muchadeyi, S Weigend, A Maiwashe, E Groeneveld, L. Groeneveld, M Chimonyo, and K Dzama, (2010), "A comparison of genetic diversity between South African conserved and field chicken populations using microsatellite markers". South African Journal of Animal Science. 40(5): p. 462466 26 Nei, M., (1972), "Genetic distance among populations". American Naturalist. 106: p. 283292 27 Nei, M., (1978), "Estimation of average heterozygosity and genetic distance from a small number of individuals". Genetics. 89(3): p. 583590 28 Nei, M., Molecular evolutionary genetics. (1987): Columbia Univ Pr 29 Page, R.D.M., (1996), "TreeView". An application to display phylogenetic trees on personal computer. Computer Applications in The Biosciences. 12: p. 357358 30 Petit, R.J., A. El Mousadik, and O. Pons, (1998), "Identifying populations for conservation on the basis of genetic markers". Conservation Biology. 12(4): p. 844855 31 Reynolds, J., B.S Weir, and C.C Cockerham, (1983), "Estimation of the coancestry coefficient: basis for a shortterm genetic distance". Genetics. 105(3): p. 767779 32 Romanov, M and S Weigend, (2001), "Analysis of genetic relationships between various populations of domestic and jungle fowl using microsatellite markers". Poultry science. 80(8): p. 10571063 33 Romanov, M., S. Wezyk, K. CywaBenko, and N. Sakhatsky, (1996), "Poultry genetic resources in the countries of Eastern Europehistory and current state". Poultry and Avian Biology Reviews (United Kingdom) 34 Saitou, N. and M. Nei, (1987), "The neighborjoining method: a new method for reconstructing phylogenetic trees". Molecular Biology and Evolution. 4(4): p. 406425 56 35 Sambrook, J. and D.W. Russell, Molecular cloning: a laboratory manual. Vol. 2. (2001): Cold Spring Harbor Laboratory Press 36 Sambrook, J. and D.W. Russell, Molecular cloning: a laboratory manual. Vol. 3. (2001): Cold Spring Harbor Laboratory Press 37 Schlötterer, C. and A. Hoelzel, Molecular genetic analysis of populations: a practical approach. (1998), Oxford University Press New York 38 Sokal, R.R. and P.H.A Sneath, (1963), "Principles of numerical taxonomy". Principles of numerical taxonomy 39 Takezaki, N and M Nei, (1996), "Genetic distances and reconstruction of phylogenetic trees from microsatellite DNA". Genetics. 144(1): p. 389399 40 Taylor, A., W Sherwin, and R Wayne, (2008), "Genetic variation of microsatellite loci in a bottlenecked species: the northern hairynosed wombat Lasiorhinus krefftii". Molecular Ecology. 3(4): p. 277290 41 Tóth, G., Z Gáspári, and J Jurka, (2000), "Microsatellites in different eukaryotic genomes: survey and analysis". Genome Research. 10(7): p. 967 981 42 Weir, B. and C. Cockerham, (1984), "Estimating Fstatistics for the analysis of population structure". Evolution. 38(6): p. 13581370 43 Wright, S., (1978), "Evolution and the genetics of populations Variability within and among natural populations. Vol. 4". University of Chicago press, Chicago, IL, USA 44 Zhang, X., F Leung, D Chan, Y Chen, and C Wu, (2002), "Comparative analysis of allozyme, random amplified polymorphic DNA, and microsatellite polymorphism on Chinese native chickens". Poultry science. 81(8): p. 10931098 45 Zhou, H. and S. Lamont, (2001), "Genetic characterization of biodiversity in highly inbred chicken lines by microsatellite markers". Animal Genetics. 30(4): p. 256264 57 Tiếng Pháp 46 Belkhir, K., P Borsa, L Chikhi, N Raufaste, and F Bonhomme, (1996), "GENETIX 4.05, logiciel sous Windows TM pour la génétique des populations". Laboratoire génome, populations, interactions, CNRS UMR. 5000. This article is available from: http://kimura.univmontp2.fr/genetix/ 58 PHU LUC ̣ ̣ Bang ̉ 9. Kêt qua đo OD dung dich ADN sau khi tach ́ ̉ ̣ ́ Ky hiêu ́ ̣ mẫu Trơi01 ́ Trơi02 ́ Trơi03 ́ Trơi04 ́ Trơi05 ́ Trơi06 ́ Trơi07 ́ Trơi08 ́ Trơi09 ́ Trơi10 ́ Trơi11 ́ Trơi12 ́ Trơi13 ́ Trơi14 ́ Trơi15 ́ Trơi16 ́ Trơi17 ́ Trơi18 ́ Trơi19 ́ Trơi20 ́ Trơi21 ́ Trơi22 ́ Trơi23 ́ Trơi24 ́ Trơi25 ́ Trơi26 ́ Trơi27 ́ Trơi28 ́ Trơi29 ́ Trơi30 ́ Trơi31 ́ Trơi32 ́ A260 A280 1.086 1.096 0.931 1.953 1.538 1.87 1.535 3.607 1.772 1.296 1.324 1.31 5.85 1.803 3.596 1.224 1.125 1.885 1.131 1.514 2.035 1.758 3.232 2.706 2.233 1.803 2.166 2.375 1.167 2.342 1.367 2.269 0.61 0.62 0.52 1.1 0.85 1.05 0.86 1.96 0.73 0.74 0.74 3.18 1.00 1.95 0.69 0.63 1.06 0.63 0.84 1.13 0.98 1.75 1.49 1.25 1.02 1.2 1.33 0.65 1.31 0.77 1.25 260/280 1.78 1.78 1.79 1.78 1.80 1.78 1.80 1.84 1.78 1.78 1.78 1.78 1.84 1.81 1.84 1.78 1.78 1.78 1.78 1.81 1.79 1.79 1.85 1.82 1.79 1.78 1.81 1.79 1.79 1.79 1.79 1.81 Ky hiêu ́ ̣ mẫu Trơi33 ́ Trơi34 ́ Trơi35 ́ Trơi36 ́ Trơi37 ́ Trơi38 ́ Trơi39 ́ Trơi40 ́ Trơi41 ́ Trơi42 ́ Trơi43 ́ Trơi44 ́ Trơi45 ́ Trơi46 ́ Trơi47 ́ Trơi48 ́ Trơi49 ́ Trơi50 ́ Trơi51 ́ Trơi52 ́ Trơi53 ́ Trơi54 ́ Trơi55 ́ Trơi56 ́ Trơi57 ́ Trơi58 ́ Trơi59 ́ Trơi60 ́ Mong01 ́ Mong02 ́ Mong03 ́ Mong04 ́ 59 A260 A280 1.679 1.651 3.621 2.23 1.03 1.723 1.051 2.742 2.224 2.547 0.218 0.262 4.515 4.354 4.453 3.945 4.164 3.763 4.674 2.197 4.839 2.135 5.313 2.655 2.617 1.268 3.093 3.796 2.587 5.617 4.36 3.011 0.94 0.93 1.98 1.24 0.57 0.97 0.59 1.52 1.24 1.43 0.12 0.15 2.39 2.41 2.47 2.14 2.25 2.11 2.47 1.21 2.66 1.18 2.84 1.49 1.35 0.66 1.63 1.98 1.38 2.92 2.42 1.67 260/280 1.78 1.78 1.83 1.80 1.81 1.78 1.79 1.80 1.79 1.79 1.84 1.78 1.89 1.81 1.80 1.85 1.85 1.78 1.89 1.81 1.82 1.82 1.87 1.79 1.93 1.91 1.90 1.91 1.87 1.92 1.80 1.80 Bang 9. Kêt qua đo OD dung dich ADN sau khi tach (ti ̉ ́ ̉ ̣ ́ ếp) Ky hiêu ́ ̣ mẫu Mong05 ́ Mong06 ́ Mong07 ́ Mong08 ́ Mong09 ́ Mong10 ́ Mong11 ́ Mong12 ́ Mong13 ́ Mong14 ́ Mong15 ́ Mong16 ́ Mong17 ́ Mong18 ́ Mong19 ́ Mong20 ́ Mong21 ́ Mong22 ́ Mong23 ́ Mong24 ́ Mong25 ́ Mong26 ́ Mong27 ́ Mong28 ́ Mong29 ́ Mong30 ́ Mong31 ́ Mong32 ́ Mong33 ́ Mong34 ́ Mong35 ́ Mong36 ́ A260 A280 3.227 4.379 1.467 5.707 3.977 3.346 3.258 3.666 0.362 4.384 5.677 5.78 5.488 3.679 5.663 1.154 4.59 0.818 2.498 4.041 4.26 1.024 0.292 0.889 5.188 3.158 1.981 3.238 3.378 1.32 4.607 1.583 1.78 2.35 0.77 3.11 2.19 1.79 1.73 1.92 0.2 2.46 3.18 3.08 2.91 1.92 3.08 0.61 2.4 0.42 1.33 2.15 2.21 0.53 0.16 0.48 2.66 1.69 1.04 1.79 1.78 0.72 2.45 0.81 260/280 1.82 1.86 1.90 1.83 1.82 1.87 1.88 1.91 1.84 1.78 1.78 1.88 1.88 1.91 1.84 1.90 1.91 1.93 1.89 1.88 1.93 1.92 1.87 1.85 1.95 1.87 1.91 1.81 1.90 1.84 1.88 1.95 Ky hiêu ́ ̣ mẫu Mong37 ́ Mong38 ́ Mong39 ́ Mong40 ́ Mong41 ́ Mong42 ́ Mong43 ́ Mong44 ́ Mong45 ́ Mong46 ́ Mong47 ́ Mong48 ́ Mong49 ́ Mong50 ́ Mong51 ́ Mong52 ́ Mong53 ́ Mong54 ́ Te01 ̀ Te02 ̀ Te03 ̀ Te04 ̀ Te05 ̀ Te06 ̀ Te07 ̀ Te08 ̀ Te09 ̀ Te10 ̀ Te11 ̀ Te12 ̀ Te13 ̀ Te14 ̀ A260 5.046 5.159 0.905 1.057 2.802 2.496 3.567 3.348 1.594 5.062 3.494 5.607 1.007 2.663 5.661 4.848 3.738 1.646 4.523 3.073 5.529 3.569 0.812 3.621 5.544 1.711 1.078 5.517 1.651 0.609 5.353 2.483 Bang 9. Kêt qua đo OD dung dich ADN sau khi tach (ti ̉ ́ ̉ ̣ ́ ếp) 60 A280 2.75 2.73 0.48 0.56 1.53 1.33 1.99 1.83 0.85 2.8 1.91 3.06 0.52 1.43 3.05 2.53 1.92 0.9 2.35 1.67 2.98 1.98 0.44 1.96 2.86 0.92 0.59 3.08 0.92 0.32 2.76 1.28 260/280 1.83 1.89 1.89 1.88 1.83 1.87 1.79 1.83 1.87 1.81 1.83 1.83 1.94 1.86 1.85 1.92 1.94 1.83 1.93 1.84 1.86 1.81 1.85 1.85 1.94 1.86 1.82 1.79 1.80 1.90 1.94 1.94 Ky hiêu ́ ̣ mẫu Te15 ̀ Te16 ̀ Te17 ̀ Te18 ̀ Te19 ̀ Te20 ̀ Te21 ̀ Te22 ̀ Te23 ̀ Te24 ̀ Te25 ̀ Te26 ̀ Te27 ̀ Te28 ̀ Te29 ̀ Te30 ̀ Te31 ̀ Te32 ̀ Te33 ̀ Te34 ̀ Te35 ̀ Te36 ̀ Te37 ̀ Te38 ̀ Te39 ̀ Te40 ̀ Te41 ̀ Te42 ̀ TiênYên01 TiênYên02 TiênYên03 TiênYên04 A260 A280 1.677 5.368 2.228 1.941 0.558 1.524 1.952 5.713 3.573 2.48 1.141 0.296 3.963 4.652 0.231 5.545 3.757 3.152 1.878 2.347 2.428 5.18 1.392 5.774 1.97 4.727 1.32 4.944 1.427 0.665 3.183 4.575 0.94 2.81 1.23 1.01 0.29 0.85 1.03 3.04 1.92 1.38 0.63 0.15 2.11 2.53 0.12 2.09 1.7 1.03 1.31 1.32 2.77 0.74 2.98 1.1 2.45 0.73 2.62 0.79 0.35 1.78 2.43 260/280 1.78 1.91 1.82 1.92 1.92 1.80 1.90 1.88 1.86 1.80 1.82 1.92 1.88 1.84 1.88 1.85 1.80 1.85 1.83 1.78 1.84 1.87 1.87 1.94 1.79 1.93 1.80 1.89 1.82 1.90 1.78 1.88 Ky hiêu ́ ̣ mẫu TiênYên05 TiênYên06 TiênYên07 TiênYên08 TiênYên09 TiênYên10 TiênYên11 TiênYên12 TiênYên13 TiênYên14 TiênYên15 TiênYên16 TiênYên17 TiênYên18 TiênYên19 TiênYên20 TiênYên21 TiênYên22 TiênYên23 TiênYên24 TiênYên25 TiênYên26 TiênYên27 TiênYên28 TiênYên29 TiênYên30 TiênYên31 TiênYên32 TiênYên33 TiênYên34 TiênYên35 TiênYên36 A260 4.324 4.14 2.932 5.5 1.452 4.765 2.248 0.922 1.483 0.568 3.645 1.327 2.475 4.955 2.163 1.11 5.333 1.433 5.023 3.817 5.086 1.763 5.834 4.919 0.567 3.422 0.496 1.798 2.36 0.823 5.759 4.645 Bang 9. Kêt qua đo OD dung dich ADN sau khi tach (ti ̉ ́ ̉ ̣ ́ ếp) 61 A280 2.29 2.31 1.63 2.97 0.75 2.49 1.23 0.51 0.82 0.3 1.97 0.71 1.33 2.56 1.12 0.57 2.81 0.78 2.8 2.03 2.78 0.92 3.26 2.57 0.3 1.77 0.27 0.96 1.28 0.44 3.03 2.6 260/280 1.89 1.79 1.80 1.85 1.95 1.91 1.83 1.82 1.80 1.88 1.85 1.88 1.86 1.94 1.94 1.93 1.89 1.85 1.79 1.88 1.83 1.92 1.79 1.91 1.92 1.94 1.85 1.88 1.84 1.87 1.90 1.79 Ky hiêu ́ ̣ mẫu TiênYên37 TiênYên38 TiênYên39 TiênYên40 TiênYên41 TiênYên42 TiênYên43 TiênYên44 TiênYên45 TiênYên46 TiênYên47 TiênYên48 TiênYên49 TiênYên50 TiênYên51 TiênYên52 TiênYên53 TiênYên54 TiênYên55 TiênYên56 TiênYên57 TiênYên58 TiênYên59 To01 ̀ To02 ̀ To03 ̀ To04 ̀ To05 ̀ To06 ̀ A260 A280 3.394 2.69 0.299 3.093 1.25 4.696 4.82 4.169 4.338 5.184 0.594 4.988 1.359 4.05 2.157 0.798 5.175 3.001 5.277 3.517 5.753 1.973 0.389 0.471 2.627 3.605 1.144 4.574 4.281 1.78 1.44 0.16 1.65 0.69 2.49 2.63 2.22 2.43 2.77 0.33 2.73 0.75 2.08 1.19 0.42 2.71 1.64 2.95 1.83 3.13 1.09 0.21 0.25 1.36 1.98 0.59 2.45 2.31 260/280 1.90 1.87 1.90 1.87 1.81 1.88 1.83 1.88 1.79 1.87 1.79 1.82 1.81 1.95 1.81 1.92 1.91 1.83 1.79 1.93 1.84 1.82 1.81 1.87 1.93 1.82 1.94 1.87 1.85 Ky hiêu ́ ̣ mẫu To07 ̀ To08 ̀ To09 ̀ To10 ̀ To11 ̀ To12 ̀ To13 ̀ To14 ̀ To15 ̀ To16 ̀ To17 ̀ To18 ̀ To19 ̀ To20 ̀ To21 ̀ To22 ̀ To23 ̀ To24 ̀ To25 ̀ To26 ̀ To27 ̀ To28 ̀ To29 ̀ To30 ̀ To31 ̀ To32 ̀ To33 ̀ To34 ̀ To35 ̀ 62 A260 4.312 5.552 4.77 0.885 5.197 1.553 0.819 0.64 0.833 3.801 2.551 5.456 5.654 2.242 2.937 0.978 2.711 0.842 5.71 1.975 2.439 1.427 4.485 4.67 1.968 5.389 4.001 4.52 4.123 A280 2.37 2.91 2.46 0.5 2.75 0.81 0.42 0.34 0.43 1.97 1.42 2.91 3.03 1.21 1.55 0.54 1.48 0.44 3.06 1.01 1.34 0.74 2.48 2.43 1.02 2.81 2.16 2.36 2.19 260/280 1.82 1.91 1.94 1.78 1.89 1.91 1.94 1.86 1.95 1.93 1.79 1.87 1.86 1.86 1.90 1.82 1.84 1.92 1.87 1.95 1.82 1.93 1.81 1.92 1.94 1.92 1.85 1.92 1.89 ... tài chúng tơi thực hiện có tên là Đa dạng di truyền 5 quần thể gà nội, có mục đích góp phần làm sáng tỏ tính đa dạng di truyền, cấu trúc sinh sản và mối quan hệ di truyền giữa các quần thể gà nội kể trên, qua đó cung cấp các thơng tin khoa học tin cậy cần thiết cho q trình...Hà Nội Năm 2012 ĐẠI HỌC QUỐC GIA HÀ NỘI TRƯỜNG ĐẠI HỌC KHOA HỌC TỰ NHIÊN Lê Quang Nam ĐA DẠNG DI TRUYỀN 5 QUẦN THỂ GÀ NỘI Chuyên ngành: Mã số: Sinh học thực nghiệm... Cùng với những điều đã trình bày trên, và do 5 quần thể gà nghiên cứu có sự chênh lệch lớn về cỡ mẫu, gà Trới, gà Móng, gà Tè, gà Tiên n và gà Tò trong nghiên cứu có 60, 54 , 42, 59 và 35 cá thể theo thứ tự, nên cách tính giá trị