TIN SINH HỌC BIOINFORMATICS pptx

TIN SINH HỌC BIOINFORMATICS Giới thiệu môn học Gi i thi u môn h cớ ệ ọ 2 GIỚI THIỆU CHUNG 1. KHAI THÁC DỮ LiỆU TRÊN MẠNG INTERNET - Nguyên tắc cơ bản về tìm kiếm thông tin trên Internet - Giới thiệu về CSDL sinh học lớn trên mạng Internet - Khai khác các phần mềm trực tuyến: Blast (tìm kiếm trình tự tương đồng), ORFfinder (tìm khung đọc mở) của NCBI 2.LÀM QUEN MỘT SỐ CÔNG CỤ PHẦN MỀM PHÂN TÍCH DNA, RNA, PROTEIN - Clustalx; TreeView - DNA club; NTSYSPC - Plasdraw; Chromas Mục tiêu môn học  Tự tìm tài liệu, các bài báo và công trình nghiên cứu về công nghệ sinh học nói chung từng chuyên ngành như CNSH nông nghiệp, CNSH y dược, CNSH môi trường nói riêng.  Phân tích trình tự sinh học (DNA,RNA, protein, các cấu trúc sinh học) bằng các công cụ trực tuyến cũng như các phần mềm sinh học. Gi i thi u môn h cớ ệ ọ 3 Bioinformatics là gì? Gi i thi u môn h cớ ệ ọ 4 Bioinformatics là gì? Là một lĩnh vực khá đặc biệt trong công nghệ sinh học và sinh học hiện đại, Tin-Sinh học cũng cần có những công cụ riêng phục vụ cho nhu cầu và sự phát triển của nó. Những công cụ cơ bản có thể bao gồm: - Máy tính - Các thuật toán: Thống kê các số liệu thô, sự xắp xếp của mã trình tự - Các công cụ, phần mềm (software) - Internet Gi i thi u môn h cớ ệ ọ 5 Gi i thi u môn h cớ ệ ọ 6 Internet Cơ sở dữ liệu sinh học NCBI 120 quốc gia Anh đã giải mã 30% bản đồ gene Mỹ, Pháp, Đức, Nhật Bản Trung Quốc Các vi sinh vật khác: vi khuẩn, Virus… Xây dựng, bổ sung, tổ chức quản lý khai khác cơ sở dữ liệu (database - cơ sở dữ liệu) đa dạng, toàn diện trên quy mô toàn cầu về công nghệ sinh học. Chuyển trình tự Gene Các ứng dụng của Tin sinh học Gi i thi u môn h cớ ệ ọ 7 BẮT ĐẦU THÍ NGHIỆM PHẦN MỀM XÁC ĐỊNH LẠI TỐI ƯU HÓA THÔNG SỐ MÁY TÍNH TIẾN HÀNH THÍ NGHIỆM TỪ CÁC THÔNG SỐ NÀY Các ví dụ về mô hình máy tính Ví dụ 1: Làm thế nào để chuyển gene vào vi sinh vật Từ cơ sở dữ liệu-> thí nghiệm (DNA club) Ví dụ 2: Xét nghiệm huyết thống (NTSYSPC) Số liệu DNA được phân tích khi thực hiện thí nghiệm Gi i thi u môn h cớ ệ ọ 8 Các ứng dụng của Tin sinh học  Nghiên cứu về chuỗi trình tự  Nghiên cứu về bộ gene  Nghiên cứu bằng sự tiến hoá của sinh học bằng máy tính  Nghiên cứu đa dạng di truyền  Nghiên cứu các đột biến của tế bào ung thư  So sánh bộ gene Gi i thi u môn h cớ ệ ọ 9 PHÂN TÍCH CƠ SỞ DỮ LIỆU Gi i thi u môn h cớ ệ ọ 10 Phần mềm sinh học 1. Sản phẩm nghiên cứu từ nông nghiệp 2. Sản phẩm nghiên cứu từ thực phẩm 3. Sản phẩm từ môi trường vv… Các kỹ thuật sinh học Khi làm thí nghiệm [...]... môn học 20 CÔNG TRÌNH NGHIÊN CỨU VỀ SINH HỌC, CÔNG NGHỆ SINH HỌC Về động vật học: http://jas.fass.org/search.dtl Chẩn đoán phân tử : http://jmd.amjpathol.org/search.dtl Virus học: http://jvi.asm.org/search.dtl Sinh lý thực vật : http://www.plantphysiol.org/search.dtl Tế bào thực vật : http://www.plantcell.org/search.dtl Giới thiệu môn học 21 CÔNG TRÌNH NGHIÊN CỨU VỀ SINH HỌC, CÔNG NGHỆ SINH HỌC Sinh học. .. http://www.medscape.com  BioMedNet http://www.bmn.com Giới thiệu môn học 27 CƠ SỞ DỮ LIỆU NCBI Giới thiệu môn học 28 TÌM KIẾM CÁC BÀI BÁO QUA PUBMED - Cơ sở dữ liệu về các bài báo y học, sinh học - Tóm tắt - Cơ sở dữ liệu về các bài báo y học, sinh học - Tóm tắt Giới thiệu môn học 29 Đánh từ khóa Giới thiệu môn học 30 Chọn lọc thông tin Giới thiệu môn học 31 Thẻ Giới hạn phạm vi tìm kiếm           [AB]:... kiếm thông tin trên Internet qua các công cụ tìm kiếm www.google.com www.altavista.com www.infoseek.com www.excite.com www.nlsearch.com  Tìm kiếm thông tin qua cơ sỡ dữ liệu sinh học - NCBI-Cơ sở dữ liệu của Mỹ - EMBL-Cơ sở dữ liệu Châu âu  Giới thiệu môn học 11 CÁC GIAO DIỆN CỦA CÁC CÔNG CỤ TÌM KIẾM Giới thiệu môn học 12 TÌM KIẾM CÁC THÔNG TIN TRÊN MẠNG INTERNET Nguyên tắc Giới thiệu môn học 13 TÌM... trang web - Từ khóa càng chuyện biệt thì kết quả tìm kiếm càng gần với thông tin ta quan tâm Giới thiệu môn học 15 VÍ DỤ THỰC HÀNH TÌM KIẾM BẰNG GOOGLE Giới thiệu môn học 16 Giới thiệu môn học 17 TÌM KIẾM THÔNG TIN NÂNG CAO TRÊN GOOGLE -Acrobat -Power point Giới thiệu môn học 18 Ví DỤ THỰC HÀNH CÁC BƯỚC TÌM KIẾM Giới thiệu môn học 19 BÀI TẬP 1 Hãy tìm những tài liệu về sự chuyển gene kháng virus ở cây... Nghiên cứu về acid nucleic: http://nar.oupjournals.org/search.dtl Giới thiệu môn học 22 TÌM KIẾM CÁC BÀI BÁO QUA TẠP CHÍ CHUYÊN NGÀNH http://www.plantcell.org/search.dtl Giới thiệu môn học 23 TÌM KiẾM BÀI BÁO QUA CÁC TÀI LIỆU THAM KHẢO CỦA CÁC TẠP CHÍ CHUYÊN NGÀNH Giới thiệu môn học 24 Giới thiệu môn học 25 Giới thiệu môn học 26 NCBI (National Center for Biotechnology Information) http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?... Trasformation papaya, viral resistance Giới thiệu môn học 14 TÌM KIẾM CÁC THÔNG TIN TRÊN MẠNG INTERNET 3 CHỌN CÔNG CỤ TÌM KIẾM - Google Patent Search-Tìm kiếm bằng sáng chế - Google Scholar-Công cụ tìm kiếm dành cho học giả - Google Books- công cụ tìm kiếm sách 4 LỌC THÔNG TIN - Đọc lướt nhanh rồi đối chiếu với nội dung ta cần tìm Nếu đúng là thông tin ta cần tìm thì lưu lại trang web - Từ khóa càng... INTERNET Nguyên tắc Giới thiệu môn học 13 TÌM KIẾM CÁC THÔNG TIN TRÊN MẠNG INTERNET 1 XÁC ĐỊNH THÔNG TIN CẦN TÌM Để có nhiều thông tin hơn, ta phải dịch nội dung chính của vấn đề sang tiếng Anh vì dữ liệu trên internet là tiếng Anh ví dụ: Đu đủ chuyển gen kháng virus Transformation papaya viral resistance 2 XÁC ĐỊNH TỪ KHÓA Để tìm kiếm thông tin chúng ta phải xác định một từ hay một nhóm từ khóa mang... trong dấu ngoặc kép) Giới thiệu môn học Các toán tử trong tìm kiếm  Toán tử Boolean (AND, OR, NOT) và dùng thẻ (tag) trong ngoặc  Tìm kiếm các cụm từ để các cụm từ trong dấu ngoặc kép “cụm từ”  Khoảng cách giữa hai từ hiểu là And ( ví dụ : H5N1 H1N1) And Giới thiệu môn học 34 KHI THỰC HIỆN TÌM KIẾM TRONG PUBMED CÁC TOÁN TỬ PHẢI ĐÚNG THEO QUI ĐỊNH Giới thiệu môn học 35 TÌM KiẾM CÁC BÀI BÁO QUA CÁC... phát hành của tạp chí [IS]: International Standard Serial Number of Journal (ISSN) [LA]: Ngôn ngữ của bài báo – language [PG]: Số trang – page number [TI]: Tựa đề - title word [VI]: Tập (số) – volume học 32 Giới thiệu môn  Để tìm chính xác các từ khóa, chúng ta có thể sử dụng toán tử Boolean (AND, OR, NOT) và dùng thẻ (tag) trong ngoặc vuông ([]) đặt sau từ khóa để giới hạn phạm vi tìm kiếm từ khóa... TRONG PUBMED CÁC TOÁN TỬ PHẢI ĐÚNG THEO QUI ĐỊNH Giới thiệu môn học 35 TÌM KiẾM CÁC BÀI BÁO QUA CÁC TÀI LIỆU THAM KHẢO CÁC TOÁN TỬ PHẢI ĐÚNG THEO QUI ĐỊNH Tạo liên kết với các bài báo khác Giới thiệu môn học 36 . tự sinh học (DNA,RNA, protein, các cấu trúc sinh học) bằng các công cụ trực tuyến cũng như các phần mềm sinh học. Gi i thi u môn h cớ ệ ọ 3 Bioinformatics là gì? Gi i thi u môn h cớ ệ ọ 4 Bioinformatics. cớ ệ ọ 4 Bioinformatics là gì? Là một lĩnh vực khá đặc biệt trong công nghệ sinh học và sinh học hiện đại, Tin- Sinh học cũng cần có những công cụ riêng phục vụ cho nhu cầu và sự phát triển của. TIN SINH HỌC BIOINFORMATICS Giới thiệu môn học Gi i thi u môn h cớ ệ ọ 2 GIỚI THIỆU CHUNG 1. KHAI THÁC DỮ LiỆU TRÊN MẠNG INTERNET - Nguyên tắc cơ bản về tìm kiếm thông tin trên Internet