Nghiên cứu kiểu gen HLA lớp I và đột biến gen HIV1 liên quan đến tải lượng vi rút và số lượng tế bào CD4, Hà Nội, 20142016.Nghiên cứu kiểu gen HLA lớp I và đột biến gen HIV1 liên quan đến tải lượng vi rút và số lượng tế bào CD4, Hà Nội, 20142016.Nghiên cứu kiểu gen HLA lớp I và đột biến gen HIV1 liên quan đến tải lượng vi rút và số lượng tế bào CD4, Hà Nội, 20142016.Nghiên cứu kiểu gen HLA lớp I và đột biến gen HIV1 liên quan đến tải lượng vi rút và số lượng tế bào CD4, Hà Nội, 20142016.Nghiên cứu kiểu gen HLA lớp I và đột biến gen HIV1 liên quan đến tải lượng vi rút và số lượng tế bào CD4, Hà Nội, 20142016.Nghiên cứu kiểu gen HLA lớp I và đột biến gen HIV1 liên quan đến tải lượng vi rút và số lượng tế bào CD4, Hà Nội, 20142016.Nghiên cứu kiểu gen HLA lớp I và đột biến gen HIV1 liên quan đến tải lượng vi rút và số lượng tế bào CD4, Hà Nội, 20142016.Nghiên cứu kiểu gen HLA lớp I và đột biến gen HIV1 liên quan đến tải lượng vi rút và số lượng tế bào CD4, Hà Nội, 20142016.Nghiên cứu kiểu gen HLA lớp I và đột biến gen HIV1 liên quan đến tải lượng vi rút và số lượng tế bào CD4, Hà Nội, 20142016.Nghiên cứu kiểu gen HLA lớp I và đột biến gen HIV1 liên quan đến tải lượng vi rút và số lượng tế bào CD4, Hà Nội, 20142016.Nghiên cứu kiểu gen HLA lớp I và đột biến gen HIV1 liên quan đến tải lượng vi rút và số lượng tế bào CD4, Hà Nội, 20142016.Nghiên cứu kiểu gen HLA lớp I và đột biến gen HIV1 liên quan đến tải lượng vi rút và số lượng tế bào CD4, Hà Nội, 20142016.Nghiên cứu kiểu gen HLA lớp I và đột biến gen HIV1 liên quan đến tải lượng vi rút và số lượng tế bào CD4, Hà Nội, 20142016.Nghiên cứu kiểu gen HLA lớp I và đột biến gen HIV1 liên quan đến tải lượng vi rút và số lượng tế bào CD4, Hà Nội, 20142016.Nghiên cứu kiểu gen HLA lớp I và đột biến gen HIV1 liên quan đến tải lượng vi rút và số lượng tế bào CD4, Hà Nội, 20142016.Nghiên cứu kiểu gen HLA lớp I và đột biến gen HIV1 liên quan đến tải lượng vi rút và số lượng tế bào CD4, Hà Nội, 20142016.Nghiên cứu kiểu gen HLA lớp I và đột biến gen HIV1 liên quan đến tải lượng vi rút và số lượng tế bào CD4, Hà Nội, 20142016.Nghiên cứu kiểu gen HLA lớp I và đột biến gen HIV1 liên quan đến tải lượng vi rút và số lượng tế bào CD4, Hà Nội, 20142016.Nghiên cứu kiểu gen HLA lớp I và đột biến gen HIV1 liên quan đến tải lượng vi rút và số lượng tế bào CD4, Hà Nội, 20142016.Nghiên cứu kiểu gen HLA lớp I và đột biến gen HIV1 liên quan đến tải lượng vi rút và số lượng tế bào CD4, Hà Nội, 20142016.Nghiên cứu kiểu gen HLA lớp I và đột biến gen HIV1 liên quan đến tải lượng vi rút và số lượng tế bào CD4, Hà Nội, 20142016.Nghiên cứu kiểu gen HLA lớp I và đột biến gen HIV1 liên quan đến tải lượng vi rút và số lượng tế bào CD4, Hà Nội, 20142016.Nghiên cứu kiểu gen HLA lớp I và đột biến gen HIV1 liên quan đến tải lượng vi rút và số lượng tế bào CD4, Hà Nội, 20142016.Nghiên cứu kiểu gen HLA lớp I và đột biến gen HIV1 liên quan đến tải lượng vi rút và số lượng tế bào CD4, Hà Nội, 20142016.Nghiên cứu kiểu gen HLA lớp I và đột biến gen HIV1 liên quan đến tải lượng vi rút và số lượng tế bào CD4, Hà Nội, 20142016.Nghiên cứu kiểu gen HLA lớp I và đột biến gen HIV1 liên quan đến tải lượng vi rút và số lượng tế bào CD4, Hà Nội, 20142016.Nghiên cứu kiểu gen HLA lớp I và đột biến gen HIV1 liên quan đến tải lượng vi rút và số lượng tế bào CD4, Hà Nội, 20142016.Nghiên cứu kiểu gen HLA lớp I và đột biến gen HIV1 liên quan đến tải lượng vi rút và số lượng tế bào CD4, Hà Nội, 20142016.Nghiên cứu kiểu gen HLA lớp I và đột biến gen HIV1 liên quan đến tải lượng vi rút và số lượng tế bào CD4, Hà Nội, 20142016.
BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO BỘ Y TẾ VIỆN VỆ SINH DỊCH TỄ TRUNG ƯƠNG TRẦN THỊ MINH TÂM NGHIÊN CỨU KIỂU GEN HLA LỚP I VÀ ĐỘT BIẾN GEN HIV-1 LIÊN QUAN ĐẾN TẢI LƯỢNG VI RÚT VÀ SỐ LƯỢNG TẾ BÀO CD4, HÀ NỘI 2014 - 2016 Chuyên ngành: Vi sinh vật Mã số: 42 01 07 TÓM TẮT LUẬN ÁN TIẾN SỸ SINH HỌC Hà Nội – 2023 CƠNG TRÌNH NGHIÊN CỨU NÀY ĐƯỢC HOÀN THÀNH TẠI VIỆN VỆ SINH DỊCH TỄ TRUNG ƯƠNG Người hướng dẫn khoa học: PGS.TS Nguyễn Thị Lan Anh TS Nguyễn Thùy Linh Phản biện 1: Phản biện 2: Phản biện 3: Luận án bảo vệ Hội đồng đánh giá luận án cấp Viện họp Viện Vệ sinh dịch tễ Trung ương Vào hồi …giờ …, ngày …tháng …năm 2023 Có thể tìm hiểu luận án tại: Thư viện Quốc gia Thư viện Viện Vệ sinh dịch tễ Trung ương DANH SÁCH CÁC BÀI BÁO ĐÃ XUẤT BẢN LIÊN QUAN ĐẾN LUẬN ÁN Tam Tran Thi Minh, Yuta Hikichi, Shoji Miki, Yuriko Imanari, Shigeru Kusagawa, Midori Okazaki, Thao Dang Thi Thu, Teiichiro Shiino, Saori Matsuoka, Hiroyuki Yamamoto, Jun Ohashi, William W Hall, Tetsuro Matano, Lan Anh Nguyen Thi, Ai Kawana-Tachikawa (2022), “Impaired protective role of HLA-B*57:01/58:01 in HIV-1 CRF01_AE infection: a cohort study in Vietnam”, International Journal of Infectious Diseases 128, pp 20–31 Tran Thi Minh Tam, Nguyen Thuy Linh, Phan Ha My, Nguyen Thi Lan Anh (2021), “Characteristics allelic of Human Leukocyte Antigen class I genotype and association with viral load and CD4 cell count in HIV-1 infected patients, Hanoi 2014 – 2016”, Vietnam Journal of Preventive Medicine 31(4), pp 4350 Naofumi Takahashi, Saori Matsuoka, Tam Tran Thi Minh, Hien Pham Ba, Taeko K Naruse, Akinori Kimura, Teiichiro Shiino, Ai Kawana-Tachikawa, Koichi Ishikawa, Tetsuro Matano, Lan Anh Nguyen Thi (2019), “Human leukocyte antigen-associated gag and nef polymorphisms in HIV-1 subtype A/E-infected individuals in Vietnam”, Microbes and Infection 21(2), pp 113-118 ĐẶT VẤN ĐỀ Vi rút Human Immunodeficiency Virus (HIV-1) nguyên gây hội chứng suy giảm miễn dịch mắc phải người, chủ yếu nhân lên tế bào lympho T Các kháng nguyên vi rút bị phân cắt phân tử kháng nguyên bạch cầu người (Human Leucocyte Antigen - HLA) lớp I trình diện bề mặt tế bào dạng phức hợp HLA - kháng nguyên cho tế bào T CD8 nhận diện Tiếp theo trình nhận diện tế bào T CD8, phản ứng gây độc tế bào (cytotoxic T lympho - CTL) kích hoạt làm cho tế bào nhiễm vi rút bị tiêu diệt, tế bào chưa nhiễm bảo vệ Vi rút HIV-1 có khả trốn đáp ứng miễn dịch cách biến đổi di truyền để protein không bị phân cắt, không tạo phức với phân tử HLA không bị nhận diện tế bào T CD8 Đột biến trốn miễn dịch vi rút HIV có tính liên kết với phân tử HLA Trốn đáp ứng miễn dịch vật chủ vi rút HIV-1 thách thức hiệu vắc xin phòng chống AIDS Phân tử HLA đa hình đa dạng kiểu gen, có phân bố khác theo chủng tộc Một số kiểu gen/alen HLA lớp I có ảnh hưởng khác tới tiến triển AIDS người nhiễm HIV-1 phân típ B/C – phân típ lưu hành chủ yếu Châu Âu, Bắc Mỹ, Úc Châu Phi, xác định Alen HLA làm thúc đẩy tiến triển nhiễm HIV B*35, làm chậm tiến triển tới AIDS B*27 B*57 Đồng thời, nhiều đột biến trốn thoát đáp ứng miễn dịch theo HLA xác định, điển Gag R264K liên kết với B*27 Gag T242N liên kết với B*57 Vai trò phân tử HLA với tiến triển nhiễm HIV-1 phân típ CRF01_AE, lưu hành phổ biến khu vực Đông Nam Á có Việt Nam, đột biến trốn miễn dịch liên kết với HLA cịn nghiên cứu nghiên cứu hạn chế số gen cấu trúc Nghiên cứu thực nhằm: (1) Mô tả tần suất số kiểu gen HLA lớp I phổ biến người Việt Nam; (2) Xác định đột biến gen gag, nef, vif, vpu, vpr HIV-1 có liên kết với kiểu gen HLA lớp I; (3) Đánh giá ảnh hưởng đột biến HIV-1 liên kết với kiểu gen HLA lớp I đến tải lượng vi rút số lượng tế bào CD4 Những điểm khoa học giá trị thực tiễn đề tài Nghiên cứu bổ sung liệu quần thể đột biến vi rút HIV-1 phân típ CRF01_AE áp lực chọn lọc HLA lớp I người nhiễm HIV Việt Nam Nghiên cứu cung cấp thơng tin hữu ích vị trí đích có khả chịu tác động hiệu đáp ứng miễn dịch tế bào, cần thiết cho thiết kế vắc xin peptide phù hợp với phân típ CRF01_AE CẤU TRÚC CỦA LUẬN ÁN Luận án gồm 130 trang không gồm tài liệu tham khảo phụ lục, có 27 bảng 40 hình Đặt vấn đề trang Tổng quan 42 trang; phương pháp nghiên cứu 17 trang; kết nghiên cứu 41 trang; bàn luận 18 trang; kết luận trang khuyến nghị trang CHƯƠNG I TỔNG QUAN 1.1 Vi rút HIV-1 hội chứng suy giảm miễn dịch người 1.1.1 Giới thiệu vi rút HIV Vi rút HIV (Human Immunodeficiency Virus) thuộc chi Lentivirus, họ Retroviridae gây nhiễm trùng chậm Tại Việt Nam chủ yếu lưu hành HIV-1 phân típ tái tổ hợp CRF01_AE, số phân típ B Vật liệu di truyền HIV RNA sợi đơn có kích thước 9,8kb Các protein Gag-Pol Env vi rút HIV-1 có vai trị thành phần cấu tạo hạt virion Nhóm protein thực chức gồm Nef (negative factor), Vif (virion infectivity factor), Vpr (viral protein R), Vpu (viral protein U) nhóm protein giữ vai trị điều hoà gồm Tat (Trans-Activator of Transcription) Rev (Regulator of Virion protein expression) 1.1.2 Đáp ứng miễn dịch nhiễm HIV-1 1.1.2.1 Đáp ứng miễn dịch tự nhiên (natural immunity) nhiễm HIV-1 Các đáp ứng miễn dịch tự nhiên giai đoạn nhiễm HIV-1 cấp tính mạn tính ghi nhận vai trị quan trọng tế bào NK Phân tử MHC lớp I phối tử liên kết với thụ thể tế bào NK Các tế bào bị nhiễm vi rút giảm biểu phân tử MHC lớp I, tế bào NK nhận biết tiêu diệt tế bào đích KIR kết hợp với HLA lớp I chứng minh có liên quan đến tiến triển bệnh chậm người nhiễm HIV-1 kiểm soát vi rút máu (Martin cs 2002; Martin cs 2007) 1.1.2.2 Đáp ứng miễn dịch thích ứng (adapted immunity) nhiễm HIV-1 Trong đáp ứng miễn dịch thích ứng, tế bào T CD8 kiểm sốt q trình nhân lên vi rút HIV Các đột biến trốn thoát đáp ứng tế bào T CD8 liên tục xuất giai đoạn nhiễm vi rút mạn tính, làm suy giảm chức năng, cạn kiệt tế bào T làm khả kiểm soát vi rút tăng sinh (Appay cs 2002; Papagno cs 2004; Champagne cs 2001) Đáp ứng tế bào T CD8 phụ thuộc vào phân tử HLA lớp I Tế bào T CD8 nhận diện kháng nguyên vi rút trình diện bề mặt tế bào bị nhiễm phân tử HLA lớp I, bao gồm HLA-A, HLA-B HLA-C HLA tạo áp lực lên vi rút HIV-1, dẫn tới xu hướng vi rút trốn thoát đáp ứng miễn dịch tạo đột biến 1.2 Vai trò HLA lớp I đáp ứng miễn dịch tế bào với nhiễm HIV-1 1.2.1 Đặc điểm cấu trúc HLA lớp I Phân tử MHC lớp I gồm hai chuỗi polypeptide, chuỗi dài α chuỗi ngắn β gọi β2- microglobulin (Goulder and Walker 2012) Vùng liên kết gắn peptide vùng biến đổi nhiều định motif liên kết peptide 1.2.2 Đa dạng kiểu gen HLA alen Phân bố kiểu gen/alen HLA khác địa dư, ưu HLA-B so với HLA-A/C trì tồn cầu B*52 HLAB lưu hành Nhật Bản với tỷ lệ 21%, Thái Lan lưu hành chủ yếu B*46 với tỷ lệ 29% (Goulder and Watkins 2008) A*33:03 B*15:02 lưu hành với tỷ lệ cao khu vực Châu Á, có Việt Nam 1.2.3 Vai trò HLA lớp I đáp ứng miễn dịch với nhiễm HIV-1 kiểm soát lây truyền Trong đáp ứng miễn dịch thích ứng, HLA lớp I đặc biệt quan trọng với vai trị trình diện kháng nguyên định hướng cho khả đáp ứng miễn dịch thích ứng quần thể với kháng nguyên (Lazaryan cs 2011) HLA yếu tố di truyền có vai trị kiểm sốt lây nhiễm HIV (Goulder and Walker 2012) Tính đồng dạng tương đồng phân tử HLA lớp I, đặc biệt alen HLAB, gia tăng nguy lây truyền (Dorak cs 2004) 1.2.4 Tác động HLA lớp I tới tiến triển nhiễm HIV Kiểu gen dị hợp tử HLA có khả nhận diện xử lý kháng nguyên đa dạng so với kiểu gen đồng hợp tử, dẫn đến đáp ứng miễn dịch hiệu với loạt mầm bệnh (Hughes and Yeager 1998) Người có kiểu gen HLA đồng hợp tử thường mang alen tần suất cao quần thể (Goulder, Price, cs 1997; McMichael and Klenerman 2002) HLA-B có 1.898 số 4.269 alen lớp I (chiếm 44,5%), theo liệu IMGT-HLA năm 2011 (Robinson cs 2011) Các alen trội có tác động làm chậm tiến triển bệnh hầu hết alen B, gồm B*27 B*57 (Flores-Villanueva cs 2001), gia tăng tiến triển AIDS ghi nhận với vai trò B*35 B*08 (Wright cs 2010) 1.3 Khả trốn thoát đáp ứng miễn dịch vi rút HIV-1 mối liên kết với HLA lớp I 1.3.1 Đặc điểm kháng nguyên vi rút HIV-1 Kháng nguyên vi rút HIV-1 đa dạng hệ thống miễn dịch nhận diện thông qua phân tử HLA Protein khác vi rút thể khả tạo đáp ứng miễn dịch nhận diện tế bào T CD8 khác (Masemola cs 2004) Một kháng nguyên có nhiều epitope, phân tử kháng nguyên lớn có nhiều epitope Một epitope nhận diện HLA có trình tự axit amin phù hợp với vị trí liên kết 1.3.2 Đột biến trốn thoát đáp ứng miễn dịch HIV-1 có tỷ lệ đột biến cao, ước tính khoảng 2x105 đột biến điểm sau chu kỳ chép (Cuevas cs 2015) Các đột biến xuất hầu hết protein vi rút Có dạng đột biến ảnh hưởng đến phản ứng CTL (Carlson cs 2015): (1) Trốn q trình xử lý kháng ngun (Draenert cs 2004); (2) Trốn q trình gắn với HLA (Goulder, Phillips, cs 1997); (3) Trốn thoát TCR (Iglesias cs 2011) Đột biến trốn thoát CTL xuất sớm tích luỹ theo thời gian nhiễm vi rút Đa số đột biến trốn thoát CTL biết đến thuộc phân típ B/C, số đột biến thuộc phân típ CRF01_AE (Kloverpris, Leslie, and Goulder 2015) 1.3.3 Sự thích nghi vi rút mang đột biến trốn thoát miễn dịch Đột biến trốn thoát CTL HIV-1 làm ảnh hưởng đến sinh lực vi rút mức độ khác (Zanini cs 2017) Phần lớn nghiên cứu đánh giá sinh lực biến thể mang đột biến dựa vào đánh giá khả chép in-vitro, in-vivo, đánh giá khả lây nhiễm 1.3.4 Khả lây truyền biến thể vi rút mang đột biến trốn thoát miễn dịch liên kết với kiểu gen HLA Khả lây nhiễm biến thể mang đột biến trốn thoát miễn dịch phụ thuộc vào tương thích với kiển gen/alen HLA cá thể bị lây nhiễm Biến thể mang đột biến trốn CTL có sinh lực khơng bị suy giảm trì đột biến lây nhiễm vào cá thể mang kiểu gen HLA trùng khớp (phù hợp) khơi phục trở lại trình tự ban đầu cá thể nhiễm khơng có kiểu gen HLA kích hoạt CTL (Paul Klenerman 2002; Moore cs 2002; Goulder cs 2001) Trường hợp biến thể vi rút mang đột biến bị suy giảm sinh lực lây nhiễm vào vật chủ mới, tăng sinh vi rút giảm tiến triển nhiễm vi rút bị chậm lại, giảm xác suất lây truyền tăng khả kiểm soát HIV-1 lâu dài vật chủ (Chopera cs 2008; Goepfert cs 2008) Mức độ ảnh hưởng vật chủ giảm đi, từ gây bất lợi hồn tồn đến tác động trung tính người nhận mang HLA phù hợp, từ không ảnh hưởng đến trở nên có lợi cho vật chủ người nhận mang HLA không phù hợp 1.3.5 Cơ sở liệu đột biến liên kết với HLA Đột biến trốn CTL dự đốn vị trí đột biến vi rút HV-1 liên kết với HLA Hiện liệu đột biến liên kết công bố Los Alamos (https://www.hiv.lanl.gov/) đầy đủ Đột biến phân típ B sử dụng tham chiếu cho HIV phân típ khác Tại Việt Nam, nghiên cứu liên kết đột biến gen vi rút HLA hạn chế, với công bố quốc tế (Lazaro cs 2011; Van Tran cs 2016; Takahashi cs 2019) 10 Vùng gen locus A, B C exon 2-3 khuếch đại từ DNA tách chiết từ mẫu máu toàn phần, sử dụng mồi đặc hiệu cho phản ứng PCR nested PCR, điện di mao quản hệ thống máy giải trình tự ABI 3130/3500, tham khảo có chỉnh sửa từ nghiên cứu công bố (Cotton cs 2012) Kiểu gen alen chữ số xác định cách sử dụng phần mềm GenDX SBTengine, tham chiếu từ sở liệu ImMunoGeneTics (IMGT)/HLA (Lefranc cs 2015) 2.9 Quản lý phân tích liệu Dữ liệu dịch tễ nhập EpiData 3.1 Các phân tích thống kê thực phần mềm Prims7 2.10 Hạn chế sai số Nhập liệu, xét nghiệm có kiểm sốt chéo Hệ thống máy xét nghiệm bảo dưỡng hiệu chuẩn định kỳ Số liệu phân tích thảo luận đối chiếu nhóm nghiên cứu Viện Vệ sinh dịch tễ Trung ương Viện Quốc gia bệnh truyền nhiễm Nhật Bản 2.11 Đạo đức nghiên cứu Nghiên cứu nằm hợp tác Viện Vệ sinh dịch tễ Trung ương Viện Quốc gia bệnh truyền nhiễm Nhật Bản chấp thuận Hội đồng đạo đức nghiên cứu y sinh Viện Vệ sinh dịch tễ Trung ương, số IRB-VN01059-05/2015 Nghiên cứu sinh chấp thuận chủ nhiệm đề tài cho phép sử dụng số liệu nghiên cứu cho đề tài luận án Đề tài nghiên cứu sinh thông qua chấp thuận Hội đồng đạo đức nghiên cứu y sinh Viện Vệ sinh dịch tễ Trung ương, số IRB-VN01057-32/2020 11 CHƯƠNG III KẾT QUẢ 3.1 Đặc điểm quần thể nghiên cứu Đặc điểm đối tượng nghiên cứu trình bày bảng 3.1 Bảng Đặc điểm đối tượng nghiên cứu Mẫu tuyển chọn 304 34 (19-69) 230 (75,7) Cỡ mẫu (bệnh nhân) Tuổi (trung vị, khoảng) Nam (n,%) Dân tộc (n, %) Kinh 274 (90,1) Thái 12 (4,0) Mường (2,6) Khác 10 (3,3) pVL (Log copies/mL) (trung vị, khoảng) Không phát thấy 19 (6,3) Phát thấy (1,0) < pVL < (n,%) 30 (9,9) pVL ≥ (n,%) 252 (82,9) Số lượng tế bào CD4 (tế bào/L) (trung vị, khoảng) Khơng xác định (1,0) Phân nhóm theo giai đoạn lâm sàng (n,%) Giai đoạn I (CD4 > 500) 110 (36,2) Giai đoạn II (350 ≤ CD4 ≤ 500) 73 (24,0) Giai đoạn III (200 ≤ CD4 ≤ 349) 67 (22,0) Giai đoạn IV (CD4 < 200) 51 (16,8) Mẫu phân tích 280 34 (19-69) 209 (74,6) 254 (90,7) (3,2) (2,9) (3,2) 4,23 (2,23-6,12) 30 (10,7) 250 (89,3) 402,5 (14 -1074) 93 (33,2) 70 (25,0) 66 (23,6) 51 (18,2) 3.2 Tần suất số kiểu gen HLA lớp I Tổng số có 28 kiểu gen alen A, 54 kiểu gen alen B 35 kiểu gen alen C xác định A*11:01 (AF=0,307), B*15:02 12 (AF=0,152) C*08:01 (AF=0,17) lưu hành quần thể với tần suất cao Phân tích đồng hợp tử HLA lớp I trình bày bảng 3.3 Bảng 3 Tỷ lệ đồng hợp tử alen HLA lớp I (n=303) STT Tổng alen A 11:01 24:02 02:07 33:03 26:01 30:01 02:03 Số BN 35 1 53 %CF 11,6 2,6 1,3 1,0 0,3 0,3 0,3 17,5 alen B 15:02 46:01 13:01 58:01 38:02 51:01 15:25 40:01 57:01 Số BN 3 2 1 20 %CF 1,7 1,0 1,0 0,7 0,7 0,7 0,3 0,3 0,3 6,6 alen C 08:01 07:02 01:02 04:01 03:02 03:04 03:03 14:02 Số BN 1 1 21 %CF 2,3 2,0 1,0 0,3 0,3 0,3 0,3 0,3 6,9 Phân tích tương quan A*02:03 khác biệt theo giới tính (p=0,023) tần suất alen B*46:01 khác biệt dân tộc Kinh nhóm dân tộc khác (p=0,02) 3.3 Đột biến vi rút HIV-1 phân típ CRF01_AE liên kết với HLA lớp I 3.3.1 Phân tích trình tự gen gag, nef, vif, vpr vpu vi rút HIV1 phân típ CRF01_AE Tổng số 280 mẫu đo tải lượng vi rút giải trình tự gen gag, nef, vif, vpr, vpu Kết khuếch đại giải trình tự thành cơng 244/280 mẫu gen gag, chiếm 87,1% Kết gen nef, vif, vpr vpu tương ứng 247/280 (88,2%), 217/280 (77,5%), 218/280 (77,9%) 213/280 (76,1%) Theo trình tự gen gag, vi rút thuộc phân típ CRF01_AE (98,8%, N=242), CRF07_BC (0,8%, N=2) B (0,4%, N=1) 13 Trên protein Gag, có 366/504 vị trí codon phát sinh biến thể, chiếm 72,6%, tham chiếu với chủng CM240 Tỷ lệ Nef 82,6% (171/207 codon), Vif 67,4% (130/193 codon), Vpr 71,1% (69/97 codon) Vpu 92,7% (76/82 codon) 3.1.1 Xác định đột biến Gag, Nef, Vif, Vpr Vpu phân típ CRF01_AE liên kết với HLA lớp I Kết phân tích xác định 169 codon đột biến liên kết với HLA lớp I, gồm 37 codon Gag, 74 codon Nef 19, 18, 21 codon Vif, Vpr, Vpu tương ứng (hình 3.4) Hình Số lượng đột biến liên kết theo alen HLA lớp I Phân tích xác định có alen A, 14 alen B 13 alen C alen liên kết với đột biến gen vi rút, hầu hết alen lưu hành tần suất từ trung bình đến cao quần thể 3.1.2 Định vị đột biến liên kết với HLA lớp I theo đồ epitope ứng viên phân típ CRF01_AE Bản đồ epitope lập dựa trình tự axit amin đồng thuận cho tồn trình tự phân típ CRF01_AE nghiên cứu này, đánh dấu vị trí có liên kết với HLA lớp I tìm vị trí epitope biết phân típ B (hình 3.5) 14 Hình Định vị đột biến liên kết theo epitope ứng viên phân típ CRF01_AE Trình tự đồng thuận protein (A) Gag, (B) Nef, (C) Vif, (D) Vpr (E) Vpu từ mẫu thu thập nghiên cứu đại diện cho HIV-1 phân típ CRF01_AE Trình tự đồng thuận protein xác định axit amin xuất nhiều so sánh với chủng HBX2 phân típ B Các vị trí HBX2 tương đồng ký hiệu “.” Vị trí đột biến liên kết với HLA lớp I tìm nghiên cứu biểu diễn cỡ chữ to Trình tự epitope giới hạn khoảng mũi tên, epitope tiềm (%rank 10 bệnh nhân, đưa vào phân tích B*51:01 alen có tác động đến pVL CD4 B*57:01 làm tăng CD4, không ảnh hưởng pVL B*57:01, B*51:01, C*06:02 C*14:02 làm tăng CD4 (p