Nghiên cứu một số đột biến gen trên quần thể ký sinh trùng sốt rét plasmodium falciparum liên quan đến kháng thuốc artesunate mefloquine tại tỉnh đăk lăk

BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO TRƯỜNG ĐẠI HỌC MỞ THÀNH PHỐ HỒ CHÍ MINH ∞0∞ NGUYỄN QUỐC CƯỜNG NGHIÊN CỨU MỘT SỐ ĐỘT BIẾN GEN TRÊN QUẦN THỂ KÝ SINH TRÙNG SỐT RÉT Plasmodium falciparum LIÊN QUAN ĐẾN KHÁNG THUỐC ARTESUNAT-MEFLOQUINE TẠI TỈNH ĐĂK LĂK LUẬN VĂN THẠC SĨ CÔNG NGHỆ SINH HỌC TP HỒ CHÍ MINH, NĂM 2023 BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO TRƯỜNG ĐẠI HỌC MỞ THÀNH PHỐ HỒ CHÍ MINH ∞0∞ NGUYỄN QUỐC CƯỜNG NGHIÊN CỨU MỘT SỐ ĐỘT BIẾN GEN TRÊN QUẦN THỂ KÝ SINH TRÙNG SỐT RÉT Plasmodium falciparum LIÊN QUAN ĐẾN KHÁNG THUỐC ARTESUNAT-MEFLOQUINE TẠI TỈNH ĐĂK LĂK Chuyên ngành: Công nghệ sinh học Mã số chuyên ngành: 42 02 01 LUẬN VĂN THẠC SĨ CÔNG NGHỆ SINH HỌC Giảng viên hướng dẫn: TS HUỲNH HỒNG QUANG GS.TS LÊ HUYỀN ÁI THÚY TP HỒ CHÍ MINH, NĂM 2023 TRƯỜNG ĐẠI HỌC MỞ CỘNG HÒA XÃ HỘI CHỦ NGHĨA VIỆT NAM THÀNH PHỐ HỒ CHÍ MINH Độc lập – Tự – Hạnh phúc KHOA ĐÀO TẠO SAU ĐẠI HỌC GIẤY XÁC NHẬN Tôi tên là: Nguyễn Quốc Cường Ngày sinh: 22/02/1993 Nơi sinh: Bình Định Chuyên ngành: Công Nghệ Sinh Học Mã học viên: 2084202012001 Tôi đồng ý cung cấp tồn văn thơng tin luận văn tốt nghiệp hợp lệ quyền cho Thư viện trường đại học Mở Thành phố Hồ Chí Minh Thư viện trường đại học Mở Thành phố Hồ Chí Minh kết nối tồn văn thơng tin luận văn tốt nghiệp vào hệ thống thông tin khoa học Sở Khoa học Cơng nghệ Thành phố Hồ Chí Minh Ký tên Nguyễn Quốc Cường CỘNG HÒA XÃ HỘI CHỦ NGHĨA VIỆT NAM Độc lập – Tự – Hạnh phúc Ý KIẾN CHO PHÉP BẢO VỆ LUẬN VĂN THẠC SĨ CỦA GIẢNG VIÊN HƯỚNG DẪN Giảng viên hướng dẫn: TS.BS Huỳnh Hồng Quang Học viên thực hiện: Nguyễn Quốc Cường Lớp: MBIO020B Ngày sinh: 22/02/1993 Nơi sinh: thành phố Quy Nhơn Tên đề tài: "Nghiên cứu số đột biến gen quần thể ký sinh trùng sốt rét Plasmodium falciparum liên quan đến kháng thuốc artesunat-mefloquine tỉnh Đăk Lăk” Ý kiến giáo viên hướng dẫn việc cho phép học viên bảo vệ luận văn trước Hội đồng: Trong trình học tập từ bắt đầu định hướng để làm luận văn cao học, thân học viên luôn liên hệ xin ý kiến với giáo viên hướng dẫn qua Email, điện thoại giáo viên hướng dẫn giao tài liệu, dẫn làm việc trực tiếp môi trường thực địa vùng nghiên cứu điểm sốt rét lưu hành la bô xét nghiệm sinh học phân tử Viện Sốt rét - Ký sinh trùng - Côn trùng Quy Nhơn, trực thuộc Bộ Y tế Trong trình viết đề cương, sửa chữa luận vă sau đệ trình Hội đồng phê duyệt đề cương cao học Trường, đến hồn thành luận văn, học viên ln có tinh thần thái độ học tập làm việc nghiêm túc, đọc tài liệu cập nhật tài liệu kiến thức mới, đặt câu hỏi liên quan đến vấn đề nghiên cứu với tinh thần cầu thị cầu tiến để phát triển thêm cho luận văn Đến nay, luận văn viết hoàn chỉnh theo quy định mẫu nhà trường, giáo viên hướng dẫn xem tổng thể chi tiết, đồng ý cho phép học viên làm thủ tục để bảo vệ thời gian đến Trong chờ đợi chấp thuận Quý nhà trường, xin trân trọng cảm ơn Q thầy cơ, Phịng, ban thời gian qua tạo điều kiện quan tâm, giúp đỡ để học viên ngày trưởng thành hoàn thành luận văn tốt Thành phố Hồ Chí Minh, ngày 25 tháng 10 năm 2023 Người nhận xét CỘNG HÒA XÃ HỘI CHỦ NGHĨA VIỆT NAM Độc lạp - Tự - ĩĩạnlì phúc Ý KIẾN CHO PHÉP BẢO VỆ LUẬN VĂN THẠC sĩ CỦA GIẢNG VIÊN HƯỚNG DẪN Giảng viên hướng dẫn: GS Lê Huyền Ái Thúy Học viên thực hiện: Nguyen Quốc Cường Lớp: MBI0020B Ngày sinh: 22/02/1993 Nơi sinh: Quy Nhơn Tên dề tài: "NGHIÊN cứu MỘT sổ ĐỘT BIẾN GEN TRÊN QUẦN THÊ KÝ SINH TRÙNG SỐT RÉT Plasmodium falciparum LIÊN QUAN ĐẾN KHÁNG THUỐC ARTESUNAT-MEFLOQUINE TẠI TỈNH ĐẦK LĂK” Ý kiến giáơ viên hướng dẫn việc cho phcp học viên dược bảo vệ luận văn trước Hội đồng: Cho phép học viên bảo vệ luận văn trước Hội dồng Thành phố ĩỉồ Chí Minh, ngày 26 tháng 10 năm 2023 Ngirịí nhận xét Lê Huyên Ái Thúỵ i LỜI CAM ĐOAN Tôi cam đoan luận văn “Nghiên cứu số đột biến gen quần thể ký sinh trùng sốt rét Plasmodium falciparum liên quan đến kháng thuốc artesunat- mefloquine tỉnh Đăk Lăk” nghiên cứu tơi, thực với nhóm nghiên cứu Viện Sốt rét - Ký sinh trùng - Côn trùng Quy Nhơn Ngoại trừ tài liệu tham khảo trích dẫn luận văn này, tơi cam đoan toàn phần hay phần nhỏ luận văn chưa công bố sử dụng để nhận cấp nơi khác Khơng có sản phẩm/nghiên cứu người khác sử dụng luận văn mà không trích dẫn theo quy định Luận văn chưa nộp để nhận cấp trường đại học sở đào tạo khác TP Hồ Chí Minh, ngày 10 tháng năm 2023 Tác giả luận văn Nguyễn Quốc Cường ii LỜI CẢM ƠN Luận văn hoàn thành với giúp đỡ Quý thầy cô, bạn đồng nghiệp gia đình Với lịng kính trọng biết ơn sâu sắc, xin trân trọng cảm ơn: Quý thầy hướng dẫn khoa học TS.BS Huỳnh Hồng Quang PGS.TS Lê Huyền Ái Thúy dành nhiều thời gian, tận tình hướng dẫn, truyền đạt kiến thức, giúp đỡ chỉnh sửa từ viết đề cương đến hoàn chỉnh nội dung luận án Trân trọng cảm ơn PGS.TS Hồ Văn Hoàng-Viện trưởng Ban Lãnh đạo Viện Sốt rét-KST-CT Quy Nhơn tạo điều kiện để tham gia thực hành thực địa La- bô sinh học phân tử Cảm ơn tập thể Khoa Nghiên cứu Điều trị Viện Sốt rét - Ký sinh trùng - Côn trùng Quy Nhơn đồng nghiệp TTYT huyện, trạm y tế xã, y tế thôn tạo điều kiện tốt cho tơi suốt q trình thực luận văn Trân trọng cảm ơn Ban Giám hiệu Phòng Đào tạo Sau Đại học Trường Đại học mở thành phố Hồ Chí Minh cán phịng giúp đỡ tơi suốt thời gian từ làm hồ sơ dự tuyển đến hoàn thành luận văn Xin bày tỏ lòng biết ơn Ba mẹ - người ln mong muốn tiến bộ, động lực mạnh mẽ, gánh vác việc gia đình cho tơi n tâm học tập, nghiên cứu khoa học Cuối cùng, xin cảm ơn đến tất bệnh nhân hợp tác nghiên cứu tích cực để tơi có đầy đủ số liệu hồn chỉnh luận văn Học viên Nguyễn Quốc Cường iii TÓM TẮT NỘI DUNG LUẬN VĂN Tên luận văn: Nghiên cứu số đột biến gen quần thể Plasmodium falciparum liên quan đến kháng thuốc artesunate-mefloquine tỉnh Đăk Lăk Tóm tắt nội dung luận văn so với đề cương 2.1 Về mức độ hoàn thành nội dung nghiên cứu hai mục tiêu Đề tài hoàn thành mục tiêu đề cương phê duyệt Hội đồng Trường Đại học mở thành phố Hồ Chí Minh đánh giá hiệu lực phác đồ artesunate-mefloquine ASMQ điều trị sốt rét P falciparum chưa biến chứng xác định số điểm phân tử liên quan kháng thuốc artesunate-mefloquin quần thể P falciparum điểm nghiên cứu Nghiên cứu tiến hành theo quy trình thử nghiệm in vivo theo dõi liệu trình 42 ngày với phác đồ ASMQ đường uống theo liều khuyến cáo Bộ Y tế (2020) Kết nghiên cứu xác định mức độ đáp ứng P falciparum với thuốc: (i) Hiệu lực phác đồ artesunate-mefloquine bệnh nhân sốt rét P falciparum - Đáp ứng lâm sàng KSTSR đầy đủ thuốc artesunate-mefloquine thời điểm D42 100% (n = 37), chưa thấy thất bại điều trị, chưa thấy tái phát; - Thời gian thể vơ tính trung bình 48 cắt sốt ttrung bình 24 giờ; - Tỷ lệ KSTSR cịn tồn ngày D3 8/37 (21,6%) Thời gian KSTSR thể vơ tính sau điều trị ASMQ mức PC50, PC75, PC90, PC95 PC99 16,82 giờ; 24,29 giờ; 32,08 giờ; 37,22 47,85 Thời gian để làm ½ dung khối KSTSR với số Slope 6,33 (ii) Chỉ điểm phân tử liên quan đến kháng ASMQ quần thể P falciparum - Đột biến có ý nghĩa xác định kháng artemisinin C580Y (97,3%) đột biến hoang dại theo phân loại TCYTTG (WHO, 2018); - Tăng số Pfmdr1 liên quan kháng mefloquine (2,7%) Số ca xuất đồng thời hai điểm kháng phân lập loại C580Y Pfmdr1 0% 2.2 Về yêu cầu khoa học tiêu sản phẩm nghiên cứu Nghiên cứu sử dụng kỹ thuật quy chuẩn TCYTTG (WHO, 2019) nghiên cứu thử nghiệm in vivo theo dõi 42 ngày, đánh giá đáp ứng lâm sàng KSTSR trực tiếp bệnh nhân sốt rét P.falcipparum chưa biến chứng Bệnh nhân đủ tiêu chuẩn điều trị theo phác đồ ASMQ giám sát mặt lâm sàng KSTSR 42 ngày phân loại kết Khám, ghi nhận triệu chứng lâm sàng, cặp nhiệt độ nách lần/ ngày ngày đầu, sau ngày lần vào ngày sau đồng thời với lấy lam máu Lấy máu xét nghiệm hàng ngày từ D0 đến D6 theo dõi đến D7, 14, 21, 28, 35, 42 sau đếm mật độ KSTSR thể vơ tính theo phương pháp quy định (WHO, 2017); Tất bệnh nhân nghiên cứu lấy máu giấy thấm vào ngày D0 vào ngày thất bại điều trị, để phân biệt tái phát hay tái nhiễm thơng qua phân tích PCR, có so sánh kết với đánh giá lâm sàng KSTSR Những đóng góp đề tài 3.1 Về giải pháp khoa học công nghệ Đáp ứng P falcipparum với phác đồ ASMQ ngày có hiệu lực cho thấy tỷ lệ đáp ứng ACPR cao 100%, chưa thấy thất bại điều trị; - Liệu trình ngắn ngày thích hợp với điều trị sốt rét khả thi cho cộng đồng, số chứng qua nghiên cứu toàn cầu in vitro in vivo biểu hiệu lực cao TCYTTG khuyến cáo vùng sốt rét lành tính, thuốc ASMQ vừa điều trị chống kháng, vừa trì hỗn q trình phát triển kháng ASMQ vừa phù hợp với khuyến cáo; - Nghiên cứu lần khẳng định ASMQ có hiệu lực cao, chưa biểu kháng vùng sốt rét lưu hành tỉnh Đăk Lăk, có liệu (i) Tỷ lệ KSTSR thể vơ tính cịn tồn sau ngày điều trị (D3>20%) hay trình làm ký sinh trùng chậm kéo dài (>6 giờ), (ii) Xuất điểm phân tử kháng artesunate (đột biến gen K13 > 95%) tỷ lệ nhỏ điểm Pfmdr1 (2,7%) đóng vai trị điểm cảnh báo sớm dẫn đến kháng thuốc ASMQ tương lai 3.2 Những đóng góp khác Điểm nghiên cứu tỉnh Đăk Lăk vùng sốt rét lưu hành diễn biến phức tạp, tình trạng sốt rét kháng thuốc có giáp biên giới Campuchia - nước có lồi P falciparum kháng với loại thuốc ACTs), nên cần lưu ý có biện pháp giám sát thường xuyên hiệu lực phác đồ, kể ASMQ vùng để đảm bảo đánh giá tình trạng nhạy kháng thay thuốc phù hợp giai đoạn Bên cạnh đó, việc giao lưu vùng kháng chưa kháng làm di chuyển dịng KSTSR kháng thuốc thơng qua nhóm dân di biến động, quần thể muỗi dịch chuyển Do đó, giám sát hiệu lực thuốc điểm phân tử vùng giáp ranh quan trọng ý nghĩa