Click chuoät vaøo bieåu töôïng lieân keát ñoâi treân thanh coâng cu ï , khi ñoù chöông trình seõ töï ñoäng baùo loãi hoùa trò (nhoùm nguyeân töû CH ñöôïc bao quanh bôûi moät hình vuoân[r]
(1)Để tiện cho việc theo dõi thao tác, tạm thời qui ước sau:
Click chuột: click chuột trái lần, double click: click liên tiếp chuột trái hai lần, click phải: click chuột phải lần
A Giới thiệu:
ChemDraw Ultra phần mềm viết xử lý công thức chất hóa học tương đối mạnh, phần CS ChemOffice Cambridge Soft, gồm:
+ ChemDraw: chương trình viết cơng thức hóa học mặt phẳng (cơng thức 2D) tương đối hồn chỉnh với nhiều cơng cụ tiện dụng
+ Chem3D: chương trình chuyển công thức phẳng thành công thức cấu tạo lập thể không gian chiều (công thức 3D)
+ ChemFinder: chương trình tìm kiếm thơng tin chất hóa học phản ứng hóa học
+ ChemInfo: chương trình lưu trữ thơng tin có liên quan đến chất hóa học phương trình phản ứng hóa học cấp sẵn tự tạo
B Cài đặt
Bước Double click vào biểu tượng để bắt tiến hành cài đặt, xuất cửa sổ
(2)Bước Chọn “Accept ther terms in the license agreement”
Bước Điền vào đăng ký theo mẫu
Đây phần mềm bán có quyền, để sử dụng hợp pháp, đăng kí mua quyền www.cambridgesoft.com Với khả tài khơng cho phép sử dụng cho mục đích giáo dục, sử dụng:
Số Serial number: 7654321
(3)Chú ý: Cần phải nhập đầy đủ Serial number Registration nhấn Next, không Back lại để nhập chương trình khơng chấp nhận Khi phải tiến hành cài đặt từ đầu
Bước Chọn Next để tiếp tục
(4)Bước Chương trình cài đặt vào máy
(5)B Khởi động chương trình:
Chọn Start \ Program \ ChemOffice 2004 \ ChemDraw Ultra 8.0
(6)- Sau cài đặt, chương trình tự động add thêm công cụ vào cửa sổ chương trình Microsoft Word này:
C Sử dụng
I Giới thiệu công cụ:
- Sau cài đặt ChemDraw Ultra chạy chương trình này, xuất hình với menu cơng cụ sau:
- Bảng cơng cụ chứa cơng cụ liên kết đây: Solid bond: Liên kết (vách liên tục) Multibond: Liên kết đôi
Dashed bond: Liên kết (vách đứt đoạn) Hashed bond: Liên kết không xác định Hashed wedge bond: Liên kết có hướng Bold wedge bond: Liên kết đám phía trước Hollow wedge bond: Liên kết đám (phía sau) Hollow wedge bond: Liên kết có hướng, trống Dative bond: Liên kết cho nhận
Wavy bond: Liên kết không xác định (có dạng sóng)
Thanh tr ỵt dọc
Thanh tr ợt ngang Thanh công cụ
(7)Lasso: Chọn tùy ý phần toàn phân tử để copy
Structure Perspective: Xoay phối cảnh cấu trúc phân tử (ở góc nhìn khác nhau) Marquee: Chọn vùng
Eraser: Công cụ xóa
Text: Gõ văn kí hiệu ngun tố Pen: Cơng cụ vẽ đường cong tùy ý
Arrow: Vẽ mũi tên phương trình hóa học Orbital: Vẽ Orbital
Drawing Element: Cơng cụ vẽ, dùng để vẽ hình sau:
Brackets: Vẽ dấu ngoặc vuông
Chemical symbols: Những ký hiệu dùng hóa học Templates: Các mẫu (công thức)
- Click chuột vào mục Templates bạn cần dùng đến mẫu sau đây: Aromatics (các vòng thơm), Bicyclics (các vòng xiclo 3, 4,5,…), Clipware (các mẫu bình cầu, ống nghiệm,…)
(8)Mẫu Bicyclics
(9)Mẫu Clipsware phần 2
II Cách sử dụng công cụ ChemDraw:
Lưu ý:
ChemDraw Ultra cho phép gõ tên theo IUPAC (hoặc số tên thông thường) chất, chương trình xử lý chuyển thành công thức cấu tạo phẳng
Công thức cấu tạo phẳng viết ChemDraw Ultra chuyển thành cơng thức cấu tạo lập thể CS Chem 3D với nhiều tính so với ISI/Draw, ACD 3D Viewer ChemWindows Ví dụ: Viết cơng thức cấu tạo Methane (CH4)
B1 Choïn menu Edit/ Insert Name as Structure
B2 Xuất cửa sổ Insert Structure, gõ vào khung hộp thoại tên IUPAC tên thường hóa chất Trong trường hợp này, bạn gõ metan chương trình khơng hiểu mà nên dùng methane.
B3 Chương trình hiển thị cơng thức cấu tạo phẳng hợp chất Bạn chuyển thành mơ hình phân tử 3D Chem 3D (xem hướng dẫn phần sau)
H C H
H H
1 Cách vẽ liên kết phân tử:
(10)- Liên kết đơi: có cách để vẽ liên kết đôi: + Dùng cơng cụ Double bond
+ Click chuột thêm lần lên liên kết đơn
+ Click chuột phải (right click) lên liên kết đơn chọn Double Plain baûng sau:
- Liên kết ba, bốn: để vẽ liên kết ba, liên kết bốn, bạn click chuột thêm lần lên liên kết đôi, ba,… hoặc làm tương tự cách chọn Triple hay Quadruple.
(11)- Để vẽ liên kết cho nhận liên kết có hướng, bạn click chuột vào liên kết tương ứng Để thay đổi chiều liên kết, bạn click chuột vào liên kết, chiều liên kết thay đổi
- Vẽ vòng cyclo hexan:
+ Click chuột vào cơng cụ vẽ vịng tương ứng (ví dụ vịng 6)
+ Click chuột lần lên vùng vẽ, vòng xuất click chuột đồng thời rê chuột từ xuống sau:
- Khi bạn di chuyển chuột vịng vừa vẽ, vng màu xanh báo hiệu cacbon số 1, liên kết C1 liên kết thứ
- Sau vẽ vòng, bạn click chuột tiếp lên liên kết vịng vịng khác có chung cạnh tạo (dùng đến bạn muốn vẽ vòng naphtalen)
decahydronaphthalene
- Sau vẽ vòng, click chuột tiếp lên ngun tử vịng vịng khác có chung ngun tử tạo (dùng đến bạn muốn vẽ vòng xoắn)
- Muốn tạo phân tử C6H11CH3 sau vẽ vịng 6, bạn chuyển sang chế độ vẽ liên kết đơn click
chuột vào cacbon soá
methylcyclohexane
(12)2 Thực hành
Ví dụ 1: Vẽ phân tử 2,4,6-tribromphenol
OH
Br Br
Br
* Bước 1: Vẽ vòng benzen
(13)* Bước 2: Vẽ liên kết đơn
- Click chuột vào biểu tượng liên kết đơn sau đưa trỏ vào vị trí cần liên kết (thấy xuất ô vuông nhỏ bao quanh vị trí cần liên kết) click chuột
Chú ý: Khi đưa trỏ vào vị trí cần liên kết, chưa thấy xuất ô vuông mà click chuột, chương trình hiểu đối tượng hoàn toàn riêng biệt
* Bước 3: Vẽ nguyên tử nhóm nguyên tử
(14)Muốn copy sang WORD POWER POINT ta thực theo bước sau:
Click chuột vào hai biểu tượng công cụ để lựa chọn phân tử
Sau chọn phân tử cần copy, vào menu Edit chọn lện coppy sử dụng tổ hợp phím Ctrl + C Mở chương trình WORD, đặt trỏ vào vị trí cần dán hình soạn thảo, sau vào menu Edit chọn lệnh Paste nhấn đồng thời tổ hợp phím Ctrl+ V
Ví dụ 2: Vẽ phân tử Stiren
HC CH2
Bước 1: Vẽ vịng benzen (như ví dụ 1) Bước 2: Vẽ liên kết đơn (như ví dụ 1)
Bước 3: Vẽ nhóm ngun tử CH-chữ hoa, khơng dùng chữ thường (như ví dụ 1)
Bước 4: Vẽ liên kết đôi
Click chuột vào biểu tượng liên kết đôi cơng cu ï , chương trình tự động báo lỗi hóa trị (nhóm nguyên tử CH bao quanh hình vng màu đỏ)
(15)D Vẽ chuyển công thức dạng 2D sang 3D Khởi động chương trình:
Từ hình Desktop, chọn Start\Program\ChemOffice 2004\Chem3D Ultra 8.0
Nếu xuất hộp thoại Chem 3D to chem 3D 8.0! lựa chọn chức “Enable hardware
(16)show me this again” để không hiển thị thơng báo khởi động tiếp theo, sau click OK để bắt đầu
2 Màn hình làm việc chương trình
3 Thực hành
a) Vẽ công thức đơn giản, VD: Phân tử C2H4
(17)- Gõ C2H4 từ bàn phím sau nhấn Enter, chương trình hiển thị phân tử dạng que (mặc định)
- Để xem phân tử góc nhìn khác (phối cảnh), click chuột vào biểu tượng công cụ, sau đưa trỏ ngồi hình vị trí có phân tử nhấn giữ chuột trái di chuột
(18)Cách 2: Chọn biểu tượng liên kết đơi cơng cụ sau đưa ngồi hình, giữ di chuột trái
b) Với phân tử phức tạp, thực theo bước
Bước 1: Dùng chương trình ChemDraw Ultra 8.0 để vẽ công thức dạng 2D
(19)(20)Giới thiệu ChemOffice Ultra Ultra 2008 (version 11.0)
ChemOffice Ultra Ultra 2008 (version 11.0)
ChemOffice Ultra 2008 (version 11.0) tiện ích hóa học sinh học tuyệt đỉnh thiết kế để
đáp ứng nhu cầu nhà hóa học ChemOffice Ultra cho phép nhà nghiên cứu theo dõi công việc hiệu quả, hiểu sâu cơng trình, cấu trúc hóa học tương quan, cho hoàn thành báo cáo chuyên nghiệp hiệu hết
ChemOffice 11.0 phần mềm mạnh mẽ, bao gồm ChemDraw, Chem3D, ChemFinder ChemACX cho nhà hóa học; BioOffice, BioAssay, BioViz, BioDraw cho nhà sinh học; Inventory, E-Notebook The Merck Index cho nhà nghiên cứu khoa học ChemOffice BioOffice tương thích với Windows
Bộ phần mềm hóa học tuyệt vời bao gồm ChemBioDraw Ultra 11.0, MestReC Std, ChemScript Pro 11.0, ChemBio3D Ultra 11.0, giao diện Chem3D Schrưdinger’s Jaguar Gaussian, GAMESS Pro 11.0, ChemFinder Ultra 11.0, E-Notebook Ultra 11.0, ChemDraw/Excel CombiChem/Excel, điều khiển plugin ActiveX Pro cho ChemDraw Chem3D, sở liệu ChemINDEX (Index, RXN, NCI & AIDS) đăng kí năm dịch vụ ePub ChemOffice Ultra bổ sung giao diện ChemFinder Ultra, CombiChem/Excel, Chem3D cho Schrưdinger’s Jaguar Gaussian, GAMESS, năm đăng kí dịch vụ ePub vào phần mềm ChemOffice Pro 2008
ChemBioDraw Ultra 11.0
Tiêu chuẩn khơng thể thiếu cho vẽ hóa học sinh học, gồm proton NMR với đánh dấu phân chia đỉnh, công cụ amino acid chuỗi ADN, công cụ vẽ TLC, Struct=Name, cơng cụ phân tích cân hóa học
•Kết nối tực tiếp đến sở liệu
Tiến hành tra cứu sở liệu cơng cụ Database Gateway HotLink Các kết tìm kiếm bao gồm liên kết đến nguồn thông tin sở liệu, thuộc tính cấu trúc, tên gọi từ đồng nghĩa kí hiệu hóa học số nhận dạng ACX thơng số CAS
ChemBio3D Ultra 11.0
Trình diễn mơ hình protein đỉnh cao, đồ họa Open GL kính lập thể Các mơ hình phân tử tính tốn bán kinh nghiệm với giao diện liên kết MOPAC, Jaguar, GAMESS
Gaussian Bao gồm liên kết trực tiếp để xem các mơ hình 2D trực tiếp môi trường 3D
MestReC Std
(21) ChemFinder Ultra 11.0
Lưu trữ, tìm kiếm phân tích số liệu khoa học liên quan bên sở liệu nội có cấu trúc hay qua giao diện liên kết đến liệu khoa học chia sẻ
E-Notebook Ultra 11.0
Ghi nhận thiết lập phịng thí nghiệm thơng qua ChemDraw, Microsoft Word, Excel, PowerPoint phần mềm quang phổ Tìm kiếm theo cấu trúc văn bản, duyệt qua dấu vết hoàn toàn trực quan
CombiChem/Excel Pro 11.0
Xây dựng thư viện liên kết Microsoft Excel sử dụng trình xúc tác trợ giúp chọn ChemFinder
ChemBioViz Pro 11.0
Tương quan số liệu hoạt động hóa học sinh học, tạo biểu tượng tượng trưng đồ họa sở liệu ChemFinder nhằm xác định chiều hướng tương quan số liệu, tính tốn số liệu thống kê chi tiết biểu diễn lên đồ thị
ChemDraw/Excel Pro 11.0
Cung cấp bảng số liệu hóa học với cấu trúc tìm kiếm cấu trúc hóa học tài liệu, thư mục hay ổ đĩa
ChemDraw ActiveX/Plugin Pro 11.0
Truy vấn sở liệu trực tuyến, xem in mơ hình trực tuyến Bộ cài đặt tự động cài plugin điều khiển ActiveX cần thiết cho trình duyệt web Bao gồm chức in ấn lưu trữ
ChemNMR Pro 11.0
Dự đoán quang phổ NMR proton carbon-13 từ mơ hình ChemDraw Độ dịch chuyển hóa học chế phân li thị rõ ràng liên kết trực tiếp đến mơ hình proton dự đoán quang phổ NMR carbon-13
Struct=Name Pro 11.0
Cung cấp tên nhiều loại hợp chất, bao gồm hạt muối hợp chất dẫn điện, mơ hình đối xứng hồn hảo, nhiều loại hợp chất hữu vô nhiều thứ khác
ChemScript Pro 11.0
Mở rông ngơn ngữ lập trình Python nhiều thuật tốn hóa học thông minh CambridgeSoft bao gồm sản phẩm, đồng thời đem lại cho người dùng dạng đoạn mã mơ hình mẫu dễ chèn vào ngơn ngữ lập trình ChemScript cho phép mở rộng qui ước hóa học riêng áp dụng qui ước hàng loạt liệu
Gamess Pro 11.0
GAMESS ứng dụng cho hóa học lượng tử phân tử GAMESS có khả tính tốn hàm số sóng SCF từ hàm RHF, ROHF, UHF, GVB, MCSCF Sửa đổi mối tương quan hàm số sóng SCF bao gồm tương tác điều chỉnh, thuyết hỗn mang bậc hai, phương thức bó cặp (Coupled-Cluster), thuyết tính xấp xỉ hàm phân bố
Databases
Cơ sở liệu hóa học khoa học tham khảo có chức tìm kiếm, bao gồm năm đăng kí với sở liệu Ashgate ChemINDEX
Yêu cầu hệ thống : Windows Windows 2000, XP, Vista (32-bit); Excel add-ins cần có MS Excel
2000, 2003, cho XP