Ứng dụng tin học trong công nghệ sinh học

NỘI DUNG CHƢƠNG TRÌNH TRƯỜNG ĐẠI HỌC KỸ THUẬT CÔNG NGHỆ TP.HCM KHOA MÔI TRƯỜNG & CÔNG NGHỆ SINH HỌC BỢ MƠN CƠNG NGHỆ SINH HỌC • ỨNG DỤNG TIN HỌC TRONG CƠNG NGHỆ SINH HỌC • • • • Nhắc lại một số khái niệm bản thống kê kết quả nghiên cứu (3t) Phương pháp bớ trí thí nghiệm nghiên cứu khoa học (3t) Phân tích, xử lý kết quả thực nghiệm (9t) Phân tích tương quan hồi quy (6t) (Thực hành máy tính) TP.HCM, 09/2008 TÀI LIỆU THAM KHẢO • • • • Chu Văn Mẫn – Ứng dụng TH CNSH (2009) Nguyễn Văn Út – Giáo trình ứng dụng xác suất và thống kê sinh học – ĐH Tổng hợp TP.HCM (1989) Chu Văn Mẫn – Giáo trình thống kê sinh học – NXB Khoa học và Kỹ thuật (2001) Bảo Huy – Thống kê và tin học lâm nghiệp – Trường ĐH Tây Nguyên (2008) GIỚI THIỆU Sinh học Bioinformatics Hóa học Thống kê Khoa học máy tính GIỚI THIỆU Công nghệ Sinh học Vật lý Toán học VÍ DỤ VỀ BIOINFORMATICS + Công nghệ Thông tin Bioinformatics Bioinformatics Giúphiểu hiểubiết biếtvàvà khám Giúp khám phánhững nhữngnguyên nguyênlýlý phá trongsinh sinhhọc học • • • • • • Xây dựng sở dữ liệu về trình tự sinh học Tìm kiếm trình tự sinh học So sánh các trình tự sinh học Phân tích trình tự sinh học Thiết kế mồi (primer) … TẠI SAO CẦN HỌC MƠN NÀY? • Hạn chế sai sớ: Chỉ có yếu tớ đem thí nghiệm được khác Các yếu tớ lại, khơng phải yếu tớ thí nghiệm phải đồng đều tớt • Để phân tích mợt cách khoa học khác biệt có ý nghĩa hay khơng cơng thức thí nghiệm  Như vậy, phải học Thống kê Sinh học để biết phương pháp thí nghiệm, cách phân tích xem có khác biệt thật cơng thức thí nghiệm hay khơng? CHƢƠNG I NHỮNG KHÁI NIỆM CƠ BẢN TRONG THỐNG KÊ SINH HỌC MỘT SỐ KHÁI NIỆM CƠ BẢN • • • • Tập hợp Phép thử Sự kiện (biến cố) - Sự kiện tất yếu - Sự kiện không thể - Sự kiện ngẫu nhiên Xác śt TỞNG THỂ VÀ MẪU • • • Tổng thể: tổng số cá thể - N Mẫu: số phần tử nằm mẫu (kích thước mẫu – n) - Lấy mẫu ngẫu nhiên - Lấy mẫu hệ thống - Lấy mẫu phân tầng nX2) utn  • ( X1  X ) S12 S22  n1 n2 B3: So sánh Utn với Uα, Utn≥ Uα bác bỏ giả thiết H0 hay trung bình mẫu khác Ví dụ: Cân nặng của em trai 10 tuổi thuộc địa điểm A B sau: - Vùng A: nA=815 em, XA=21,06 kg, SA=1,61 kg - Vùng B: nB=200 em, XB=21,33 kg, SB=1,60 kg Hãy đánh giá xem trọng lượng trung bình của em trai 10 t̉i hai vùng có khác hay khơng? So sánh trung bình mẫu quan sát * Trường hợp nS22) Nếu trị số F ≥ Fα,(n1-1),(n2-1)  Bác bỏ Ho  chấp nhận H1 (sự sai khác của phương sai có ý nghĩa thớng kê) So sánh trung bình mẫu quan sát Trường hợp phương sai bằng nhau: H0: μ1 = μ1 H1: μ1 NE μ1 • B3: So sánh giá trị trung bình của mẫu bằng tiêu chuẩn Student t X1  X (n1  1) S  (n2  1) S 1 (  ) n1  n2  n1 n2 2 Nếu t ≥ tα(n1+n2-2) bác bỏ giả thiết H0, có nghĩa trung bình mẫu sai khác có ý nghĩa, người ta chọn mẫu có trung bình cao BÀI TẬP Đánh giá khả tăng trọng của gà với những chế đợ ăn khác nhau, tiến hành thí nghiệm lơ A B, mỡi lơ có Sau một thời gian cho ăn loại thức ăn tổng hợp, kết quả tăng trọng được ghi nhận bảng sau: Số gà thí nghiệm Lô gà A 0.8 0.9 1.0 1.1 Lô gà B 0.5 0.6 0.6 0.7 Hãy đánh giá chế độ ăn tớt cho thí nghiệm ở mức ý nghĩa α=0,05? So sánh trung bình mẫu quan sát Trường hợp phương sai khác nhau: • B3: So sánh giá trị trung bình của mẫu bằng tiêu chuẩn Student t X1  X S12 S 22  n1 n2  S12   S22  t( ,n11) n   t( ,n 1) n     t*   S12 S22  n1 n2 So sánh t tính với t* với: Nếu t ≥ t*α bác bỏ giả thiết H0 ... vậy, phải học Thống kê Sinh học để biết phương pháp thí nghiệm, cách phân tích xem có khác biệt thật cơng thức thí nghiệm hay khơng? CHƢƠNG I NHỮNG KHÁI NIỆM CƠ BẢN TRONG THỐNG KÊ SINH HỌC... cậy của kết luận: ứng với mỗi giá trị của phân phối T nào đó có một mức xác suất tin cậy 1-α nhất định, biểu thị độ tin cậy của kết luận - α=0,05 (độ tin cậy 95% hay sai... mức độ nào? • Trong thí nghiệm thường người ta cần so sánh kết quả của cơng thức Ví dụ: bón phân hay khơng bón, che bóng hay khơng che,… Nói chung ta cần xét đặc trưng sinh học mà đối