ứng dụng tin học trong sinh học

ỨNG DỤNG TIN HỌC TRONG SINH HỌC Informatics applycation in biology 1 TRONG SINH HỌC (Informatics applycation in biology) Bài 1: Mở ñầu Gi GiGi Giới ii i thi thithi thiệu uu u v vv về tin tin tin tin h hh học cc c và vàvà và ứng ngng ng d dd dụng ngng ng tin tin tin tin h hh học cc c trong trongtrong trong sinh sinhsinh sinh h hh học cc c “The two technologies that will Informatics applycation in biology 2 “The two technologies that will shape the next century are biotechnology and information technology” Bill Gates Sự ra ñời của tin sinh học  Buổi bình minh của trình tự: Trình tự Protein, trình tự axit nucleic  Sự xuất hiện của các thông tin về cấu trúc, chức năng và  Sự xuất hiện của các thông tin về cấu trúc, chức năng và trình tự của protein, DNA dẫn tới nhu cầu quản lý, so sánh và dự ñoán cấu trúc và chức năng của sinh vật  Sự phát triển của các ngành khoa học khác ñặc biệt là công nghệ thông tin, máy tính. Informatics applycation in biology 3 Tin sinh học (Bioinformatic) có thể hiểu là một ngành khoa học phân tích và dự ñoán ñặc tính của ñối tượng sinh học, trên cơ sở tích hợp năng lực hoạt ñộng hữu cơ của 3 lĩnh vực khoa học công nghệ: - khoa học sinh học Bio (Sinh học) + informatics (Khoa học tính toán) = Bioinformatics (Giải quyết các bài toán sinh học bằng việc sử dụng các phương pháp của khoa học tính toán) Informatics applycation in biology 4 - khoa học sinh học - năng lực quản trị và xử lý số liệu của máy tính - tổ chức quản lý khai thác dữ liệu thông tin trên quy mô toàn cầu Các từ ñồng nghĩa: Computational biology, Computational molecular biology, Biocomputing Informatics applycation in biology 5 Một số bài toán ñối với tin sinh học Informatics applycation in biology 6 Informatics applycation in biology 7 Informatics applycation in biology 8 Vai trò của Tin sinh học Tập hợp, lưu trữ, sắp xếp, truy xuất và chia sẻ cơ sở dữ liệu. Hỗ trợ cho việc tìm kiếm, phân tích, xử lý và dự ñoán các kết quả nghiên cứu . dự ñoán các kết quả nghiên cứu . Hỗ trợ trong các nghiên cứu về cấu trúc không gian phân tử. Hỗ trợ trong nghiên cứu ña dạng và tiến hoá của sinh vật Informatics applycation in biology 9 Xu hướng phát triển của Tin sinh học Quản lý cơ sở dữ liệu Phân tích, biên dịch dữ liệu Phát triển các thuật toán Các cấu trúc cơ sở dữ liệu Thiết kế các giao diện và hiển thị Informatics applycation in biology 10 [...]... các trang web liên quan ñ n sinh h c - Cơ s d li u công ngh sinh h c - Nghiên c u v c u trúc chu i DNA, amino acid và các ph n m m h tr - Các ph m m m v thi t k và l a ch n ño n m i, hi n th c u trúc không gian c a các h p ch t sinh h c, phân tích c u trúc tương ñ ng… Informatics applycation in biology 11 H c ph n tiên quy t - Tin h c cơ s - Hóa sinh h c - Vi sinh v t h c - Sinh h c phân t - Di truy... Network) ra ñ i Vi t Nam c a Trung tâm Thông tin Thương m i thu c B Thương m i VINANET cung c p thông tin giá c th trư ng trong nư c và qu c t , ñ a ch doanh nghi p, văn b n tư pháp T c ñ truy c p th i kỳ này là 2,4kbps qua ñư ng dây ñi n tho i Informatics applycation in biology 25 • Năm 1997, hàng lo t các nhà cung c p d ch v internet (ISP) và các nhà cung c p thông tin lên internet (ICP) như: VNN, FPT,... phát tán virus) • Không lãng phí ngu n tài nguyên (không download nh ng t p tin quá l n mà ch ng ñ làm gì, ñ c bi t trong gi cao ñi m • Không xoá t p tin c a ngư i khác • Không xâm ph m, phát tán nh ng thông tin có tính ch t riêng tư c a ngư i khác • Không truy c p, phát tán nh ng thông tin ph n ñ ng… Informatics applycation in biology 36 ... Financing and Promoting Technology) là Công ty Tài chính và K thu t Qu ng cáo, thành l p năm 1997 Informatics applycation in biology 26 • Saigonnet thu c Công ty C ph n Bưu chính vi n thông Sài gòn SPT (Saigon Post and Telecommunication Service Corporation), thành l p năm 1997 • Netnam thu c Vi n Công ngh thông tin, thành l p năm 1998 • CINET (Culture and Information Net) thu c B Văn hoá và Thông tin, thành... Nguy n Văn Cách (2006) Tin sinh h c, Nxb Khoa h c và K thu t, Hà n i 2) Arthur M L (2002) Introduction to Bioinformatics, Published in the United States by Oxford University Press Inc., New York 3) Baxevanis,A D and Francis Ouellette, B.F (2001) Bioinformatics a Practical guide to the Analysis of Genes and Protein, John Wiley & Sons, INC 4) Bryan B (2001) Bioinformatics Computing, Pretice Hall Pub... (World Wide Web) ra ñ i ñ t n n móng cho vi c chuy n t i thông tin ña phương ti n (multimedia) thông qua các siêu liên k t (hyperlink) r t ti n d ng cho vi c khai thác internet T ch c W3C (World Wide Web Consorticum) ra ñ i: nghiên c u các chu n chung cho Web Informatics applycation in biology 21 Cu i năm 1992, xu t hi n nhà cung c p thông tin thương m i ñ u tiên là Delphi Tháng 6/1993: có kho ng 130... tìm ki m d li u thông tin qua internet Informatics applycation in biology 35 Lu t l , ñ o ñ c và các quy ñ nh ho t ñ ng c a Internet • Không ñư c truy c p (Access) b t h p pháp vào nh ng h th ng ñòi h i ph i có Username và Password • Không phá ho i và gây r i lo n h th ng lưu thông trên Internet (gieo r c, phát tán virus) • Không lãng phí ngu n tài nguyên (không download nh ng t p tin quá l n mà ch ng... Application of Artificial Intelligence Techniques to Bioinformatics Problems Informatics applycation in biology 14 Khái ni m v internet và ñ a ch trên m ng Thông tin trên internet M t s d ch v trên internet Truy c p tìm ki m d li u thông tin qua internet Informatics applycation in biology 15 Gi i thi u v Internet • Internet là m ng máy tính toàn c u ñ liên k t các t ch c, trung tâm, vi n nghiên c u,... Telecommunication Service Corporation), thành l p năm 1997 • Netnam thu c Vi n Công ngh thông tin, thành l p năm 1998 • CINET (Culture and Information Net) thu c B Văn hoá và Thông tin, thành l p năm 1997 • Trong s các ISP k trên, VNN d n ñ u danh sách v i ưu th v a là IAP (cung c p c ng truy c p internet) v a là cung c p d ch v internet ISP (Internet Service Provider) và ICP (cung c p n i dung trên internet)... t c u m ng Internet Các ki u m ng: • M ng c c b LAN (Local Area Network) • M ng vùng trung tâm MAN (Metropolitan Area Network) • M ng di n r ng WAN (Wide Area Network) M ng c c b LAN: là m ng nh nh t, trong vòng vài km, ngo i tr trư ng h p máy tính ñơn k t n i tr c ti p v i internet, t t c các máy tính có n i m ng ñ u n i vào m ng LAN M ng LAN ñư c dùng cho m t toà nhà, trư ng h c, thư vi n, b nh vi . thi thithi thiệu uu u v vv về tin tin tin tin h hh học cc c và vàvà và ứng ngng ng d dd dụng ngng ng tin tin tin tin h hh học cc c trong trongtrong trong sinh sinhsinh sinh h hh học cc c “The two technologies. ỨNG DỤNG TIN HỌC TRONG SINH HỌC Informatics applycation in biology 1 TRONG SINH HỌC (Informatics applycation in biology) Bài 1: Mở ñầu Gi GiGi Giới ii i thi thithi thiệu uu u v vv về tin tin. chất sinh học, phân tích cấu trúc tương ñồng… Học phần tiên quyết - Tin học cơ sở - Hóa sinh học - Vi sinh vật học Informatics applycation in biology 12 - Sinh học phân tử - Di truyền học *