MỤC LỤCTrang MỤC LỤC...i DANH SÁCH CÁC HÌNH...ii CHƯƠNG 1 CHO BIẾT TÊN LOÀI CỦA CÁC ACCESSION NUMBER...ii CHƯƠNG 2 BLAST VÀ XÁC ĐỊNH TÊN CỦA MẪU 16.8...3 CHƯƠNG 3 XÂY DỰNG CÂY DI TRUYỀN
Trang 1BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO TRƯỜNG ĐẠI HỌC NÔNG LÂM THÀNH PHỐ HỒ CHÍ MINH
KHOA KHOA HỌC SINH HỌC
BÁO CÁO MÔN HỌC
BÀI TẬP LÝ THUYẾT SINH TIN HỌC
TP Thủ Đức, 08/06/2024
Trang 2BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO TRƯỜNG ĐẠI HỌC NÔNG LÂM THÀNH PHỐ HỒ CHÍ MINH
KHOA KHOA HỌC SINH HỌC
BÁO CÁO MÔN HỌC
BÀI TẬP LÝ THUYẾT SINH TIN HỌC
PGS.TS NGUYỄN BẢO QUỐC 21126073 NGUYỄN PHÚC HUY
21126505 NGÔ THANH THẢO
21126557 NGUYỄN QUỐC TRỌNG
TP Thủ Đức, 08/06/2024
Trang 3MỤC LỤC
Trang MỤC LỤC i DANH SÁCH CÁC HÌNH ii CHƯƠNG 1 CHO BIẾT TÊN LOÀI CỦA CÁC ACCESSION NUMBER ii
CHƯƠNG 2 BLAST VÀ XÁC ĐỊNH TÊN CỦA MẪU 16.8 3
CHƯƠNG 3 XÂY DỰNG CÂY DI TRUYỀN CÁC ACCESSION NUMBER TRÊN
ĐỂ KHẲNG ĐỊNH KẾT LUẬN LOÀI TỪ TRÌNH TỰ CỦA MẪU 16.8 5
DANH SÁCH CÁC HÌNH
Trang
Hình 2.2 Chuyển định dạng tệp mẫu 16.8 bằng Chromas. 3
Hình 3.2 Hướng dẫn mở hộp thoại “Alignment Editor”. 5
Hình 3.3 Hướng dẫn chọn trong hộp thoại “Alignment Editor”. 5
Hình 3.4 Chọn “DNA” trong hộp thoại Data Type for Alignment. 6
Trang 4Hình 3.5 Hướng dẫn chọn để mở để chọn tệp txt 6
Hình 3.12 Điều chỉnh hộp thoại “Phylogeny Reconstruction”. 8
CHƯƠNG 1 CHO BIẾT TÊN LOÀI CỦA CÁC
ACCESSION NUMBER
1.1 Các bước thực hiện
Vào trang NCBI (National Center for Biotechnology Information), từ All database đổi thành gene, gõ accession number đã có và bấm search
Hình 1.1 Trang NCBI.
Trang 5Hình 1.2 Kết quả sau khi tìm kiếm.
Sau khi có kết quả, nhấn vào tên loài xuất hiện (dòng chữ màu xanh)
Hình 1.3 Giao diện thông tin về loài.
Nhấn vào FASTA để lấy trình tự sequence thực hiện để vẽ cây di truyền ở chương 3(làm tương tự cho các accession number khác)
1.2 Kết quả
KP699121.1: Bacillus subtilis strain GnzIII 16S ribosomal RNA gene
HF562894.1: HF562894.1 Bacillus tequilensis partial 16S rRNA gene
KT273321.1: Bacillus pumilus strain AZ-1 16S ribosomal RNA gene
KT216619.1: Bacillus vallismortis strain DD007 16S ribosomal RNA gene
KR709243.1: Bacillus cereus strain UBT4 16S ribosomal RNA gene
Trang 6KP940383.1: Bacillus safensis strain CCH3X 16S ribosomal RNA gene
KT719573.1: Bacillus infantis strain MER_TA_169 16S ribosomal RNA gene HQ397586.1: Bacillus firmus strain BSCS3 16S ribosomal RNA gene
KJ000207.1: Bacillus thuringiensis strain VKK-GA1 16S ribosomal RNA gene KM041133.1: Bacillus drentensis strain G5C_0m_04 16S ribosomal RNA gene KT274776.1: Bacillus licheniformis strain DMB31 16S ribosomal RNA gene KP296232.1: Bacillus sonorensis strain Na5RB-2 16S ribosomal RNA gene
EU833948.1: Pseudomonas putida strain FWC30 16S ribosomal RNA gene
KR010178.1: Bacillus amyloliquefaciens strain NSB-1 16S ribosomal RNA gene KT216570.1: Bacillus methylotrophicus strain SHP2-20 16S ribosomal RNA gene LN890068.1: Bacillus pseudomycoides partial 16S rRNA gene
KF419123.1: Bacillus megaterium strain QAP17 16S ribosomal RNA gene
KP706808.1: Bacillus aryabhattai strain SO4H51 16S ribosomal RNA gene
CHƯƠNG 2 BLAST VÀ XÁC ĐỊNH TÊN CỦA MẪU 16.8
2.1 Cách tiến hành
Mở file Mẫu 16.8 thông qua phần mềm Chromas, rồi export sang định dạng formatted text để tiến hành Blast trên NCBI
Hình 2.1 Mở tệp 16.8 bằng phần mềm Chromas.
Trang 7Hình 2.2 Chuyển định dạng tệp mẫu 16.8 bằng Chromas.
Hình 2.3 Mẫu 16.8 ở dạng txt.
Truy cập trang web BLAST: Basic Local Alignment Search Tool (nih.gov), nhấp chọn Nucleotide BLAST Dán trình tự vào ô Enter Query Sequence rồi tiến hành Blast mẫu để xác định tên loài
Trang 8Hình 2.4 Dán trình tự mẫu và Blast.
2.2 Kết quả
Hình 2.5 Kết quả sau khi Blast.
Kết quả nhận được khi Blast nhận thấy mẫu 16.8 có sự trùng hợp với nhiều loài
trong chi Bacillus sp.
CHƯƠNG 3 XÂY DỰNG CÂY DI TRUYỀN CÁC ACCESSION NUMBER TRÊN ĐỂ KHẲNG ĐỊNH KẾT
LUẬN LOÀI TỪ TRÌNH TỰ CỦA MẪU 16.8
3.1 Các bước thực hiện
Hình 3.1 Giao diện ứng dụng megasoftware.
Bước 1: Vào ứng dụng megasoftware
Trang 9Bước 2: Chọn “Align” và chọn “Edit/Build Alignment”.
Hình 3.2 Hướng dẫn mở hộp thoại “Alignment Editor”.
Bước 3: Chọn “Create a new alignment” và bấm “OK”
Hình 3.3 Hướng dẫn chọn trong hộp thoại “Alignment Editor”.
Bước 4: Chọn “DNA”
Trang 10Hình 3.4 Chọn “DNA” trong hộp thoại Data Type for Alignment.
Hình 3.5 Hướng dẫn chọn để mở để chọn tệp txt
Bước 5: Chọn “Edit” rồi chọn “Insert Sequence From File”
Bước 6: Chọn tệp txt có trình tự DNA cần và thu được hình 3.7
Hình 3.6 Mở tệp txt có trình tự DNA cần.
Trang 11Hình 3.7 Trình tự DNA của các mẫu từ file txt.
Bước 7: Xóa dòng Sequence 1, vào “Alignment” và chọn “Align by ClustaIW” và chọn “OK” Xuất hiện 1 cửa sổ ClustaIW Options như hình 3.9, chọn mục “Matrix”, ở
“DNA Weight Matrix” chọn “Clustaw(1.6)” Click chọn “Ok” và chờ kết quả
Hình 3.8 Hướng dẫn mở cửa sổ
ClustaIW Options
Hình 3.9 Chỉnh sửa trong bảng ClustaIW Options.
Trang 12Bước 8: Vào “Data” chọn “Export Alignment” và “MEGA Format” Xuất hiện hợp thoại yêu cầu lưu tập tin, nhập tên và lưu tập tin ở nơi mong muốn và chọn
“YES”
Hình 3.10 Hướng dẫn lưu tập tin.
Bước 9: Quay trở lại giao diện ban đầu của ứng dụng, chọn “Phylogeny” và chọn loại cây di truyền muốn vẽ Xuất hiện hợp thoại, tìm đến file vừa lưu và bấm “Open”
Hình 3.11 Hướng dẫn vẽ cây di truyền.
Bước 10: Sau khi chọn mở dữ liệu xuất hiện hộp thoại như hình 3.12 Điều chỉnh ở mục “Test of Phylogeny” về “Bootstrap method”, mục “No of Bootstrap Replications” là “1 000” và chọn “OK”
Trang 13Hình 3.12 Điều chỉnh hộp thoại
“Phylogeny Reconstruction”
3.2 Kết quả
Hình 3.13 Maximum Parsimony Trees.
Từ Maximum Parsimony Trees quan sát được mẫu 16.8 có tỉ lệ tương đồng 94%
với Bacillus amyloliquefaciens Vì vậy, rất có thể mẫu 16.8 có mối quan hệ gần rũi với
Bacillus amyloliquefaciens hay mẫu 16.8 có thể là loài Bacillus amyloliquefaciens.
Tuy nhiên, để có được kết luận chính xác hơn, cần phải thực hiện thêm một số kiểm tra để chắn chắn như các biện pháp sinh học phân tử