Tin sinh hoc (ỨNG DỤNG TIN HỌC TRONG SH)

PHẦN I XỬ LÝ SỐ LIỆU THỐNG KÊ SINH HỌC CHƯƠNG I GIỚI THIỆU VỀ EXCEL 1.1 Giới thiệu Excel 1.1.1 Giới thiệu Excel chương trình ứng dụng bảng tính Windows, thuộc công cụ văn phòng Microsoft Office Excel ứng dụng đa văn – nghĩa mở đồng thời nhiều cửa sổ văn Các thao tác Excel tuân theo tiêu chuẩn Windows, như: làm việc với cửa sổ, hộp đối thoại, hệ thống menu, sử dụng mouse, biểu tượng lệnh Excel cài đặt cách độc lập, thông thường qua cài đặt Microsoft Office 1.1.2 Các chức Excel Là ứng dụng bảng tính, cửa sổ văn Excel WorkBook, gồm nhiều Sheet – Sheet bảng tính, biểu đồ macro bảng tính Các Sheet độc lập phụ thuộc tùy vào tổ chức người sử dụng Khi lưu (save) WorkBook, Excel tự động thêm phần mở rộng XLS Chức Excel bao gồm: - Tính toán, phân tích, tạo biểu đồ, lập báo cáo liệu tổ chức theo dạng bảng chiều (mô hình quan hệ) - Chia sẻ liệu với ứng dụng khác Các chức phần thực thông qua hàm thiết kế sẵn hàm người sử dụng tự tạo; phần khác thông qua công cụ tổ chức hệ thống menu biểu tượng lệnh Là ứng dụng Microsoft Office nên Excel tối ưu hóa để sử dụng tính bổ sung, nhập văn từ Word, tạo chữ nghệ thuật từ WordArt, chèn văn toán học từ Equation, bổ sung hình ảnh từ ClipArt Gallery Ngược lại, Excel cung cấp phương thức để ứng dụng khác sử dụng chức mạnh 1.1.3 Khởi động kết thúc Excel a Khởi động Có nhiều cách khởi động chương trình Excel, số cách thông dụng: + Chọn biểu tượng Excel từ Shortcut Bar Quick Launch (nếu có) + Từ nút Start : [START]\Programs\(Microsoft Office)\Microsoft Office Excel + Hoặc khởi động từ biểu tượng Excel cửa sổ Windows Explorer b Kết thúc Sau hoàn tất phiên làm việc Excel, ta kết thúc cách sau: + Chọn lệnh từ menu: [FILE]\Exit + Nhấn vào nút đóng cửa sổ [X] góc phải, nhấn Alt–F4 Nếu WorkBook có sửa đổi chưa ghi lại thay đổi, Excel yêu cầu ta xác nhận việc có ghi hay không trước kết thúc Chọn [Yes] để ghi, [No] để kết thúc không ghi, nhấn [Cancel] để hủy lệnh tiếp tục làm việc với Excel 1.1.4 Các thành phần khái niệm a Cửa sổ ứng dụng Cửa sổ Excel vùng hình chứa chương trình Excel khởi động, tương tự cửa sổ ứng dụng khác Windows Gồm thành phần như: đường viền giới hạn kích thước cửa sổ; tiêu đề chứa tiêu đề chương trình tên WorkBook làm việc; menu ngang, công cụ (Toolbar) chứa biểu tượng lệnh; nút lệnh cửa sổ (hộp điều khiển, nút Minimize, Maximize/Restore, Close); công thức; vùng làm việc (desktop) cuối dòng trạng thái chứa thông báo trạng thái làm việc Thanh tiêu đề Thanh thực đơn Thanh công cụ Thanh công thức Vùng làm việc b Cửa sổ workbook (văn bản) Ngay sau khởi động, thông thường Excel đưa workbook để người sử dụng bắt đầu làm việc WorkBook đặt cửa sổ văn nằm vùng desktop cửa sổ ứng dụng Khi maximize (cực đại hóa), tiêu đề cửa sổ workbook nằm chung với tiêu đề chương trình Mỗi Workbook bao gồm nhiều Sheet Mỗi Sheet lưới ô (cell) tổ chức thành hàng (row) cột (column) Ngay phía vùng bảng tính có thành phần: hộp tên (Name Box) chứa tên ô (hoặc dãy ô) thời chọn; hai công thức (Formula Bar) chứa nội dung cho phép nhập nội dung ô chọn Phía chứa tên sheet workbook ngang, bên phải dọc c Tổ chức bảng tính (sheet) Excel * Đánh địa hàng, cột ô Trong Excel, hàng đánh số (gán nhãn) từ 1, 2, đến 16384 (hoặc 65536); cột đánh thứ tự từ A, B, , Z, AA, , IV (256 cột) Giao cột hàng ô (cell) với địa xác định là: [nhãn cột][nhãn dòng], ví dụ: ô F15 giao cột F dòng 15, xác định theo cách R[số hiệu dòng]C[số hiệu cột], R5C8 ô dòng cột (tức cột H) Miền (Vùng, Khoảng ô) tập hợp ô có dạng: dãy liên tục ô (giới hạn khung hình chữ nhật) và/hoặc ô rời rạc Trong ô liên tục (khoảng ô) viết theo dạng ô trái:ô cuối phải, ví dụ: A4:C7 khoảng liên tục 12 ô giới hạn cột (A, B, C) hàng (4, 5, 6, 7); ô rời rạc cách dấu phân cách (thông thường dấu phẩy), ví dụ: C5, E9, F12 dãy ô rời * Nội dung ô Mỗi ô chứa liệu công thức tính toán Kiểu liệu : - Kiểu chữ: Họ tên - Kiểu số (numeric) 125 - Kiểu ngày tháng (date) 08/12/1998 - Giờ (time) 8:15:25 - Kiểu logic Công thức tính toán có dạng: ký tự dấu (=) biểu thức Ví dụ: ô A3 ta nhập =5+3 sau nhấn Enter, nội dung A3 + Biểu thức tính toán định nghĩa tập hợp toán tử toán hạng viết theo quy tắc (cú pháp) Excel quy định Trong đó: - Toán tử phép toán số học: + (cộng), - (trừ), * (nhân), / (chia), % (phần trăm), ^ (lũy thừa); toán tử so sánh: < (nhỏ hơn: less than), > (lớn hơn: greater than), = (bằng: equal to), = (lớn bằng: greater than or equal to), (không bằng: not equal to), toán tử nối chuỗi & (ví dụ: “HO”&“TEN”) - Toán hạng giá trị (constant), tham chiếu ô, nhãn (label), tên (name) hàm (function) workbook Các chuỗi bao cặp nháy kép “ ” Hàm (function) có dạng: Tên hàm(danh sách đối số – có), cặp ngoặc đơn bắt buộc Do hàm thực trình xử lý hay tính toán trả kết nên xuất đâu biểu thức mà có toán hạng Ngoài ra, Excel cho phép khả hàm lồng nhau, nghĩa hàm xuất danh sách đối số hàm khác Ví dụ: SUM(A1, SUM(C5:F7)) Ví dụ công thức: = 15 + (4 * A6) – SUM(B2:B4) Trong đó: 5, hằng; A6, B2:B4 tham chiếu ô; SUM tên hàm; + * – toán tử Giá trị công thức Excel tự động cập nhật có thay đổi liên quan đến giá trị toán hạng * Tham chiếu (địa ô) tương đối tuyệt đối Để tham chiếu đến ô, có hai cách: tham chiếu tương đối tham chiếu tuyệt đối Tham chiếu tương đối xác định vị trí tương đối từ ô chứa tham chiếu đến ô tham chiếu Ví dụ: công thức ô C3 có chứa tham chiếu đến ô A2 hiểu là: xuất phát ô thời (C3) sang trái cột (từ C sang A) di chuyển lên hàng (từ hàng thứ lên 2) để lấy liệu - Với tham chiếu tương đối, người sử dụng chép công thức từ ô sang ô khác giá trị tham chiếu tự động thay đổi Ví dụ, chép công thức C3 sang K5 tham chiếu đến A2 đổi lại I4 (giữ nguyên tương đối từ K5 đến I4: sang trái lên 1) - Từ suy ra, chép công thức theo chiều dọc số hiệu hàng bị thay đổi, số hiệu cột giữ nguyên Tương tự, chép theo chiều ngang giá trị cột bị thay đổi, giữ lại số hiệu dòng - Ví dụ: xét bảng sau: 12 13 14 15 C =SUM(C12:C14) D =SUM(D12:D14) F =SUM(C12:D12) =SUM(C13:D13) Tại ô F12 nhập công thức tính tổng ô từ C12 đến D12, chép công thức đến ô F13 tham chiếu thay đổi thành tổng ô từ C13 đến D13, chép đến F14 thành =SUM(C14:D14) Tương tự, chép ngang từ C15 sang D15 số hiệu 12 14 không đổi, mà đổi giá trị cột từ C sang D Tham chiếu tuyệt đối xác định tuyệt đối cách tham chiếu, nghĩa hướng đến vị trí cố định (theo hàng và/hoặc theo cột) bảng tính chép công thức Vì ô xác định hàng cột, nên tuyệt đối tác động đến hàng, đến cột hai Excel dùng ký tự $ đặt trước tên hàng tên cột để tuyệt đối Ví dụ, E1 chứa công thức = $A$1 + $B1 + C$1 + D1, bao gồm tuyệt đối A1, tuyệt đối theo hàng B1, theo cột C1 tương đối D1 Khi chép công thức đến ô H5 tự động đổi lại là: = $A$1 + $B5 + F$1 + G5 Tên khoảng ô xem tham chiếu tuyệt đối Trong thực hành, sau nhập tham chiếu ô ta dùng phím F4 để chuyển đổi loại tham chiếu 1.2 Các thao 1.2.1 Chọn ô, hàng, cột - Chọn ô: click vào ô muốn chọn - Chọn nhiều ô liên tục: chọn ô (góc trái) khoảng cần chọn, sau drag (kéo lê) mouse (hoặc shift-click) đến vị trí cuối (góc phải) - Để chọn thêm ô rời rạc nhấn giữ phím Ctrl click vào ô Ngoài ra, chọn nhanh cách nhập khoảng cần chọn vào hộp tên - Việc chọn hàng cột tương tự chọn ô Thay cho click vào ô, ta click vào nhãn cột số hiệu hàng để chọn cột hàng Chọn nhiều liên tục kỹ thuật drag shift-click Chọn rời rạc Ctrl-click 1.2.2 Chèn, xóa ô, hàng, cột 1- Chọn ô, hàng, cột cần tác động 2- Click mouse phải (Right-click) làm xuất shortcut menu 3- Chọn lệnh thích hợp từ shortcut menu: Insert để chèn thêm Delete để xóa Clear contents để xóa nội dung ô (hoặc nhấn phím Del) Có thể dùng menu thay cho việc nhấn R-click Menu [Edit]\Del [Edit]\Clear để xóa Menu [Insert]\Cells, Rows Columns để chèn thêm Số đối tượng chèn thêm vào xóa với số đối tượng chọn (ví dụ, chọn hàng lệnh Insert chèn hàng) 1.2.3 Nhập sửa chữa nội dung ô Nhập: Chọn ô, sau nhập nội dung Kết thúc việc nhập nội dung phía Enter Nếu không muốn thay đổi nội dung có trước nhấn Esc Sửa: Nhấn Double-click (D-click) F2 vào ô chọn để sửa chữa nội dung, click vào ô liệu nhập vào thay liệu có trước Trong chế độ sửa chữa dùng phím Home, End để di chuyển Dùng dấu (=) để bắt đầu nhập công thức Nếu công thức cần tham chiếu ô tự nhập tên ô cần tham chiếu, dùng mouse để chọn Tạo dạng ô (Format Cells): Excel cung cấp nhiều khả việc thay đổi dạng thức ô Ví dụ: số biểu diễn nhiều dạng: số, ngày, giờ, biểu diễn phần trăm, tiền tệ với ký hiệu $, đ Để tạo dạng nhiều ô, ta chọn chúng, sau dùng menu [Format]Cells nhấn phím phải chọn Format Cells Trong hộp thoại có chứa nhiều mục phục vụ cho việc tạo dạng Chúng bao gồm: - Mục [Number] dùng để tạo dạng số, gồm: Number tạo dạng số, Currency tạo dạng tiền tệ; Date, Time tạo dạng ngày giờ; Percentage tạo dạng phần trăm; Fraction tạo dạng phân số; Text tạo dạng văn - Mục [Alignment] dùng để chỉnh liệu theo hướng: ngang (Horizontal), đứng (Vertical); điều khiển việc cho phép văn xuống dòng (Wrap text) hay trải lấp sang ô bên cạnh Ngoài cho phép quay văn theo góc quay khác - Mục [Font] dùng để tạo dạng font chữ - Mục [Border] dùng cho việc thiết lập đường viền ô với nhiều lựa chọn 1.2.4 Tạo dãy tự động Một dãy số liệu liên tục (ví dụ: a1, a2, ) tạo cách tự động cách nhập số liệu đầu tiên, sau bôi đen đưa chuột xuống góc phía bên phải đến xuất nút vuông nhỏ, di chuyển mouse đến vị trí (mouse có hình dấu cộng) kéo lê nút vuông đến ô cuối dãy số liệu tạo dãy liên tục Nếu dãy dãy số (ví dụ: 1, 2, ) phải nhấn thêm phím Ctrl để tạo dãy liên tục Nếu ô công thức việc kéo nút điều khiển chép công thức đến ô, tham chiếu điều chỉnh tự động 1.3 Các thành phần biểu đồ + Vùng liệu: khoảng liên tục rời rạc ô bảng tính chọn để dùng làm liệu cho biểu đồ, tổ chức theo hàng hay cột gọi dãy (series) liệu Mỗi ô tạo thành điểm liệu biểu đồ đánh dấu (markers) kí hiệu khác Vùng liệu bao gồm hàng (hoặc cột) chứa nhãn (label) + Trục tọa độ: hệ thống đường thẳng đứng ngang xác định tỉ lệ biểu diễn điểm liệu, trục có chứa vạch đánh dấu tỉ lệ (tick mark) Các trục thường có hai loại: trục chủ đề (category) trục giá trị (value) + Hộp ghi (legend): chứa dấu hiệu biểu diễn dãy số liệu có mặt biểu đồ Có thể đặt legend vị trí tùy ý biểu đồ + Tiêu đề (title): dòng văn tạo nhãn cho biểu đồ (chart title) trục 1.4 Sử dụng Chart Wizard Bước 1: Nhập liệu vào bảng tính Bước 2: Click vào biểu tượng Chart Wizard chọn [Insert]\Chart Bước 3: Thực bước là: Step of (chọn kiểu đồ thị) Nhấn Next để thực tiện tiếp Step of (quét liệu vào data range) Nhấn Next để thực tiện tiếp Step of (ghi tên đồ thị tên trục) Nhấn Next để thực tiện tiếp Step of (ghi vị trí lưu đồ thị) Nhấn nút Finish Bước 4: Chỉnh sửa lại đồ thị (nếu cần) 1.5 Định dạng trang: [File]→ Page Setup Trong mục có chức giống với Word khai báo giấy (Page), thiết lập lề (Margins), tạo dòng tiêu đề đầu chân trang (Header/Footer) Ngoài ra, Excel có bổ sung tính đặc thù bảng biểu, cho phép tạo hàng lặp lại đỉnh (Rows to repeat at top) cột lặp lại bên trái (Columns to repeat at left) sang trang Nghĩa tạo hàng/cột thống trang Để chọn hàng/cột lặp lại sang trang, ta chọn hộp thích hợp sau dùng mouse chọn hàng bảng tính Ngoài ra, bảng tính có nhiều trang ta định hướng in: in xuống sang phải (Down, then over) hay ngược lại (Over, then down) 1.6 Xem trước in: [File]→Print Preview Chức cho phép kiểm tra bảng tính cách tổng thể trước định in thức Ở đây, ta tiến hành nhiều phép hiệu chỉnh, như: thay đổi lề, cột để bảng tính vừa khít trang Nhấn ESC [Close] để kết thúc xem 1.7 Chức in: [File]→Print Các thông số in Excel hầu hết sử dụng theo chuẩn Windows, chọn loại máy in, có muốn in file để sau đưa in máy khác hay không ([] Print to file), chọn khoảng trang in (All: in toàn bộ, From To để định trang in) Các mục vùng Print what (In gì?) có chứa số mục riêng Excel Nếu muốn in vùng bảng tính chọn vùng trước thực lệnh in, sau đánh dấu vào mục Selection Để in bảng tính Sheet làm việc chọn mục Active sheet(s) chọn mục Entire workbook để in toàn file (gồm tất sheet) Ngoài chọn số trang (Number of copies) cách in (Collate) a Thiết đặt trang in: Chọn File→Page Setup Portrait: in dọc; Landscape: in ngang Margins: lề 10 Chương VI MỘT SỐ PHẦN MỀM TRONG NGHIÊN CỨU SINH HỌC Với phát triển nhanh công nghệ sinh học tạo lượng lớn trình tự gen Do việc ứng dụng công nghệ thông tin để xử lý số liệu phân tích liệu gen cần thiết Có nhiều phần mềm xấy dựng ứng dụng sinh học công nghệ sinh học Trong chương làm quen với phần mềm BioEdit, DNAclub, NTSYS 6.1 Phần mềm BioEdit Biểu tượng phần mềm: a Nhập liệu Các liệu đưa vào BioEdit cách chuyển từ máy giải trình tự gen, truy cập từ ngân hàng gen nhập liệu thủ công Cách nhập: - Nhấn đúp chuột vào biểu tượng BioEdit - Chọn New Alignment - Chọn menu File → Import 79 - Lựa chọn trình tự cần đưa vào so sánh nghiên cứu b So sánh trình tự Sau đưa liệu vào phần mềm, để so sánh trình tự gen trình tự amino acid ta thực sau: - Chọn menu Accessory Application - Chọn ClustalW Multiple Alignment - Chọn Run ClustalW 80 c Lấy hệ số tương đồng Để biết hệ số tương đồng trình tự vừa so sánh ta thực bước sau: - Thực bước mục a, b - Chọn Alignment - Chọn Sequence Identity matrix, ghi tên file nhấn Save d Đổi trình tự nucleotide sang trình tự amino acid - Thực bước mục a 81 - Chọn menu Sequence - Chọn Translate in selected frame (fermanent) e Đổi trình tự DNA sang RNA - Thực bước mục a để đưa trình tự DNA vào - Chọn menu Sequence - Chọn DNA→RNA 82 g Thiết lập đồ enzyme cắt giới hạn - Thực bước mục a để đưa trình tự nucleotide vào phần mềm - Chọn menu Sequence - Chọn Nucleic acid - Chọn Restriction map 83 h Copy liệu so sánh Sau so sánh trình tự nucleotide trình tự amino acid, muốn copy liệu so sánh cần thực bước sau : - Chọn File → Graphic view - Thay đổi số định dạng theo mong muốn cỡ chữ, phông chữ, độ rộng,… - Chọn Edit → Copy page as a bitmap - Mở Word dán (Paste) 6.2 Phần mềm DNAclub a Khởi động chương trình DNAclub cách nhấn đúp chuột lên biểu tượng phần mềm Để nhập liệu phân tích, chọn menu File Có thể chọn tiếp New, Open, hay Import để nhập liệu vào Chọn New: nhập trình tự từ bàn phím Chọn Open: truy xuất liệu từ tập tin có sẵn Chọn Import: truy cập sử dụng liệu từ ngân hàng gen thiết bị giải trình tự 84 b Tìm kiếm trình tự DNA Ta tìm trình tự DNA toàn gen cách nhanh chóng xác - Nhập liệu bước a - Chọn menu Edit - Chọn Find - Nhập trình tự cần tìm vào khung đợi lệnh chọn Find c Chuyển đổi trình tự DNA - Khởi động chương trình nhập liệu bước a - Chọn menu Convert - Chọn Reverse hay Reverse + Complement d Chuyển đổi trình tự DNA sang trình tự amino acid - Khởi động chương trình nhập liệu bước a - Chọn menu Convert - Chọn Translate e Thiết lập đồ enzyme cắt giới hạn - Khởi động chương trình nhập liệu - Kích hoạt menu Restriction map g Thiết kế mồi - Khởi động chương trình nhập liệu - Chọn menu PCR Primers - Chọn Star Primer Selection - Cửa sổ PCR Parameters mở cho phép lựa chọn điều kiện cần thiết cho mục đích nghiên cứu - Sau nhập vào điều kiện chọn Start Selection 85 6.3 Phần mềm NTSYS - Dựa xuất hay không xuất phân đoạn ADN điện di sản phẩm RAPD đánh giá theo quy ước: 1-xuất hiện, 0-không xuất - Một bảng gồm giá trị thiết lập cho phép tính hệ số tương đồng di truyền cặp đối tượng - Thiết lập sơ đồ hình xác định quan hệ họ hàng đối tượng nghiên cứu Các bước thực Nhập liệu vào NTEDIT: a Chọn biểu tượng NTEDIT b Chọn số lượng hàng cột, đặt tên cho cột c Nhập số liệu d Chọn File save file (ví dụ tên: DT1) Xử lý liệu Chọn biểu tượng NTSYS a Chọn Similarity - Chọn SimQual - Vào input file (kích đúp) - Chọn file đặt tên DT1 - Vào Output file (kích đúp), chọn DT1 đổi thành DT2 86 - Save, chọn Compute Close b Chọn Clusteving - Chọn SAHN - Chọn input, kích đúp, chọn DT2 - Chọn Output kích đúp, chọn DT2 đổi thành DT3 - Save, chọn Compute c Chọn Graphics - Chọn Tree plot - Vào input file chọn DT3 - Nhấn Compute phát sinh d Lấy kết hệ số tương đồng di truyền: Vào file chọn DT2.nts, Open copy bảng hệ số 87 BÀI TẬP THỰC HÀNH Bài Thử kết phản ứng loại vacxin với lô thí nghiệm 348 chuột nhắt trắng có khối lượng, không bệnh tật thu số liệu sau: Mức độ phản ứng Vacxin lô A Vacxin lô B Nhẹ 12 29 Nặng 156 135 Trung bình Hãy đánh giá mức độ phản ứng thể với lô vacxin Bài Để lựa chọn môi trường nuôi cấy thích hợp cho loài vi khuẩn, phòng thí nghiệm Bộ môn Sinh học sử dụng hai loại môi trường kí hiệu MT1 MT2 Kết thí nghiệm thu sau: STT MT1 MT2 1 3 4 5 6 7 8 5 Hãy cho biết môi trường phù hợp cho việc nuôi cấy loài vi khuẩn này? Vẽ đồ thị thể kết vừa xác định Bài Để so sánh hai loại phân bón khác nhau, người ta trồng lúa hai ruộng, ruộng bón phân A, ruộng bón phân B Lúa trồng thời gian, mật độ, điều kiện nông hóa thổ nhưỡng, khác phân bón Kết thu hoạch lúa sau: Năng suất ruộng (tạ/ha) 3.2 Năng suất ruộng (tạ/ha) 5.6 4.3 5.1 5.1 3.4 3.1 4.2 6.3 6.1 5.9 5.4 5.0 4.5 6.7 4.9 4.7 5.2 Hãy cho biết phân bón loại tốt suất lúa hai ruộng có thực khác hay không? Vẽ đồ thị thể kết vừa xác định Bài Để đánh giá mức độ ô nhiễm hóa chất lên thực vật, nhóm nghiên cứu tiến hành xác định hàm lượng chì loại rau trồng khu vực mỏ sắt Trại Cau khu vực trồng rau ven sông Cầu Kết thu bảng sau: Mỏ sắt Trại cau Ven sông Cầu 0.33 0.2 0.34 0.42 0.49 0.38 0.50 0.39 0.19 0.17 0.15 0.18 0.21 0.16 0.45 0.14 0.46 0.17 Hãy đánh giá khác biệt hàm lượng chì rau hai khu vực nghiên cứu? Bài Trồng 10 bạch đàn khu đồi Để kiểm tra loại phân bón thích hợp cho tăng trưởng bạch đàn, người ta sử dụng hai loại phân bón A B Phân bón A bón trước, phân bón B bón sau Hai loại phân bón 88 cách tháng, đủ để phân A hết tác dụng bón phân B Kết chiều cao bạch đàn (m) thu sử dụng hai loại phân bón thu bảng sau: Phân bón A Phân bón B 2.1 3.1 2.2 3.2 2.3 3.3 2.1 3.4 1.9 3.0 1.7 2.9 2.2 2.9 2.6 3.7 3.0 3.6 2.8 3.5 Hãy cho biết hai loại phân tốt cho tăng trưởng bạch đàn, hai loại phân có thực khác hay không? Chọn loại phân để sử dụng bón cho bạch đàn? Bài Làm thí nghiệm với loại phân bón A, B, C, D cho loại để đánh giá chất lượng phân bón trồng kết sau: Kém Trung bình Tốt Phân bón A 10 160 Phân bón B 14 190 Phân bón C 20 165 Phân bón D 29 135 Hãy đánh giá xem phân bón tốt thí nghiệm (α=0,05) Bài Khảo sát suất giống đậu xanh thiết kế thí nghiệm canh tác loại đất khác lặp lại theo kiểu khối ngẫu nhiên đầy đủ Kết ghi bảng Từ kết hãy: Kiểm tra xem giống đậu xanh có khác suất không ? Kiểm tra xem loại đất làm thí nghiệm có ảnh hưởng tới suất không ? Bảng 1: G1 G2 G3 G4 Lô 5.7 3.3 4.6 3.8 Lô 5.9 3.1 5.9 3.9 89 Lô 5.9 3.3 5.5 4.3 Lô 6.2 3.0 4.8 4.5 Bài Thử kết phản ứng với lô loại vacxin chuột thí nghiệm thu số liệu sau: Mức độ phản ứng Nhẹ Trung bình Nặng Vacxin A 12 160 Vacxin B 15 139 Vacxin C 20 180 Vacxin D 29 185 Hãy đánh giá mức độ phản ứng thể với lô vacxin (α=0,05) Bài Để so sánh hai loại phân bón khác nhau, người ta trồng lúa hai ruộng, ruộng bón phân A, ruộng bón phân B Lúa trồng thời gian, mật độ, điều kiện nông hóa thổ nhưỡng, khác phân bón Kết thu hoạch lúa sau: Năng suất ruộng (tạ/ha) 3.4 Năng suất ruộng (tạ/ha) 5.8 4.4 5.2 5.1 3.4 3.1 4.2 6.3 6.1 5.9 5.4 5.0 4.5 6.7 4.9 4.8 5.3 Hãy cho biết phân bón loại tốt suất lúa hai ruộng có thực khác hay không? Bài 10 Khảo sát suất giống đậu tương, giống lặp lại thí nghiệm lần cách ngẫu nhiên hoàn toàn Kết ghi bảng Từ kết hãy: Kiểm tra xem suất giống đậu tương có phụ thuộc vào phẩm chất giống hay không? Vẽ biểu đồ biểu diễn suất giống đậu tương lần thí nghiệm Bảng 1: G1 G2 G3 G4 5.6 3.3 4.6 3.8 5.8 3.1 5.9 3.9 5.9 3.3 5.5 4.3 90 6.2 3.0 4.8 4.5 6.5 3.2 4.7 4.2 Bài 11 Thí nghiệm đánh giá khả cho sinh khối tươi chủng nấm men bánh mì nuôi môi trường khác cho bảng đây: Giống Giống Lặp lại 3 Giống Giống MT1 5.122 5.066 4.981 6.234 5.678 6.564 4.245 3.245 5.012 MT2 11.234 12.480 12.546 12.034 12.028 12.081 11.234 11.789 11.543 MT3 14.567 14.678 14.564 14.789 15.021 15.647 12.453 12.890 12.654 Hãy đánh giá xem chủng cho suất cao ứng với môi trường thích hợp Bài 12 Nghiên cứu nuôi cấy mô từ hạt phấn giống lúa môi trường cải tiến từ môi trường chuẩn, thí nghiệm lặp lại lần, người ta thu số tế bào mô sau: MT1 MT2 MT3 10 40 15 15 60 15 40 30 27 15 25 35 10 50 10 10 50 10 17 25 20 18 70 41 28 32 40 Hãy cho biết môi trường thích hợp thi nghiệm Bài 13 Nuôi 12 gà hai loại thức ăn A B khác Hai chế độ nuôi dưỡng cách tháng đủ để hết tác dụng chế độ nuôi trước Kết tăng trọng lượng (gam) trung bình gà trình bày bảng đây: Thức ăn A Thức ăn B 2.1 2.3 2.2 2.4 2.1 2.5 2.0 2.0 1.8 1.4 1.9 1.5 1.7 1.3 1.6 1.4 2.3 1.5 10 11 2.4 1.4 1.7 1.8 12 1.5 1.8 Hãy cho biết loại thức ăn tốt hơn, hai loại thức ăn có thực khác hay không? Nên chọn thức ăn để nuôi gà Bài 14 Nghiên cứu tốc độ sinh trưởng rau câu (X) theo tiêu hàm lượng phân vi lượng (Y), người ta thu kết sau: (Y) (X) 50 30 100 35 150 40 200 45 250 50 Hãy cho biết mối tương quan X Y Thiết lập phương trình hồi quy tuyến tính quan hệ Thể hình học quan hệ 91 300 55 350 60 Bài 15 Nghiên cứu chiều cao bạch đàn theo tháng tuổi lâm trường A, người ta thu số liệu sau: Tháng (X) Chiều cao (Y) 3.4 4.7 5.8 6.9 12.1 18.3 19.2 Hãy cho biết mối tương quan X Y; Thiết lập phương trình hồi quy tuyến tính quan hệ chiều cao theo tháng tuổi số liệu Thể biểu đồ quan hệ Bài 16 Nghiên cứu mối tương quan thời gian hoạt độ chế phẩm sinh học thu số liệu sau: Thời gian (X) Hoạt độ (Y) 11 13 15 Hãy cho biết mối tương quan X Y Thiết lập phương trình hồi quy tuyến tính quan hệ Thể hình học quan hệ Bài 17 Nuôi chủng vi sinh vật khác công thức thí nghiệm Kết cho bảng sau: (1-tốt; 0-xấu) Chủng CT1 CT2 CT3 1 1 1 Hãy kiểm tra xem công thức thí nghiệm có thực khác nuôi chủng vi sinh vật không? 92 ĐẠI HỌC …… TRƯỜNG ĐẠI HỌC………… Nguyễn ………… BÀI GIẢNG ỨNG DỤNG TIN HỌC TRONG SINH HỌC Việt Nam-2016 93 [...]... mk ∑ =n Trong đó, ni là ký hiệu tổng các tần số mẫu mang giá trị x i của thành phần X, mj ký hiệu tổng các tần số của mẫu mang giá trị yj của thành phần Y 2.2 HÀM THỐNG KÊ VÀ CÁCH SỬ DỤNG 2.2.1 Một số hàm thống kê thường dùng trong sinh học AVERAGE (n1, n2, ): tính trung bình cộng của các số n1, n2, COUNT (dc): đếm số các ô có dữ liệu loại số trong vùng dc COUNTA (dc): đếm các ô không rỗng trong vùng... Insert / Function - Trong hộp thoại Insert Function chọn hàm cần dùng - Trong hộp thoại Function Arguments, quét dữ liệu cần xử lý - Nhấn OK Ví dụ: Giả sử cần tính phương sai của các số trong vùng A2:A20 cần thực hiện như sau: - Chọn f(x) trên thanh công cụ hoặc chọn Insert / Function - Trong hộp thoại Insert Function chọn hàm VAR - Trong hộp thoại Function Arguments, quét dữ liệu trong vùng A2:A20 -... mục đích, ta chọn kiểu bảo vệ (Protection) phù hợp Trong các kiểu, người sử dụng đều nhập một mật khẩu bảo vệ và thiết lập các tùy chọn về quyền của người dùng trên các đối tượng được bảo vệ Cách 1: Chọn Tools→Protection→Protect Sheet→Nhập password Cách 2: File→Save as→Tools→General Options→Nhập password 12 CHƯƠNG II XỬ LÝ SỐ LIỆU TRONG NGHIÊN CỨU SINH HỌC 2.1 MỘT SỐ KHÁI NIỆM 2.1.1 Tổng thể nghiên cứu... ghi tên hàm - Quét dữ liệu vào sau tên hàm - Nhấn ENTER Ví dụ: Giả sử cần tính giá trị trung bình của các số trong vùng A2:A20 cần thực hiện như sau: Nhấn chuột vào ô A21, nhập dấu = AVERAGE(A2:A20) và nhấn ENTER, kết quả sẽ hiện ở ô A21 c Sử dụng tên hàm trong biểu thức 16 Có thể sử dụng tên hàm trong các biểu thức Ví dụ: Cột dữ liệu Lương ghi từ ô E2:E9 Để tính chênh lệch lương cao nhất với lương thấp... nghiệm được bố trí khác nhau về không gian, thời gian để có thể loại bỏ những tác dụng giống nhau như điều kiện môi trường, thổ nhưỡng, khí hậu, 2.3.1.1 Trường hợp hai mẫu độc lập Trong nghiên cứu sinh học, chúng ta thường so sánh hai môi trường nuôi cấy khác nhau, hai chế độ dinh dưỡng khác nhau, vì vậy cần phải chọn một trong hai giả thuyết Để kiểm tra và so sánh hai giả thuyết này cần đặt giả thiết... ảnh hưởng của hóa chất tới hàm lượng enzym trong máu? Bài giải: Vì số mẫu thí nghiệm lớn hơn 30 nên chọn phương pháp dùng z-Test: Two Sample for Means trong bảng Data analysis 27 Dùng hàm VAR tính phương sai của 2 mẫu kết quả được: Phương sai mẫu đối chứng bằng 0,0629 Phương sai mẫu thí nghiệm bằng 0,00508 Sử dụng z-Test: Two Sample for Means cho kết quả trong bảng sau: z-Test: Two Sample for Means... nhất trong vùng dc SMALL (dc,k): phần tử nhỏ thứ k trong vùng dc 15 STDEV (n1,n2, ): độ lệch tiêu chuẩn của dãy số n1, n2, VAR (n1,n2, ): phương sai của dãy số n1, n2, IF (Biểu thức logic, biểu thức 1, biểu thức 2): Hàm điều kiện, nếu biểu thức logic đúng thì thực hiện biểu thức 1, nếu biểu thức logic sai thì thực hiện biểu thức 2 SUM (n1,n2, ): cho giá trị tổng của dãy n1, n2, 2.2.2 Cách sử dụng. .. Z = 5,011 >1,96 nên bác bỏ giả thiết Ho, tức hàm lượng enzym trong máu của hai nhóm người trên thực sự khác nhau Vậy khi tiếp xúc trực tiếp với hóa chất diệt côn trùng ở trên sẽ làm tăng hàm lượng enzym trong máu 2.3.1.2 Trường hợp nhiều mẫu độc lập So sánh nhiều mẫu độc lập theo tiêu chuẩn phi tham số của Kruskal và Wallis - Điều kiện áp dụng: số mẫu n≥3, các đại lượng quan sát ở các mẫu là đại lượng... để hết tác dụng của chế độ nuôi trước Kết quả tăng trọng lượng (gam) trung bình của mỗi con gà được trình bày trong bảng dưới đây: Thức ăn A Thức ăn B 1 2.1 2.3 2 2.2 2.4 3 2.1 2.5 4 2.0 2.0 5 1.8 1.4 6 1.9 1.5 7 1.7 1.3 8 1.6 1.4 9 2.3 1.5 10 2.4 1.7 Hãy cho biết loại thức ăn nào tốt hơn, hai loại thức ăn này có thực sự khác nhau hay không? Nên chọn thức ăn nào để nuôi gà Bài giải: Sử dụng t-test:... χ 0,05 thì chấp nhận giả thiết Ho, bác bỏ đối thiết H1 Bài tập ví dụ: Nuôi 3 chủng vi sinh vật phân lập ở 3 môi trường khác nhau bởi 4 công thức thí nghiệm Kết quả cho trong bảng sau: Chủng 1 2 3 CT1 1 1 0 CT2 0 1 1 CT3 1 0 0 CT4 0 1 1 Hãy kiểm tra xem 4 công thức thí nghiệm có thực sự khác nhau khi nuôi 3 chủng vi sinh vật không? Bài giải: Tính tổng lo, lo^2, Gi, Gi^2 cho kết quả như bảng dưới đây: