ĐA DẠNG DI TRUYỀN 5 QUẦN THỂ gà nội

ĐẠI HỌC QUỐC GIA HÀ NỘI TRƯỜNG ĐẠI HỌC KHOA HỌC TỰ NHIÊN - Lê Quang Nam ĐA DẠNG DI TRUYỀN QUẦN THỂ GÀ NỘI LUẬN VĂN THẠC SĨ KHOA HỌC Hà Nội - Năm 2012 ĐẠI HỌC QUỐC GIA HÀ NỘI TRƯỜNG ĐẠI HỌC KHOA HỌC TỰ NHIÊN - Lê Quang Nam ĐA DẠNG DI TRUYỀN QUẦN THỂ GÀ NỘI Chuyên ngành: Mã số: Sinh học thực nghiệm 60 42 30 LUẬN VĂN THẠC SĨ KHOA HỌC NGƯỜI HƯỚNG DẪN KHOA HỌC: PGS.TS Nguyễn Văn Mùi Hà Nội - Năm 2012 MỤC LỤC MỞ ĐẦU .6 Chương - TỔNG QUAN TÀI LIỆU .8 1.1 Nguồn gốc phân loại gà nhà 1.2 Các kỹ thuật sinh học phân tử sử dụng nghiên cứu 1.3 Các đặc điểm di truyền quần thể 10 Chương - ĐỐI TƯỢNG VÀ PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU 15 2.1 Đối tượng nghiên cứu địa điểm thu mẫu 15 2.2 Các kỹ thuật thực nghiệm sử dụng nghiên cứu 17 2.3 Phân tích thống kê 21 Chương - KẾT QUẢ VÀ THẢO LUẬN 26 3.1 Kết tách ADN phân tích đoạn 26 3.2 Kết đánh giá đặc điểm di truyền 27 KẾT LUẬN .45 ĐỀ NGHỊ: 46 TÀI LIỆU THAM KHẢO 47 Tiếng Việt 47 Tiếng Anh 47 Tiếng Pháp .51 -1- DANH SÁCH HÌNH ẢNH VÀ BIỂU ĐỒ Hình Gà mái Trới 18 Hình Gà trống Trới 18 Hình Đàn gà Móng .18 Hình Đàn gà Tè .18 Hình Gà mái Tiên Yên 18 Hình Gà trống Tiên Yên .18 Hình Gà mái Tò 18 Hình Gà trống Tò 18 Hình Ảnh điện di ADN gel agarose .26 Hình 10 Ảnh phân tích đoạn sản phẩm mix multiplex PCR mồi 26 Hình 11 Tần số alen thuộc locus MCW0295 30 Hình 12 Tần số alen thuộc locus ADL0112 30 Hình 13 Tần số alen thuộc locus MCW0216 30 Hình 14 Tần số alen thuộc locus MCW0014 30 Hình 15 Tần số alen thuộc locus MCW0098 30 Hình 16 Tần số alen thuộc locus MCW0111 30 Hình 17 Tần số alen thuộc locus MCW0078 31 Hình 18 Tần số alen thuộc locus MCW0222 31 Hình 19 Tần số alen thuộc locus LEI0094 .31 Hình 20 Tần số alen thuộc locus MCW0183 31 Hình 21 Tần số alen thuộc locus ADL0278 31 Hình 22 Tần số alen thuộc locus LEI0194 .31 Hình 23 Tần số alen thuộc locus MCW0069 32 Hình 24 Tần số alen thuộc locus MCW0034 32 Hình 25 Tần số alen thuộc locus MCW0103 32 Hình 26 Tần số alen thuộc locus ADL0268 32 Hình 27 Tần số alen thuộc locus MCW0037 32 Hình 28 Tần số alen thuộc locus MCW0067 32 Hình 29 Tần số alen thuộc locus MCW0206 33 Hình 30 Tần số alen thuộc locus MCW0081 33 Hình 31 Tần số alen thuộc locus MCW0248 33 Hình 32 Tần số alen thuộc locus LEI0166 .33 Hình 33 Tần số alen thuộc locus MCW0330 33 Hình 34 Cây quan hệ di truyền giống gà nghiên cứu 44 -2- DANH SÁCH BẢNG Bảng Các cặp mồi microsatellite sử dụng nghiên cứu 20 Bảng Giả thiết H0 đối thiết H1 kiểm định cân Hardy - Weinberg 23 Bảng Giả thiết H0 đối thiết H1 kiểm định sai khác di truyền 23 Bảng Giả thiết H0 đối thiết H1 kiểm định khoảng cách di truyền .24 Bảng Dải alen quan sát quần thể gà 27 Bảng Số alen, độ phong phú alen locus quần thể gà 28 Bảng Giá trị Heobs, Heexp Fis locus quần thể gà 38 Bảng Sai khác di truyền khoảng cách di truyền quần thể gà 42 Bảng Kết đo OD dung dịch ADN sau tách 52 -3- CÁC THUẬT NGỮ VIẾT TẮT VÀ VIỆT HÓA ADN: deoxyribonucleic acid Allele: alen Allelic richness: độ phong phú (giàu có) alen Bottleneck effect: hiệu ứng thắt cổ chai Gene diversity: độ đa dạng gen, tần số dị hợp tử mong đợi Gene flow: dòng chảy gen Gene pool: vốn gen Genetic distance, DS: khoảng cách di truyền Genetic drift: lạc dòng (hoặc phiêu bạt, trôi dạt) di truyền Genetic variation: biến dị di truyền NST: nhiễm sắc thể PCR: polymerase chain reaction Multiplex PCR: PCR đa mồi Phylogenetic tree: quan hệ di truyền, phả hệ, tiến hóa, phát sinh loài Pivate allele: alen riêng Topology tree: cấu trúc nhánh UPGMA: unweighted pair - group method with arithmetic mean -4- LỜI CẢM ƠN Đầu tiên em xin chân thành cảm ơn thầy hướng dẫn, PGS TS Nguyễn Văn Mùi dành nhiều thời gian công sức tận tình quan tâm hướng dẫn em suốt trình học tập viết luận văn Tôi xin chân thành cảm ơn đồng nghiệp thuộc Phòng Thí nghiệm Trọng điểm Công nghệ Tế bào Động vật - Viện Chăn nuôi có nhận xét, góp ý mặt chuyên môn trình hoàn thành luận văn Cuối xin chân thành cảm ơn thầy cô, gia đình, bạn bè đồng nghiệp quan tâm, động viên, bố trí công việc tạo điều kiện thuận lợi cho hoàn thành khóa học thạc sỹ -5- MỞ ĐẦU Tài nguyên di truyền động vật vốn sinh học để phát triển chăn nuôi quan trọng an ninh lương thực phát triển nông thôn bền vững Tuy nhiên, nguồn lực thường bị bỏ quên quản lý Những năm gần chứng kiến giảm sút đáng kể đa dạng di truyền - xu hướng mà bị đẩy nhanh thay đổi nhanh chóng môi trường ảnh hưởng đến ngành chăn nuôi Sự phát triển chăn nuôi kỷ 20 tập trung vào số lượng nhỏ giống toàn giới, thường xuyên không xem xét cách ảnh hưởng môi trường sản xuất đến khả tồn tại, sản xuất sinh sản động vật Nhiều giống địa, mà số bị đe dọa tuyệt chủng, có tính trạng khả phục hồi trước áp lực khí hậu khả kháng bệnh ký sinh trùng, khiến chúng thích nghi tốt với điều kiện địa phương, có tầm quan trọng tiềm lớn sản xuất chăn nuôi tương lai1 Việc bảo tồn nguồn di truyền tự nhiên không phục vụ cho lý đạo đức mỹ thuật mà liên quan tới sống người toàn cầu thông qua việc sử dụng sản phẩm từ nông nghiệp, trồng trọt chăn nuôi Ngoài việc tạo nguồn thực phẩm, nguồn tài nguyên động vật ví “kho lưu trữ” tính trạng quý trình sản xuất nguồn thực phẩm Các loài gia cầm địa nguồn gen quý có thay đổi để phù hợp với điều kiện môi trường Những giống gà địa có gen alen phù hợp với điều kiện môi trường sinh [33] Việc bảo tồn giống địa đóng vai trò quan công tác chọn tạo giống tương lai Việc đánh giá vốn gen đóng góp phần vào công tác bảo tồn giống gà địa phương, đặc biệt việc sử dụng phương pháp sinh học phân tử làm công việc đánh giá đa dạng di truyền quan trọng [32] Hiện có nhiều loại thị http://www.fao.org/biodiversity/geneticresources/bio-domesticanimals/en/ -6- phân tử sử dụng công tác đánh giá đặc điểm mối quan hệ di truyền giống gà, microsatellite loại thị sử dụng rộng rãi giới Ở nước ta có nhiều nghiên cứu tập trung mô tả đặc điểm ngoại hình, sinh trưởng phát dục khả sinh sản giống gà nội lại có nghiên cứu sử dụng thị phân tử để xác định đặc điểm di truyền giống, mối quan hệ di truyền giống, nguồn gốc, phân loại giống gà nội Việc làm giảm hiệu đầu tư vào công tác bảo tồn, khai thác sử dụng hiệu nguồn gen giống gà nội nước ta Từ năm 1990 Bộ Khoa học - Công nghệ Môi trường (nay Bộ Khoa học Công nghệ) thay mặt Nhà nước Việt nam xây dựng chương trình Bảo tồn nguồn gen động - thực vi sinh vật Việt nam “Đề án Bảo tồn nguồn gen vật nuôi Việt nam” hợp phần chương trình giao cho Viện Chăn Nuôi thực Luận văn kết đề tài nhánh thuộc hợp phần trên, thực giống gà nội Việt nam gà Trới, gà Móng, gà Tè, gà Tiên Yên gà Tò sở nuôi dưỡng chúng Phòng Thí nghiệm Trọng điểm Công nghệ Tế bào Động vật thuộc Viện Chăn nuôi Quốc gia Đề tài thực có tên Đa dạng di truyền quần thể gà nội, có mục đích góp phần làm sáng tỏ tính đa dạng di truyền, cấu trúc sinh sản mối quan hệ di truyền quần thể gà nội kể trên, qua cung cấp thông tin khoa học tin cậy cần thiết cho trình bảo tồn nguồn gen gà nội Việt nam -7- Chương - TỔNG QUAN TÀI LIỆU 1.1 Nguồn gốc phân loại gà nhà Các giống gà người hóa từ gà rừng 2000 năm trước [11] Gà rừng thân hình nhỏ, trứng bé, đẻ rộng theo mùa, bay xa Nhìn chung gà Châu Á thuộc chủng Gallus gallus, từ gà có dái tai đỏ Gallus gallus murghi vùng ven Ấn Độ, từ Gallus gallus Mianma, từ Gallus gallus bankiva rải rác khắp vùng Đông Nam Á; phối hợp loại Chính nguồn gốc đa dạng tạo nên cho gà địa tiềm di truyền phong phú biểu qua kiểu hình: hình dạng, màu sắc lông, dạng mào, dái tai, dạng đuôi, kết cấu cổ-ngực [2] Trong lịch sử sinh học, có điều thú vị giống gà Á Đông, Đông Nam Á gà Brahman, gà Cochinchine, gà chọi… tham gia vào việc hình thành giống gà công nghiệp [2] 1.2 Các kỹ thuật sinh học phân tử sử dụng nghiên cứu 1.2.1 PCR PCR phương pháp mang tính cách mạng phát triển Kary Mullis năm 80 PCR dựa việc sử dụng khả tổng hợp sợi ADN bổ sung với sợi khuôn sẵn có Do ADN polymerase thêm nucleotide vào nhóm 3’-OH có trước, nên cần mồi để gắn nucleotide Yêu cầu khiến cho nhà nghiên cứu khuếch đại vùng trình tự cụ thể mong muốn Kết thúc phản ứng PCR, trình tự cụ thể tích lũy hàng tỉ Phản ứng PCR đòi hỏi lượng ADN làm khuôn ban đầu nhỏ Trong trường hợp ADN genome động vật có vú, 1.0 μg ADN tối ưu cho phản ứng, có chứa xấp xỉ 3x105 gen NST Đối với nấm men, vi khuẩn plasmid, lượng ADN tối ưu sử dụng cho phản ứng tương ứng 10 ng, ng pg [35] 1.2.2 Kỹ thuật microsatellite http://www.ncbi.nlm.nih.gov/projects/genome/probe/doc/TechPCR.shtml -8- 3.2.2 Sự sai khác, khoảng cách quan hệ di truyền Giá trị Fst tính theo tác giả Weir Cockerham [42], khác biệt định tính quần thể xác định tính dựa theo Wright [43], giá trị DS tính theo công thức tác giả Nei công bố năm 1978 [27] độ tin cậy Fst DS trình bày bảng Cây quan hệ di truyền giống gà trình bày hình 34 Bảng Sai khác di truyền khoảng cách di truyền quần thể gà Cặp quần thể gà so sánh Gà Trới - gà Tiên Yên Gà Trới - gà Tè Gà Trới - gà Móng Gà Tè - gà Tiên Yên Gà Trới - gà Tò Gà Móng - gà Tiên Yên Gà Tè - gà Tò Gà Tiên Yên - gà Tò Gà Móng - gà Tò Gà Móng - gà Tè Giá trị Fst 0.00797** 0.04537*** 0.05431*** 0.05516*** 0.06108*** 0.06185*** 0.07887*** 0.08031*** 0.08454*** 0.09441*** Mức khác biệt Nhỏ Nhỏ Trung bình Trung bình Trung bình Trung bình Trung bình Trung bình Trung bình Trung bình Giá trị DS 0.012** 0.071*** 0.081*** 0.084*** 0.094*** 0.090*** 0.119*** 0.124*** 0.123*** 0.144*** ** *** , : độ tin cậy 99% 99.9%, xác định sau 10000 lần hoán vị Bảng thể biến thiên tương đồng giá trị Fst DS Các giá trị có ý nghĩa thống kê ngưỡng α = 0.01 α = 0.001 Mức khác biệt di truyền nhỏ bắt gặp giống gà Trới gà Tiên Yên (Fst = 0.00797), đến gà Tè (Fst = 0.04537) Tám cặp giống gà lại có mức khác biệt di truyền trung bình với (Fst > 0.05) Mức sai khác di truyền năm giống gà nội Việt nam thấp nhiều so với mức sai khác di truyền giống gà địa Hungary (Fst = 0.212 ± 0.011), giống gà địa Châu Âu (Fst = 0.317 ± 0.017) giống gà thương mại (Fst = 0.327 ± 0.022) [9] Như giống gà nội nghiên cứu có phân nhóm thấp nhiều so với giống gà địa Một điểm thú vị sai khác di truyền giống gà Trới với gà Tiên Yên (Fst = 0.00797) nhỏ nhiều so với sai khác di truyền quần thể gà H’mông xã Chiềng Chăn so với xã Phiêng Cằm (Fst = 0.0343), so với xã Chiềng Nơi (Fst = 0.0334) thuộc huyện Mai Sơn tỉnh Sơn La [13] Mức sai - 42 - khác di truyền quần thể gà H’mông nhỏ so với mức sai khác di truyền chín cặp giống gà nghiên cứu lại Bảng thể mức biệt hóa di truyền nhỏ gà Trới gà Tiên Yên (DS = 0.012), giống gà Trới gà Tè (DS = 0.071) Mức độ biệt hóa di truyền gà Trới với gà Móng (DS = 0.081) tương đương với mức độ biệt hóa di truyền gà Tè gà Tiên Yên (DS = 0.084) Mức độ biệt hóa di truyền gà Trới gà Tò (DS = 0.094) tương đương với mức độ biệt hóa di truyền gà Móng gà Tiên Yên (DS = (0.090) Mức độ biệt hóa di truyền gà Tè gà Tò (DS = 0.119), gà Tiên Yên gà Tò (DS = (0.124), gà Móng gà Tò (DS = 0.123) tương đương Độ biệt hóa di truyền giữa gà Móng gà Tè (DS = 0.144) lớn giống gà nghiên cứu, tương đương với độ biệt hóa di truyền hai quần thể gà H’mông xã Chiềng Nơi Chiền Chăn (DS = 0.1436) lại thấp độ biệt hóa di truyền quần thể gà H’mông xã Phiêng Cằm Chiền Chăn (DS = 0.1519) huyện Mai Sơn tỉnh Sơn La [13] Do công thức tính giá trị DS theo Nei [27] dựa giả thuyết biệt hóa di truyền lạc dòng di truyền đột biến, ta nhận giống gà nghiên cứu bị tác động lạc dòng di truyền quần thể gà H’mông [13] Nguyên nhân giống gà nghiên cứu bị cô lập địa lý số lượng cá thể địa phương lớn so với quần thể gà H’mông - 43 - Hình 34 Cây quan hệ di truyền giống gà nghiên cứu Cây quan hệ di truyền dựng theo phương pháp neighbor joining Các số điểm giao thể số lần xuất điểm giao sau 1000 bootstrap Hình thái cấu trúc nhánh xác nhận bootstrap 100% (hình 34) chia năm giống gà nghiên cứu thành ba nhánh riêng biệt, gồm nhánh gà Tè, nhánh gà Tiên Yên gà Trới, nhánh gà Móng gà Tò Chỉ số bootstrap nút giao gà Tiên Yên gà Trới lớn 70% chứng tỏ cấu trúc nhánh chúng với thực tế với độ tin cậy ≥ 95% [22] Nút giao gà Móng gà Tò có tần số xuất thấp nhất, với số bootstrap 70% - 44 - KẾT LUẬN Cả năm giống gà nghiên cứu có mức đa dạng di truyền trung bình (mỗi giống gà có từ 93 - 116 alen, độ đa dạng gen từ 0.551 - 0.597) Gà Tò nguồn đa dạng di truyền lớn (có alen riêng gồm alen 115bp locus MCW0037, alen 224bp locus MCW0206 alen 288bp locus MCW0330) đến gà Trới (có alen riêng gồm alen 106bp locus MCW0081 350bp locus LEI0166) Gà Tè đóng góp vào nguồn đa dạng di truyền có alen riêng (alen 144bp locus MCW0081) Cả năm giống có nguy giảm sút đa dạng di truyền thoái hóa giống giao phối cận huyết dẫn đến cân Hardy - Weinberg Việc khiến giống gà bị dần alen giảm tỉ lệ dị hợp tử hệ sinh sản Gà Tè gà Tiên Yên có nguy giảm sút đa dạng di truyền thoái hóa giống gà Trới, gà Tò gà Móng có mức độ giao phối cận huyết thấp Cả năm giống gà khác mặt di truyền giá trị Fst thu có ý nghĩa thống kê Các giá trị DS thu có ý nghĩa thống kê có phân nhánh quan hệ di truyền nên năm giống gà biệt hóa mặt di truyền thành ba nhóm - 45 - ĐỀ NGHỊ: Bảo tồn năm giống gà nghiên cứu Tăng số lượng cá thể gà nuôi dưỡng bảo tồn nhằm trì đa dạng di truyền có, xây dựng chương trình lai giống phù hợp nhằm làm giảm nguy thoái hóa giống chúng Nghiên cứu sâu dòng chảy gen giống gà, phân nhóm giống giống gà, mối tương quan lạc dòng di truyền đột biến giống gà nghiên cứu, xác định số cá thể tối thiểu cần thiết cho công tác bảo tồn năm giống gà hiệu quả, mở rộng nghiên cứu sang đối tượng gà nội khác - 46 - TÀI LIỆU THAM KHẢO Tiếng Việt Trịnh Quang Hiệp (2009), “Báo cáo kết nghiên cứu Bảo tồn quỹ gen gà Tò”, Báo cáo kết bảo tồn nguồn gene vật nuôi Việt nam (2005-2009), Viện Chăn Nuôi, tr 187 - 194 Đặng Hữu Lanh, Trần Đình Miên, Trần Bình Trọng (1999), Cơ sở di truyền giống động vật, Nhà Xuất Bản Giáo Dục, Hà nội, tr 26, 36-37 Nguyễn Văn Tòng, Nguyễn Đình Duẩn (2009), “Báo cáo Bảo tồn quỹ gen gà Tiên Yên, Trới, Hắc Phong, Quý Phi, Mán Quảng Ninh”, Báo cáo kết bảo tồn nguồn gene vật nuôi Việt nam (2005-2009), Viện Chăn Nuôi, tr 195 - 201 Hồ Xuân Tùng, Nguyễn Huy Đạt, Trần Văn Phượng, Vũ Chí Thiện (2009), “Bảo tồn nguồn gen gà nội (gà Hồ, Mía gà Móng)”, Báo cáo kết bảo tồn nguồn gene vật nuôi Việt nam (2005-2009), Viện Chăn Nuôi, tr 82 - 95 Vũ Ngọc Sơn, Phạm Công Thiếu, Hoàng Văn Tiệu, Lê Thúy Hằng, Ngô Thị Thắm (2009), “Nghiên cứu bảo tồn quỹ gen gà Tè gà HB7”, Báo cáo kết bảo tồn nguồn gene vật nuôi Việt nam (2005-2009), Viện Chăn Nuôi, tr 294 - 298 Tiếng Anh Atteson, K., (1997), "The performance of the neighbor-joining method of phylogeny reconstruction" Mathematical hierarchies and biology: DIMACS series in discrete mathematics and theoretical computer science, 37: p 133-147 Barker, J., D Bradley, R Fries, W Hill, M Nei, and R Wayne, (1993), "An integrated global programme to establish the genetic relationships among the breeds of each domestic animal species" Report of a working group for the Animal Production and Health Division FAO Roma Berthouly, C., G Leroy, T.N Van, H.H Thanh, B Bed'hom, B.T Nguyen, C.V Chi, F Monicat, M Tixier-Boichard, and E Verrier, (2009), "Genetic - 47 - analysis of local Vietnamese chickens provides evidence of gene flow from wild to domestic populations" BMC genetics 10(1) This article is available from: http://www.biomedcentral.com/1471-2156/10/1 Bodzsar, N., H Eding, T Revay, A Hidas, and S Weigend, (2009), "Genetic diversity of Hungarian indigenous chicken breeds based on microsatellite markers" Animal Genetics 40(4): p 516-523 10 Cavalli-Sforza, L.L and A.W Edwards, (1967), "Phylogenetic analysis Models and estimation procedures" The American Journal of Human Genetics 19(3 Pt 1): p 233-257 11 Crawford, R., (1990), "Poultry genetic resources: Evolution, diversity and conservation" Poultry Breeding and Genetics: p 43–60 12 Crooijmans, R., A Groen, A Van Kampen, S Van Der Beek, J Van Der Poel, and M Groenen, (1996), "Microsatellite polymorphism in commercial broiler and layer lines estimated using pooled blood samples" Poultry science 75(7): p 904-909 13 Cuc, N., F Muchadeyi, U Baulain, H Eding, S Weigend, and C Wollny, (2006), "An assessment of genetic diversity of Vietnamese H'mong chickens" International Journal of Poultry Science 5(10): p 912-920 14 Cuc, N., H Simianer, H Eding, H Tieu, V Cuong, C Wollny, L Groeneveld, and S Weigend, (2010), "Assessing genetic diversity of Vietnamese local chicken breeds using microsatellites" Animal Genetics 41(5): p 545-547 15 Dieringer, D and C Schlötterer, (2003), "Microsatellite analyser (MSA): a platform independent analysis tool for large microsatellite data sets" Molecular Ecology Notes 3(1): p 167-169 16 Eding, J and G Laval, (1999), "Measuring genetic uniqueness in livestock" OLDENBROEK, K (ed.) Genebanks and the Management of Farm Animal Genetic Resources: p 33-58 17 Felsenstein, J., (1985), "Confidence limits on phylogenies: an approach using the bootstrap" Evolution: p 783-791 - 48 - 18 Felsenstein, J., (2005), "PHYLIP (phylogeny inference package) version 3.6, 2004" Distributed by the author Department of Genome Sciences, University of Washington, Seattle 19 Goldstein, D.B., A.R Linares, L.L Cavalli-Sforza, and M.W Feldman, (1995), "An evaluation of genetic distances for use with microsatellite loci" Genetics 139(1): p 463-471 20 Goudet, J., FSTAT, version 2.9.3: a program to estimate and test gene diversities and fixation indices (2001), Institute of Ecology, University of Lausanne, Lausanne, Switzerland 21 Groenen, M., R Crooijmans, A Veenendaal, H Cheng, M Siwek, and J Van Der Poel, (1998), "A comprehensive microsatellite linkage map of the chicken genome" Genomics 49(2): p 265-274 22 Hillis, D.M and J.J Bull, (1993), "An empirical test of bootstrapping as a method for assessing confidence in phylogenetic analysis" Systematic Biology 42(2): p 182-192 23 Mcconnell, S., D Dawson, A Wardle, and T Burke, (1999), "The isolation and mapping of 19 tetranucleotide microsatellite markers in the chicken" Animal Genetics 30(3): p 183-189 24 Mtileni, B., F Muchadeyi, A Maiwashe, E Groeneveld, L Groeneveld, K Dzama, and S Weigend, (2011), "Genetic diversity and conservation of South African indigenous chicken populations" Journal of Animal Breeding and Genetics 128(3): p 209-218 25 Mtileni, B., F Muchadeyi, S Weigend, A Maiwashe, E Groeneveld, L Groeneveld, M Chimonyo, and K Dzama, (2010), "A comparison of genetic diversity between South African conserved and field chicken populations using microsatellite markers" South African Journal of Animal Science 40(5): p 462-466 26 Nei, M., (1972), "Genetic distance among populations" American Naturalist 106: p 283-292 - 49 - 27 Nei, M., (1978), "Estimation of average heterozygosity and genetic distance from a small number of individuals" Genetics 89(3): p 583-590 28 Nei, M., Molecular evolutionary genetics (1987): Columbia Univ Pr 29 Page, R.D.M., (1996), "TreeView" An application to display phylogenetic trees on personal computer Computer Applications in The Biosciences 12: p 357-358 30 Petit, R.J., A El Mousadik, and O Pons, (1998), "Identifying populations for conservation on the basis of genetic markers" Conservation Biology 12(4): p 844-855 31 Reynolds, J., B.S Weir, and C.C Cockerham, (1983), "Estimation of the coancestry coefficient: basis for a short-term genetic distance" Genetics 105(3): p 767-779 32 Romanov, M and S Weigend, (2001), "Analysis of genetic relationships between various populations of domestic and jungle fowl using microsatellite markers" Poultry science 80(8): p 1057-1063 33 Romanov, M., S Wezyk, K Cywa-Benko, and N Sakhatsky, (1996), "Poultry genetic resources in the countries of Eastern Europe-history and current state" Poultry and Avian Biology Reviews (United Kingdom) 34 Saitou, N and M Nei, (1987), "The neighbor-joining method: a new method for reconstructing phylogenetic trees" Molecular Biology and Evolution 4(4): p 406-425 35 Sambrook, J and D.W Russell, Molecular cloning: a laboratory manual Vol (2001): Cold Spring Harbor Laboratory Press 36 Sambrook, J and D.W Russell, Molecular cloning: a laboratory manual Vol (2001): Cold Spring Harbor Laboratory Press 37 Schlötterer, C and A Hoelzel, Molecular genetic analysis of populations: a practical approach (1998), Oxford University Press New York 38 Sokal, R.R and P.H.A Sneath, (1963), "Principles of numerical taxonomy" Principles of numerical taxonomy - 50 - 39 Takezaki, N and M Nei, (1996), "Genetic distances and reconstruction of phylogenetic trees from microsatellite DNA" Genetics 144(1): p 389-399 40 Taylor, A., W Sherwin, and R Wayne, (2008), "Genetic variation of microsatellite loci in a bottlenecked species: the northern hairy-nosed wombat Lasiorhinus krefftii" Molecular Ecology 3(4): p 277-290 41 Tóth, G., Z Gáspári, and J Jurka, (2000), "Microsatellites in different eukaryotic genomes: survey and analysis" Genome Research 10(7): p 967981 42 Weir, B and C Cockerham, (1984), "Estimating F-statistics for the analysis of population structure" Evolution 38(6): p 1358-1370 43 Wright, S., (1978), "Evolution and the genetics of populations Variability within and among natural populations Vol 4" University of Chicago press, Chicago, IL, USA 44 Zhang, X., F Leung, D Chan, Y Chen, and C Wu, (2002), "Comparative analysis of allozyme, random amplified polymorphic DNA, and microsatellite polymorphism on Chinese native chickens" Poultry science 81(8): p 1093-1098 45 Zhou, H and S Lamont, (2001), "Genetic characterization of biodiversity in highly inbred chicken lines by microsatellite markers" Animal Genetics 30(4): p 256-264 Tiếng Pháp 46 Belkhir, K., P Borsa, L Chikhi, N Raufaste, and F Bonhomme, (1996), "GENETIX 4.05, logiciel sous Windows TM pour la génétique des populations" Laboratoire génome, populations, interactions, CNRS UMR 5000 This article is available from: http://kimura.univ-montp2.fr/genetix/ - 51 - PHỤ LỤC Bảng Kết đo OD dung dịch ADN sau tách Ký hiệu mẫu Trới01 Trới02 Trới03 Trới04 Trới05 Trới06 Trới07 Trới08 Trới09 Trới10 Trới11 Trới12 Trới13 Trới14 Trới15 Trới16 Trới17 Trới18 Trới19 Trới20 Trới21 Trới22 Trới23 Trới24 Trới25 Trới26 Trới27 Trới28 Trới29 Trới30 Trới31 Trới32 A260 A280 1.086 1.096 0.931 1.953 1.538 1.87 1.535 3.607 1.772 1.296 1.324 1.31 5.85 1.803 3.596 1.224 1.125 1.885 1.131 1.514 2.035 1.758 3.232 2.706 2.233 1.803 2.166 2.375 1.167 2.342 1.367 2.269 0.61 0.62 0.52 1.1 0.85 1.05 0.86 1.96 0.73 0.74 0.74 3.18 1.00 1.95 0.69 0.63 1.06 0.63 0.84 1.13 0.98 1.75 1.49 1.25 1.02 1.2 1.33 0.65 1.31 0.77 1.25 260/280 1.78 1.78 1.79 1.78 1.80 1.78 1.80 1.84 1.78 1.78 1.78 1.78 1.84 1.81 1.84 1.78 1.78 1.78 1.78 1.81 1.79 1.79 1.85 1.82 1.79 1.78 1.81 1.79 1.79 1.79 1.79 1.81 Ký hiệu mẫu Trới33 Trới34 Trới35 Trới36 Trới37 Trới38 Trới39 Trới40 Trới41 Trới42 Trới43 Trới44 Trới45 Trới46 Trới47 Trới48 Trới49 Trới50 Trới51 Trới52 Trới53 Trới54 Trới55 Trới56 Trới57 Trới58 Trới59 Trới60 Móng01 Móng02 Móng03 Móng04 - 52 - A260 A280 1.679 1.651 3.621 2.23 1.03 1.723 1.051 2.742 2.224 2.547 0.218 0.262 4.515 4.354 4.453 3.945 4.164 3.763 4.674 2.197 4.839 2.135 5.313 2.655 2.617 1.268 3.093 3.796 2.587 5.617 4.36 3.011 0.94 0.93 1.98 1.24 0.57 0.97 0.59 1.52 1.24 1.43 0.12 0.15 2.39 2.41 2.47 2.14 2.25 2.11 2.47 1.21 2.66 1.18 2.84 1.49 1.35 0.66 1.63 1.98 1.38 2.92 2.42 1.67 260/280 1.78 1.78 1.83 1.80 1.81 1.78 1.79 1.80 1.79 1.79 1.84 1.78 1.89 1.81 1.80 1.85 1.85 1.78 1.89 1.81 1.82 1.82 1.87 1.79 1.93 1.91 1.90 1.91 1.87 1.92 1.80 1.80 Bảng Kết đo OD dung dịch ADN sau tách (tiếp) Ký hiệu mẫu Móng05 Móng06 Móng07 Móng08 Móng09 Móng10 Móng11 Móng12 Móng13 Móng14 Móng15 Móng16 Móng17 Móng18 Móng19 Móng20 Móng21 Móng22 Móng23 Móng24 Móng25 Móng26 Móng27 Móng28 Móng29 Móng30 Móng31 Móng32 Móng33 Móng34 Móng35 Móng36 A260 A280 3.227 4.379 1.467 5.707 3.977 3.346 3.258 3.666 0.362 4.384 5.677 5.78 5.488 3.679 5.663 1.154 4.59 0.818 2.498 4.041 4.26 1.024 0.292 0.889 5.188 3.158 1.981 3.238 3.378 1.32 4.607 1.583 1.78 2.35 0.77 3.11 2.19 1.79 1.73 1.92 0.2 2.46 3.18 3.08 2.91 1.92 3.08 0.61 2.4 0.42 1.33 2.15 2.21 0.53 0.16 0.48 2.66 1.69 1.04 1.79 1.78 0.72 2.45 0.81 260/280 1.82 1.86 1.90 1.83 1.82 1.87 1.88 1.91 1.84 1.78 1.78 1.88 1.88 1.91 1.84 1.90 1.91 1.93 1.89 1.88 1.93 1.92 1.87 1.85 1.95 1.87 1.91 1.81 1.90 1.84 1.88 1.95 Ký hiệu mẫu Móng37 Móng38 Móng39 Móng40 Móng41 Móng42 Móng43 Móng44 Móng45 Móng46 Móng47 Móng48 Móng49 Móng50 Móng51 Móng52 Móng53 Móng54 Tè01 Tè02 Tè03 Tè04 Tè05 Tè06 Tè07 Tè08 Tè09 Tè10 Tè11 Tè12 Tè13 Tè14 A260 5.046 5.159 0.905 1.057 2.802 2.496 3.567 3.348 1.594 5.062 3.494 5.607 1.007 2.663 5.661 4.848 3.738 1.646 4.523 3.073 5.529 3.569 0.812 3.621 5.544 1.711 1.078 5.517 1.651 0.609 5.353 2.483 Bảng Kết đo OD dung dịch ADN sau tách (tiếp) - 53 - A280 2.75 2.73 0.48 0.56 1.53 1.33 1.99 1.83 0.85 2.8 1.91 3.06 0.52 1.43 3.05 2.53 1.92 0.9 2.35 1.67 2.98 1.98 0.44 1.96 2.86 0.92 0.59 3.08 0.92 0.32 2.76 1.28 260/280 1.83 1.89 1.89 1.88 1.83 1.87 1.79 1.83 1.87 1.81 1.83 1.83 1.94 1.86 1.85 1.92 1.94 1.83 1.93 1.84 1.86 1.81 1.85 1.85 1.94 1.86 1.82 1.79 1.80 1.90 1.94 1.94 Ký hiệu mẫu A260 A280 260/280 Ký hiệu mẫu - 54 - A260 A280 260/280 Tè15 Tè16 Tè17 Tè18 Tè19 Tè20 Tè21 Tè22 Tè23 Tè24 Tè25 Tè26 Tè27 Tè28 Tè29 Tè30 Tè31 Tè32 Tè33 Tè34 Tè35 Tè36 Tè37 Tè38 Tè39 Tè40 Tè41 Tè42 TiênYên01 TiênYên02 TiênYên03 TiênYên04 1.677 5.368 2.228 1.941 0.558 1.524 1.952 5.713 3.573 2.48 1.141 0.296 3.963 4.652 0.231 5.545 3.757 3.152 1.878 2.347 2.428 5.18 1.392 5.774 1.97 4.727 1.32 4.944 1.427 0.665 3.183 4.575 0.94 2.81 1.23 1.01 0.29 0.85 1.03 3.04 1.92 1.38 0.63 0.15 2.11 2.53 0.12 2.09 1.7 1.03 1.31 1.32 2.77 0.74 2.98 1.1 2.45 0.73 2.62 0.79 0.35 1.78 2.43 1.78 1.91 1.82 1.92 1.92 1.80 1.90 1.88 1.86 1.80 1.82 1.92 1.88 1.84 1.88 1.85 1.80 1.85 1.83 1.78 1.84 1.87 1.87 1.94 1.79 1.93 1.80 1.89 1.82 1.90 1.78 1.88 TiênYên05 TiênYên06 TiênYên07 TiênYên08 TiênYên09 TiênYên10 TiênYên11 TiênYên12 TiênYên13 TiênYên14 TiênYên15 TiênYên16 TiênYên17 TiênYên18 TiênYên19 TiênYên20 TiênYên21 TiênYên22 TiênYên23 TiênYên24 TiênYên25 TiênYên26 TiênYên27 TiênYên28 TiênYên29 TiênYên30 TiênYên31 TiênYên32 TiênYên33 TiênYên34 TiênYên35 TiênYên36 4.324 4.14 2.932 5.5 1.452 4.765 2.248 0.922 1.483 0.568 3.645 1.327 2.475 4.955 2.163 1.11 5.333 1.433 5.023 3.817 5.086 1.763 5.834 4.919 0.567 3.422 0.496 1.798 2.36 0.823 5.759 4.645 2.29 2.31 1.63 2.97 0.75 2.49 1.23 0.51 0.82 0.3 1.97 0.71 1.33 2.56 1.12 0.57 2.81 0.78 2.8 2.03 2.78 0.92 3.26 2.57 0.3 1.77 0.27 0.96 1.28 0.44 3.03 2.6 1.89 1.79 1.80 1.85 1.95 1.91 1.83 1.82 1.80 1.88 1.85 1.88 1.86 1.94 1.94 1.93 1.89 1.85 1.79 1.88 1.83 1.92 1.79 1.91 1.92 1.94 1.85 1.88 1.84 1.87 1.90 1.79 Bảng Kết đo OD dung dịch ADN sau tách (tiếp) Ký hiệu mẫu TiênYên37 A260 A280 3.394 1.78 260/280 1.90 Ký hiệu mẫu Tò07 - 55 - A260 4.312 A280 2.37 260/280 1.82 TiênYên38 TiênYên39 TiênYên40 TiênYên41 TiênYên42 TiênYên43 TiênYên44 TiênYên45 TiênYên46 TiênYên47 TiênYên48 TiênYên49 TiênYên50 TiênYên51 TiênYên52 TiênYên53 TiênYên54 TiênYên55 TiênYên56 TiênYên57 TiênYên58 TiênYên59 Tò01 Tò02 Tò03 Tò04 Tò05 Tò06 2.69 0.299 3.093 1.25 4.696 4.82 4.169 4.338 5.184 0.594 4.988 1.359 4.05 2.157 0.798 5.175 3.001 5.277 3.517 5.753 1.973 0.389 0.471 2.627 3.605 1.144 4.574 4.281 1.44 0.16 1.65 0.69 2.49 2.63 2.22 2.43 2.77 0.33 2.73 0.75 2.08 1.19 0.42 2.71 1.64 2.95 1.83 3.13 1.09 0.21 0.25 1.36 1.98 0.59 2.45 2.31 1.87 1.90 1.87 1.81 1.88 1.83 1.88 1.79 1.87 1.79 1.82 1.81 1.95 1.81 1.92 1.91 1.83 1.79 1.93 1.84 1.82 1.81 1.87 1.93 1.82 1.94 1.87 1.85 Tò08 Tò09 Tò10 Tò11 Tò12 Tò13 Tò14 Tò15 Tò16 Tò17 Tò18 Tò19 Tò20 Tò21 Tò22 Tò23 Tò24 Tò25 Tò26 Tò27 Tò28 Tò29 Tò30 Tò31 Tò32 Tò33 Tò34 Tò35 - 56 - 5.552 4.77 0.885 5.197 1.553 0.819 0.64 0.833 3.801 2.551 5.456 5.654 2.242 2.937 0.978 2.711 0.842 5.71 1.975 2.439 1.427 4.485 4.67 1.968 5.389 4.001 4.52 4.123 2.91 2.46 0.5 2.75 0.81 0.42 0.34 0.43 1.97 1.42 2.91 3.03 1.21 1.55 0.54 1.48 0.44 3.06 1.01 1.34 0.74 2.48 2.43 1.02 2.81 2.16 2.36 2.19 1.91 1.94 1.78 1.89 1.91 1.94 1.86 1.95 1.93 1.79 1.87 1.86 1.86 1.90 1.82 1.84 1.92 1.87 1.95 1.82 1.93 1.81 1.92 1.94 1.92 1.85 1.92 1.89 [...]... sau: gà Trới (0.043 - 0 .53 4), gà Móng (0.139-0.380), gà Tè (0.037-0.634), gà Tiên Yên (0. 059 -0 .58 5), và gà Tò (0.030-0.621) Tại locus MCW0098 (hình 15) , cả 5 quần thể gà đều có 2 alen có kích thước là 255 và 257 bp, tần số alen dao động từ 0.076 - 0.924 Tần số alen tại locus MCW0111 (hình 16) của 5 quần thể gà như sau: gà Trới (0. 050 -0.233), gà Móng (0.000-0.481), gà Tè (0.000-0.381), gà Tiên Yên (0.0 25- 0.237)... (0.036-0. 655 ), gà Tiên Yên (0.008-0.678) và gà Tò (0.000-0.773) Gà Tò không xuất hiện alen có kích thước 130bp Tần số alen tại locus MCW0216 (hình 13) của 5 quần thể gà như sau: gà Trới (0. 051 -0.737), gà Móng (0. 056 -0.796), gà Tè (0.000-0.476), gà Tiên Yên (0.0 35- 0.763), và gà Tò (0.0 45 - 0 .59 1) Gà Tè không xuất hiện alen có kích thước 139 bp Tần số alen tại locus MCW0014 (hình 14) của 5 quần thể gà như... Móng và gà Tiên Yên không có alen riêng nào Bảng 6 Số alen, độ phong phú alen trên mỗi locus ở mỗi quần thể gà 7 3 3 4 2 5 2 3 7 6 4 3 5 6 2 4 3 3 5 5 4 2 5 93 Rs 6.9 3.0 3.0 4.0 2.0 5. 0 2.0 3.0 6.6 6.0 4.0 3.0 4.4 5. 7 2.0 4.0 3.0 3.0 4.7 4.9 4.0 2.0 4.6 90.8 8 3 4 4 2 6 3 3 8 6 4 9 5 9 2 5 3 3 7 5 4 5 6 114 7 .5 2 .5 3.9 4.0 2.0 5. 9 2.7 3.0 6.7 5. 0 3 .5 7.4 5. 0 7.7 2.0 4.7 3.0 3.0 5. 8 4.4 4.0 4.2 5. 8 103.7... Tè (0.000-0.381), gà Tiên Yên (0.0 25- 0.237) và gà Tò (0.000-0.394) Gà Móng, gà Tè và gà Tò không xuất hiện các alen có kích thước lần lượt là 105bp, 103bp, và 105bp Tần số alen tại locus MCW0078 (hình 17) của 5 quần thể gà như sau: gà Trới (0.033-0 .55 8), gà Móng (0.010-0 .57 8), gà Tè (0.000-0 .58 3), gà Tiên Yên (0.017-0 .51 7), và gà Tò (0.000-0.606) Gà Tè và Gà Tò đều không xuất hiện alen có kích thước... quan sát ở 5 quần thể gà Tên locus Dải alen quan sát (số bp của các alen) MCW02 95 87-89-91- 95- 97-99-101-103 ADL0112 124-128-130 MCW0216 139-141-143-1 45 MCW0014 163-173-177-1 85 MCW0098 255 - 257 MCW0111 97-99-101-103-1 05- 111 MCW0078 140-142-144 MCW0222 218-220-224 LEI0094 249- 255 -261-263-2 65- 273-279-283 MCW0183 291-2 95- 297-303-3 05- 307-311-319 ADL0278 111-117-119 -121 LEI0194 1 25 -129 -1 35 - 153 - 157 -161-167-173-179... hẳn nhau Với giá trị Fst ∈ [0; 0. 05] thì độ khác biệt di truyền nhỏ; giá trị Fst ∈ [0. 05; 0. 15] thì độ khác biệt di truyền trung bình; giá trị Fst ∈ [0. 15; 0. 25] thì độ khác biệt di truyền quan trọng; giá trị Fst ∈ [0. 25; 1] thì độ khác biệt di truyền cực kỳ quan trọng Khoảng cách di truyền (ký hiệu là DS) được định nghĩa7 là mức độ biệt hóa di truyền giữa 2 quần thể, được đo bằng cách so sánh tần... hiếm khi xuất hiện ở các quần thể trong thực tế Do vậy ta có thể suy đoán được nguyên nhân gây ra hiện tượng mất cân bằng này 1.3.2 Mối quan hệ di truyền giữa các quần thể gà Độ sai khác di truyền giữa các quần thể gà được xác định qua giá trị Fst Giá trị Fst ∈ [0; 1] Theo Wright [43], với giá trị Fst = 0 thì hai quần thể không khác biệt di truyền Với giá trị Fst = 1 thì hai quần thể không có alen chung,... bảng 5 ta thấy, cả năm quần thể gà nghiên cứu có 118 alen chung và 6 alen riêng trong tổng số 124 alen Quần thể gà Tò chiếm 3 alen riêng gồm alen - 27 - 115bp (locus MCW0037), alen 224bp (locus MCW0206) và alen 288bp (locus MCW0330) Quần thể gà Trới có 2 alen riêng gồm alen 106bp (locus MCW0081) và 350 bp (locus LEI0166) Quần thể gà Tè có một alen riêng là alen 144bp (locus MCW0081) Hai quần thể gà Móng... 2 2.0 2 ADL0268 5 4.6 5 MCW0037 3 3.0 3 MCW0067 3 3.0 3 MCW0206 7 6.8 5 MCW0081 5 4.7 4 MCW0248 4 4.0 4 LEI0166 6 5. 0 3 MCW0330 6 5. 4 6 Tổng số 116 109.4 103 Rs, Rt được tính trên 29 cá thể Rs Gà Tè Số alen Rs Gà Móng Số alen Quần thể Gà Số alen Gà Trới Rt 6.0 2.0 4.0 4.0 2.0 5. 0 2.0 3.0 6.8 4.0 4.0 6.9 5. 0 7.7 2.0 4.8 4.0 3.0 5. 0 4.0 4.0 2.0 5. 0 96.2 8 3 4 4 2 6 3 3 8 8 4 9 6 10 2 5 4 3 8 7 4 6 7... của các quần thể gà tại locus MCW02 95 (hình 11) như sau: gà Trới (0.009 - 0.284), gà Móng (0.009 - 0.443), gà Tè (0.000 - 0.298), gà Tiên Yên (0.008 - 0.297) và gà Tò (0.000 - 0.4 85) Gà Tè không xuất hiện alen có kích thước 99bp, gà Tò không xuất hiện alen có kích thước 91bp và 99bp Tần số alen tại locus ADL0112 (hình 12) của các quần thể gà như sau: gà Trới (0.026-0.629), gà Móng (0.009-0.731), gà Tè