Xác định sự đa dạng di truyền 5 quần thể gà nuôi tại hà giang bằng các chỉ thị Microsatellite

Xác định sự đa dạng di truyền 5 quần thể gà nuôi tại Hà Giang bằng các chỉ thị Microsatellite Nguyễn Trọng Bình 1 , Phạm Doãn Lân 1 , Trần Thị Thu Thuỷ 1 , Đỗ Ngọc Duy 1 , Nguyễn Văn Ba 1 , Lê Quang Nam 1 , Lê Thị Thuý 1 , Vũ Chí Cơng 1 , J.C. Maillar 2 1 Viện Chăn Nuôi; 2 Điều phối viên dự án Biodiva Summary The objective of the study was to access genetic diversity of 5 chicken populations (431 samples) in Ha Giang province. 21 microsatellites (FAO) was used. On average, there were 8.05 4.41alleles per locus (maximum in locus LEI094 and minimum in locus MCW103) and 6.7 3.4 alleles per locus across populations. Within populations, the average observed heterozygote frequency was 0.555 with a range between 0.541 (pop5) and 0.567 (pop2). In all populations, inbreeding was indicated by heterozygosity deficiency (mean Fis = 0.104). The genetic differentiation between populations was low with a mean Fst = 0.025 demonstrated that about 97.5% of the total genetic variation was due to the genetic differentiation within each population. By using Structure software with 3 2 k 26, no appropriate k value showed that there were mixed breeds in 5 populations. 1. Đặt vấn đề a hỡnh ADN l cụng c hu hiu cho vic phõn tớch sõu mc ủ phõn t nhng tớnh trng kinh t quan trng v nhng tim nng ng dng ca chỳng trong vic nõng cao nng xut v hiu qu chn nuụi. Ngoi ra nhng ch th ADN cng ủc s dng ủ tỡm hiu quỏ trỡnh tin hoỏ v thun hoỏ ca cỏc loi vt nuụi. Mt trong nhng k thut ủc s dng trong vic nghiờn cu s sai khỏc di truyn ca qun th l s ủa dng cỏc microsatellite. K thut ch th phõn t microsatellite (MS) l cỏc ủon lp li ủc phõn b trong ton b h gen. Cỏc trỡnh t lp li ny bao gm 1-6 bp v tng ủ di khụng quỏ 100 bp vớ d nh (CA)n, (GAA)m (Tautz, Renz 1984). Microsatellite cú th tỡm thy tt c mi ni trong h genome, bao gm c vựng mó hoỏ v khụng mó hoỏ (Toth, và cs). Vỡ vy, k thut ny cú th s dng trong rt nhiu lnh vc khỏc nhau nh lp bn ủ di truyn, bn ủ liờn kt trong cỏc nghiờn cu v qun th, hỡnh s Vi s ủa dng v cỏc ủc ủim kiu hỡnh v kiu gen trờn cỏc qun th g Vit nam, cng nh tm quan trng phỏt trin v bo tn cỏc ging g bn ủa vỡ vy vic nghiờn cu s sai khỏc di truyn ca cỏc qun th ny l thit yu . Trong kh nhim v ca hp phn phũng thớ nghim-D ỏn Biodiva, chỳng tụi ủó tin hnh phõn tớch kiu gen g thụng qua 21 microsatellite ủ ủỏnh giỏ s sai khỏc di truyn ca cỏc qun th g H Giang thụng qua cỏc ch th microsatellite. Thi gian tin hnh t thỏng 10 nm 2005 ủn nay. 2. Đối tợng, nguyên liệu và phơng pháp nghiên cứu 2.1. i tng - 431 mu mỏu g ti 5 huyn tnh H Giang: Quản Bạ (POP1), Bc Quang (POP2), V Xuyờn (POP3), H Giang (POP4) v ng Vn (POP5). 2.2. Nguyờn liu - Cỏc mu mỏu g thu thp ủc bo qun -20 0 C. - Cỏc hoỏ cht, thit b s dng trong nghiờn cu ủc ủt t cỏc hóng: Fermentas, Merk, Qiagen, Beckman 2.3. Phng phỏp - Tỏch chit ADN tng s: ADN tng s ủc tỏch chit bng Kit tỏch mỏu ca hóng Qiagen - a hỡnh ADN: + Nghiờn cu s ủa hỡnh ADN trờn 21 cp mi microssatlite theo tiờu chun ca FAO. + Nhõn gen bng phng phỏp PCR: S dng phng phỏp PCR ủ nhõn lờn cỏc ủon gen cú cha cỏc microsatellite. Thnh phn phn ng PCR: Buffer 1,2X;dNTP 200nm (mi loi); Mg ++ 15mM; 10pM mi loi mi; ADN 40ng; Taq- polymeare 1,5U; Nc vụ trựng. Vi chu trỡnh nhit: 94 0 -5; 94 0 -45; 55 0 -1; 72 0 - 1; 72 0 -10 v ủc lp li trong 35 chu k. + Phõn tớch Fragment trờn mỏy gii trỡnh t CEQ8000 v phõn tớch trờn phn mm CEQ system. - Phõn tớch s ủa dng di truyn da trờn cỏc phn mm thng kờ: + Phn mm Fstat (Goudet, J., 2001): ỏnh giỏ s ủang dng di truyn gia cỏc cỏ th trong mi qun th, gia cỏc qun th v gia cỏc cỏ th trong mt qun th ủng nht cng nh c lng s lc dũng cõn bng (HW ca cỏc qun th v cỏc locus. + Phần mềm Genetics phiên bản 4.03 (Belkhir K., 2004): Xác ñịnh phân bố các cá thể trong quần thể theo mô hình không gian hai chiều AFC. + Phần mềm Phylip phiên bản 3.5, (Felsenstein, 1993): Vẽ cây phân loại dựa trên khoảng cách di truyền giữa các quần thể. + Phần mềm Structure phiên bản 2.0 (Pritchard et al., 2000): Ước lượng sự phân tách quần thể theo giống. - Một số công thức liên quan cấu trúc quẩn thể Một số cách tính tiện lợi cho cấu trúc quần thể là giá trị thống kê F ñược Wright phát triển (1965). Giá trị F ñược tính theo công thức F = (He – Ho)/He * Trong quần thể: F = Fis = (He – Ho)/He Trong ñó: Ho: là tần số dị hợp tử quan sát = f(Aa) He: là tần số dị hợp tử lý thuyết = 2pq Fis: hệ số cận huyết giữa các cá thể trong quần thể. Thể hiện sự biến thiên của tần số alen [1;-1], ñánh giá mức ñộ cận huyết của các cá thể trong quần thể. * Giữa các quần thể với nhau: F = Fst = (Ht – Hs)/Ht Trong ñó: Ht: là tần số dị hợp tử lý thuyết của các quần thể tạo thành 1 quần thể duy nhất Ht = 1 - Σxi 2 (xi là tần số trung bình của alen thứ i trong quần thể). Hs: Trung bình dị hợp tử của các quần thể. 3. KÕt qu¶ vµ th¶o luËn 3.1. Kết quả tách chiết ADN ADN tổng số ñược tách chiết từ các mẫu máu gà và ñược kiểm tra trên gel agarose 1% kết quả ñược thể hiện dưới Hình 1: Hình 1. Kết quả tách chiết ADN tổng số từ máu gà Qua kết quả tách chiết ADN tổng số và ñược kiểm tra trên gel cho thấy chất lượng của ADN ñáp ứng ñược các yêu cầu cho phản ứng Multiplex-PCR. 3.2. Kết quả nhân gen và phân tích trên máy giải trình tự CEQ8000 - Với 21 cặp mồi chia làm 5 mix khác nhau ñể tiết kiệm thời gian và hoá chất: + Mix 1 với 5 cặp mồi: MCW295, ADL112, MCW216, MCW014, MCW089 + Mix 2 với 5 cặp mồi: MCW111, MCW078, MCW222, LEI094, MCW183 + Mix 3 với 4 cặp mồi: ADL278, MCW069, MCW034, MCW103 + Mix 4 với 4 cặp mồi: ADL268, MCW037, MCW067, MCW206 + Mix 5 với 4 cặp mồi: MCW081, MCW248, LEI166, MCW330 - Sau khi tiến hành nhân các cặp mồi microsatellite, tiến hành phân tích các mẫu trên máy giải trình tự CEQ8000 và phân tích trên phần mềm CEQ system. Kích thước allele của mỗi locus sau khi nhân lên trong mỗi phản ứng multiplex PCR ñược xác ñịnh trên máy giải trình tự CEQ 8000, kết quả thể hiện ở Hình 2: 0 5000 10000 15000 20000 25000 30000 35000 40000 45000 50000 0 50 100 150 200 250 300 350 400 g567 mix2.A01_0606141244 Size (nt) Dye Signal MCW111 MCW078 MCW222 LEI094 MCW183 MCW183 Hình 2 . Kết quả xác ñịnh kích thước allele trên máy giải trình tự CEQ 8000. Dựa trên các kết quả thu ñược chúng tôi ñã tiến hành phân tích sự ña dạng di truyền của các quần thể gà tại Hà Giang trên các phần mềm thống kê khác nhau. 3.3. Sự phân bố của các allele g tôi tiến hành nghiên cứu trên 431 cá thể trên 5 quần thể (trung bình 86,2 cá thể/quần thể). Kết quả phân tích allen ñược tiến hành chạy trên phần mềm Fstat. Qua ñó, thu ñược số lượng allele trung bình của các quần thể trên mỗi locus là 8.05 ± 4.41 trong ñó locus có số allele thấp nhất là locus MCW103 với 2 allele và locus có số allele cao nhất là LEI094 với 19 allele. Kết quả này kh ng ñịnh hầu hết tất cả các locus ñều có sự ña hình cao. B ng 1. Đặc ñiểm của các locus microsatellite : Khoảng cách, số allele theo lý thuyết, số allele quan sát và kích thước của các allele Locus Kho¶ng c¸ch Sè allele quan s¸t KÝch th−íc c¸c allele MCW295 85-107 10 85 3,5,5 , 87, 89, 91 3,5 , 93 2,4,5 , 95, 97, 99 2 , 101 3 , 103, 105 1,3,4,5 ADL112 120-134 4 124, 126 1,3 ,128,130 MCW216 139-149 4 139 3,4 ,141,145,147 1,4,5 MCW014 164-182 13 161 1,3,4 , 163, 167, 169 5 , 171 1,2,4,5 , 173, 175, 177, 179 1,3,4 , 181 1 , 183 2,4,5 , 185 3 , 187 3 MCW098 261-265 3 255, 257, 259 1,3 MCW111 96-120 6 97, 99, 101, 105 4 , 107, 111 4 MCW078 135-147 4 138, 140, 142, 144 1 MCW222 220-226 5 216, 218, 220 2 , 222 4 , 224 1,2,3,5 LEI094 247-287 19 249, 251 1,3 , 253 1,4 , 255, 259 3.4 , 261, 263, 265, 267, 269 1,2,4 , 271 1,2 , 273, 275 1,2,5 , 277, 279 2 , 281 4 , 283 4 , 285, 287 1,3,4,5 MCW183 296-326 15 293, 295 3,4 , 297 1,2,3,4 , 301, 303 3 , 305 1 , 311, 313 1,3,4,5 , 315, 317 3,4 , 319 1,2,3,4 , 321 1,,3,4,5 , 325 1,2,3,4 , 331 2,3,4 , 333 1,2,3,4 ADL278 114-126 8 109 2,3,4,5,6 , 111, 115 1,2,3,4,5 , 117, 119, 121, 123 1 , 127 1,2,3,4,5 MCW069 158-176 11 155, 157 2,5 , 159, 161, 163, 165, 167 4 , 169, 171 3 , 173 3 , 175 1,2,3,4 MCW034 212-246 14 214 2,5 , 220, 222, 224 1,3,4 , 226 1,5 , 228, 230, 232 3,4 , 234 4 , 236 4 , 238, 240, 242 3,4 , 244 MCW103 266-270 2 266, 270 ADL268 102-116 6 101, 107, 110 4 , 112, 114, 116 1,2,5 MCW037 154-160 4 151, 153, 155, 157 3,5 MCW067 176-186 6 169 1,3,5 , 171, 173, 175, 177, 179 1,3 MCW206 221-249 11 220, 222, 224 1,2,5 , 226, 228, 230, 232, 234 2,3,4,5 , 242, 244 4,5 , 248 1,2,5 MCW081 112-135 8 110, 112, 118 3 , 120 1,3,4 , 128 1,3,4 , 130 1,2,3,5 , 132, 134 5 MCW248 205-225 6 213, 215, 217, 219, 221, 223 1,4,5 LEI166 354-370 7 334, 346 1,2,3,4,5 , 348, 350, 352, 354 3 , 358 1,3,4,5 MCW330 256-300 11 256 1 , 258 5 , 266, 268, 270 1,3,5 , 274 1,3,4 , 276, 278, 284, 286, 288 Tổng số 146 1,2,3,4,5 : Allele kh«ng xuÊt hiÖn t¹i quÇn thÓ 1,2,3,4,5 3.4. Đánh giá sự ña dạng di truyền trên các locus Dựa trên phân tích mẫu bằng phầm mềm Fstat thu ñược các kết quả: tần số di hợp tử quan sát (Ho) và lý thuyết (Hs), hệ số cận huyết giữa các cá thể trong mỗi quần thể (Fis), hệ số cận huyết giữa các quần thể (Fst) và hệ số cận huyết giữa các cá thể trong microsatellite trên 5 quần thể. Kết quả ñược thể hiện trên bảng 2: Bảng 2. T n số dị hợp t quan sát (Ho) và mong ñợi (He), Fis, Fit, Fst của các microsatellite trên các quần thể LocName Ho He Ht Fit Fst Fis MCW295 0.68 0.785 0.792 0.154 0.007 0.149 ADL112 0.606 0.544 0.544 -0.079 0.002 -0.082 MCW216 0.288 0.42 0.426 0.311 0.014 0.302 MCW014 0.657 0.781 0.786 0.161 0.012 0.151 MCW098 0.232 0.269 0.275 0.107 0.014 0.094 MCW111 0.723 0.757 0.759 0.047 0.003 0.044 MCW078 0.371 0.48 0.491 0.257 0.023 0.239 MCW222 0.425 0.53 0.55 0.193 0.042 0.158 LEI094 0.736 0.834 0.834 0.107 0.001 0.106 MCW183 0.476 0.519 0.523 0.082 0.012 0.071 ADL278 0.515 0.618 0.628 0.161 0.019 0.144 MCW034 0.69 0.754 0.756 0.085 0.004 0.082 MCW103 0.48 0.492 0.49 0.026 -0.003 0.029 ADL268 0.631 0.654 0.658 0.058 0.006 0.053 MCW037 0.479 0.64 0.647 0.243 0.018 0.23 MCW067 0.637 0.715 0.722 0.103 0.009 0.095 MCW206 0.698 0.784 0.783 0.107 -0.001 0.108 MCW081 0.414 0.462 0.464 0.106 0.007 0.099 MCW248 0.628 0.694 0.695 0.085 0.004 0.081 LEI166 0.612 0.622 0.629 0.026 0.013 0.013 MCW330 0.685 0.791 0.803 0.131 0.017 0.116 TB 0.555 0.626 0.631 0.118 0.011 0.108 - Giá trị trung bình của tần số dị hợp tử quan sát ñược của 21 mirosatellite trên 5 quần thể là 0,555. Trong ñó, tần số di hợp tử thấp nhất ở marker MCW098 là 0,232 và tần số di hợp tử cao nhất ở marker LEI094 là 0,736. Hệ số cận huyết Fis trung bình trên cả 5 quần thể là 0,108, giá trị Fit và Fst trung bình trên cả 5 quần thể tương ứng là 0,118 và 0,011. 3.5. Kết quả phân tích phần mềm genetics trên 5 quần thể Các kết quả thu ñược về tần số dị hợp tử Ho, He, giá trị Fis, Fst trên các quần thể ñươc thể hiện trên bảng 3: Bảng 3 . T n số dị hợp t Ho, He, giá trị Fis, Fst trung bình trên m i qu n thể Số allele trung bình/quần thể He. Hn.b. Ho. Fis Fst Pop1 6,7 ± 3,5 0.614 0.617 0.548 0.105 0.027 Pop2 7,3 ± 3,75 0.625 0.628 0.567 0.110 0.024 Pop3 6,24 ± 2,98 0.617 0.622 0.564 0.107 0.026 Pop4 6,67 ± 3,5 0.610 0.614 0.556 0.110 0.027 Pop5 6,5 ± 3,3 0.640 0.647 0.541 0.089 0.021 6,7 ± 3,4 0.6212 0.6256 0.5552 0.1042 0.025 Kết quả trên bảng 3 cho thấy: Tần số dị hợp tử trung bình/quần thể là 0,555, tần số di hợp tử quan sát lớn nhất ở quần thể 2 với tần số 0,567 và nhỏ nhất tại quần thể 5 với tần số 0,541. Tỷ lệ nội phối ở các quần thể khác nhau là khác nhau, quần thể có tỷ lệ nội phối trung bình của các quần thể là 0,104 cao nhất là quần thể 2 và quần thể 4 với tần số 0,110 còn quần thể có tỷ lệ nội phối thấp nhất là quần ể 5 với tần số 0,089. Tỷ lệ nội phối của 5 quần thể khi chúng tôi nghiên cứu là khá cao khi so sánh với kết quả nghiên cứu trên 3 quần thể gà H’mong tại Sơn La của Cuc et al (2006). Kết quả của chúng tôi thu ñược cho thấy có thể do tập quán sinh sống và chăn nuôi của người dân tại các ñịa ñiểm thu thập mẫu. Sự sai khác di truyền trong các giống và các quần thể phụ thuộc vào mức ñộ ñột biến, sự di cư và chọn lọc cũng như là sự lạc dòng di truyền (genetic drift). Giá trị trung bình Fis của các locus và quần thể cao (theo thứ tự là 0.108 và 0.104) thể hiện sự ña dạng di truyền trong mỗi locus trên từng quần thể. Tuy nhiên, giá trị Fst trung bình giữa các quần thể (0.025) là không cao như mong ñợi chứng tỏ sự sai khác di truyền giữa các quần thể là thấp. Điều này ñược lí giải một phần qua tập quán chăn nuôi của các nông hộ và sự trao ñổi gia cầm có thể dẫn ñến sự lạc dòng di truyền giữa các quần thể. 3. . Kết quả ñánh giá khoảng cách di truyền và xây dựng cây phân loại quần thể Thông qua phần mềm genetics chúng tôi thu ñược khoảng cách di truyền của các quần thể, kết quả ñược thể hiện qua bảng 4. Bảng 4. So sách giá trị Fst theo t ng cặp quần thể và giá trị p thu ñược sau 10000 lần hoán vị 5 POP1 0 0.0132 0.0038 0.0057 0.0068 POP2 ** 0 0.0083 0.0063 0.0283 POP3 * ** 0 0.0026 0.0134 POP4 * ** ** 0 0.0159 POP5 ** * ** ** 0 *: ñộ tin cậy 5%; **: Độ tin cậy 1% Phần mềm Phylip cho phép ta vẽ ñược cây phân loại giữa các quần thể (H3). Qua hình ta dễ thấy khoảng cách giữa quần thể 2 và quần thể 5 gần nhất và giữa quần thể 2 và quần thể 1 xa nhất. Tuy nhiên chưa có sự phân tách rõ ràng giữa các quần thể (khoảng cách di truyền giữa các quần thể chưa cao). Hình 3. Cây phân loại quần thể 3.7. Kết quả ñánh giá mức ñộ phân tách quần thể theo giống qua phần mềm Structure Để ñánh giá mức ñộ phân tách quần thể một cách rõ ràng hơn, chúng tôi tiến hành chạy phần mềm Structure với các quần thể trên cùng mẫu ñối chứng là quần thể gà Hồ (24 mẫu). Các cá thể ñược phân tách vào 3 ,4, 5, 6 giống giả ñịnh (3 ≤ k ≤ 6). Bảng 5. Kết quả phân tách các cá thể theo giống với k = , ,5 Ở tất cả các lần chạy (với xác suất hơn 80% trên mỗi lần chạy), sự phân tách giống gà Hồ của quần thể ñối chứng (quần thể 6) là rất rõ. Với k = 3 cho Pop 1 2 3 0.263 0.429 0.308 2 0.309 0.252 0.44 3 0.287 0.34 0.373 4 0.307 0.326 0.367 5 0.211 0.525 0.264 6 0.84 0.071 0.089 K = 3 Pop 1 2 3 4 1 0.299 0.274 0.264 0.164 2 0.246 0.24 0.29 0.225 3 0.262 0.304 0.269 0.165 4 0.257 0.272 0.271 0.2 5 0.292 0.275 0.218 0.214 6 0.073 0.08 0.078 0.77 K= 4 Pop 1 2 3 4 5 1 0.191 0.147 0.22 0.231 0.21 2 0.194 0.178 0.202 0.203 0.223 3 0.194 0.166 0.222 0.217 0.202 4 0.194 0.174 0.206 0.217 0.209 5 0.276 0.124 0.212 0.189 0.198 6 0.091 0.619 0.108 0.078 0.104 K = 5 Pop 1 2 3 4 5 6 1 0.181 0.166 0.181 0.179 0.124 0.169 2 0.177 0.172 0.168 0.165 0.156 0.161 3 0.167 0.162 0.172 0.205 0.128 0.166 4 0.172 0.163 0.173 0.166 0.158 0.167 5 0.169 0.19 0.162 0.177 0.109 0.194 6 0.08 0.085 0.075 0.081 0.601 0.079 K = 6 ể ầ ể ộc ề ộ ố ị ố của ầ ể ạ ấ ỉ 1/3 (1/k) ñiều này cho thấy sự ña dạng về giống trong mỗi quần thể. Các giá trị k = 4, 5, 6 cho một kết quả tương tự. Kết quả này cũng phù hợp với kết quả chạy Genetics/ AFC trên 6 quần thể (H4). Các các thể trong quần thể 1, 2 ,3 ,4, 5 tập trung trong một phân vùng trong khi phân lớn các cá thể trong quần thể 6 tách riêng thành khu vực riêng. Hình 4. Mô hình không gian chiều về sự phân bố các quần thể theo AFC. Như vậy, cùng với giá trị Fst không cao và sự phân tách giống theo phần mềm Stucture không rõ ràng kh ng ñịnh rằng có sự pha tạp về giống trong các quần thể. 4. KÕt luËn vµ ®Ò nghÞ 4.1. KÕt luËn Qua các kết quả phân tích trên, chúng tôi rút ra một số kết luận sau: 1. Đã tách chiết thành công ADN ñủ tiêu chuẩn về ñộ tinh sạch và nồng ñộ cho các nghiên cứu tiếp theo. Tỷ lệ tách chiết ADN từ máu tổng số ñạt 92,66% . 2. Đã chuẩn hóa thành công các phản ứng PCR-Multiplex cho 21 cặp mồi trong 5 mix. 3. Số lượng allele trung bình của các quần thể trên mỗi locus là 8.05 ± 4.41 trong ñó locus có số allele thấp nhất là locus MCW103 với 2 allele và locus có số allele cao nhất là LEI094 với 19 allele. Số allele trung bình/quần thể là 6.7 ± 3.4. 4. Tần số dị hợp tử trung bình/locus là 0.555, thấp nhất là 0.232 (MCW098) và cao nhất là 0.736 (LEI094). Tần số dị hợp tử trung bình/quần thể là 0.555, thấp nhất là 0.541ở quần thể 5 và cao nhất là 0.567 ở quần thể 2. [...]... to estimate and test gene diversities and fixation indices (version2.9.3) IƯƯƠ 7 ÊÊI 6 http://www.unil.ch/izea/softwares/fstat.html 8 Hardl, D.L and Clark A.G (1997), Principles of Population Genetics, 3 25 Sinauer Associates, Inc Sunderland, MA : 1 35- 155 Ngo Thi Kim Cuc, F.C Muchadeyi , U aulain, H Eding, S Weigend and C .A Wollny ( ÔƯƯƠ f f Ơ 9 ) An Assessment of Genetic Diversity of Vietnamese Hmong... Assessment of Genetic Diversity of Vietnamese Hmong Chickens Poultry Sci 5 (10): 912-920, 2006 ISSN 1682-8 356 J K., M Stephens and P Donnelly, Genotype Data Genetics, 155 : 9 45- 959 ƯƯƯƠ 10 Pritchard Inference of Population Structure Using Multilocus Genome res 10 : 967-981 F Toth, G Gaspari, Z and Jurka, J., Microsatellite in different eukaryotic genome: survey and analysis F ... broiler and layer lines estimated using pooled blood samples ăÔÊÊI Poultry Sci 75 : 904-909 Crooijmans, R.P.M.A., P.A.M Van Oers, J.A Strijk, J.J Van Der Poel, and M.A.M Groenen., âÔÊÊI 3 Preliminary linkage map of the chicken (Gallus domesticus) genome based on microsatellite markers: 77 new markers mapped Poultry Sci 75 : 746- 754 Diethard Tautz Manfred Renz ( ĐÊI 4 ) Simple sequences are ubiquitous repetitive...c a 5 qu n th 2 v 4, th p nh t l 0.089 0.104, cao nh t l 0.110 qu n th 5 6 Giỏ tr Fst =0.0 25 cho th y s khỏc bi t di truy n cỏc qu n th l khụng cao 7 K t qu ch y AFC v Structure ủ u khụng phõn tỏch ủ c cỏc qu n th theo gi ng ch ng t cú s pha t p gi ng trong cỏc... Acids Research 12, 4127-4138 5 FAO: Secondary Guidelines for Development of National Farm Animal Genetic Recourse Management Plans, Measurement of Domestic Animal Diversity (MoDAD): Recommended Microsatellite Markers, Food and Agriculture Organization of the United Nation (2002) Felsenstein, L., Washington, D.C Goudet, J., Phylip (Phylogeny Inference Package) Version 3.5c University of Washington,... K., orsa P., Chikhi L., Raufaste N ĐƯƯƠEÔÊÊI f f 1 GENETIX 4. 05, logiciel sous Windows TM pour la gộnộtique des populations Laboratoire Gộnome, Populations, Interactions, CNRS UMR 50 00, Universitộ de Montpellier II, Montpellier (France) Crooijmans, R.P.M.A., A.F Groen, A.J.A van Kampen, S van der eek, J.J van der Poel, and M.A.M Groenen, f 2 Microsatellite polymorphism in commercial broiler and layer . Xác định sự đa dạng di truyền 5 quần thể gà nuôi tại Hà Giang bằng các chỉ thị Microsatellite Nguyễn Trọng Bình 1 , Phạm Doãn Lân 1 , Trần Thị Thu Thuỷ 1 , Đỗ Ngọc. 130 1,2,3 ,5 , 132, 134 5 MCW248 2 05- 2 25 6 213, 2 15, 217, 219, 221, 223 1,4 ,5 LEI166 354 -370 7 334, 346 1,2,3,4 ,5 , 348, 350 , 352 , 354 3 , 358 1,3,4 ,5 MCW330 256 -300 11 256 1 , 258 5 , 266,. 0 ,56 7 và nhỏ nhất tại quần thể 5 với tần số 0 ,54 1. Tỷ lệ nội phối ở các quần thể khác nhau là khác nhau, quần thể có tỷ lệ nội phối trung bình của các quần thể là 0,104 cao nhất là quần thể