TIN SINH HỌC BIOINFORMATICS pptx

KHAI THÁC DỮ LiỆU TRÊN MẠNG INTERNET - Nguyên tắc cơ bản về tìm kiếm thông tin trên Internet - Giới thiệu về CSDL sinh học lớn trên mạng Internet - Khai khác các phần mềm trực tuyến:

TIN SINH HỌC

BIOINFORMATICS

Giới thiệu môn học

GIỚI THIỆU CHUNG

1 KHAI THÁC DỮ LiỆU TRÊN MẠNG INTERNET

- Nguyên tắc cơ bản về tìm kiếm thông tin trên

Internet

- Giới thiệu về CSDL sinh học lớn trên mạng Internet

- Khai khác các phần mềm trực tuyến: Blast (tìm

kiếm trình tự tương đồng), ORFfinder (tìm khung đọc mở) của NCBI

2.LÀM QUEN MỘT SỐ CÔNG CỤ PHẦN MỀM PHÂN

TÍCH DNA, RNA, PROTEIN

Mục tiêu môn học

 Tự tìm tài liệu, các bài báo và công trình nghiên cứu về công nghệ sinh học nói chung từng chuyên ngành như CNSH nông nghiệp, CNSH y dược, CNSH môi trường nói riêng.

 Phân tích trình tự sinh học (DNA,RNA, protein, các cấu trúc sinh học) bằng các công cụ trực tuyến cũng như các phần mềm sinh học.

Bioinformatics là gì?

Bioinformatics là gì?

Là một lĩnh vực khá đặc biệt trong công nghệ sinh học

và sinh học hiện đại, Tin-Sinh học cũng cần có những công

cụ riêng phục vụ cho nhu cầu và sự phát triển của nó Những công cụ cơ bản có thể bao gồm:

- Máy tính

- Các thuật toán: Thống kê các số liệu thô, sự xắp xếp của mã trình tự

Cơ sở dữ liệu sinh học NCBI

120 quốc gia

Anh đã giải mã 30% bản đồ gene

Mỹ, Pháp, Đức, Nhật Bản Trung Quốc Các vi sinh vật khác: vi khuẩn, Virus…

Chuyển trình

tự Gene

Các ứng dụng của Tin sinh học

BẮT ĐẦU THÍ NGHIỆM

PHẦN MỀM

XÁC ĐỊNH LẠI

TỐI ƯU HÓA

THÔNG SỐ MÁY TÍNH

TIẾN HÀNH THÍ NGHIỆM

TỪ CÁC THÔNG

SỐ NÀY

Các ví dụ về mô hình máy tính

Ví dụ 1: Làm thế nào để chuyển gene vào vi sinh vật

Từ cơ sở dữ liệu-> thí nghiệm

(DNA club)

Ví dụ 2: Xét nghiệm huyết thống (NTSYSPC)

Số liệu DNA được phân tích khi thực hiện thí nghiệm

Các ứng dụng của Tin sinh học

 Nghiên cứu về chuỗi trình tự

 Nghiên cứu về bộ gene

 Nghiên cứu bằng sự tiến hoá của sinh học bằng máy tính

 Nghiên cứu đa dạng di truyền

 Nghiên cứu các đột biến của tế bào ung thư

 So sánh bộ gene

PHÂN TÍCH CƠ SỞ DỮ LIỆU

Phần mềm sinh học

1 Sản phẩm nghiên cứu từ nông nghiệp

2 Sản phẩm nghiên cứu từ thực phẩm

3 Sản phẩm

từ môi trường

Các kỹ thuật sinh học Khi làm thí nghiệm

BÀI 1: TÌM KIẾM CƠ SỞ DỮ

LIỆU TRÊN INTERNET

 Tìm kiếm thông tin trên Internet qua các công cụ

tìm kiếm

www.google.com www.altavista.com www.infoseek.com www.excite.com www.nlsearch.com

 Tìm kiếm thông tin qua cơ sỡ dữ liệu sinh học

- NCBI-Cơ sở dữ liệu của Mỹ

CÁC GIAO DIỆN CỦA CÁC CÔNG CỤ TÌM KIẾM

TÌM KIẾM CÁC THÔNG TIN TRÊN MẠNG INTERNET

Nguyên tắc

TÌM KIẾM CÁC THÔNG TIN TRÊN MẠNG INTERNET

1 XÁC ĐỊNH THÔNG TIN CẦN TÌM

Để có nhiều thông tin hơn, ta phải dịch nội dung chính của

vấn đề sang tiếng Anh vì dữ liệu trên internet là tiếng Anh

ví dụ: Đu đủ chuyển gen kháng virus

Transformation papaya viral resistance

2 XÁC ĐỊNH TỪ KHÓA

Để tìm kiếm thông tin chúng ta phải xác định một từ hay

một nhóm từ khóa mang nội dung chủ yếu hay quan trọng nhất của vấn đề quan tâm

TÌM KIẾM CÁC THÔNG TIN TRÊN MẠNG INTERNET

3 CHỌN CÔNG CỤ TÌM KIẾM

- Google Patent Search-Tìm kiếm bằng sáng chế

- Google Scholar-Công cụ tìm kiếm dành cho học

giả

- Google Books- công cụ tìm kiếm sách

4 LỌC THÔNG TIN

- Đọc lướt nhanh rồi đối chiếu với nội dung ta cần tìm

Nếu đúng là thông tin ta cần tìm thì lưu lại trang web

- Từ khóa càng chuyện biệt thì kết quả tìm kiếm càng

VÍ DỤ THỰC HÀNH TÌM KIẾM BẰNG GOOGLE

TÌM KIẾM THÔNG TIN NÂNG CAO TRÊN GOOGLE

-Acrobat -Power point

Ví DỤ THỰC HÀNH CÁC BƯỚC

TÌM KIẾM

BÀI TẬP

1 Hãy tìm những tài liệu về sự chuyển gene kháng virus ở

cây đu đủ bằng tạp chí chuyên ngành và google

Từ khóa: viral resistance, transformation, papaya)

2 Hãy tìm những công bố nghiên cứu về xác định giới tính

ở bò bằng kỹ thuật multiplex PCR

Từ khóa: Determination,sex, cattle, multiplex PCR

3 Hãy tìm những bài báo liên quan đến vấn đề chẩn đoán

CÔNG TRÌNH NGHIÊN CỨU VỀ SINH HỌC, CÔNG NGHỆ SINH HỌC

CÔNG TRÌNH NGHIÊN CỨU VỀ SINH HỌC, CÔNG NGHỆ SINH HỌC

Sinh học phân tử và tiến hóa :

TÌM KIẾM CÁC BÀI BÁO QUA TẠP CHÍ CHUYÊN NGÀNH

http://www.plantcell.org/search.dtl

TÌM KiẾM BÀI BÁO QUA CÁC TÀI LIỆU THAM KHẢO CỦA CÁC TẠP CHÍ CHUYÊN NGÀNH

 NCBI (National Center for Biotechnology

CƠ SỞ DỮ LIỆU NCBI

TÌM KIẾM CÁC BÀI BÁO QUA PUBMED

- Cơ sở dữ liệu

về các bài báo

y học, sinh học

- Tóm tắt

- Cơ sở dữ liệu

về các bài báo

y học, sinh học

Đánh từ

khóa

Chọn lọc thông tin

Thẻ Giới hạn phạm vi tìm kiếm

 [AB]: Tóm tắt - abstract

 [AU]: Tên tác giả - author name

Journal (ISSN)

 Để tìm chính xác các từ khóa, chúng ta có thể sử dụng toán

tử Boolean (AND, OR, NOT) và dùng thẻ (tag) trong ngoặc vuông ([]) đặt sau từ khóa để giới hạn phạm vi tìm kiếm từ khóa đó

 Ví dụ: “ DNA microarray” [ti] AND Curtis [au] 2002[dp]

nghĩa là: tìm bài báo có chữ DNA microarray ( trong tựa

đề bài báo) của tác giả Curtis năm 2002.

 Lưu ý: để tìm một cụm từ (phrase) thì chúng ta phải được đặt trong dấu ngoặc kép (“”) Entrez tự động hiểu có toán tử AND giữa các từ cách nhau bằng khoảng trắng (không nằm

Các toán tử trong tìm kiếm

 Toán tử Boolean (AND, OR, NOT) và dùng thẻ (tag) trong ngoặc

 Tìm kiếm các cụm từ để các cụm từ trong dấu ngoặc kép

“cụm từ”

 Khoảng cách giữa hai từ hiểu là And ( ví dụ :

H5N1 H1N1)

KHI THỰC HIỆN TÌM KIẾM TRONG PUBMED

CÁC TOÁN TỬ PHẢI ĐÚNG

THEO QUI ĐỊNH

TÌM KiẾM CÁC BÀI BÁO QUA CÁC

TÀI LIỆU THAM KHẢO

CÁC TOÁN TỬ PHẢI ĐÚNG

THEO QUI ĐỊNH

TOÀN BÀI BÁO

TÌM KiẾM THÔNG TIN TRONG GOOGLE

VÀ NCBI CÓ GÌ KHÁC

GOOGLE là tìm kiếm những thông tin nhập vào

sau đó trả lại những liên kết đến các trang web liên quan

Pubmed trong NCBI: tìm kiếm những bài báo về Y- sinh học và các lĩnh vực sinh học khác

TÓM TẮT NỘI DUNG ĐÃ HỌC

NGÀNH

BÀI TẬP

Thực hành

Sinh viên thực hành tìm bài báo có tựa đề bằng công cụ pubmed:

 “Cloning and characterization of two promoters

for the human HsaI 2 gene and their transcriptional repression by the Wilms tumor suppressor gene

product”

 Tác giả:

Ma Y, Li D, Chai L, Luciani AM, Ford D, Morgan J,

Maizel AL

BÀI TẬP

Trong trang PubMed, thử tìm và phân biệt hai

trường hợp khi tìm bài báo với yêu cầu là LT AND gene và “LT gene” ( trong ngoặc kép).

Câu hỏi: Số bài tìm được của mỗi cách là bao

nhiêu?

Có gì khác nhau giữa hai cách tìm này?