Báo cáo thực hành thiết bị và kỹ thuật cnsh

Thực trạng hiện nayCà phê Robusta, còn được biết đến với tên gọi khác là cà phê Canephora.. Vật liệu2.1.1 Cà phê Robusta Cà phê Robusta Coffea canephora có tiếng là dòng cà phê có hương

BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO TRƯỜNG ĐẠI HỌC NÔNG LÂM THÀNH PHỐ HỒ CHÍ MINH

KHOA KHOA HỌC SINH HỌC

BÁO CÁO

Thiết bị và Kỹ Thuật Công Nghệ Sinh học

Sinh viên thực hiện:

Nguyễn Thiên Ân - 21126269

Lê Thị Kiều Giang - 21126317 Cao Nguyễn Bảo Ân - 21126268 Phan Tấn Phát - 21126156

Tp.HCM, 10/2023

1 Đặt vấn đề

3 Kết quả và thảo luận

2 Vật liệu và phương pháp

1 Đặt vấn đề

1 Đặt vấn đề

1.1 Thực trạng hiện nay

Việt Nam là một nước nông nghiệp đang trên đà phát triển với nhiều loại hình sản xuất

Cây cà phê đóng một vai trò vô cùng quan trọng trong sản xuất nông nghiệp ở nước ta

1 Đặt vấn đề

1.1 Thực trạng hiện nay

Cà phê Robusta, còn được biết đến với tên gọi khác là cà phê Canephora Ở Việt Nam Robusta còn

có tên gọi là cà phê Vối Đây là một trong những loại cà phê được bán phổ biến và được ưa chuộng ở thị trường Việt Nam

Hình 1.1 Biểu đồ diễn biến giá cà phê

2 Vật liệu và phương pháp

2 Vật liệu và phương pháp

2.1 Vật liệu

2.1.1 Cà phê Robusta

Cà phê Robusta ( Coffea canephora) có tiếng là dòng cà phê có hương vị mạnh, nồng đặc trưng, hàm lượng caffeine có trong hạt, hàm lượng này cao chiếm từ 3% – 4%

Cây thường được trồng ở độ cao dưới 1000m so với mực nước biển Nhiệt độ lý tưởng dao động từ 24 đến 29 độ C Cây cà phê Robusta là loại cây ưa nước với yêu cầu lượng mưa hàng năm trung bình trên 1000mm Đặc biệt, so với cà phê thông thường, cây cà phê Robusta phải được trồng trong điều kiện ánh sáng thuận lợi hơn

Hình 2.1 Hạt cà phê Robusta Hình 2.2 Cây cà phê Robusta

2 Vật liệu và phương pháp

2.1.2 Tổng quan đánh dấu SCot

Nhắm mục tiêu mã khởi đầu ( SCoT ) là các điểm đánh dấu trội và có thể tái tạo, có nền tảng từ vùng được bảo tồn ngắn của các gen thực vật bao quanh codon khởi đầu (hoặc khởi đầu) dịch mã ATG và có một mồi 18 mer duy nhất trong phản ứng chuỗi polymerase (PCR)

2.1.3 Tổng quan đánh dấu SCAR

Các vùng khuếch đại đặc trưng trình tự (SCAR) được phát triển dưới dạng các dấu hiệu di truyền dựa trên PCR Khi một đoạn DNA bộ gen ở một locus xác định về mặt di truyền được khuếch đại bằng PCR sử dụng một cặp mồi oligonucleotide nhất định, kết quả được gọi là SCAR

2 Vật liệu và phương pháp

2.1.Phương pháp nghiên cứu

Nội dung 1: Tìm ra band đa hình dựa trên chỉ thị SCoT

Ly trích DNA theo phương pháp của Doyle & Doyle (1987) có hiệu chỉnh

Đo OD

PCR với 10 chỉ thị ScoT

Điện di trên gel Agarose và phát hiện band khác biệt

Nội dung 2: Tạo dòng đoạn DNA đa hình

Thu hồi và tinh sạch các đoạn khuếch đại từ Agarose gel bằng Gel Extraction Kit

Sản phẩm DNA được tạo dòng bằng vector pJET1.2/blunt và biến nạp vào tế bào Escherichia

coli TOP10 theo hướng dẫn của nhà sản xuất

Khuẩn lạc dương tính được xác định bằng PCR( dùng phương pháp biến nạp và khả nạp)

Nội dung 3: Xác định trình tự band đa hình Tách plasmid và gửi giải trình tự đoạn đặc hiệu

Nội dung 4: Thiết kế cặp primer dựa trên trình tự nhận được

Sử dụng các ứng dụng sinh tin chuyên dùng thiết kế primer dựa trên trình tự nhận được

Nội dung 5: Kiểm tra xác định độ đặc hiệu của cặp primer

Xây dựng quy trình PCR cho SCAR primer thiết kế

Kiểm tra độ đặc hiệu của SCAR primer trên cà phê robusta

3 Kết quả và thảo luận

3 Kết quả và thảo luận

Cùng với việc xác thực danh tính loài, việc dự đoán nồng độ các chất thực vật có hoạt tính có thể cần thiết để kiểm soát chất lượng trong việc sử dụng nguyên liệu thực vật cho mục đích dược phẩm Việc phát triển các dấu hiệu SCAR có thể tương quan giữa dữ liệu dấu vân tay DNA với số lượng dấu hiệu hóa học thực vật được chọn liên quan đến loại dược liệu cụ thể đó sẽ có ứng dụng rộng rãi trong việc kiểm soát chất lượng nguyên liệu thô Những điểm đánh dấu được thiết kế này sẽ hoạt động như một công cụ định tính/định lượng

So với các dấu hiệu phân tử thông thường, SCAR đã được chứng minh là đơn giản hơn, có khả năng tái tạo cao hơn và đáng tin cậy hơn khi được sử dụng để nhận dạng thực vật ở cấp độ nội bộ và/hoặc liên loài Ngoài ra, SCAR không yêu cầu đồng vị phóng xạ và chỉ phát hiện một locus duy nhất, cho thấy SCAR có khả năng tái sản xuất cao và đặc trưng cho từng locus và có thể được áp dụng trong các nghiên cứu lập bản đồ và lựa chọn hỗ trợ đánh dấu cho các đặc điểm kinh tế nông nghiệp di truyền như tính kháng sinh học ở các loại cây trồng khác nhau

3.1.Tình hình nghiên cứu

3.1.1 Tình hình nghiên cứu trong nước

3.1.2 Tình hình nghiên cứu ngoài nước

Tài liệu tham khảo

1 Rhizosphere microbiome dataset of Robusta coffee (Coffea canephora

L.) grown in the Central Highlands, Vietnam, based on 16S rRNA metagenomics analysis - ScienceDirect

2 Cà phê Robusta - Nguồn gốc, hương vị, vùng trồng - Bonjour Coffee

3 Sequence Characterized Amplified Region - Search (bing.com)

4 Sequence Characterized Amplified Region (SCAR) - WUR

5 Advances in Coffea Genomics - ScienceDirect

6 Sustainable Coffee Production | Oxford Research Encyclopedia of Environmental Science

7 Advances in genomics for the improvement of quality in coffee (wiley.com) *

8 Đặc điểm 3 giống cà phê: cà phê chè, cà phê vối, cà phê mít (vuacaygiong.com)

9 Thành phần hóa học của hạt cà phê | PrimeCoffee (primecoffea.com) *

10 Sequence Characterized Amplified Region (SCAR) - WUR

11 Sequence Characterized Amplified Region (SCAR) Markers in Sengon (Paraseriathes falcataria

(L.) Nielsen - ScienceDirect

12 Scar markers: Applications in plant science (pharmabiz.com)

Cảm ơn Thầy

và các bạn đã lắng nghe