Xây dựng cơ sở dữ liệu sinh học phân tử trong nhận dạng các loài động vật hoang dã phục vụ thực thi pháp luật và nghiên cứu đa dạng sinh học tại Việt Nam

Trang 1 Lê Thị Phƣơng XÂY DỰNG CƠ SỞ DỮ LIỆU SINH HỌC PHÂN TỬ TRONG NHẬN DẠNG CÁC LOÀI ĐỘNG VẬT HOANG DÃ PHỤC VỤ THỰC THI PHÁP LUẬT VÀ NGHIÊN CỨU ĐA DẠNG SINH HỌC TẠI VIỆT NAM Chuyên ngà

ĐẠI HỌC QUỐC GIA HÀ NỘI TRƢỜNG ĐẠI HỌC KHOA HỌC TỰ NHIÊN Lê Thị Phƣơng XÂY DỰNG CƠ SỞ DỮ LIỆU SINH HỌC PHÂN TỬ TRONG NHẬN DẠNG CÁC LOÀI ĐỘNG VẬT HOANG DÃ PHỤC VỤ THỰC THI PHÁP LUẬT VÀ NGHIÊN CỨU ĐA DẠNG SINH HỌC TẠI VIỆT NAM Chuyên ngành: Khoa học môi trƣờng Mã số: 60 85 02 LUẬN VĂN THẠC SĨ KHOA HỌC Ngƣời hƣớng dẫn khoa học: TS Lê Đức Minh Hà Nội, 2012 Luận văn thạc sĩ khoa học – Chuyên ngành khoa học mơi trƣờng LỜI CẢM ƠN Trong suốt q trình hồn thành luận văn thạc sĩ tơi xin bày tỏ lòng biết ơn sâu sắc tới thầy giáo TS Lê Đức Minh, công tác Bộ môn Sinh thái môi trƣờng – Khoa Môi trƣờng – Đại học Khoa học tự nhiên Nếu khơng có quan tâm, hƣớng dẫn tận tình, chu đáo thầy tơi khơng thể hồn thành luận văn Tơi gửi lời cảm ơn tới cô TS Nguyễn Kiều Băng Tâm PGS.TS Trần Văn Thụy thầy cô Khoa Môi trƣờng nhƣ môn Sinh thái môi trƣờng nhiệt tình giảng dạy để giúp tơi có đƣợc hành trang tri thức cho việc thực luận văn công việc sau Cuối lời cảm ơn đến tất ngƣời bạn gia đình bên cạnh để động viên, giúp đỡ vật chất lẫn tinh thần, đặc biệt em Nguyễn Văn Thành – K53 Sinh học – Đại học Khoa học tự nhiên ngƣời giúp nhiều việc thực luận văn Xin chân thành cảm ơn tất tình cảm q báu trên! Lê Thị Phƣơng Lê Thị Phƣơng – K18CHKHMT Luận văn thạc sĩ khoa học – Chuyên ngành khoa học môi trƣờng MỤC LỤC DANH MỤC BẢNG……………………………………………… DANH MỤC HÌNH……………………………………………………………… MỞ ĐẦU………………………………………………………………………… CHƢƠNG - TỔNG QUAN TÀI LIỆU…………………………………………9 1.1.Đa dạng sinh học Việt Nam ……9 1.1.1.Tiềm đa dạng sinh học Việt Nam 1.1.2.Sự suy giảm đa dạng sinh học VN 12 1.2.Các mối đe dọa đến đa dạng sinh học Việt Nam 23 1.2.1.Mối đe dọa gián tiếp 23 1.2.2.Mối đe dọa trực tiếp 25 1.3 Các biện pháp để kiểm sốt ngăn chặn việc bn bán trái phép động vật hoang dã Việt Nam 36 1.3.1.Những biện pháp thực 38 1.3.2.Một số khó khăn việc thực 42 1.4.Tổng quan phƣơng pháp sinh học phân tử sử dụng nhận dạng loài 45 1.4.1 Giới thiệu phƣơng pháp mã vạch ADN 45 1.4.2 Các ứng dụng phƣơng pháp mã vạch ADN 46 1.4.3 Phƣơng pháp mã vạch ADN ứng dụng nhận dạng loài động vật hoang dã 47 1.4.3.Việc áp dụng phƣơng pháp sinh học phân tử giới 57 CHƢƠNG - ĐỐI TƢỢNG VÀ PHƢƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU…………… 59 2.1.Đối tƣợng nghiên cứu 59 Lê Thị Phƣơng – K18CHKHMT Luận văn thạc sĩ khoa học – Chuyên ngành khoa học môi trƣờng 2.2.Phƣơng pháp nghiên cứu 59 2.2.1.Sử dụng phần mềm ứng dụng sinh học 59 2.2.2.Phƣơng pháp đánh giá mức độ hiệu nhận dạng loài dựa vào khoảng cách 61 CHƢƠNG - KẾT QUẢ VÀ THẢO LUẬN…………………………………… 62 3.1.Khoảng cách di truyền gen Cyt b………………………………………………62 3.2 Khoảng cách di truyền gen COI 68 3.3 So sánh khoảng cách di truyền trung bình hai gen Cyt b COI 71 3.4 Khoảng cách di truyền loài…………………………………………… 73 3.4.1 Khoảng cách di truyền loài kiểu gen Cyt b COI 73 3.4.2 So sánh khoảng cách di truyền loài hai kiểu gen COI Cyt b 79 3.5 Cây phát sinh loài gen Cyt b COI 81 3.5.1.Cây phát sinh loài gen Cyt b 81 3.5.2 Cây phát sinh loài gen COI 83 3.6 Thảo luận 84 KẾT LUẬN VÀ KIẾN NGHỊ………………………………………………… 86 4.1 Kết luận 86 4.2 Kiến nghị 87 TÀI LIỆU THAM KHẢO………………………………………………………….89 PHỤ LỤC………………………………………………………………………… 91 Lê Thị Phƣơng – K18CHKHMT Luận văn thạc sĩ khoa học – Chuyên ngành khoa học môi trƣờng DANH MỤC BẢNG STT TÊN BẢNG Trang Bảng Biến động diện tích độ che phủ rừng Việt Nam (giai đoạn 1990 - 5/2005) 13 Bảng Số lƣợng loài Việt Nam bị đe dọa tồn cầu (chỉ tính lồi CR, VU EN) cấp quốc gia(2004) 21 Bảng Số loài thực vật, động vật bậc phân hạng Sách đỏ Việt Nam (2007) 22 Bảng Các loài bị đe dọa đƣợc ghi nhận Việt Nam (IUCN, 2006) 23 Bảng Khoảng cách di truyền trung bình gen Cyt b 65 Bảng Khoảng cách di truyền trung bình gen COI 69 Bảng So sánh khoảng cách di truyền trung bình số họ kiểu gen Cyt b COI 70 Bảng Khoảng cách loài loài theo kiểu gen Cyt b COI 72 Bảng Thống kê thông số khoảng cách loài theo tỷ 77 lệ % Bảng 10 So sánh khoảng cách loài số lồi 78 Bảng 11 Thống kê thơng số khoảng cách di truyền kiểu gen ty thể Cyt b COI 83 Bảng 12 Danh mục loài động vật rừng nghiêm cấm khai thác, sử dụng mục đích thƣơng mại 90 Bảng 13 Danh mục loài động vật rừng hạn chế khai thác, sử dụng mục đích thƣơng mại 92 Bảng 14 Danh mục loài kiểu gen COI, Cyt b sở liệu Genbank 97 Lê Thị Phƣơng – K18CHKHMT Luận văn thạc sĩ khoa học – Chuyên ngành khoa học mơi trƣờng DANH MỤC HÌNH STT TÊN HÌNH Trang Hình Tê giác hai sừng (Dicerorhinus sumatrensis ) 16 Hình Lồi bị xám ( Bos sauveli) 16 Hình Lợn vịi (Tapirus indicus) 17 Hình Cầy rái cá(Cynongale lowei) 17 Hình cá chình Nhật (Anguilla japonica) 18 Hình Cá chép gốc (Procypris merus) 18 Hình Cá lợ thân thấp (Cyprinus multitaentiata 19 Hình Hƣơu (Cervus nippon) 19 Hình Cá sấu hoa cà (Crocodylus porosus) 20 Hình 10 Tê giác sừng (Rhinoceros sondaicus) 20 Hình 11 Khai thác gỗ trái phép Tây Ngun 31 Hình 12 Bn bán động vật hoang dã công khai chợ 34 Hình 13 Hoẵng (giống Muntiacus), Cầy (họ Viverridae) loài thú bắt từ tự nhiên khác đƣợc nhồi bán quầy bên đƣờng vùng Bắc Trung Bộ 35 Hình 14a Đoạn gen cyt b từ cặp bazo 121-241 bốn loài loài chƣa biết 52 Hình 14b So sánh số cặp bazo sai khác % tƣơng đồng qua 120 cặp bazo 52 Hình 15 Một minh họa cho thay đổi dựa vào khoảng cách – p hai vị trí gen cyt b (màu đen) COI (màu đỏ) 55 Hình 16 Biểu đồ so sánh khoảng cách di truyền trung bình 71 Hình 17 Cây phát sinh lồi gen Cyt b 80 Hình 18 Một minh họa cho việc số loài bị đặt nhầm chỗ phát sinh lồi Cyt b 81 Hình 19 Cây phát sinh lồi gen COI 82 Lê Thị Phƣơng – K18CHKHMT Luận văn thạc sĩ khoa học – Chuyên ngành khoa học môi trƣờng MỞ ĐẦU Việt Nam đƣợc đánh giá 16 nƣớc có đa dạng sinh học cao giới với nhiều loại động, thực vật đặc hữu.[17].Song Việt Nam quốc gia đứng mức báo động cao nguy đánh giá trị quý thiên nhiên ƣu đãi Theo Sách đỏ Việt Nam năm 2007 tổng số lồi động thực vật hoang dã thiên nhiên Việt Nam bị đe dọa 882 loài Có tới lồi động vật đƣợc xem tuyệt chủng tự nhiên Việt Nam nhƣ tê giác hai sừng, heo vòi, cá sấu hoa cà, hƣơu sao, bò xám, cầy rái cá, cá chép gốc, cá chình Nhật, cá lợ thân thấp Trong hệ thực vật, hai loài lan Hài quý tuyệt chủng thiên nhiên Số lƣợng lồi thủy sinh vật có giá trị kinh tế giảm sút nhanh chóng Ngồi theo khảo sát quan chức tổ chức bảo tồn thiên nhiên quốc tế, lãnh thổ Việt Nam, hổ khoảng vài chục cá thể, la khoảng 100 cá thể phân bố hẹp miền Trung, số lƣợng voi khơng cịn nhiều Mới Quỹ Quốc tế bảo vệ thiên nhiên (WWF) công bố lồi tê giác sừng Java thức khơng cịn lãnh thổ Việt Nam Đây học đau xót, đặt nhiều vấn đề cho cơng tác bảo tồn đa dạng sinh học Việt Nam Mặc dù năm qua Đảng Nhà nƣớc ta có nhiều biện pháp liệt nhằm bảo vệ lồi động vật, thực vật hoang dã, q Tuy vấn đề khai thác mức nguồn tài ngun đề tài nóng bỏng, địi hỏi có hoạt động tích cực để ngăn chặn hiệu tình trạng săn bắt, bn bán động vật, thực vật hoang dã quý hiếm, bảo vệ môi trƣờng Một nguyên nhân khiến công tác ngăn chặn chƣa đạt hiệu cao quan tâm đến đối tƣợng bọn săn bắt, vận chuyển mà chƣa quan tâm đến nơi tiêu thụ nhà hàng thực khách Hơn đƣợc tiêu thụ nơi động thực vật hoang dã qua chế biến khơng cịn giữ đƣợc hình dạng nhƣ ban đầu khiến cho việc định dạng khó khăn Do vậy, việc truy cứu trách nhiệm cá nhân buôn bán tiêu thụ động thực vật hoang dã trở nên vô phức tạp Vấn đề đặt cần thiết phải có Lê Thị Phƣơng – K18CHKHMT Luận văn thạc sĩ khoa học – Chuyên ngành khoa học môi trƣờng công cụ hữu hiệu nhằm giúp quan chức định dạng đƣợc xác loại động vật, thực vật bị bn bán trái phép chúng khơng cịn hình dạng ban đầu Trên giới nhà khoa học thuộc nhóm nghiên cứu Dự án mã vạch sống quốc tế (iBOL– International Barcode of Life project) thiết lập thƣ viện lồi sinh vật có nhân chuẩn dựa dạng phân tích gọi “mã vạch ADN” Toronto (Canada) Với phƣơng pháp này, cần chuỗi ADN ngắn, vùng “mã vạch” chuẩn, công nghệ mã vạch ADN cho phép xác định lồi cách nhanh chóng Cơng nghệ mã vạch ADN đời hứa hẹn tƣơng lai mới, nơi mà ngƣời cập nhật nhanh chóng thơng tin nhƣ tên, thuộc tính sinh học… loài sinh vật Trái đất Ngoài ứng dụng khám phá đa dạng sinh học tồn cầu, cơng nghệ cịn có ứng dụng quan trọng bảo tồn đa dạng sinh học Cụ thể là, giúp nhận biết lồi bị cấm buôn bán sử dụng từ sản phẩm động vật hoang dã phổ biến thị trƣờng, hỗ trợ công tác thực thi luật pháp Việt Nam Ngồi ra, phƣơng pháp cịn đóng góp vào việc nghiên cứu vùng phân bố nhƣ nỗ lực giám sát loài nguy cấp nƣớc Xuất phát từ trạng đa dạng sinh học Việt Nam nhƣ để giải vấn đề đặt công tác bảo tồn nghiên cứu, đề tài luận văn “Xây dựng sở liệu sinh học phân tử nhận dạng loài động vật hoang dã phục vụ thực thi pháp luật nghiên cứu đa dạng sinh học Việt Nam” đƣợc thực nhằm bƣớc đầu xây dựng sở liệu mã vạch ADN cho loài động vật đƣợc liệt kê nghị định 32/2006/ND-CP phủ “Quản lý động vật rừng, thực vật rừng nguy cấp, quí Việt Nam” Cơ sở liệu đóng vai trị quan trọng việc giúp quan chức việc định loại xác lồi động vật q để từ ngăn chặn cách có hiệu việc khai thác buôn bán trái phép động vật hoang dã, nhƣ phục vụ công tác nghiên cứu bảo tồn đa dạng sinh học khu bảo tồn phạm vi nƣớc Lê Thị Phƣơng – K18CHKHMT Luận văn thạc sĩ khoa học – Chuyên ngành khoa học môi trƣờng CHƢƠNG - TỔNG QUAN TÀI LIỆU 1.1.Đa dạng sinh học Việt Nam 1.1.1.Tiềm đa dạng sinh học Việt Nam Việt Nam có diện tích tự nhiên 329.240 km2 trải dài gần 15 vĩ độ (từ 8030`- 22022` vĩ độ Bắc) kinh độ (từ 102010` - 109020` kinh độ Đơng) từ Trung Quốc phía Bắc đến vịnh Thái Lan phía Nam Bảy mƣơi lăm phần trăm diện tích đồi núi chạy xuống vùng duyên hải hẹp có hai vùng đồng đồng sông Cửu Long miền Nam đồng sơng Hồng miền Bắc Việt Nam có bờ biển dài với hàng trăm đảo lớn nhỏ nằm rải rác dọc bờ biển có số quần đảo ngồi khơi Quần đảo Trƣờng Sa phía Nam quần đảo Hồng Sa phía Bắc biển Đơng Ngồi ra, miền Nam cịn có hịn đảo lớn gần bờ đảo Phú Quốc Cơn Đảo nằm cách bờ biển phía Nam khoảng 100 Km (Chính phủ Việt Nam, 1994) Việt Nam bị ảnh hƣởng khí hậu nhiệt đới gió mùa với mùa mƣa điển hình miền Nam thời tiết ơn hồ miền Bắc Về mặt địa sinh học, Việt Nam giao điểm vùng Ấn Độ, Nam Trung Hoa Malaysia Ngoài ra, với nhiều kiểu sinh cảnh nhƣ rừng nhiệt đới thƣờng xanh, rừng núi đá vôi, đầm lầy, sông suối, rạn san hô, vùng có mức độ đa dạng sinh học cao nơi sinh sống cho khoảng 10% tổng số loài chim thú giới [17] Một số khu vực Việt Nam đƣợc công nhận điểm ƣu tiên bảo tồn tồn cầu với tính đặc hữu cao.[1] Việt Nam đƣợc Quỹ Bảo tồn động vật hoang dã (WWF) cơng nhận có 200 vùng sinh thái toàn cầu; Tổ chức bảo tồn chim quốc tế (Birdlife) công nhận vùng chim đặc hữu; Tổ chức Bảo tồn thiên nhiên giới (IUCN) cơng nhận có trung tâm đa dạng thực vật.[17] Lê Thị Phƣơng – K18CHKHMT Luận văn thạc sĩ khoa học – Chuyên ngành khoa học môi trƣờng Việt Nam "trung tâm giống gốc" nhiều loại trồng, vật nuôi, có hàng chục giống gia súc gia cầm Đặc biệt nguồn lúa khoai, loài đƣợc coi có nguồn gốc từ Việt Nam, sở cho việc cải tiến giống lúa lƣơng thực giới.[17] Hệ sinh thái Việt Nam phong phú, bao gồm 11.458 loài động vật, 21.000 loài thực vật khoảng 3.000 loài vi sinh vật, có nhiều lồi đƣợc sử dụng để cung cấp vật liệu di truyền [17] Trong 30 năm qua, nhiều loài động thực vật đƣợc bổ sung vào danh sách loài Việt Nam nhƣ loài thú la, mang lớn, mang Trƣờng Sơn, chà vá chân xám thỏ vằn Trƣờng Sơn, loài chim khƣớu vằn đầu đen, khƣớu Ngọc Linh khƣớu Kon Ka Kinh, khoảng 420 loài cá biển loài thú biển Nhiều lồi khác thuộc lớp bị sát, lƣỡng cƣ động vật không xƣơng sống đƣợc mô tả Về thực vật, tính từ năm 1993 đến năm 2002, nhà khoa học ghi nhận thêm họ, 19 chi 70 loài Tỷ lệ phát loài đặc biệt cao họ Lan [17] *Sự phong phú loài: Thuật ngữ phong phú loài đƣợc dùng để đến số lƣợng loài đƣợc ghi nhận vùng hay khu vực địa lý định, chẳng hạn nhƣ diện tích lấy mẫu, khu bảo tồn thiên nhiên, nƣớc, lục địa So sánh số lƣợng quốc gia dễ bị nhầm lẫn khác diện tích quốc gia mở rộng khảo sát Nếu xét mặt diện tích, Việt Nam quốc gia có phong phú lồi cao Vào thời điểm bƣớc sang kỷ 21, Việt Nam đƣợc xếp vào 25 quốc gia giới đứng đầu số lƣợng loài thực vật, chim, thú đơn vị diện tích Giá trị phong phú loài thƣờng thấp số lƣợng thực lồi có, gần nhƣ khơng thể Lê Thị Phƣơng – K18CHKHMT 10 Luận văn thạc sĩ khoa học – Chuyên ngành khoa học môi trƣờng 87 Bƣớm Phƣợng cánh chim Troides helena ceberus chân liền 88 Bƣớm rừng đuôi trái đào Zeuxidia masoni 90 Bọ Phyllium succiforlium Bảng 14: Danh mục loài kiểu gen COI, Cyt b sở liệu Genbank Tên họ Tên Việt Tên khoa học Kiểu gen cytb Kiểu gen coi Galeopterus JN800721.1:14153- 21425438 (1139 variegatus 15292 (1139 bp) bp) Nam Cynocephalidae Chồn bay 21449889:1415115290 (1139 bp) Cu li lớn 365775763 (425 bp) khơng có Nycticebus 51235689 (1140 bp) khơng có pygmaeus Lorisidae 51235691 (1140 bp) Nycticebus bengalensis Cu li nhỏ 51235693 (1140 bp) 51235700 (1140 bp) 51235687 (1140 bp) Cercopithecidae Voọc chà vá Pygathrix nemaeus chân đỏ DQ355302.1:14193- khơng có 15327 (1135 bp) 109689553:14193- Lê Thị Phƣơng – K18CHKHMT 98 Luận văn thạc sĩ khoa học – Chuyên ngành khoa học môi trƣờng 15327 (1135 bp) JF293096.1:1419315327 (1135 bp) Voọc mũi Rhinopithecus 331746965:14189- hếch avunculus 15323 (1135 bp) khơng có HM125578.1:1418915323(1135 bp) Khỉ mặt đỏ Macaca arctoides 58041002 (1162 bp) khơng có Khỉ vàng Macaca mulatta JQ821843.1:14206- 295856666 (639 15340 (1134 bp) bp) 49146236:1474115881 (1140 bp) Voọc chà vá Pygathrix cinerea JQ821841.1:14170- khơng có 15304 (1134 bp) chân xám 391224230:1417015304 (1134 bp) 391224244:1416915303 (1134 bp) Voọc chà vá Pygathrix nigripes JQ821840.1:14170- khơng có 15304 (1134 bp) chân đen 391224216:1417015304 (1134 bp) Voọc xám Trachypithecus khơng có khơng có khơng có khơng có 2443796 (393 bp) khơng có khơng có khơng có khơng có khơng có barbei (T phayrei) Voọc mông Trachypithecus trắng delacouri Voọc đen má Trachypithecus trắng francoisi Voọc Cát Bà Trachypithecus (Voọc đen poliocephalus đầu vàng) Voọc bạc Trachypithecus Đông Dƣơng villosus (T cristatus) Lê Thị Phƣơng – K18CHKHMT 99 Luận văn thạc sĩ khoa học – Chuyên ngành khoa học môi trƣờng Voọc đen Hà Trachypithecus HQ149046.1:14187- Tĩnh hatinhensis 15321 (1134 bp) Khỉ mốc Macaca 63409840 (421 bp) khơng có khơng có khơng có khơng có khơng có 2769582 (1141 bp) 45454503 (603 khơng có assamensis Khỉ dài Macaca fascicularis Khỉ lợn Macaca leonina ( M nemestrina ) Vƣợn đen Nomascus má Hylobatidae (Hylobates) gabriellae bp) 313770756 (1140 bp) 313770752 (1140 bp) 313770748 (1140 bp) Vƣờn đen Nomascus HQ622808.1:14101- tuyền tây (Hylobates) 15241 (1140 bp) bắc concolor 313770708 (1140 bp) khơng có 313770706 (1140 bp) Vƣợn đen Nomascus 313770704 (1140 bp) tuyền đông (Hylobates) 288225980 (1140 bp) bắc nasutus 288225982 (1140 bp) khơng có 288225978 (1140 bp) Vƣợn đen Nomascus HQ622803.1:14165- má trắng (Hylobates) 15305 (1140 bp) leucogenys 2769580 (1141 bp) khơng có 288226006 (1140 bp) 288226010 (1140 bp) Canidae Sói đỏ (Chó Cuon alpinus 262188097:14185- 2826548 (588) 15324 (1139 bp) sói lửa) GU063864.1:1418515324 (1139 bp) Chó rừng Canis aureus 401801610(402 bp) 2826550 (588 bp) 401801608 ( 402 bp) Ursidae Gấu chó Ursus (Helarctos) 159524371:15054- khơng có 16193 (1140 bp) Lê Thị Phƣơng – K18CHKHMT 100 Luận văn thạc sĩ khoa học – Chuyên ngành khoa học môi trƣờng malayanus EF196664.1:1505416193 (1140 bp) Ursus (Selenarctos 159793497:15065- ) thibetanus Gấu ngựa khơng có 16204 (1139 bp) 216409191 (1140 bp) EF196661.1:1506516204 (1139 bp) Mustelidae Rái cá Lutra lutra thƣờng 3511095 (1140) 156752019 (1140 bp) 156752021 (1140 bp) Lutra sumatrana 151549143 (1140 bp) khơng có Rái cá vuốt Amblonyx 3511085 (1140 bp) khơng có bé cinereus (A 151549145 (1140 bp) khơng có khơng có Rái cá lơng mũi cinerea) Rái cá lông mƣợt perspicillata Mèo cá Prionailurus 169807938 (1140 bp) (Felis) viverrina 169807940 ( 1140 bp) Prionailurus 169807928 (1140 bp) (Felis) bengalensis Felidae Lutrogale (Lutra) 169807932 (1140 bp) Mèo rừng 169807936 (1140 bp) Báo gấm Neofelis nebulosa 115531609:15066- khơng có 16205 (1139) DQ257669.1:1506616205 (1139 bp) Báo hoa mai Panthera pardus 126697255 ( 796 bp) 327419598 (657 bp) 126697251 ( 796 bp) 126697253 ( 806 bp) Lê Thị Phƣơng – K18CHKHMT 101 Luận văn thạc sĩ khoa học – Chuyên ngành khoa học môi trƣờng 56406712 (400 bp) 187250362:15103- 56406716 (400 16242 (1139 bp) Panthera tigris EF551003.1:1510316242 (1139 bp) Hổ bp) 327419600 (657 bp) 222083773 (1140 bp) khơng có Felis chaus khơng có khơng có Pardofelis (Felis) Khơng có khơng có 375348158 (600 bp) 37496447:5330- Beo lửa (Beo Catopuma (Felis) vàng) temminckii Mèo ri Mèo gấm marmorata Elephantidae Voi Elephas maximus 6877 (1547 bp) 375348160 (601 bp) 375348162 (601 bp) 375348164 (601 bp) 11558035 (1140 bp) Rhinoceros Hƣơu vàng Axis (Cervus) 221664893 (1138 bp) 221664986 (1057 bp) khơng có sondaicus porcinus Cervidae Tê giác sừng Rhinocerotidae 255988315 (658 bp) 223670630 (1140 bp) 255988319 (658 bp) Nai cà tong Cervus eldii 26224731 (1140 bp) khơng có 221664908 (1138 bp) 223670622 (1140 bp) Mang lớn Megamuntiacus khơng có khơng có khơng có khơng có vuquangensis Mang Trƣờng Sơn truongsonensis Hƣơu xạ Moschus 237642055:14153- 255988395 (658 berezovskii 15292 (1139 bp) bp) EU043465.1:14153- 255988397 (658 15292 (1139 bp) Moschidae Muntiacus bp) 255988399 (658 Lê Thị Phƣơng – K18CHKHMT 102 Luận văn thạc sĩ khoa học – Chuyên ngành khoa học môi trƣờng bp) 255988401 (658 bp) 336038738 (658 bp) Bovidae Bị tót Bos gaurus 94469548 (1131 bp) khơng có 94469550 (1131 bp) 223670617 (1140 bp) Bị rừng Bos javanicus 158905383 (1140 bp) khơng có 158905385 (1140 bp) 221664923 (1117 bp) 221664933 (1083 bp) 223670620 (1119 bp) Bò xám Bos sauveli 82658770 (517 bp) khơng có Sao la Pseudoryx 5359521 (1143 bp) khơng có nghetinhensis Trâu rừng Bubalus arnee khơng có khơng có Sơn dƣơng Naemorhedus 94469556 (1140 bp) 307604583 (671 bp) (Capricornis) sumatraensis Gà tiền mặt Polyplectron 3687614 (1143 bp) vàng Phasianidae 94469558(1080 bp) bicalcaratum 22725662 (1143 bp) khơng có 180037611 (1143 bp) Gà tiền mặt Polyplectron đỏ Rheinardia ocellat khơng có 18028451 (1143 bp) khơng có 2352972 (1143 bp) khơng có germaini Trĩ 18028457 (1143 bp) a Công Pavo muticus 60287059 (828 bp) 198401574 (441 bp) Gà lôi hồng Lophura diardi Lê Thị Phƣơng – K18CHKHMT 3687610 (1143 bp) khơng có 103 Luận văn thạc sĩ khoa học – Chuyên ngành khoa học mơi trƣờng tía Gà lơi mào Lophura edwardsi 14348638 (1143 bp) khơng có trắng 22725648 (1143 bp) 14348642 (1143 bp) khơng có Lophura EU417810.1:14803- 260400304 (699 nycthemera 15945 (1142 bp) bp) 242610516:14803- 260400306 (699 15945 (1142 bp) bp) Gà lôi Hà Lophura Tĩnh hatinhensis Gà lôi trắng 260400308 (699 bp) 334854706 (655 bp) Lophura imperialis khơng có khơng có Gà so ngực Arborophila khơng có khơng có gụ charltonii Dơi ngựa lớn Pteropus vampyrus 225730158 (1158 bp) 312230151 (657 Gà lôi mào đen Pteropodidae bp) 225730160 (1158 bp) 312230153 (657 bp) 349733723 (1140 bp) Canidae Cáo lửa Vulpes vulpes 393713547 (1103 bp) 212658122 (725 bp) 393713543 (1103 bp) 212725395 (725 bp) 392999736 (1140 bp) 212725413 (725 bp) 392999738 (1140 bp) Mustelidae Triết bụng Mustela kathiah 340544724 (1140 bp) khơng có Mustela nivalis 156752045 (1140 bp) 326557490 (657 vàng Triết nâu bp) 156752047 (1140 bp) Lê Thị Phƣơng – K18CHKHMT 326557492 (657 104 Luận văn thạc sĩ khoa học – Chuyên ngành khoa học môi trƣờng bp) 157461078 (1140 bp) 326557494 (651 bp) 157461086 (1140 bp) khơng có Viverra megaspila 33324621 (1140 bp) khơng có Cầy giơng Viverra zibetha 33324623 (1140 bp) khơng có Cầy hƣơng Viverricula indica 33324617 (1140 bp) khơng có Triết lƣng Viverridae Mustela strigidorsa Cầy giông sọc 82623587 (1059 bp) 33324625 (1140 bp) 33326869 (1140 bp) Chrotogale 37723209 (872 bp) owstoni Cầy vằn bắc Prionodon pardicolor Cầy gấm khơng có 37723213 (893 bp) khơng có 37723217 (893 bp) 37723221 (893 bp) 46200311 (1140 bp) Tragulidae Cheo cheo Tragulus javanicus 46359682 (1140 bp) khơng có 46359686 ( 1140 bp) 46359690 (1140 bp) Cheo cheo Tragulus napu khơng có 46359694 (1140 bp) lớn Sóc bay đen Hylopetes trắng alboniger Sóc bay Cơn Sciuridae 46359692 (1140 bp) Hylopetes lepidus Đảo 72388770 (1140 bp) 379744718 (599 bp) 62533238 (1140 bp) khơng có 62533240 (1140 bp) 72388772 (1140 bp) Sóc bay xám Hylopetes phayrei 9845016 (1068 bp) khơng có 62533242 (1140 bp) Lê Thị Phƣơng – K18CHKHMT 105 Luận văn thạc sĩ khoa học – Chuyên ngành khoa học mơi trƣờng Sóc bay bé Hylopetes 72388774 (1140 bp) bp) spadiceus Sóc bay Petaurista elegans 327419444 (657 18147012 (1068 bp) khơng có 56603534 (1140 bp) 50910895 (450 bp) Spilornis cheela 342240217:1-1143 359284757 (652 (1143 bp) bp) 374105541 (651 (1143 bp) Diều hoa 33086871 (390 bp) JN191388.1:1-1143 Accipitridae Petaurista petaurista Sóc bay lớn bp) 33341063 (835 bp) 224993547 (536 Miến Điện Bucerotidae Hồng hồng Buceros bicornis khơng có bp) 33341065 (942 bp) 33341067 (1036 bp) 302325284 (1143 bp) Niệc nâu Annorhinus tickell 302325258 (1143 bp) khơng có i Niệc cổ Aceros nipalensis 302325270 (1143 bp) khơng có Niệc mỏ vằn Aceros undulatus 33341041 (900 bp) khơng có 33341043 (949 bp) 33341045 (949 bp) Vẹt đầu xám Psittacula finschii 291163377 (708 bp) khơng có Vẹt đầu Psittacidae Psittacula roseata khơng có 354992447 (570 bp) hồng Vẹt ngực đỏ Psittacula 121308477 (907 bp) khơng có alexandri 121308501 (907 bp) Vẹt lùn Loriculus verlanis khơng có 354992427 (570 bp) Vẹt má vàng Tytonidae Psittacula eupatria Cú lợn lƣng khơng có Tyto alba 197257305 (694 bp) xám 22797324 (1041 bp) Lê Thị Phƣơng – K18CHKHMT khơng có 377685807 (658 106 Luận văn thạc sĩ khoa học – Chuyên ngành khoa học môi trƣờng bp) 22797679 (1041 bp) 168805868 (1038 bp) Cú lợn lƣng Tyto capensis 25989702 (300 bp) khơng có Ketupa zeylonensis 170787097(1001) khơng có Chích ch Copsychus 306959138 (1076 bp) 327494040 (694 lửa malabaricus nâu Strigidae Dù dì phƣơng đơng Muscicapidae bp) 359281335 (652 bp) 359281337 (652 bp) 359281339 (652 bp) Khƣớu cánh Garrulax formosus 376322912 (1043 bp) khơng có Khƣớu ngực Garrulax 376322924 (1143 bp) khơng có đốm merulinus 376322926 (926 bp) Khƣớu đầu Garrulax milleti 376322928 (967 bp) khơng có Garrulax vassali khơng có khơng có Garrulax yersini khơng có khơng có Gracula religiosa 342240331:13676- 151336262 (1551 14818 (1142 bp) bp) JF937590.1:13676- 151336264 (1551 14818 (1142 bp) Timaliidae bp) Không có 194269662 (644 đỏ đen Khƣớu đầu xám Khƣớu đầu đen má xám Sturnidae Nhồng (Yểng) Varanidae Kỳ đà vân Varanus bengalensis (V Lê Thị Phƣơng – K18CHKHMT bp 107 Luận văn thạc sĩ khoa học – Chuyên ngành khoa học môi trƣờng nebulosa) Kỳ đà hoa 190349356:13934- 194269660 (644 15066 (1132 bp) Varanus salvator bp) EU747731.1:1393415066 (1132 bp) Pythonidae Trăn đất Python molurus 21429654 (1114 bp) 310687236 (236 bp) 2843058 (1114 bp) Trăn gấm Python reticulatus 2843070 (1114 bp) khơng có 2843072 (1114 bp) Colubridae Rắn trâu Ptyas mucosus 19033219 (1117 bp) 24459448 (513 bp) 297524230 (1048 bp) 301338048 (513 bp) Rắn sọc dƣa Elapidae Rắn cạp nia Khơng có Bungarus candidus Khơng có 121487715 (1129 bp) khơng có 121487719 (1100 bp) nam Bungarus flaviceps 121487737 (1131 bp) khơng có Rắn cạp nia Bungarus 31441932 (1131 bp) 336038676 (658 bắc multicinctus Rắn cạp nia đầu vàng bp) 121487723 (1131 bp) 336038678 (658 bp) Rắn cạp Bungarus fasciatus 121487731 (1131 bp) 336038767 (658 bp nong 121487733 (1131 bp) 121487735 (1131 bp) 194399251 (1123 bp) Rắn hổ Naja naja 57235389 (675 bp) 310687224 (245 bp) mang 270056885 (725 bp) 194399204 (1129 bp) Lê Thị Phƣơng – K18CHKHMT 108 Luận văn thạc sĩ khoa học – Chuyên ngành khoa học môi trƣờng Hổ mang Ophiophagus 209886967:14920- chúa hannah Khơng có 16036 (1117 bp) EU921899.1 :1492016036 (1117 bp) Rùa đầu to Platysternum DQ256377.1:16766- 301030360 (660 megacephalum 17909 (1143 bp) bp) 93007394:16766- 301030364 (660 17909 (1143 bp) Chelydridae bp) 301030368 (660 bp) Rùa đất lớn Heosemys grandis 41353290 (1140 bp) 308207452 (650 bp) 381278144 (928 bp) Rùa (Càng đƣớc) Geoemydidae Hieremys annandalii Rùa hộp ba Cuora trifasciata 41353354 (1140 bp) 308207448 (650 bp) 41353412 (1140bp) 115382326 (726 bp) vạch 115382328 (831 bp) 115382330 (779 bp) 115382331 (771 bp) Rùa trung Mauremys 41353286 (1140 bp) annamensis 38035964 (696 bp) 46917168 (1036 bp) 353333335 (992 bp) Rùa núi Indotestudo vàng Testudinidae 41353418 (1115 bp) elongata 355866159 (644 bp) 379647546 (1053 bp) 355866161 (613 bp) Rùa núi viền Manouria Lê Thị Phƣơng – K18CHKHMT EF661586.1:14195- 301030348 (660 109 Luận văn thạc sĩ khoa học – Chuyên ngành khoa học môi trƣờng 15331 (1136 bp) bp) 219524118:14195- 301030350 (660 15331 (1136 bp) impressa bp) 301030352 (660 bp) 308207614 (650 bp) Cá sấu hoa Crocodylus cà Crocodylidae 300959530 (579 bp) porosus 194269656 (644 bp) 300959512 (1156 bp) 81295111:53296885 (1554 bp) Cá sấu nƣớc Crocodylus siamensis 300959520 (1156 bp) 194269658 (644 bp) 300959518 (1156 bp) EF581859.1:531 7-6873 (1156 bp) Cá cóc Tam Paramesotriton 15186806 (673 bp) Đảo Salamandridae deloustali khơng có 15186808 (674 bp) 281494703 (1172 bp) Bƣớm Teinopalpus 302632610:10430- 302201978 (661 Phƣợng đuôi Papilionidae aureus 11573 (1143 bp) bp) HM563681.1:10430- kiếm 11573 (1143 bp) nhọn Bƣớm Teinopalpus Phƣợng imperalis khơng có 145694505 (596 bp) 145694515 (596 kiếm tù bp) Bƣớm Troides helena Khơng có phƣợng cánh ceberus 145694537 (596) 145694557 (604 chim chân bp) liền Phylliidae Bọ Phyllium succiforlium Lê Thị Phƣơng – K18CHKHMT khơng có 224483181 (756 bp) 110 Luận văn thạc sĩ khoa học – Chuyên ngành khoa học môi trƣờng Gruidae Sếu đầu đỏ Grus antigone FJ769854.1:13641- 14783 (1142 bp) (Sếu cổ trụi) Leporidae Thỏ vằn Nesolagus timinsi khơng có khơng có Threskiornithid Quắm cánh Pseudibis davisoni khơng có khơng có ae xanh Platalea minor 298371644 (772 bp) Cị thìa 298371642 (772 bp) 76161366 (548 bp) Tê tê Java Manis javanica khơng có khơng có Tê tê vàng Manis 156072385 (782 bp) Khơng có pentadactyla Manidae 156072381 (782 bp) 156072377 (782 bp) Hạc cổ trắng Ciconia episcopus khơng có khơng có Quắm lớn Ciconiidae Thaumabitis khơng có khơng có khơng có khơng có Cairina scutulata khơng có khơng có Polihierax insignis khơng có khơng có Arborophila davidi khơng có khơng có Carpococcyx khơng có khơng có (Pseudibis) gigantea Gìa đẫy nhỏ Leptoptilos javanicus Anatidae Ngan cánh trắng Falconidae Cắt nhỏ họng trắng Galliformes Gà so cổ Cuculidae Phƣớn đất renauldi Columbidae Bồ câu nâu Columba punicea khơng có khơng có Apodidae Yến hàng Collocalia khơng có khơng có germaini Boidae Trăn cộc Python curtus khơng có khơng có Lucanidae Cặp kìm Dorcus curvidens khơng có khơng có Dorcus grandis khơng có khơng có sừng cong Cặp kìm lớn Lê Thị Phƣơng – K18CHKHMT 111 Luận văn thạc sĩ khoa học – Chuyên ngành khoa học mơi trƣờng Dorcus antaeus khơng có khơng có Cặp kìm song Eurytrachelteulus khơng có khơng có dao titanneus Cua bay hoa Cheriotonus khơng có khơng có nâu battareli Cua bay đen Cheriotonus iansoni khơng có khơng có Bọ năm Eupacrus khơng có khơng có sừng gravilicornis Bƣớm rừng Zeuxidia masoni khơng có khơng có Cặp kìm song lƣỡi hái Nymphalidae đuôi trái đào Lê Thị Phƣơng – K18CHKHMT 112