Cách sử dụng phần mềm ChemOffice 2008

Solid bond: Liên kết vách liên tụcMultibond: Liên kết đôiDashed bond: Liên kết vách đứt đoạnHashed bond: Liên kết không xác địnhHashed wedge bond: Liên kết có hướngBold wedge bond: Liên

Để tiện cho việc theo dõi và thao tác, tạm thời qui ước như sau:

Click chuột: click chuột trái một lần, double click: click liên tiếp chuột trái hai lần, click phải: click chuột phải một lần

+ ChemFinder: chương trình tìm kiếm thông tin về các chất hóa học và phản ứng hóa học

+ ChemInfo: chương trình lưu trữ các thông tin có liên quan đến các chất hóa học và phương trình phản ứng hóa học được cấp sẵn hoặc tự tạo

Bước 3 Chọn “Accept ther terms in the license agreement”

Bước 4 Điền vào bản đăng ký theo mẫu

Đây là phần mềm bán có bản quyền, vì vậy để sử dụng hợp pháp, hãy đăng kí mua bản quyền tại www.cambridgesoft.com Với khả năng tài chính không cho phép và chỉ sử dụng cho mục đích giáo dục,

Chú ý: Cần phải nhập đầy đủ Serial number và Registration rồi mới nhấn Next, nếu không khi Back lại

để nhập chương trình sẽ không chấp nhận Khi đó phải tiến hành cài đặt từ đầu

Bước 5 Chọn Next để tiếp tục

Bước 6 Chọn Install

Bước 7 Chương trình sẽ được cài đặt vào máy

B Khởi động chương trình:

Chọn Start \ Program \ ChemOffice 2004 \ ChemDraw Ultra 8.0

Màn hình làm việc của chương trình sẽ xuất hiện

- Sau khi caứi ủaởt, chửụng trỡnh cuừng seừ tửù ủoọng add theõm thanh coõng cuù vaứo cửỷa soồ cuỷa chửụng trỡnh

Microsoft Word nhử theỏ naứy:

C Sửỷ duùng

I Giụựi thieọu caực thanh coõng cuù:

- Sau khi caứi ủaởt ChemDraw Ultra vaứ chaùy chửụng trỡnh naứy, seừ xuaỏt hieọn maứn hỡnh vụựi menu vaứ caực coõng cuù chớnh nhử sau:

- Baỷng coõng cuù chớnh chửựa nhửừng coõng cuù lieõn keỏt dửụựi ủaõy:

Thanh Menu lệnh Thanh tiêu đề

Thanh trượt dọc

Thanh trượt ngang Thanh công cụ

Màn hình soan thảo

Solid bond: Liên kết (vách liên tục)Multibond: Liên kết đôi

Dashed bond: Liên kết (vách đứt đoạn)Hashed bond: Liên kết không xác địnhHashed wedge bond: Liên kết có hướngBold wedge bond: Liên kết đám phía trướcHollow wedge bond: Liên kết đám (phía sau)Hollow wedge bond: Liên kết có hướng, trốngDative bond: Liên kết cho nhận

Wavy bond: Liên kết không xác định (có dạng sóng)

Lasso: Chọn tùy ý từng phần hoặc toàn bộ phân tử để copy

Structure Perspective: Xoay phối cảnh cấu trúc phân tử (ở những góc nhìn khác nhau)

Marquee: Chọn vùng

Eraser: Công cụ xóa

Text: Gõ văn bản hoặc kí hiệu nguyên tố

Pen: Công cụ vẽ đường cong tùy ý

Arrow: Vẽ mũi tên trong phương trình hóa học

Orbital: Vẽ Orbital

Drawing Element: Công cụ vẽ, dùng để vẽ những hình sau:

Brackets: Vẽ dấu ngoặc vuông

Chemical symbols: Những ký hiệu dùng trong hóa học

Templates: Các mẫu (công thức)

- Click chuột vào mục Templates khi bạn cần dùng đến các mẫu sau đây: Aromatics (các vòng thơm), Bicyclics (các vòng xiclo 3, 4,5,…), Clipware (các mẫu bình cầu, ống nghiệm,…)

Maãu Aromatics

Maãu Bicyclics

Mẫu Clipsware phần 1

Mẫu Clipsware phần 2

II Cách sử dụng các công cụ trong ChemDraw:

Ví dụ: Viết công thức cấu tạo của Methane (CH4)

B1 Chọn menu Edit/ Insert Name as Structure

B2 Xuất hiện cửa sổ Insert Structure, gõ vào khung hộp thoại tên IUPAC hoặc tên thường của hóa chất

Trong trường hợp này, nếu bạn gõ metan thì chương trình không hiểu mà nên dùng methane.

B3 Chương trình sẽ hiển thị công thức cấu tạo phẳng của hợp chất Bạn cũng có thể chuyển thành mô hình phân tử 3D trong Chem 3D (xem hướng dẫn ở phần sau)

1 Cách vẽ liên kết trong phân tử:

Bạn có thể sử dụng bảng MultiBond để tạo ra những liên kết đa dưới đây:

- Liên kết đôi: có 3 cách để vẽ một liên kết đôi:

+ Dùng công cụ Double bond

+ Click chuột thêm 1 lần lên liên kết đơn

+ Click chuột phải (right click) lên liên kết đơn rồi chọn Double rồi Plain trong bảng sau:

- Liên kết ba, bốn: để vẽ một liên kết ba, liên kết bốn, bạn click chuột thêm 1 lần lên liên kết đôi, ba,… hoặc làm tương tự như cách 3 ở trên rồi chọn Triple hay Quadruple.

- Liên kết có hướng và liên kết cho nhận:

- Để vẽ liên kết cho nhận hoặc liên kết có hướng, bạn click chuột vào liên kết tương ứng Để thay đổi chiều của liên kết, bạn click chuột vào giữa liên kết, chiều của liên kết sẽ thay đổi

- Vẽ vòng cyclo hexan:

+ Click chuột vào công cụ vẽ vòng tương ứng (ví dụ vòng 6)

+ Click chuột 1 lần lên vùng vẽ, vòng sẽ xuất hiện hoặc click chuột đồng thời rê chuột từ trên xuống dưới như sau:

- Khi bạn di chuyển chuột trong vòng vừa vẽ, ô vuông màu xanh báo hiệu rằng đó là cacbon số 1, liên kết bắt đầu từ C1 là liên kết thứ nhất

- Sau khi vẽ 1 vòng, bạn click chuột tiếp lên 1 liên kết của vòng thì 1 vòng khác có chung cạnh sẽ được tạo ra (dùng đến khi bạn muốn vẽ vòng naphtalen)

2 Thực hành

Ví dụ 1: Vẽ phân tử 2,4,6-tribromphenol

OH

Br Br

Br

* Bước 1: Vẽ vòng benzen

- Click chuột vào biểu tượng vòng benzen trên thanh công cụ (khi đó biểu tượng sẽ bị chìm xuống

so với ban đầu), sau đó đưa con trỏ ra ngoài màn hình soạn thảo, click chuột vào vị trí cần vẽ

* Bước 2: Vẽ liên kết đơn

- Click chuột vào biểu tượng liên kết đơn sau đó đưa con trỏ vào vị trí cần liên kết (thấy xuất hiện một ô vuông nhỏ bao quanh vị trí cần liên kết) và click chuột

Chú ý: Khi đưa trỏ vào vị trí cần liên kết, nếu chưa thấy xuất hiện ô vuông mà vẫn click chuột, chương trình sẽ hiểu rằng đây là 2 đối tượng hoàn toàn riêng biệt

* Bước 3: Vẽ nguyên tử hoặc nhóm nguyên tử

- Click chuột vào biểu tượng text sau đó đưa con trỏ vào vị trí cần liên kết và click chuột, gõ vào tên nguyên tử hoặc nhóm nguyên tử (cần chú ý đến chữ hoa và chữ thường)

Muốn copy sang WORD hoặc POWER POINT ta thực hiện theo các bước sau:

Click chuột vào một trong hai biểu tượng trên thanh công cụ để lựa chọn phân tử

Sau khi chọn phân tử cần copy, vào menu Edit chọn lện coppy hoặc sử dụng tổ hợp phím Ctrl + C

Mở chương trình WORD, đặt con trỏ vào vị trí cần dán trên màn hình soạn thảo, sau đó vào menu Edit chọn lệnh Paste hoặc nhấn đồng thời tổ hợp phím Ctrl+ V

Ví dụ 2: Vẽ phân tử Stiren

Bước 1: Vẽ vòng benzen (như ví dụ 1)

Bước 2: Vẽ liên kết đơn (như ví dụ 1)

Bước 3: Vẽ nhóm nguyên tử CH-chữ hoa, không dùng chữ thường (như ví dụ 1)

Bước 4: Vẽ liên kết đôi

Click chuột vào biểu tượng liên kết đôi trên thanh công cu ï , khi đó chương trình sẽ tự động báo lỗi hóa trị (nhóm nguyên tử CH được bao quanh bởi một hình vuông màu đỏ)

Đưa con trỏ vào vị trí cần liên kết và vẽ liên kết đôi

Bước 5: Vẽ nhóm nguyên tử CH 2

D Vẽ hoặc chuyển công thức dạng 2D sang 3D

1 Khởi động chương trình:

Từ màn hình Desktop, chọn Start\Program\ChemOffice 2004\Chem3D Ultra 8.0

Nếu xuất hiện hộp thoại Chem 3D to chem 3D 8.0! lựa chọn chức năng “Enable hardware

acceleration, and make this default settings” rồi click chuột chọn vào ô “I have read Please don’t show me this again” để không hiển thị thông báo trong các khởi động tiếp theo, sau đó click OK để bắt

đầu

2 Màn hình làm việc của chương trình

3 Thực hành

a) Vẽ những công thức đơn giản, VD: Phân tử C2H4

Cách 1: Click chuột vào biểu tượng sau đó đưa ra ngoài màn hình, đến vị trí cần vẽ và click chuột, sẽ xuất hiện một khung màu trắng cho phép nhập kí tự từ bàn phím

- Gõ C2H4 từ bàn phím sau đó nhấn Enter, chương trình sẽ hiển thị phân tử ở dạng que (mặc định)

- Để xem phân tử ở các góc nhìn khác nhau (phối cảnh), click chuột vào biểu tượng trên thanh công cụ, sau đó đưa con trỏ ra ngoài màn hình tại vị trí có phân tử nhấn giữ chuột trái và di chuột.

- Để xem phân tử dạng ở các định dạng khác chọn chế độ hiển thị trên thanh công cụ, ví dụ: dạng cầu và que (Ball & Stick)

Cách 2: Chọn biểu tượng liên kết đôi trên thanh công cụ sau đó đưa ra ngoài màn hình, giữ và di chuột trái.

b) Với những phân tử phức tạp, thực hiện theo các bước

Bước 1: Dùng chương trình ChemDraw Ultra 8.0 để vẽ công thức dạng 2D

Bước 2: Copy phân tử vừa vẽ từ ChemDraw và Paste vào Chem 3D để hiển thị phân tử dạng 3D

Giới thiệu ChemOffice Ultra Ultra 2008 (version 11.0)

ChemOffice Ultra Ultra 2008 (version 11.0)

ChemOffice Ultra 2008 (version 11.0) là bộ tiện ích hóa học và sinh học tuyệt đỉnh được thiết kế để

đáp ứng những nhu cầu của các nhà hóa học ChemOffice Ultra cho phép các nhà nghiên cứu theo dõi công việc hiệu quả, hiểu sâu hơn các công trình, các cấu trúc hóa học tương quan, và cho hoàn thành các bản báo cáo chuyên nghiệp và hiệu quả hơn bao giờ hết

ChemOffice 11.0 là bộ phần mềm mạnh mẽ, bao gồm ChemDraw, Chem3D, ChemFinder và ChemACX cho các nhà hóa học; BioOffice, BioAssay, BioViz, và BioDraw cho các nhà sinh học; Inventory, E-Notebook và The Merck Index cho các nhà nghiên cứu khoa học ChemOffice và BioOffice tương thích với mọi Windows

Bộ phần mềm hóa học tuyệt vời bao gồm ChemBioDraw Ultra 11.0, MestReC Std, ChemScript Pro 11.0, ChemBio3D Ultra 11.0, giao diện Chem3D cho tới Schrưdinger’s Jaguar và Gaussian, GAMESS Pro 11.0, ChemFinder Ultra 11.0, E-Notebook Ultra 11.0, ChemDraw/Excel và CombiChem/Excel, các điều khiển và plugin ActiveX Pro cho ChemDraw và Chem3D, cũng như cơ sở dữ liệu ChemINDEX (Index, RXN, NCI & AIDS) và một đăng kí 1 năm dịch vụ ePub ChemOffice Ultra bổ sung các giao diện

ChemFinder Ultra, CombiChem/Excel, Chem3D cho Schrưdinger’s Jaguar và Gaussian, GAMESS, và một năm đăng kí dịch vụ ePub vào bộ phần mềm ChemOffice Pro 2008

• ChemBioDraw Ultra 11.0

Tiêu chuẩn không thể thiếu cho các bức vẽ hóa học và sinh học, gồm các proton NMR với các đánh dấu và phân chia đỉnh, các công cụ amino acid và chuỗi ADN, công cụ vẽ bản TLC,

Struct=Name, và công cụ phân tích cân bằng hóa học

• •Kết nối tực tiếp đến cơ sở dữ liệu

Tiến hành tra cứu cơ sở dữ liệu bằng công cụ Database Gateway HotLink Các kết quả tìm kiếm bao gồm liên kết đến các nguồn thông tin trong cơ sở dữ liệu, các thuộc tính cấu trúc, tên gọi và từ đồng nghĩa của các kí hiệu hóa học như số nhận dạng ACX và các thông số CAS

• MestReC Std

Cung cấp các trang thiết bị định cao cho việc xử lí dữ liệu, vẽ đồ thị và phân tích dữ liệu NMR (2D) độ phân giải cao, kết hợp với giao diện đồ họa thân thiện và tự động để khám phá toàn bộ sức mạnh và sự linh hoạt của nền Windows

• ChemDraw/Excel Pro 11.0

Cung cấp các bảng số liệu hóa học với các cấu trúc và tìm kiếm các cấu trúc hóa học trong tài liệu, thư mục hay ổ đĩa

• ChemDraw ActiveX/Plugin Pro 11.0

Truy vấn cơ sở dữ liệu trực tuyến, xem và in các mô hình trực tuyến Bộ cài đặt này tự động cài các plugin và các điều khiển ActiveX cần thiết cho trình duyệt web Bao gồm cả chức năng in ấn và lưu trữ

• ChemNMR Pro 11.0

Dự đoán các quang phổ NMR của proton carbon-13 từ các mô hình ChemDraw Độ dịch chuyển hóa học và cơ chế phân li được hiện thị rõ ràng và liên kết trực tiếp đến các mô hình đối với cả proton và các dự đoán quang phổ NMR của carbon-13

• Gamess Pro 11.0

GAMESS là ứng dụng cho hóa học lượng tử phân tử cơ bản GAMESS có khả năng tính toán các hàm số sóng SCF từ các hàm RHF, ROHF, UHF, GVB, và MCSCF Sửa đổi mối tương quan giữa

Yêu cầu hệ thống : Windows Windows 2000, XP, Vista (32-bit); Excel add-ins cần có MS Excel

2000, 2003, cho XP

Dịch từ website: www.cambridgesoft.com