2.1. Phân tích acid nucleic: Ứng dụng của kỹ thuật phân tích PFGE: Kỹ thuật PFGE đã được sử dụng cho nghiên cứu trên nhiều đối tượng khác nhau (xem bảng 1.3). Bảng 1.3. Minh hoạ các chủng vi sinh vật được phân tích dựa trên kết quả PFGE thu được từ các đoạn nhiễm sắc thể. Vi sinh vật nghiên cứu Tài liệu tham khảo 1. Acinetobacter baumannii 2. Brucella spp 3. Campylobacter hyointestinalis 4. Campylobacter jejuni Gouby et al (1992) Allardet, Servent et al (19980 Salama et al (1992) 5. CADNida arabicans 6. CADNida prapsilosis 7. Coxiella burnettii 8. Enterobacter cloacae 9. Enterococcus faecium 10. Escherichia coli 11. Listeria monocytogenees 12. Leptospira spp 13. Mycobacterium Yan et al (1991) Vasquez et al (1991) Carruba et al (1991) Heizen et al (1990) Haertl ADN BADNlow (1993) MirADNa et al (1991) Bohm tuberculosis 14. Neisseria meningitidis 15. Psedomonas aeruginosa 16. Shigella spp 17. Staphylococcus aureus 18. Streptococci ssp ADN Karch (1992) Brosch et al (1991) Herrmann et al (1992) Zhang et al (1992) Bygraves ADN Maiden (1992) Boukadida et al (1987) Sodati ADN Piffaretti (1991) Prevost et al (1992) Single ADN Martin (1992) Mỗi một đối tượng có đặc trưng riêng về kết quả phân tích PFGE và được dùng cho nghiên cứu so sánh với nhau về sự tương đồng. Đối với nhiều đối tượng có nhiễm sắc thể thì không nhất thiết phải thực hiện đối với mọi nhiễm sắc thể mà chỉ cần trên một số nhiễm sắc thể mà thôi. Ví dụ trong trường hợp của C.albicans Monod (1990) chỉ cần thực hiện phép phân tích với một trong 4 tổ hợp của một số nhiễm sắc thể là đủ. Cho dù theo các cách chuẩn bị nhiễm sắc thể khác nhau thì kết quả của phép phân tích PFGE đều giống nhau. Phép phân tích PFGE được ứng dụng cho các nghiên cứu ở mức độ loài với loài. Một số điểm cần lưu ý khi sử dụng kỹ thuật PFGE: + Kỹ thuật này đòi hỏi phải có trang thiết bị chuyên dụng, kỹ thuật cũng như kinh nghiệm vì việc tách nhiễm sắc thể đôi khi gặp khó khăn trên một số đối tượng vi sinh vật. + Kỹ thuật PFGE không đủ nhạy để phát hiện những sai khác nhỏ giữa các mẫu, đặc biệt khi thực hiện với một enzym thì kết quả có thể giống nhau nhưng không chắc chắn là hai mẫu giống nhau hoàn toàn. Điều đó có nghĩa là kỹ thuật này nên dùng để xác định sự khác nhau còn việc xác định sự giống nhau thì không đủ tin cậy. Tuy nhiên ngay cả khi xác định sự khác nhau đôi khi các mẫu có plasmid nhỏ hay thực khuẩn thể cũng cần xét đến vì chính nguồn ADN này cũng tạo ra những sai khác giả. + Sự khác biệt giữa các mẫu có thể phát hiện được khi dùng các enzym cắt hạn chế khác nhau. Tóm tắt: Phương pháp phân tích plasmid là phương pháp được dùng phổ biến trong các phòng thí nghiệm chuẩn đoán vi sinh vật. Việc kết hợp giữa phân tích plasmid với sử dụng enzym cắt hạn chế sẽ tạo được sự phân tích chính xác với các thông tin đáng tin cậy đối với các mẫu phân tích. Tuy nhiên, khi phân tích các mẫu dựa trên plasmid thì cần lưu ý là các plasmid có thể bị mất qua các thế hệ phân chia, dẫn đến sai lệch các kết quả nghiên cứu. Khi thực hiện phép phân tích PFGE với các plasmid lớn sẽ khắc phục được hạn chế của các phép phân tích hiện tại với plasmid nhỏ như trên. Phương pháp PFGE hiện đang được dùng rộng rãi tại các phòng thí nghiệm vi sinh vật, áp dụng trên các đối tượng dễ nuôi cấy có thể cho các kết quả tốt hơn nhưng hạn chế về giá thành thiết bị cũng như yêu cầu cao về kỹ thuật và kinh nghiệm. Mặt khác khi sử dụng các enzym cắt hạn chế hiếm có thể sẽ khó phát hiện được mức độ sai khác. Như vậy sự kết hợp giữa các phép phân tích plasmid, PFGE và lai ADN sẽ cho kết quả tin cậy hơn. Vietsciences- Dương Văn Hợp, Nguyễn Lân Dũng . nhau (xem bảng 1.3). Bảng 1.3. Minh hoạ các chủng vi sinh vật được phân tích dựa trên kết quả PFGE thu được từ các đoạn nhiễm sắc thể. Vi sinh vật nghiên cứu Tài liệu tham khảo 1. Acinetobacter. phân tích plasmid là phương pháp được dùng phổ biến trong các phòng thí nghiệm chuẩn đoán vi sinh vật. Vi c kết hợp giữa phân tích plasmid với sử dụng enzym cắt hạn chế sẽ tạo được sự phân. thiết bị chuyên dụng, kỹ thuật cũng như kinh nghiệm vì vi c tách nhiễm sắc thể đôi khi gặp khó khăn trên một số đối tượng vi sinh vật. + Kỹ thuật PFGE không đủ nhạy để phát hiện những