bài tập môn học sinh tin

BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO

TRƯỜNG ĐẠI HỌC NÔNG LÂM THÀNH PHỐ HỒ CHÍ MINHKHOA KHOA HỌC SINH HỌC

BÁO CÁO MÔN HỌCBÀI TẬP LÝ THUYẾT SINH TIN HỌC

BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO

TRƯỜNG ĐẠI HỌC NÔNG LÂM THÀNH PHỐ HỒ CHÍ MINHKHOA KHOA HỌC SINH HỌC

BÁO CÁO MÔN HỌC

BÀI TẬP LÝ THUYẾT SINH TIN HỌC

PGS.TS NGUYỄN BẢO QUỐC 21126073 NGUYỄN PHÚC HUY21126505 NGÔ THANH THẢO21126557 NGUYỄN QUỐC TRỌNG

TP Thủ Đức, 08/06/2024

MỤC LỤC

TrangMỤC LỤC iDANH SÁCH CÁC HÌNH iiCHƯƠNG 1 CHO BIẾT TÊN LOÀI CỦA CÁC ACCESSION NUMBER ii

Hình 2.2 Chuyển định dạng tệp mẫu 16.8 bằng Chromas. 3

Hình 3.2 Hướng dẫn mở hộp thoại “Alignment Editor”. 5

Hình 3.3 Hướng dẫn chọn trong hộp thoại “Alignment Editor”. 5

Hình 3.4 Chọn “DNA” trong hộp thoại Data Type for Alignment. 6

Hình 3.5 Hướng dẫn chọn để mở để chọn tệp txt 6

Hình 3.12 Điều chỉnh hộp thoại “Phylogeny Reconstruction”. 8

CHƯƠNG 1 CHO BIẾT TÊN LOÀI CỦA CÁCACCESSION NUMBER

1.1 Các bước thực hiện

Vào trang NCBI (National Center for Biotechnology Information), từ All databaseđổi thành gene, gõ accession number đã có và bấm search

Hình 1.1 Trang NCBI.

Hình 1.2 Kết quả sau khi tìm kiếm.

Sau khi có kết quả, nhấn vào tên loài xuất hiện (dòng chữ màu xanh)

Hình 1.3 Giao diện thông tin về loài.

Nhấn vào FASTA để lấy trình tự sequence thực hiện để vẽ cây di truyền ở chương 3(làm tương tự cho các accession number khác).

1.2 Kết quả

KP699121.1: Bacillus subtilis strain GnzIII 16S ribosomal RNA geneHF562894.1: HF562894.1 Bacillus tequilensis partial 16S rRNA geneKT273321.1: Bacillus pumilus strain AZ-1 16S ribosomal RNA geneKT216619.1: Bacillus vallismortis strain DD007 16S ribosomal RNA geneKR709243.1: Bacillus cereus strain UBT4 16S ribosomal RNA gene

KP940383.1: Bacillus safensis strain CCH3X 16S ribosomal RNA gene

KT719573.1: Bacillus infantis strain MER_TA_169 16S ribosomal RNA geneHQ397586.1: Bacillus firmus strain BSCS3 16S ribosomal RNA gene

KJ000207.1: Bacillus thuringiensis strain VKK-GA1 16S ribosomal RNA geneKM041133.1: Bacillus drentensis strain G5C_0m_04 16S ribosomal RNA geneKT274776.1: Bacillus licheniformis strain DMB31 16S ribosomal RNA geneKP296232.1: Bacillus sonorensis strain Na5RB-2 16S ribosomal RNA geneEU833948.1: Pseudomonas putida strain FWC30 16S ribosomal RNA geneKR010178.1: Bacillus amyloliquefaciens strain NSB-1 16S ribosomal RNA geneKT216570.1: Bacillus methylotrophicus strain SHP2-20 16S ribosomal RNA geneLN890068.1: Bacillus pseudomycoides partial 16S rRNA gene

KF419123.1: Bacillus megaterium strain QAP17 16S ribosomal RNA geneKP706808.1: Bacillus aryabhattai strain SO4H51 16S ribosomal RNA gene

CHƯƠNG 2 BLAST VÀ XÁC ĐỊNH TÊN CỦA MẪU 16.8

2.1 Cách tiến hành

Mở file Mẫu 16.8 thông qua phần mềm Chromas, rồi export sang định dạngformatted text để tiến hành Blast trên NCBI.

Hình 2.1 Mở tệp 16.8 bằng phần mềm Chromas.

Hình 2.2 Chuyển định dạng tệp mẫu 16.8 bằng Chromas.

Hình 2.3 Mẫu 16.8 ở dạng txt.

Truy cập trang web BLAST: Basic Local Alignment Search Tool (nih.gov), nhấpchọn Nucleotide BLAST Dán trình tự vào ô Enter Query Sequence rồi tiến hành Blastmẫu để xác định tên loài.

Hình 2.4 Dán trình tự mẫu và Blast.2.2 Kết quả

Hình 2.5 Kết quả sau khi Blast.

Kết quả nhận được khi Blast nhận thấy mẫu 16.8 có sự trùng hợp với nhiều loài

trong chi Bacillus sp.

CHƯƠNG 3 XÂY DỰNG CÂY DI TRUYỀN CÁCACCESSION NUMBER TRÊN ĐỂ KHẲNG ĐỊNH KẾT

LUẬN LOÀI TỪ TRÌNH TỰ CỦA MẪU 16.8

3.1 Các bước thực hiện

Hình 3.1 Giao diện ứng dụng megasoftware.

Bước 1: Vào ứng dụng megasoftware.

Bước 2: Chọn “Align” và chọn “Edit/Build Alignment”.

Hình 3.2 Hướng dẫn mở hộp thoại “Alignment Editor”.

Bước 3: Chọn “Create a new alignment” và bấm “OK”.

Hình 3.3 Hướng dẫn chọn trong hộp thoại “Alignment Editor”.

Bước 4: Chọn “DNA”

Hình 3.4 Chọn “DNA” trong hộp thoại Data Type for Alignment.

Hình 3.5 Hướng dẫn chọn để mở để chọn tệp txt

Bước 5: Chọn “Edit” rồi chọn “Insert Sequence From File”.Bước 6: Chọn tệp txt có trình tự DNA cần và thu được hình 3.7.

Hình 3.6 Mở tệp txt có trình tự DNA cần.

Hình 3.7 Trình tự DNA của các mẫu từ file txt.

Bước 7: Xóa dòng Sequence 1, vào “Alignment” và chọn “Align by ClustaIW” vàchọn “OK” Xuất hiện 1 cửa sổ ClustaIW Options như hình 3.9, chọn mục “Matrix”, ở“DNA Weight Matrix” chọn “Clustaw(1.6)” Click chọn “Ok” và chờ kết quả

Hình 3.8 Hướng dẫn mở cửa sổ

ClustaIW Options.

Hình 3.9 Chỉnh sửa trong bảng ClustaIW Options.

Bước 8: Vào “Data” chọn “Export Alignment” và “MEGA Format” Xuất hiệnhợp thoại yêu cầu lưu tập tin, nhập tên và lưu tập tin ở nơi mong muốn và chọn“YES”.

Hình 3.10 Hướng dẫn lưu tập tin.

Bước 9: Quay trở lại giao diện ban đầu của ứng dụng, chọn “Phylogeny” và chọnloại cây di truyền muốn vẽ Xuất hiện hợp thoại, tìm đến file vừa lưu và bấm “Open”.

Hình 3.11 Hướng dẫn vẽ cây di truyền.

Bước 10: Sau khi chọn mở dữ liệu xuất hiện hộp thoại như hình 3.12 Điều chỉnh ởmục “Test of Phylogeny” về “Bootstrap method”, mục “No of BootstrapReplications” là “1 000” và chọn “OK”.

Hình 3.12 Điều chỉnh hộp thoại

“Phylogeny Reconstruction”.

3.2 Kết quả

Hình 3.13 Maximum Parsimony Trees.

Từ Maximum Parsimony Trees quan sát được mẫu 16.8 có tỉ lệ tương đồng 94%

với Bacillus amyloliquefaciens Vì vậy, rất có thể mẫu 16.8 có mối quan hệ gần rũi với

Bacillus amyloliquefaciens hay mẫu 16.8 có thể là loài Bacillus amyloliquefaciens.

Tuy nhiên, để có được kết luận chính xác hơn, cần phải thực hiện thêm một số kiểmtra để chắn chắn như các biện pháp sinh học phân tử.