Nghiên cứu các chủng virus H5N1 ở Việt Nam về đặc tính bảo tồn chuỗi và cấu trúc bậc hai RNA bằng công cụ TinSinh học

Đồ Án Tốt nghiệp 1 GVHD: TS. Đặng Đức Long LỜI MỞ ĐẦU    Bệnh cúm do virus H5N1 gây nên (còn gọi là SARS) gây ra những hậu quả nghiêm trọng cho sức khỏe con người và gia cầm trong thời gian gần đây. Nó bùng nổ trở thành đại dịch trên toàn cầu, đã cướp đi sinh mạng của nhiều người. Một nổi lo đáng sợ của nhân loại khi nó đe dọa sự sống của chúng ta, liệu trong tương lai nó sẽ bùng phát trở lại và hậu quả của nó như thế nào? Và hiện nay, quá trình phòng chống cũng như theo dõi quá trình phát hiện gặp rất nhiều khó khăn. Trong khi đó, có nhiều chủng của loài virus này chống lại các thuốc để điều trị bệnh. Tốc độ đột biến nhanh chóng ở chuỗi trình tự của các chủng virus này làm cho việc phát hiện và điều trị bệnh này có nhiều khó khăn. Do đó, việc nắm được qui luật di truyền và đột biến của virus này đang là vấn đề được lưu ý. Việc này giúp chúng ta có thể thiết kế mồi PCR hay mồi lai đặc hiệu để xác định, tìm kiếm virus này, và hơn thế nữa giúp chúng ta thiết kế, sản xuất các thuốc và vacxin hữu hiệu để điều trị bệnh. Vì thế, chúng tôi đã chọn nghiên cứu những đặc tính di truyền và đột biến của virus H5N1 với một lượng lớn các trình tự bộ gen của nhiều chủng đã được phân lập ở Việt Nam, chúng ta không thể làm một cách thủ công mà phải sử dụng phương pháp Tin - Sinh học hiện đại. Vì vậy, chúng tôi nghiên cứu đề tài ”Nghiên cứu các chủng virus H5N1 ở Việt Nam về đặc tính bảo tồn chuỗi và cấu trúc bậc hai RNA bằng công cụ Tin- Sinh học” nhằm để hiểu rõ hơn về khả năng đột biến của H5N1, bài nghiên cứu này đã tìm ra các khu vực thay đổi và bảo tồn trong các bộ gene của 85 chủng virus đã được phát hiện ở Việt Nam. Đồng thời, chúng tôi nghiên cứu cấu trúc bậc hai của bộ gene RNA của virus ở khu vực bảo tồn và thay đổi để đưa ra một số hiểu biết mới về vai trò của cấu trúc bậc hai của RNA bộ gene trong hoạt động của virus. SVTH: Dương Ngọc Phú - Lớp 06SH 2011 Đồ Án Tốt nghiệp 2 GVHD: TS. Đặng Đức Long CHƯƠNG 1 TỔNG QUAN TÀI LIỆU 1.1. Giới thiệu về đặc điểm sinh học và di truyền của virus cúm H5N1 1.1.1. Giới thiệu về virus cúm H5N1 Virus cúm H5N1 là virus cúm typ A, thuộc họ Orthomyxoviridae, Orthomyxoviridae là họ virus đa hình thái, có vỏ ngoài, genome là RNA đơn ( - ), phân đoạn. Chúng là tác nhân gây bệnh cúm tản phát hoặc bùng phát thành dịch. Các chủng thuộc typ A cũng gây bệnh ở lợn, ngựa, chim, gia cầm, hải cẩu và cá voi. Virus được lan truyền qua các sol khí khi con vật thở, lan theo dòng nước hoặc tiếp xúc trực tiếp[2]. Trong đó, H1N1 còn được gọi là cúm heo, là một bệnh hô hấp. H5N1 còn được gọi là cúm gia cầm, là một phân nhóm virus có tính độc lực cao. Các loại virus cúm A H1N1 thường xuyên gây ra dịch cúm ở lợn, trong khi virus H5N1 gây dịch ở các loài chim, và cả hai có thể lây cho con người đến truyền cho con người [9]. Hình1. Con đường lây lan của H5N1 qua các loài khác. SVTH: Dương Ngọc Phú - Lớp 06SH 2011 Đồ Án Tốt nghiệp 3 GVHD: TS. Đặng Đức Long 1.1.2. Cấu tạo và đặc điểm hóa lí a) Cấu tạo Virion (là hạt virus đã được lắp ráp hoàn chỉnh) có vỏ đa hình thái, thường có dạng hình cầu với cấu trúc xoắn, đường kính 80-120nm, nhưng đôi khi cũng thấy dạng hình sợi đến vài . Virus cúm có genome nhiều đoạn, ở typ A và B có 8 đoạn RNA đơn (-) với tổng khối lượng 5×106 dalton, còn ở typ C có 7 đoạn. Trong virion có chứa enzyme RNA – polymeraza phụ thuộc RNA, enzyme này cần cho quá trình phiên mã vì genome là RNA chuỗi (-). Protein capsid kết hợp với RNA tạo nucleocapsid đối xứng xoắn [2] .Cúm A/H5N1có kháng nguyên H5, còn cúm A/H1N1 kháng nguyên H1[10]. Hình 2. Sơ đồ cấu tạo của virus cúm Nucleocapsid được bao bọc bởi màng protein nền M1(M:matrix), phía ngoài lại được bao bởi vỏ ngoài là lớp lipít kép có nguồn gốc từ màng sinh chất của tế bào chủ. Bề mặt virus có 2 loại gai mọc nhô ra: hemagglutinin (H) và neuraminidaza (N). Gai H dài 10nm gồm 3 tiều đơn vị glycoprotein giống nhau gộp lại (trime). Mỗi tiểu đơn vị cấu tạo gồm 2 chuỗi polypeptide kí hiệu là HA1 và HA2, gắn với nhau bởi cầu nối disunphua. Trong hạt virus, phân tử hemagglutinin gắn vào màng lipít của vỏ ngoài ở vùng kỵ nước, phía đầu –COOH của HA2. Epitop của kháng nguyên Hemagglutinin rất dễ bị biến đổi là do luôn có sự biến đổi trong RNA genome làm thay thế axit amin tại một số vị trí trên phân tử HA1[2]. Bộ gene của virus cúm H5N1 gồm có 8 phân đoạn được bao bọc bởi một protein nucleocapsid, 8 đoạn gene này cấu thành ribonucleoprotein (RNP), và mỗi đoạn mã hóa 1 protein quan trọng về mặt chức năng : SVTH: Dương Ngọc Phú - Lớp 06SH 2011 Đồ Án Tốt nghiệp 4 GVHD: TS. Đặng Đức Long Hình 3. Cấu trúc của virus H5N1 1. Polymerase B2 protein (PB2) 2. Polymerase B1 protein (PB1) 3. Polymerase A protein (PA) 4. Haemagglutinin (HA or H) 5. Nucleocapsid protein (NP) 6. Neuraminidase (NA or N) 7. Matrix protein (M): M1 tạo thành bộ khung ( matrix) ; và chỉ có ở virut cúm A, M2 hoạt động như một kênh bơm ion để làm giảm hoặc để duy trì pH của thể nội bào ( endosome ). 8. Non-structural protein (NS): protein không cấu trúc, chức năng còn suy đoán. RNA-RNA polymerase hoạt tính, chịu trách nhiệm sao chép và sao mã, được thành lập từ PB2, PB1 và PA. Enzym này có hoạt tính endonuclease và được gắn với RNP. Các protein NS1 và NS2 có chức năng điều hòa để thúc đẩy sự tổng hợp các thành phần của virus trong tế bào bị nhiễm[28]. Haemagglutinin Haemagglutinin (HA hoặc H) là 1 glycoprotein chứa mỗi 2 trong 3 vị trí gắn gốc đường, có trọng lượng phân tử khoảng 76 000 Dalton. Nó nối liền màng lipid vì thế nó là phần chính, được trình diện ra mắt ngoài. HA đóng vai trò như thụ thể bằng cách gắn vào sialic acid (N-acetyl-neuraminic acid) và qua cách hòa hợp với màng tế bào tạo điều kiện cho phần trong của vi hạt virus chui vào bên trong tế bào chủ. HA là kháng nguyên chính của virus cúm. Các vị trí kháng nguyên nằm ở đầu của phân tử, còn chân thì gắn sâu vào lớp màng lipid [28]. SVTH: Dương Ngọc Phú - Lớp 06SH 2011 Đồ Án Tốt nghiệp 5 GVHD: TS. Đặng Đức Long Neuraminidase Giống như HA, neuraminidase (NA hoặc N) là 1 glycoprotein, cũng là những gai nằm trên bề mặt của virus. Các NA có cấu trúc tứ đồng phân ( tetramer), có trọng lượng phân tử trung bình chừng 220 000Dalton. Phần chính của phân tử NA đều nằm ở mặt ngoài virus, bao lấy lớp màng lipít, và có 1 cái đuôi bào tương nhỏ. NA hoạt động giống như một enzyme, nó cắt tách sialic acid ra khỏi phân tử HA, ra khỏi những phân tử NA khác và khỏi các glycoprotein và glycolipid ở bề mặt tế bào. NA cũng là 1 vị trí kháng nguyên quan trọng. Dường như cần phải có nó thì virus mới xâm nhập được vào tế bào chủ [28]. Protein M2 Khi một vi hạt virus bị tóm đưa vào thể nội bào (endosome), hoạt tính của kênh ion M2 được gia tăng để cho các ion tràn vào bên trong vi hạt, dẫn đến pH thấp. Do kết quả này, nối HA-M1 bị nhiễu loạn, vi hạt mở ra, peptide hòa màng nằm bên trong HA bị dời chỗ, và HA hòa với lớp màng trong của màng nội bào. Các ribonucleoproteins được phóng thích vào trong bào tương của tế bào và được vận chuyển tới nhân tế bào. Tại đây, phức hợp bị phá vỡ, sự tổng hợp RNA virus bắt đầu. Hoạt tính của protein M2 bị ức chế bởi amantadine, rimantadine và các chất có liên quan [28]. Vai trò có thể của NS1 mRNA có mang một đuôi poly-A ở phần tận 5’. NS, có trọng lượng phân tử 26 000 Dalton, tạo thành 1 dimer sẽ ức chế không cho chuyển ra ngoài nhân phần poly-A có chứa các phân tử mRNA, từ đó cho mRNA ưu tiên được chuyển vận vào ty thể (ribosome) và sau đó dịch mã. NS1 cũng ức chế sự cắt dán tiền m-RNA ( pre- mRNA). Ngoài ra, NS1 chắc chắn có thể ức chế đáp ứng interferon trong các tế bào nhiễm virus, làm cho sự sinh sản virus không bị ngăn trở [28] . Chức năng có thể của NS2 NS2 là 1 phân tử nhỏ có trọng lượng phân tử 11000 Datlon. Trong vi hạt virus, nó có thể gắn kết với protein M1. Người ta cho rằng nó có chức năng là giúp đỡ cho sự vận chuyển các RNP vừa được tổng hợp từ nhân đi vào bào tương để làm cho virus sinh sản nhanh hơn [28]. b) Đặc điểm lý hóa Vỏ ngoài là lớp lipit kép nên dễ bị phá hủy bởi các dung môi hòa tan lipít (như ete, dexoycholat, formol…) pH thích hợp là 6,5-7,9. Ở pH quá axít hay quá kiềm, thì khả năng gây nhiễm giảm. SVTH: Dương Ngọc Phú - Lớp 06SH 2011 Đồ Án Tốt nghiệp 6 GVHD: TS. Đặng Đức Long Ở nhiệt độ 56-60 0 C, virus bị mất độc tính trong mấy phút, tuy nhiên khả năng gây ngưng kết hồng cầu vẫn còn. Ở nhiệt độ trong phòng virus có thể tồn tại trong 2 tháng. Khi nuôi trong túi niệu phôi gà, nếu để ở 4 0 C thì virus vẫn có thể tồn tại trong mấy tháng. Khi bảo quản ở ống nghiệm -70 0 C thì giữ được hàng năm mà hiệu giá không giảm, tia bức xạ có thể bất hoạt virus nhưng không phá hủy kháng nguyên [2]. 1.1.3. Quá trình nhân lên Hình 4. Quá trình nhân lên của virus Trước hết, gai H của virus gắn vào receptor có chứa axits neuraminic của tế bào chủ, rồi tiến hành nhập bào tạo endosom. Tiếp đó, xảy ra quá trình dung hợp giữa vỏ ngoài của virus với màng endosom. Điều này thực hiện được là nhờ gai HA chồi lên khi pH trong endosom thấp. Sau khi dung hợp, ribonucleoprotein và RNA-polymeraza chui vào tế bào chất. Việc “cởi áo” làm hoạt hóa RNA- polymeraza của virus. Phân tử mRNA được phiên mã trong nhân từ các chuỗi RNA khuôn đơn (-) của virus khi sử dụng mồi là đoạn 10-13 nucleotide cắt từ đầu 5’ của mRNA có gắn mũ của vật chủ. Sau đó được gắn đuôi poly A cũng lấy từ mRNA của tế báo chủ. Enzym cắt mồi endonucleaza do virus mang theo, mRNA mới hoàn thiện của virus ra khỏi nhân, vào tế bào chất để tổng hợp protein. Virus cúm là virus RNA duy nhất tiến hành sao chép genome trong nhân [2]. Kết quả quá trình phiên mã từ 8 đoạn RNA genome (-) tạo được 10 phân tử mRNA bởi vì đoạn 7 và 8 mỗi đoạn phiên mã tạo ra 2 phân tử mRNA, 6 phân tử (1- 6) dịch mã cho protein, còn 2 phân tử (7-8) do có khung đọc nên mỗi phân tử tạo ra 2 protein. Điều này được thực hiện không phải do sử dụng mRNA đa gen SVTH: Dương Ngọc Phú - Lớp 06SH 2011 Đồ Án Tốt nghiệp 7 GVHD: TS. Đặng Đức Long (polycistronic) thực sự như ở eukaryote, vì riboxom ở eukatyote chỉ nhận diện bộ ba khởi đầu AUG nằm sát đầu 5’ của mRNA [2]. Như vậy từ 1 RNA đã cho ban đầu, chúng chỉ tạo được 1 protein. Hai đoạn 7 và 8 tiến hành phiên mã cho 2 mRNA có chiều dài đủ. Mỗi trường hợp tổng hợp một loại protein bổ sung do dịch mã từ mRNA được chế biến nhờ bộ máy cắt ghép(splicing) của tế bào chủ [2]. Khác với đa số virus RNA, protein cấu trúc sau khi tổng hợp lại được chuyển vào nhân và quá trình lắp ráp tạo ribonucleoprotein xảy ra trong nhân. Các glycoprotein HA và NA được tổng hợp trên mạng lưới nội chất hạt sau đó được di chuyển tới các vùng chuyên biệt trên màng sinh chất. Protein M cũng di chuyển đến màng và liên kết với màng nhờ gai HA và NA. Ribonucleoprotein và RNA- polymeraza cũng từ nhân di chuyển ra tế bào chất rồi tới màng sinh chất, nơi đã có protein M và các gai HA, NA. Virion ra khỏi tế bào theo lối này vơi sự tham gia của neurminidaza. Nếu enzyme này bị ức chế thì virion không được giải phóng [2]. Thời gian tính từ lúc virus xâm nhập đến khi sản sinh được virut mới trung bình là 6 giờ. 1.2. Những vụ nhiễm virus H5N1 ở người. Từ năm 1997 trở lại đây đã có nhiều vụ nhiễm virus gia cầm sang người. Năm 1997 tại HongKong, virus typ A chủng H5N1 đã gây ra dịch cúm gà lớn, khiến phải tiêu diệt hàng triệu con gà. Đây là chủng tải tổ hợp nhận H5 của virus A-H5N1 ở ngỗng, phần N1 lấy từ virus A-H6N1 ở một động vật khác và các gen mã hóa cho các protein NP(protein cấu trúc), MA(protein nền), NS (protein không cấu trúc), PB1(protein gắn mũ), PB2(polymeraza) và PA (protein kéo dài phiên mã) là lấy từ virus A-H9N2 ở chim cút. Chủng H5N1 tái tổ hợp mới rất độc đối với người và đối với gà, trong khi chủng H5N1 của ngỗng lại không độc đối với người, mặc dù vẫn chứa kháng nguyên H5 và N1 nhưng các gen mã hóa cho các protein khác lại không giống nhau [2]. Error: Reference source not found * Cơ chế truyền bệnh cho người có thể truyền minh họa bằng sơ đồ sau: SVTH: Dương Ngọc Phú - Lớp 06SH 2011 H5N1(ngỗng) H5N1 mới rất ít độc cho người Gà H6N1 H9N1(chim cút) NP, MA, NS, PB1, PB2, PA H5N1 mới rất độc cho gà Cúm gà H5N1 Lợn Đồ Án Tốt nghiệp 8 GVHD: TS. Đặng Đức Long Như vậy, virus cúm A-H5N1 có thể lây nhiễm từ gà qua lợn rồi sang người, hoặc cũng có thể gây trực tiếp từ gà sang người. Năm 2004, tại Thái Lan đã có nhiều con hổ bị chết vì nhiễm virus cúm A-H5N1 do ăn thịt gà bị bệnh. Nếu virus H5N1 biến đổi gene tìm được con đường trực tiếp từ người sang người thì loài người lại một lần nữa đứng trước hiểm họa khôn lường. Năm 1999: hai trường hợp nhiễm cúm gia cầm A-H5N1 tại HongKong nhưng không gây tử vong. Năm 2003: Hai trường hợp nhiễm virus cúm A- H5N1là người HongKong sang Trung Quốc du lịch trong đó có một người chết. Năm 2004 : Đợt cúm gà lớn do chủng A-H5N1 đã được bộc phát ở nhiều quốc gia Đông Á và Đông Nam Á, Trung Quốc, Việt Nam, Thái Lan, Nhật Bản, Hàn Quốc, Đài Loan, Indonesia, Lào,Campuchia…. Ở Việt Nam dịch bộc phát vào cuối tháng 12-2003, chỉ trong thời gian ngắn đã lây lan ra khắp nước. Đến tháng 3 năm 2004, đã phải tiêu diệt khoảng 30 triệu con gà. Trong đợt dịch đã có 70 người mắc virus cúm A, trong đó có 27 ca tử vong. Trong tháng 8 năm 2004, Việt Nam lại tái xuất hiện cúm gà và đã phát hiện 2 ca tử vong vì H5N1. Bệnh chỉ lắng xuống trong mùa hè, đến mùa đông 2005 lại tái phát, lan ra 30 tỉnh thành và phải tiêu hủy hàng trăm ngàn gia cầm [2]. Khi gà bị cúm, nhiều bộ phận của gà có thể chứa virus. Virus theo sol khí bay ra môi trường khi gà thở, rớt rãi văng ra khi gà vẩy mỏ, virus có trong máu (viremia), có nhiều ở vỏ trứng và trong lòng đỏ. Do vậy, những người nuôi gà và giết mổ gà đều thuộc nhóm người có nguy cơ lây nhiễm cao. Các chủng virus mới gây đại dịch sẽ còn tồn tại và lưu hành trong nhiều năm [2]. Theo các chuyên gia của WHO các trường hợp tử vong ở Việt Nam là do virus cúm gà lây sang người chú không có trường hợp nào là người lây sang người. 1.3. Đặc tính di truyền về bảo tồn chuỗi và phương pháp xác định SVTH: Dương Ngọc Phú - Lớp 06SH 2011 Người Người ? Đồ Án Tốt nghiệp 9 GVHD: TS. Đặng Đức Long 1.3.1. Đặc tính di truyền về bảo tồn chuỗi Đặc tính di truyền về bảo tồn chuỗi có thể cho chúng tôi biết điều gì đó về sự tiến hóa của sinh vật. Chúng ta có thể nhìn thấy các khu vực của một gene (hoặc protein có nguồn gốc của nó) là dễ bị đột biến và có thể có một phần thay thế mà không thay đổi chức năng. Gen tương đồng (homologous genes) gen có cùng nguồn gốc tiến hóa có trình tự tương tự. Orthologs là gen tiến hóa liên quan, có chức năng tương tự, nhưng nó xuất hiện ở các loài khác nhau. Paralogs đang tiến hóa liên quan (cùng một nguồn gốc), nhưng không còn có chức năng tương tự. Chúng ta có thể khám phá ra một trong hai orthologs hoặc paralogs thông qua sự so sánh nhiều chuỗi ( multiple sequence alignment)[24]. Về lý thuyết, sự khác nhau đơn giản giữa các trình tự bảo tồn và không bảo tồn có thể là do sự khác nhau về đột biến tiến hóa. Đây có thể bao gồm sự khác nhau GC trong gene/ hoặc số lượng các base ghép nối. Tuy nhiên, trong dữ liệu của chúng tôi, không tìm bất kỳ sự tương quan rõ ràng giữa GC và số lượng các base kết hợp, và đột biến tiến hóa có sẵn. Ổn định đột biến cũng có thể là tương quan với sự ổn định nhiệt động lực học. Nếu chức năng quan trọng của yếu tố cấu trúc bậc hai phải được ổn định đặc biệt nhiệt động, sau đó đột biến tiến hóa có thể là một hậu quả gián tiếp của các lựa chọn cho sự ổn định nhiệt động lực học. Tuy nhiên, nhiều motif virus, cấu trúc bậc hai cần phải có đầy đủ đặc tính để mở ra cho các quá trình như là bản sao hoặc dịch mã. Hơn nữa, nó đã được thực nghiệm cho thấy rằng những đột biến dẫn đến sự ổn định nhiệt động lực tăng của một số motif cấu trúc bậc hai quan trọng của virus [3]. Do đó, về bảo tồn chuỗi trình tự, ta sẽ thấy có sự giống nhau về mặt di truyền giữa các chủng trong cùng một loài và nó sẽ có những vùng khác nhau của từng chủng khác nhau. Bên cạnh đó, nó sẽ có sự tác động qua lại giữa các chủng với nhau, và ở virus H5N1 luôn xảy ra sự trao đổi genome như vậy. Do đó, người ta đã đưa ra một số thuyết tiến hóa như sau: Genome phân nhiều đoạn của virus cúm là nguyên nhân dẫn đến sự thay đổi kháng nguyên ( KN) liên tục. Có 2 kiểu thay đổi KN: SVTH: Dương Ngọc Phú - Lớp 06SH 2011 Đồ Án Tốt nghiệp 10 GVHD: TS. Đặng Đức Long Hình 5. Hai kiểu thay đổi kháng nguyên. Thay đổi lớn: Hiện tượng hoán vị KN(antigenic shift) xảy ra khi có 2 hay nhiều chủng virus, với nhiều đoạn RNA khác biệt nhau về mặt di truyền, cùng lúc xâm nhiễm vào 1 tế bào. Các đoạn genome hoán vị với nhau, antigenic shift vẫn còn là một hiện tượng rất hiếm hoi, xảy ra cứ mỗi 10-20 năm một lần. Chính antigenic shift quyết định sự bộc phát ra của những cơn đại dịch toàn cầu[2]. Thí dụ điển hình là đại dịch cúm 1918-19 mà người ta thường gọi là Spanish Flu, Grippe Espagnole do virus cúm heo A /H1N1 đã giết hại hằng mấy chục triệu người trên thế giới vào thuở đó [9]. Sự kết hợp nói trên có thể làm phát sinh ra 256 cách phối hợp di truyền khác nhau. Ví dụ hình ảnh ở dưới là sự kết hợp giữa virus cúm người và virus cúm gà, tạo nên chủng mới, có thể gây ra hậu quả khó lường. SVTH: Dương Ngọc Phú - Lớp 06SH 2011 [...]... ra bộ gen của được 85 chủng H5N1 phân lập ở Việt Nam hay ở các địa điểm cụ thể ở Việt Nam như: Bạc Liêu, Lạng Sơn, Sóc Trăng, Hậu Giang, Cà Mau, Hà Nam, Ninh Bình và Nam Định ở những phân đoạn khác nhau 3.2 Khảo sát sự bảo tồn chuỗi trình tự 3.2.1 Kết quả Sau khi phân ra chuỗi trình tự của 8 phân đoạn này của các chủng virus H5N1 ở Việt Nam, để nghiên cứu đặc tính bảo tồn chuỗi bằng việc sử dụng một... Long 1.4 Cấu trúc bậc hai RNA và phương pháp xác định 1.4.1 Cấu trúc bậc 2 là gì? Cấu trúc bậc 2 của RNA là dạng cấu trúc không gian ở những khu vực có tính địa phương, nó được gắn với nhau bằng liên kết Hydro Hình 9 Sơ đồ cấu trúc bậc hai của RNA SVTH: Dương Ngọc Phú - Lớp 06SH 2011 Đồ Án Tốt nghiệp 16 GVHD: TS Đặng Đức Long Cấu trúc bậc 2 của RNA là một sự liên kết tương tự của protein và các chuỗi. .. không bảo tồn như có sự kiểm soát không mạnh mẽ [3] Cúm A là virus gây ảnh hưởng đáng kể sức khỏe cộng đồng Trong khi được hiểu về vòng đời của virus, kiến thức về cấu bậc hai RNA của virus cúm A là thưa thớt Dự đoán về cấu trúc bậc hai RNA có thể tập trung nỗ lực thực nghiệm Các nghiên cứu này phân tích các vùng mã hóa trong tám phân đoạn gen của virus trong cả hai sợi đơn (+) và (-) RNA cho bảo tồn cấu. .. (cong-vòng) của Flaviviruses hoặc 3’UTR của flaviviruses Một phần nhỏ của hệ gen mã hóa protein Các vùng hình thành cấu trúc bậc hai một số hoặc không có chức năng quan trọng nhưng so sánh ( ổn định nhiệt động học) Và vùng mà có sự bảo tồn cao thì cấu trúc nhiệt động học của nó sẽ ổn định và vùng không bảo tồn thì ngược lại Một gen RNA của virus chứa cấu trúc bảo tồn và cấu trúc không bảo tồn, mà chúng ta... tồn cấu trúc bậc hai Các dự đoán này dựa vào việc xác định các khu vực của ổn định nhiệt động lực học khác thường và là tương quan với các nghiên cứu về sự đàn áp của việc sử dụng codon đồng nghĩa (SSCU) Kết quả cho thấy cấu trúc bậc hai được ưa chuộng, có ý nghĩa trong các sợi RNA (+) Hai mươi vùng có cấu trúc giả định RNA bảo tồn đã được xác định, bao gồm cả hai khu vực trước đây mô tả cấu trúc Trong... tiềm năng cấu trúc bậc hai [21] Do đó, chúng tôi nghiên cứu về cấu trúc bậc hai của RNA của virus ở những khu vực thay đổi nhiều nhất giữa các chủng nhằm trả lời câu hỏi là các khu vực này có cần duy trì cấu trúc bậc hai của nó hay không? SVTH: Dương Ngọc Phú - Lớp 06SH 2011 Đồ Án Tốt nghiệp 20 GVHD: TS Đặng Đức Long 1.4.4 Phương pháp xác định cấu trúc bậc 2 1.4.4.1 Dựa vào mối liên quan về tiến hóa... Hình 11 Cấu tạo các base trong cấu trúc bậc hai RNA Cấu trúc bậc 2 của một phân tử RNA là bộ sưu tập của các cặp base xảy ra trong cấu trúc 3 chiều Một chuỗi RNA sẽ được biểu diễn như là: R = r1,r2,r3….; rn Ở đây ri gọi là base thứ i của dãy nucleotide Mỗi ri thuộc {A,C,G,U} Một cấu trúc bậc 2, hoặc gấp, trên R là một S tập các cặp base, viết là: i,j, 1 ≤ i