Tài liệu hạn chế xem trước, để xem đầy đủ mời bạn chọn Tải xuống
1
/ 97 trang
THÔNG TIN TÀI LIỆU
Thông tin cơ bản
Định dạng
Số trang
97
Dung lượng
1,97 MB
Nội dung
I HC M THÀNH PH H CHÍ MINH oOo NG DNG K THUT SINH HC PHÂN T NH T BIN TRÊN GEN K-RAS: M PHÂN T GIÁN TIU TR UNI TRC TRÀNG MSSV: 1053012873 2014 gian - . DANH MC HÌNH: Hình 1.1. Th hin t l mc bnh và t l t vong trên toàn th gii [13] 04 05 Hình 1.3. T l mc các b bii trc tràng (màu vàng) nam gii trên th gii [13] 06 Hình 1.4. T l mc các b bii trc tràng (màu vàng) n gii trên th gii [13] 06 Hình 1.5. T l mc các b bii trc tràng (màu vàng) nam gii ti Vit Nam [13] 07 Hình 1.6. T l mc các b bii trc tràng (màu vàng) n gii ti Vit Nam [13] 07 Hình 1.7. Các loi thuu tr nh th EGFR [20] 12 Hình 1.8. EGFR 13 Hình 1.9. Cu trúc th th EGFR [37] 14 Hình 1.10. V trí gen K-Ras trên NST s 12 15 Hình 1.11. [4] 17 Hình 3.1. T l t bin ca by v trí ph bin trên gen K-ras ng s 34 Hình 3.2.K-rast bin trên gen (B) 36 Hình 3.3. V trí cp mi phn ng PCR khui exon 1 gen K-ras 42 Hình 3.4. V trí bt cp ca các mi (trong phn ng AS-PCR) và các mi/mu dò (trong phn ng AS Real-time PCR) 42 Kt qu PCR vi cp mi K-ras trên 2 mu bnh phm 9 và 16. Thang chun 100 bp 46 Hình 3.6. Kt qu DNA và n mi K-ras. Thang chun 100 bp. 47 Hình 3.7. Kt qup mi K-ras. Thang chun 100 bp. 48 Hình 3.8. Mt st bin phát hic bi trình t 49 Hình 3.9. Kt qu gii trình t codon 12 và 13 trên các mu 51 Hình 3.10. Mu 33 vi tín hiu nn b nhiu 51 Hình 3.11. Kt qu-PCR trên ba mu 18, 20 và 16. 55 Hình 3.12. Kt qu-PCR trên ba mn ng 75 V, thi gian 30 phút) 56 Hình 3.13. Kt qu-PCR trên ba mn dng 75 V, thi gian 50 phút) 56 Hình 3.14. Kt qu AS Real-time PCR phát hit bin G12A âm tính trên tt c các mu th nghim 57 Hình 3.15. Kt qu AS Real-u 1 và 16 57 DANH MC BNG: Bng 2.1. Thành phn phn ng PCR vi K-ras 24 Bng 2.2. Chu k nhit cho phn ng PCR vi K-ras 25 Bng 2.3. Thành phn phn ng Real time PCR vi mt bin 27 Bng 2.4. Chu k nhit cho phn ng Real time PCR vi mt bin 27 Bng 3.1. T l t bin gen K-ras trên i trc tràng 28 Bng 3.2. T l t bin gen EGFR trên các lo 30 Bng 3.3. Các loi mc s dng trong các tài liu tham kho 31 Bng 3.4. T l t bin by v trí ph bin trên gen K-ras 31 Bng 3.5. S c gch i) codon 12 và 13 dt bin 34 Bng 3.6. trên gen K-ras 35 Bng 3.7. Trình t và các thông s i ca IDT cho phn ng PCR khui exon 1 gen K-ras 39 Bng 3.8. Trình t và các thông s i ca IDT cho phn ng AS- PCR và AS Real-time PCR phát hit bin ni tri trên exon 1 gen K-ras 40 Bng 3.9. Ch s OD ca 3 mu 5, 16, 17 43 Bng 3.10. 45 Bng 3.11. Ký hit bin phát hic 51 Bng 3.12. Tng s t bin trên các mu 52 DANH MC CH VIT TT A : Adenine ANOVA : Analysis of value AS-PCR : Allele-specific Polymerase Chain Reaction AS-Real-Time PCR : Allele-specific Real Time Polymerase Chain Reaction ATP : Adenosine triphosphate ADP : Adenosine diphosphate BCR : Breakpoint cluster region BLAST : Basic Local Alignment Search Tool bp : base pair C : Cytosine COLD-PCR : Coamplification at Lower Denaturation temp PCR DNA : Deoxyribonucleic acid EDTA : Ethylenediaminetetraacetic acid EGF : Epidermal Growth Factor EGFR : Epidermal Growth Factor Receptor ErbB : V-erb-b2 erythroblastic leukemia viral oncogene hom- olog FISH : Fluorescent in situ hybridization G : Guanidine Grb2 : Growth factor receptor-bound protein 2 HRM : High Resolution Melting K-ras : Kirsten-ras/ V-Ki-ras2 Kirsten rat sarcoma viral oncogene homolog LNA-PCR : Locked nucleic acid PCR MAPK : Mitogen Activated Protein kinase MEK : Mitogen Activated Protein kinase kinase NCBI : National Center for Biotechnology Information OD : Optical Density PCR : Polymerase Chain Reaction PI3K : Phosphoinositide 3-Kinase RNA : Ribonucleic acid SDS : Sodium dodecyl sulfat SNP : Single-nucleotide polymorphism SSCP : Single-strand conformation polymorphism TE : Tris 0,1M - EDTA 0001M TGF- : Transforming Growth Factor- TKIs : Tyrosine Kinase Inhibitors Tm : Nhi nóng chy UTR : Untranlated region UV : Ultraviolet WHO : World Health Organization 65 67 46 1 1. 3 2. CANCER): 4 3. 8 4. . 9 4.1.V ca liu pháp nh 9 4.2.V thuu tr: 10 5. N: 12 6. EGFR: 12 7. K-ras: 15 8. --REAL-TIME PCR: 18 1. VT LIU 19 2. U 19 2.1.Khai thác d liu và kho sát in silico 19 2.2.Kho sát in vitro 21 PH 1. KT QU KHAI THÁC D LIU VÀ KHO SÁT IN SILICO 28 1.1 Khai thác d liu - Các lot bin trên gen K-ras 28 1.2.Kt qu kho sát in silico 36 2. KT QU THC NGHIM: 42 2.1.Tách chit DNA và kim tra DNA b gen sau tách chit: 42 u kin phn 46 2.3.Kt qu-gii trình t phát hit bin trên gen K-ras 48 2.4.Kt quAlelle-Specific PCR (AS-PCR) phát hit bin trên gen K-ras 54 1. KT LUN 59 2. 59 TÀI LIU THAM KHO 60 PH LM LÂM SÀNG VÀ GII PHU BNH CA 19 MU I TRC TRÀNG 65 PH LC 2: PHÂN TÍCH KT QU GII TRÌNH T CA 19 MI TRC TRÀNG VÀ 1 MU VÚ 67 [...]... lâm sàng trong vi c phát tri n các li u pháp th h m i ch 7 K-ras: Tham kh o t ngu n: http://ghr.nlm.nih.gov/gene /KRAS, gen K-ras mô t c Gen K-ras (V-Ki-ras2 Kirsten rat sarcoma viral oncogene hom- olog/ Kirsten-ras) n m trên NST s 12, v trí 12p12.1, mã hóa cho protein K- ras [46] Hình 1.10 V trí gen K-Ras trên NST s 12 Nhi u công trình nghiên c u trên th gi c th c hi n nh m phân tích tình tr ng gen K-ras... nhân sinh h c, ch ng h n nhi m trùng virus, vi khu n ho c ký sinh trùng theo WHO, ung vong và 7.6 2008, và các là nguyên nhân hàng ca ung vong 13% trong các ca vong) chính là: (1.370.000 vong) dày (736.000 vong) Gan (695.000 vong) tràng (608.000 Vú (458.000 C trên cung (275.000 vong) vong) vong) 3 Kho ng 70% c a t t c các ca t vong do ung nh p th p và trung bình c WHO d x y ra ng h p t vong t b nh ung. .. c tràng không th y thông s b Không nh ng có th phát hi c các lo i b ng, nên th c hi n n i soi i tràng bi n ch ng mà còn có th th c hi n sinh thi t các mô V i s phát tri n c a ngành sinh h c phân t pháp ch th trình t [19, 29] hóa mô mi n d ng d ng sinh h c phân t c phát tri n C t bi n trên các gen liên quan b ng PCR [5], gi i m tra phát hi n kháng nguyên b ng nh c giúp cho vi c phát hi n s chính xác. .. nhân N i tràng và c c t b , nó có t th H u h t các ung 4 i tr u xu t phát t tràng (g i tràng và tr c i tr c tràng) có th xâm l n và gây t n h i mô và n nh th i hay gan) S lan tràng c , tuy nhiên nó v ra b ph n khác c cg n nh i là i tr c tràng m c dù kh i u x y M u tr i tr c tràng là r t h n ch [17] .2 và 1.3 n 60% Â - 5 Hình 1.3 T l m c các b tr c tràng (màu vàng) Hình 1.4 T l m c các b tr c tràng (màu... bi n gen K-ras có ph n ng kém khi t bi n K-ras c cho là m u tr v i các thu c c ng h p xu t hi n s m 1 trong CRC và chi m kho ng 30-40 % [4] Nh t bi n ph bi n nh nh trong CRC x y ra trong exon 1 Nh ng kh i u mà có m exon 1 (codon 12 và/ho c 13) c a gen K-ras s u tr s d ng ch t c t bi n ng v c ch EGFR, bao g m cetuximab ho c pani- tumumab Nh ng thành t u trong nghiên c u k thu t sinh h c phân t i trong. .. ng m mv im c u tr b nh này , v i mong mu n ch t ng t u i tr c tràng tr li u pháp nh i c t bi n trên gen K-ras m t cách chi ti ra m t c th gi i công b qua nh ng áp i tr c tràng nh m xác b nh Vi ra kh t h u tr thích h p cho t ng b nh nhân c th giúp gi m th i u tr cho b nh nhân 2 1 T : [44] Ung phát sinh thành bào bào u là bào bình quá trình ung tác giai các các là u ác tính di thay này là và các tác nhân... chính xác cao i tr c tràng 8 4 : S phá v ng c at bào là trung tâm c a vi c d nb g nh n s phát tri i phân t - nguyên nhân d c ng thông tin tri n v ng v vi c M t trong nh u tr p lý và hi u qu u tr Thu t ng [35] li u pháp nh thu c ch c n m t th h m i c a c s n xu t nh m can thi p vào m c tiêu phân t c th ng là m c cho là có vai trò quan tr ng trong phát tri n sinh kh i u Vi nh các g d a trên m t s hi u bi... nam gi i trên th gi i [13] bi i n gi i trên th gi i [13] ,6 ,6 %) (Hình 1.4 và 1.5) 6 Hình 1.5 T l m c T l m c các b i tr c tràng (màu vàng) bi nam gi i t i Vi t Nam [13] Hình 1.6 T l m c các b nh ung th tr c tràng (màu vàng) bi i n gi i t i Vi t Nam [13] Các nguyên nhân [33] [14] - Polyp: c tính [17, 33] - 7 - -70, trong khi cá - Nh ng ph n t ng m ng tr c t cb - M t trong nh t bi i tr c tràng ng d... bi n x t ng gen này bi u hi n quá m c [17] 3 [17]: Xét nghi m máu ch phân: khi m c b i tràng ng s rò r máu ng phân và th i ra Xét nghi m máu trong phân có th s phát hi n cm ng nh các thành ph n máu, liên t c nhi u l n ki m tra n u cho th y k t qu ng t ch y máu mãn tính ki m tra có hay không s t n t i c a các kh Ch p X quang: Có th quan sát hình nh c h th ng tiêu hóa, c n ph i ng tiêu hóa i tràng, có... trên toàn th gi i 13,1 tri u vào 2030 và t l t vong trên toàn th gi i [13] 2 T (COLORECTAL CANCER): i tràng là ph n cu i c a ng tiêu hóa (t n cùng là h u môn) Kh tr c tràng phát tri n t niêm m c thành i i tr c tràng Nh ng kh i u lành c g i là polyp Kh i u ác tính c cg i tr c tràng [17] Nh ng kh i u polyp lành tính không th xâm l n vào nh ng mô lân c n và không th n nh Nh ng ng có th c t b d dàng trong . oOo NG DNG K THUT SINH HC PHÂN T NH T BIN TRÊN GEN K-RAS: M PHÂN T GIÁN TIU TR UNI TRC TRÀNG . Bng 3.1. T l t bin gen K-ras trên i trc tràng 28 Bng 3.2. T l t bin gen EGFR trên các lo 30 Bng 3.3. Các loi mc s dng trong các tài liu tham kho. 3.2. K-ras t bin trên gen (B) 36 Hình 3.3. V trí cp mi phn ng PCR khui exon 1 gen K-ras 42 Hình 3.4. V trí bt cp ca các mi (trong phn ng AS-PCR)