Nghiên cứu Đặc Điểm dịch tễ, bệnh lý và sự lưu hành của virus dịch tả heo châu phi tại một số tỉnh Đồng bằng sông

1.3 M āc tiêu nghiên cąu căa đÁ tài Xác định một sá đặc điểm dịch tễ bßnh ASF t¿i một sá tánh/thành ĐBSCL giai đo¿n 2019 3 2022 Xác định một sá đặc điểm bßnh lý bao gßm trißu chăng, bßn

NGHIÊN C ĄU Đ¾C ĐIÂM DÊCH TÄ,

MÃ S à 9640102

LÊ TRUNG HOÀNG

B Þ GIÁO DĀC VÀ ĐÀO T¾O TR¯âNG Đ¾I HÌC CÄN TH¡

NM 2024

B Þ GIÁO DĀC VÀ ĐÀO T¾O TR¯âNG Đ¾I HÌC CÄN TH¡

LÊ TRUNG HOÀNG

MÃ S à NCS: P1020002

LU ÊN ÁN TI¾N S) NGÀNH B ÆNH LÝ HÌC VÀ CHĊA BÆNH VÊT NUÔI

i

CH ÂP THUÊN CĂA HÞI ĐâNG

Luận án này với tựa đề là <Nghiên cău đặc điểm dịch tễ, bßnh lý và sự l°u hành cāa virus dịch tÁ heo châu Phi t¿i một sá tánh đßng bằng sông Cửu Long=, do nghiên

cău sinh Lê Trung Hoàng thực hißn theo sự h°ớng dẫn cāa GS.TS Nguyễn Đăc Hiền

và TS Nguyễn Phúc Khánh Luận án đã báo cáo và đ°ợc Hội đßng đánh giá luận án tiến sĩ thông qua ngày:… Luận án đã đ°ợc chánh sửa theo góp ý và đ°ợc Hội đßng đánh giá luận án xem l¿i

Tôi xin bày tß lòng biết ¡n chân thành đến GS.TS Yoshihiro Sakoda, PGS.TS Norikazu Isoda, Khoa Thú y, Tr°ßng Đ¿i học Hokkaido, Nhật BÁn và GS.TS Mark Anthony Stevenson, PGS.TS Simon Firestone, Khoa Thú y và Khoa học Nông nghißp, Tr°ßng Đ¿i học Melbourne, Úc và TS Nguyễn Thanh Lãm, Tr°ßng Đ¿i học Cần Th¡

đã h°ớng dẫn về chuyên môn và t¿o điều kißn để tôi có c¡ hội tham quan Bßnh vißn Thú

y tr°ßng Hokkaido, Vißn Kiểm soát bßnh truyền lây ng°ßi và động vật, hß tháng phòng

an toàn sinh học cÃp 3 3 Tr°ßng Đ¿i học Hokkaido Bên c¿nh đó, Tôi đ°ợc tham gia tập huÃn một sá kỹ thuật phòng thí nghißm t¿i Khoa Thú y, Tr°ßng Đ¿i học Hokkaido (real-time PCR, giÁi trình tự gene thế hß mới, nuôi cÃy tế bào và phân lập virus…)

Cuái cùng, tôi muán bày tß lòng biết ¡n chân thành đến gia đình thân yêu, cÁm

¡n Ba, Mẹ đã trao cho con tÃt cÁ những điều tát đẹp nhÃt CÁm ¡n Vợ, ng°ßi vẫn luôn luôn tin t°áng và āng hộ mọi quyết định trong cuộc sáng lẫn công vißc Gia đình luôn luôn là điểm tựa vững chắc, là động lực cho tôi hoàn thành quyển luận án này Tôi xin chân thành cÁm ¡n!

Lê Trung Hoàng

iii

TÓM T ÌT

Nghiên cứu này được thực hiện từ tháng 06/2019 đến tháng 12/2022 tại 10 tỉnh/thành thuộc Đßng bằng sông Cửu Long (ĐBSCL) Mục tiêu của nghiên cứu nhằm xác định đặc điểm dịch tễ, bệnh lý của heo mắc bệnh dịch tả heo Châu Phi (African swine fever – ASF) và xây dựng chương trình giám sát sự lưu hành, xác định đặc điểm

di truyền của virus dịch tả heo Châu Phi (African swine fever virus – ASFV) tại ĐBSCL Thu thập thông tin về tình hình dịch bệnh ASF được thực hiện dựa trên phương pháp điều tra hßi cứu sử dụng số liệu thứ cấp để thống kê, mô tả tình hình bệnh ASF tại

10 tỉnh/thành ĐBSCL Kết quả nghiên cứu cho thấy, trong giai đoạn 2019 ‒ 2022 có 33.369 á dịch với táng số 545.180 heo bị tiêu hủy Trong đó, có 31.872 á dịch được ghi nhận trong năm 2019 chiếm 95,5% số á dịch ghi nhận trong bốn năm khảo sát à dịch đầu tiên được phát hiện vào ngày 09/04/2019 tại tỉnh Hậu Giang sau đó trong vòng một tháng tất cả 10/10 tỉnh/thành đều ghi nhận dịch bệnh ASF Năm 2020, táng số á dịch được ghi nhận là 98 á dịch Kết quả thống kê trong hai năm 2021 và 2022, số á dịch được ghi nhận lần lượt là 693 và 706 á dịch

Một số trường hợp heo nhiễm ASFV được theo dõi, ghi nhận triệu chứng lâm sàng, thu thập mẫu xét nghiệm và xác định bệnh tích đại thể và vi thể Nghiên cứu đặc điểm bệnh lý của heo nhiễm bệnh ASF cho thấy sốt, ủ rũ, bỏ ăn, lười vận động, da và lông xơ là những biểu hiện lâm sàng chung của heo mắc bệnh ASF Bệnh tích đại thể của heo nhiễm bệnh bao gßm lách sưng to, nhßi huyết, các hạch lympho sưng to, xuất huyết Bệnh tích vi thể đặc trưng bởi giảm lympho bào, teo các nang lympho ở các hạch, lách, sung huyết, xuất huyết và hoại tử ở các cơ quan nội tạng

Kết quả phân tích phát sinh loài và đặc điểm di truyền của các chủng ASFV đại diện lưu hành tại một số tỉnh/thành ĐBSCL cho thấy tất cả các chủng phân tích đều thuộc kiểu gene II và kiểu huyết thanh 8 Dựa vào chuỗi trình tự lặp lại (tandem repeat sequence – TRS) tại vùng liên gene (intergenic region – IGR) cho thấy có ít nhất ba thể biến chủng ASFV đang lưu hành tại ĐBSCL, bao gßm IGR I, IGR II và IGR III Giải trình tự toàn bộ hệ gene bằng phương pháp giải trình tự thế hệ mới Illumina cho ba chủng ASFV phát hiện tại Vĩnh Long, Hậu Giang và Cần Thơ lần lượt đại diện cho các biến chủng IGR I, IGR II và IGR III được thực hiện để xác định toàn diện đặc điểm di truyền của ba thể biến chủng ASFV này Kết quả, nghiên cứu đã phát hiện đột biến mất đoạn và chèn đoạn xuất hiện lần lượt trên đoạn gene EP402R (CD2v) và B475L ở chủng ASFV/VN/CanTho- OM/2021 (số truy cập Ngân hàng Gene: ON402789)

Ngoài ra, nghiên cứu cũng đã thực hiện chương trình giám sát ASFV từ năm 2019 đến 2022 với 3.968 mẫu (2.641 mẫu bệnh phẩm và 1.327 mẫu huyết thanh) được thu thập tại thành phố Cần Thơ (TPCT) Kết quả cho thấy mẫu dương tính với ASFV phát hiện nhiều vào thời gian khoảng từ tháng Mười năm trước đến tháng Hai năm sau tại các quận/huyện của TPCT Tỷ lệ phát hiện ASFV bằng phương pháp real-time PCR trong hai năm 2021 và 2022 lần lượt là 20,6% và 9,8%; không phát hiện kháng thể kháng ASFV bằng phương pháp ELISA trong hai năm này Dựa trên kết quả giám sát

Từ khóa: Bệnh lý, di truyền, dịch tả heo Châu Phi, dịch tễ, Đßng bằng sông Cửu Long

v

ABSTRACT

The PhD dissertation was conducted in ten provinces/cities in the Mekong Delta (MD) region from June 2019 to December 2022 The objectives of this study are (i) to determine the epidemiological characteristics and pathology of pigs infected with African swine fever (ASF), (ii) to develop a surveillance program for monitoring the circulation and (iii) to identify the genetic characteristics of the African swine fever virus (ASFV) in the MD region

Information about the ASF epidemics was collected based on the retrospective study by using secondary census data to describe the ASF situation in 10 provinces/cities

in the MD region The results indicated that during the 2019 –2022 period, a total of 33,369 outbreaks were reported with the culling of 545,180 pigs Among these, 31,872 outbreaks were recorded in 2019, accounting for 95.5% of the outbreaks documented during the four-year period The first ASF outbreak was detected on April 9, 2019 in Hau Giang, then within one month, all 10 provinces/cities reported ASF outbreaks In

2020, a total of 98 outbreaks were recorded In 2021 and 2022, number of outbreak were reported of 693 and 706, respectively

Several cases of ASF-infected pigs were monitored for clinical, gross lesion, and histopathological examination The ASF-infected pigs displayed by common clinical signs such as fever, lethargy, anorexia, reduced mobility, and rough skin Macroscopic lesions were observed in infected pigs included splenic enlargement, hemorrhage, swollen lymph nodes, and bleeding Microscopic lesions were characterized by lymphopenia, lymph node capsule contraction, splenic enlargement, hemorrhage, and necrosis in internal organs

Genetic characterization of representative ASFV strains circulating in provinces/cities of the MD region revealed that all identified strains belonged to genotype II and serotype 8 Based on tandem repeat sequences (TRS) in the intergenic region (IGR), at least three distinct ASFV variants were detected to be circulating in the

MD region, including IGR I, IGR II, and IGR III Whole-genome sequencing using the next-generation Illumina sequencing method was performed for three ASFV strains detected in Vinh Long, Hau Giang, and Can Tho, representing for the IGR I, IGR II, and IGR III variants, respectively, to comprehensively analyse the genetic characterization of these three ASFV variants The results identified deletion and insertion mutations appearing on the EP402R (CD2v) and B475L gene segments, respectively, in the ASFV/VN/CanTho-OM/2021 strain (GenBank accession number: ON402789)

Additionally, ASFV surveillance was conducted from 2019 to 2022, with 3,968 samples collected in Can Tho City The results showed a trend of ASFV-positive samples increasing around October of the previous year to February of the following year in districts/communes of Can Tho City The detection rates of the ASFV by real-time PCR

in 2021 and 2022 were 20.6% and 9.8%, respectively, and antibody against ASFV using ELISA during these two years was not detected Based on the surveillance results and

vi

ASF outbreak reports in Can Tho City from 2019 to 2022, in combination with a review

of national regulations, domestic, and international ASF surveillance guidelines, the study also proposed several important criteria for the development and implementation

of an effective ASF surveillance program for better control and prevention of ASF in the

MD region

Keywords: African swine fever, epidemiology, genetic, Mekong delta, pathology

vii

L âI CAM ĐOAN

Tôi tên là Lê Trung Hoàng, là nghiên cău sinh ngành Bßnh lý học và chữa bßnh vật nuôi, khóa 2020 3 đợt 2 Tôi xin cam đoan luận án này là công trình nghiên cău khoa học thực sự cāa bÁn thân, đ°ợc sự h°ớng dẫn cāa GS.TS Nguyễn Đăc Hiền và TS Nguyễn Phúc Khánh

Các thông tin đ°ợc sử dÿng tham khÁo trong luận án đ°ợc thu thập từ các ngußn đáng tin cậy, đã đ°ợc kiểm chăng, đ°ợc công bá rộng rãi và đ°ợc tôi trích dẫn ngußn

gác rõ ràng á phần Danh mÿc Tài lißu tham khÁo Các kết quÁ nghiên cău đ°ợc trình bày trong luận án này là do chính tôi thực hißn một cách nghiêm túc, trung thực và không trùng lặp với các đề tài khác đã đ°ợc công bá tr°ớc đây

Tôi xin lÃy danh dự và uy tín cāa bÁn thân để đÁm bÁo cho lßi cam đoan này

C ần Thơ, ngày tháng 11 năm 2024

Ng°ãi h°áng dÉn Tác gi Á luËn án

GS.TS Nguy Ån Đąc HiÁn Lê Trung Hoàng

TS Nguy Ån Phúc Khánh

viii

M ĀC LĀC

T óm tÍt iii

Abstract v

Ch°¢ng 1: Giái thiÇu 1

1.1 Đặt vÃn đề 1

1.2 Những đóng góp mới về khoa học 2

1.3 Mÿc tiêu nghiên cău cāa đề tài 3

1.4 Ý nghĩa khoa học cāa luận án 3

Ch°¢ng 2: Tång quan tài liÇu 5

2.1 S¡ l°ợc về bßnh dịch tÁ heo Châu Phi 5

2.2 Lịch sử bßnh ASF 6

2.2.1 CÃu t¿o cāa ASFV 8

2.2.2 Sự nhân lên cāa virus trong tế bào 11

2.3.3 Săc đề kháng 13

2.3.4 Đặc điểm gene và cÃu trúc cāa ASFV 14

2.4 Đặc điểm dịch tễ 25

2.4.1 Tình hình ASF trên thế giới 25

2.4.2 Động vật cÁm nhiễm 26

2.5 Đ°ßng truyền lây 30

2.6 C¡ chế sinh bßnh 31

2.7 Trißu chăng và bßnh tích cāa heo nhiễm bßnh ASF 33

2.7.1 Trißu chăng 33

2.7.2 Bßnh tích theo các thể bßnh 37

2.8 Đáp ăng miễn dịch cāa vật chā đái với ASFV 42

2.8.1 Táng quan về đáp ăng miễn dịch đái với ASFV 42

2.8.2 Miễn dịch bẩm sinh 42

2.8.3 Miễn dịch dịch thể 45

2.8.4 Đáp ăng cāa tế bào đái với ASFV 45

2.9 Chẩn đoán 47

2.9.1 Chẩn đoán phân bißt bằng trißu chăng 48

2.9.2 Chẩn đoán phân bißt bằng bßnh tích 48

2.9.3 Chẩn đoán phòng thí nghißm 49

2.10 Yếu tá nguy c¡ 50

ix

2.11 Các bißn pháp phòng và kiểm soát 52

2.11.1 Ngăn ngừa và kiểm soát 52

2.11.2 An toàn sinh học 54

2.11.3 Vaccine 55

2.12 Tình hình nghiên cău ASF trong và ngoài n°ớc 57

2.12.1 Tình hình nghiên cău trong n°ớc 57

2.12.2 Tình hình nghiên cău ngoài n°ớc 61

Ch°¢ng 3: Ph°¢ng pháp nghiên cąu 69

3.1 Nội dung nghiên cău 69

3.1.1 Nội dung 69

3.2 Thßi gian và địa điểm nghiên cău 69

3.2.1 Thßi gian nghiên cău 69

3.2.2 Địa điểm nghiên cău 69

3.3 Vật lißu nghiên cău 70

3.3.1 Dữ lißu dùng trong phân tích dịch tễ 70

3.3.2 Dữ lißu dùng trong phân tích đặc điểm bßnh lý và sinh học phân tử 70

3.3.3 Thiết bị và dÿng cÿ chính sử dÿng trong nghiên cău 70

3.3.4 Hóa chÃt và sinh phẩm chính sử dÿng trong nghiên cău 70

3.4 Ph°¡ng pháp nghiên cău 71

3.4.1 Nội dung 1: Nghiên cău một sá đặc điểm dịch tễ bßnh ASF t¿i một sá tánh/thành ĐBSCL giai đo¿n 2019 3 2022 71

3.4.2 Nội dung 2: Nghiên cău một sá đặc điểm bßnh lý cāa heo nhiễm bßnh ASF t¿i ĐBSCL 72

3.4.3 Nội dung 3: Xác định kiểu gene, kiểu huyết thanh và một sá đặc điểm di truyền cāa các chāng ASFV l°u hành t¿i ĐBSCL 76

3.4.4 Nội dung 4: Xây dựng ch°¡ng trình giám sát sự l°u hành cāa ASFV ăng phó dịch bßnh ASF 82

3.5 Xử lý sá lißu 85

Ch°¢ng 4: K¿t quÁ và thÁo luËn 86

4.1 Nghiên cău đặc điểm dịch tễ bßnh ASF t¿i một sá tánh/thành ĐBSCL giai đo¿n 2019 3 2022 86

4.1.1 Tình hình dịch bßnh ASF t¿i một sá tánh/thành ĐBSCL giai đo¿n 2019 ‒ 2022 86

4.1.2 Phân tích diễn biến á dịch ASF theo thßi gian t¿i các tánh/thành ĐBSCL 93

x

4.1.3 Tháng kê táng sá xã có dịch theo tháng 96

4.2 Đặc điểm bßnh lý cāa heo nhiễm bßnh ASF t¿i ĐBSCL 98

4.2.1 Trißu chăng lâm sàng cāa heo nhiễm ASFV 98

4.2.2 Bßnh tích đ¿i thể cāa heo nhiễm bßnh ASF 100

4.2.3 Bßnh tích vi thể cāa heo nhiễm bßnh ASF 104

4.3 Xác định kiểu gene, kiểu huyết thanh và một sá đặc điểm di truyền cāa các chāng ASFV l°u hành t¿i ĐBSCL 107

4.3.1 Xác định kiểu gene, kiểu huyết thanh cāa một sá chāng ASFV l°u hành t¿i ĐBSCL 107

4.3.2 Kết quÁ giÁi trình tự toàn bộ hß gene đái với ba chāng virus phát hißn t¿i ĐBSCL 114

4.4 Xây dựng ch°¡ng trình giám sát sự l°u hành ASFV ăng phó dịch bßnh ASF 121

4.4.1 Kế ho¿ch thực hißn và táng hợp sá l°ợng mẫu giám sát ASFV t¿i TPCT từ năm 2019 đến năm 2022 121

4.4.2 Kết quÁ ch°¡ng trình giám sát ASFV t¿i TPCT giai đo¿n 2019 3 2022 122

4.4.3 So sánh giữa kết quÁ giám sát ASFV bằng real-time PCR và báo cáo á dịch ASF t¿i TPCT giai đo¿n 2019 3 2022 125

4.4.4 Đề xuÃt tiêu chí xây dựng ch°¡ng trình giám sát ASF t¿i TPCT và các tánh/thành ĐBSCL 128

4.4.5 Đề xuÃt cách khắc phÿc để nâng cao tính hißu quÁ cāa ch°¡ng trình giám sát 135

Ch°¢ng 5: K¿t luËn và đÁ xuÃt 137

5.1 Kết luận 137

5.2 Đề xuÃt 137

Tài liÇu tham khÁo 139

Danh māc các bài báo đã công bá 160

Phā lāc 161

xi

DANH SÁCH B ÀNG

1.1 Các mác thßi gian xuÃt hißn dịch bßnh ASF đầu tiên á các quác gia Châu

Á trên heo nhà và heo rừng

7

2.2 Sự tßn t¿i cāa ASFV trong các điều kißn khác nhau 14

2.4 Ch āng ASFV đ°ợc sử dÿng trong vißc phân lo¿i cāa cây di truyền phát

sinh loài dựa vào một phần đo¿n gene B646L (p72)

3.2 Danh sách các mẫu virus ASF thực hißn giÁi trình tự Sanger 77

3.4 Đo¿n mßi khuếch đ¿i các đo¿n gene mÿc tiêu bằng PCR truyền tháng 78 3.5 Chu trình nhi ßt cāa phÁn ăng PCR khuếch đ¿i đo¿n gene B646L 78 3.6 Chu trình nhißt cāa phÁn ăng PCR khuếch đ¿i đo¿n gene EP402R 78 3.7 Chu trình nhißt cāa phÁn ăng PCR khuếch đ¿i đo¿n gene E183L 79 3.8 Chu trình nhißt cāa phÁn ăng PCR khuếch đ¿i đo¿n gene IGR 79 3.9 Danh sách các mẫu virus ASF đ°ợc thực hißn giÁi trình tự NGS 81

xii

4.1 Tóm tắt về báo cáo đợt bùng phát ASF trong giai đo¿n 2019 ‒ 2022 87

4.3 Đặc điểm hß gene cāa ba chāng ASFV xác định t¿i ba khu vực khÁo sát 115 4.4 T áng sá mẫu giám sát bßnh ASF t¿i các quận/huyßn TPCT từ năm 2019 ‒

xiii

DANH SÁCH HÌNH

2.9 Đáp ăng miễn dịch cāa vật chā đái với sự xâm nhiễm cāa ASFV 42 2.10 ASFV biến đái đ¿i thực bào và tế bào tua về chăc năng và kiểu hình 43 2.11 T áng đàn heo cāa các tánh/thành ĐBSCL qua các năm 2020 3 2022 68 3.1 V ị trí quan sát, ghi nhận các bßnh tích bên ngoài cāa heo nhiễm bßnh

4.4 Biểu đß sá xã xÁy ra bßnh ASF theo tháng t¿i các tánh/thành ĐBSCL 96

4.5 Biểu hißn lâm sàng cāa heo bßnh ASF đ°ợc ghi nhận t¿i các địa điểm

nh° sau: tr°ßng hợp 1 (Hậu Giang), tr°ßng hợp 2 (Vĩnh Long) và tr°ßng

xiv

4.7 Bßnh tích vi thể cāa heo nhiễm bßnh ASF trong các tr°ßng hợp 1 (Hậu

Giang), tr°ßng hợp 2 (Vĩnh Long) và tr°ßng hợp 3 (Cần Th¡) 104 4.8 S¡ đß cây phát sinh loài dựa trên trình tự một phần đo¿n gene B646L

(p72) cāa các chāng virus khÁo sát và các chāng tham chiếu

108

4.9 S¡ đß cây phát sinh loài dựa trên trình tự một phần đo¿n gene EP402R

(CD2v) c āa các chāng virus khÁo sát và các chāng tham chiếu

110

4.10 Trình tự nucleotide trên đo¿n gene E183L (p54) cāa ASFV t¿i ĐBSCL

với một sá chāng ASFV tham chiếu

111

4.11 Trình tự nucleotide trên đo¿n gene IGR cāa ASFV t¿i ĐBSCL với một

sá chāng ASFV tham chiếu

113

4.12 So sánh trình tự toàn bộ hß gene giữa các ASFV l°u hành t¿i Cần Th¡,

Hậu Giang và Vĩnh Long đ°ợc so sánh với bộ gene chāng tham chiếu

Georgia 2007/1

115

4.13 Trình tự nucleotide trên đo¿n gene B646L (p72) cāa ASFV t¿i ĐBSCL

với một sá chāng ASFV tham chiếu

116

4.14 Trình tự nucleotide trên đo¿n gene EP402R (CD2v) cāa ASFV t¿i

ĐBSCL với một sá chāng ASFV tham chiếu

117

4.15 Trình tự nucleotide trên đo¿n gene B475L cāa ASFV á ba khu vực khÁo

sát với một sá chāng ASFV tham chiếu

120

4.16 So sánh táng sá á dịch ASF đ°ợc báo cáo và kết quÁ giám sát ASFV

bằng real-time PCR t¿i 8 quận/huyßn cāa TPCT

126

4.17 Tóm tắt đề xuÃt các tiêu chí xây dựng và thực hißn ch°¡ng trình giám

sát ASF t¿i TPCT và ĐBSCL

135

xv

DANH M ĀC TĆ VI¾T TÌT

ASFV African swine fever virus Virus dịch tÁ heo Châu Phi

thôn

CSFV Classical swine fever virus Virus dịch tÁ heo cá điển

FAO Food and Agriculture Organization

of the United Nations

T á chăc L°¡ng thực và Nông nghi ßp cāa Liên hợp quác

GIS Geographic Information System Hß tháng thông tin địa lý

Ig

Interferon

immunoglobulin Globulin miễn dịch

xvi

ISG Interferon-stimulated gene Gene kích thích interferon

LOD

MHC

Limits of detection The major histocompatibility complex

Giới h¿n phát hißn Phăc hợp t°¡ng thích mô chính

NCBI National Center for Biotechnology

Tế bào giết tự nhiên

Gi Ái trình tự gene thế hß mới OIE/WOAH

Office International des Epizooties/World Organisation for Animal Health

T á chăc Thú y Thế giới

PAMPs Pathogen associated molecular

patterns

Mô hình phân t ử liên quan đến

m ầm bßnh PBMCs

TPCT

Agriculture

Thành phá Cần Th¡

B ộ Nông nghißp Hoa Kỳ

WAHIS World Animal Health Information

System

Hß tháng Thông tin Dịch bßnh Thế giới

lên đến 95 3 100% (Sánchez‐Vizcaíno et al., 2019; Dixon et al., 2020) Bßnh ASF có

khÁ năng lây lan rộng với trißu chăng sát cao, xuÃt huyết trên nhiều c¡ quan nh° lách, phái, h¿ch lympho… (Blome et al., 2013) Ngoài tác động đến săc khße động vật và sinh kế cāa ng°ßi dân, bßnh ASF còn gây ra Ánh h°áng lớn đến th°¡ng m¿i toàn thế giới đái với ngành chăn nuôi heo và là mái đe dọa đái với an ninh l°¡ng thực toàn cầu trong thßi điểm hißn nay

Bßnh ASF xuÃt hißn lần đầu tiên á Châu Phi vào năm 1921, sau đó nhanh chóng lan rộng sang Châu Âu, Trung và Nam Mỹ Gần đây, bßnh cũng xuÃt hißn t¿i Trung Quác, Vißt Nam, Mông Cá, Campuchia, Lào và Hàn Quác (Guinat et al., 2016; Mazur-

Panasiuk et al., 2019) Cũng nh° á các quác gia khác trên thế giới, bßnh ASF trá thành

mái đe dọa cho ngành chăn nuôi heo và có thể gây hậu quÁ đặc bißt nghiêm trọng tới kinh tế xã hội á Vißt Nam Kể từ năm 2019 đến nay, một sá ít nghiên cău về bßnh lý cāa heo nhiễm ASF t¿i các á dịch cho thÃy rằng heo nhiễm bßnh có một sá trißu chăng đặc tr°ng nh° sát cao, bß ăn, nôn ói và xuÃt huyết nghiêm trọng á nhiều c¡ quan (Bùi Thị Tá Nga và ctv 2020; Tr°¡ng Quang Lâm và ctv 2020; Phan Thị Hßng Phúc và ctv 2020) Bên c¿nh đó, một sá nghiên cău khác đ°ợc thực hißn t¿i một sá tánh phía Bắc để xác định đặc điểm di truyền cāa ASFV l°u hành t¿i Vißt Nam và cho thÃy các ASFV phát hißn đ°ợc đều thuộc kiểu gene II và kiểu huyết thanh 8 (Jeong et al., 2019; Mai et al., 2021; Le et al., 2023) Bên c¿nh đó, nghiên cău t¿i một sá tánh miền Bắc Vißt Nam

đã ghi nhận sự hißn dißn cāa chāng ASFV tái tá hợp giữa kiểu gene I và kiểu gene II

đang l°u hành (Le et al., 2024) Hißn nay, vaccine phòng bßnh ASF á giai đo¿n đầu sử

dÿng thực địa, đái t°ợng đ°ợc chá định tiêm vaccine cho lăa tuái heo còn h¿n chế T¿i Vißt Nam, theo sá lißu tháng kê tình hình bßnh ASF cāa Táng cÿc Tháng kê năm 2019, bßnh ASF đã xÁy ra t¿i 8.527 xã thuộc 667 huyßn cāa tÃt cÁ các địa ph°¡ng trên cÁ n°ớc với táng sá heo tiêu hāy gần 6 trißu con; t°¡ng đ°¡ng với tángkhái l°ợng 340,8 nghìn tÃn (Táng cÿc Tháng kê, 2021) Đến nay, ASF vẫn tiếp tÿc diễn biến phăc t¿p t¿i Vißt nam Theo báo cáo tháng kê cāa Cÿc Thú y từ ngày 01/01/2024 3 09/10/2024, cÁ n°ớc ghi nhận 1.138 á dịch t¿i 47 tánh/thành phá, buộc tiêu hāy 69.095 con heo (Cÿc Thú y, 2024)

T¿i khu vực Đßng bằng sông Cửu Long (ĐBSCL), á dịch bßnh ASF đ°ợc phát hißn đầu tiên t¿i tánh Hậu Giang vào ngày 09/4/2019, sau đó bßnh lây lan rÃt nhanh và

2

phăc t¿p á trên 13/13 tánh/thành thuộc khu vực ĐBSCL Sau thßi gian dài bị thißt h¿i bái ASF, nhiều c¡ sá chăn nuôi thận trọng tái đàn vì chi phí đầu t° lớn và vẫn còn tâm

lý lo ng¿i dịch quay trá l¿i khi thực tế vaccine phòng bßnh ch°a mang l¿i hißu quÁ cao

Do đó, nghiên cău và đề xuÃt hß tháng các tiêu chí để xây dựng ch°¡ng trình giám sát ASFV dựa trên tình hình thực tế cāa địa ph°¡ng, nhằm kiểm soát và phòng, cháng dịch bßnh ASF là rÃt quan trọng Để nâng cao tính hißu quÁ cāa các ch°¡ng trình giám sát, tr°ớc tiên cần phÁi hiểu rõ đ°ợc một sá tiêu chí đề ra để phù hợp với điều kißn dịch tễ cāa bßnh á địa ph°¡ng nh° thßi gian và các khu vực có nguy c¡ xÁy ra dịch bßnh cao,

sự phái hợp giữa các tá chăc liên quan từ đó tìm ra các bißn pháp phòng, cháng dịch hißu quÁ, giÁm thiểu thißt h¿i do dịch bßnh gây ra T¿i ĐBSCL, một sá nghiên cău về xác định các yếu tá làm tăng nguy c¡ nhiễm bßnh ASF đã đ°ợc thực hißn t¿i các c¡ sá chăn nuôi heo Cÿ thể phân tích các yếu tá nguy c¡ liên quan đến bßnh cho thÃy, nguy c¡ cao nhÃt là khoÁng cách với đ°ßng giao thông chính d°ới 1 km, ngußn thăc ăn và con giáng từ bên ngoài, con ng°ßi, gần chợ và các tr¿i chăn nuôi có dịch bßnh (Tr°¡ng

Văn Hiểu và ctv 2020) Tuy nhiên, đến nay vẫn ch°a có công trình nghiên cău nào đ°ợc

thực hißn một cách hß tháng về đặc điểm dịch tễ, bßnh lý cāa bßnh và đặc điểm di truyền cāa virus gây bßnh ASF t¿i ĐBSCL Do đó, vißc nghiên cău đặc điểm dịch tễ, bßnh lý trên heo nhiễm bßnh và xác định chāng ASFV l°u hành t¿i các tánh/thành thuộc khu vực ĐBSCL là cÃp thiết; để từ đó có thể tìm ra các bißn pháp phòng, cháng, dịch hißu quÁ, giÁm thiểu thißt h¿i do bßnh ASF gây ra Để hiểu rõ và giÁi quyết một cách khoa học, hißu quÁ những vÃn đề đặt ra nh° trên, đề tài <Nghiên cąu đ¿c điÃm dËch tÅ, bÇnh lý

và s č l°u hành căa virus dËch tÁ heo Châu Phi t¿i mßt sá tÉnh Đãng bÏng sông Cĉu Long= đ°ợc thực hißn

1.2 Nh ċng đóng góp mái vÁ khoa hÍc

Đây là công trình nghiên cău đầu tiên t¿i Vißt Nam giÁi trình tự toàn bộ hß gene ASFV l°u hành t¿i Vißt Nam và đ°ợc công bá trên Ngân hàng gene Kết quÁ nghiên

cău cāa luận án sẽ là ngußn t° lißu khoa học quan trọng về một sá đặc điểm di truyền

và sự biến đái cāa virus l°u hành từ đó cung cÃp các thông tin cho vißc nghiên cău lựa chọn các vaccine phòng bßnh ASF trong t°¡ng lai

Đây cũng là công trình nghiên cău đầu tiên t¿i ĐBSCL về phân tích diễn biến á dịch ASF theo không gian và thßi gian mang tính hß tháng, đ°ợc thực hißn t¿i các tánh/thành ĐBSCL trong khoÁng thßi gian 2019 3 2022 Những kết quÁ và đánh giá thu đ°ợc sẽ giúp xác định đ°ợc sự phân bá á dịch, những địa ph°¡ng có nguy c¡ cao xÁy

ra á dịch từ đó giúp xác định các b°ớc cần thiết cho vißc hoàn thißn và nâng cao hißu quÁ các chiến l°ợc phòng, cháng bßnh ASF t¿i các tánh/thành ĐBSCL

Những kết quÁ và đánh giá thu đ°ợc sẽ là ngußn tham khÁo khoa học quan trọng Bên c¿nh đó, công trình nghiên cău này đã đề xuÃt các tiêu chí để xây dựng ch°¡ng

3

trình giám sát ASFV t¿i ĐBSCL qua đánh giá kết quÁ ch°¡ng trình giám sát ASF t¿i Thành phá Cần Th¡ (TPCT) giai đo¿n 2019 3 2022 kết hợp với kết quÁ nghiên cău khoa học cāa luận án này Từ các kết quÁ khoa học cāa nghiên cău, luận án đã đề ra ch°¡ng trình giám sát sự l°u hành cāa ASFV nhằm kiểm soát dịch bßnh ASF có hißu quÁ t¿i các tánh/thành ĐBSCL nói riêng và Vißt Nam nói chung

1.3 M āc tiêu nghiên cąu căa đÁ tài

Xác định một sá đặc điểm dịch tễ bßnh ASF t¿i một sá tánh/thành ĐBSCL giai đo¿n 2019 3 2022

Xác định một sá đặc điểm bßnh lý bao gßm trißu chăng, bßnh tích đ¿i thể và vi thể cāa heo nhiễm bßnh ASF t¿i một sá tánh/thành thuộc ĐBSCL

Xác định kiểu gene, kiểu huyết thanh và một sá đặc điểm di truyền cāa các chāng ASFV l°u hành t¿i ĐBSCL

Đánh giá hißu quÁ và xây dựng ch°¡ng trình giám sát sự l°u hành cāa ASFV ăng phó dịch bßnh ASF

1.4 Ý ngh*a khoa hÍc căa luËn án

Nghiên cău đ°ợc thực hißn với sự kết hợp các ph°¡ng pháp nghiên cău c¡ bÁn, hißn đ¿i và kinh nghißm thực tiễn, có dung l°ợng nghiên cău lớn, giá trị khoa học và độ tin cậy cao

Đây là nghiên cău đầu tiên mang tính hß tháng trên ph¿m vi rộng 10 tánh/thành ĐBSCL và mô tÁ suát giai đo¿n từ năm 2019 3 2022 Nghiên cău này tiếp cận ph°¡ng pháp nghiên cău <Dịch tễ học mô tÁ= để mô tÁ diễn biến không gian và thßi gian cāa các á dịch, để từ đó rút ra một sá đặc điểm dịch tễ quan trọng cāa bßnh ASF t¿i ĐBSCL Bên c¿nh đó, các đ¡n vị quÁn lý chuyên ngành nh° Chi cÿc Chăn nuôi và Thú y á các địa ph°¡ng có thể xem xét, tiếp cận ph°¡ng pháp những kết quÁ từ nghiên cău này kết hợp với hß tháng WAHIS có sẵn cāa Cÿc Thú y, đ¡n giÁn và hißu quÁ trong vißc báo cáo và phòng cháng bßnh ASF nói riêng và dịch bßnh động vật nói chung

Dựa trên các kết quÁ nghiên cău về dịch tễ, bßnh lý và di truyền cāa ASFV l°u hành t¿i khu vực ĐBSCL, kết quÁ cāa luận án sẽ là c¡ sá khoa học cho những nghiên cău tiếp theo về biến đái di truyền, đặc điểm sinh học cāa ASFV Bên c¿nh đó, đề tài còn cung cÃp những thông tin quan trọng về dịch tễ trong vißc xây dựng ch°¡ng trình giám sát sự l°u hành cāa ASFV, xây dựng các bißn pháp phòng, cháng dịch bßnh ASF hißu quÁ, góp phần vào sự phát triển ngành chăn nuôi heo t¿i ĐBSCL nói riêng và Vißt Nam nói chung

Một ý nghĩa khoa học mang tính chuyên sâu cāa luận án thực hißn giÁi trình tự toàn bộ hß gene cāa ASFV l°u hành t¿i ĐBSCL và đây là kết quÁ toàn bộ hß gene ASFV

5

CH¯¡NG 2: TäNG QUAN TÀI LIÆU

2.1 S¢ l°ÿc vÁ bÇnh dËch tÁ heo Châu Phi

Bßnh Dịch tÁ heo Châu Phi (African swine fever 3 ASF) là một bßnh truyền nhiễm có khÁ năng lây lan nhanh do virus dịch tÁ heo Châu Phi (African swine fever virus 3 ASFV) gây ra với trißu chăng sát cao, xuÃt huyết đa c¡ quan á cÁ heo rừng và

heo nhà (Blome et al., 2012) ASFV là DNA virus có đ°ßng kính lớn thuộc họ Asfarviridae (Solas et al., 1999), nhân lên trong tế bào đ¡n nhân lớn và đi khắp c¡ thể

thông qua m¿ch máu và hß b¿ch huyết

Dịch tÁ heo Châu Phi đ°ợc ghi nhận đầu tiên vào năm 1920 á Kenya (Montgomery, 1921), sau đó tình hình bßnh đã thay đái hoàn toàn từ năm 2007, khi bßnh xuÃt hißn t¿i Georgia, Moldova, Nga, Ukraine và Belarus Sau khi xuÃt hißn á Lisbon, Portugal năm 1960, ASF tiếp tÿc lan truyền qua các n°ớc khác á châu Âu, bao gßm Spain (1960-1995), France (1964, 1967 and 1974), Italy (1967, 1969 and 1993), Andorra (1974), Malta (1978), Belgium (1985) và Netherlands (1986) Cho đến năm 1995, ASF

đã đ°ợc lo¿i trừ á tÃt cÁ các quác gia châu Âu, trừ vùng Sardinia á Italy

(Sánchez-Vizcaíno et al., 2012)

Sau đó, vào năm 2014, bßnh lây lan sang Ba Lan và ba n°ớc vùng Baltic (Estonia, Latvia, Litva), tiếp tÿc lan ra các quác gia nh° Bá, Hungary, Cộng hòa Séc, Romania,

Bulgaria, Slovakia và Serbia vào năm 2018 (Dixon et al., 2020) Đặc bißt, vào năm 2018

ASF đã lây lan sang Trung Quác, n¡i có đàn heo lớn nhÃt thế giới Đến tháng 08/2018, dịch ASF xuÃt hißn và nhanh chóng có mặt t¿i 27 tánh thành cāa Trung Quác tr°ớc khi vào Vißt Nam vào tháng 02/2019 (Le et al., 2019) và nhanh chóng Ánh h°áng đến nhiều

quác gia lân cận nh° Mông Cá, Vißt Nam, Campuchia, Hßng Kông, Triều Tiên, Lào, Philippines, Myanmar, Hàn Quác, Timor-Leste, Indonesia, Papua New Guinea, Ân Độ, Malaysia, Bhutan và gần đây nhÃt là Thái Lan (FAO, 2022) Nhiều nghiên cău về di truyền cāa ASFV đã nhận định rằng các chāng ASFV đ°ợc phát hißn á khu vực Bắc Trung Bộ cāa Vißt Nam rÃt có khÁ năng có ngußn gác hoặc có mái quan hß di truyền

t°¡ng đßng với các chāng ASFV đ°ợc phát hißn á Trung Quác năm 2018 (Tran et al., 2020; Tran et al., 2022)

Mặc dù đã triển khai các bißn pháp phòng, cháng tr°ớc đó, tuy nhiên chá trong thßi gian ngắn, Vißt Nam liên tÿc xuÃt hißn các á dịch mới á 63 tánh thành trên cÁ n°ớc (Tran

et al., 2021b) T¿i Vißt Nam, theo sá lißu tháng kê tình hình bßnh ASF cāa Táng cÿc Tháng kê năm 2019, bßnh ASF đã xÁy ra t¿i 8.527 xã thuộc 667 huyßn cāa tÃt cÁ các địa ph°¡ng trên cÁ n°ớc với táng sá heo tiêu hāy gần 6 trißu con; t°¡ng đ°¡ng với táng

khái l°ợng 340,8 nghìn tÃn (Táng cÿc Tháng kê, 2021) Theo báo cáo tháng kê cāa Cÿc Thú y từ ngày 01/01/2024 3 09/10/2024, cÁ n°ớc ghi nhận 1.138 á dịch t¿i 47 tánh/thành

Một sá nghiên cău đã đ°ợc thực hißn t¿i một sá tánh phía Bắc để xác định đặc điểm

di truyền cāa ASFV l°u hành t¿i Vißt Nam và cho thÃy các ASFV phát hißn đ°ợc đều thuộc kiểu gene II và kiểu huyết thanh 8 (Jeong et al., 2019; Mai et al., 2021; Le et al., 2023) Những nghiên cău đây vào đầu năm 2024 t¿i một sá tánh Bắc Vißt Nam đã ghi nhận có sự hißn dißn cāa chāng ASFV tái tá hợp giữa kiểu gene I và kiểu gene II đang

l°u hành (Le et al., 2024)

2.2 L Ëch sĉ bÇnh ASF

Năm 1921, ASF đ°ợc xác định á Kenya, ASFV vẫn là loài đặc hữu á Châu Phi,

đ°ợc duy trì trong một chu kỳ lây nhiễm động vật hoang dã giữa ve mềm Ornithodoros

và loài heo Phacochoerus africanus không biểu hißn lâm sàng khi nhiễm ASFV Tuy

nhiên, ASFV gây ra sự tàn phá và thißt h¿i lớn kinh tế đái với heo nhà và heo rừng Không có vaccine phòng bßnh ASF và các bißn pháp kiểm soát hißn t¿i bao gßm các quy trình kiểm dịch và tiêu hāy động vật nghiêm ngặt (Kreindel et al., 2018)

Từ cuái những năm 1950 đến đầu những năm 1980, kiểu gene I cāa ASFV xuÃt hißn á Châu Âu, Nga, Caribe và Nam Mỹ ASFV lần đầu tiên đ°ợc xác định á Châu Âu vào năm 1957 á Bß Đào Nha, sau đó tiếp tÿc phát hißn vào năm 1960 và nhanh chóng lan sang Tây Ban Nha, Ý, Pháp, Sardinia, Malta, Bá và Hà Lan Bßnh ASF đ°ợc báo cáo lần đầu tiên á Nga vào năm 1977 Vào cuái những năm 1970, dịch ASF nái lên á Brazil, Cuba và các đÁo Caribe, với đợt bùng phát cuái cùng á Châu Mỹ xÁy ra từ năm 1980

đến năm 1984 (Kreindel et al., 2018)

Vào những năm 1990, dịch bßnh ASF đã đ°ợc thanh toán bên ngoài Châu Phi, ngo¿i trừ một đợt bùng phát bißt lập á Bß Đào Nha vào năm 1999 và đÁo Sardinia, n¡i ASFV vẫn còn l°u hành phá biến hißn nay (Kreindel et al., 2018)

Năm 2007, một lần nữa dịch bßnh ASF l¿i bùng phát, kiểu gene II xuÃt hißn á Cộng hòa Georgia và tiếp tÿc lây lan qua khu vực Caucasus và sau đó xâm nhập vào Liên bang

Nga và Đông Âu, n¡i ASFV tiếp tÿc l°u hành và lan rộng (Kreindel et al., 2018)

Năm 2018, dịch bßnh ASF tái xuÃt hißn á Tây Bắc Châu Âu t¿i Bá trên heo rừng

(Kreindel et al., 2018) T¿i Châu Á, dựa trên c¡ sá dữ lißu EMPRES-i, Trung Quác là

quác gia Châu Á duy nhÃt bị nhiễm ASFV vào năm 2018, với táng sá 104 á dịch đ°ợc báo cáo; c¡ sá dữ lißu WAHIS ghi l¿i ít nhÃt khoÁng 358.000 động vật mẫn cÁm và

7

12.700 động vật bị nhiễm bßnh (BÁng 1.1 và 1.2) Năm 2019, bßnh nhanh chóng lây lan sang các n°ớc láng giềng Đông và Đông Nam Á, gßm 11 quác gia và khu vực bao gßm Mông Cá, Vißt Nam, Campuchia, Hßng Kông, Bắc Triều Tiên, Lào, Philippines, Myanmar, Indonesia, Timor-Leste và Hàn Quác (WAHIS, 2023) Táng cộng có 695 báo cáo đ°ợc ghi nhận trong c¡ sá dữ lißu năm đó, phần lớn có ngußn gác từ heo nhà cũng nh° một sá ít tr°ßng hợp heo rừng (BÁng 1.2) (FAO, 2023) Sự phân bá s¡ bộ về sá lần xuÃt hißn dịch bßnh ASF trong năm 2020 t°¡ng tự nh° năm 2019, với sá l°ợng đ°ợc báo cáo cao nhÃt từ tr°ớc đến nay (1.743) do dịch bßnh lây lan liên tÿc trong khu vực Đông và Đông Nam Á (FAO, 2023) KhoÁng một nửa sá báo cáo này bắt ngußn từ heo rừng, chā yếu là do sự lây lan cāa bßnh ASF trên heo rừng á Hàn Quác (FAO, 2023) Cùng năm đó, Ân Độ xác nhận đợt bùng phát ASF đầu tiên á Nam Á (WAHIS, 2023)

Tỷ lß phân bá về dịch bßnh ASF đ°ợc báo cáo khá giáng với năm 2019, tuy nhiên, khoÁng 65% sá báo cáo vào năm 2021 liên quan đến heo rừng á Hàn Quác Các đợt bùng phát dịch bßnh ASF mới đã đ°ợc xác nhận á Malaysia, Bhutan và Thái Lan, trong đó một sá tr°ßng hợp heo rừng đ°ợc báo cáo á Malaysia Ngoài tình tr¿ng dịch bßnh ASF liên tÿc lan rộng khắp Đông và Đông Nam Á, một sá báo cáo từ năm 2019 đến năm 2021 về ASF đ°ợc ghi nhận á cÁ heo nhà và heo rừng đã đ°ợc báo cáo cập nhật liên tÿc á vùng Viễn Đông Nga, dọc theo biên giới Trung Quác Trong đó, bßnh ASF mới đ°ợc xác nhận á Nepal vào năm 2022, các báo cáo dịch bßnh ASF t¿i Trung Quác đã giÁm đáng kể Bên c¿nh đó, các báo cáo đ°ợc tập trung á các n°ớc Đông Nam

Á, đặc bißt là Thái Lan, Vißt Nam và Philippines Vào tháng 2 năm 2023, Singapore mới báo cáo ghi nhận tr°ßng hợp nhiễm ASFV á heo rừng, nâng táng sá quác gia/khu vực có nhiễm ASFV á Châu Á lên 18 (BÁng 1.2) (Ito et al., 2023)

B Áng 1.1: Báo cáo th°ßng niên về dịch bßnh ASF t¿i Châu Á

Nm T ång sá å

d Ëch báo cáo

S á å dËch trên đàn heo nhà

S á å dËch trên đàn heo rćng

S á heo cÁm nhi Åm

S á heo nhi Åm bÇnh

Ngußn: Kết quả được trích xuất từ dữ liệu của EMPRES-I

2.3 Đ¿c điÃm căa ASFV

2.2.1 C Ãu t¿o căa ASFV

Virus dịch tÁ heo Châu Phi là một lo¿i virus có DNA sợi kép, hình tă dißn, m¿ch thẳng nhân lên chā yếu trong tế bào chÃt cāa tế bào bị nhiễm bßnh (Hình 2.1) Tr°ớc

đây nó đ°ợc phân lo¿i vào Iridoviridae, dựa trên hình thái capside cāa nó, ASFV đã

đ°ợc phân lo¿i l¿i vào năm 2001 và hißn là thành viên duy nhÃt đ°ợc biết đến cāa họ

9

Asfarviridae trong chi Asfivirus, là một nhánh riêng giữa Poxviridae và Iridovirida H¡n

nữa, sự giáng nhau cāa capside giữa ASFV và Iridovirus đã dẫn đến ý t°áng về mái quan hß tiến hóa giữa các virus Virus có đ°ßng kính từ 180 3 220 nm bao gßm một nucleocapside đ°ợc bao quanh bái lipid và icosaheral capside Bộ gene thay đái từ 170

3 193 Kbp (Dixon et al., 2013)

ASFV có bộ gene từ 151 đến 167 khung đọc má (Open reading frames 3 ORFs) tùy thuộc vào chāng virus, nó mã hóa cho 150 3 200 protein cāa virus, gßm khoÁng 68 protein cÃu trúc (structural proteins) và h¡n 100 protein phi cÃu trúc (non-structural

proteins) (Wang et al., 2021) Ba vùng quan trọng chính đã đ°ợc xác định từ các nghiên

cău phân lập và giÁi trình tự ASFV là: một vùng trung tâm (Central variable region 3 CVR) cá định 125 Kb chăa hầu hết các gene cho sự sao chép và điều hòa virus cāa tế bào chā; hai vùng biến đái á hai đầu cāa bộ gene đ°ợc gọi là Left variable regions 3 LVR 40 Kb và Right variable regions 3 RVR 20 Kb Sự thay đái độ dài chā yếu là do

sự tăng hoặc giÁm các ORFs cāa Multigene families 3 MGFs trong vùng biến đái Hai MGF chính là MGF3360 và MGF3505 đ°ợc xác định trong vùng biến đái chăa các gene 1329L và A528R liên quan đến vißc điều chánh các phÁn ăng miễn dịch cāa vật chā Một gene quan trọng khác là B646L mã hóa cho protein capside chính là p72

Từ nghiên cău cāa Quembo et al (2008) về đặc điểm di truyền cāa ASFV cho thÃy đặc tính di truyền cāa tÃt cÁ các chāng ASFV đ°ợc biết đến cho tới nay đã chăng minh có 24 kiểu gene liên quan với nhiều nhóm nhß và phần nào minh họa sự phăc t¿p cāa dịch tễ học bßnh ASF

Hình 2.1: Hình d¿ng và cÃu t¿o cāa ASFV (Freitas & Lyra, 2018)

Phân lo ại kiểu gene

Phân lo¿i kiểu gene cāa ASFV dựa trên trình tự nucleotide cāa gene B646L mã hóa cho protein p72, thành phần chính cāa vß capsid cāa ASFV, vừa đ¡n giÁn, vừa nhanh trong vißc xác định kiểu gene ASFV, tuy nhiên, vißc phân lo¿i dựa trên gene p72 không cho phép phân bißt các chāng virus với các đặc điểm sinh học, kiểu hình khác

10

nhau (Malogolovkin et al., 2015) Hißn nay để xác định kiểu di truyền cāa ASFV, ngoài

gene p72, các nhà nghiên cău còn dựa trên trình tự nucleotide cāa các gene nh° p54

(E183L), p30 (CP205L) và B602L genes (Gallardo et al., 2009) và gần đây là trình tự

nucleotide vùng CVR (central variable region), cho phép phân lo¿i các chāng ASFV trong cùng một kiểu gene (Gallardo et al., 2014) Cho đến nay, theo phân lo¿i phân tử dựa trên trình tự nucleotide cāa vùng 3' terminal cāa gene B646L, các chāng ASFV trên thế giới đ°ợc xếp vào 24 kiểu gene (OIE, 2019) TÃt cÁ 24 kiểu gene cāa ASFV đều đã hißn dißn á Châu Phi (Hakizimana et al., 2020), nh°ng chá có kiểu gene I và kiểu gene

II lan truyền ra các Châu lÿc khác T¿i Châu Âu, kiểu gene I l°u hành từ năm 1978 á đÁo Sardinia cāa Ý Kiểu gene II bắt đầu lan truyền m¿nh á khu vực Đông Âu từ năm

2007, sau đó lan truyền qua các n°ớc Tây Âu, và Châu Á, bao gßm cÁ các chāng ASFV gây ra các á dịch t¿i Trung Quác (Ge et al., 2018), Hàn quác (Kim et al., 2019) và Vißt

Nam (Tran et al., 2020; Mai et al., 2021; Tran et al., 2021a) Phân tích di truyền cho

thÃy sự đa d¿ng di truyền cāa ASFV có liên quan đến kiểu chu trình và sá loài vật chā tham gia vào chu trình truyền lây cāa ASFV Các nghiên cău đều ghi nhận, cho đến nay,

sự đa d¿ng di truyền phăc t¿p và nhiều nhÃt đ°ợc ghi nhận á các chāng ASFV phân lập đ°ợc á Châu Phi và nhÃt là á vùng Đông Phi, n¡i chu trình truyền lây cāa ASFV liên quan đến heo rừng và các loài ve

Vißc giÁi trình tự nucleotide toàn bộ gene cāa ASFV để xác định các biến chāng rÃt khó khăn vì ASFV có bộ gene rÃt lớn Do vậy, trên thực tế, để phân bißt các chāng ASFV trong cùng một kiểu gene có thể dựa theo trình tự nucleotide cāa các chuỗi lặp (Tandem repeat sequences 3 TRS) trên vùng trung tâm (Central variable region 3 CVR) cāa gene B602L (Gallardo et al., 2009; Hakizimana et al., 2020) và vùng gene nằm giữa

2 gene 173R và 1329L (Gallardo et al., 2014) Mặt khác, để xác định chính xác mái liên

hß ngußn gác cāa các chāng ASFV thực địa, trình tự nucleotide cāa các gene E183L mã hóa protein p54, gene CP204L mã hóa protein p30 và gene EP402R mã hóa protein CD2v cũng cần đ°ợc phân tích

Phân loại kiểu huyết thanh

Kiểu huyết thanh cāa ASFV có thể đ°ợc xác định theo hai ph°¡ng pháp: huyết thanh học với phÁn ăng ngăn trá hÃp phÿ hßng cầu heo (Haemadsorption inhibition 3 HAI) hoặc dựa trên trình tự gene CD2v (EP402R) và C-type lectin (EP153R) cāa ASFV

(Malogolovkin et al., 2015) Protein CD2v và C-type lectin có tính đặc hißu miễn dịch,

t¿o kháng thể bÁo hộ đái với ASFV đßng chāng (homologous ASFV infection), tham gia vào phÁn ăng ngăn trá hÃp phÿ hßng cầu heo xác định kiểu kháng nguyên cāa ASFV

và có thể là các kháng nguyên quan trọng cāa vaccine phòng bßnh ASF C¡ chế cāa hißn

t°ợng hÃp phÿ hßng cầu trên tế bào nhiễm ASFV đã đ°ợc Rodriguez và ctv (1993) xác

định là nhß vào protein CD2v mã hóa bái gene EP402R cāa ASFV Protein CD2v cāa ASFV có cÃu trúc t°¡ng tự nh° protein CD2 cāa tế bào vật chā và là yếu tá gây nên sự

11

hÃp phÿ hßng cầu lên tế bào nhiễm virus Trên thực tế, dựa theo phÁn ăng HAI, Balyshev

et al. (1999) đã chia các chāng ASFV thành m°ßi nhóm, bao gßm tám nhóm kháng nguyên đã đ°ợc xác định, một nhóm ch°a đ°ợc xác định (non-serotyped strains) và một nhóm khác kiểu gene (heterogeneous isolates) Kỹ thuật HAI đ°ợc các nhà nghiên cău cāa vißn Pokrov Institute (hißn nay là Federal Research Center for Virology and Microbiology) cāa Nga thực hißn và đ°ợc sử dÿng rộng rãi để xác định kiểu kháng nguyên cāa ASFV

Dựa trên phân tích nucleotide gene CD2v, Ge et al (2018) đã xác định các chāng ASFV gây ra các á dịch á Trung Quác thuộc về serogroup 8 T°¡ng tự Kim et al (2019)

và Li et al (2019) cũng ghi nhận chāng ASFV gây bßnh t¿i Hàn Quác thuộc kiểu gene

II dựa theo gene p72 và kiểu huyết thanh 8 Kiểu huyết thanh 8 cũng là kiểu kháng nguyên cāa các chāng virus gây ra các á dịch ASF t¿i Vißt Nam (Tran et al., 2020; Mai

et al., 2021)

Một kiểu gene ASFV có thể gßm nhiều chāng thuộc các kiểu huyết thanh khác nhau và không có miễn dịch chéo giữa các kiểu huyết thanh cāa ASFV Ví dÿ, các chāng ASFV thuộc serogroups 1, 2, và 4 đều thuộc về kiểu gene I, nh°ng l¿i không hißn dißn

á các kiểu gene khác Hai chāng ASFV TSP80 (serogroup 5) và TS-7 (serogroup 6) thuộc về kiểu gene X Rõ ràng, vißc phân lo¿i kiểu gene ASFV dựa trên gene p72 không

hoàn toàn đßng nhÃt với kiểu huyết thanh cāa ASFV (Malogolovkin et al., 2015) Vì

thế, vißc xác định kiểu gene dựa theo gene p72 có ý nghĩa phân lo¿i, dịch tễ nhiều h¡n

là °ớc đoán đ°ợc hißu quÁ miễn dịch bÁo hộ đái với ASFV Điều này có nghĩa là, trong tr°ßng hợp chāng ASFV vaccine và các chāng ASFV gây bßnh tuy thuộc cùng một kiểu gene, nh°ng khác kiểu huyết thanh thì cũng không thể có đ°ợc miễn dịch bÁo hộ chéo Nh° vậy, giÁi pháp vaccine để kiểm soát dịch bßnh ASF cần dựa trên sự phân tích và xác định kiểu huyết thanh h¡n là kiểu gene cāa ASFV

2.2.2 S č nhân lên căa virus trong t¿ bào

Virus xâm nhập vào các đ¿i thực bào bằng một sá c¡ chế bao gßm điều hòa nội bào thông qua các thÿ thể trung gian (receptor-mediated), protein clathrin (clathrin-mediated), sự điều hòa dynamin, thực bào và đ¿i nhập nội bào (hÃp thu các phân tử hòa tan và n°ớc vào tế bào) Các protein cāa virus p12, p30 và p54 đều tham gia vào quá trình xâm nhập và t¿o điều kißn cho virus gắn vào một sá thÿ thể bao gßm CD163 Khi

đã vào bên trong endosome, virus sẽ giÁi mã và giÁi phóng DNA vào tế bào chÃt n¡i phần lớn sự sao chép xÁy ra Virion cāa virus táng hợp trong cytosol gần nhân và cÁ hai chuỗi DNA đ°ợc sử dÿng để mã hóa protein virus Mặc dù có bộ máy phiên mã riêng nh°ng virus vẫn phÿ thuộc nhiều vào tế bào chā để thực hißn quá trình sao chép để nhân lên Sau khi hoàn thành quá trình sao chép DNA cāa virus sau đó đ°ợc táng hợp t¿o thành các virion tr°áng thành và thoát khßi tế bào thông qua quá trình xuÃt bào hoặc

12

quá trình chết theo ch°¡ng trình cāa tế bào (Foster, 2018) Chu kì nhân lên cāa ASFV trong tế bào đ°ợc thể hißn á Hình 2.2

T°¡ng tự nh° các lo¿i virus DNA lớn khác nh° poxvirus và herpesvirus, ASFV

sử dÿng biểu hißn gene t¿m thßi RNA polymerase cāa virus nhận biết và bắt đầu biểu hißn các gene sớm, trung gian và muộn trong suát các giai đo¿n t°¡ng ăng cāa chu kỳ sao chép ASFV Sự biểu hißn gene sớm xÁy ra vào khoÁng 4 3 6 giß sau nhiễm trùng (hpi) và t¿o ra các protein cần thiết cho sự nhân lên cāa virus à măc 6 3 8 hpi, quá trình sao chép ASFV đ°ợc bắt đầu thông qua DNA polymerase cāa chính nó đ°ợc mã hóa bái gene G1211R Trong khi sự sao chép cāa ASFV chā yếu xÁy ra á vùng quanh nhân cāa tế bào chÃt, thì giai đo¿n sao chép ngắn ban đầu diễn ra trong nhân tế bào (Simoes

et al., 2019) Sau đó, sự biểu hißn gene trung gian và muộn diễn ra á măc 8 3 16 hpi t¿o

ra các protein cÃu trúc đ°ợc tích hợp vào virion ASFV mã hóa enzyme liên hợp ubiquitin E2 (E215L), protein giáng histone (pA104R), helicase RNA (QP509L và Q706L) và topoisomerase II (pP1192R) đều đã đ°ợc chăng minh là có khÁ năng định vị các nhà máy sÁn xuÃt virus cũng nh° lan tßa trong tế bào chÃt và nhân tế bào Các nghiên cău về định vị và biểu hißn cùng với các thí nghißm lo¿i bß siRNA chá ra rằng các yếu

tá virus này đóng vai trò quan trọng trong quá trình biểu hißn gene ASFV, sao chép và

đóng gói bộ gene (Karger et al., 2019)

Hình 2.2: Chu kỳ nhân lên cāa ASFV trong tế bào (Gaudreault et al., 2020)

13

2.3.3 S ąc đÁ kháng

ASFV có săc đề kháng cao, có khÁ năng chịu đ°ợc á nhißt độ thÃp, ASFV đ°ợc tìm thÃy trong máu, c¡ quan, dịch bài tiết từ heo nhiễm bßnh và các heo chết bái bßnh này Trong thịt heo sáng hoặc nÃu á nhißt độ không cao virus có thể tßn t¿i khoÁng 3 3

6 tháng, á nhißt độ 56ºC tßn t¿i đ°ợc 70 phút, á nhißt độ 60ºC trong 20 phút, trong máu

đã phân hāy đ°ợc 5 tuần, trong máu khô đ°ợc 70 ngày, trong phân á nhißt độ phòng đ°ợc 11 ngày, trong máu á nhißt độ 40ºC đ°ợc 18 tháng, trong thịt dính x°¡ng á nhißt

độ 39ºC đ°ợc 150 ngày, trong giăm bông đ°ợc 140 ngày (BÁng 2.1 và 2.2)

BÁng 2.1: Sự tßn t¿i cāa ASFV trong thịt và sÁn phẩm từ thịt (Adkins et al., 2004)

S Án phÇm Th ãi gian sáng căa virus (ngày)

Trong môi tr°ßng không có huyết thanh, virus có thể bị phá hāy á pH < 3,9 hoặc

á pH > 11,5 Môi tr°ßng có huyết thanh virus có thể tßn t¿i đ°ợc á pH = 13,4 trong 7 ngày, không có huyết thanh virus có thể sáng đ°ợc 21 giß (EFSA, 2010)

Hóa chÃt để dißt virus bao gßm ether, chloroform và hợp chÃt iodine hoặc sử dÿng sodium hydroxide với tỷ lß 0,8% hoặc formalin với tỷ lß 0,3% hoặc chÃt tẩy trắng hypochlorite chăa chlorine 2,3%, chÃt ortho phenylphenol 3% nh°ng phÁi duy trì thßi gian 30 phút (OIE, 2019)

Về mặt thực nghißm, natri hoặc canxi hydroxit đ°ợc thêm vào bùn đến nßng độ cuái cùng là 0,5% làm giÁm hißu giá ASFV ít nhÃt 3 log10 chu kỳ trong vòng 30 phút á

4 và 22°C (Turner & Williams, 1999) Natri hydroxit loãng h¡n (0,2%) chá có hißu quÁ t°¡ng tự á nhißt độ Ãm h¡n Sự bÃt ho¿t nhanh chóng (h¡n 4 log10 chu kỳ trong 2,5 phút) đ°ợc quan sát thÃy với 1% mỗi lo¿i hóa chÃt, á 4°C Nghiên cău t°¡ng tự đã kết luận

rằng vißc đun nóng bùn đến 60°C làm giÁm h¡n 4 log10 chu kỳ hißu giá cāa ASFV trong

2 đến 4 phút Nhißt cũng có thể đ°ợc sử dÿng để giúp khử trùng xe tÁi vận chuyển heo

14

(Van Kessel et al., 2020) và sự kết hợp giữa xử lý nhißt và dißt khuẩn th°ßng có thể có

tác dÿng hißp đßng (Gradel et al., 2004)

Khuyến cáo cāa Tá chăc Thú y Thế giới (OIE) về các chÃt khử trùng cháng l¿i ASFV (OIE, 2021) là:

Natri hydroxit, 0,8% trong 30 phút

Hypochlorite, từ 0,03 đến 0,5% clo khÁ dÿng trong 30 phút

để khử trùng các bề mặt căng, không xáp cāa máy bay và các thiết bị liên quan (Wales

& Davies, 2021)

B Áng 2.2: Sự tßn t¿i cāa ASFV trong các điều kißn khác nhau (EFSA, 2010)

2.3.4 Đ¿c điÃm gene và cÃu trúc căa ASFV

C Ãu t¿o protein căa ASFV

ASFV có bộ gene rÃt lớn, °ớc tính mã hóa từ 150 3 200 proteins Alejo et al (2018)

đã xác định đ°ợc 68 protein, t°¡ng ăng với 39% mã hóa cāa bộ gene cāa ASFV, bao gßm các protein chăc năng và hình thái cāa virus (p72, p150, p37, p34, p14, p5, p35, p15, p8, pS273 p17, pE183L, p49, pE120R, p10 và pA104R), protein phiên mã và biển

15

đái ARN virus (pB962L, pD1133L, pNP1450L, pEP1242L, PG1340L, pQ706L, pNP868R, pC475L, pH359L, pD205R, pD339L, pEP424R và pC147L), protein duy trì cÃu trúc bộ gene (pO174L, pNP419L, pE296R và pE165R), virus xâm nhập (p12, pE248R và pE199L), protein giúp virus trán thoát sự phòng vß cāa vật chā (pEP402R

và pA224R), protein khác đã biết chăc năng (pR298L, pB119L, p22, p32, p11.5, pEP152R và pH339R) và các protein ch°a biết chăc năng (pM1249L, pCP123L, pC129R, pC717R, pl177L, pK145R, pK421R, PE146L, pF317L, pH240R, PCP312R, PE423R, PE184L, pC257L, pH171R, pB117L, pB169L, pEP84R, pl73R, pC122R,

pQP383R, pM448R và pH124R) (Alejo et al., 2018) CÃu trúc, thành phần và vai trò

các protein cāa ASFV đ°ợc thể hißn á Hình 2.3

Hình 2.3: CÃu trúc, thành phần và vai trò các protein cāa ASFV (Wang et al., 2021)

Vai trò căa các protein cÃu trúc căa ASFV

Theo Jia et al (2017), một sá protein cÃu trúc có vai trò quyết định trong sự nhân lên

và gây bßnh cāa virus nh° p72, p54, p30, CD2v, p10, p12, p14.5, p17 và các polyprotein pp220, pp62 Protein p54 và p30 là các protein cÃu trúc quyết định kháng nguyên cāa virus, trong đó p72 là thành phần protein chính t¿o thành vß capside cāa ASFV (Jia et al., 2017) Các protein p10, p12, p14.5 và p17 tham gia vào quá trình hÃp phÿ ASFV lên tế bào vật chā và xâm nhập vào trong tế bào Ngoài ra, glycoprotein CD2v cũng có vai trò nhÃt định trong khÁ năng gây bßnh và xâm nhập cāa ASFV vào trong tế bào vật chā Các protein cÃu trúc này là các protein đích trong nghiên cău c¡ chế xâm nhiễm và vaccine phòng bßnh do ASFV Vai trò cāa một sá protein cÃu trúc chính cāa ASFV đ°ợc trình bày trong BÁng 2.3

Sự đa d¿ng về mặt di truyền cāa virus đ°ợc mô tÁ dựa trên sự phân lo¿i kiểu gene, với kiểu gene B646L mã hóa protein capside p72 là kiểu gene quan trọng nhÃt trong thông tin phát sinh gene cāa ASFV Các gene khác nh° gene B602L và gene E183L

16

(protein p54) bao gßm các vùng trung tâm siêu biến đái cũng cho thÃy các nhóm t°¡ng

tự Hißn nay đã xác định đ°ợc ASFV có 24 kiểu gene khác nhau dựa trên gene B646L

(Bastos et al., 2003; Achenbach et al., 2017b; Quembo et al., 2018b) Kiểu gene I có

ngußn gác á Tây Phi là chāng ban đầu lây lan sang một sá n°ớc Châu Âu, Nam Mỹ và Caribbean 22 kiểu gene khác là kiểu gene đặc hữu cāa vùng Đông Phi và đ°ợc lây lan bái các vector truyền lây tự nhiên bao gßm heo nhà và các loài heo rừng Dịch bßnh ASF xÁy ra á Nga và các n°ớc Đông Âu đ°ợc cho rằng do các chāng thuộc kiểu gene

II xuÃt phát từ Đông Phi (Foster, 2018) TÃt cÁ 24 kiểu gene cāa ASFV đều l°u hành á

Châu Phi nh°ng chá kiểu gene I và II đ°ợc tìm thÃy á các lãnh thá khác (Bastos et al., 2003; Gallardo et al., 2009; Arias et al., 2017)

BÁng 2.3: Vai trò cāa một sá protein cāa ASFV (Alejo et al., 2018)

STT ORF (protein) Ch ąc nng

1 CP2475L Protein p150, polyprotein pp220 3 vß lõi/hình thái

2 CP2475L Protein p34, polyprotein pp220 3 vß lõi/hình thái

3 B646L Protein p72, protein chính cāa vß capside

4 CP2475L Protein p37, polyprotein pp220 3 vß lõi/hình thái

5 CP2475L Protein p14, polyprotein pp220 3 vß lõi/hình thái

6 CP530R Protein p35, polyprotein pp62 3 vß lõi/hình thái

9 D1133L Vaccinia virus D6-like RNA helicase

11 D117L Protein p17, protein xuyên màng chính (vß trong cāa virus)

14 CP530R Protein p15, polyprotein pp62 3 vß lõi/hình thái

16 G1340L Yếu tá dịch mã sớm vaccinia virus A7

17

STT ORF (protein) Ch ąc nng

19 A224L Ăc chế hißn t°ợng apoptosis, cháng l¿i c¡ chế phòng vß cāa

v ật chā

23 E248R Protein xuyên màng pE248R (lớp vß trong/sự xâm nhập cāa

virus)

27 KP177R Protein màng p22 (l ớp vß trong)

33 R298L Serine/threonine-protein kinase 1

34 CP530R Protein p8, polyprotein pp62 3 vß lõi/hình thái

41 E199L Protein xuyên màng pE199L (lớp vß trong/sự xâm nhập cāa

virus)

18

STT ORF (protein) Ch ąc nng

44 O61R Protein kết bám cāa virus p12 (lớp vß trong/sự xâm nhập

c āa virus)

45 S273R Polyprotein processing protease (v ß lõi/hình thái)

55 E296R Apurinic/apyrimidinic endonuclease (sự nguyên vẹn cāa

DNA)

56 E183L Transmembrane protein pE183L (l ớp vß trong/hình thái)

64 CP2475L Protein p5, polyprotein pp220 (vß lõi/hình thái)

67 EP402R Glycoprotein màng t°¡ng tự nh° CD2 cāa tế bào vật chā (vß

ngoài/ch áng l¿i sự phòng vß cāa vật chā)

19

Protein p72

Protein p72, mã hóa bái gene B646L (VP72) là protein cÃu trúc chính cāa vß capside

và là kháng nguyên quan trọng nhÃt cāa ASFV Vißc phân lo¿i kiểu gene cāa ASFV hißn nay cũng đ°ợc dựa trên gene B646L Protein p72 là kháng nguyên m¿nh, có tính sinh miễn

dịch cao, đ°ợc táng hợp á giai đo¿n sau cāa sự xâm nhiễm cāa ASFV (Neilan et al., 2004)

Sự xuÃt hißn cāa p72 cho thÃy virus đang nhân lên Kháng thể đặc hißu với p72 có thể ngăn chặn ASFV kết bám lên tế bào đ¿i thực bào nh°ng không phÁi là kháng thể quyết định trong

miễn dịch bÁo vß heo cháng l¿i ASFV (Neilan et al., 2004)

Protein CD2v

Protein CD2v, đ°ợc mã hóa bái gene EP402R, còn có tên gọi là protein EP402R, rÃt giáng với thÿ thể bề mặt CD2 cāa tế bào lympho T, đ°ợc táng hợp á giai đo¿n muộn cāa

sự xâm nhiễm ASFV, là yếu tá cần thiết cho sự hÃp phÿ hßng cầu heo trên tế bào nhiễm

ASFV (Rodríguez et al., 1993a) và tham gia vào sự kết dính tế bào, sự nhân lên, gây bßnh cāa virus, cũng nh° điều hòa miễn dịch á vật chā (Rowlands et al., 2009) Tuy nhiên, CD2v

không liên quan đến sự nhân lên cāa ASFV khi đ°ợc nuôi cÃy trong môi tr°ßng tế bào Vero CD2v còn có tính đặc hißu giữa các chāng trong phÁn ăng ngăn trá hÃp phÿ hßng cầu (Haemadsorption inhibition 3 HAI), là c¡ sá cho vißc phân lo¿i ASFV theo kiểu huyết thanh

Ngoài ra, protein C-type lectin like (EP153R gene) cāa ASFV đ°ợc xem là thành phần

kháng nguyên phÿ trong phÁn ăng HAI cāa ASFV (Galindo et al., 2000) Khi so sánh trình

tự nucleotide cāa các gene này một sá nghiên cău đã ghi nhận đây là hai trong sá các gene

có tính đa d¿ng cao nhÃt cāa các chāng ASFV (Chapman et al., 2008; De Villiers et al.,

2010) Dựa trên phân tích di truyền hai gene CD2v/C-type lectin có thể xác định đ°ợc nhóm kháng nguyên cāa ASFV t°¡ng đ°¡ng theo HAI và đßng thßi cho thÃy có thể còn có các nhóm kháng nguyên khác ngoài tám nhóm kháng nguyên đã đ°ợc xác định bằng kỹ thuật HAI CD2v/C-type lectin còn có thể là yếu tá quan trọng trong miễn dịch bÁo vß cháng l¿i

ASFV (Malogolovkin et al., 2015) Hißn nay protein CD2v/C-type lectin đ°ợc cho là yếu

tá kháng nguyên đặc hißu cāa ASFV trong chẩn đoán huyết thanh học, có vai trò quan trọng trong miễn dịch đặc hißu, kể cÁ miễn dịch tế bào, bÁo vß cháng l¿i ASFV Tuy nhiên, miễn dịch đặc hißu với CD2v/C-type lectin không đā bÁo vß cháng l¿i ASFV hoàn toàn, điều này cho thÃy còn có những yếu tá kháng nguyên khác tham gia vào trong miễn dịch đặc hißu

bÁo vß đái với ASFV (Burmakina et al., 2019; Malogolovkin et al., 2015)

20

Protein p54

Protein p54 đ°ợc mã hóa bái gene E183L là protein màng cÃu trúc lo¿i II nằm á lớp

vß bên trong cāa virion Biến thể gene này không đ°ợc coi là yếu tá độc lực, nh°ng nó giúp phân lo¿i virus thành các kiểu gene khác nhau Protein p54, cùng với protein p30, liên kết virion với tế bào đích Sau khi virus xâm nhập vào, protein p54 t°¡ng tác với protein chā, dẫn đến vißc vận chuyển virion đến vùng trong cāa tế bào Miền liên kết dynein t°¡ng ăng trong protein p54 cũng tham gia kích ho¿t capcase-3 và gây ra tế bào chết theo ch°¡ng trình

3 apoptosis (Hernáez et al., 2016) Theo nghiên cău cāa Anggy et al (2023) phát hißn rằng

không có sự khác bißt tßn t¿i giữa các trình tự ASFV từ heo nhà và heo rừng so với gene mÿc tiêu Tuy nhiên, những thay đái chá có thể đ°ợc xác định bằng cách sử dÿng phân tích

bộ gene hoàn chánh Con đ°ßng lây nhiễm ASFV á heo rừng có thể xÁy ra thông qua một

sá c¡ chế, chẳng h¿n nh° lây truyền trực tiếp theo chiều ngang, tiếp xúc với môi tr°ßng bị

ô nhiễm và tham gia vào các ho¿t động cāa con ng°ßi nh° săn bắn (Anggy et al., 2023)

Đây là protein cÃu trúc tham gia vào quá trình xâm nhập cāa ASFV vào trong tế bào p54 đ°ợc mã hóa bái gene E183L, là một protein kháng nguyên rÃt quan trọng trên bề mặt

vß envelope cāa ASFV p54 cần thiết cho sự huy động các tiền tá cāa envelope đến vị trí lắp ghép, táng hợp envelope và tái sÁn cāa virus Protein p54 còn giữ vai trò quan trọng

trong vißc kích ho¿t sÁn xuÃt protein đặc hißu đái với ASFV (Rodriguez et al., 1996), vì

vậy phát hißn kháng thể đặc hißu với p54 là c¡ sá cho vißc chẩn đoán nhiễm ASFV bằng

kỹ thuật huyết thanh học Kháng thể đặc hißu với p54 cũng có thể phong tßa sự kết bám cāa ASFV lên tế bào chā, h¿n chế sự xâm nhiễm cāa ASFV ngay từ giai đo¿n sớm Ngoài ra,

p54 còn có thể ho¿t hóa hißn t°ợng apoptosis á tế bào nhiễm ASFV (Hernáez et al., 2004)

Protein B475L

Protein B475L là một trong 13 protein đ°ợc phát hißn trong giai đo¿n cuái cāa quá trình nhiễm ASFV Tr°ớc đây, B475L là một lo¿i hypothetical gene đ°ợc nhận định là một gene mã hóa cho protein có chăc năng ch°a đ°ợc xác định Trong nghiên cău trên, B475L

là một trong sá 13 gene muộn và đ°ợc xác định là chăa các epitop cāa tế bào B Sự ghi nhận này nhÃn m¿nh tính đa chăc năng tiềm tàng cāa B475L trong vòng đßi cāa ASFV và

vai trò có thể có cāa nó nh° một gene mÿc tiêu cho các phÁn ăng miễn dịch (Lu et al.,

2023)

Vùng liên gene (Intergenic region – IGR) giữa I73R và I329L

Chuỗi trình tự lặp l¿i (Tandem repeat sequence 3 TRS) t¿i vị trí vùng liên gene IGR nằm giữa gene I73R và I329L á đo¿n cuái cāa toàn bộ chuỗi gene là một trình tự quan trọng trong vißc phân bißt những phân nhóm cāa chāng ASFV có quan hß gần gũi

với nhau Cÿ thể, theo Gallardo et al (2014), chāng ASFV phân lập từ Đông và Trung

Âu cho thÃy sự hißn dißn cāa trình tự lặp l¿i song song 10bp trong các virus từ Belarus, Ukraine, Lithuania và Ba Lan Đo¿n trình tự lặp l¿i này liên quan đến chāng Georgia

21

2007/1 sau đó đã đ°ợc xác định á tÃt cÁ các chāng á Trung Âu, cũng nh° á Trung Quác, n¡i xuÃt hißn 2 lần TRS đã đ°ợc báo cáo

Dựa vào trình tự đo¿n TRS á vùng liên gene IGR nằm giữa gene I73R và I329L

thuộc chāng ASFV kiểu gene II, Hà Thị Thanh Trần và ctv đã chá ra rằng có 2 chāng

virus khác nhau đang l°u hành đßng thßi t¿i thành phá Hà Nội là IGR I và IGR II T¿i Vißt Nam, dựa vào chá thị phân tử nằm giữa I73R và I329L đã cho thÃy rằng

có ít nhÃt 3 biến thể khác nhau cāa ASFV, biến thể IGR I, II và III đang l°u hành trong quần thể heo nhà t¿i Vißt Nam trong 2019 3 2022, trong đó IGR II là phá biến nhÃt

(Nguyen et al., 2022c)

Ki Ãu gene và huy¿t thanh căa ASFV

Kiểu gene dựa trên gene B646L (p72)

Gene mã hóa protein capside chính cāa ASFV (p72, VP72 hoặc B646L) là một

trong những mÿc tiêu đầu tiên để xác định kiểu gene Năm 1990, Lopez-Otin et al

(1990) đã giÁi trình tự và phân tích toàn bộ chiều dài cāa gene mã hóa p72, đặt nền tÁng

cho nghiên cău nó nh° một gene chẩn đoán (Lopez-Otin et al., 1990) Năm 1992, Steiger

et al. (1992) đã sử dÿng PCR để thiết lập công nghß chẩn đoán nhanh ASFV lần đầu

tiên Năm 1996, Yu et al (1996) đã so sánh trình tự acid nucleic và protein cāa 4 chāng

phân lập từ các vùng khác nhau và nhận thÃy rằng trình tự cāa gene rÃt nhÃt quán giữa các chāng (t°¡ng đßng từ 97,8% đến 100%) Điều này phù hợp với các kết luận đã công

bá tr°ớc đây rằng trình tự gene B646L t°¡ng đái án định (Steiger et al., 1992), khẳng

định tầm quan trọng cāa gene này đái với vißc phân lo¿i các kiểu gene cāa ASFV Năm

2001, Gonzague et al (2001) đã sử dÿng một đo¿n B646L (278 bp, vị trí 893 3 1170)

để chăng minh rằng chāng Malagasy ASFV đ°ợc phân lập vào năm 1999 gần giáng nhÃt với chāng Mozambican đ°ợc phân lập vào năm 1994 Năm 2003, trên c¡ sá trình

tự acid amin cāa đầu tận cùng C protein cāa p72 (415 bp, sá truy cập GenBank

AF301537), Bastos et al (2003) xác định đ°ợc 10 kiểu gene ASFV và thiết lập điểm đánh dÃu kiểu gene ASFV tiêu chuẩn

Năm 2007, Boshoff et al (2007) thực hißn phân tích so sánh 43 chāng ASFV phân

lập từ Nam Phi từ năm 1973 đến 1999 và tìm thÃy sáu kiểu gene mới và họ phân lo¿i ASFV thành 22 kiểu gene Kể từ đó, phân tích tiến hóa cāa ASFV chā yếu dựa trên gene B646L 3 một vùng gene bÁo tßn mã hóa protein p72 cāa virus và nghiên cău phân lo¿i gene ASFV bằng cách sử dÿng gene B646L dần trá thành tiêu chí phân lo¿i quan trọng

nhÃt Achenbach et al (2017) đã phân tích sự tiến hóa gene B646L trong ASFV đ°ợc

phân lập từ Ethiopia từ năm 2011 đến năm 2014 và xác định kiểu gene thă 23, có ngußn gác từ cùng một nhánh tiến hóa với kiểu gene IX và X phá biến á các n°ớc Đông Phi

và Cộng hòa Dân chā Congo Quembo et al (2018) đã phân lập đ°ợc 19 chāng ASFV

từ các mẫu ve mềm thu thập từ Công viên Rừng Quác gia Gorongosa, Mozambique Họ

22

phát hißn ra rằng 5 trong sá các lo¿i virus thuộc về một d¿ng tiến hóa nhánh mới, đ°ợc chá định là kiểu gene thă 24 Trình tự cāa gene B646L từ các virus mới và các kiểu gene

đã biết khác cāa ASFV đ°ợc trình bày trong BÁng 2.4 (Qu et al., 2022) Kết quÁ bÁng

cho thÃy sự đa d¿ng về kiểu gene là lớn nhÃt á Châu Phi; các quác gia khác có dịch ASF thể hißn sự đa d¿ng kiểu gene thÃp hoặc không có

BÁng 2.4: Chāng ASFV đ°ợc sử dÿng trong vißc phân lo¿i cāa cây di truyền phát sinh loài dựa

vào một phần đo¿n gene B646L (p72) (Qu et al., 2022)

Chăng virus VËt chă Nm Quác gia Sá truy cËp GenBank KiÃu gene