Cách sử dụng phần mềm ChemOffice 2008

Để tiện cho việc theo dõi và thao tác, tạm thời qui ước như sau: Click chuột: click chuột trái một lần, double click: click liên tiếp chuột trái hai lần, click phải: click chuột phải một lần A. Giới thiệu: ChemDraw Ultra là phần mềm viết và xử lý công thức các chất hóa học tương đối mạnh, là một phần trong bộ CS ChemOffice của Cambridge Soft, gồm: + ChemDraw: chương trình viết công thức hóa học trên mặt phẳng (công thức 2D) tương đối hoàn chỉnh với nhiều công cụ tiện dụng. + Chem3D: chương trình chuyển công thức phẳng thành công thức cấu tạo lập thể trong không gian 3 chiều (công thức 3D) + ChemFinder: chương trình tìm kiếm thông tin về các chất hóa học và phản ứng hóa học. + ChemInfo: chương trình lưu trữ các thông tin có liên quan đến các chất hóa học và phương trình phản ứng hóa học được cấp sẵn hoặc tự tạo. B. Cài đặt Bước 1. Double click vào biểu tượng để bắt tiến hành cài đặt, khi đó xuất hiện cửa sổ đầu tiên Bước 2. Chọn Next để tiếp tục - 1 - Bước 3. Chọn “Accept ther terms in the license agreement” Bước 4. Điền vào bản đăng ký theo mẫu Đây là phần mềm bán có bản quyền, vì vậy để sử dụng hợp pháp, hãy đăng kí mua bản quyền tại www.cambridgesoft.com. Với khả năng tài chính không cho phép và chỉ sử dụng cho mục đích giáo dục, có thể sử dụng: Số Serial number: 7654321 Registration: VLPG- CG5O-5K22-VKVK-RF - 2 - Chú ý: Cần phải nhập đầy đủ Serial number và Registration rồi mới nhấn Next, nếu không khi Back lại để nhập chương trình sẽ không chấp nhận. Khi đó phải tiến hành cài đặt từ đầu Bước 5. Chọn Next để tiếp tục Bước 6. Chọn Install - 3 - Bước 7. Chương trình sẽ được cài đặt vào máy Bước 8. Nhấn Finish để kết thúc quá trình cài đặt - 4 - B. Khởi động chương trình: Chọn Start \ Program \ ChemOffice 2004 \ ChemDraw Ultra 8.0 Màn hình làm việc của chương trình sẽ xuất hiện - 5 - - Sau khi cài đặt, chương trình cũng sẽ tự động add thêm thanh công cụ vào cửa sổ của chương trình Microsoft Word như thế này: C. Sử dụng I. Giới thiệu các thanh công cụ: - Sau khi cài đặt ChemDraw Ultra và chạy chương trình này, sẽ xuất hiện màn hình với menu và các công cụ chính như sau: - Bảng công cụ chính chứa những công cụ liên kết dưới đây: - 6 - Thanh Menu lƯnh Thanh tiªu ®Ị Thanh trỵt däc Thanh trỵt ngang Thanh c«ng cơ Mµn h×nh soan th¶o Solid bond: Liên kết (vách liên tục) Multibond: Liên kết đôi Dashed bond: Liên kết (vách đứt đoạn) Hashed bond: Liên kết không xác đònh Hashed wedge bond: Liên kết có hướng Bold wedge bond: Liên kết đám phía trước Hollow wedge bond: Liên kết đám (phía sau) Hollow wedge bond: Liên kết có hướng, trống Dative bond: Liên kết cho nhận Wavy bond: Liên kết không xác đònh (có dạng sóng) Lasso: Chọn tùy ý từng phần hoặc toàn bộ phân tử để copy Structure Perspective: Xoay phối cảnh cấu trúc phân tử (ở những góc nhìn khác nhau) Marquee: Chọn vùng Eraser: Công cụ xóa Text: Gõ văn bản hoặc kí hiệu nguyên tố Pen: Công cụ vẽ đường cong tùy ý Arrow: Vẽ mũi tên trong phương trình hóa học Orbital: Vẽ Orbital Drawing Element: Công cụ vẽ, dùng để vẽ những hình sau: Brackets: Vẽ dấu ngoặc vuông Chemical symbols: Những ký hiệu dùng trong hóa học. Templates: Các mẫu (công thức) - Click chuột vào mục Templates khi bạn cần dùng đến các mẫu sau đây: Aromatics (các vòng thơm), Bicyclics (các vòng xiclo 3, 4,5,…), Clipware (các mẫu bình cầu, ống nghiệm,…) - 7 - Maãu Aromatics Maãu Bicyclics - 8 - Mẫu Clipsware phần 1 Mẫu Clipsware phần 2 II. Cách sử dụng các công cụ trong ChemDraw: Lưu ý: ChemDraw Ultra cho phép khi gõ tên theo IUPAC (hoặc một số tên thông thường) của một chất, chương trình sẽ xử lý và chuyển ngay thành công thức cấu tạo phẳng Công thức cấu tạo phẳng viết trong ChemDraw Ultra có thể chuyển thành công thức cấu tạo lập thể trong CS Chem 3D với nhiều tính năng hơn so với ISI/Draw, ACD 3D Viewer và ChemWindows. - 9 - Ví dụ: Viết công thức cấu tạo của Methane (CH 4 ) B1. Chọn menu Edit/ Insert Name as Structure B2. Xuất hiện cửa sổ Insert Structure, gõ vào khung hộp thoại tên IUPAC hoặc tên thường của hóa chất. Trong trường hợp này, nếu bạn gõ metan thì chương trình không hiểu mà nên dùng methane. B3. Chương trình sẽ hiển thò công thức cấu tạo phẳng của hợp chất. Bạn cũng có thể chuyển thành mô hình phân tử 3D trong Chem 3D (xem hướng dẫn ở phần sau). H CH H H 1. Cách vẽ liên kết trong phân tử: Bạn có thể sử dụng bảng MultiBond để tạo ra những liên kết đa dưới đây: - Liên kết đôi: có 3 cách để vẽ một liên kết đôi: + Dùng công cụ Double bond + Click chuột thêm 1 lần lên liên kết đơn + Click chuột phải (right click) lên liên kết đơn rồi chọn Double rồi Plain trong bảng sau: - 10 - [...]... Ultra 2008 (version 11.0) ChemOffice Ultra 2008 (version 11.0) là bộ tiện ích hóa học và sinh học tuyệt đỉnh được thiết kế để đáp ứng những nhu cầu của các nhà hóa học ChemOffice Ultra cho phép các nhà nghiên cứu theo dõi công việc hiệu quả, hiểu sâu hơn các công trình, các cấu trúc hóa học tương quan, và cho hoàn thành các bản báo cáo chuyên nghiệp và hiệu quả hơn bao giờ hết ChemOffice 11.0 là bộ phần. .. ChemDraw và Chem3D, cũng như cơ sở dữ liệu ChemINDEX (Index, RXN, NCI & AIDS) và một đăng kí 1 năm dòch vụ ePub ChemOffice Ultra bổ sung các giao diện ChemFinder Ultra, CombiChem/Excel, Chem3D cho Schrưdinger’s Jaguar và Gaussian, GAMESS, và một năm đăng kí dòch vụ ePub vào bộ phần mềm ChemOffice Pro 2008 • ChemBioDraw Ultra 11.0 Tiêu chuẩn không thể thiếu cho các bức vẽ hóa học và sinh học, gồm các proton... nghiệp và hiệu quả hơn bao giờ hết ChemOffice 11.0 là bộ phần mềm mạnh mẽ, bao gồm ChemDraw, Chem3D, ChemFinder và ChemACX cho các nhà hóa học; BioOffice, BioAssay, BioViz, và BioDraw cho các nhà sinh học; Inventory, ENotebook và The Merck Index cho các nhà nghiên cứu khoa học ChemOffice và BioOffice tương thích với mọi Windows Bộ phần mềm hóa học tuyệt vời bao gồm ChemBioDraw Ultra 11.0, MestReC Std,... - 18 - Cách 2: Chọn biểu tượng liên kết đôi trên thanh công cụ sau đó đưa ra ngoài màn hình, giữ và di chuột trái b) Với những phân tử phức tạp, thực hiện theo các bước Bước 1: Dùng chương trình ChemDraw Ultra 8.0 để vẽ công thức dạng 2D Bước 2: Copy phân tử vừa vẽ từ ChemDraw và Paste vào Chem 3D để hiển thò phân tử dạng 3D - 19 - - 20 - Giới thiệu ChemOffice Ultra Ultra 2008 (version 11.0) ChemOffice. .. Ultra 11.0 Ghi nhận các thiết lập trong phòng thí nghiệm thông qua ChemDraw, Microsoft Word, Excel, PowerPoint và phần mềm quang phổ Tìm kiếm theo cấu trúc và văn bản, và duyệt qua các dấu vết hoàn toàn trực quan CombiChem/Excel Pro 11.0 Xây dựng các thư viện liên kết trong Microsoft Excel sử dụng các trình xúc tác trợ giúp được chọn bởi ChemFinder ChemBioViz Pro 11.0 Tương quan giữa các số liệu về hoạt... hình mẫu dễ chèn vào ngôn ngữ lập trình ChemScript cho phép mở rộng các qui ước hóa học riêng và áp dụng các qui ước này trên hàng loạt dữ liệu Gamess Pro 11.0 GAMESS là ứng dụng cho hóa học lượng tử phân tử cơ bản GAMESS có khả năng tính toán các hàm số sóng SCF từ các hàm RHF, ROHF, UHF, GVB, và MCSCF Sửa đổi mối tương quan giữa các hàm số sóng SCF bao gồm tương tác điều chỉnh, thuyết hỗn mang bậc... WORD hoặc POWER POINT ta thực hiện theo các bước sau: Click chuột vào một trong hai biểu tượng trên thanh công cụ để lựa chọn phân tử Sau khi chọn phân tử cần copy, vào menu Edit chọn lện coppy hoặc sử dụng tổ hợp phím Ctrl + C Mở chương trình WORD, đặt con trỏ vào vò trí cần dán trên màn hình soạn thảo, sau đó vào menu Edit chọn lệnh Paste hoặc nhấn đồng thời tổ hợp phím Ctrl+ V Ví dụ 2: Vẽ phân tử...- Liên kết ba, bốn: để vẽ một liên kết ba, liên kết bốn, bạn click chuột thêm 1 lần lên liên kết đôi, ba,… hoặc làm tương tự như cách 3 ở trên rồi chọn Triple hay Quadruple - Liên kết có hướng và liên kết cho nhận: - Để vẽ liên kết cho nhận hoặc liên kết có hướng, bạn click chuột vào liên kết tương ứng Để thay đổi chiều của liên... Đưa con trỏ vào vò trí cần liên kết và vẽ liên kết đôi Bước 5: Vẽ nhóm nguyên tử CH2 D Vẽ hoặc chuyển công thức dạng 2D sang 3D - 15 - 1 Khởi động chương trình: Từ màn hình Desktop, chọn Start\Program \ChemOffice 2004\Chem3D Ultra 8.0 Nếu xuất hiện hộp thoại Chem 3D to chem 3D 8.0! lựa chọn chức năng “Enable hardware acceleration, and make this default settings” rồi click chuột chọn vào ô “I have read... this again” để không hiển thò thông báo trong các khởi động tiếp theo, sau đó click OK để bắt đầu - 16 - 2 Màn hình làm việc của chương trình 3 Thực hành a) Vẽ những công thức đơn giản, VD: Phân tử C2H4 Cách 1: Click chuột vào biểu tượng sau đó đưa ra ngoài màn hình, đến vò trí cần vẽ và click chuột, sẽ xuất hiện một khung màu trắng cho phép nhập kí tự từ bàn phím - Gõ C2H4 từ bàn phím sau đó nhấn Enter, . theo mẫu Đây là phần mềm bán có bản quyền, vì vậy để sử dụng hợp pháp, hãy đăng kí mua bản quyền tại www.cambridgesoft.com. Với khả năng tài chính không cho phép và chỉ sử dụng cho mục đích. cầu, ống nghiệm,…) - 7 - Maãu Aromatics Maãu Bicyclics - 8 - Mẫu Clipsware phần 1 Mẫu Clipsware phần 2 II. Cách sử dụng các công cụ trong ChemDraw: Lưu ý: ChemDraw Ultra cho phép khi gõ tên theo. Chem 3D (xem hướng dẫn ở phần sau). H CH H H 1. Cách vẽ liên kết trong phân tử: Bạn có thể sử dụng bảng MultiBond để tạo ra những liên kết đa dưới đây: - Liên kết đôi: có 3 cách để vẽ một liên kết