Nghiên cứu đa dạng di truyền quần thể cá đối mực (Mugil cephalus Linnaeus 1758) ở Việt Nam

B GIÁO D C VÀ ÀO T O VI N HÀN LỂM KHOA H C VÀ CỌNG NGH VN VI N SINH THÁI VÀ TÀI NGUYểN SINH V T ********* TR N TH VI T THANH NGHIểN C U A D NG DI TRUY N QU N TH CÁ I M C (MUGIL CEPHALUS LINNAEUS, 1758) VI T NAM TịM T T LU N ÁN TI N S SINH H C Chuyên ngành: ng v t h c Mư s : 62.42.01.03 N M 2016 Công trình đ c hoƠn thƠnh t i : - Vi n Sinh thái Tài nguyên Sinh v t - B o tàng Thiên nhiên Vi t Nam Ng ih ng d n khoa h c: TS Phan K Long PGS.TS inh Th Phòng Ph n bi n 1: PGS.TS.Nguy n Xuân Hu n Tr ng i H c Khoa h c t nhiên- i h c Qu c Gia Hà N i Ph n bi n 2: PGS.TS.Nguy n Thi Bich Nhi Vi n Công ngh Sinh h c Ph n bi n 3: TS.Nguy n Kiêm S n H i sinh h c Vi t Nam Lu n án s đ c b o v tr c H i đ ng ch m lu n án c p Vi n h p t i Vi n Sinh thái Tài nguyên Sinh v t Vào h i gi ngày tháng n m Có th tìm hi u lu n án t i th vi n: - Th vi n Qu c gia - Th vi n Vi n Sinh thái Tài nguyên Sinh v t 1 Tính c p thi t c a đ tƠi lu n án M U Cá i h Mugilidae có kho ng 80 loài thu c 17 gi ng, có gi ng l n nh t Mugil (9loài) Liza (13 loài) (Nguy n Nh t Thi., 1999) Vi t Nam đư xác đ nh có 13 loài thu c h cá i Mugilidae đ i t ng nuôi tr ng thu s n (T ng c c Th y s n, 2014), s loài cá i m c (Mugil cephalus L.) đ c đ c bi t quan tâm có giá tr kinh t cao Cá i m c loài có ph thích ng r ng, phát tri n t t u ki n t nhiên /nuôi tr ng, t c đ sinh tr ng nhanh, cá tr ng thành đ t tr ng l ng t i >2kg có giá bán th tr ng n c t 150.000đ -180.000đ/kg; th tr ng qu c t t 20-22 USD/kg (T ng c c Th y s n, 2014) Nghiên c u c a tác gi L u Xuân Hòa, 2011 cho th y cá i m c (M cephalus L.) đ i t ng u th cho ngh nuôi cá t i đ m phá Ngoài ra, có loài cá đ i khác th ng g p nh : Mugil soiuy/Liza haematocheilus Chelon haematocheilus (Temminck & Schlegel, 1845), Liza subviridis Chelon subviridis (Valenciennes, 1836), Liza macrolepisnay Chelon macrolepis (Smith, 1846), Liza affinis Valamugil cunnesius Moolgarda cunnesius (Valenciennes, 1836) phân b d c bi n Vi t Nam c ng có giá tr kinh t (T ng c c Th y s n, 2014) Vi t Nam, cá i có th s ng, sinh tr ng t t môi tr ng n c l , l m n n c m n Nh ng nghiên c u g n th gi i v loài cá i m c c ng cho th y có s khác bi t gi a qu n th cá i m c vùng nhi t đ i (vùng n - Tây Thái Bình D ng) v i vùng ôn đ i (vùng B c Thái Bình D ng Trung ông D ng) (Liu et al., 2010; Shen et al., 2011) Vi t Nam, nghiên c u v cá ch y u d a vào đ c m hình thái nh : Pravdin, 1973; Bexedvov, 1697; Bùi ình Chung cs, 1998; B th y s n, 2001 nghiên c u đ y đ v hình thái sinh h c phân t (SHPT) loài cá bi n h u nh ch a có, m i ch có nghiên c u di truy n cá n c ng t vùng đ ng b ng sông C u Long c a V ng H Quyên cs., 2014.Trong nghiên c u này, tác gi V ng H Quyên đư s d ng gen 16S đ ki m ch ng nh n d ng v hình thái c a 22 loài cá thu c 17 gi ng, 15 h có t i khu v c đ ng b ng sông C u Long Phân tích phát sinh ch ng lo i c a loài cá nghiên c u v i loài t ng t đư công b Genbank đư ch s t ng đ ng gi a gi ng nghiên c u, nhiên gi a loài có s khác bi t Vi c đánh giá đa d ng di truy n ngu n gen qu n th cá i m c (M cephalus L.) t nhiên c a Vi t Nam ch a t ng đ c th c hi n có c s cho vi c b o t n phát tri n ngu n gen cá i m c m t cách b n v ng hi u qu vi c nghiên c u đa d ng di truy n ngu n gen cho loài cá c n thi t c n đ c ti n hành t ng th Xu t phát t nh ng c n c khoa h c trên, NCS đư ti n hành đ tài “Nghiên c u đa d ng di truy n qu n th cá i m c (Mugil cephalus Linnaeus, 1758) Vi t Nam” M c tiêu c a lu n án -Xác đ nh đ c m di truy n cá i m c Vi t Nam c s vùng gen CO1 Cytb -Xác đ nh tính đa d ng di truy n ngu n gen cá i m c Vi t Nam b ng ch th SSR N i dung c a lu n án - Nghiên c u m t s đ c m hình thái bên loài cá i m c Vi t Nam, đ ng th i đánh giá hi n tr ng loài cá i m c Vi t Nam - Nghiên c u đa d ng di truy n cá i m c Vi t Nam c s gi i mư vùng gen CO1 Cytb - Nghiên c u đa d ng di truy n ngu n gen cá i m c Vi t Nam b ng ch th SSR Nh ng đóng góp m i c a lu n án - C p nh t nh ng s li u m i nh t v loài cá i m c (Mugil cephalus L.) Vi t Nam - Là nghiên c u đ u tiên v đa d ng di truy n cá i m c (Mugil cephalus L.) c s gi i mư vùng gen CO1 Cytb - L n đ u tiên xác đ nh tính đa d ng di truy n ngu n gen cá i m c Vi t Nam c s phân tích 12 ch th SSR - công b 181 trình t đo n gen CO1 Cytb c a cá i m c Vi t Nam Genbank v i mư s KT188953 - KT189133 Công b 193 thông tin c a 13 loài cá đ i thu c gi ng h cá đ i Mugilidae thu th p Vi t Nam lên Fish-BOL - óng góp 16 m u tiêu b n (m u nh i, m u tr ng bày, m u nghiên c u) cho b m u c a B o tàng Thiên nhiên Vi t Nam ụ ngh a khoa h c vƠ th c ti n c a lu n án 5.1.Ý ngh a khoa h c - Xác đ nh đ c m t s đ c m hình thái n hình có th s d ng đ phân lo i gi ng thu c h Mugilidae c s k t h p gi a k t qu nghiên c u hình thái đ c m di truy n vùng gen CO1 Cytb - C p nh n s li u m i nh t v phân b cá i m c Vi t Nam, đ ng th i b c đ u xác đ nh mư v ch di truy n (barcoding) cho loài cá i m c Vi t Nam, h i nh p d án barcoding th gi i - L n đ u tiên th c hi n phân tích đa d ng di truy n qu n th cá i m c Vi t Nam c s s d ng ch th SSR 5.2.Ý ngh a th c ti n K t qu c a lu n án c s khoa h c cho vi c b o t n đa d ng di truy n qu n th cá i m c Vi t Nam cung c p s li u khoa h c giúp nhà ho ch đ nh sách, nhà qu n lý có chi n l c phát tri n s n xu t phù h p v i u ki n phân b cá im c t nhiên, đ ng th i có k ho ch c th đ xây d ng tr i nuôi loài cá nh m b o t n phát tri n b n v ng ngu n l i th y s n c a Vi t Nam B c c c a lu n án Lu n án g m 127 trang, có 21 b ng, 46 hình (9 hình v , bi u đ , b n đ , s đ , 22 nh ch p) v i 100 tài li u tham kh o (ti ng Vi t – ti ng Anh) 11 ph l c M đ u (3 trang) Ch ng I T ng quan tài li u (36 trang) Ch ng II V t li u ph ng pháp nghiên c u (18 trang) Ch ng III K t qu th o lu n (57 trang) K t lu n ki n ngh (2 trang) Các công trình công b liên quan đ n lu n án (1trang) Tài li u tham kh o (10 trang) CH NG I T NG QUAN TÀI LI U 1.1 Gi i thi u v h Mugilidae Trên th gi i, h cá i (Mugilidae) m t h l n c a l p cá vây tia g m 20 gi ng v i 204 loài (Eschmeyer, 2015) H cá i (Mugilidae) có gi ng l n nh t Mugil Liza (FAO, 2015) Theo nghiên c u c a h cá i c a Vi t Nam có gi ng là: Mugil Linnaeus, 1758; Liza Jordan & Swain, 1884; Valamugil Smith, 1848; Crenimugil Schultz, 1946; Ellochelon, Quoy & Gaimard 1824; Moolgarda Whitley, 1945; Chelon Artedi, 1793; Paramugil Ghasemzadeh, Ivantsoff & Aarn, 2004 1.2 c m c a gi ng Mugil Theo d li u Fishbase (2015), gi ng Mugil bao g m 14 loài phân b ch y u Châu M , đ c tìm th y nhi u nh t phía Tây ông i Tây D ng, Thái Bình D ng m t s n c Châu Á Vi t Nam gi ng Mugil có nh t m t loài cá im c (Mugil cephalus L.) 1.3 Gi i thi u v loƠi cá i m c (Mugil cephalus Linnaeus, 1758) Vi t Nam 1.3.1 V trí phân lo i L p cá vây tia -Actinopterygii B cá v c -Perciformes Phân b cá i - Mugiloidae H cá i -Mugilidae Gi ng -Mugil Loài-Mugil cephalus 1.3.2 M t s đ c m sinh h c, sinh thái c a cá i m c Vi t Nam Cá i m c loài cá m t, n t p, ch u đ c ô nhi m, ch u đ c ngu n n c thi u ôxy v y có th s ng đ c vùng n c l , n c m n có đ m n th p nh vùng c a sông Cá i m c có đ c m hình thái nh sau: Thân dài, hình thoi, ph n gi a h i tròn, ph n đuôi d p bên u t ng đ i l n, h i d p b ng Mõm h i r ng nh ng ng n M t tròn l n v a Màng m đ c bi t phát tri n, r t dày che l p c m t tr ng i Kho ng cách m t r ng b ng L m i hai đôi, l tr c tròn, l sau nh h p nh m t khe n t Môi r t dày, môi d i m ng R ng hai hàm nh nh lông nhung s p thành dưy Khe mang r t r ng Vi n sau n p x ng mang tr n li n Màng n p mang tách r i r t r ng Vi n sau x ng n p mang tr n li n Màng n p mang tách r i không dính li n v i eo mang L c mang h i dài nh , d ng kim Có mang gi , có v y l c, v y đ ng bên Kh i m c a vây th nh t g n ngang mút vây b ng, kh i m vây l ng th hai sau kh i m vây h u môn Vây ng c r ng, h i cao bên thân, vây b ng r ng dài phía b ng Vây đuôi d ng ch M t l ng m u h i xám, m t b ng m u tr ng b c Cá i m c b i thành đàn, th ng chúng vùng đáy cát đáy bùn Th c n ch y u d ng vi t o t o silic, m nh v n c a tr m tích đáy đ ng v t đáy Cá có chi u dài chu n (SL) kho ng 3cm th ng n đ ng v t phù du Cá i thu n th c đ tr ng tu i 3-4, th ng chúng di chuy n xa b đ tr ng bi n v i s l ng t 0,8 đ n 2,6 tri u tr ng, th i k đ tr ng ph thu c vào vùng phân b , Vi t Nam quan sát th y chúng đ tr ng vào cu i mùa thu, đ u mùa đông 1.3.3 Giá tr kinh t cá i m c Vi t Nam m t s 10 qu c gia có kim ng ch xu t kh u hàng đ u th gi i v m t hàng th y h i s n Theo s li u th ng kê c a Hi p h i ngh cá Vi t Nam, n m 2004 n c ta đư xu t kh u h i s n tr giá x p x 2,4 tri u đô la M , đ n n m 2014 7,9 t đô la M có th phát tri n b n v ng, ngành th y h i s n ph i đ m b o ch t l ng tin c y t ng c ng kh n ng c nh tranh v giá Ti m n ng xu t kh u c a ngành th y s n cao, Vi t Nam c n t p trung phát tri n ngh nuôi tr ng th y s n b ng cách nâng c p đ y đ h th ng h tr , ki m soát d ch b nh môi tr ng nuôi nh m c i thi n s n l ng, nâng cao n ng su t gi m thi u r i ro cho ng dân Cá i m c loài cá kinh t c a Vi t Nam, đ c B Nông nghi p & PTNT xác đ nh m t 27 loài cá bi n đ c phép xu t kh u loài đư nhân nuôi th nghi m thành công t nh Qu ng Ninh (S Nông nghi p & PTNT t nh Qu ng Ninh, 2015) cho k t qu r t kh quan, m h ng m i cho ngành nuôi tr ng th y s n Vi t Nam 1.3.4 Hi n tr ng khai thác nuôi cá i m c Vi t Nam Cá i m c t nhiên đ c ng dân đ a ph ng khai thác d c ven bi n Vi t Nam v i chi u dài chu n (SL) đ t kho ng 15-30cm Các đ a m có t n xu t b t g p cá i m c th ng xuyên vùng c a sông, đ m phá n c l , m n nh : c a sông Thái Bình (H i Phòng), c a sông Ba L t (Nam nh), c a Sót (Hà T nh), c a sông Nh t L (Qu ng Bình), phá Tam Giang (Th a Thiên Hu ), đ m Cù Mông (Bình nh), đ m Ô Loan (Phú Yên) … Mô hình nuôi cá i th ng ph m Qu ng Bình (2012) c ng ch ng minh đ c hi u qu kinh t rõ r t Vi c đ a vào th nghi m mô hình nuôi không ch v i m c đích đ gi i quy t nh ng v n đ khó kh n vùng nuôi tôm th ng xuyên b d ch b nh mà góp ph n t o vi c làm t ng thu nh p cho ng i nuôi Tuy đ i t ng nuôi m i nh ng theo k t qu đánh giá t S Khoa h c công ngh t nh Qu ng Bình so v i đ i t ng cá nuôi khác v n đ u t đ nuôi cá i th ng th p h n nhi u đ c bi t th c n cho loài đ n gi n, giá thành r G n S Khoa h c công ngh t nh Qu ng Ninh c ng tri n khai th nghi m nuôi cá i m c t tháng 10/2013 k t qu đánh giá sau n m nuôi th nghi m (12/2015) kh quan, cá b t n thành công 75%, cá đ t 100g sau tháng 1.4 a d ng di truy n 1.4.1 Khái ni m đa d ng di truy n a d ng di truy n t t c gen di truy n khác c a t t c cá th th c v t, đ ng v t, n m, vi sinh v t a d ng di truy n t n t i m t loài gi a loài khác a d ng di truy n (i) s đa d ng v thành ph n gen gi a cá th m t loài gi a loài khác nhau; (ii) s đa d ng v gen có th di truy n đ c m t qu n th ho c gi a qu n th (Richard B., Primack C, 1999) a d ng di truy n đ c g i đa d ng gen (đa d ng DNA), t p h p nh ng bi n đ i c a gen ki u gen n i b c a m t loài ây s đa d ng quan tr ng nh t, quy t đ nh m t loài có th t n t i lâu dài t nhiên hay không a d ng di truy n đ c đ c p đ n nh m c đ đa hình c a m i cá th su t th i gian s ng c a chúng, ho c đ c ph n ánh b i s alen c a qu n th t i m t v trí đ a lý m t kho ng th i gian c th ho c s alen c a m t loài ph m vi phân b đ a lý l ch s t n t i c a chúng 1.4.2.T m quan tr ng c a đa d ng di truy n a d ng di truy n c s cho vi c ch n lai t o nh ng gi ng, loài m i; đa d ng v loài th ng đ i t ng khai thác ph c v m c đích kinh t ; đa d ng v h sinh thái có ch c n ng b o v môi tr ng s ng; đ ng th i h sinh thái đ c trì b o v nh s t n t i c a qu n th loài s ng 1.4.3.Vai trò c a h gen ty th nghiên c u đa d ng di truy n đ ng v t Ty th (mitochondria) c quan t n t i t bào đ ng v t, có ch c n ng bi n đ i n ng l ng t ch t dinh d ng thành d ng n ng l ng thích h p v i t bào s d ng Các nhóm gen ty th th ng đ c phiên mư t o thành m t chu i gen (polycistron), sau gen s tách t ng giai đo n H gen ty th th đ n b i không tái t h p, di truy n theo dòng m có t l đ t bi n nucleotide cao h n nhi u so v i gen nhân, đ c m lý t ng cho nghiên c u m c ti n hóa nh Trong nghiên c u phát sinh ch ng lo i h gen ty th xác đ nh r t t t m c đ khác bi t m i quan h h hàng gi a qu n th đ a lý, loài có quan h g n g i, c ng nh th h ng cao nh t Do v y ty th đóng vai trò c u n i gi a nghiên c u di truy n qu n th quan h phát sinh ch ng lo i (Avise et al., 1987; Nei,1987; Gang et al, 2014) 1.4.4.Ý ngh a c a vi c xác đ nh trình t nucleotide đ ng v t Nghiên c u đa d ng di truy n h cá đ i Mugilidae b ng ch th CO1 Cytb đ c th c hi n m t s n c nh : Pháp, Nh t B n, Trung Qu c Nghiên c u m i quan h phát sinh ch ng lo i d a thông tin di truy n vùng gen Cytochrome c oxidase subunit (CO1) hi n đ c dùng ph bi n nghiên c u đa d ng di truy n vùng gen đư đ c xác đ nh “mã v ch di truy n” cá (FISH-BOL) Thêm vào đó, theo k t qu nghiên c u c a Heras et al (2009) cho th y m c đ đa d ng di truy n c a qu n th cá i m c cao t 3,5 đ n 5,9% nghiên c u gen Cytb M t khác, gen Cytb đ c l a ch n s d ng nghiên c u di truy n, xác đ nh loài trình đ t bi n gen x y ch m, t l đ t bi n im l ng x y r t cao V i nh ng m u đ ng hình gen Cytb l a ch n h u hi u vi c xác đ nh loài 1.4.5.M t s k thu t sinh h c phân t th ng đ c s d ng nghiên c u đa d ng di truy n đ ng v t - K thu t Isozyme: k thu t nghiên c u s đa hình enzyme u m k thu t d s d ng, chi phí th p, thích h p v i nghiên c u xác đ nh m c đ bi n đ i di truy n c p đ th p Ngoài vi c k t h p k thu t isozyme v i k thu t nghiên c u đa hình DNA cho phép phân tích, so sánh nh ng đ c tính b n v ng (ho c thay đ i) theo u ki n khác c a môi tr ng - K thu t RAPD: k thu t phát hi n tính đa hình c a DNA nhân b n ng u nhiên K thu t d s d ng, th c hi n nhanh, đ n gi n, giá thành th p không c n bi t tr c trình t DNA đ thi t k m i, DNA làm khuôn không c n đ tinh s ch cao b m i có th s d ng đánh giá đa d ng di truy n v i nhi u loài khác Nh c m RAPD ch th tr i nên không th nh n bi t cá th d h p t - K thu t RELP: k thu t đ c th c hi n d a vào đ đ c hi u c a enzyme c t gi i h n (retriction enzyme-RE) đ i v i v trí nh n bi t c a chúng DNA b gen K thu t RFLP có u m marker đ ng tr i nên cho phép phân bi t đ c cá th đ ng h p d h p Do kích th c DNA kh o sát ph ng pháp RFLP l n v y d u phân t (marker) t o nhi u đ đáp ng nhu c u nghiên c u Trong nh c m c a k thu t quy trình th c hi n ph c t p, nguy hi m đ i v i ng i nghiên c u (vì s d ng ch t phóng x ), t n th i gian, s d ng nhi u enzyme nên kinh phí l n - K thu t AFLP: t ng t nh k thu t RAPD nh ng m i đ c s d ng g m m t ph n c đ nh dài h n 5bp ch a v trí nh n bi t c a enzyme gi i h n m t ph n thay đ i ng n 24bp Ph n c đ nh dài t o s n đ nh c a s n ph m đ c nhân lên, ph n thay đ i ng n s t o nhi u locus, có th lên đ n h n 100 locus đ c nhân v i m i AFLP đ n AFLP phát hi n s khác c a đo n DNA b i s nhân có ch n l c trình t DNA h gen đư đ c g n v i đo n ti p h p (adapter) u n k thu t AFLP s k t h p nh ng u m c a RFLP RAPD nên ch c n s d ng m t l ng nh DNA ban đ u, không c n bi t tr c trình t DNA c a gen c n nghiên c u, không c n s d ng nhi u lo i “primer” hi u qu vi c phân tích đa hình m t cách nhanh chóng, n đ nh t n kém, đ c h i cho ng i th c hi n đáng tin c y Tuy nhiên nh c m c a k thu t AFLP m t marker tr i, u làm h n ch s phân bi t cá th đ ng h p, d h p, m t khác trình th c hi n dài, ph c t p, t n nhi u th i gian th c hi n - K thu t SSR: k thu t nghiên c u d a trình t l p đo n đ n gi n, nh ng trình t ng n (t đ n c p ba z ) có th t l p l i liên ti p dao đ ng t đ n 40 đ n v K thu t SSR có ti m n ng l n có kh n ng phát hi n tính đa hình cao, có th xác đ nh đ c s sai khác mà không xác đ nh đ c b ng ch th khác nh RADP hay AFLP Ph n ng không t n kém, tiêt ki m đ c th i gian hoá ch t Vì v y SSR công c h u hi u nghiên c u đa d ng di truy n ngu n gen c ng nh l p b n đ h gen sinh v t SSR lo i ch th đ ng tr i nên đư nhanh chóng thay th AFLP RAPD tr thành công c h u hi u ng d ng ch n gi ng th c v t nghiên c u di truy n Nh c m c a k thu t trình thi t k m i đ t, m i lo i m i ch đ c tr ng cho m t locus đa hình 1.4.6 M t s thành t u nghiên c u sinh h c phân t đ i v i cá 1.4.6.1 Th gi i N m 2013, nhà nghiên c u t i i h c Guelph Ontario (Canada) đ xu t “mã v ch DNA” nh m t cách đ xác đ nh loài V i k t qu nghiên c u c a Zhao et al.(2011), Zhang et al.(2011) s d ng gen CO1 phân lo i loài cá bi n Trung Qu c, h đư xác đ nh đ c 121 loài cá bi n v i kho ng cách di truy n trung bình 15,742% gi a loài 0,319% gi a cá th loài Tác gi Jumawan et al (2011) s d ng gen CO1 phân đ nh loài cá da tr n Pterygolichthy spardalis Pterygolichthy disjunctivus đư đ nh danh loài xác đ nh mư v ch loài riêng bi t Ti p t c h ng nghiên c u này, Pereira et al (2013) đư phân tích 254 loài cá n c ng t l u v c sông Parama xác đ nh đ c 252 loài b ng mư v ch di truyên v i đ xác 99,2% Ti p nghiên c u đa d ng di truy n c a h cá i Mugilidae c a Heras et al (2009) phân tích đo n gen Phenylalanine, 12S rRNA, cytochrome c oxidase subunit (CO1), cytochrome b (Cytb), đư xác đ nh hai loài gi ng v hình thái M platanus M liza hai loài riêng bi t, có quan h g n g i v i loài cá i m c (M.cephalus) Tác gi Avise et al (1989), Ke et al (2009), đư s d ng gen CO1 Cytb đ nghiên c u cá i m c tai khu v c bi n ài Loan phía đông bi n Hoa ông (Trung Qu c), k t qu đư xác đ nh đ c loài cá im c (Mugil cephalus L.) có dòng (NWP1, NWP2, NWP3) dòng (NWP3) xu t hi n khu v c ài Loan bi n Hoa ông, dòng (NWP1) (NWP2) dòng di c có th đ n t vùng bi n Nh t B n M i đây, tác gi Durand et al (2012b) xác đ nh s thay đ i c a gi ng h Mugilidae b ng gen 16S CO1, k t qu đư xác đ nh đ c h Mugilidae có 20 gi ng C ng tác gi Durand et al (2012a) s d ng gen Cytb phân tích di truy n xác đ nh đ c h Mugilidae có 25 gi ng (15 gi ng đư bi t, gi ng có s thay đ i gi ng m i) Còn tác gi Polyakava et al (2013) s d ng gen CO1 xác đ nh thành công mư v ch cho loài cá gi ng Mugil Nghiên c u đa d ng di truy n qu n th cá i m c vùng bi n khác nh a Trung H i, i Tây D ng, Thái Bình D ng, n D ng đ c th c hi n d a ch th sinh hóa c a Heras et al (2009); ch th SSR (microsatellites) c a tác gi Rasmussen et al (2009) Xu et al (2010) k t qu nghiên c u cho th y m c đ đa d ng di truy n qu n th cá i m c cao nh t 5,9% th p nh t 2,7% vùng bi n Thái Bình D ng K t qu nghiên c u đư ph c v cho công tác b o t n loài, b o v tài nguyên thiên nhiên phát tri n b n v ng 1.4.6.2.Vi t Nam Nghiên c u đa d ng di truy n v gen đ i v i cá bi n r t hi m riêng v i H Mugilidae r t N m 2003 tác gi Ph m Anh Tu n s d ng ch th RFLP nghiên c u bi n d c a đàn cá tra Vi t Nam nh m khuy n cáo cho vi c b o t n gen đàn cá tra nuôi Vi t Nam C ng h ng nghiên c u tác gi Nguy n Thu Thúy cs., 2004 đư s d ng 54 ch th AFLP đ phân tích tính đa hình t p đoàn m u c a hai nhóm cá Tra cho th y t l đa hình đàn t ng đ i th p, trung bình 1,35% Trong khi, Nguy n Ng c Hoàng Anh cs., 2005 l i s d ng k thu t n di protein SDS-PAGE cho k t qu vùng gen c a loài cá Nhái (Hà Tiên) cá Lìm Kìm (C n Th ) đ ng nh t chúng có nguy c t ch ng cao M t khác, d a vào ph n di protein tác gi đư phân lo i đ t tên khoa h c cho cá Nhái (Hà Tiên) Hemiramphus hatienensis cá Lìm Kìm (C n Th ) Hemiramphus canthoensis G n tác gi Bùi Th Liên Hà cs., 2011 đư s d ng ch th SSR đánh giá đa d ng c a dòng cá rô phi đ (Orochromis spp.) nh p n i k t qu vi c lai chéo gi a dòng cá rô phi gi i pháp h u hi u cho vi c t ng tính di truy n, h n ch tác đ ng tiêu c c c a hi n t ng lai c n huy t, gi đ c u th lai c a dòng cá nh p n i V i nghiên c u c a D ng Thúy Y n cs., 2014 s d ng gen Cytb đánh giá đa d ng di truy n cho cá rô đ ng cá rô đ u vuông (2 loài đ ng hình) đ xác đ nh xác tên loài Trong tác gi Dang Thuy Binh et al., 2012, Hoàng Kim Qu nh, 2011-2013 đánh giá đa d ng ngu n gen di truy n b ng ch th CO1 đ i v i 25 cá th cá Ng a đen (Hippocampus kuda) đư xác đ c haplotype cho loài cá Ng a đen Vi t Nam, xác đ nh loài cá Ng a đen Vi t Nam t ng đ ng v i loài cá Ng a đen vùng n -Thái Bình D ng C ng tác gi ng Thúy Bình cs., 2014 đư s d ng gen 16S đánh giá đa d ng di truy n qu n th cá Trích t i vùng bi n Vi t Nam v i qu n th (80 cá th ) đư xác đ nh đ c 31 haplotype Vi t Nam Còn tác gi V ng H Quyên cs., 2014a l i s d ng gen 16S đ ki m ch ng nh n d ng v hình thái c a 22 loài cá n c ng t thu c 17 gi ng ng b ng sông C u Long C ng nh nhi u lo i sinh v t khác, song song v i ngu n l i s n xu t vi c ti n hành nghiên c u c b n (đa d ng di truy n ngu n gen, nh n d ng loài m c đ phân t ) nh m “ch n gi ng” v a có n ng su t, ch t l ng, kh n ng kháng t t v i m t s lo i b nh đ ng th i đánh giá b o t n ngu n gen c a loài c n đ c th c hi n Vi t Nam ch a có m t nghiên c u đ c p đ n vi c đánh giá đa d ng di truy n cá i m c ph c v cho công tác ch n gi ng, b o t n phát tri n nhân nuôi b n v ng m t loài cá bi n có giá tr kinh t CH NG II TH I GIAN, A I M, V T LI U VÀ PH NG PHÁP NGHIểN C U 2.1.Th i gian vƠ đ a m 2.1.1 Th i gian - Ngoài th c đ a: t 7/2012 đ n 6/2015 - Trong phòng thí nghi m : th c hi n t i Phòng Phân lo i h c th c nghi m a d ng ngu n gen - B o tàng Thiên nhiên Vi t Nam - 18 Hoàng Qu c Vi t, C u Gi y, Hà N i.(tr c sau chuy n th c đ a) 2.1.2 a m - Thu m u cá b ng cách đ ng đáy v i thuy n nh có công su t t 50 đ n 450 mư l c ch y u s d ng l i kéo đáy đ b t cá - Thu m u t i ch cá, c ng cá - Thu m u 16 t nh/thành ph t B c đ n Nam Vi t Nam 2.2.V t li u nghiên c u 2.2.1 V t li u nghiên c u M u c l ng/vây cá đ i thu th p d c bi n Vi t Nam đ c b o qu n ethanol t 70% V i 270 m u nghiên c u, c th 150 m u đ c xác đ nh b ng hình thái 120 m u không xác đ nh b ng hình thái, h tr nh n d ng b ng k thu t SHPT Thông tin t trình t Genbank đ c s d ng lu n án: KF375131, KP200024, JQ060540, JQ060553, JQ060541, JN292505, EU505089, JQ623956, EU392296, GU260294, KC500935, EU595054, JQ060284, JQ060300, JQ060285, HM628583, HM628584, HM628585, HM628586, HM628587, HM628588, HM628589, HM628590 đ n HM628615 … 2.2.2 Hóa ch t, thi t b 2.2.2.1.Hóa ch t 11 Mô t : (hình 3.1) Thân dài, hình thoi, ph n gi a h i tròn, ph n đuôi d p bên u t ng đ i ng n, đ nh đ u b ng ph ng Mõm h i r ng nh ng ng n M t tròn l n v a Màng m m t đ c bi t phát tri n, r t dày, che l p c m t ch tr ng i Môi r t dày, môi d i m ng Phía tr c c a hàm d i có m t gai th t t ng đ i l n Môi có m t vài hàng r ng nh Vây l ng có cái, kh i m c a vây l ng th nh t n m g n ngang mút vây ng c, kh i m c a vây l ng th hai n m sau kh i m c a vây h u môn Vây ng c ng n, không đ t đ n kh i m c a vây l ng th nh t, vây ng c n m bên thân G c vây ng c có v y nách Vây b ng r ng dài Vây h u môn có tia vây m m Vây đuôi d ng ch , chia thành hai thùy V y đ ng bên có 38 – 42 chi c Bên thân có – s c nâu ch y d c thân Là loài nh t h cá đ i có 24 đ t s ng, loài khác có t 25->35 đ t s ng L ng màu xanh nh t, m t b ng màu sáng b c Dài thân t i đa 62 cm, tr ng l ng trung bình 350g, l n Hình 3.1 M u cá i m c Vi t Nam nh t 3kg Theo công b 2015 c a FAO v phân b c a loài cá i m c (M.cephalus L.), Vi t Nam m t 121 qu c gia th gi i đ c xác nh n có loài cá i m c 3.2 K t qu nghiên c u gi i mư vùng gen CO1 vƠ Cytb 3.2.1 Tách DNA t ng s Quy trình tách DNA t ng s t m u c l ng ho c vây b ng cá i m c đ c th c hi n theo quy trình c a Zang and Shi, 1989 có c i ti n v i thành ph n đ m chi t, tinh s ch DNA b ng b kít Genomic DNA Purification kit (#KO512, Fermentas) Xác đ nh n ng đ DNA b ng máy quang ph h p th (Labormed – M ) b c sóng 260nm 280nm, n ng đ DNA c a 270 m u cá đ i dao đ ng t 650-100 ng/µl T l OD260/OD280 th hi n đ tinh s ch c a m u DNA dao đ ng t 1,82 đ n (s li u không ch đây) K t qu kh ng đ nh m u DNA tách chi t đ c hoàn toàn đ tiêu chu n cho nh ng phân tích ti p theo Hình 3.2 k t qu tách DNA m t s m u đ i di n 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 Hình 3.2 Hình nh DNA t ng s đ i di n c a m t s m u cá i 3.2.2 K t qu xác đ nh nhanh loài cá i m c v i c p m i MuCF-MuCR MuBFMuBR Th c hi n ph n ng PCR t 120 m u (đ ng hình) v i c p m i ng n MuBFMuBR MuCF-MuCR dùng đ xác đ nh nhanh loài cá i m c b ng k thu t PCR ph c V i 120 cá đ i (SL