HƯỚNG dẫn ôn tập môn ỨNG DỤNG TIN học TRONG CÔNG NGHỆ SINH học (1)

Chung tay vì tƣơng lai- Biotech club in Hutech 2010 1 HƯỚNG DẪN ÔN TẬP MÔN ỨNG DỤNG TIN HỌC TRONG CÔNG NGHỆ SINH HỌC | 08DSH56-Hutech MỤC LỤC HƢỚNG DẪN ÔN TẬP MÔN ỨNG DỤNG TIN HỌC TRONG CÔNG NGHỆ SINH HỌC 3 BÀI TẬP QUY HOẠCH THỰC NGHIỆM 3 HƢỠNG DẪN GIẢI BÀI TẬP 3 1. Định dạng cột (định danh cột): 3 2. Trong phần mềm này có hai cách nhập dữ liệu 4 a. Data columns 4 b. Data code columns. 5 HƢỚNG DẪN GIẢI BÀI TẬP 6 I. SO SÁNH 2 MẪU 6 BÀI 1. 6 Bài 2. 12 BÀI 3: 15 II. THÍ NGHIỆM MỘT YẾU TỐ 16 2.1. Mẫu hoàn toàn ngẫu nhiên 1 yếu tố (completely Randomized Design _CRD). 16 Bài 11. 16 Bài 12: 20 2.2. Mẫu khối hoàn toàn ngẫu nhiên 1 yếu tố 22 Bài 51: 22 Bài 52 26 Bài 69 28 Bài 70: 31 Bài 71: 32 III. THÍ NGHIỆM 2 YẾU TỐ 34 3.1 Mẫu hoàn toàn ngẫu nhiên 2 yếu tố (Completely Randomized Design-CRD) 35 Bài 76: 35 Bài 78: 41 3.2 Mẫu khối hoàn toàn ngẫu nhiên 2 yếu tố (RCBD). 43 Bài 86: 43 Bài 87 57 3.3. kiểu bình phƣơng Latin 2 yếu tố ( Latin square Design – LS) 59 Bài 96 59 Chung tay vì tƣơng lai- Biotech club in Hutech 2010 2 HƯỚNG DẪN ÔN TẬP MÔN ỨNG DỤNG TIN HỌC TRONG CÔNG NGHỆ SINH HỌC | 08DSH56-Hutech BÀI 97. 60 IV. PHÂN TÍCH TƢƠNG QUAN HỒI QUY 64 Bài 98. Dạng hồi quy đơn giản chỉ có tƣơng quan của X và Y. 64 Tài liệu tham khảo 71 Chung tay vì tƣơng lai- Biotech club in Hutech 2010 3 HƯỚNG DẪN ÔN TẬP MÔN ỨNG DỤNG TIN HỌC TRONG CÔNG NGHỆ SINH HỌC | 08DSH56-Hutech HƢỚNG DẪN ÔN TẬP MÔN ỨNG DỤNG TIN HỌC TRONG CÔNG NGHỆ SINH HỌC BÀI TẬP QUY HOẠCH THỰC NGHIỆM HƢỠNG DẪN GIẢI BÀI TẬP Trong nhiều thời gian học tập chúng ta có gắng học tập để hoàn thành môn học một cách tốt nhất có thể. Để giúp các bạn ôn tập tốt hơn câu lạc bộ Biotech “Biotech club” xin giới thiệu với các bạn một tập tài liệu ôn tập khá đầy đủ về thực hành tin học ứng dụng trong công nghệ sinh học. Với bộ tài liệu này sẽ giúp các bạn ôn tập tốt hơn. Để vào nội dung chính chúng tôi xin giới thiệu sơ qua về phần mền Statgraphics plus. Một phần mềm khá thông dụng trong thống kê sinh học. Để các bạn làm tốt các bài tập có hai điều các bạn cần nhớ là: Định dạng cột(định nghĩa cột) và Cách nhập dữ liệu. Với các bƣớc phân tích thì các bạn có thể biết nhƣng cái quan trọng hơn nhƣng nhiều ngƣời thƣờng quên quan tâm là cách nhập dữ liệu 1. Định dạng cột (định danh cột): Sau khi khởi động Statgraphics plus. Ta ấn chuột trái vào col_1, sau đó ấn phím phải chuột đƣợc nhƣ bảng sau: Hình 1: Định dạng cột (định nghĩa cột) Chung tay vì tƣơng lai- Biotech club in Hutech 2010 4 HƯỠNG DẪN GIẢI BÀI TẬP | 08DSH56-Hutech Chọn MODIFY COLUMN…(nhƣ hình 1) Hình 2: Định nghĩa dạng cột. Sau khi định dạng cột xong ta nhập dữ liệu nhƣ excel. 2. Trong phần mềm này có hai cách nhập dữ liệu a. Data columns (đây là cách nhấp dữ liệu tƣơng tự nhƣ trong excel) Xem hình sau: (dữ liệu bài tập 1) Chung tay vì tƣơng lai- Biotech club in Hutech 2010 5 HƯỠNG DẪN GIẢI BÀI TẬP | 08DSH56-Hutech Hình 3 : Bảng dữ liệu mẫu (dữ liệu bài tập 1) b. Data code columns. ĐỊNH DẠNG CỘT vẫn nhƣ trên.(dữ liệu bài tập 1) Theo hình sau: Hình 4: Chọn kiểu dữ liệu nhập vào  chọn kiểu character (kiểu chuỗi). Với giống xoài (A, B) nên định dạng cột phải chọn character (CHECK THEO MŨI TÊN CHỈ) nhƣ hình 4. Thay vì mặc định là kiểu Numeric (số). Độ Brix định dạng tƣơng tự nhƣng chọn kiểu số: (CHECK THEO MŨI TÊN CHỈ) Hình 5: Chọn kiểu dữ liệu nhập vào  chọn kiểu numeric (kiểu số). Tiếp nhấn OK, và nhập dữ liệu vào. Chung tay vì tƣơng lai- Biotech club in Hutech 2010 6 HƯỚNG DẪN GIẢI BÀI TẬP | 08DSH56-Hutech Xem hình 6. Hình 6: Nhập theo kiểu Data code columns (dữ liệu bài 1) Giống A lặp lại 10 lần; giống B lặp lại 7. HƢỚNG DẪN GIẢI BÀI TẬP I. SO SÁNH 2 MẪU BÀI 1. Nhập dữ liệu nhƣ bảng sau vào phần mềm Statgraphics plus. Hình 7: Bảng dữ liệu bài 1 Lƣu dữ liệu lần 1. Với tên theo yêu cầu của thầy giáo (có thể là tên ngƣời làm) vào thƣ mục yêu cầu. Theo lệnh sau. Chung tay vì tƣơng lai- Biotech club in Hutech 2010 7 HƯỚNG DẪN GIẢI BÀI TẬP | 08DSH56-Hutech Hình 8: Cách lưu dữ liệu và kết quả. - Lƣu dữ liệu: File save save Data File (hoặc shift +f12) - Lƣu kết quả : File save save StaFilio (hoặc shift +f11) - Lƣu đồ thị: File save save StaGallery (hình ảnh). Để so sánh xem độ Brix trong hai mẫu nƣớc quả. Hỏi đã đầy đủ chứng cứ cho thấy sự khác biệt độ Brix giữa hai sản phẩm này chƣa? Lệnh so sánh nhƣ sau: Hình 9: Các bước so sánh trung bình 2 mẫu. - Bƣớc 1: Vào compare  two sample  two-sample comparison. Hiện cửa sổ Two sample comparison (bảng so sánh 2 đối tƣợng): Lưu dữ liệu Lưu dữ liệu Lưu đồ thị Chung tay vì tƣơng lai- Biotech club in Hutech 2010 8 HƯỚNG DẪN GIẢI BÀI TẬP | 08DSH56-Hutech Hình 10: Hộp thoại Two-Sample comparison. - Bƣớc 2 : chọn 2 đối tƣợng cần so sánh. chọn mẫu A vào simple 1 (hoặc ngƣợc lại) mẫu B vào simple 2. Bằng cách. Nháp chuột vào đối tƣợng A  nhấp mũi tên phía dƣới chữ sample 1; chọn đối tƣợng còn lại  nhấp chuột vào mũ tên thứ 2 phía dƣới sample 2. Xem hình 11. Hình 11 : chọn đối tượng so sánh Nhấn OK Ta nhận đƣợc bảng kết quả nhƣ hình 12 : Analysis Summary. Chung tay vì tƣơng lai- Biotech club in Hutech 2010 9 HƯỚNG DẪN GIẢI BÀI TẬP | 08DSH56-Hutech Hình 12 : Bảng Analysis Summary. Bƣớc 3 :Ta chọn Tabulor options để mở bảng (ô màu vàng mũi tên đang chỉ ở hình 12) Comparisons of means (bảng phân tích giá trị trung bình) và bảng Comparisons of Standard Deviations (bảng phân tích phƣơng sai). Bằng cách check vào ô vuông nhỏ phía trƣớc. Nhƣ hình sau. Nhấp OK Hình 13 : Bảng công cụ phân tích. Đối với những bài so sánh 2 đối tƣợng kiểu này hoặc nhiều hơn. Chúng ta chỉ quan tâm đến bảng Comparison of Standard Deviations (bảng phân tích phƣơng sai) và bảng Comparisons of means (bảng phân tích giá trị trung bình). Ta đƣợc bảng phân tích nhƣ trên hình 14. Chung tay vì tƣơng lai- Biotech club in Hutech 2010 10 HƯỚNG DẪN GIẢI BÀI TẬP | 08DSH56-Hutech Hình 14 : Các bảng phân tích. Để mở rộng cửa sổ qua tâm ta double click vào của sổ đó. Trong trình tự phân tích chúng ta cần quan tâm đến bảng Comparisons of Standard Deviations. Mở rộng bảng Comparisons of Standard Deviations (double click). Để so sánh các phƣơng sai. Chúng ta cần quan tâm đến P-value. Nếu P-value> mức ý nghĩa α ( mặc định α=0.05) chấp nhận Ho (chấp nhận giải thiết sigma1 = sigma2). Ngƣợc lại. Nếu Nếu P-value< mức ý nghĩa α bác bỏ H 0 . Tức sigma1 ≠ sigma2 (có thể lớn hơn hoặc nhỏ hơn). Trong bài này chúng ta chỉ quan tâm đến việc bằng hay không bằng của sigma1 và sigma2. Sau khi phân tích ta nhận đƣợc bảng Comparisons of Standard Deviations nhƣ 15. [...]... Hình 42: Công cụ phân tích OK Ta đƣợc bảng phân tích phƣơng sai sau: 24 HƯỚNG DẪN GIẢI BÀI TẬP | 08DSH56-Hutech Chung tay vì tƣơng lai- Biotech club in Hutech 2010 Hình 43: Bảng ANOVA của Độ Cứng Bánh bài 51 Ta đƣợc kết quả rút ra từ bảng phân tích phƣơng sai này: P-value của Loại đầu đo = 0,0004 0,05  sigma 1 = sigma 2 Ta đi so sánh 2 giá trị trung bình Chọn P-value nào nhỏ hơn ta lấy 14 HƯỚNG DẪN GIẢI BÀI TẬP | 08DSH56-Hutech... 48 : Bảng ANOVA 27 HƯỚNG DẪN GIẢI BÀI TẬP | 08DSH56-Hutech Chung tay vì tƣơng lai- Biotech club in Hutech 2010 - Kết luận: P-value của mật độ giống (yếu tố chính) =0,1128 > 0,05  Mật độ giống không ảnh hƣởng đến năng suất giống lúa IR Không cần mở bảng Multiple Range Tests làm gì nữa Trình bày kết quả Hình 49: Trình bày kết quả Lƣu kết quả 2.3 Kiểu bình phƣơng latin 1 yếu tố (latin Square Design LS)... đầu đo) = 0,1227> 0,05  các loại đầu do khác nhau đều cho kết quả nhƣ nhau (các loại đầu dò không ảnh hƣởng đến độ cứng của bánh).(chú ý khi 30 HƯỚNG DẪN GIẢI BÀI TẬP | 08DSH56-Hutech Chung tay vì tƣơng lai- Biotech club in Hutech 2010 - bảng ANOVA cho kết quả không có sự khác biệt của yếu tố chính thì không cần mở bảng Multiple Range Tests) Trình bày kết quả: Hình 57: Trình bày kết quả Lƣu kết quả... nhau) Và cũng so sánh với mức ý nghĩa α nhƣ trên 11 HƯỚNG DẪN GIẢI BÀI TẬP | 08DSH56-Hutech Chung tay vì tƣơng lai- Biotech club in Hutech 2010 - Còn nếu bài so sánh thì cần quan tâm đến 2 đối thiết (2) và (3) Còn yêu cầu giống hay khác nhƣ trong bài 1 này thì chúng ta chỉ quan tâm đến giải thiết và đối thiết (1) Tức chỉ xem là giống nhau hay khác nhau Không đề cập đến việc nhỏ hơn hay lớn hợn Còn để biết... toán có bảng Multiple Range Tests chỉ sử dụng bảng này cho những trƣờng hợp có sự khác biệt trong bảng ANOVA, còn không có sự khác biệt với giá trị P-value nào đó hơn 0,05 thì ta kết luận luôn không cần dùng bảng Multiple Range Tests, nhƣ thế là thừa Sau khi nhập dữ liệu xong ta lƣu lại một lần, sau khi phân tích kết quả xong ta lƣu thêm một lần nữa, để trình bày trong cùng một bảng dữ liệu ta lƣu lần... columns) 21 HƯỚNG DẪN GIẢI BÀI TẬP | 08DSH56-Hutech Chung tay vì tƣơng lai- Biotech club in Hutech 2010 - - Mỗi một thời gian nấu lập lại 5 lần, Lƣu dữ liệu Phân tích nhƣ bài 11, chúng ta cũng cần 2 bảng chính là bảng ANOVA và Bảng Multiple Range Tests Từ bảng ANOVA Hình 36: Bảng ANOVA của bài 11 Cho ta thấy P-value = 0,1890>0,05  thời gian nấu không ảnh hƣởng đến hàm lƣợng vitamin C trong thức ăn (không... Lƣu dữ liệu Phân tích Bảng ANOVA 31 HƯỚNG DẪN GIẢI BÀI TẬP | 08DSH56-Hutech Chung tay vì tƣơng lai- Biotech club in Hutech 2010 - - Hình 59: Bảng ANOVA Yếu tố chính là mức ô nhiễm: P-value = 0,8056 > 0,05  các mức ô nhiễm khác nhau không ảnh hƣởng đến sự phát triển của cây Tức sực phát triển của cây không phụ thuộc vào ảnh hƣởng của các mức ô nhiễm khác nhau (không cần khảo sát bảng multiple Range... liệu ta có bảng dữ liệu tƣơng tự nhƣ sau: 32 HƯỚNG DẪN GIẢI BÀI TẬP | 08DSH56-Hutech Chung tay vì tƣơng lai- Biotech club in Hutech 2010 Hình 61: Dữ liệu bài 71 - Lƣu dữ liệu Phân tích tƣơng tự câu 69, chọn kết quả nhƣ hộp thoại sau: và OK (yếu tố chính để ở trên) Hình 62: chọn đối tượng phân tích - Phân tích mở bảng ANOVA Kết quả nhƣ sau: 33 HƯỚNG DẪN GIẢI BÀI TẬP | 08DSH56-Hutech Chung tay vì tƣơng lai-... đầu đo), yếu tố nhiễu (khối), kết quả (độ cứng bánh) 16 hàng.(cho 16 ô dữ liệu) 22 HƯỚNG DẪN GIẢI BÀI TẬP | 08DSH56-Hutech Chung tay vì tƣơng lai- Biotech club in Hutech 2010 Hình 38: Dữ liệu bài 51(cách 1) HOẶC BẰNG CÁCH - Hình 39: Dữ liệu bài 51 (cách 2) NHƢNG VỚI CÁCH NÀO ĐI NỮA THÌ CHÚNG TA CẦN PHẢI CHÚ Ý ĐẾ DỮ LIỆU CỦA MÌNH TRƢỚC KHI PHÂN TÍCH Và lƣu ý trong dãy dữ liệu lúc nào cũng có yếu tố lặp . HƯỚNG DẪN ÔN TẬP MÔN ỨNG DỤNG TIN HỌC TRONG CÔNG NGHỆ SINH HỌC | 08DSH56-Hutech HƢỚNG DẪN ÔN TẬP MÔN ỨNG DỤNG TIN HỌC TRONG CÔNG NGHỆ SINH HỌC BÀI TẬP QUY HOẠCH THỰC NGHIỆM HƢỠNG DẪN. 2010 1 HƯỚNG DẪN ÔN TẬP MÔN ỨNG DỤNG TIN HỌC TRONG CÔNG NGHỆ SINH HỌC | 08DSH56-Hutech MỤC LỤC HƢỚNG DẪN ÔN TẬP MÔN ỨNG DỤNG TIN HỌC TRONG CÔNG NGHỆ SINH HỌC 3 BÀI TẬP QUY HOẠCH. phƣơng Latin 2 yếu tố ( Latin square Design – LS) 59 Bài 96 59 Chung tay vì tƣơng lai- Biotech club in Hutech 2010 2 HƯỚNG DẪN ÔN TẬP MÔN ỨNG DỤNG TIN HỌC TRONG CÔNG NGHỆ SINH HỌC | 08DSH56-Hutech