24 SỬ DỤNG CÁC ENZYME THÔNG DỤNG TRONG SINH HỌC PHÂN TỬ 1. ENZYME GIỚI HẠN (RESTRICTION ENZYME) 2. POLYMERASE (DNA, RNA) 3. NUCLEASE (DNase, RNase) 4. LIGASE 25 MOÄT SOÁ ENZYME GIÔÙI HAÏN (RE) 26 MOÄT SOÁ ENZYME GIÔÙI HAÏN (RE) 27 CÁC ENDO- & EXONUCLEASE Loại enzyme Cơ chất Vò trí nhận biết và cắt trên DNA, RNA 28 LẬP BA Û N Đ Ồ CẮ T GI Ơ Ù I HẠN (RESTRICTION MAP) Trình tự DNA cần nghiên cứu được cắt với nhiều RE, theo các tổ hợp cắt đơn, cắt phối hợp. Các sản phẩm cắt sau đó được phân tích bằng điện di và xử lý với các phần mềm vi tính để xây dựng bản đồ cắt giới hạn. 29 KỸ THUẬT DNASE I FOOTPRINTING : XÁC ĐỊNH TRÌNH TỰ CIS TRÊN DNA Một đọan DNA được đánh dấu phóng xạ ở một đầu 5’ và được ủ chung với các phân đoạn protein được xem là có tương tác với DNA này. Sau đó, tổ hợp được mang phân cắt bằng enzyme Dnase I. Nơi nào trên DNA có gắn protein, nơi đó sẽ được bảo vệ khỏi sự phân cắt này, và hình thành “dấu chân” (giếng 9-12 và O trên hình). Đó chính là trình tự CIS. Kích thước của trình tự có thể được nhận biết khi so sánh với thang DNA (M trên hình) 30 CÂU HỎI – PHẦN 3 1. Cách xây dựng bản đồ cắt hạn chế (restriction map) 2. Cách tiến hành phương pháp DNase Footprinting, ứng dụng của phương pháp 3. Ứng dụng của các nuclease : Nuclease S1, DNase I, RNase A, RNase H, 4. Ứng dụng của các polymerase : reverse transcriptase, DNA polymerase, SP6 RNA polymerase, Taq polymerase, DNA polymerase I, Terminal transferase 5. Ứng dụng của T4 polynucleotide kinase, của alkaline phosphatase . phối hợp. Các sản phẩm cắt sau đó được phân tích bằng điện di và xử lý với các phần mềm vi tính để xây dựng bản đồ cắt giới hạn. 29 KỸ THUẬT DNASE I FOOTPRINTING : XÁC ĐỊNH TRÌNH TỰ CIS TRÊN. “dấu chân” (giếng 9-1 2 và O trên hình). Đó chính là trình tự CIS. Kích thước của trình tự có thể được nhận biết khi so sánh với thang DNA (M trên hình) 30 CÂU HỎI – PHẦN 3 1. Cách xây dựng. (RESTRICTION ENZYME) 2. POLYMERASE (DNA, RNA) 3. NUCLEASE (DNase, RNase) 4. LIGASE 25 MOÄT SOÁ ENZYME GIÔÙI HAÏN (RE) 26 MOÄT SOÁ ENZYME GIÔÙI HAÏN (RE) 27 CÁC ENDO- & EXONUCLEASE Loại enzyme Cơ chất